La résistance du virus herpes simplex (VHS) aux antiviraux, particulièrement chez des sujets immunosupprimés, et sa capacité d’envahir le système nerveux central soulèvent de nombreuses questions au niveau clinique. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase et de l’ADN polymérase virale sont responsables de la résistance aux traitements antiviraux. Il est donc important d’élucider davantage les différents mécanismes moléculaires à l’origine de ces évènements de résistance et de développer de nouvelles avenues thérapeutiques. De plus, le VHS est la cause la plus fréquente d’encéphalite sporadique et potentiellement fatale dans les pays de l’ouest. Ce type de pathologie est occasionné en partie par une intense réplication virale mais également par une réponse immunologique encore incomprise jusqu’à maintenant. Les travaux présentés dans cette thèse de doctorat ont pour but de développer de nouveaux modèles in vitro et in vivo permettant d’étudier ces deux facettes importantes du VHS. L’impact de certaines mutations et l’effet d’un nouveau traitement dans la résistance du VHS aux antiviraux ont été évalués. La réponse immunitaire innée cérébrale de même qu’une nouvelle approche thérapeutique en rapport avec une encéphalite à VHS ont également été caractérisées. / Herpes simplex virus (HSV) resistance to antiviral treatment is a real concern among immunocompromised population. Mutations localized in the thymidine kinase (TK) and/or the DNA polymerase (pol) genes are mainly responsible for those resistance issues. Thus, it is becoming important to increase knowledge in this area and to develop new therapeutic strategies. Also, HSV has this unique biological property to invade the nervous central system and causes encephalitis. During this type of infection, an important immunological process occurs. However, this inflammatory response is still very controversial and needs to be elucidated. The main objectives of this doctoral thesis consisted of: 1- the characterization of antiviral resistance and 2- the elucidation of the brain inflammatory response to HSV. The first part consisted in the development of an in vitro system allowing the characterization of several mutations in the TK and/or the DNA pol genes responsible for antiviral resistance and the elaboration of a new antiviral strategy. The second part was to characterize the inflammatory response following the induction of HSV-1 encephalitis in a mouse model and to develop an alternative immunomodulatory approache. Mutations localized in conserved and non-conserved regions of the TK are associated with ACV resistance. Hydroxyurea increases the activity of nucleoside (ACV) and nucleotide (CDV) analogues. A delayed glucocorticoid treatment is highly beneficial by decreasing the brain viral load as well as pro-inflammatory cytokine production in the brain of infected mice. TNF- and IL-1permit the initiation of an innate immune response allowing a control of the viral replication and an efficient transition to the adaptive immune response required for viral clearance during HSV-1 encephalitis. A prophylactic treatment with a TLR3 agonist significantly increases the mean life expectancy and survival rate of mice infected with HSV-1 compared to non-treated mice. The experimental models developed during this Ph. D. allow a better understanding of the molecular mechanisms of resistance and of the brain inflammatory response to the HSV.

Les antipsychotiques de seconde génération (ASG) peuvent causer des effets secondaires indésirables tels que le gain de poids, une perturbation du métabolisme des lipides sanguins et du glucose. Certaines études suggèrent que les enfants et les adolescents pourraient être encore plus à risque que les adultes de développer de tels effets. Le but de la présente étude est de comparer les effets métaboliques secondaires, suite au premier traitement avec un ASG, entre une population adulte et une population pédiatrique, en examinant la variation par rapport au niveau pré-traitement de l'indice de masse corporelle (IMC), du bilan lipidique [cholestérol total (CT), lipoprotéine à haute densité (HDL), lipoprotéine à basse densité (LDL), triglycérides (TG)] et de la glycémie à jeun, et ce à 3 et 6 mois après le début du traitement. Nos résultats montrent une augmentation significative de l'IMC aussi bien dans le groupe pédiatrique [à 3 mois = 10,1% (p<0,0001), à 6 mois = 11,8% (p<0,0001)] que dans le groupe adulte [à 3 mois= 12,2% (p<0,0001), à 6 mois= 13,1% (p<0,0001)]. Nous n'avons trouvé aucun changement significatif des lipides dans le groupe pédiatrique alors que nous avons observé dans le groupe adulte des augmentations significatives du CT [ à 3 mois = 24,0% (p=0,004), à 6 mois = 24,1% (p=0,0006) ], des LDL [à 3 mois = 26,8% (p=0,019), à 6 mois= 30,1% (p=0,010)] et des HDL [à 3 mois= 10,2% (p = 0,04), à 6 mois= 17,1% (p=0,005)]. Nous n'avons observé de changement significatif de la glycémie à jeun dans aucun des 2 groupes. Nos résultats suggèrent que les sujets d'âge pédiatrique démontrent une augmentation d'IMC similaire aux adultes alors que les adultes seraient plus enclins à développer une perturbation du métabolisme des lipides sanguins lors d'un traitement avec un ASG.

