El interés por la conservación de las comunidades ribereñas del río Paraná ha llevado a la identificación de nuevas especies para la flora argentina durante los últimos años. En el noreste de Argentina y sureste de Paraguay, se han identificado poblaciones de Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae) en remanentes de selvas higrófilas, especie arbórea típica de selvas inundables y tolerante a la inundación. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la variabilidad genética de seis poblaciones, tres argentinas, dos paraguayas y una mexicana, a través de marcadores moleculares y establecer relaciones filogeográficas entre ellas, con el fin último de contribuir en la planificación de estrategias de conservación. Se obtuvieron 56 loci RAPDs a partir de los cuales se estimaron parámetros genéticos clásicos para dos de las poblaciones. La heterocigosidad esperada total fue baja (He=0,273), al igual que el índice de diversidad de Shannon (I=0,406). La diferenciación interpoblacional fue muy elevada (ϕST=0,283), encontrándose el 78% de la variabilidad genética dentro de las poblaciones. Quedó demostrado además que la población de San Ignacio presenta estructuración genética espacial dentro de los 20 m de distancia, información relevante en el diseño de estrategias de conservación in situ y ex situ. Por otro lado, se describieron las secuencias de siete regiones intergénicas y una intrónica del genoma cloroplástico, en suma 1.749 pb, cuatro de las cuales mostraron diferencias nucleotídicas. No obstante, se escogió el intrón del gen trnL para realizar el análisis filogeográfico de las seis poblaciones, que permitieron estimar la diversidad nucleotídica (π=0,00237) y haplotípica (Hd=0,296). Se identificaron tres haplotipos que discriminaron las poblaciones argentinas, paraguayas y mexicana. Las variantes haplotípicas encontradas en el presente trabajo nos llevaron a reconsiderar y plantear un modelo de las rutas de dispersión geográfica y colonización de C. brasiliense en el pasado, a través del río Paraná como de vías alternativas. / In recent years the growing interest in Paraná River’s riparian forest conservation led to the discovery of new plant species in Argentina. In the hygrophile forest remnants from Northeastern part of Argentina and Southeastern area of Paraguay, populations of Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae), a typical flood lowlands species, were identified. The aims of this work were to characterize and compare the genetic variability within and among six populations of C. brasiliense, three from Argentina, two from Paraguay and one from Mexico, using molecular markers and to infer phylogeographic relationships among populations, in order to contribute with the planning of conservation strategies. Classic genetic population parameters were estimated once 56 RAPDs loci were obtained. The total expected heterozygosity (He=0,273) and the Shannon diversity index (I=0,406) obtained were low. On the other hand, interpopulation differentiation was high (ϕST=0,283), and 78% of genetic variability observed was within populations. At the same time the spatial genetic analysis demonstrated that the population from San Ignacio is genetically structured at distances shorter than 20 m, being this data relevant for the design of in situ and ex situ conservation projects. Besides, seven intergenic and one intronic chloroplast genome regions were described, adding up a total of 1.749 pb. Four of these regions showed nucleotide differences. However, only the trnL intron was selected for the phylogeographic analysis, being possible to estimate the nucleotide (π=0,00237) and haplotypic diversity (Hd=0,296). Finally, three haplotypes were identified through which Argentinean, Paraguayan and Mexican populations could be differentiated. The haplotypic variants that have been found in the present work led us to reconsider and propose a model on C. brasiliense’ geographic dispersion and colonization used in the past, both through the Paraná River and alternative routes.