Submitted by Luciane Willcox (luwillcox@gmail.com) on 2016-09-12T17:13:48Z No. of bitstreams: 1 Nayara Final.pdf: 4140088 bytes, checksum: ab360755584995cab3cab99f56557007 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciane Willcox (luwillcox@gmail.com) on 2016-09-12T18:50:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Nayara Final.pdf: 4140088 bytes, checksum: ab360755584995cab3cab99f56557007 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-12T18:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nayara Final.pdf: 4140088 bytes, checksum: ab360755584995cab3cab99f56557007 (MD5) / Fiocruz / Instituto Carlos Chagas, Fiocruz-PR, Curitiba, PR, Brasil / Sistemas convencionais para expressão de anticorpos diméricos consistem em geral na co-transfecção de dois plasmídeos, cada um codificando uma das duas cadeias do anticorpo. Este trabalho teve por objetivo construir novos vetores para expressão simultânea das duas cadeias do anticorpo e outras proteínas oligoméricas a partir de um único plasmídeo, buscando melhorar o nível de expressão de proteínas heterodiméricas. A eficiência desses vetores foi testada para expressão do anticorpo dimérico constituído pelo Fab do anticorpo MEDI-493 fusionado à fração cristalizável de uma IgG1 humana selecionada devido à sua maior estabilidade. A escolha deste anticorpo foi baseada no seu potencial para o tratamento e diagnóstico rápido de infecções pelo Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV). Os sistemas de expressão desenvolvidos neste projeto foram usados também para expressar partículas tipo-vírus (VLPs) de hRSV. As VLPs foram reconstituídas utilizando a combinação das proteínas G e M, ou F0 e M de hRSV. Sequências de aminoácidos do anticorpo e das VLPs foram usadas para gerar genes sintéticos que foram subclonados nos vetores de expressão. A expressão do anticorpo foi conduzida em células HEK293/HEK293T. Os melhores resultados foram obtidos com o plasmídeo baseado em dois cassetes de expressão. O anticorpo recombinante foi purificado a partir dos sobrenadantes da cultura celular por cromatografia de afinidade utilizando proteína A/G imobilizada em uma fase sólida e a expressão foi confirmada por Western Blot. O reconhecimento da F1, que é a proteína do hRSV que contém o epítopo alvo deste anticorpo, foi demonstrado inicialmente por Western Blot contra a proteína F1 recombinante. A atividade do anticorpo recombinante foi subsequentemente testada utilizando amostras de paciente infectados com o vírus hRSV por Western Blot em também por ensaios de ELISA. O anticorpo recombinante foi capaz de reconhecer as amostras clínicas com especificidade equivalente a do anticorpo comercial MEDI-493, confirmando seu potencial para aplicação em diagnóstico de infecções causadas pelo hRSV. / Conventional systems for expression of dimeric antibodies rely usually on cotransfection of two plasmids, each one coding one of the two antibody chains. The aim of this work was to construct new vectors for simultaneous expression of both antibodies chains and of other oligomeric proteins from a single plasmid, aiming to improve the level of expression of heterodimeric proteins. The efficiency of these vectors was tested for expression of a dimeric antibody constructed by using the Fab fragment of the antibody MEDI-493 with the crystallizable fraction of a human IgG1 selected based on its higher stability. This antibody was chosen based on its potential for treatment and rapid diagnostic of Respiratory Syncytial Virus (hRSV) infections. The expression system developed in this project was also used to express virus-like particles (VLPs) of hRSV. The hRSV VLPs were reconstituted using G and M, or F0 and M protein combinations. The amino acid sequences of this antibody and VLPs were used to generate nucleotide sequences. The respective genes were acquired from a gene synthesis company and subcloned into the new expression vectors. Expression of the recombinant antibody was conducted in HEK293/HEK293T cells in parallel experiments to compare the performance of the three different genetic constructs. Best results were obtained with a plasmid containing two expression cassettes, one for each antibody chain. The recombinant antibody was purified from cell culture supernatants by affinity chromatography using protein A/G immobilized on a solid phase and its presence was confirmed by Western Blot. Interaction of the recombinant antibody with its target on the hRSV F1 protein was determined by Western Blot. The activity of the recombinant antibody was tested using clinical specimens from patients infected with hRSV by Western Blotting and ELISA assays. The recombinant antibody was able to detect the F1 protein the clinical specimens with efficiency similar to the commercial antibody MEDI-493. This result indicates the recombinant antibody can be used for diagnosis of infections caused by hRSV.