À la suite d'un diagnostic de cancer de l'ovaire, la prise en charge thérapeutique constitue une étape déterminante dans la survie des patientes atteintes. Actuellement, la plupart de celles-ci subiront une cytochirurgie suivie d'une chimiothérapie standard comprenant du Cisplatin (ou Carboplatin) et du Paclitaxel. Malgré une réponse initiale adéquate, il a été démontré que 75-80% d'entre elles récidiveront peu de temps après la fin de leurs ("leurs" prend un "s" si chaque femme à plusieurs traitements) traitements. Dans ces cas de récidive, la plupart des patientes développeront aussi une résistance à la chimiothérapie. A ce stade, l'administration d'un traitement efficace devient donc un problème de taille pour les oncologues. La technologie des micropuces à ADN est grandement utilisée au niveau de la recherche sur le cancer, y compris celles portant sur les mécanismes et les biomarqueurs associés à la chimiorésistance dans les cancers ovariens. Dans notre programme de recherche, nous avons évalué le profil d'expression génique de six paires de tumeurs prélevées avant et après la chimiothérapie (CT) de six patientes atteintes d'un cancer épithéliale de l'ovaire (CEO), dans le but de pouvoir caractériser moléculairement les récidives résistantes de l'ovaire. Nos résultats ont montré la présence d'une signature moléculaire spécifique dans les tumeurs post-CT présentant une surexpression de gènes associés à des mécanismes connues de chimiorésistance et à la régulation négative de la prolifération. D'autres gènes liés à la réponse aux traitements, à l'apoptose, au contrôle du cycle cellulaire et à la régulation positive de la prolifération sont sous-exprimés dans ces mêmes tumeurs. Nous avons aussi analysé le profil d'expression génique de tumeurs primaires de l'ovaire de type séreux présentant différentes réponses aux agents chimiothérapeutiques, dans le but d'identifier une signature moléculaire spécifique associée à la réponse aux traitements primaires. Nos résultats suggèrent que la chimiorésistance innée peut être attribuée à une action combinée de différents facteurs liés au transport de la drogue (acquisition/excrétion), à la prolifération cellulaire ainsi qu'à des altérations dans le métabolisme, la réponse inflammatoire et l'apoptose. Une liste prédictive contenant 43 gènes a été développée et possède la capacité de pouvoir classifier les patientes ayant une tumeur séreuse de l'ovaire selon leur risque de récidiver tôt ou tard à la suite de leurs CT Découlant de ces études, plusieurs biomarqueurs associés à la chimiorésistance ont été identifiés. L'expression de certains d'entre eux a été validée dans une cohorte contenant 166 patientes atteintes de CEO présentant différents temps de survie (survie avec ou sans progression de la maladie) suivant leurs (idem) traitements de CT initiaux. Sur une liste contenant 15 candidats potentiels, nous avons observé qu'une plus faible expression protéique du biomarqueur HSP10 ainsi qu'une diminution de la prolifération cellulaire (via une plus faible expression du marqueur Ki67) prédisent une plus faible survie sans progression de la maladie et donc, par déduction, une plus grande chance de développer une chimiorésistance. L'expression protéique d'autres biomarqueurs (CTSL2 et MUC1) a été évaluée dans notre cohorte et nous avons trouvé que ceux-ci montraient une tendance à être associés avec la survie des patientes. Ceux-ci devront cependant être revalidés dans une plus grande cohorte de patientes. L'analyse des profils d'expression génique des tumeurs chimiorésistance de l'ovaire a aussi mené à l'identification de l'utilisation de médicaments anti-inflammatoires (Célébrex) en termes de traitement potentialisateurs pouvant augmenter l'effet cytotoxique du Cisplatin sur les cellules de cancer de l'ovaire. Afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires contrôlant la réponse immédiate des cellules de cancer de l'ovaire aux traitements de CT ainsi que l'émergence d'une chimiorésistance précoce, nous avons étudié les profils d'expression génique de sphéroïdes dérivés de six lignées cellulaires de cancer de l'ovaire suivant un traitement avec des agents chimiothérapeutiques couramment utilisés dans le traitement des CEO (Cisplatin, Paclitaxel et Topotecan). Nous avons trouvé que l'induction de gènes liés aux mécanismes de réplication et de réparation de l'ADN dans les sphéroïdes traités avec du Cisplatin et du Topotecan pourraient être associée avec la réponse immédiate