Dissertation (Ph.D.)--University of South Florida, 2007. / Title from PDF of title page. Document formatted into pages; contains 90 pages. Includes vita. Includes bibliographical references.

Dissertation (Ph.D.)--University of South Florida, 2007. / Includes vita. Includes bibliographical references (leaves 70-84). Also available online.

Thesis (Ph. D.)--University of Virginia, 2009. / Title from title page. Includes bibliographical references. Also available online through Digital Dissertations.

Submitted by Claudinei Pracidelli (cpracide@ipen.br) on 2016-06-22T12:20:52Z No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2016-06-22T12:20:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

INTRODUÇÃO: O diabetes tipo 1 autoimune (DM1A) está associado a alterações na imunidade inata e adaptativa. A agressão autoimune, órgão específica, determina a destruição das células beta do pâncreas e a deficiência da produção de insulina. O infiltrado inflamatório do tipo linfomononuclear, configurando a insulite, e a escassez ou a ausência das células ?, definem o quadro histológico do DM1A. Os autoanticorpos contra antígenos das células beta, que geralmente se desenvolvem na fase pré-clínica, conferem predisposição para DM1A. No entanto, é difícil definir quando e quais indivíduos progredirão para o diabetes manifesto, justificando a busca de outros biomarcadores que auxiliem nas indicações de tratamentos preventivos. Nesse contexto, sabe-se que os microRNAs (miRNAs), pequenos RNAs que atuam pós transcrição, desempenham papel crucial na regulação de genes, integrando fatores genéticos e ambientais e influenciando o funcionamento de órgãos e tecidos de maneira pontual ou sistêmica. OBJETIVOS: avaliar o envolvimento biológico e a relevância da expressão de miRNAs na resposta imunológica e na função das células ? na patogênese do DM1A. MÉTODOS: analisamos o perfil dos miRNAs séricos em 4 grupos, a saber: pacientes portadores de DM1A, até 6 meses do diagnóstico (DM1A recente), (n=30); pacientes portadores de DM1A com duração de 2-5 anos (DM1A 2-5)(n=26) e indivíduos com autoanticorpos pancreáticos positivos sem diabetes (AcP) (n=25), os quais foram comparados aos indivíduos controles saudáveis(n= 29). A expressão dos microRNAs foi obtida com ensaios individuais TaqMan® MicroRNA Assays 5x primers e TaqMan MicroRNA Human Array Card A, (Applied Biosystems- Forster City CA, USA) constituído por 377 alvos e 4 endógenos. Os dados de expressão foram analisados no Software Cloud, (Thermo Fisher Scientific) e no programa Limma (Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data). RESULTADOS: Não houve diferença nas características demográficas, como idade, cor auto referida e sexo entre os grupos (p > 0,05). Pacientes portadores de DM1A (recente e com duração de 2-5 anos), diferiram do grupo controle pelos valores elevados de glicose, hemoglobina glicada, títulos de autoanticorpos pancreáticos, e menores de peptídeo C (p < 0,05) e foram semelhantes entre si. Os portadores de autoanticorpos (AcP) tinham características intermediárias entre os grupos: menores valores de HbA1c e de anticorpo anti-tirosina-fosfatase (anti-IA2) e maiores de peptídeo C em relação aos dois grupos com diabetes. Diferiram dos controles apenas pelos maiores títulos de anticorpo anti-insulina (IAA) e anti-descarboxilase do ácido glutâmico 65 (anti-GAD65). A frequência dos alelos HLA de risco para diabetes (-DR3 ou -DR4 e -DQ2 ou DQ-8) decresceu dos grupos DM1A recente e DM 2-5 para AcP e controles. Foram avaliados 135 miRNAs que estavam expressos em 20% ou mais das amostras dos quatro grupos analisados. Maior expressão foi observada em 13, 4 e 33 miRNAs dos grupos AcP, DM1A recente e DM1A 2-5 respectivamente e menor em 11, 7 e 31 miRNAs destes grupos. Destes, 4 miRNAs foram diferencialmente expressos nos grupos AcP, DM1A recente e DM1A 2-5 em relação ao grupo controle. Os miRNAs: miR -16, miR-195 e miR-454, relacionados com regeneração endócrina do pâncreas, efeito anti-inflamatório e resposta à injúria da célula ? estavam diminuídos nestes 3 grupos. O miR-200a, implicado em apoptose das células