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Power of QTL mapping of different genome-wide association methods for traits under different genetic structures: a simulation study / Poder de mapear QTL de diferentes métodos de associação genômica ampla para características com diferentes estruturas genéticas: estudo de simulação

Garcia Neto, Baltasar Fernandes 27 February 2018 (has links)
Submitted by Baltasar Fernandes Garcia Neto null (baltasar.fgn@gmail.com) on 2018-03-09T19:05:14Z No. of bitstreams: 1 Diss_Balt_Final.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-12T18:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 garcianeto_bf_me_jabo.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-12T18:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 garcianeto_bf_me_jabo.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A complexidade das características que podem apresentar diferentes estruturas de ação gênica como, por exemplo, poligênicas ou afetadas por genes de efeito maior, aliado a diferentes herdabilidades, entre outros fatores, tornam a detecção de QTLs desafiadora. Diversos métodos têm sido empregados com o intuito de realizar estudos de associação ampla do genoma (GWAS), objetivando o mapeamento de QTL. A metodologia weighted single-step GBLUP (wssGBLUP), por exemplo, é uma alternativa para a realização de GWAS, que permite o uso simultâneo de informações genotípicas, de pedigree e fenotípicas, mesmo de animais não genotipados. Métodos Bayesianos também são utilizados para a realização de GWAS, partindo da premissa básica de que a variância observada pode variar em cada locus em uma distribuição a priori específica. O objetivo do presente estudo foi avaliar, por meio de simulações, quais métodos, dentre os avaliados, mais auxiliaria na identificação de QTLs para características poligênicas e afetadas por genes de efeito maior, apresentando diferentes herdabilidades. Utilizamos os métodos: wssGBLUP, com a inclusão ou não de informação adicional fenotípica de animais não genotipados e dois distintos ponderadores para os marcadores, onde w1 representou a mesma ponderação (w1=1) e w2 a ponderação calculada de acordo com o processo de iteração anterior (w1) ; Bayes C, assumindo dois valores para π (π=0.99 and π=0.999), onde π é a proporção de SNPs não incluída no modelo, além do LASSO Bayesiano. Os resultados mostraram que para cenários poligênicos o poder de detecção é menor e o uso adicional de fenótipos de animais não genotipados pode ajudar na detecção, ainda que com pouca intensidade. Para cenários com característica sob efeito maior, houve maior poder na detecção de QTL pelos diferentes métodos em comparação aos cenários poligênicos com destaque para a leve vantagem do método Bayes C. A inclusão de informação fenotípica adicional, entretanto, causou viés nas estimativas e atrapalhou o desempenho do wssGBLUP na presença de QTL com efeito maior. O aumento da v herdabilidade para ambas as estruturas melhorou o desempenho dos métodos e o poder de mapeamento. O método mais adequado para a detecção de QTL depende da estrutura genética e da herdabilidade da característica, não existindo um método que seja superior para todos os cenários. / The complexity of the traits that can present different genetic structures, such as polygenic or affected by genes of major effect, in addition to different heritabilities, among other factors, make the detection of QTLs challenging. Several methods have been employed with the purpose of performing genome wide association studies (GWAS), aiming the mapping of QTL. The single-step weighted GBLUP (wssGBLUP) method, for example, is an alternative to GWAS, which allows the simultaneous use of genotypic, pedigree and phenotypic information, even from non-genotyped animals. Bayesian methods are also used to perform GWAS, starting from the basic premise that the observed variance can vary at each locus with a specific priori distribution. The objective of the present study was to evaluate, through simulation, which methods, among the evaluated ones, more assist in the identification of QTLs for polygenic and major gene affected traits, presenting different heritabilities. We used the following methods: wssGBLUP, with or without additional phenotypic information from non-genotyped animals and two different weights for markers, where w1 represented the same weight (w1=1) and w2 the weight calculated according to the previous iteration process (w1); Bayes C, assuming two values for π (π = 0.99 and π = 0.999), where π is the proportion of SNPs not included in the model, and Bayesian LASSO. The results showed that for polygenic scenarios the detection power is lower and the additional use of phenotypes from non-genotyped animals may help in the detection, yet with low intensity. For scenarios with major effect, there was greater power in the detection of QTL by all different methods with slighter superior performance for the Bayes C method. However, the inclusion of additional phenotypic information caused bias in the estimates and harmed the performance of the wssGBLUP in the presence of major QTL. The increase in heritability for both structures improved the performance of the methods and the power of mapping. The most suitable method for the iii detection of QTL is dependent on the genetic structure and the heritability of the trait, and there is not a superior method for all scenarios.
