En utilisant comme cas d’étude le mouflon Méditerranéen (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), les objectifs de cette thèse étaient de mieux comprendre comment sont liés diversité génétique, comportement des individus, flux de gènes et dynamique parasitaire. Au travers d’approches de génétique des populations et de génétique du paysage, nous avons pu mettre en évidence que la structure génétique spatiale de la population étudiée était impactée par son histoire d’introduction, sa structure socio-spatiale et le paysage dans lequel elle évolue. Etant donné l’impact de ces divers éléments sur les flux de gènes des mouflons, nous nous attendions à ce qu’ils déterminent également les flux de parasites dans la population. Nos résultats ont, au contraire, révélé que les parasites circulent mieux que les gènes de mouflons dans la population. Enfin, nous avons montré que les capacités de résistance des hôtes face à leurs parasites dépendaient de la diversité génétique neutre et adaptative, notamment de l’hétérozygotie d’un gène lié à l’immunité. Les résultats de ce travail décrivent avec précision la distribution de la variabilité génétique et son lien avec les risques sanitaires dans la population d’étude, apportant ainsi des informations cruciales pour la mise en place de stratégies de gestion et de conservation des populations de mouflons dans le contexte actuel de changements globaux et de réémergences de maladies. / Using as a case study the Mediterranean mouflon (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), we aimed at better understanding how are linked genetic diversity, individual behaviour, gene flows and parasitic dynamic. Using population and landscape genetics approaches, we showed that the spatial genetic structure of the studied population was determined by its introduction history, its socio-spatial structure and the landscape in which it evolves. Given the impact of these elements on mouflon gene flow, we expected them to also determine parasite transmission in the population. Our results nevertheless evidenced that parasite are better dispersed than mouflon genes. Finally, we showed that host resistance to parasites depends on neutral and adaptive genetic diversity, and more specifically on heterozygosity at a immunity-linked locus. Our results precisely describe genetic variability spatial distribution and its link with sanitary risks in the studied population, bringing crucial information for wild sheep population management and conservation in the current context of global changes and disease reemergence.

Si les parasites sont étudiés depuis très longtemps, la plupart des connaissances concernent des parasites présentant un intérêt médical ou vétérinaire. Ainsi, malgré leur omniprésence au sein du monde vivant, le rôle des infections parasitaires sur les populations naturelles est encore très mal maîtrisé. <br />Un objectif de ce travail était d'étudier la pathogénicité de deux groupes de parasites (tiques et Haemosporidae) au sein de populations de Merles noirs. Ces deux groupes de parasites se sont révélés associés aux indices de condition corporelle et de réponse immunitaire des individus. Cependant, l'étude d'une population urbaine ne nous a pas permis de confirmer un effet des Haemosporidae sur la survie et la dynamique de la population de Merles.<br />L'incidence du milieu de vie (structuration spatiale) sur le fonctionnement de la relation hôte-parasite a été également abordée. En effet, le Merle est une espèce ubiquiste. Nous avons montré que les populations de milieu urbanisé présentent des infections parasitaires plus faibles que celles vivant en milieu forestier. Ce résultat pourrait expliquer en partie les fortes densités de Merles en zones urbaines, même si d'autres interprétations restent bien sûr envisageables.<br />Enfin, divers travaux récents suggèrent le rôle des caroténoïdes comme lien entre l'immunité des mâles et l'intensité de leur signaux colorés. Cependant, ces études utilisent des mesures de l'immunité par challenge immunitaire pour « mimer » les infections parasitaires. Cette démarche a été récemment discutée car les challenges pourraient ne pas toujours refléter la résistance parasitaire. Nos résultats vont dans ce sens. De plus, nos travaux semblent montrer que le contexte social module la relation entre immunité et signaux colorés. Ceci pourrait remettre partiellement en cause l'idée selon laquelle les caroténoïdes constituent un mécanisme universel garant de l'honnêteté des signaux.

