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Paralelização em CUDA/GLSL do algoritmo SIFT para reconhecimento de íris / A CUDA/GLSL parallelization of SIFT algorithm for iris recognition

Luiz Fernando Rosalba Telles de Sousa 28 February 2012 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho é estudada a viabilidade de uma implementação em paralelo do algoritmo scale invariant feature transform (SIFT) para identificação de íris. Para a implementação do código foi utilizada a arquitetura para computação paralela compute unified device architecture (CUDA) e a linguagem OpenGL shading language (GLSL). O algoritmo foi testado utilizando três bases de dados de olhos e íris, o noisy visible wavelength iris image Database (UBIRIS), Michal-Libor e CASIA. Testes foram feitos para determinar o tempo de processamento para verificação da presença ou não de um indivíduo em um banco de dados, determinar a eficiência dos algoritmos de busca implementados em GLSL e CUDA e buscar valores de calibração que melhoram o posicionamento e a distribuição dos pontos-chave na região de interesse (íris) e a robustez do programa final. / Present work studies the feasibility of a parallel implementation of the scene recognition algorithm SIFT for iris recognition. The code was built using the Compute Unified Device Architecture (CUDA) and the shading language GLSL. The algorithm was tested using three databases containing eyes and iris, the UBIRIS, Michal- Libor and CASIA. Tests were made for: analyzing the requested time for checking if an subject is or is not present on current database, the efficiency of the search algorithms written in CUDA and GLSL, the search for calibration values that improve keypoints position and distribution through the region of interest (iris), analyzing the reliability of the final code.
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Driver's Gaze Zone Estimation in Realistic Driving Environment by Kinect

Luo, Chong 07 September 2018 (has links)
Driver's distraction is one of the main areas, which researchers are focusing on, in design of Advanced Drivers Assistance Systems (ADASs). Head pose and eye-gaze direction are two reliable indicators of a driver's gaze and the current focus of attention. Compared with other methods that make use of head pose only, methods that combine eye information can achieve higher accuracy. The naturalistic driving environment always presents unique challenges (e.g., unstable illumination, jolts, etc.) to video-based gaze estimation and tracking systems. Some methods can achieve relatively high proficiency in the stationary laboratory environment, but they may not be suitable for the unstable driving environment. In addition, performing in real time or near-real time is another consideration for gaze estimation in an ADAS. Therefore, these special challenges need to be overcome to design ADASs. In this thesis, we proposed a new driver's gaze zone estimation framework designed for the naturalistic driving environment. The framework combines head and eye information to estimate the gaze zone of the driver in both daytime and nighttime. The framework is composed of five main components: Facial Landmark Detection, Head Pose Estimation, Iris Center Detection, Upper Eyelid Information Extraction, and Gaze Zone Estimation. First, Constrained Local Neural Field (CLNF) is applied to obtain the facial landmarks in the image plane and the 3D model of the face in the object frame. In addition, extracting region of interest (ROI) is utilized as an optimization strategy for CLNF facial landmark detection. Second, head pose estimation can be regarded as a Perspective-n-Point (PnP) problem. Levenberg-Marquardt optimization method is used to solve the PnP problem based on the 2D landmark locations in the image plane and their corresponding 3D locations in the object frame. Third, a regression model-based method is employed to obtain the iris center from eye landmarks detected in the previous part. For upper eyelid information extraction, a quadratic function is utilized to model the upper eyelid, and the second-order coefficient is extracted. Finally, the head pose and the eye information are combined to form a feature vector, and Random Decision Forest classifier is utilized to estimate the current gaze zone of the driver from the feature vector extracted. The experiment is carried out in the realistic driving environment in both daytime and nighttime with three volunteers by Kinect sensor V2 for Windows that is put at the back of windshield. Weighted and unweighted accuracy are utilized as evaluation metrics in gaze zone estimation. Weighted accuracy evaluates gaze zones with different significance while unweighted accuracy treats each gaze zone equally. Experiment results show that the gaze zone estimation framework proposed in this work has better performance compared to the reference in the daytime. The weighted and unweighted accuracy of gaze zone estimation reach 96.6% and 95.0% for daytime, respectively. For nighttime, the weighted and unweighted accuracy can reach 96% and 91.4%.
