Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / La dernière décennie a vu se développer une approche novatrice et efficace pour modéliser la propagation de maladies infectieuses dans des populations: l'épidémiologie par réseaux de contacts. Utilisant des réseaux complexes pour tenir compte des interactions permettant la transmission de maladies infectieuses entre les individus, la percolation de liens de tels réseaux permet de prédire l'issue d'une épidémie et donc d 'aider à tester et à améliorer les politiques de santé publique. Nous présentons un nouveau modèle de percolation de liens sur des réseaux complexes possédant une quelconque distribution de degrés et où l'hétérogénétité de la probabilité d'occupation des liens est explicitement intégrée. Puisque plusieurs maladies infectieuses possèdent une transmissibilité hétérogène, due aux différences physiologiques et comportementales entre les individus, ce modèle permettra des études beaucoup plus précises et détaillées et pourra participer à l'élaboration de politiques de santé publique mieux adaptées à la réalité.

Une partie de ce travail de thèse a consisté à appliquer les méthodes de FISH pour l’étude de trois bactéries pathogènes intracellulaires. La viabilité de Bartonella henselae a été évaluée à partir de ganglions de patients atteints de la maladie des griffes du chat (CSD). Le faible taux d’ARN détecté par biologie moléculaire, la stérilité des cultures, l'absence de détection par analyses histologiques et FISH confirment que B. henselae n'est pas ou rarement viable dans les ganglions de patients atteints de CSD. Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple, a été identifié et localisé par FISH, dans les macrophages d’un ganglion et d’une biopsie pulmonaire, confirmant le diagnostic infectieux. Deux méthodes de FISH ont été testées pour détecter Coxiella burnetii dans des cas d’endocardites et d’infections vasculaires en utilisant des sondes oligonucléotidiques et des sondes PNA. Les résultats ont confirmé une meilleure efficacité des sondes PNA et démontré que les techniques de FISH sont plus sensibles que l’immunohistochimie pour le diagnostic des endocardites et des infections vasculaires à C. burnetii. Nous avons également évalué les stratégies moléculaires mises en place pour le diagnostic syndromique. Bien que la PCR conventionnelle à large spectre permette l'identification de micro-organismes fastidieux et anaérobies, la PCR spécifique en temps réel révèle une supériorité significative dans le diagnostic syndromique. En conclusion, ce travail a permis de démontrer l’efficacité et l’applicabilité de la FISH pour la détection bactérienne. Cette méthode peut être utilisée comme un outil complémentaire afin d'améliorer le diagnostic de microbiologie clinique. / We applied FISH methods to the study of three intracellular pathogenic bacteria. The viability of Bartonella henselae was evaluated in a large series of lymph nodes from patients with cat scratch disease (CSD). The results obtained, associated with sterile cultures and negative histological analyzes and FISH, as well as the low level of RNA detected by molecular biology, provide evidence that B. henselae are not or are rarely viable in the lymph nodes of patients with CSD. Tropheryma whipplei has been identified by FISH in macrophages from one lymph node and for the first time in a pulmonary biopsy, confirming the diagnosis of infection. Two methods of FISH have been tested to detect Coxiella burnetii in cases of endocarditis and vascular infections using oligonucleotide and PNA probes. The results attested to the greater efficiency of PNA probes, and demonstrated that FISH were applicable for the diagnosis of C. burnetii endocarditis. We also evaluated the molecular strategies used for syndrome-driven diagnosis of infectious diseases. Although conventional broad-spectrum PCR allows for the identification of fastidious and anaerobic microorganisms, real-time specific PCR reveals a significant superiority in syndrome-driven diagnosis. The addition of specific PCRs in real time PCR would improve our molecular strategies, for example, in the case of the detection of Staphylococcus aureus for the diagnosis of lymphadenopathy. In conclusion, this work demonstrates the effectiveness and applicability of FISH for the identification of intracellular bacteria. This method can be used as an important complementary tool to the improvement of clinical microbiological diagnosis.