aux traitements et pourrait être liée à un mécanisme précoce de résistance. De façon similaire, la surexpression de différents isotypes de tubulines suivant un traitement des sphéroïdes avec du Paclitaxel pourrait représenter un effet compensatoire précoce à l'action de cette drogue. Finalement, les conditions de croissance en sphéroïde, condition reconnue pour altérer l'expression génique, pourrait substantiellement contribuer à réduire l'efficacité des agents chimiothérapeutiques sur les sphéroïdes de cancer de l'ovaire. Pris ensemble, les résultats présentés dans cette thèse aideront à mieux comprendre les mécanismes moléculaires associés à la chimiorésistance dans les cancers ovariens et aideront à définir de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques pour ce type de patientes.

YB-1 (Y-Box-binding Protein 1) est une protéine multifonctionnelle qui affecte plusieurs processus biologiques incluant la transcription, la traduction, la réparation de l’ADN et le développement embryonnaire. YB-1 appartient à une large famille de protéines liant l’ADN / l’ARN avec un motif très conservé à travers l’évolution appelé CSD (Cold Shock Domain). YB-1 est une protéine surexprimée dans plusieurs tumeurs et affecte les différentes voies de développement des cancers. Une surexpression de la protéine YB-1 rend les cellules des cancers du sein, ovariens et colorectaux résistants aux composés à base de platine. La protéine YB-1 présente beaucoup d’intérêts thérapeutiques pour lutter contre les cancers. Bien que plusieurs approches visant à cibler la protéine YB-1 aient été développées pour prévenir et traiter des patients, un effort substantiel reste nécessaire puisque la fonction multiple de la protéine YB-1 doit être prise en considération. Les buts de ce projet sont d’identifier les partenaires de la protéine YB-1 impliqués au niveau de la chimiorésistance dans différents types de cancers aux composés à base de platine et de développer de nouvelles approches thérapeutiques potentielles. Pendant cette étude, nous avons identifié les protéines NONO et RALY comme nouveaux partenaires de la protéine YB-1 dans les cellules des cancers colorectaux. Nous avons démontré que les protéines NONO et RALY sont impliquées au niveau de la chimiorésistance des cellules des cancers colorectaux aux composés à base de platine. Cette étude a aussi permis d’identifier RPS4X comme nouveau partenaire de la protéine YB-1 impliqué au niveau de la chimiorésistance des cellules du cancer du sein et ovarien au cisplatine. La protéine RPS4X est un nouveau biomarqueur prédictif et pronostic pour les patientes atteintes du cancer de l’ovaire et traitées au cisplatine. Le biomarqueur RPS4X représente ainsi, une nouvelle cible thérapeutique potentielle pour contrecarrer la chimiorésistance des cancers aux composés à base de platine incluant les tumeurs avec une surexpression de la protéine YB-1. Le niveau d’expression de la protéine RPS4X pourrait être utilisé en première ligne pour la sélection des thérapies pour des patientes atteintes des cancers ovariens et du sein. / YB-1 (Y-Box-binding Protein 1) is a multifunctional protein involved in several cellular processes including transcription, translation and DNA repair. YB-1 is important for late-stage embryonic development and belongs to the family of DNA/RNA-binding proteins with an evolutionarily ancient conserved Cold Shock Domain (CSD). YB-1 is overexpressed in many malignant tissues and plays an important role in the development of cancer. Many studies reported that high expression of YB-1 protein is associated with a worse prognosis in cancer patients. Moreover, an overexpression of YB-1 protein in breast, colorectal and ovarian cancer cell lines induced chemoresistance to platinum agents. YB-1 protein is a good therapeutic target to counteract platinum resistance in cancer. Different strategies for novel therapeutic approaches targeting YB-1 protein were used to prevent and treat people with cancer. The use of YB-1 as a therapeutic targets is still a big challenge in research and its multifunctional properties should be taken into consideration when developing a new therapy against YB-1. The goals of this project are to identify YB-1-interacting proteins required for platinum agents resistance in cancer cell lines and to develop a potential therapeutic target to treat cancers. During this study, NONO and RALY proteins were identified as new partners of YB-1 protein in colorectal cancer cell