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Seguimiento 3D de Rostros e Iris Mediante Moldes Antropométricos

Lazcano González, Vanel Andrés January 2006 (has links)
En el seguimiento de rostros e iris existe una gran cantidad de trabajos publicados, basados en diferentes técnicas consideras invasivas como: montaje de dispositivos electrónicos (electrodos, cámaras). Aprovechando la mayor velocidad de procesamiento alcanzada por los computadores personales y la disminución de costos de los sistemas de adquisición de video, se han desarrollado diferentes métodos no invasivos para el seguimiento de iris y rostros. En el Departamento de Ingeniería Eléctrica de la Universidad de Chile, se desarrolló un método no invasivo de seguimiento de iris que consiste en tres etapas: detección gruesa de la posición del rostro, detección fina y estimación del tamaño del rostro, y detección de la posición y tamaño del iris. La detección gruesa usa la metodología de Maio y Maltoni. La detección fina se realiza con una integral de línea, utilizando un molde antropométrico del rostro inclinado en el eje coronal, transversal y sagital, sobre una imagen direccional de entrada, estimándose así la posición, inclinación y tamaño del rostro. Conociendo estos valores es posible definir zonas de búsqueda más probables del iris. En la que se busca la posición y tamaño del iris recorriéndola con unos moldes semicirculares. Para el desarrollo de los nuevos moldes antropométricos y validación de la metodología, se construyeron bancos de imágenes estáticas de 5 individuos con rotaciones en el eje transversal. Los individuos rotaron sus rostros desde -45º a 45º con un paso de 15º. Además se construyeron 4 secuencias de video para los mismos individuos, que rotan sus rostros en el eje transversal y coronal. Se construyeron 4 secuencias de video de individuos que rotan su rostro en el eje sagital. Con estos bancos de imágenes se construyeron modelos empíricos de la variación de las posiciones de las características antropométricas del rostro y la excentricidad del rostro, frente a las rotaciones, transversales y sagitales. Finalmente se construyeron 4 secuencias de video de individuos que rotan su rostro en los 3 ejes. La metodología desarrollada se evaluó en el banco de secuencias de video para las rotaciones en los diferentes ejes. Para la rotación transversal se obtuvo que en todas las secuencias el desempeño es mayor que 89% y en 2 alcanza el 100%. Para el caso de la detección del iris se observa que el porcentaje de detección correcta fue mayor que 75% y en 2 secuencias fue mayor que 90%. Para el seguimiento sagital se obtuvo que la detección de rostros en tres de las secuencias fue más de 89% sólo en una se tiene 78%, en una alcanza 99%. Para el caso de la detección del iris se observa que el porcentaje de detección correcta fue mayor que 89% en 3 de las secuencias y en 1 secuencia mayor que 86%. En la rotación 3D se obtuvo valores de la tasa de detección correcta del rostro en tres secuencias mayores que 93% y en sólo una es de 18%. La tasa de detección correcta del iris sólo en una secuencia presenta un valor de 83%, en otra se alcanza 89% y en dos de ellas se supera el 90% de detección correcta. La metodología desarrollada para el seguimiento de rostros selectiva en el eje transversal con un paso de 20º, en el sagital con paso de 20º y en el coronal con paso de 15º. Se midieron los tiempos de procesamiento para rotaciones coronal-transversal y 3D. Para estos ejes se obtuvo un tiempo promedio de 0,020 s, y 0,028 s respectivamente, pudiéndose procesar hasta 50 imágenes y 35 imágenes por segundos respectivamente. Estos tiempos se midieron en un computador Pentium 4 de 3,2 GHz. Estos resultados permiten aplicar la metodología en tiempo real.