beta, estava aumentado nos grupos AcP e DM1A recente e diminuído nos pacientes com maior duração do diabetes (DM1A 2-5), possivelmente devido à escassez destas células. Outros 8 miRNAs apresentaram expressão diferente da do grupo controle em dois dos grupos avaliados, e tendência semelhante no terceiro grupo, sendo 4 deles elevados (miR-193a-5p, miR- 323-3p, miR-423-5p, e miR-92a) e 4, diminuídos (miR-191, miR-19a, miR- 376a, miR-590-5p) ou neutralidade no 3º grupo (miR-15b, miR-100, miR-181a e miR-483-5p) Resposta antagônica foi observada para o miR-25 e miR-485- 3p, diminuídos no grupo AcP e aumentados no DM1A 2- 5. Tais miRNAs estão relacionados com resposta imunológica, secreção de insulina, lesão de células ? e glicotoxicidade, à semelhança do observado para o miR-101-3p, validado por ensaios individuais numa casuística maior. CONCLUSÃO: nossos dados sugerem que miRNAs circulantes podem estar envolvidos na patogênese do DM1A / INTRODUCTION: Autoimmune type 1 diabetes (T1D) is associated with changes in innate and adaptive immunity. The organ-specific autoimmune aggression determines the destruction of beta-cells in the pancreas and the deficient insulin production. The inflammatory infiltration of the lymphomononuclear type, configuring the insulite, and the scarcity or the absence of the beta cells, define the histological picture of T1D. Autoantibodies against beta-cell antigens, which usually develop in the preclinical phase, confer predisposition to T1D. However, it is difficult to define when and which individuals will progress to overt diabetes, justifying the search for other biomarkers that could be indicative of preventive treatments. In this context, it is known that the microRNAs (miRNAs) - small RNAs that act post transcription - play a crucial role in regulating genes and in integrating genetic and environmental factors, influencing the function of organs and tissues in a punctual or systemic way. OBJECTIVES: to evaluate the biological involvement and relevance of miRNA expression in the immune response and ?-cell function in the pathogenesis of T1D. METHODS: we analyzed the profile of serum miRNAs of 4 groups, namely: patients with T1D up to 6 months after diagnosis (recent T1D), (n = 30); patients with T1D lasting 2-5 years (T1D 2- 5) (n = 26) and individuals expressing pancreatic autoantibodies without diabetes (AbP) (n = 25), which were compared to healthy controls (n = 29). Expression of the microRNAs was obtained with individual assays TaqMan® MicroRNA Assays 5x primers and TaqMan MicroRNA Human Array Card A (Applied Biosystems-Forster City CA, USA), consisting of 377 targets and 4 endogenous. The expression data was analyzed in the Cloud Software (Thermo Fisher Scientific) and Limma (Linear Models for Microarray and RNASeq Data) program. RESULTS: There was no difference in demographic characteristics, such as age, self-reported color, and sex among groups (p > 0.05). Patients with T1D (both recent and 2-5 years), similar to each other, differed from the control group by high glucose, glycated hemoglobin levels, pancreatic autoantibody titers, and lower C peptide values (p < 0.05) . Pancreatic autoantibodies (AbP) carriers had intermediate characteristics among the groups: lower HbA1c and anti-tyrosine phosphatase antibody (anti- IA2) values and higher C-peptide levels than the two groups with diabetes. They differed from controls only by the higher titers of anti-insulin (IAA) and anti-decarboxylase of glutamic acid 65 (anti-GAD65) autoantibodies. The frequency of high risk HLA alleles for diabetes (-DR3 or -DR4 and -DQ2 or DQ- 8) decreased from the recent T1D and T1D 2-5 groups to the AbP and controls. We evaluated 135 miRNAs that were expressed in 20% or more of the samples from the four groups analyzed. Higher expression was observed in 13, 4 and 33 miRNAs of the Abp, recent T1D and T1D 2-5 groups respectively and lower in 11, 7 and 31 miRNAs of these groups. Of these, 4 miRNAs were differentially expressed in the AbP, recent T1D and T1D 2-5 groups in relation to the control group.The miRNAs: miR -16, miR-195 and miR-454, related to endocrine