Un des enjeux de la filière bovine est la maîtrise et la prédiction de la tendreté de la viande, critère important pour les consommateurs. Inscrite dans le programme européen ProSafeBeef, ma thèse avait pour objectif de mieux prédire la tendreté par méta-analyse à partir des caractéristiques biochimiques du muscle. Pour cela, mon travail de thèse s’est appuyé sur la base de données BIF-Beef regroupant des données individuelles issues de plusieurs programmes de recherche, allant de l’animal à la viande en passant par la carcasse et le muscle. Une première méta-analyse a montré que le muscle Semitendinosus (ST) est de type plus rapide glycolytique que le Longissimus thoracis (LT) chez les mâles entiers et les femelles mais pas chez les mâles castrés. Après avoir identifié par une approche par classe de tendreté les caractéristiques musculaires associées à la tendreté, nous avons montré que ces caractéristiques sont différentes entre muscles et types d’animaux. Dans le muscle LT des taurillons, la surface moyenne des fibres musculaires est la variable qui joue le principal rôle sur la tendreté sensorielle où elle explique 2% de la variabilité des notes de tendreté. Principalement dans le muscle ST, les teneurs en collagène total et insoluble et l’activité enzymatique du métabolisme glycolytique expliquent au plus 6% chacun de la variabilité de la force de cisaillement. Malgré ces faibles parts de variabilité expliquée de la tendreté, ces conclusions validées sur un grand volume de données sont importantes pour préparer de nouveaux projets visant à compléter cette démarche en prenant en compte d’autres caractéristiques telles que des biomarqueurs génomiques. / The control of beef tenderness is essential for beef producers and retailers to deliver a consistently high quality product to consumers. Being part of the European program ProSafeBeef, my thesis aimed to predict beef tenderness by meta-analysis approaches using biochemical characteristics of muscles. To achieve this goal, we used data available in the BIF-Beef data warehouse which contains animal, carcass, muscle and meat measurements from different research programs. From available data on Longissimus thoracis (LT) and Semitendinosus (ST) muscles, we demonstrated that ST was faster and more glycolytic than LT in both entire males and females but not in steers. With a cluster analysis, we identified muscle biochemical traits associated with meat tenderness. Then, we demonstrated that no specific muscle biochemical characteristic can be a predictor of tenderness for all muscles and animal types. In LT muscle of young bulls, mean muscle fibre area explained 2% of the variability in sensory tenderness score. Mainly in ST muscle, total and insoluble collagen content and enzymatic indicators of glycolytic metabolism each explained about 6% of the variation in shear force. Although we were only able to explain a relatively small proportion of the total variance in tenderness, these results will form an important basis for the design of future experiments and the identification of new genomic markers of tenderness to be combined with muscle biochemistry in order to better predict beef quality.

L'insuffisance rénale chronique (IRC) et son stade terminal sont associés à diverses complications, parmi lesquelles de nombreuses modifications du milieu intérieur : urémie, anémie, hyperparathyroïdie, rétention urémique… Les taux d'urée plasmatique ont longtemps été utilisés comme critère diagnostique de l'IRC, malgré l'absence de caractéristiques essentielles à un tel marqueur. Ces caractéristiques ont été discutées au regard de l'utilisation historique des déterminations d'urée. La caractérisation des altérations plasmatiques des patients en IRC est essentielle à la compréhension de la maladie et de leur lien avec la morbi-mortalité. Nous avons alors étendu notre champ d'intérêt à l'ensemble des solutés de rétention urémique, et sommes parvenus à identifier 56 nouveaux solutés à partir des études cliniques récemment publiées. L'évaluation diagnostique s'est poursuivie par l'étude des concentrations plasmatiques et urinaires en acides aminés et de leur association avec le stade d'IRC et ses complications, permettant alors la génération d'hypothèses sur l'origine métabolique de ces altérations. D'autre part, la mise en place d'une méta-analyse à montré une réduction du risque de décès chez les patients traités par dérivés de la vitamine D. La correction des comorbidités (hypovitaminose, perturbations du métabolisme phosphocalcique) et d'autres effets néphroprotecteurs expliqueraient ces bénéfices. Enfin, l'évaluation du protéome urinaire et du score CKD273 qui en résulte s'est avérée très intéressante pour l'identification des patients à risque de progresser, ce qui est un enjeu de santé publique. Ces travaux d'analyse