Submitted by BRUNO RAFAEL PEREIRA LOPES null (brunorpl@hotmail.com) on 2016-05-11T19:53:59Z No. of bitstreams: 1 Dissertação versão repositório.pdf: 7264895 bytes, checksum: 0ac82b804ba7471cb20cb92afa6c4d3f (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: O arquivo submetido está sem a folha de aprovações providenciada pela Pós-graduação. Lembramos que a versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-05-13T16:24:02Z (GMT) / Submitted by BRUNO RAFAEL PEREIRA LOPES null (brunorpl@hotmail.com) on 2016-05-16T19:16:16Z No. of bitstreams: 1 Dissertação numerado FINAL Capa Dura versão folha de aprovação.pdf: 7936969 bytes, checksum: b93b6e0c25c357b92f65cec6ffb9e789 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-05-18T13:48:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lopes_brp_me_assis.pdf: 7936969 bytes, checksum: b93b6e0c25c357b92f65cec6ffb9e789 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-18T13:48:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lopes_brp_me_assis.pdf: 7936969 bytes, checksum: b93b6e0c25c357b92f65cec6ffb9e789 (MD5) Previous issue date: 2016-03-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No mundo, estima-se que exista cerca de 12 milhões de casos graves e 3 milhões de casos muito graves de infecção do trato respiratório inferior em crianças anualmente. Dentre os agentes etiológicos destas infecções, o vírus sincicial respiratório humano (hRSV) é a principal causa de internações infantis em países desenvolvidos, agravando os casos de bronquiolite, pneumonia e infecções pulmonares obstrutivas crônicas em pessoas de todas as idades, principalmente crianças e idosos. Estudos preliminares demonstraram que a Quercetina possui ação virucida sobre hRSV, além de inibir sua replicação. Entretanto, não se tem conhecimento do quão promissora é a atividade antiviral de Quercetina sobre o vírus hRSV ou mesmo se esta atividade poderia ser melhorada através de mudanças químicas em sua estrutura molecular. Assim, o objetivo deste trabalho foi estabelecer o índice de seletividade (IS) para Quercetina e seus derivados acetilados durante a infeção por hRSV através de ensaios in vitro. A análise de viabilidade celular através da adição do sal de MTT determinou os valores de CC50 para Quercetina na presença/ausência do vermelho de fenol (85 e 11,4 µM, respectivamente). Dentre as condições testadas, Quercetina apresentou atividade virucida (16-30% de proteção celular) sem apresentar efeitos no pré ou pós-tratamentos. Os valores de CC50 dos compostos derivados Q1 e Q2 foram 37,1 µM e 53,15 µM, respectivamente. O composto Q1 apresentou atividade anti-hRSV nos protocolos virucida e pós-tratamento (60-90%; 4-8 µM). O composto Q2 não apresentou atividade anti-hRSV relevante em nenhuma das condições testadas. A proteção celular apresentada pela Quercetina não possibilitou o cálculo de IS (CC50/CE50) o que nos sugere que este composto não seja um promissor agente anti-hRSV. Os índices de Seletividade calculados para o composto Q1 nos protocolos virucida e pós-tratamento foi de 9,27. O conjunto de resultados obtidos neste trabalho apresenta menor citotoxicidade e melhor performance anti-hRSV do composto Q1 em relação à Quercetina comercial. Estes dados nos estimulam a dar continuidade aos estudos do composto Q1 com o intuito de melhorarmos sua atividade antiviral e assim propormos um novo composto que seja efetivos na prevenção e/ou tratamento das infecções por hRSV. / Worldwide, is estimated that there are about 12 million serious cases and 3 million severe cases of lower respiratory tract infection in children every year. Among the etiological agents of these infections, respiratory syncytial virus (hRSV) is the leading cause of children's hospitalizations in developed countries, aggravating cases of bronchiolitis, pneumonia and chronic obstructive pulmonary infections in people of all ages, especially children and the elderly. Preliminary studies demonstrated that Quercetin has virucidal action on hRSV, and inhibits replication. However, we do not know how promising is the antiviral activity of Quercetin on the hRSV. The objectives of this work is to understand the action of Quercetin and some of its derivatives acetylated on the steps of the replicative cycle of hRSV, determining the selectivity index for each compound. The development of this project will assist in the search for effective compounds in the prevention and/or treatment of hRSV infections. In the cytotoxicity assays, Quercetin showed CC50 values variable depending