regeneration of the pancreas, anti-inflammatory effect and response to beta-cell injury were decreased in these 3 groups. miR-200a, implicated in beta-cell apoptosis, was increased in the recent and decreased AbP and T1D groups in patients with longer duration of diabetes (T1D 2-5y), possibly due to the shortage of these cells. Another eight miRNAs showed different expression of the control group in two of the evaluated groups, and a similar trend in the third group, four of them high (miR-193a-5p, miR-323-3p, miR-423-5p, and miR- 92a ) and four, decreased (miR-191, miR-19a, miR-376a, miR-590-5p) or neutrality in the 3rd group (miR-15b, miR-100, miR-181a and miR-483-5p) was observed for miR-25 and miR-485-3p, decreased in the AbP group and increased in T1D 2-5y. Such miRNAs are related to immune response, insulin secretion, ?-cell damage and glycotoxicity, similar to that observed for the miR- 101-3p, validated by individual trials in a larger cohort. CONCLUSION Our data suggests that circulating miRNAs may be involved in the pathogenesis of T1D

Submitted by Claudinei Pracidelli (cpracide@ipen.br) on 2016-06-22T12:20:52Z No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2016-06-22T12:20:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A engenharia de tecidos e a medicina regenerativa possuem como objetivo principal o restabelecimento morfológico/funcional de tecidos e órgãos lesionados com a utilização de células, matrizes celulares e células tronco, controlando as respostas imunológicas/bioquímicas promovidas pelo organismo. Adicionalmente, a ciência dos materiais busca desenvolver biomateriais biocompatíveis que não promovam reações imunológicas indesejadas e proporcionem o reestabelecimento das funções do tecido/órgão. Polímeros de origem natural destacam-se como biomateriais por assemelharem-se a macromoléculas biológicas, similaridade com a matriz extracelular, menor possibilidade de estimulação de inflamação crônica e baixa ou ausência de toxicidade. O presente trabalho teve como objetivo desenvolver matrizes macromoleculares originadas do óleo de soja epoxidado (OSE), analisando a relação estrutura química/atividade biológica das matrizes macromoleculares para uso como biomaterial na engenharia de tecidos. A síntese do OSE foi efetuada pela rota oleoquímica, cuja eficiência foi determinada por espectroscopia de infravermelho e o rendimento da reação de 85% determinado por ressonância magnética nuclear de prótons. A partir da análise por calorimetria exploratória diferencial, detectou-se uma diminuição da temperatura de transição vítrea do polímero do óleo de soja (POSE) em relação ao OSE, sugerindo aumento do crescimento das cadeias poliméricas do POSE. Através da análise termogravimétrica, foi possível definir o perfil de degradação do OSE, com degradação em duas etapas, e do POSE, que degrada em apenas uma etapa e demonstra maior estabilidade térmica do POSE pelo aumento das interações moleculares. A reticulação e a hidrofilicidade do POSE foram promovidas com a adição de metacrilato de 2-hidroxietila (HEMA) à formulação por enxertia do monômero pela irradiação gama. Os resultados obtidos identificaram aumento da estabilidade mecânica, da gelificação e da absorção de água com o aumento do conteúdo de HEMA. Por fim, o grau de cristalinidade estimado para esses polímeros enxertados com HEMA de 27,5% foi definido através da difratometria de raios-X. A segunda etapa caracterizou-se pelo (i) desenvolvimento de POSEs com a enxertia de HEMA nas proporções OSE/HEMA 90:10 e 65:35 com irradiação por raios gama nas doses de 50 e 100kGy, (ii) caracterização físico-química dos POSE-HEMA e (iii) análise biológica desses materiais. Através da espectroscopia de infravermelho, pode-se detectar as regiões epoxidadas do POSE, assim como o sucesso da enxertia do monômero HEMA em todas as concentrações e doses de radiação utilizadas. Através da calorimetria exploratória diferencial, calculou-se a energia de ativação (Ea) dos polímeros. A cristalinidade dos materiais foi definida por difratometria de raios-X, mostrando caráter amorfo do material, bem como um pequeno