bibliographique et de recherche clinique s'intègrent dans une volonté d'amélioration de la caractérisation de l'IRC et de l'évaluation de sa progression dans le but de prévenir ses complications. Ils sont le socle d'un projet plus large d'observation et d'analyse des caractéristiques des patients en IRC et de leur évolution. / Chronic kidney disease (CKD) and end-stage renal disease (ESRD) are associated with various complications, many of which occur within the internal environment: uremia, anemia, hyperparathyroidism, uremic retention… Plasma urea concentrations have long been used as a diagnostic criterion of CKD, despite the absence of some key characteristics. We discussed these features with regards to the historical uses of urea determinations. It is essential to characterize the plasma changes which occur in CKD to understand the disease and the relationship with comorbidities. We expanded our focus to all of uremic retention solutes, and identified 56 new solutes from recently published clinical studies. The study of plasma and urinary concentrations of amino acids and their association with CKD stage and complications further extended the study of CKD diagnosis, and allowed to generate hypotheses on the metabolic origin of these alterations. On the other hand, by meta-analysis, we showed a reduced risk of death in patients treated with vitamin D derivatives. Correcting comorbidities (hypovitaminosis, disturbances of bone and mineral metabolism) and other renoprotective effects may explain these benefits. Finally, the determination of the urinary proteome and the resulting CKD273 score was proved to be very useful for identifying patients at risk of progression, which is a public health issue. This work based on clinical research and literature analyses is part of an effort to improve the characterization of CKD and the evaluation of progression in order to avoid complications. It is the basis for a wider observational project: analyzing the characteristics of CKD patients and their changes over time.

L'émergence du phénomène Big Data a créé un besoin grandissant en analyse de données, mais, bien souvent, cette analyse est conduite par des experts de différents domaines ayant peu d'expérience en science des données. On s'intéresse donc à ce besoin d'assistance à l'analyse de données, qui commence tout juste à recevoir une certaine attention des communautés scientifiques, donnant naissance au domaine de la méta-analyse. Les premières approches du sujet se révélant souvent similaires et peu abouties, on tente en particulier de permettre de nouvelles approches de méta-analyse pour adresser ce problème d'assistance à l'analyse de données. Pour ce faire, une première étape cruciale est de déterminer ce qu'est une méta-analyse performante, aucun standard n'ayant encore été établi dans ce domaine relativement neuf. On propose ainsi un cadre générique d'évaluation de méta-analyse, permettant de comparer et caractériser finement diverses techniques de méta- analyse. Ensuite, afin d'ouvrir de nouvelles voies, on s'intéresse à un verrou majeur de la méta-analyse : la caractérisation de jeu de données. On propose et évalue alors une caractérisation par dissimilarité faisant usage de toute l'information disponible pour autoriser de nouvelles approches de méta-analyse. L'utilisation de cette caractérisation par dissimilarité permettant de recommander facilement des processus d'analyse de données complets, on décrit enfin les nouvelles approches de méta-analyses rendues possibles, ainsi que les processus afférents d'assistance à l'analyse de données. / The emergence of the big data phenomenon has led to increasing demands in data analysis, which most often are conducted by other domains experts with little experience in data science. We then consider this important demand in intelligent assistance to data analysis, which receives an increasing attention from the scientific community. The first takes on the subject often possessing similar shortcomings, we propose to address it through new processes of meta-analysis. No evaluation standard having yet been set in this relatively new domain, we first propose a meta-analysis evaluation framework that will allow us to test and compare the developed methods. In order to open new approaches of meta-analysis, we then consider one of its recurring issue: dataset characterization. We then propose and evaluate such a characterization, consisting in a dissimilarity between datasets making use of a precise topological description to compare them. This dissimilarity allows a new meta-analysis approach producing recommendations of complete data analysis processes, which we then evaluate on a proof of concept. We thus detail the proposed methods of meta-analysis, and the associated process of assistance to data analysis.