Les gastroentérites aiguës (GEA) représentent un lourd fardeau pour la population pédiatrique. Elles sont responsables d’une mortalité importante, particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays à faibles revenus, et ont un impact socio-économique non négligeable dans les pays à hauts revenus. La prévalence des différents entéropathogènes potentiellement impliqués dans les GEA varie selon les études, dépendamment de la technique diagnostique utilisée, de la population étudiée – âge des patients, co-morbidités, situation géographique et socio-économique – et du moment où l’étude a été réalisée.Campylobacter est l’un des pathogènes entériques majeurs dans les pays à hauts revenus. Les espèces Campylobacter jejuni et coli sont les plus fréquemment retrouvées par les méthodes de culture sur des milieux sélectifs utilisées en routine dans la plupart des laboratoires de microbiologie. Cependant l’utilisation d’autres méthodes, comme la technique « de filtration » ou les techniques de PCR, permet de mettre en évidence d’autres campylobacters tels que Campylobacter concisus dont le rôle dans les GEA est sujet à controverse.Dans ce contexte, l’objectif général de ce travail de thèse est l’amélioration de la prise en charge diagnostique des GEA en pédiatrie à Bruxelles. Cet objectif se détaille en deux sousobjectifs: d’abord une étude de prévalence des entéropathogènes - et potentiels entéropathogènes -, ensuite une amélioration de techniques diagnostiques. Ces éléments sont détaillés ci-dessous.La première partie de ce travail nous a permis de recruter deux groupes de patients :l’un atteint de GEA (185 cas) et l’autre asymptomatique (179 témoins), mais comparables notamment en termes d’âge, de fréquentation de la crèche ou de l’école, de vaccination contre rotavirus, et de traitement par antibiotique. Au vu des techniques diagnostiques utilisées dans notre étude, Campylobacter jejuni-coli était le principal reponsable de GEA dans notre population (14% des cas), suivi de rotavirus (11% des cas). Seules 6 souches de C. concisus ont pu être retrouvées parmi les cas et 4 parmi les contrôles, ceci ne nous permettant pas de tirer de conclusions quant à un éventuel rôle de ce germe.Malgré une couverture vaccinale satisfaisante de plus de 80% parmi les cas et les témoins recrutés, rotavirus reste le deuxième entéropathogène en termes d’importance avec 11% des cas infectés dans la population étudiée. Si le calcul de l’efficacité vaccinale réalisé dans la seconde partie de ce travail n’a pas montré de résultat statistiquement significatif, les enfants de moins de 12 mois comptaient significativement plus de cas de GEA à rotavirus chez les non vaccinés que chez les vaccinés. La couverture vaccinale pourrait donc encore être améliorée afin de mieux couvrir cet âge à risque de GEA compliquée.Le faible nombre de souches de C. concisus retrouvé dans la première partie du travail nous a poussé à tenter d’améliorer la technique de culture dite « de filtration » utilisée au LHUB-ULB pour la mise en évidence des campylobacters, particulièrement des « non jejuni-coli ». En trois étapes, nous avons pu montrer la supériorité de la combinaison comprenant la gélose Columbia contenant 5% de sang de mouton, avec des filtres en polycarbonate comportant des pores de 0,60 μm de diamètre et une mise en culture dans une atmosphère microaérophile enrichie en hydrogène (7%) afin d’obtenir une meilleure sensibilité de la technique de filtration. Ces améliorations ont fait passer C. concisus en première position en termes de fréquence de Campylobacter, devant C. jejuni.Cette proposition de standardisation de la méthode permettra de faciliter la comparaison de futures études sur le sujet et d’augmenter le nombre de souches de C. concisus isolées afin de tester les hypothèses proposées de génotypes potentiellement pathogènes et de facteurs devirulence sur un échantillon plus large de souches.Parmi les techniques diagnostiques actuelles en microbiologie, les méthodes basées sur l’amplification d’acides nucléiques sont passées sur le devant de la scène, attrayantes par leur rapidité de résultats et par leur haut taux de réponse positive. L’une de ces techniques, le Luminex xTAG GPP a pu être testé sur les échantillons des cas et des témoins. Les résultats soulèvent quelques questions concernant l’utilité de cette technique pour la prise en charge clinique des patients au vu des hauts taux de positivité chez cas et témoins impliquant une réserve dans l’interprétation des résultats, particulièrement pour Salmonella. Certains faux négatifs gênent également l’implémentation en routine de ce test :certaines bactéries retrouvées en culture (Shigella, Yersinia, Campylobacter) ne sont pas détectées par le Luminex. Son intérêt est donc faible en clinique dans l’état actuel de la méthode.Ce travail permet de poser des balises pour l’interprétation des tests microbiologiques effectués et d’attirer l’attention des cliniciens sur l’importance de rester critique en ce qui concerne les résutats obtenus :un résultat positif n’indique pas systématiquement que l’entéropathogène détecté est responsable de la clinique présentée et un négatif ne l’absout pas pour autant. Pareillement, les microbiologistes doivent connaître les besoins des cliniciens afin de proposer des tests qui peuvent y répondre, tant en réduisant le délai de réponse qu’en améliorant la pertinence de celle-ci, selon le contexte de la demande :un individu malade, une prise en charge d’épidémie, une étude épidémiologique. Autant de situations où une discussion et une réflexion sont nécessaires afin d’améliorer la prise en charge des patients et d’éliminer les tests inadéquats générant des coûts inutiles pour le patient, l’hôpital et la société. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les maladies infectieuses demeurent l'une des causes majeures de décès dans le monde. Au Gabon, on estime que plus de la moitié des données disponibles ne sont pas collectées, et que plus de la moitié des données potentiellement collectées ne sont pas transmises au niveau central expliquant ainsi la lenteur à la réactivité du système de santé. Un réseau de surveillance syndromique des maladies infectieuses à potentiel épidémique (SuSyMIPE) a pu être mis en place dans quatre sites (Gamba, Koulamoutou, Libreville et Oyem) sentinelles. Pour chaque syndrome, un groupe de maladies était évoqué. Les notifications journalières de cas codifiées par "Short Message Service" (SMS) étaient transmis en fin d'après-midi. De janvier et octobre 2016, 5348 cas suspects des syndromes surveillés ont été enregistré, 28,1% (n = 1502) de Koulamoutou 24,5% (n = 1310) de Libreville, 24% (n = 1284) Gamba et 23,4% (n = 1252) d' Oyem. 71,3% (n = 3816) des cas étaient des fièvres, 19,7% (n = 1053) des syndromes respiratoires et les cas des syndromes diarrhéiques représentaient 9% (n = 479). Ce réseau nous a permis de détecter assez précocement l'épidémie de rougeole dans deux chefs-lieux de provinces (Libreville et Oyem) en 2016. Au total, entre les semaines 13 et 19, 79 cas suspects ont été notifiés, principalement 82,3% (n = 65) à Oyem et 17,7% (n = 14) à Libreville. Le sex-ratio M / F était de 0,88 (37/42), et l'âge moyen était de 49,37 ± 72.82 mois. Cependant, 53,3% (n = 16/30) seulement ont été confirmés pour la rougeole. La mise en place de ce système de surveillance syndromique nous a permis de répondre de manière plus rapide et plus efficiente aux épisodes de rougeole qui se sont manifestés. / Infectious diseases remain one of the leading causes of death in the world. In Gabon, it is estimated that more than half of the available data are not collected, and that more than half of the potentially collected data are not transmitted centrally, thus explaining the slowness of the responsiveness of the health system. A syndromic surveillance network for infectious diseases with epidemic potential (SuSyMIPE) has been set up in four sites (Gamba, Koulamoutou, Libreville and Oyem) sentinels. For each syndrome, a group of diseases was mentioned. The daily notifications of cases coded by "Short Message Service" (SMS) were transmitted at the end of the afternoon. From January to October 2016, 5348 cases of suspected syndromes were recorded, 28.1% (n = 1502) of Koulamoutou 24.5% (n = 1310) of Libreville, 24% (n = 1284) Gamba and 23, 4% (n = 1252) from Oyem. 71.3% (n = 3816) of the cases were fevers, 19.7% (n = 1053) of the respiratory syndromes and the cases of diarrheal syndromes accounted for 9% (n = 479). This network enabled us to detect the measles epidemic early in two provincial capitals (Libreville and Oyem) in 2016. In total, between weeks 13 and 19, 79 suspected cases were reported, mainly 82.3. % (n = 65) in Oyem and 17.7% (n = 14) in Libreville. The sex ratio M / F was 0.88 (37/42), and the mean age was 49.37 ± 72.82 months. However, only 53.3% (n = 16/30) were confirmed for measles. The implementation of this syndromic surveillance system allowed us to respond more quickly and more efficiently to the measles episodes that occurred.