incremento na porcentagem da cristalinidade com o aumento da intensidade das doses de radiação durante a síntese e um decréscimo dessa cristalinidade com o aumento na concentração de HEMA. A análise da citotoxicidade das amostras mostrou a ausência de toxicidade dos POSE-HEMA, confirmando a eficiência das lavagens dos polímeros para retirada de resíduos do processamento. A análise da hemocompatibilidade mostrou ausência de adesão de plaquetas e os testes de crescimento celular nas matrizes foram positivos. Através dos resultados obtidos nesta pesquisa, pôde-se concluir pelo potencial de utilização dos POSE-HEMA na engenharia de tecidos. / Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Orientador: Alexandre Leite Rodrigues de Oliveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T03:01:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SabhaJunior_MarioJoseJorge_D.pdf: 14971588 bytes, checksum: 25740c7d964d2a5c4eb70c84cb462b08 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: o estabelecimento das redes nervosas que compõem o Sistema Nervoso Central (SNC) é um processo imensamente complexo dependente, não somente da formação de novos pontos de comunicação, as sinapses, mas também da eliminação de sinapses supranumerárias ou incorretas durante o desenvolvimento. Recentemente, foi descrito um mecanismo demonstrando que a ausência da expressão do complexo de histocompatibilidade principal (MHC classe I) no SNC, diminui a remoção de conexões sinápticas extranumerárias durante o desenvolvimento e aumenta a retração sináptica no animal adulto. Interessantemente, a transecção do axônio induz uma extensa retração dos terminais pré-sinápticos da superfície do corpo celular e dendritos dos neurônios axotomizados. No presente trabalho, investigamos as alterações sinaptológicas nos motoneurônios alfa da intumescência lombar em três linhagens de camundongos isogênicos (C57BL/6J, A/J e Balb/cJ), após 1 e 3 semanas da transecção do nervo ciático. Nesse sentido, estudamos a cobertura sináptica dos corpos celulares dos motoneurônios após a lesão. Foram utilizadas medulas espinhais de camundongos machos adultos, as quais foram processadas e analisadas para imunohistoquímica (lH) e microscopia eletrônica de transmissão . (MET). Para IH, foram utilizados anticorpos anti-MHC e anti-sinaptofisina conjugados com anticorpos secundários CY-2 ou CY-3 e analisados em microscópio confocal. Os resultados mostraram aumento significativo da expressão de MHC I na linhagem AIJ, comparativamente à Balb/cJ e C57BL/6J, 1 semana após axotomia. Contudo, mostraram níveis similares de expressão desta molécula 3 semanas após axotomia. Adicionalmente, observamos uma diminuição significativa da expressão de sinaptofisina na linhagem AIJ, após 1 semana da transecção do nervo ciático. Após 3 semanas da lesão nervosa, todas as linhagens, apresentaram níveis similares de expressão de sinaptofisina. Os resultados da MET, após 1 semana da transecção do nervo ciático, mostraram menor cobertura sináptica na linhagem A/J, comparada à Balb/cJ e C57BL/6J. Contudo, 3 semanas após a lesão a linhagem C57BL/6J apresentou menor cobertura sináptica, enquanto AIJ e Balb/cJ recuperam suas aferências. Concluímos que a expressão de MHC I influencia o processo de eliminação sináptica e, possivelmente contribui para o potencial regenerativo dos neurônios axotomizados / Abstract: The wiring of the Central Nervous System (CNS) is an immensely complex process, not only dependent on new communication points, the synapses, but also on the elimination of exuberant or inappropriate synapses during development. Earlier studies have shown that the abscence of class I major histocompatibility complex (class I MHC) in the CNS decreases synaptic elimination during CNS development and increases synaptic retraction in adult. Thus, an axon transection has been shown to induce an extensive detachment of presynaptic terminais from perikarya and dendrites ofaxotomized neurons. In the present work, we investigated synaptological changes in alpha motoneurons from lumbar intumescence in three mice isogenic strains (C57/BL6J, AIJ and