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Cuenta de leucocitos en frotis sanguíneo como alternativa de campo al método del hemocitómetro en especímenes de trucha arcoíris (Oncohynchus mykiss) clínicamente sanos

Salgado Schüler, Pablo Andrés January 2017 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La hematología ha mostrado ser una buena herramienta para apoyar al diagnóstico de diversas condiciones en animales. En peces destinados a producción, es necesario estudiar y estandarizar las metodologías para obtener parámetros sanguíneos y así contar con indicadores que aporten al control sanitario. El recuento de leucocitos totales otorga información en relación al estatus inmunológico, pero los métodos validados representan cierta dificultad al momento de su uso en terreno ya que requieren implementos de laboratorio y personal calificado para su ejecución. Por ello, el objetivo principal fue establecer un método de recuento indirecto de leucocitos totales en frotis sanguíneo en individuos de trucha arcoíris clínicamente sanos, como alternativa al método estándar utilizado comúnmente en laboratorio. En dos muestreos separados por 2 semanas se obtuvo muestras de sangre en tubos con heparina litio de 54 ejemplares de trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) procedentes de la piscicultura Río Blanco, Quinta región. A cada muestra se le realizaron recuentos totales de leucocitos mediante el método directo del hemocitómetro en cámara de Neubauer (RTL-CN) y recuentos totales de leucocitos por método indirecto en frotis sanguíneo (RTL-FS). El promedio de recuento en RTL-CN fue 19.499 leucocitos/μL con coeficiente de variación (CV) de 47,88%. El promedio de recuento en RTL-FS fue 43.552 leucocitos/μL con coeficiente de variación de 32,18%. Estos resultados muestran un menor coeficiente variación en el recuento indirecto (RTL-FS) lo que podría deberse a la rigurosidad con que se trabajó la preanalítica y analítica del método, condiciones que son puntos críticos en la ejecución de los recuentos celulares. La correlación entre ambos métodos fue de 0,65 (p<0,0001) positiva y estadísticamente significativa, pero no suficiente para validar el recuento indirecto según lo sugerido por la literatura (≥0,80) aún cuando es más alta que la obtenida por Veliz (2013) bajo la misma metodología, lo que sugiere la posibilidad de ser utilizada en estimaciones de leucocitos. Basado en lo anterior, se postuló un modelo matemático predictor de valores promedio de recuento de leucocitos en cámara de Neubauer a partir de recuentos de leucocitos realizados en frotis sanguíneo. De acuerdo a lo referido hasta ahora en la literatura, este sería el primer modelo matemático descrito con el objetivo principal de generar una herramienta de apoyo al diagnóstico que pueda ser utilizada en el monitoreo de leucocitos totales en peces a nivel de terreno / Hematology has shown to be very useful as a diagnostic approach tool in several animal conditions. Particularly, in fish culture species is necessary to study and standardize methodologies in order to obtain reliable blood parameters to assess sanitary control. White blood cell (WBC) counts bring relevant information of the immunologic status in fish, but validated laboratory methods are time consuming and require qualified people to develop them. The aim of this study was to establish an indirect WBC count in blood smears as an alternative method to the hemocytometer in Neubauer chamber. Fifty four rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) specimens from Río Blanco fish farm, located in the Fifth Region, were sampled twice separated by 2 weeks. In each fresh blood sample WBC counts were performed by a direct hemocytometer method in Neubauer chamber (RTL-CN) and by an indirect method in blood smears (RTL-FS). The average count in RTL-CN was 19,499 leucocytes/μL with a variation coefficient (CV) of 47.88%. The average count in RTL-FS was 43,552 leucocytes/μL with a variation coefficient of 32.18%. This results show a less CV in the indirect method (RTL-FS) which may be explained by the accuracy in preanalytic and analytic work, requirements that are essential and critical in manual cell counts. The correlation between both methods was 0.65 (p<0,0001) positive and statistically significant, higher than the one obtained in a similar study (Veliz, 2013), but not enough to be validated, although it suggests the indirect method could be used in leucocyte estimations in blood smears. Based on the above and other statistical information obtained in this work, we propose a mathematical predictive model of WBC counts obtained by means of smear leucocyte counts, which in our understanding, is the first screening hematological tool for fish leucocytes