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Avaliação de métodos estatísticos aplicados ao estudo de testes diagnósticos na presença do viés de verificação / Evaluation of statistical methods applied to diagnostics tests in the presence of the verification bias.

Aragon, Davi Casale 31 August 2007 (has links)
O estudo de métodos estatísticos na avaliação de métodos diagnósticos tem aumentado consideravelmente nas últimas décadas. Desde o início, quando Yerushalmy (1947) publicou seu traba lho sobre confiabilidade do roentgeno grama na identificação da tuberculose, novas metodologias surgiram para que fosse possível a obtenção de valores de sensibilidade e especificidade de testes diagnósticos. A sensibilidade é definida como a probabilidade de o teste sob investigação fornecer um resultado positivo, dado que o indivíduo é realmen te portador da enfermidade. A especifi cidade, por sua vez, é definida como a probabilidade de o teste fornecer um resultado negativo, dado que o indivíduo está livre da enfermidade. Na prática, é comum ocorrerem situações em que uma proporção de indivíduos selecionados não pode ter o estado real da doença verificado, por se tratar de procedimentos invasivos, como no diagnóstico de câncer de pulmão, ou quaisquer outros casos em que são envolvidos riscos, portanto não praticá veis, nem éticos, ou ainda por serem de alto custo. Assim, em vez de se contornar o proble ma, muitos estudos de avaliação de performance de testes diagnósticos são elaborados apenas com informações de indivíduos verificados. Esse procedimento pode levar a resultados viesados. É o chamado viés de verificação, que consiste no cálculo de estimativas de sensibilidade e especi ficidade de testes diagnósticos quando apenas os indivíduos verificados pelo padrão ouro são inseridos na análise e os não verificados são descartados ou considerados livres de doença. Este trabalho apresenta uma revisão das metodologias já propostas para se calcularem a sensibilidade e a especificidade quando existe o viés de verificação, bem como uma análise detalhada da influência da proporção de indivíduos não verificados, o efeito do tamanho amostral e a escolha de distri buições a priori, quando utilizada a metodologia bayesiana, no cálculo dessas estimativas. Também foi introduzida uma metodologia, sob enfoque bayesiano, para a estimação das medidas de desempenho de dois testes diagnósticos, na presen ça do viés de verificação. / The study of statistical methods on diagnostic tests evaluation has increa sed in the last decades. Since the beginning, when Yerushalmy (1947) published his work about trustwor thiness of the roentgenogram in the identification of the tuberculosis, new methodologies had appeared and so that it was possible to get values of sensi tivity and specificity of diagnostic tests. Sensitivity is defined as the probability of the test under inquiry supply a positive result, since that the individual is really carrying on the disease. The specificity, in the other hand, is defined as the probability of the test supply a negative result, since that the individual is free of the disease. In practice, it is usual to occur situations where a proportion of selected individuals cannot have verified the real state of the illness, to the fact that the verification test can be an invasive procedure, as in the diagnosis of lung cancer, or any other cases where risks are involved, therefore not practicable, nor ethical, or still procedures with high cost. Thus, instead of solve the problem, many studies of evaluation of performance of diagnostic tests are elaborated only using the information of verified individuals. This procedure can leads to biased results. This is known as verification bias, that consists of the calculation of estimates of sensitivity and specificity of diagnostic tests when only the individuals verified by the gold standard test are inserted in the analysis and the unverified ones, discarded or considered that they are free of the disease. This work presents a revision of the methodologies already proposed to calculate sensitivity and the specificity in the presence of the verifi cation bias, as well as a detailed analysis of the influence of the propor tion of individuals not verified, the effect of the sample size and the influ ence of choosing different prior densi ties, when using the bayesian methodo logy, in the calculation of these estima tes. It was also introduced a bayesian methodology to estimate performance measures of two diagnostic tests when the verification bias is present.