Balb/cJ), 1 and 3 weeks after sciatic nerve transection. For this purpose we studied ultrastructurally the synaptic covering of the cell soma of sciatic motoneurons after the lesion. Therefore, spinal cords from adult male mice were processed for transmission electron microscopy (TEM) and imunohistochemistry (IH). For IH, anti-MHC I and anti-synaptofisin antibodies were used, conjugated with CY2 or CY3 secondary antibodies and analyzed with a confocal microscope. The results showed a significant increased expression of MHC I in AIJ strain in comparison to Balb/cJ and C57BL/6J, 1 week after axotomy. Nevertheless, the immunoreactivity levels of this molecule 3 weeks after axotomy did not differ among the studied mice strains. Additionally, a conspicuous decrease of synaptofisin expression in A/J mice was observed 1 week after sciatic transection. Similarly to the MHC I immunolabelirlg, 3 weeks after lesion, ali mice strains showed similar levels of synaptofisin expression. The results from TEM 1 week after lesion showed a lower synaptic covering in AIJ mice in comparison to Balb/cJ and C57BL/6J, although 3 weeks after axotomy C57BL/6J displayed a lower synaptic covering, while AIJ and Balb/cJ strains recovered their afferents, We conclude that the levei of MHC I expression influences the synaptic elimination process and possibly contributes to the regenerative potencial of the axotomized neurons / Doutorado / Anatomia / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

O requisito fundamental na seleção do par doador-receptor em Transplantes de Medula Óssea (TMO) é regido pelo sistema do Complexo Principal de Histocompatibilidade, ou seja, pelos mecanismos imunológicos mediados pelas moléculas dos Antígenos Leucocitários Humanos (HLA). No entanto as incompatibilidades HLA, podem influenciar de forma negativa ou positiva os resultados dos transplantes, através da Doença do Enxerto versus Hospedeiro e o efeito do enxerto versus Leucemia (EvL) respectivamente. Ainda é desconhecido o impacto do locus HLA-DPB1* neste contexto. Assim o presente projeto tem como objetivo a avaliação do impacto do HLA-DPB1* em transplantes de pacientes consanguíneos e a ocorrência de DECH. Para a tal finalidade, tipificamos o locus em questão utilizando a metodologia PCR-SSO, onde após a reação de amplificação da cadeia pela polimerase, realizamos a hibridização com uma sequência específica de oligonucleotídeos para tipificação do Loco HLA-DPB1*. Foram analisadas 826 amostras, sendo 413 pares de receptores e seus respectivos doadores familiares, submetidos a Transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas, realizados na Unidade de Transplante de Medula Óssea de Curitiba da Universidade Federal do Paraná e da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto- USP. Observou-se que a presença de incompatibilidades HLA-DPB1* aumentam a chance dos receptores desenvolverem a doença do enxerto versus hospedeiro aguda, em graus mais graves. Assim, concluímos que a avaliação deste loco pode prevenir esta doença, e caso não haja outro doador, alerta o clínico quanto à utilização de medidas profiláticas. / The key requirement in the selection of the receptor-donor pair for bone marrow transplant is is defined by the Major Histocompatibility Complex, or by immunologic mechanisms mediated by molecules of the Human Leukocyte Antigens (HLA). However the post transplant complications due to HLA mismatches, as Graft versus Host Disease (GVHD) and graft failure are fundamental to the success of these transplants. Still unknown is the impact of loci HLA DPB1*, so this project aims to assess the impact of HLA - DPB1* in transplant patients consanguineous and assessing the impact of incompatibilities in HLA - DPB1 * GVHD. For this purpose, analyzed the loco in question using the PCR-SSO method, where after the amplification reaction polymerase chain, we performed hybridization with a sequence -specific primers for typing of HLA - DPB1* Loco. We analyzed 826 samples, 413 pairs of recipients and their respective donors, patients undergoing Hematopoietic Stem Cell Transplants performed in the Unit for Bone Marrow Transplantation in Curitiba, Federal University of Paraná and the Faculty of Medicine of Ribeirão Preto - USP. It was observed that the presence of mismatches HLA- DPB1* increase the chance of recipients develop chronic graft versus host disease, in more severe degrees. Thus, we conclude that the evaluation of this loci can prevent this disease and if no other donors alert the clinician to the use of prophylactic measures.