lines. We proved that NONO and RALY are significant potential target to counteract oxaliplatin resistance in colorectal cancers including tumors overexpressing the YB-1 protein. In addition, we found RPS4X protein as new a partner of YB-1 involved in cisplatin resistance in beast and ovarian cancers. These results suggest that the RPS4X protein is a significant potential target to counteract cisplatin resistance in breast and ovarian cancers. Also, we have established that RPS4X is a new promising prognostic marker for patients with high-grade serous ovarian cancer. More importantly, RPS4X is shown to be predictive of cisplatin response. RPS4X could thus be useful when selecting the first line therapies for patients with breast and ovarian cancer.

Contexte : L’administration de surfactant par méthode minimalement invasive vise à éviter l’exposition à la ventilation mécanique invasive (VMI) chez les nouveau-nés atteints de la maladie des membranes hyalines (MMH). Objectif : L’objectif de cette étude est de tester l’efficacité de l’administration du surfactant par méthode minimalement invasive chez les prématurés de 320/7 à 366/7 semaines d’âge gestationnel (AG) pour prévenir l’exposition à la VMI ainsi que la survenue de pneumothorax. Méthode : Une étude randomisée incluant trois unités néonatales canadiennes a été réalisée. Les patients recevaient l’intervention ou étaient assignés au groupe contrôle. Dans le premier jour de vie, les patients du groupe d’intervention recevaient le surfactant par méthode minimalement invasive immédiatement après la randomisation. La mesure de résultat primaire combinée incluait l’exposition à la VMI et la survenue de pneumothorax nécessitant l’installation d’un drain thoracique. Des critères cliniques d’échec au traitement étaient surveillés puisque l’intervention n’était pas dissimulée. Chaque patient a été analysé selon son groupe d’allocation initiale. Résultats : Parmi 45 patients randomisés, 24 ont été assignés à recevoir l’intervention. Tous les patients ont été inclus dans l’analyse. Huit (33%) patients du groupe d’intervention ont été exposés à la VMI (7) ou ont présenté un pneumothorax (1) alors que 19 (90%) patients du groupe contrôle ont été exposés à la VMI (18) ou ont présenté un pneumothorax (1) (réduction du risque absolu : 0,57, intervalle de confiance à 95% : 0,54-0,60). Aucun patient n’a présenté les critères d’échec au traitement. Conclusion : L’administration de surfactant par méthode minimalement invasive s’est avérée efficace pour réduire la mesure de résultat combinée de l’exposition à la VMI et/ou de la survenue de pneumothorax chez les prématurés de 320/7 à 366/7 semaines atteints de la MMH. / Background: Minimally invasive surfactant therapy (MIST) is used to avoid invasive mechanical ventilation (IMV) in respiratory distress syndrome (RDS) management. Objective: The primary aim of this study was to test MIST in moderate (32 – 33 weeks’ gestational age (GA)) and late preterm (34 - 36 weeks’ GA) infants affected by RDS to avoid IMV exposure and prevent pneumothorax. Methods: This is a randomized controlled trial including three Canadian neonatal intensive care units. Patients were randomized to standard management or to intervention (MIST). In the first day of life, patients from the intervention group received MIST immediately after randomization. The combined primary outcome included either exposure to IMV or occurrence of a pneumothorax requiring a chest tube insertion. Treatment failure criteria were used to prevent bias as the intervention was not blind. The analysis was made by intention to treat approach. Results: Among 45 randomized patients, 24 were assigned to MIST and 21 to the standard management group. All patients were included in the analysis. Eight infants (33%) in the intervention group presented with the primary outcome versus 19 (90%) in the standard management group (absolute risk reduction 0,57, 95% CI: 0,54-0,60). Seven patients from the intervention group reached the primary outcome for being exposed to IMV and one for presenting a pneumothorax. In the control group, 18 patients reached the primary outcome for being exposed to IMV and one for presenting a pneumothorax. In either group, none of the patients have reached the clinical failure criteria. Conclusion: Minimally invasive surfactant therapy was associated with a significant reduction in IMV exposure and pneumothorax occurrence in moderate and late preterm infants affected by RDS.