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Padrões espaço-temporais da incidência da tuberculose em Ribeirão Preto, SP: uso de um modelo bayesiano auto-regressivo condicional / Spatio-temporal patterns of tuberculosis incidence in Ribeirão Preto: using a conditional autoregressive model

Daiane Leite da Roza 24 August 2011 (has links)
Neste trabalho foram utilizados modelos de regressão espaço-temporais bayesianos para estimar a incidência de TB em Ribeirão Preto (anos de 2006 a 2009) por área de abrangência de unidades de saúde, associando-a a covariáveis de interesse (IPVS, Renda e Educação predominantes naquelas áreas). O método baseia-se em simulações MCMC para estimar as distribuições a posteriori das incidências de TB em Ribeirão Preto. Como resultado, temos mapas que mostram mais claramente um padrão espacial, com estimativas mais suavizadas e com menos flutuações aleatórias. Observamos que as áreas com as mais altas taxas de incidência também possuem índice de vulnerabilidade social médio e alto. Em relação à renda, a faixa salarial predominante dos responsáveis pelo domicílio nestas regiões é entre 0 e 3 salários mínimos e o nível de escolaridade predominante dos chefes do domicílio nestas regiões é o ensino fundamental. Os resultados dos modelos bayesianos analisados nos evidenciam que com o aumento da vulnerabilidade social aumentamos significativamente a incidência de TB em Ribeirão Preto. Nas áreas onde a vulnerabilidade é alta a incidência de TB chega a quase 15 vezes a incidência das áreas sem vulnerabilidade. Houve um aumento significativo em relação à incidência de tuberculose em Ribeirão Preto durante os anos estudados, sendo as maiores incidências registradas no ano de 2009. O uso de mapas facilitou a visualização de áreas que merecem uma atenção especial no controle da TB, além disso, a associação da doença com renda, escolaridade e vulnerabilidade social trazem subsídios para que os gestores responsáveis pelo planejamento do município planejem intervenções com uma atenção especial a estas áreas, reunindo esforços para a redução da pobreza e da desigualdade social, alternativas para uma melhor distribuição de renda e melhorar o acesso ao saneamento básico dentre outras prioridades. / In this study we used Bayesian space-temporal regression models to estimate the incidence of TB in Ribeirão Preto, SP (years 2006 to 2009) by the coverage area of health units, associating it with the covariates of interest (IPVS, Income and Education predominant those areas). The method is based on MCMC simulations for estimate the posterior distributions of TB incidence in Ribeirão Preto. As a result, we have maps that show a spatial pattern more clearly, with estimates smoother and less random fluctuations. We observed that the areas with the highest incidence rates also have medium and high social vulnerability index. Concerning income, the prevailing salary range of household heads in these regions is between 0 and 3 minimum wages and the prevailing level of education of household heads in these regions is the elementary school. The results of the models in Bayesian analysis show that with increasing social vulnerability significantly increased the incidence of TB in Ribeirao Preto. In areas where vulnerability is high incidence of TB is nearly 15 times the incidence of areas without vulnerability. There was a significant increase in the incidence of tuberculosis in Ribeirão Preto during the years studied, the highest incidence recorded in 2009. The use of maps improved visualization of areas that deserve special attention for TB control, in addition, the association of disease with income, education and social vulnerability that bring benefits to the managers responsible for planning the municipality to plan interventions with special attention these areas, uniting efforts to reduce poverty and social inequality, alternatives to improve income distribution and improve access to basic sanitation among other priorities.