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-11T20:37:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-11T20:38:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-11T20:38:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-01-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The HLA-E locus is a Human Major Histocompatibility Complex (MHC) gene associated with immune-modulation and suppression of the immune response by the interaction with specific NK and T cell receptors. The HLA-E gene is considered the most conserved locus in the human HLA; however, this low variability might be a consequence of the scarce number of studies focusing this subject. In this mastering thesis we assessed the HLA-E coding and 3’ untranslated region variability in a group of individuals from Brazil and the results were evaluated together with data from the 1000Genomes Consortium. Altogether, only 28 variation sites were found in approximately 2724 bp evaluated. These variation sites were arranged into 33 haplotypes, most of them (98.2%) encoding one of the two HLA-E molecules found worldwide, i.e., the molecules associated with the allele groups E*01:01 and E*01:03. Interestingly, 85% of all haplotypes were represented by only three different sequences, each of them associated with one of the main known HLA-E coding alleles, E*01:01:01, E*01:03:01 and E*01:03:02, all of them found worldwide. This phenomenon, together with the comparisons with other primate sequences, reveals that these two main allele groups (and molecules) arose early before human speciation, and indicates that E*01:03:01 might be the oldest allele. In addition, the low nucleotide diversity found for the HLA-E coding and 3’UTR in worldwide populations suggests that the HLA-E gene is in fact a conserved gene, which might be a consequence of its key role in the modulation of the immune system. / O loco HLA-E é um gene do Complexo Principal de Histocompatibilidade Humano (MHC), cujo produto está relacionado com a modulação e supressão da resposta imunitária por meio da interação com receptores específicos das células NK e linfócitos T. O gene HLA-E é considerado o loco menos polimórfico dos genes do complexo HLA, no entanto, esta baixa variabilidade pode ser uma consequência do pequeno número de estudos realizados sobre esse tema. No presente trabalho, a variabilidade das regiões codificadoras e 3’ não traduzida do gene HLA-E foi analisada em amostras brasileiras e os resultados foram comparados com dados obtidos pelo projeto 1000Genomes. Considerando todas as populações avaliadas, apenas 28 pontos de variação foram encontrados em uma região de aproximadamente 2724-pb. Estes pontos de variação estão arranjados em 33 haplótipos diferentes, a maioria deles (98%) codificando uma das duas moléculas HLA-E frequentemente encontradas, E*01:01 e E*01:03. Ainda, 85% dos haplótipos encontrados foram representados por apenas três sequências diferentes, cada uma deles associada a um dos principais alelos da região codificadora do gene HLA-E, E*01:01:01, E*01:03:01 e E*01:03:02. Todas essas sequências foram encontradas em todas as populações avaliadas. Este fenômeno, em conjunto com as comparações envolvendo sequências de primatas, sugere que estes dois grupos de alelos principais (e moléculas) surgiram antes da especiação e dispersão humana, além de indicar que o alelo E*01:03:01 pode ser o mais antigo dentre os demais. Ainda, a baixa diversidade nucleotídica encontrada para a região codificadora e 3' NT do gene HLA-E em populações de todo o mundo sugere que este gene é, de fato, bastante conservado, provavelmente devido ao seu papel chave na modulação das respostas imunes.