En analysant 118 observations provenant de 20 études empiriques indépendantes mais similaires, on s'attache particulièrement à comprendre comment les différentes spécifications du modèle, le choix et la définition des variables, ainsi que la méthodologie retenue peuvent affecter les estimations de l'inégalité salariale entre les travailleurs qualifiés et non-qualifiés. Ces facteurs d'influence, autant de sources de divergence entre les estimations produites, sont examinés en appliquant une approche scientifique dénommée « Méta-analyse ». Les résultants de la méta-analyse suggèrent que les études se montrent très sensibles aux variables utilisées. Le choix des variables explicatives d'intérêt revêt une importance capitale. Nos estimations visent aussi à informer les chercheurs que le choix méthodologique ne semble guère avoir un impact significatif sur les estimations des inégalités en termes des salaires relatifs. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Commerce international, Distribution de revenus, Inégalités salariales, Main-d'oeuvre qualifiée/non-qualifiée, Méta-analyse.

Contexte : Les répercussions de l’alcool au niveau des fonctions cognitives sont bien documentées. Certaines hypothèses suggèrent que l’alcool affecte des fonctions cognitives spécifiques alors que d’autres avancent l’hypothèse de déficits diffus. Cependant, une ambigüité persiste concernant quelles fonctions cognitives sont le plus touchées par l’alcool, et à quel point la durée d’abstinence affecte la récupération cognitive. Nous avons procédé à une des premières méta-analyses qui s’intéresse aux différentes fonctions cognitives touchées par la consommation problématique d’alcool et à la durée d’abstinence requise pour une récupération au niveau des cognitions. Méthodes : Une recherche de la littérature a permis d’identifier 62 études évaluant les cognitions chez les personnes présentant des troubles liés à l’utilisation d’alcool. Les estimations de la taille d’effet ont été calculées avec la Comprehensive Meta Analysis –V2 pour les 12 domaines cognitifs suivants : quotient intellectuel, fluidité verbale/langage, vitesse de traitement de l’information, mémoire de travail, attention, résolution de problème/fonctions exécutives, inhibition/impulsivité, apprentissage verbal, mémoire verbale, apprentissage visuel, mémoire visuelle, habiletés visuo-spatiales. Parmi ces 12 domaines cognitifs, 3 estimations de la taille d’effet ont été calculées selon les durées d’abstinences suivantes : court- (<1 mois), moyen- (2 à 12 mois) et long- (>1 an) termes. Résultats : Les résultats ont révélé la présence de dysfonctions modérées dans 11 domaines cognitifs durant l’abstinence à court terme, et dans 10 domaines cognitifs pour le moyen-terme. Des dysfonctions cognitives minimales furent notées durant l’abstinence à long-terme. Conclusions : Ces résultats révèlent des déficits cognitifs significatifs et diffus durant la première année d’abstinence. Déficits qui se normalisent après un an. Ces résultats soutiennent l’hypothèse de déficits cognitifs diffus reliés à l’alcoolisme et suggèrent que la cognition devrait faire partie intégrante du traitement d’alcoolisme. / Background: The cognitive repercussions of alcoholism are well documented. However, the literature remains somewhat ambiguous with which distinct cognitive functions are more susceptible to impairment in alcoholism and to how duration of abstinence affects cognitive recovery. Some theories claim alcohol negatively affects specific cognitive functions while others assert that deficits are more diffuse in nature. We performed the first meta-analysis to examine cognition in alcoholism and how duration of abstinence affects cognitive recovery. Methods: A literature search yielded 62 studies assessing cognitive dysfunction among alcoholics. Effect size estimates were calculated using the Comprehensive Meta-Analysis V2, for the following 12 cognitive domains: intelligence quotient, verbal fluency/language, speed of processing, working memory, attention, problem solving/executive functions, inhibition/impulsivity, verbal learning, verbal memory, visual learning, visual memory, and visuo-spatial abilities. Within these 12 domains, 3 effect size estimates were calculated based on abstinence duration and partitioned into short- (<1 month), intermediate- (2 to 12 months) and long- (>1 year) term abstinence. Results: Findings revealed moderate impairment across 11 cognitive domains during short term abstinence with moderate impairment across 10 domains during intermediate term abstinence, and overall small effect size estimates during long term abstinence. Conclusions: Results suggest significant cognitive dysfunction during the first year following abstinence from alcohol and that long term abstinence yields near normalisation of cognitive function. These findings support the diffuse brain deficits hypothesis. Clinical implications suggest that cognition may need to be considered an integral part of the treatment of alcoholism.