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Padrões espaço-temporais da incidência da AIDS no município de São Paulo, Brasil / Spatiotemporal patterns in the incidence of AIDS in São Paulo city, Brazil

Lizzi, Elisângela Aparecida da Silva 21 July 2015 (has links)
Este trabalho objetiva investigar os padrões espaço-temporais dos casos notificados de AIDS entre os anos de 2000 a 2010 no município de São Paulo, SP, segundo seus 96 Distritos Administrativos, bem como suas associações com as características sociodemográficas e de vulnerabilidade social destas áreas. Trata-se de um estudo ecológico, e as ferramentas utilizadas para a estimação de taxas de incidência e análise dos dados são modelos bayesianos de regressão que incorporam efeitos temporais e espaciais. Estes modelos incluem efeitos aleatórios com uma distribuição CAR (autorregressiva condicional) normal bivariada que capturam a influência das áreas adjacentes sobre o número de casos notificados em cada região, segundo o sexo. Estimativas dos parâmetros do modelo foram obtidas pelo método de simulação estocástica MCMC (Monte Carlo em Cadeia de Markov). O padrão espaço-temporal encontrado neste trabalho mostra traços históricos da epidemia de AIDS no Brasil e o estudo estratificado por sexo na evolução da doença para os anos em estudo evidencia aspectos comportamentais da transmissão em populações de risco. Pode-se evidenciar que os Distritos Administrativos com classes econômicas melhores apresentaram maiores incidência da doença no sexo masculino, já áreas com classes econômicas menos favorecidas apresentaram maiores taxas de incidência da AIDS no sexo feminino, justificado pela pauperização e feminização da AIDS. Os resultados encontrados são úteis para subsidiar o planejamento de políticas e ações de saúde direcionadas para o controle da AIDS em áreas e populações de risco diversificada por sexo do município de São Paulo. Ressalta-se a necessidade de atuação diversificada por Distrito Administrativo no acesso a serviços de saúde, entre os sexos, com o intuito de propor uma estratégia de atendimento para homens e mulheres separadas por áreas e provendo equipes de apoio diferentes para área com características particulares. A abordagem bayesiana proposta se mostrou satisfatório em indicar áreas que precisam de mais atenção quanto a necessidade de serviços de saúde, desenvolvimento humano e vulnerabilidade. / This study aims to investigate the spatiotemporal patterns of reported AIDS cases between the years 2000 to 2010 in São Paulo, SP, according to its 96 Administrative Districts, and their associations with sociodemographic characteristics and social vulnerability of these areas. This is an ecological study, and the tools used to incidence rates estimation and analysis of data is Bayesian regression models that incorporate spatial and temporal effects. These models include random effects with a CAR distribution (conditional autoregressive) bivariate normal that capture the influence of adjacent fields on the number of cases reported in each region, according to sex. Estimates of the model parameters were obtained by stochastic simulation method MCMC (Monte Carlo Markov Chain). The spatiotemporal pattern found in this work shows historical traces of the AIDS epidemic in Brazil and the study stratified by gender in the course of the disease for the years under study reveals behavioral aspects of transmission in populations at risk. Can show that the Administrative Districts with better economic classes had higher incidence of the disease in males, since areas with less favored economic classes had higher incidence rates of AIDS among women, justified by the AIDS pauperization and feminization. The results are useful to support the policy planning and health actions directed to the control of AIDS in areas and populations of diverse risk by gender in São Paulo. It emphasizes the need for diversified operations by Administrative District in access to health services, gender, in order to propose a service strategy to separate men and women for areas and providing different support teams to the area with particular characteristics. The bayesian approach proposed proved satisfactory to indicate areas that need more attention as the need for health services, human development and vulnerability.