La gestion des maladies infectieuses est l'un des enjeux majeurs de santé publique, et d'autant plus important dans le contexte actuel de changements globaux (urbanisation, flux migratoires, changement climatique). Pour des maladies à dynamique cyclique comme beaucoup d'infections virales respiratoires (généralement communautaires et hivernales), une gestion adaptée requiert deux éléments fondamentaux : un réseau de surveillance dynamique de médecins de ville et hospitaliers permettant un suivi en temps réel de l'épidémie et une bonne compréhension des facteurs affectant sa diffusion dans le temps et dans l'espace. L'épidémie de grippe saisonnière sévissant en France est un système exemplaire d'infection respiratoire ayant un coût sociétal important. Les données (cliniques et virologiques) accumulées durant ces dernières années par le Réseau des GROG (Groupes Régionaux d'Observation de la Grippe) offrent une opportunité de mieux comprendre le déclenchement et la diffusion des épidémies, d'une part et de mettre en place une méthodologie transversale pouvant être rapidement transposée à d'autres infections respiratoires (émergentes) d'autre part. Mon travail de thèse a consisté dans un premier temps à évaluer l'impact de facteurs climatiques sur la propagation des épidémies de grippe et dans un second temps à estimer l'impact de facteurs de risque de la grippe (flux de mobilité de personnes, facteurs démographiques et climatiques) sur les déclenchements épidémiques. Les résultats obtenus suggèrent un impact significatif de la température et de l'humidité à la fois sur la diffusion globale et sur la variabilité intra-annuelle des déclenchements d'épidémies de grippe en France. Concernant la variabilité régionale des déclenchements épidémiques, elle serait expliquée en partie par des différences de taille de population et de proportions de jeunes (0-19 ans) ainsi que par des flux de mobilité. Ce travail a permis de confirmer et de quantifier, à l'aide de modèles mathématiques, l'impact de différents facteurs de risque de la grippe saisonnière en France. Ces conclusions offrent des opportunités intéressantes pour l'amélioration des mesures de prévention et de contrôle de la grippe en tenant en compte des facteurs mis en évidence / Infectious disease management is one of the major public health issues, and it becomes even more important in the current context of global changes (urbanization, migration flows, climate change). For periodic dynamic diseases like many respiratory viral infections (generally communal and in winter), a suitable management requires two fundamental elements : a dynamic sentinel surveillance network of general practitioners and hospital doctors allowing real-time monitoring of the epidemic; and a good understanding of factors affecting its spread in time and space. Seasonal influenza epidemic spreading in France is an exemplary system of respiratory infection having a significant social cost. Data (clinical and virological) accumulated during last years by the Réseau des GROG (Regional Influenza Surveillance Group) sentinel network offer an opportunity to better understand the onset and spread of epidemics, on the one hand and to set up a transverse methodology that can be rapidly transposed to other (emerging) respiratory infections on the other hand. My PhD work consisted firstly to assess the impact of climatic factors on the spread of influenza epidemics and secondly to estimate the impact of influenza risk factors (mobility flows, demographic and climatic factors) on epidemic onsets. Results suggest a significant impact of temperature and humidity both on the overall spread and on the intra-annual variability of epidemic onsets of influenza epidemics in France. Concerning regional variability of epidemic onsets, it might be explained partially by differences in population sizes and in young proportions (0-19 years old) as well as by mobility flows. This work confirmed and quantified, using mathematical models, the impact of various risk factors of seasonal influenza in France. These findings offer interesting opportunities to improve influenza preventing and controlling measures by taking into account the highlighted factors

