L’île de Mayotte, un bout de France dans l’océan Indien entre Madagascar et l’Afrique de l’est, est un territoire insuffisamment équipé. Elle a longtemps été victime dans son développement spatial et socio-économique, d’une succession de statuts juridiques jamais stables, ne favorisant pas une politique de développement et d’aménagement. Mais depuis le changement de statut de l’île en collectivité départementale en 2001 (101 ème département français en 2011), Mayotte a entamé sa phase de mutation. Ainsi, le nouvel objectif de l’ile est de rattraper son retard par rapport à la Métropole et aux autres Départements d’Outre-Mer (DOM). Mais ici, plus qu’ailleurs, les projets d’aménagement sont sources de tensions du fait d’une conjonction de nombreux facteurs parmi lesquels le statut du foncier régi par deux juridictions, d’une part, coutumière et d’autre part le droit commun français. / The island of Mayotte, a piece of France in the Indian Ocean between Madagascar and East Africa, is an insufficiently equipped territory. It was the victim of a succession of never stable legal status, not promoting a policy of planning. But since the change of status of the island in to a departmental authority in 2001 (101 th French department in 2011), Mayotte begain its mutation. Thus, the new goal of the island is to catch up with the metropolis and other Overseas Departments (DOM). But here, more than elsewhere, development projects are a source of tension due to a combination of many factors, including the status of land governed by two jurisdictions, the customary on the one hand, and the French law on the other hand.

Dans quelle mesure le statut juridique d'une collectivité territoriale permet-il une meilleure prise en compte du droit de l'environnement et favorise-t-il le développement durable d'un territoire ? L'évolution du statut juridique de Mayotte vers le statut de département a des conséquences juridiques nombreuses. Le passage du principe de spécialité législative à celui d'identité législative oblige Mayotte à adapter son droit parfois de manière très importante. De nombreux pans du droit sont concernés. Parmi eux le droit de l'environnement tient une place à part car il est l'une des composantes fondamentale du développement durable du territoire. De ce point de vue, la départementalisation est-elle une chance ou une contrainte nouvelle qui apportera plus de problèmes qu'elle n'en résoudra ? Il convient pour apporter une réponse argumentée à ces questions de s'interroger sur l'influence réelle ou supposée du statut juridique d'une communauté sur la mise en œuvre du droit et plus particulièrement du droit de l'environnement. Cette question est complexe car elle impose une étude en terme de droit comparé entre la situation juridique avant la départementalisation lorsque le droit à Mayotte répondait au principe de spécialité et la situation juridique en construction qui sera celle d'un département français soumis au principe de l'identité. La complexité de l'étude s'accroît encore lorsque l'on prend conscience que certaines spécificités mahoraises demeureront après la départementalisation. En d'autres termes, le droit de l'environnement à Mayotte tout en se rapprochant du principe d'identité législative restera sur de nombreuses questions largement dérogatoire. / In what measure does the legal status of a region with a measure of autonomy allow a better consideration of the right(law) of the environment and does it favor the sustainable development of a territory? The evolution of the legal status of Mayotte towards the status of department has numerous legal consequences. The passage of the principle of legislative speciality in that of legislative identity obliges Mayotte to adapt its right(law) sometimes in a very important way. Numerous pieces of the right(law) are concerned. Among them the right(law) of the environment holds a place(square) part because it is one of the components fundamental of the sustainable development of the territory. From this point of view, the departmIn what measure does the legal status of a region with a measure of autonomy allow a better consideration of the right(law) of the environment and does it favor the sustainable development of a territory? The evolution of the legal status of Mayotte towards the status of department has numerous legal consequences. The passage of the principle of legislative speciality in that of legislative identity obliges Mayotte to adapt its right(law) sometimes in a very important way. Numerous pieces of the right(law) are concerned. Among them the right(law) of the environment holds a place(square) part because it is one of the components fundamental of the sustainable development of the territory. From this point of view, the departmIn what measure does the legal status of a region with a measure of autonomy allow a better consideration of the right(law) of the environment and does it favor the sustainable development of a territory?

