Triplex forms of DNA act as main factors of some important cell functions. However, their positions within genome and their effect on cell functions are not known well. Triplex search algorithms often don't consider many of triplexs features and the possibility of occurrence of errors. In the other hand the complexity of full featured algorithms is extremely high. This paper shows the way to speed up the algorithm that considers all known triplex features. Parallel aproach allows due to CUDA technology acceleration up to 50.

Στην παρούσα διπλωματική εκπονείται μία μελέτη για την απόδοση των αλγορίθμων αναζήτησης μοτίβων όταν αυτοί τροποποιηθούν κατάλληλα ώστε να εκμεταλλεύονται την αρχιτεκτονική του Υλικού των καρτών γραφικών. Για τον σκοπό αυτό στην παρούσα διπλωματική παρουσιάζεται στην αρχή το πρόβλημα της αναζήτησης ώστε να γίνει κατανοητό γιατί είναι επιτακτική η ανάγκη βελτιστοποίησης της απόδοσης των υπαρχόντων αλγορίθμων. Επίσης παρουσιάζονται οι κυριότεροι αλγόριθμοι αναζήτησης μοτίβων που χρησιμοποιούνται σήμερα και εξηγείται γιατί επιλέγεται ένας από αυτούς τους αλγόριθμους που στην συνέχεια θα τροποποιηθεί ώστε να εκμεταλλεύεται την ιδιαίτερη αρχιτεκτονική μιας κάρτας γραφικών. Έπειτα εξάγονται συμπεράσματα για την απόδοση που μας προσφέρει αυτή η νέα υλοποίηση του αλγορίθμου σε λογισμικό σε σχέση με την απλή υλοποίηση του αλγορίθμου και για διαφορετικά μεγέθη εισόδων / Conversion of Aho-Corasick algorithm in order to execute in an Nvidia graphic card using CUDA technology. Comparison of speed between the parallel and the classic version of the algorithm.

Trådlosa nätverk är av naturen sårbara for avlyssning för att kommunikationen sker med radiovagor. Därfor skyddas trådlosa nätverk med kryptering. WEP var den första krypteringsstandarden som användes av en bredare publik som senare visade sig innehålla flera sårbarheter. Följden blev att krypteringen kunde förbigås på ett par minuter. Därför utvecklades WPA som ett svar till sårbarheterna i WEP. Kort därefter kom WPA2 som är den standard som används i nutid. Den svaghet som kan påvisas med WPA2 finns hos WPA2-PSK när svaga lösenord används. Mjukvaror kan med enkelhet gå igenom stora uppslagsverk för att testa om lösenord går att återställa. Det är en process som tar tid och som därför skyddar nätverken i viss mån. Dock har grafikprocessorer börjat användas i syfte för att återställa lösenord. Grafikkorten är effektivare och återställer svaga lösenord betydligt snabbare än moderkortens processorer. Det öppnar upp for att jämföra lösenord med ännu större uppslagsverk och fler kombinationer. Det är vad denna studie avser att belysa; hur har grafikkortens effektivitet påverkat säkerheten i trådlösa nätverk ur ett verksamhetsperspektiv. / Wireless networks are inherently vulnerable for eavesdropping since they use radio waves to communicate. Wireless networks are therefore protected by encryption. WEP was the first encryption standard that was widely used. Unfortunately WEP proved to have several serious vulnerabilities. WEP could be circumvented within few minutes. Therefore WPA was developed as a response to the weak WEP. Shortly thereafter WPA2 was released and are now being used in present. The only weakness with WPA2 is in the subset WPA2-PSK when weak passwords are being used. Software could easily go through large dictionaries to verify if a password could be recovered. But that is time consuming and therefore providing wireless networks limited protection. However a new area of use with advanced graphic cards has showed that it is providing a faster way of recovering passwords than the ordinary processor on the motherboard. That opens up for the larger use of dictionaries and the processing of words or combinations of words. That is what this study aims to shed light on. How the efficiency of the graphic cards have affected security in wireless networks from a corporate perspective of view.