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Padrões espaço-temporais da incidência da AIDS no município de São Paulo, Brasil / Spatiotemporal patterns in the incidence of AIDS in São Paulo city, Brazil

Elisângela Aparecida da Silva Lizzi 21 July 2015 (has links)
Este trabalho objetiva investigar os padrões espaço-temporais dos casos notificados de AIDS entre os anos de 2000 a 2010 no município de São Paulo, SP, segundo seus 96 Distritos Administrativos, bem como suas associações com as características sociodemográficas e de vulnerabilidade social destas áreas. Trata-se de um estudo ecológico, e as ferramentas utilizadas para a estimação de taxas de incidência e análise dos dados são modelos bayesianos de regressão que incorporam efeitos temporais e espaciais. Estes modelos incluem efeitos aleatórios com uma distribuição CAR (autorregressiva condicional) normal bivariada que capturam a influência das áreas adjacentes sobre o número de casos notificados em cada região, segundo o sexo. Estimativas dos parâmetros do modelo foram obtidas pelo método de simulação estocástica MCMC (Monte Carlo em Cadeia de Markov). O padrão espaço-temporal encontrado neste trabalho mostra traços históricos da epidemia de AIDS no Brasil e o estudo estratificado por sexo na evolução da doença para os anos em estudo evidencia aspectos comportamentais da transmissão em populações de risco. Pode-se evidenciar que os Distritos Administrativos com classes econômicas melhores apresentaram maiores incidência da doença no sexo masculino, já áreas com classes econômicas menos favorecidas apresentaram maiores taxas de incidência da AIDS no sexo feminino, justificado pela pauperização e feminização da AIDS. Os resultados encontrados são úteis para subsidiar o planejamento de políticas e ações de saúde direcionadas para o controle da AIDS em áreas e populações de risco diversificada por sexo do município de São Paulo. Ressalta-se a necessidade de atuação diversificada por Distrito Administrativo no acesso a serviços de saúde, entre os sexos, com o intuito de propor uma estratégia de atendimento para homens e mulheres separadas por áreas e provendo equipes de apoio diferentes para área com características particulares. A abordagem bayesiana proposta se mostrou satisfatório em indicar áreas que precisam de mais atenção quanto a necessidade de serviços de saúde, desenvolvimento humano e vulnerabilidade. / This study aims to investigate the spatiotemporal patterns of reported AIDS cases between the years 2000 to 2010 in São Paulo, SP, according to its 96 Administrative Districts, and their associations with sociodemographic characteristics and social vulnerability of these areas. This is an ecological study, and the tools used to incidence rates estimation and analysis of data is Bayesian regression models that incorporate spatial and temporal effects. These models include random effects with a CAR distribution (conditional autoregressive) bivariate normal that capture the influence of adjacent fields on the number of cases reported in each region, according to sex. Estimates of the model parameters were obtained by stochastic simulation method MCMC (Monte Carlo Markov Chain). The spatiotemporal pattern found in this work shows historical traces of the AIDS epidemic in Brazil and the study stratified by gender in the course of the disease for the years under study reveals behavioral aspects of transmission in populations at risk. Can show that the Administrative Districts with better economic classes had higher incidence of the disease in males, since areas with less favored economic classes had higher incidence rates of AIDS among women, justified by the AIDS pauperization and feminization. The results are useful to support the policy planning and health actions directed to the control of AIDS in areas and populations of diverse risk by gender in São Paulo. It emphasizes the need for diversified operations by Administrative District in access to health services, gender, in order to propose a service strategy to separate men and women for areas and providing different support teams to the area with particular characteristics. The bayesian approach proposed proved satisfactory to indicate areas that need more attention as the need for health services, human development and vulnerability.
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Avaliação de métodos estatísticos aplicados ao estudo de testes diagnósticos na presença do viés de verificação / Evaluation of statistical methods applied to diagnostics tests in the presence of the verification bias.

Davi Casale Aragon 31 August 2007 (has links)