Cette thèse s’intéresse aux effets des transferts de fonds sur la pauvreté et les différents indicateurs de bien-être et à la mesure de l’impact de ces flux monétaires sur les différentes positions de la répartition de la dépense par tête. L’étude utilise les données des deux plus récentes enquêtes sur les ménages du Vietnam (VHLSS 2010 et 2012). Plusieurs méthodes empiriques sont utilisées dans cette thèse: méta-analyse, appariement par propension de score, la régression avec les variables instrumentales et enfin l’effet du traitement sur le quantile (QTE). On a utilisé l’indicateur de pauvreté (basé sur la consommation) selon le critère du Bureau General des Statistiques du Vietnam (GSO) et de la Banque Mondiale (WB) et les indicateurs de bien-être : dépenses par tête et dépenses des ménages. Plusieurs résultats intéressants ont émergé. L'étude présentée dans le chapitre 2 constitue une des premières méta-analyses pour mettre en évidence l'effet empirique véritable de l'impact des transferts de fonds sur la pauvreté. Nos résultats ont trouvé que de nombreuses caractéristiques de l’étude peuvent expliquer l’hétérogénéité de différentes tailles reportées de l’effet des transferts de fonds sur la pauvreté : la région géographique et le niveau de développement de pays récipiendaire, la méthode économétrique et les indicateurs de pauvreté utilisés. Dans le chapitre 3, on a utilisé la méthode d’appariement par propension de score. On a trouvé que les transferts ont réduit la probabilité d’être pauvre entre 7.3 % pour les familles rurales et 3 % pour les familles urbaines. En outre, les transferts de fonds ont amélioré le niveau de vie des ménages qui en bénéficient. Dans le chapitre 4, nous avons utilisé la méthode de régression avec les variables instrumentales, les transferts de fonds ont réduit la probabilité pour la famille de vivre sous le seuil de pauvreté de 7.5%. Les résultats sont robustes et vérifiés par les différentes méthodes économétriques. Au final, on trouve que le gain de transfert de fonds est plus important dans les familles riches au Vietnam, surtout quand on prend en compte l’endogenéité de la variable «transfert de fonds ». / This study examines the impact of remittances on poverty, the welfare of receiving-households. It measures the extent to which the remittance flows are distributed among households at various points in the consumption distribution, using two latest rounds of Vietnam Household Living Standard Surveys 2010 and 2012 (VHLSSs). We applied different estimation method in this study including the meta-regression framework, matching method, IV method and quantile treatment effect regression. We use the expenditure poverty line measured by General Statistics Office/World Bank (GSO-WB), while the welfare indicator is measured by household and per capita expenditure. Several interesting results emerged. In chapter 2, the study is one of the first meta-regression analysis regarding the investigation of the “true” empirical effect of remittances on poverty reduction. The findings reveal that the heterogeneity in effect size of the impact of remittance on poverty reduction for a specific study may depend on various key factors: geographical region and level of development of one country, econometric method, and poverty indicators. In chapter 3, we apply the matching method. The poverty reduction effect of remittances varies between 7.3 percentage points and 3.0 percentage points for rural and urban families respectively. Furthermore, we find a significant increase of expenditure for remittances-receiving households. In chapter 4, using the historical migration networks as instruments for remittance receipts, we found that international remittances do decrease the likelihood of household poverty by about 7.5 percentage points. Finally, the gain of remittances is significantly larger among better–off households in Vietnam, especially when the endogeneity of remittance is taken into account in QTE estimation.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La composition du lait en acides gras (AG) chez la vache laitière est la résultante du métabolisme lipidique au niveau du rumen et au niveau de la glande mammaire. Dans le cadre du renouvellement des systèmes d’unités d’alimentation INRA, l’objectif de ce travail est de prédire par une approche quantitative utilisant la méta-analyse de bases de données, les flux duodénaux d’AG chez les ruminants, le transfert des AG de l’intestin à la glande mammaire, et les flux d’AG sécrétés dans le lait.Des équations de prédiction des flux duodénaux et absorbés des AG saturés, des AG impairs et ramifiés, et d’un grand nombre d’isomères des AG insaturés ont été obtenues en intégrant les effets de facteurs