Dans l'environnement, les organismes sont soumis à des stress de multiples natures (e.g., polluants et pathogènes/parasites). Dans ce contexte, le système immunitaire joue un rôle fondamental. La pression chimique exercée par les polluants peut impacter leur système immunitaire, affaiblir leur santé et les prédisposer à contracter des maladies infectieuses. En écotoxicologie, l'évaluation de marqueurs d'immunocompétence peut servir à diagnostiquer l'état de santé des organismes et mieux comprendre le danger immunotoxique des xénobiotiques. Lymnaea stagnalis est un gastéropode d'eau douce représentatif de nombreux milieux lentiques sur la planète. Des tests OCDE de reprotoxicité sont disponibles mais peu d'études se sont focalisées sur des paramètres immunotoxiques. Le premier axe de la thèse se porte sur la connaissance et le développement de méthodes pour évaluer l'immunocompétence de manière répétée à l'échelle individuelle chez L. stagnalis. Le deuxième axe évalue cette approche multibiomarqueurs dans différents contextes écotoxicologiques. Plusieurs populations (élevages vs terrain), temps d'expositions (3 vs 29 – 44 jours), concentrations d'exposition (environnementales vs non réalistes) et contaminants ont été évalués : des médicaments (les anti-cancéreux Etoposide et cyclophosphamide, l'anti-rejet de greffes cyclosporine A et l'antiinflammatoire diclofenac), l'insecticide deltaméthrine, le métal cadmium et des effluents de station d'épuration. Des comparaisons entre des traits de vie et des traits immunitaires ont été réalisées. La réflexion est bâtie sur les questionnements relatifs à (i) la sensibilité de l'approche, (ii) le temps de réponse des marqueurs, (iii) leur précocité physiologique, (iv) la transposition d'immunotoxicité de xénobiotiques entre le phylum des chordata et L. stagnalis et (vi) l'utilisation pratique de L. stagnalis (élevages, collecte en milieu naturel, calibration, reproduction) / In natural environments, animals encounter multiple stresses (e.g., pollutants and pathogens/ parasites). In this context, the immune system plays a pivotal role. Chemical insults from pollutants can jeopardize the immune system of these animals, weaken their health and make them vulnerable to contracting infectious diseases. In ecotoxicology, assessment of immunocompetence markers can be used to diagnose the health of organisms and better understand the immunotoxic hazard of xenobiotics. Lymnaea stagnalis is a freshwater gastropod representative of several lentic ecosystems on the planet. OECD reprotoxicity tests are available using this species, but too few studies have focused on immunotoxic parameters. The first part of this thesis covers the description, comprehension and development of the methods used to assess the immunocompetence at an individual scale and repeatedly within an experiment in L. stagnalis. The second part assesses this multibiomarker approach in several ecotoxicological contexts. Several populations (laboratory-bred vs collected in the field), time exposures (3 vs 29–44 days), concentrations (environmental vs unrealistic) and contaminants were evaluated : pharmaceuticals (the anti-cancer drugs etoposide and cyclophosphamide, the anti-xenograft rejection drug cyclosporine A, the anti-inflammatory drug diclofenac), the insecticide deltamethrin, the metal cadmium and wastewater treatment plant effluents. The general reasoning is built on questions relative to (i) the sensitivity of the approach, (ii) the rapidity of the response, (iii) their physiological precocity of alteration (immune vs life-history traits), (iv) the transposition of xenobiotic immunotoxicity between L. stagnalis and the Chordata phylum and (vi) the pragmatic use of L. stagnalis (breeding, collection in the environment, calibration and reproduction)

L'émergence de l'éco-immunologie a permis une approche intégrative de l'étude des interactions hôtes-parasites allant des mécanismes moléculaires de la réponse immunitaire au rôle de l'immunocompétence dans l'évolution des traits d'histoire de vie. Dans ce contexte, cette thèse a pour but d'étudier les variations de l'immunocompétence dans deux populations naturelles de chevreuils vivant en milieux contrastés. Cependant, les méthodes disponibles pour caractériser le système immunitaire dans les populations naturelles sont peu nombreuses et peu adaptées. Aussi les objectifs de cette thèse étaient i) d'identifier et mettre au point des méthodes permettant de caractériser le système immunitaire du chevreuil, ii) d'étudier le lien entre les différents déterminants de l'immunocompétence, et iii) d'étudier les variations de l'immunocompétence en lien avec la condition physique d'une part, et avec un caractère sexuel secondaire d'autre part. Nous avons mesuré plusieurs composantes de l'immunité prenant en compte les aspects descriptifs, comme la numération des leucocytes, et fonctionnels, avec le test d'hémagglutination-hémolyse, la prolifération lymphocytaire ou la phagocytose. Nous avons mis en évidence une corrélation négative entre les deux déterminants de l'immunité, la condition physique et le parasitisme. Nous avons également montré un déclin des paramètres hématologiques et biochimiques avec l'âge (sénescence). Ensuite, nous avons montré des relations entre l'immunocompétence et la condition physique ou la taille des bois. Ces travaux corroborent différentes hypothèses de l'écologie évolutive / Ecoimmunology focuses on an integrative approach of host-pathogens interactions from the molecular mechanics of immune responses to the role of immunity in shaping the evolution of life history traits. Here, we proposed to study the variation of immunocompetence in two natural contrasted populations of roe deer. However, available methods to characterize immune system in wild populations are still limited. Consequently, in this context, the goals of this work were i) to identify methods to investigate the roe deer immune system and to adapt these methods developed for other species to roe deer, ii) to study the relationships between potential drivers of immunocomptence, including body condition and parasitism, and iii) to study variation of immunocompetence with body condition on one hand, and in the context of sexual selection, with secondary sexual characters on the other hand. We measured simultaneously several components of immunity including descriptive measures, as numeration of leucocytes subsets, and functional measures with hemagglutination-hemolysis, lymphocyte proliferation by mitogens stimulation or phagocytosis. We found a negative correlation between body condition and parasitism and senescence patterns in haematological and biochemical parameters. Moreover, we showed variations of immunocompetence with body condition and secondary sexual characters. This work corroborates some hypotheses of evolutionary biology