on the presence/absence of phenol red (11.4 and 85 μM respectively). Among the concentrations tested Quercetin only showed a slight virucidal activity (16-30% concentration 5-10 μM). The CC50 values were derived compounds 37.1 μM for Q1 and Q2 to 53.15 μM. Compound Q1 showed anti-hRSV activity in virucidal and post-treatment protocol (60-90% at 4-8 μM). The Q2 compound showed no anti-hRSV relevant activity. The presence or absence of phenol red had great influence in determining the CC50 values of Quercetin (11.4 μM and 85 μM with phenol red). In addition, Quercetin showed little (virucidal protocol without phenol) or no anti-hRSV activity. Thus it has not been possible to establish the EC50 of Quercetin and determine its selectivity index (SI). The Q1 compound showed a greater CC50 value (37.1 μM) and relevant anti-hRSV activity in post-treatment and virucidal protocols (SI 9.27). Among the compounds tested, Q2 showed the highest value of CC50 (53.15 μM without phenol) however, had little or no anti-hRSV activity, making it impossible to determine their SI.

O Vírus Sincicial respiratório (HRSV) é um patógeno de grande importância para crianças. É o maior causador de infecções respiratórias agudas e também um dos principais causadores de internações e mortes de crianças menores de 5 anos. Cepas de HRSV com mutações no sítio de ligação do Palivizumab vêm apresentando resistência ao medicamento. Pouco se sabe sobre a prevalência destas mutações em amostras clínicas, apesar de sua potencial importância na patogênese viral. Além disso, existem poucos dados sobre a evolução molecular da proteína F do HRSV, sobretudo no Brasil. O presente estudo tem como objetivo caracterizar fenotipicamente através de ensaios de microneutralização in vitro, cepas oriundas de crianças não tratadas com Palivizumab circulantes em 2013 apresentando mutações na proteína F, mais especificamente relacionadas a potencial resistência nos epítopos de ligação do Palivizumab. Como resultado deste trabalho todas as amostras testadas foram neutralizadas pelo Palivizumab, concluindo-se que as mutações encontradas não conferem resistência ao monoclonal. / Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a pathogen of great importance for children. It is the major cause of acute respiratory infections and also one of the main causes of hospitalizations and deaths of children under 5 years. Strains of HRSV with mutations in the binding site of Palivizumab have been showing resistance to the drug. Little is known about the prevalence of these mutations in clinical samples, despite their potential importance in viral pathology. In addition, there is little data on the molecular evolution of HRSV F protein, especially in Brazil. The present study aims to characterize phenotypically by in vitro microneutralization assays, strains from children not treated with Palivizumab circulating in 2013 showing mutations in F protein, more specifically related to potential resistance in the binding epitopes of Palivizumab. As result of this study all samples tested were neutralized by Palivizumab, concluding that the mutations found did not confer resistance to the monoclonal.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-16Bitstream added on 2014-06-13T19:55:49Z : No. of bitstreams: 1 sabbag_mp_me_sjrp.pdf: 582990 bytes, checksum: a674199278bb87518fc43d93309aefd1 (MD5) / As infecções respiratórias agudas (IRAs) constituem a principal causa de mortalidade infantil no mundo, e o Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV – Human Respiratory Syncytial Virus) é um dos principais agentes etiológicos das IRAs. Este vírus pertencente à família Paramyxoviridae, é envelopado, de simetria helicoidal, cujo genoma é RNA de fita simples não segmentada. A infectividade do vírus está relacionada com suas proteínas de membrana e dentre elas a glicoproteína G, que é responsável pela ligação do vírus à célula hospedeira e conseqüente instalação da infecção. Esta glicoproteína exerce um importante papel como antígeno de reconhecimento, sendo alvo para identificação do RSV através de anticorpos. Existem evidências de que esta proteína se liga a receptores glicosilados na célula hospedeira, porém ainda não foi descrito um receptor para a proteína G na célula. Para elucidar estes mecanismos de interação, foram realizados estudos experimentais e teóricos desta proteína. Os domínios solúveis da região N-terminal (1 a 38 aa) e C-terminal (67 a 298 aa), com 231 aminoácidos da glicoproteína G do hRSV foram clonados e a região