O estudo de métodos estatísticos na avaliação de métodos diagnósticos tem aumentado consideravelmente nas últimas décadas. Desde o início, quando Yerushalmy (1947) publicou seu traba lho sobre confiabilidade do roentgeno grama na identificação da tuberculose, novas metodologias surgiram para que fosse possível a obtenção de valores de sensibilidade e especificidade de testes diagnósticos. A sensibilidade é definida como a probabilidade de o teste sob investigação fornecer um resultado positivo, dado que o indivíduo é realmen te portador da enfermidade. A especifi cidade, por sua vez, é definida como a probabilidade de o teste fornecer um resultado negativo, dado que o indivíduo está livre da enfermidade. Na prática, é comum ocorrerem situações em que uma proporção de indivíduos selecionados não pode ter o estado real da doença verificado, por se tratar de procedimentos invasivos, como no diagnóstico de câncer de pulmão, ou quaisquer outros casos em que são envolvidos riscos, portanto não praticá veis, nem éticos, ou ainda por serem de alto custo. Assim, em vez de se contornar o proble ma, muitos estudos de avaliação de performance de testes diagnósticos são elaborados apenas com informações de indivíduos verificados. Esse procedimento pode levar a resultados viesados. É o chamado viés de verificação, que consiste no cálculo de estimativas de sensibilidade e especi ficidade de testes diagnósticos quando apenas os indivíduos verificados pelo padrão ouro são inseridos na análise e os não verificados são descartados ou considerados livres de doença. Este trabalho apresenta uma revisão das metodologias já propostas para se calcularem a sensibilidade e a especificidade quando existe o viés de verificação, bem como uma análise detalhada da influência da proporção de indivíduos não verificados, o efeito do tamanho amostral e a escolha de distri buições a priori, quando utilizada a metodologia bayesiana, no cálculo dessas estimativas. Também foi introduzida uma metodologia, sob enfoque bayesiano, para a estimação das medidas de desempenho de dois testes diagnósticos, na presen ça do viés de verificação. / The study of statistical methods on diagnostic tests evaluation has increa sed in the last decades. Since the beginning, when Yerushalmy (1947) published his work about trustwor thiness of the roentgenogram in the identification of the tuberculosis, new methodologies had appeared and so that it was possible to get values of sensi tivity and specificity of diagnostic tests. Sensitivity is defined as the probability of the test under inquiry supply a positive result, since that the individual is really carrying on the disease. The specificity, in the other hand, is defined as the probability of the test supply a negative result, since that the individual is free of the disease. In practice, it is usual to occur situations where a proportion of selected individuals cannot have verified the real state of the illness, to the fact that the verification test can be an invasive procedure, as in the diagnosis of lung cancer, or any other cases where risks are involved, therefore not practicable, nor ethical, or still procedures with high cost. Thus, instead of solve the problem, many studies of evaluation of performance of diagnostic tests are elaborated only using the information of verified individuals. This procedure can leads to biased results. This is known as verification bias, that consists of the calculation of estimates of sensitivity and specificity of diagnostic tests when only the individuals verified by the gold standard test are inserted in the analysis and the unverified ones, discarded or considered that they are free of the disease. This work presents a revision of the methodologies already proposed to calculate sensitivity and the specificity in the presence of the verifi cation bias, as well as a detailed analysis of the influence of the propor tion of individuals not verified, the effect of the sample size and the influ ence of choosing different prior densi ties, when using the bayesian methodo logy, in the calculation of these estima tes. It was also introduced a bayesian methodology to estimate performance measures of two diagnostic tests when the verification bias is present.
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Padrões espaço-temporais da incidência da tuberculose em Ribeirão Preto, SP: uso de um modelo bayesiano auto-regressivo condicional / Spatio-temporal patterns of tuberculosis incidence in Ribeirão Preto: using a conditional autoregressive model

Roza, Daiane Leite da 24 August 2011 (has links)