expérimentaux tels que la nature du fourrage, le pourcentage de concentré, la supplémentation en huiles, graines végétales, et en produits marins, et leurs interactions. Ces équations sont fonction des AG ingérés et des facteurs interférents (mode de conservation et familles botaniques des fourrages, composition du régime alimentaire, caractéristiques des animaux).Pour le transfert des AG du duodénum à la glande mammaire, les équations privilégient comme prédicteur leur flux duodénal respectif, mais utilisent aussi des paramètres digestifs ruminaux (pH, acétate, butyrate) ou des caractéristiques des rations pour les AG impairs et ramifiés, ou les AG synthétisés de novo (C4:0 à C14:0).La validation de ces modèles a été faite à partir d’une base de données externe qui a permis de coupler les deux modèles et d’évaluer leur précision. Finalement, nous proposons des équations de prédiction des AG spécifiques ainsi que des groupes d’AG présentant un intérêt nutritionnel et qui peuvent fournir une approche aux systèmes d'unités d'alimentation pour prédire leurs réponses à différents types de rations. / Milk fatty acids (FA) composition in dairy cows results from lipid metabolism in rumen and mammary gland. In the context of renewing the INRA feed unit system, the objective of this work is to predict, by a quantitative approach using metaanalysis, duodenal flows of FA in ruminants, FA transfer from the intestine to the mammary gland, and the secreted FA flows in the milk. Predictive equations for duodenal and absorbed saturated FA, odd and branched FA, and a large number of unsaturated FA isomers were obtained by integrating the effects of experimental factors such as the nature of the forage, the concentrate percentage, supplementation with oleaginous oils and seeds, and marine products, and their interactions.These equations are function of ingested FA and their interfering factors (forage conservation mode and botanical family, diet composition, animal factors).For the transfer of FA from duodenum to the mammary gland, the equations favor the prediction of their respective duodenal flows, but they also use ruminal digestive parameters (pH, acetate, butyrate) or dietary characteristics for odd and branched FA, or de novo synthesized FA (C4 :0 to C14 :0).Models validation was done with an external database, which allowed coupling the two models and evaluate their accuracy. Finally, we propose predictive equations for specific FA as well as FA groups of nutritional interest that can provide an approach to the INRA feed unit system to predict their milk yield responses according to different types of rations.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les recherches épidémiologiques suggèrent que certaines pratiques parentales seraient associées au développement, au maintien et à l'aggravation des troubles anxieux et des symptômes associés au trouble déficitaire de l'attention avec ou sans hyperactivité (TDAH). Malgré la cooccurrence élevée entre les deux troubles, très peu d'études se sont attardées à évaluer les pratiques parentales utilisées dans les familles d'enfants atteints de cette comorbidité. Dans le présent mémoire doctoral, une revue systématique a été réalisée afin de documenter les pratiques parentales utilisées dans les familles d'enfants âgés de 5 à 12 ans ayant la comorbidité trouble anxieux et TDAH. Une méta-analyse a ensuite été effectuée afin de comparer ces pratiques parentales à celles utilisées dans les familles d'enfants ayant un TDAH seulement. Les bases de données PsycINFO (Ovid), Medline (Ovid), EMBASE, Web of Science et ProQuest Dissertations & Theses Global ont été consultées afin d'identifier les documents pertinents, en anglais ou en français, publiés entre la date de création de la base de données et août 2020. Les résultats suggèrent que des pratiques parentales associées à la fois aux troubles anxieux et au TDAH sont utilisées dans les familles d'enfants présentant les deux troubles. Les parents d'enfants qui ont cette comorbidité utilisent davantage de pratiques parentales associées aux troubles anxieux et un niveau similaire de pratiques parentales associées au TDAH comparativement aux parents d'enfants qui ont un TDAH seulement. Ce projet de recherche est, à notre connaissance, le premier à recenser les pratiques parentales associées à la comorbidité trouble anxieux et TDAH chez les enfants. Mieux connaître les pratiques utilisées par ces parents aidera à soutenir la réflexion quant à l'interaction entre certains facteurs parentaux et infantiles. Cela pourra également aider l'implantation de stratégies d'intervention pertinentes dans les services thérapeutiques offerts aux familles d'enfants ayant un trouble anxieux et un TDAH.