N-terminal foi expressa em bactéria BL21 pLysS. Em paralelo, foi realizada a caracterização teórica desta proteína, e foram avaliados os possíveis sítios de interação da mesma com glicosaminoglicanos (heparina). Foram obtidos dois modelos teóricos para a proteína G do hRSV, bem como dois modelos de interação com heparina, determinando portanto, um possível sítio de ocorrência de interação. O conhecimento da estrutura da proteína G é de grande importância para elucidar a composição da estrutura e os mecanismos de interação com potenciais ligantes e deste modo, em um passo posterior, propor mecanismos de reconhecimento celular pelo hRSV, através de glicosaminoglicanos / Acute Respiratory Infections (ARI) are the leading cause of infant mortality in the world, and the Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is one of the main agents of ARI. This virus belongs to Paramyxoviridae family, has a lipidic envelope, helical symmetry and its genome is a single-stranded RNA. The viral infectivity is related to its membrane proteins and among them the G glycoprotein, which is responsible for binding the virus to the host cell and consequent infection. This glycoprotein plays an important role as antigen recognition, being the target for hRSV identification through antibodies. There are evidences that this protein binds to host cell glycosylated receptors, but it has not been described a receptor for G protein in the cell yet. To elucidate these interaction mechanisms and understand the process of viral infectivity, we performed experimental and theoretical studies of this protein. The soluble domains of the N-terminal (1-38 aa) and C-terminal regions (67-298 aa), with 231 amino acids of the hRSV G glycoprotein have been cloned and the N-terminal region was expressed in BL21 pLysS bacteria. In a later trial these peptides will be purified and biophysical tests will be done. It was also performed a theoretical characterization of this protein, to assess the possible interaction sites with glycosaminoglycan (heparin). It were obtained two theoretical models for the hRSV G protein as well as two interaction models with heparin, in order to determine a possible site of occurrence of interaction. Knowledge of G protein structure is of great importance to elucidate the mechanism of viral infectivity and interaction mechanisms with potential ligants, and the results obtained in this work will allow us, in a later step, to propose mechanisms of cellular recognition by hRSV through glycosaminoglycans

As doenças respiratórias agudas (DRAs) são as causas mais comuns de morbidez e mortalidade infantil mundial, podendo ser causadas por uma grande variedade de microorganismos. A fim de se detectar os vírus respiratórios mais comumente associados às infecções agudas do trato respiratório e traçar seu perfil epidemiológico, utilizamos um protocolo de GS RT-PCR (GeneScan Transcrição Reversa-Reação em Cadeia da Polimerase) para a rápida detecção simultânea do, vírus influenza A e B, parainfluenzavirus tipo 1, 2 e 3, picornavirus, metapneumovirus e o adenovírus. As amostras clínicas foram colhidas de crianças menores de cinco anos de idade, apresentando sintomas respiratórios, no Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), durante o ano de 2003. O GS RT-PCR se mostrou uma metodologia sensível e específica, capaz de detectar uma diversidade maior de agentes infecciosos do trato respiratório em relação à Imunofluorescência Indireta (IFI), reduzindo neste estudo a porcentagem de amostras negativas de 69,9% (235 amostras) para 22% (74 amostras). / A reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay based on automated fluorescent capillary electrophoresis and GeneScan software analysis was used to detect nine common respiratory viruses in clinical specimens from young children. Assays for human respiratory syncytial virus (HRSV), human parainfluenza viruses 1, 2, and 3, influenza A and B viruses, human metapneumovirus, adenovirus and picornavirus were incorporated into a screening PCR standard assay format. The optimized assay panel was used to test 336 respiratory specimens obtained from children hospitalized with acute respiratory illness (ARI) that had been previously tested by viral culture and indirect immunofluorescence staining (IIF). GS RT-PCR showed be a sensitive and specific methodology, able to detect a larger diversity of respiratory viruses regarding IFI, reducing in this study the percentage of negative samples of 69,9% (235 samples) to 22% (74 samples).