La prostaglandine E₁ permet de maintenir en vie un nouveau-né atteint de cardiopathie congénitale jusqu'à sa chirurgie cardiaque. Il serait profitable de trouver une alternative aux traitements intraveineux, mieux adaptée aux nouveaux-nés prématurés. La voie transdermique serait moins douloureuse et permettrait un meilleur contrôle sur la libération du médicament. Le but de cette étude est de fabriquer une formulation liposomale adaptée à l'usage transdermique de la prostaglandine E₁. La formulation doit posséder une stabilité maximale pendant l'entreposage, un taux d'encapsulation suffisant du médicament et la capacité de traverser la peau. La comparaison de liposomes conventionnels et de proliposomes, à base de phospholipides choisis en fonction de leur température de transition de phase et de leur charge, a été effectuée. Les méthodes de fabrication de liposomes conventionnels étudiées ont été : évaporation-hydratation, congélation-décongélation, ±Reverse Phase Evaporation Vesicles¿ (REV). Pour le proliposome, des formulations avec et sans sorbitol ont été utilisées. Pour chaque échantillon, l'effet de l'entreposage à 4°C sur le diamètre pour une période de 3 mois a été évalué. Ensuite, le taux d'encapsulation des formulations les plus stables a été calculé. Finalement, des tests in-vitro ont été menés à l'aide de cellules de diffusion de Franz et de modèles cutanés pour déterminer le flux de passage transdermique des formulations. Les liposomes fabriqués par les méthodes évaporation-hydratation et REV, contenant des phospholipides chargés et 30 % de cholestérol, sont les plus stables. Pour les proliposomes, la L-α-phosphatidylcholine et le dimyristoyl phosphatidylcholine avec sorbitol et le distearoyl phosphatidylcholine avec 12 % de phospholipides chargés sans sorbitol sont les plus stables. Les proliposomes avec sorbitol ont démontré les meilleurs taux d'encapsulation et ont donnés des résultats satisfaisants quant au taux de transfert sur nos modèles cutanés. Il est possible de fabriquer des liposomes qui soient stables pendant 3 mois au réfrigérateur et qui aient un haut taux d'encapsulation de la prostaglandine E₁. Ces formulations traversent les modèles cutanés imitant la peau d'un nouveau-né prématuré

Les intégrons sont des éléments génétiques capables d'intégrer et de disséminer, par un mécanisme de recombinaison spécifique de site, des gènes de résistance aux antibiotiques trouvés sous la forme de cassettes. Ils contiennent un gène qui code pour une intégrase (intl) qui effectue la recombinaison en agissant sur deux sites cibles : le site attl en cis avec le gène d'intégrase et le site palindromique attC d'une cassette. Les intégrases d'intégrons sont donc directement impliquées dans l'accumulation et la formation de nouvelles combinaisons de cassettes de résistance dans la région variable des intégrons plasmidiques et il est donc important de mieux comprendre leur fonctionnement. Les travaux présentés à l'intérieur de cette thèse visent l'étude des interactions entre les intégrases d'intégrons et leurs sites d'attachement. Le premier objectif est de vérifier si la substitution de certains résidus peut permettre de modifier la capacité d'une intégrase d'intégron à exciser différentes cassettes. Pour ce faire, nous avons étudié l'intégrase chromosomique, SamlntLA, trouvée chez Shewanella amazonensis SB2BT afin de déterminer si cette enzyme est capable d'exciser différentes cassettes, de comparer son activité avec celles des intégrases SonIntIA et IntI2*179E et finalement de comparer les propriétés de l'enzyme sauvage avec celles de quelques enzymes mutantes. Nous avons donc testé la capacité de ces trois intégrases sauvages et de quelques mutantes à exciser plusieurs cassettes contenant différents sites attC. Les résultats démontrent que l'intégrase SamlntLA est beaucoup moins active que les intégrases SonIntIA et IntI2*179E pour effectuer l'excision des cassettes. Ils démontrent aussi que les substitutions V206R, V206K et V206H permettent d'augmenter l'efficacité de SamlntLA à exciser certaines cassettes mais que l'activité de ces intégrases mutantes est inférieure à celle montrée par les intégrases SonIntIA et IntI2*179E. Le deuxième objectif est d'analyser l'influence de l'identité des bases protubérantes et de l'espacement qui les sépare sur l'excision des cassettes par les intégrases d'intégrons. Nous avons ainsi effectué la mutagenèse du site attCdfrAi en amont de la cassette sat2 pour obtenir des variantes de séquences et d'espacement entre les bases protubérantes afin de déterminer comment ces modifications influencent la capacité des intégrases Intll, IntI2*179E, IntI3 et SonIntIA à exciser les cassettes. Nous avons ainsi démontré que l'intégrase Intll est plus efficace pour exciser les cassettes contenant des sites attC caractérisés par des bases protubérantes T et G séparées par 6 nucleotides tandis que l'intégrase IntI3 excise les cassettes contenant un nombre limité de sites attC. Nous avons aussi démontré que les intégrases IntI2*179E et SonIntIA tolèrent les changements de bases protubérantes et qu'elles excisent une plus grande variété de cassettes que les intégrases Intll et IntI3.