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Respuesta inmunológica de trucha arcoiris (Oncorhynchus mykiss) frente a la estimulación con la proteína VP1 recombinante del virus de la necrosis pancreática infecciosa: relevancia de los linfocitos TH1 y TH

Trujillo Imarai, Agustín Alejandro January 2018 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias / La necrosis pancreática infecciosa es una enfermedad que afecta principalmente a los peces salmónidos, generando un impacto a nivel mundial por las mortalidades y las pérdidas económicas. El agente responsable de esta enfermedad es un virus RNA doble hebra que posee dos segmentos; el segmento A que codifica para una poliproteína que posteriormente a origen a las proteínas de la cápside viral VP2 y VP3. El segmento B codifica para la proteína VP1, que es un RNA polimerasa RNA dependiente. El alto peso molecular de VP1 sugiere que esta podría ser una proteína altamente inmunogénica y por lo tanto un buen candidato para el diseño de vacunas recombinantes. Con el objetivo de evaluar sus propiedades inmunogénicas, VP1 fue expresada en Escherichia coli, utilizando el vector de expresión pET21a/VP1, y purificada bajo condiciones desnaturantes. Se inmunizaron truchas arcoíris con VP1 y se analizó la respuesta linfocitaria, a través de ensayos de proliferación y análisis de transcritos mediante qRT-PCR. VP1r indujo un aumento en la expresión transcripcional de IFNγ, IL-12, T-bet e IL-4/13 A de los órganos linfoides de la trucha, además indujo proliferación en ensayos de re-estimulación in vitro. Estos resultados sugieren que VP1r es una proteína que induce una respuesta linfocitaria tipo Th1 y Th2 / Infectious pancreatic necrosis is a disease that mainly affects salmonid fish, generating a global impact due to mortalities and economic losses. The agent responsible for this disease is a double-stranded RNA virus that has two segments; segment A that codes for a polyprotein that subsequently originates the viral capsid proteins VP2 and VP3. Segment B encodes VP1 protein, which is an RNA-dependent RNA polymerase. The high molecular weight of VP1 suggests that this could be a highly immunogenic protein and therefore a good candidate for the design of recombinant vaccines. In order to evaluate its immunogenic properties, VP1r was expressed in Escherichia coli, using the expression vector pET21a / VP1, and purified under denaturing conditions. Rainbow trout were immunized with VP1r and the lymphocyte response was analyzed, through proliferation assays and transcript analysis by qRT-PCR. VP1r induced an increase in the transcriptional expression of IFNγ, IL-12, T-bet and IL-4/13 A of the lymphoid organs of the trout, and induced proliferation in vitro re-stimulation assays. These results suggest that VP1r is a protein that induces a Th1 and Th2 type lymphocyte response / Financiamiento: Proyecto Fondecyt 1161045 RCUK - Conicyt MR-N2625X1
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Paralelização em CUDA/GLSL do algoritmo SIFT para reconhecimento de íris / A CUDA/GLSL parallelization of SIFT algorithm for iris recognition

Luiz Fernando Rosalba Telles de Sousa 28 February 2012 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho é estudada a viabilidade de uma implementação em paralelo do algoritmo scale invariant feature transform (SIFT) para identificação de íris. Para a implementação do código foi utilizada a arquitetura para computação paralela compute unified device architecture (CUDA) e a linguagem OpenGL shading language (GLSL). O algoritmo foi testado utilizando três bases de dados de olhos e íris, o noisy visible wavelength iris image Database (UBIRIS), Michal-Libor e CASIA. Testes foram feitos para determinar o tempo de processamento para verificação da presença ou não de um indivíduo em um banco de dados, determinar a eficiência dos algoritmos de busca implementados em GLSL e CUDA e buscar valores de calibração que melhoram o posicionamento e a distribuição dos pontos-chave na região de interesse (íris) e a robustez do programa final. / Present work studies the feasibility of a parallel implementation of the scene recognition algorithm SIFT for iris recognition. The code was built using the Compute Unified Device Architecture (CUDA) and the shading language GLSL. The algorithm was tested using three databases containing eyes and iris, the UBIRIS, Michal- Libor and CASIA. Tests were made for: analyzing the requested time for checking if an subject is or is not present on current database, the efficiency of the search algorithms written in CUDA and GLSL, the search for calibration values that improve keypoints position and distribution through the region of interest (iris), analyzing the reliability of the final code.