As doenças respiratórias agudas (DRAs) são as causas mais comuns de morbidez e mortalidade infantil mundial, podendo ser causadas por uma grande variedade de microorganismos. A fim de se detectar os vírus respiratórios mais comumente associados às infecções agudas do trato respiratório e traçar seu perfil epidemiológico, utilizamos um protocolo de GS RT-PCR (GeneScan Transcrição Reversa-Reação em Cadeia da Polimerase) para a rápida detecção simultânea do, vírus influenza A e B, parainfluenzavirus tipo 1, 2 e 3, picornavirus, metapneumovirus e o adenovírus. As amostras clínicas foram colhidas de crianças menores de cinco anos de idade, apresentando sintomas respiratórios, no Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), durante o ano de 2003. O GS RT-PCR se mostrou uma metodologia sensível e específica, capaz de detectar uma diversidade maior de agentes infecciosos do trato respiratório em relação à Imunofluorescência Indireta (IFI), reduzindo neste estudo a porcentagem de amostras negativas de 69,9% (235 amostras) para 22% (74 amostras). / A reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay based on automated fluorescent capillary electrophoresis and GeneScan software analysis was used to detect nine common respiratory viruses in clinical specimens from young children. Assays for human respiratory syncytial virus (HRSV), human parainfluenza viruses 1, 2, and 3, influenza A and B viruses, human metapneumovirus, adenovirus and picornavirus were incorporated into a screening PCR standard assay format. The optimized assay panel was used to test 336 respiratory specimens obtained from children hospitalized with acute respiratory illness (ARI) that had been previously tested by viral culture and indirect immunofluorescence staining (IIF). GS RT-PCR showed be a sensitive and specific methodology, able to detect a larger diversity of respiratory viruses regarding IFI, reducing in this study the percentage of negative samples of 69,9% (235 samples) to 22% (74 samples).