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles / Contexte : La polypharmacie est souvent définie comme l'utilisation d'au moins cinq médicaments. Or, cette définition unidimensionnelle ne permet pas de distinguer la polypharmacie appropriée de celle inappropriée. D'autres caractéristiques pourraient être utilisées pour classer la polypharmacie en sous-groupes présentant différents niveaux de risque. Objectifs : Caractériser différents types de polypharmacie chez les aînés québécois et évaluer leur association avec la mortalité et l'institutionnalisation. Méthodes : À partir du Système intégré de surveillance des maladies chroniques du Québec, nous avons sélectionné un échantillon aléatoire de Québécois ≥ 66 ans au 31 mars 2017 couverts par le régime public d'assurance médicaments. Les indicateurs catégoriels utilisés pour décrire la polypharmacie comprenaient : le nombre de médicaments, de médicaments potentiellement inappropriés (MPI), de médicaments à surveillance accrue, de médicaments à voie d'administration complexe et d'interactions médicamenteuses, le score de charge anticholinergique (SCA), et l'utilisation du pilulier. Une analyse de classes latentes (ACL) a permis de subdiviser la polypharmacie en groupes. Nous avons utilisé des modèles de Cox afin d'évaluer le risque de mortalité et d'institutionnalisation sur trois ans pour chaque classe. Résultats : Au total, 93 516 sujets ont été inclus. Un modèle à quatre classes a été sélectionné et peut être décrit ainsi : (1) Aucune polypharmacie (46% de la population), (2) Nombre moyen-élevé de médicaments, faible risque (33%), (3) Nombre moyen de médicaments, MPI ± SCA élevé (8%) et (4) Hyperpolypharmacie, utilisation complexe, risque élevé (13%). Lorsque comparées à la classe 1, toutes les classes de polypharmacie étaient associées à la mortalité et l'institutionnalisation, les classes les plus complexes/inappropriées dénotant les plus grands risques. Conclusions : L'ACL suggère trois types de polypharmacie qui diffèrent selon leurs risques pharmacothérapeutiques et cliniques, soulignant l'intérêt de regarder au-delà du nombre de médicaments pour caractériser et étudier la polypharmacie. / Background: Polypharmacy is often described as the concomitant use of at least five medications. However, its unidimensional definition does not distinguish appropriate from inappropriate polypharmacy. Other characteristics could be used to classify polypharmacy into subgroups with varying levels of risk. Objectives : To characterize different types of polypharmacy among older Quebecers and evaluate their association with mortality and institutionalization. Methods: Using healthcare databases from the Quebec Integrated Chronic Disease Surveillance System, we selected a community-based random sample of Quebecers ≥ 66 years old on March 31, 2017 who were covered by the public drug plan. Categorical indicators used to describe polypharmacy consisted of: number of medications, potentially inappropriate medications (PIM), drug-drug interactions, enhanced surveillance medications and medications with a complex route of administration, anticholinergic burden score, and use of blister cards. Latent class analysis (LCA) was used to subdivide polypharmacy into groups. We used Cox models to evaluate mortality and institutionalization risk over a three-year period for each class. Results: In total, 93,516 individuals were included. Participants were on average 75.5 years old and claimed 6.4 medications. A 4-class model was selected with groups described as: (1) No polypharmacy (46% of population share), (2) High-medium number of medications, low risk (33%), (3) Medium number of medications, PIM ± high anticholinergic burden score (8%), and (4) Hyperpolypharmacy, complex use, high risk (13%). Using class 1 as the reference group, all polypharmacy classes were associated with 3-year mortality and institutionalization with the most complex/inappropriate classes denoting the highest risk. Conclusions: LCA suggested four classes of pharmacotherapy including three types of polypharmacy which differed according to their pharmacotherapeutic and clinical appropriateness. Our results highlight the value of looking beyond the number of medications to characterize and study polypharmacy.

Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida est un agent pathogène aquatique causant la furonculose chez les salmonidés, particulièrement les poissons d’élevage. L'antibiothérapie est la méthode couramment utilisée pour traiter cette maladie dans le monde entier. Toutefois, son efficacité est menacée par l’apparition de souches résistantes, voire multirésistantes, aux antibiotiques. L’étude de ces souches bactériennes devient donc nécessaire afin d’identifier les éléments génétiques responsables de ces résistances et comprendre comment ils contribuent à la propagation de l’antibiorésistance. C’est dans cette démarche que se positionne la présente étude qui a pour objectif de caractériser de nouveaux éléments génétiques porteurs de résistances aux antibiotiques chez A. salmonicida ssp. salmonicida à l’aide du séquençage à longues lectures. Plus spécifiquement, au centre de ce projet se trouve la souche SHY16-3432 dont l’étude a permis d’identifier trois nouveaux variants de plasmides nommés pAsa9b, pAsa5-3432 et pRAS3-3432, où ces deux derniers confèrent les résistances aux antibiotiques observées. L’analyse des séquences de ces trois variants a révélé qu’ils se distinguent tous de leur contrepartie classique par leur contenu en éléments génétiques mobiles. Le plasmide pAsa5-3432 possède une nouvelle région de multirésistances composée de plusieurs éléments génétiques mobiles. Celle-ci semble avoir été acquise à la suite d’une recombinaison entre deux plasmides. De son côté, pRAS3-3432 porte un nouvel élément inséré qui a uniquement été identifié chez l’agent pathogène porcin Chlamydia suis. Quant à pAsa9b, il se différencie du plasmide de référence par l’absence d’une séquence d’insertion. Ces découvertes soulignent ainsi l’importance des éléments mobiles sur la plasticité génomique d’A. salmonicida ssp. salmonicida ainsi que sa grande capacité d’interactions avec d’autres bactéries incluant des agents pathogènes animaux. En outre, les données obtenues dans ce projet suggèrent qu’il est nécessaire d’utiliser le séquençage à lectures longues pour caractériser complètement le génome de bactéries au plasmidome complexe comme A. salmonicida ssp. salmonicida. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is an aquatic pathogen that causes furunculosis to salmonids, especially in fish farms. Antibiotherapy is a common method used to treat this worldwide disease. Unfortunately, its effectiveness is becoming limited due to the presence of drug-resistant strains and even multidrug-resistance strains of the bacterium. The study of these bacterial strains becomes necessary in order to identify the genetic elements responsible for this resistance and to understand how they contribute to the spread of antibiotic resistance. In this study, we focused on the A. salmonicida subsp. salmonicida strain SHY16-3432 to characterize novel genetic elements conferring resistance to antibiotics using long-read sequencing technologies. It allowed us to identify three novel plasmid variants named pAsa9b, pAsa5-3432 and pRAS3-3432, the latter two being responsible for the observed antibiotic resistance. The sequence analysis of these three variants revealed that they all differ from their classical counterparts through the presence or absence of mobile genetic elements. The plasmid pAsa5-3432 carries a new multi-drug resistance region composed of numerous mobile genetics elements that appears to have been acquired through plasmid recombination. As for pRAS3-3432, it contains a new inserted element that has only been reported in the swine pathogen Chlamydia suis. Lastly, the only variation between pAsa9b and the reference plasmid is the absence of an insertion sequence in pAsa9b. Overall, these discoveries highlight the significant implication of mobile genetics elements in the genomic plasticity of A. salmonicida subsp. salmonicida and suggest that this aquatic bacterium has a high capacity to interact with other bacteria, including animal pathogens. Furthermore, the data obtained suggest that the use of long-read sequencing technologies is required to fully decipher the genome of bacteria possessing complex plasmid repertoire, such as A. salmonicida subsp. salmonicida.