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2017-09-13T17:35:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana Paiva Lopes - 2014 .pdf: 2192084 bytes, checksum: e551c174d821b3b398247680a94c40cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-09-19T13:59:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana Paiva Lopes - 2014 .pdf: 2192084 bytes, checksum: e551c174d821b3b398247680a94c40cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T13:59:44Z (GMT). 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Whereas the bladder urothelium can constantly be the target of inflammatory processes and as the main forms of treatment of bladder tumors are immunotherapy, the genetic profile of an individual can influence susceptibility to this type of injury. In this study, we analyzed the structure and variability of the regulatory region of the TNF gene in Brazilian samples and the results were compared with data obtained by 1000Genomes project. A study of association between polymorphisms of the promoter region of TNF and bladder carcinoma patients in the state of São Paulo in Ribeirão Preto, in our analysis was conducted there was no relationship of the data found with bladder carcinoma. In all evaluated populations we found 15 variation points, found in 11 Brazilian and 15 variation points found in the 1000Genomes data, these variation points are arranged in 20 different haplotypes. These haplotypes with comparisons involving primate sequences indicated that one allele arose before the main speciation and human dispersion. Two strains were defined by haplotype relationships and are probably very old in human evolutionary history, since all populations evaluated showed haplotypes belonging to each of these strains. The frequency of haplotype H01 is the highest among all populations evaluated. However, the haplotype H12, although at reduced frequency compared to H01 is probably the oldest haplotype in part by the second line being shared with other primates. / O gene do Fator de Necrose Tumoral (TNF) humano está localizado no MHC (Complexo Principal de Histocompatibilidade) central, região conhecida como classe III. Este gene codifica uma citocina pró-inflamatória importante, produzida principalmente por macrófagos, que tem sido relacionada com diversas doenças, como as autoimunes e as degenerativas. Estudos indicam que polimorfismos do TNF podem influenciar seu nível de expressão e atividade e, portanto, poderiam influenciar a susceptibilidade a tumores. Considerando que o urotélio vesical pode ser constantemente alvo de processos inflamatórios e que as principais formas de tratamento de tumores vesicais são imunoterápicos, o perfil genético de um indivíduo pode influenciar a susceptibilidade a esse tipo de lesão. Neste estudo analisamos a estrutura e a variabilidade da região regulatória do gene TNF em amostras brasileiras e os resultados foram comparados com dados obtidos pelo projeto 1000Genomes. Foi realizado um estudo de associação entre polimorfismos da região promotora do TNF e o carcinoma vesical em pacientes do estado de São Paulo da cidade de Ribeirão Preto, nas nossas análises não houve relação dos dados encontrados com o carcinoma vesical. Considerando todas as populações avaliadas foram encontrados 15 pontos de variação, 11 encontrados nas amostras brasileiras e 15 encontrados nos dados do projeto 1000Genomes, esses pontos de variação estão arranjados em 20 haplótipos diferentes. Esses haplótipos em conjunto com as comparações envolvendo sequências de primatas indicam que um alelo principal surgiu antes da especiação e dispersão humana. Duas linhagens foram definidas pelas relações haplotípicas e são, provavelmente, muito antigas na história evolutiva humana, já que todas as populações avaliadas apresentaram haplótipos pertencentes a cada uma destas linhagens. A frequência do haplótipo H01 é a mais alta entre todas as populações avaliadas. No entanto, o haplótipo H12, embora com frequência reduzida quando comparado com o H01, provavelmente é o haplótipo mais antigo em parte por esta segunda linhagem ser compartilhada com outros primatas.