O vírus sincicial respiratório humano (HRSV) é o mais frequente agente patogênico da família Paramyxoviridae. Apesar de sua grande importância e impacto em saúde pública, alguns aspectos demandam elucidação. Entre eles, estão os mecanismos de tráfego intracelular de proteínas virais para o sitio de montagem. Baseado nisso, fizemos um estudo de imunofluorescência tentando contribuir para o entendimento da participação da via secretória no tráfego de proteínas estruturais de HRSV que não são glicosiladas: proteínas de matriz (M) e de nucleocapsídeo (N). Pudemos observar que essas proteínas seguem rota similar àquelas que são glicosiladas no Golgi, como a proteína de fusão (F). Ademais, as proteínas M e N, além de colocalizarem com proteínas celulares da via secretória, tais como trans-Golgi network-46 (TGN46) e sorting nexin-2 (SNX2), também influem no recrutamento de proteínas celulares para os corpos de inclusão virais, como mostrado no caso da proteína Glut1. Os dados indicam que proteínas M e N de HRSV seguem pela via endocítica inicial, acumulam-se em corpos de inclusão que seriam fábricas virais e, no caso de TGN46, podem ser incorporadas aos vírus em brotamento / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the most relevant cause of respiratory infection in children worldwide. Despite its importance in public health, some aspects of the mechanisms of the trafficking of viral structural proteins remain unclear. In the present study, immunofluorescence was used to understand how the virus matrix (M) and nucleocapsid (N) proteins, which are non-glycosylated , are addressed to inclusion bodies in Hep-2 cells (MOI=3). M and N proteins followed similar intracellular trafficking routes as compared to the glycosylated fusion (F) viral protein. Moreover, M and N proteins colocalized with two key elements of the secretory pathway: trans-Golgi network- 46 (TGN46) and sorting nexin-2 (SNX2). Viral proteins M and N appear to be involved in the recruitment of cell proteins at the formation of virus inclusion bodies, as shown for Glucose Transporter Type 1 (Glut1). The data suggest that HRSV M and N proteins follow the secretory pathway, initiating in early endosomes, as indicated by the co-localization with TGN46 and SNX2. In addition, these host cell proteins accumulate in inclusion bodies that are viral factories, and can be part of budding viral progeny. Therefore, HRSV M and N proteins, even though they are not glycosylated, take advantage of the secretory pathway to reach virus inclusion bodies. Confocal images suggest that SNX2, which is known for its membrane-deforming properties, could play a pivotal role in HRSV budding

O vírus sincicial respiratório humano (HRSV) é o mais frequente agente patogênico da família Paramyxoviridae. Apesar de sua grande importância e impacto em saúde pública, alguns aspectos demandam elucidação. Entre eles, estão os mecanismos de tráfego intracelular de proteínas virais para o sitio de montagem. Baseado nisso, fizemos um estudo de imunofluorescência tentando contribuir para o entendimento da participação da via secretória no tráfego de proteínas estruturais de HRSV que não são glicosiladas: proteínas de matriz (M) e de nucleocapsídeo (N). Pudemos observar que essas proteínas seguem rota similar àquelas que são glicosiladas no Golgi, como a proteína de fusão (F). Ademais, as proteínas M e N, além de colocalizarem com proteínas celulares da via secretória, tais como trans-Golgi network-46 (TGN46) e sorting nexin-2 (SNX2), também influem no recrutamento de proteínas celulares para os corpos de inclusão virais, como mostrado no caso da proteína Glut1. Os dados indicam que proteínas M e N de HRSV seguem pela via endocítica inicial, acumulam-se em corpos de inclusão que seriam fábricas virais e, no caso de TGN46, podem ser incorporadas aos vírus em brotamento / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the most relevant cause of respiratory infection in children worldwide. Despite its importance in public health, some aspects of the mechanisms of the trafficking of viral structural proteins remain unclear. In the present study, immunofluorescence was used to understand how the virus matrix (M) and nucleocapsid (N) proteins, which are non-glycosylated , are addressed to inclusion bodies in Hep-2 cells (MOI=3). M and N proteins followed similar intracellular trafficking routes as compared to the glycosylated fusion (F) viral protein. Moreover, M and N proteins colocalized with two key elements of the secretory pathway: trans-Golgi network- 46 (TGN46) and sorting nexin-2 (SNX2). Viral proteins M and N appear to be involved in the recruitment of cell proteins at the formation of virus inclusion bodies, as shown for Glucose Transporter Type 1 (Glut1). The data suggest that HRSV M and N proteins follow the secretory pathway, initiating in early endosomes, as indicated by the co-localization with TGN46 and SNX2. In addition, these host cell proteins accumulate in inclusion bodies that are viral factories, and can be part of budding viral progeny. Therefore, HRSV M and N proteins, even though they are not glycosylated, take advantage of the secretory pathway to reach virus inclusion bodies. Confocal images suggest that SNX2, which is known for its membrane-deforming properties, could play a pivotal role in HRSV budding