La fabrication de comprimés pharmaceutiques par granulation humide a typiquement recours aux lits fluidisés pour le séchage des particules. Encouragée par les agences réglementaires, l'industrie a entamé une migration vers la production continue et automatisée, mais les procédés discontinus (batch) opérés sans rétroaction, excepté un contrôle qualité en fin de cycle, demeurent largement majoritaires dans le secteur. Dans le cas des séchoirs à lit fluidisé, cette approche occasionne plusieurs complications comme le sous-séchage, le surséchage et la surchauffe des granules thermosensibles, qui peuvent conduire au rejet du lot. Toutefois, la commande avancée et la production en continu peuvent réduire les problèmes d'opération. Ce projet de recherche concerne donc l'automatisation du séchage par lit fluidisé ou, plus spécifiquement, sa modélisation, sa commande et son observation. La conception et la comparaison de diverses stratégies d'estimation et de contrôle nécessitent d'abord un modèle mathématique représentatif du procédé. Pour y parvenir, une identification « boite grise » estime les paramètres empiriques d'une description phénoménologique à deux phases du lit fluidisé à partir de données expérimentales et un second lot de données valide les simulations qui en résultent. Cet ouvrage évalue ensuite la commande prédictive linéaire, non linéaire et économique sur le simulateur calibré. L'étude explore aussi les filtres de Kalman standard et non parfumé, ainsi que l'estimateur à fenêtre glissante, comme capteur virtuel de teneur en eau des particules, le principal indicateur de qualité au séchage. La première partie de cette thèse se concentre sur les séchoirs verticaux discontinus, et la deuxième, sur un nouveau prototype de réacteur horizontal entièrement continu. Les résultats de cette recherche confirment les avantages indéniables de ces technologies, soit un contrôle serré de la qualité du produit, et une diminution des coûts et de l'empreinte environnementale des opérations. / Manufacturing pharmaceutical tablets through wet granulation typically relies on fluidized bed drying for the particles. Advocated by regulatory agencies, the industry initiated a paradigm shift towards fully continuous and automated production, but batch processes operated without feedback, except a quality control at the end of the cycle, still prevail in the sector. For the case of fluidized bed dryers, this approach results in several issues like under drying, over drying, overheating of thermosensitive granules, that can lead to the rejection of the batch. However, advanced control and continuous processing can reduce the operational hurdles. This research project investigates the automation of fluidized bed drying or, more specifically, its modeling, control and observation. The design and comparison of various estimation and feedback strategies first require a representative mathematical model of the process. For this, a grey-box identification estimates the empirical parameters of a two-phase fluidized bed description from experimental data, and a second dataset validates the resulting simulations. This work then investigates linear, nonlinear, and economic model predictive control on the calibrated simulator. The study also explores the standard and unscented Kalman filter, and the moving-horizon estimator, as soft sensors for the particle moisture content, a critical quality attribute at drying. The first part of this thesis focuses on vertical batch dryers, and the second one, on a new prototype of a fully continuous horizontal reactor. The results of this research confirm the undeniable advantages of those technologies, namely a tight control of the product quality, and reductions in the costs and the environmental footprint of the operations.