Thèse d'exercice : Médecine. Chirurgie générale : Université de Nantes : 2005. / Bibliogr. [8] f. [82 réf.].

Thèse d'exercice : Médecine. Pédiatrie : Université de Nantes : 2007. / Bibliogr.

Les maladies tropicales négligées sont un groupe de maladies infectieuses rencontrées surtout dans les zones rurales ou dans les zones urbaines et pauvres des pays à revenu faible et intermédiaire, et qui constituent elles-mêmes des facteurs aggravants de pauvreté. Comparés à des maladies comme le sida, la malaria et la tuberculose, l'étude et l'effort de lutte contre ces maladies infectieuses sont beaucoup moins développés en termes de fonds investis, de programmes de recherche et de politiques de santé publique. Cette thèse vise à apporter une contribution à l'étude des maladies tropicales négligées, par le biais de travaux théoriques situés à l'interface entre la modélisation et l'écologie, l'évolution et le contrôle de ces maladies. Les résultats obtenus et discutés portent plus particulièrement sur la transmission des maladies vectorielles, et sur l'évolution des macro-parasites. Cette thèse permet ainsi d'illustrer l'intérêt des approches de modélisation en recherche fondamentale pour mieux comprendre et lutter contre ce groupe de maladies infectieuses, des maladies qui chaque année affectent encore des centaines de millions de personnes à travers le monde.

Thèse--Méd. vét.--Dakar, 1979. / Bibliogr. p. 117-122.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2003. / Bibliogr.: f. [69]-73. Publié aussi en version électronique.