Neste trabalho foram utilizados modelos de regressão espaço-temporais bayesianos para estimar a incidência de TB em Ribeirão Preto (anos de 2006 a 2009) por área de abrangência de unidades de saúde, associando-a a covariáveis de interesse (IPVS, Renda e Educação predominantes naquelas áreas). O método baseia-se em simulações MCMC para estimar as distribuições a posteriori das incidências de TB em Ribeirão Preto. Como resultado, temos mapas que mostram mais claramente um padrão espacial, com estimativas mais suavizadas e com menos flutuações aleatórias. Observamos que as áreas com as mais altas taxas de incidência também possuem índice de vulnerabilidade social médio e alto. Em relação à renda, a faixa salarial predominante dos responsáveis pelo domicílio nestas regiões é entre 0 e 3 salários mínimos e o nível de escolaridade predominante dos chefes do domicílio nestas regiões é o ensino fundamental. Os resultados dos modelos bayesianos analisados nos evidenciam que com o aumento da vulnerabilidade social aumentamos significativamente a incidência de TB em Ribeirão Preto. Nas áreas onde a vulnerabilidade é alta a incidência de TB chega a quase 15 vezes a incidência das áreas sem vulnerabilidade. Houve um aumento significativo em relação à incidência de tuberculose em Ribeirão Preto durante os anos estudados, sendo as maiores incidências registradas no ano de 2009. O uso de mapas facilitou a visualização de áreas que merecem uma atenção especial no controle da TB, além disso, a associação da doença com renda, escolaridade e vulnerabilidade social trazem subsídios para que os gestores responsáveis pelo planejamento do município planejem intervenções com uma atenção especial a estas áreas, reunindo esforços para a redução da pobreza e da desigualdade social, alternativas para uma melhor distribuição de renda e melhorar o acesso ao saneamento básico dentre outras prioridades. / In this study we used Bayesian space-temporal regression models to estimate the incidence of TB in Ribeirão Preto, SP (years 2006 to 2009) by the coverage area of health units, associating it with the covariates of interest (IPVS, Income and Education predominant those areas). The method is based on MCMC simulations for estimate the posterior distributions of TB incidence in Ribeirão Preto. As a result, we have maps that show a spatial pattern more clearly, with estimates smoother and less random fluctuations. We observed that the areas with the highest incidence rates also have medium and high social vulnerability index. Concerning income, the prevailing salary range of household heads in these regions is between 0 and 3 minimum wages and the prevailing level of education of household heads in these regions is the elementary school. The results of the models in Bayesian analysis show that with increasing social vulnerability significantly increased the incidence of TB in Ribeirao Preto. In areas where vulnerability is high incidence of TB is nearly 15 times the incidence of areas without vulnerability. There was a significant increase in the incidence of tuberculosis in Ribeirão Preto during the years studied, the highest incidence recorded in 2009. The use of maps improved visualization of areas that deserve special attention for TB control, in addition, the association of disease with income, education and social vulnerability that bring benefits to the managers responsible for planning the municipality to plan interventions with special attention these areas, uniting efforts to reduce poverty and social inequality, alternatives to improve income distribution and improve access to basic sanitation among other priorities.
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Los modelos multinivel en el análisis de factores de riesgo de sibilancias recurrentes en lactantes. Enfoques frecuentista y bayesianao

Pérez Fernández, Virginia 05 December 2012 (has links)
En esta tesis se han mostrado los conceptos fundamentales de la metodología multinivel, y se han desarrollado los enfoques frecuentista y bayesiano para el análisis de los modelos multinivel logísticos de 2 niveles. Se ha realizado un estudio comparativo entre un método de análisis que no tiene en cuenta la estructura jerárquica de los datos y los métodos multinivel para el análisis de los factores de riesgo de las sibilancias recurrentes en lactantes. Se han comparado los enfoques frecuentista y bayesiano tanto para el análisis de los modelos multinivel de 2 niveles completamente aleatorios, con intercepto y pendiente aleatoria, como para los modelos de 2 niveles con intercepto aleatorio y variables explicativas del primer nivel y del segundo nivel. El resultado obtenido es que los modelos multinivel mejoran la precisión de las estimaciones de los parámetros respecto a los modelos que no tienen en cuenta la estructura jerárquica de los datos / This thesis shows the fundamental concepts of the multilevel methodology, and the frequentist and bayesian approaches for multilevel models for binary responses. A comparative study between a method of analysis which does not consider the hierarchical structure of the data and two multilevel methods when applied to study of wheezing and its risk factors in the first year of life. A bayesian and frequentist methods were compared for fitting a two-level random slope model, with random intercept and random slope, and for a random intercept model with a two level explanatory variables. The results show that the multilevel models improve estimations accuracy of parameters regarding models which do not consider the hierarchical structure of the data.