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Estudo da relação entre a glicemia e a coloração das íris humanas através do processamento digital de imagens

Ghisi, Laércio Braz January 2005 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2013-07-15T22:43:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 223490.pdf: 4397759 bytes, checksum: a4bb6ffe2d419c3f3196c8c7e190b7e7 (MD5) / Objetivo: Determinar a correlação entre a glicemia e a coloração das íris, em voluntários diabéticos e não diabéticos, através de fotografias digitais das íris, processadas em programa de computador. Método: Utilizaram-se um dispositivo óptico de aquisição de imagens das íris humanas e um programa de computador, especialmente elaborado para extrair parâmetros relativos à cor das imagens. Realizou-se um estudo em 24 voluntários. Foram efetuadas coletas, divididas em 10 sessões, com o registro de imagens de ambas as íris de todos os voluntários, imediatamente após a medida dos níveis de glicose através da glicemia capilar. Com todos os dados disponíveis, foi efetuada a análise estatística e a correlação foi avaliada. Resultados: Verificou-se que a grande maioria dos setores das íris analisadas apresentou correlação entre -0,7 e 0,7. Observou-se, ainda, que ocorreram correlações positivas e negativas em ambas as íris. Nas íris direitas, as correlações positivas foram mais freqüentes, enquanto que, nas íris esquerdas, as correlações negativas foram mais comuns. Evidenciou-se, também, que não houve relação significativa entre a idade dos voluntários, o tempo de evolução do diabetes mellitus e a intensidade da correlação com que as cores das íris variaram com a glicemia. Conclusão: A análise dos resultados obtidos, após os procedimentos realizados de acordo com o protocolo e a metodologia utilizados, permitiu-nos concluir que a variação dos níveis de glicemia provocou alterações nas cores das imagens fotográficas das íris humanas. Objective: To determine the correlation between glycemia and the coloration of the iris, in diabetic and non-diabetic volunteers, through digital photographs of the irises processed by computer program. Method: An optical device for human iris image acquisition and a computer program specially developed to extract parameters relative to the color of the images were used. Twenty-four volunteers were studied. All volunteers underwent ten sessions in which the levels of capillary glycemia were measured and the images of both irises were recorded. Then, using the data collected, the statistical analysis was carried out and the correlation evaluated. Results: It was found that the great majority of the sectors of the irises analyzed showed a correlation between -0,7 and 0,7. It was also observed that positive and negative correlations occurred in both irises. In the right irises, positive correlations were more frequent, while in the left, negative correlations were more common. It was found that the ages of the volunteers bore no significant relationship to the results. It was also found that there was no significant relationship between the time of evolution of diabetes mellitus and the intensity of the correlation with which the colors of the irises varied with the level of glycemia. Conclusion: The analysis of the results obtained, following procedures carried out in accordance with the protocol and methodology utilized, allowed us to conclude that the variation in the levels of glycemia provoked alterations in the colors of the photographic images of human irises. Objective: To determine the correlation between glycemia and the coloration of the iris, in diabetic and non-diabetic volunteers, through digital photographs of the irises processed by computer program. Method: An optical device for human iris image acquisition and a computer program specially developed to extract parameters relative to the color of the images were used. Twenty-four volunteers were studied. All volunteers underwent ten sessions in which the levels of capillary glycemia were measured and the images of both irises were recorded. Then, using the data collected, the statistical analysis was carried out and the correlation evaluated. Results: It was found that the great majority of the sectors of the irises analyzed showed a correlation between -0,7 and 0,7. It was also observed that positive and negative correlations occurred in both irises. In the right irises, positive correlations were more frequent, while in the left, negative correlations were more common. It was found that the ages of the volunteers bore no significant relationship to the results. It was also found that there was no significant relationship between the time of evolution of diabetes mellitus and the intensity of the correlation with which the colors of the irises varied with the level of glycemia. Conclusion: The analysis of the results obtained, following procedures carried out in accordance with the protocol and methodology utilized, allowed us to conclude that the variation in the levels of glycemia provoked alterations in the colors of the photographic images of human irises.