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Estudio del efecto de un programa de fidelización en el comportamiento de compra de sus clientes

Troncoso Cortez, Isamar Aeling January 2016 (has links)
Ingeniera Civil Industrial / La alta competitividad entre las empresas es una característica presente en muchas industrias. Con esto, los clientes tienen muchas alternativas para satisfacer sus necesidades con bajos costos asociados al cambio entre estas. Con el fin de aumentar la retención de sus clientes, muchas empresas han implementado programas de fidelización o clubes de recompensas, que premian a los miembros que interactúan de manera repetitiva con la compañía. El objetivo del presente trabajo es estudiar el comportamiento de los miembros de un programa de fidelización en relación a las decisiones de compra y canje que realizan durante su permanencia. En específico, se miden dos variables de comportamiento para la evaluar la efectividad del programa en la lealtad de sus miembros: incidencia y monto de compra. Para cumplir el objetivo se realizan tres análisis en base a transacciones de clientes de un club de recompensas de una tienda de retail. Primero, se estudia la incidencia y monto de compra durante la trayectoria al canje usando un modelo Tobit II, que permite considerar correlación entre ambas decisiones y cuya estimación se obtiene con métodos jerárquicos bayesianos para incorporar heterogeneidad continua en los comportamientos de interés. Segundo, mediante un modelo logit binario se analiza la preferencia por productos hedonistas (asociados al lujo o placer) según la cantidad de puntos que requiere el canje. Tercero, con el uso de métodos de matching se determina el efecto del primer canje en el patrón de compra de los consumidores, midiendo a nivel agregado variaciones en incidencia y monto de compra. Los resultados obtenidos muestran la existencia de aceleración o aumento en el esfuerzo invertido a medida que se está más cerca del punto de canje, tanto en incidencia como en el monto gastado en cada compra. El aumento en la probabilidad de compra es mayor cuando se trata de canjes utilitarios, mientras que el aumento en el monto de compra es mayor para canjes hedonistas. En relación a la elección de tipo de canje en función del nivel de esfuerzo requerido, se observó un aumento en la probabilidad de escoger productos hedonistas en los dos niveles de canje más altos. Al estudiar el efecto del primer canje en el comportamiento de compra de los clientes, se observó un aumento de $5.300 en el gasto promedio mensual después de tres meses de efectuado el canje. A partir de los resultados se sugiere ofertar un catálogo de premios con mayor participación de productos hedonistas en los niveles más altos. Además, se recomienda incentivar la ejecución del primer canje puesto que tras este los clientes aumentan su monto promedio de compra. Como trabajo futuro se sugiere explorar otras características que definen el atractivo del producto canjeado y evaluar el efecto del programa en métricas complementarias tales como compras sin tarjeta u interacción con la empresa por otros canales.
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Tomography of the Earth by Geo-Neutrino Emission / Tomografia da Terra pela emissão de geo-neutrinos

Tavares, Leonardo Estêvão Schendes 05 August 2014 (has links)
Geo-neutrinos are electronic anti-neutrinos originated from the beta decay process of some few elements in the decay chains of $^Th$ and $^U$ present in Earth\'s interior. Recent experimental measurements of these particles have been generating great expectations towards a new way for investigating directly the interior of the planet. It is a new multidisciplinary area, which might in the near future bring considerable clues about Earth\'s thermal dynamics and formation processes. In this work, we construct an inferential model based on the multigrid priors method to deal, in a generic way, with the geo-neutrino source reconstruction problem. It is an inverse problem; given a region in space V and a finite and small number of measurements of the potential generated on the surface of V by some charge distribution $ho$, we try to infer $ho$. We present examples of applications and analysis of models in two and three dimensions and we also comment how other a priori information may be included. Furthermore, we indicate the steps for inferring the best locations for future detectors. The objective is to maximize the amount of information liable to be obtained from experimental measurements. We resort to an entropic method of inference which may be applied right after the results of the multigrid method are obtained. / Geo-neutrinos são neutrinos provindos do decaimento beta de alguns poucos elementos nas cadeias de $^$Th e $^$U presentes no interior da Terra. Recentes medidas experimentais dessas partículas têm proporcionado grandes expectativas como uma nova maneira de se investigar o interior do planeta diretamente. Trata-se de uma área multidisciplinar nova, que poderá no futuro próximo nos trazer grandes esclarecimentos sobre a dinâmica térmica e o processo de formação da Terra. Neste trabalho, construímos um modelo de inferência baseado no método de multigrid de priors para tratar, de modo genérico, o problema da reconstrução das fontes de geo-neutrinos no interior da Terra. Trata-se de um problema inverso; dada uma região do espaço V e um número finito e pequeno de medidas do potencial gerado na superfície de V por uma distribuição de carga $ho$, tentamos inferir $ho$. Apresentamos exemplos de aplicações e análises do método em modelos bidimensionais e tridimensionais e também comentamos como outras informações a priori podem ser incorporadas. Além disso, indicamos os passos para se inferir onde detectores futuros devem ser posicionados. O objetivo é maximizar a informação passível de ser obtida das medidas experimentais. Utilizamos um método baseado em inferência entrópica e que pode ser aplicado diretamente depois que os resultados do método de multigrid são obtidos.

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