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Estudio de Métodos para Detección y Seguimiento de Rostros Frontales en Imágenes Digitales: Transformada Elíptica Lineal y Moldes PSO

Aravena Cereceda, Carlos Marcelo January 2009 (has links)
La detección y localización de rostros es una de las áreas de investigación más activa en el ámbito del procesamiento digital de imágenes, debido a que es un componente principal para muchos sistemas de identificación y seguimiento de rostros, así como también para aplicaciones con interfaces hombre-máquina. Esto, apoyado por las predicciones de un fuerte crecimiento en el mercado biométrico mundial, hacen que sea de gran relevancia la búsqueda de nuevos métodos de detección de rostros, más rápidos y precisos, que se adapten de manera robusta a ambientes y condiciones complejas. En particular, está demostrado que las aplicaciones de reconocimiento de rostros dependen en gran medida de la exactitud con que se realiza su localización, motivo por el cual, es necesario contar con métodos que permitan un mayor grado de certeza en la estimación de la posición del rostro. En esta tesis, se estudiaron dos nuevos métodos que apuntan a resolver de mejor manera este problema. El primero de ellos permite obtener información precisa acerca del rostro, como son su posición, excentricidad, tamaño y rotación coronal. Este método, basado en la Transformada Elíptica Lineal (LET), asocia una elipse al rostro y funciona transformando el contorno semi elíptico inferior de la cara en un borde vertical en el espacio de salida. La detección de dicho borde, permite estimar los parámetros de la elipse que se ajusta de mejor manera al rostro. La metodología fue probada sobre las bases de datos de Purdue, Caltech, FERET y Yale-B, obteniendo tasas de localización 98.2 %, 95.3 %, 95.7 % y 79.6 % respectivamente. La segunda parte de este trabajo consistió en estudiar la optimización de moldes direccionales mediante la utilización de enjambres de partículas (Particle Swarm Optimization). La optimización tuvo por objetivo el mejorar el desempeño y selectividad de los moldes y el disminuir el tiempo de procesamiento, a la vez de estudiar el efecto de generar moldes personalizados para un individuo o situación particular. Los resultados muestran una leve mejora sobre los moldes originales de un 2 % a 3 % en las tasas de localización, pero con una reducción de 40 % en el tiempo de cálculo y una mucho mayor selectividad, lo que los hace más robustos. Las tasa de localización sobre la base de datos de Yale-B es de aproximadamente un 82 %. También, se probó la eficacia del método al ser usado en conjunto con un detector de iris para estimar la posición de los ojos en imágenes estáticas de la base de datos de Purdue, obteniéndose tasas de detección de iris por sobre el 98 % para criterios de error muy exigentes. Ambas metodologías fueran comparadas con el detector internacionalmente utilizado propuesto por Viola y Jones, obteniendo tasas de localización muy similares. En el caso de Yale-B los métodos propuestos en esta Tesis son ampliamente superiores, demostrando su robustez frente a condiciones extremas de iluminación y contraste.
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Identificación de marcadores SNP (polimorfismo de nucleótido único) asociados a la resistencia frente al virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPN) en truchas arcoíris (Oncorhynchus mykiss)

Rodríguez Huanca, Francisco Halley January 2017 (has links)
Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias. / La necrosis pancreática infecciosa (IPN) es una enfermedad viral con un impacto negativo considerable en la acuicultura de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss).. El objetivo del presente trabajo ha sido detectar las regiones genómicas que explican la resistencia al virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV) en truchas arcoíris. Un total de 2.278 peces provenientes de 58 familias de medios hermanos y hermanos completos fueron desafiados con virus lPN para inducir la enfermedad. De estos fueron genotipados 768 peces: 488 resistentes y 280 susceptibles. Para el genotipado se utilizó un microarreglo Axiom®, Affymetrix® de 57 mil marcadores de tipo polimorfismo de nucleótido único (SNP). Se realizó un análisis de asociación de genoma completo utilizando los datos fenotípicos y genotípicos de los peces desafiados. Se utilizaron modelos de regresión lineal y regresión logística. La heredabilidad para la resistencia al virus IPN calculada con información de pedigrí para el rasgo tiempo de muerte fue 0,39 y para el rasgo de supervivencia binaria fue 0,32, y usando información genómica fue de 0,46 y 0,45, respectivamente. El análisis de asociación indicó que la resistencia al virus IPN es un rasgo Oligogénico. Se detectó un SNP asociado de forma significativa al rasgo tiempo de muerte en el cromosoma 5. La proporción de la varianza fenotípica y heredabilidad explicada por este marcador fue de 0,035 y 0,076, respectivamente. El Sentrin-specific protease 5 (SENP5) podría ser un gen candidato implicado en la resistencia frente a este patógeno por encontrarse en las cercanías del SNP significativo. Debido a la reducida proporción de la varianza fenotípica explicada por el marcador detectado, concluimos que la incorporación de toda la información genómica, a través de la selección genómica, podría ser el enfoque más adecuado para acelerar el progreso genético en el mejoramiento de la resistencia frente al virus IPN en trucha arcoíris. / Infectious pancreatic necrosis (IPN) is a viral disease with a considerable negative impact on rainbow trout aquaculture. The objective of the present work was to detect the genomic regions that explain the resistance to infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). A total of 2,278 fishes from 58 families of complete siblings were challenged with lPN virus to induce the disease. A total of 768 fishes, 488 resistant and 280 susceptible, were genotyped with an Axiom® microarray, Affymetrix® of 57,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. A complete genome association analysis was performed using the phenotypic and genotypic data of the challenged fishes. Linear regression and logistic regression models were used. The heritability for IPN virus resistance calculated with pedigree information for time of death trait was 0.39 and for the binary survival trait was 0.32, and using genomic information was 0.46 and 0.45, respectively. Association analysis indicated that resistance to IPN virus is an oligogenic trait. A SNP was significantly associated with the day-of-death trait on chromosome 5. The proportion of the phenotypic variance and heritability explained by this marker was 0.035 and 0.076, respectively. Sentrin-specific protease 5 (SENP5) could be a candidate gene involved in resistance to this pathogen because it is found near to the significant SNP. Due to the reduced proportion of the phenotypic variance explained by the detected marker, we conclude that the incorporation of all genomic information, through genomic selection, could be the most appropriate approach to accelerate genetic progress in the improvement of resistance to IPN virus in rainbow trout. / Financiamiento: Proyecto CORFO-INNOVA (12PIE - 17669).
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Tradition and innovation

Nascimento, Rosane Beyer do 30 August 2010 (has links)
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