Les relations interspécifiques sont un indicateur naturel de l'état de santé d'un écosystème et de son éventuelle évolution. Dans le contexte actuel de changement climatique et d'intensification des activités humaines, nous décrivons, par une approche intégrée, les interactions existant entre les tortues vertes et leurs ressources trophiques, afin de contribuer à la compréhension de la dynamique de la biodiversité marine. La tortue verte est la seule tortue marine herbivore aux stades sub-adulte et adulte. Elle se nourrit principalement sur des herbiers de phanérogames marines et des algueraies en milieu côtier relativement peu profonds et constitue ainsi un modèle privilégié pour étudier l'écologie trophique et fonctionnelle des tortues marines en conditions naturelles. Le travail présenté dans ce manuscrit étudie deux populations de tortues vertes : la première s'alimentant de phanérogames marines sur le site de N'Gouja à Mayotte et la seconde d'algues benthiques sur la côte ouest de l'Ile de La Réunion. A ce stade de l'étude, le système tortues vertes-herbier est le mieux connu. Nous proposons une synthèse des relations existant entre le comportement de plongée et d'alimentation d'individus juvéniles et adultes avec la disponibilité trophique au sein d'un herbier marin plurispécifique. Ceci a été obtenu à partir de systèmes d'acquisition embarqués, d'observation directes de tortues vertes et de relevés phyto-écologiques conventionnels. Par ailleurs, notre étude a permis d'engager le suivi du système tortues vertes – herbier marin de N'Gouja et d'en décrire les premières tendances. En quatre ans, une diminution de près de 80 % de la biomasse végétale du site de N'Gouja accentue la pression d'herbivorie des tortues vertes sur l'herbier. Ce phénomène entraîne l'appauvrissement de la diversité spécifique des phanérogames en faveur des espèces végétales pionnières. La diminution parallèle de l'effectif de la population de tortues vertes du site de N'Gouja suggère un modèle alimentaire basé sur le principe de densité-dépendance. Les conséquences d'une surexploitation de l'herbier par les tortues vertes sont alors en opposition avec celles obtenues suite à la simulation d'une pression d'herbivorie nulle. Nous montrons que sous une pression d'herbivorie modérée, un stade successionel intermédiaire de l'herbier est maintenu et la diversité spécifique est favorisée par la diminution des capacités compétitives des espèces consommées. Il découle ainsi de notre étude des indicateurs du stade phytodynamique d'un herbier plurispécifique et de la pression d'herbivorie exercée par les tortues vertes qui permettent d'envisager les réponses écosystémiques d'un système tel que celui de N'Gouja sous différents scénarios environnementaux. Enfin, dans un cadre plus large, nous posons la question de savoir si l'évolution statutaire de Mayotte peut contribuer à approfondir et pérenniser la protection des tortues marines qui se trouvent sur son territoire. Nous décrivons la départementalisation comme un moyen d'accentuer le processus de clarification du droit applicable à Mayotte et d'assurer des moyens humains, matériels, et financiers nécessaires à la protection de l'environnement. Des recensements aériens réalisés au dessus de la côte ouest de l'île de La Réunion révèlent la présence d'individus sexuellement matures et immatures, dont le nombre augmente depuis 1996. Cette approche nous aura permis d'identifier une fréquentation préférentielle des habitats coralliens et de décrire, à partir d'observations sous-marines parallèles, la côte ouest de l'île comme un site d'alimentation d'individus matures et d'individus en phase de croissance. Ce travail renforce les bases scientifiques nécessaires à la mise en place de stratégies de conservation des tortues marines et de leurs habitats. / Reproduction of sea turtles primarily relies on body reserves stored during the time spent on foraging grounds prior to the nesting season. Accordingly, the investigation of foraging behaviour of sea turtles is critical for better assessing their biology but also for conservation issues of these endangered species. Sea turtles contribute significantly to the consuming biomass of their ecosystem and hence to its functioning, thus providing natural indications of the health of the ecosystem. Yet the trophic ecology of sea turtles is poorly documented because their feeding grounds remain poorly known and for most of them hardly accessible. Among sea turtles the green turtle is the only species where sub-adults and adults are mostly herbivorous feeding on seagrass and algae patches in shallow coastal waters. Such fairly accessible marine ecosystems provide a unique opportunity to investigate sea turtle ecology under natural conditions. The study was conducted in two foraging sites of green turtles located in the south-western Indian Ocean: Mayotte (seagrass meadow) and Reunion Island (algae spots). Thanks to fine-scale sampling of feeding activities, we addressed the lack of research investigating the food requirements and the trophic role of green turtles. To day, feeding activities of green turtles are better known on seagrass. We described the habitat use, the food intake, and the herbivory pressure of green turtles exploiting a multi-sepcies seagrass meadow of Mayotte. In Reunion Island, first results provide some information about the habitat use of green turtles. Such results are paramount for the management and conservation sea turtles and their habitats.

L’étude a examiné la question de l’assimilation du statut personnel mahorais. Elle a permis surtout d’élucider le processus de la substitution des règles du Code civil aux institutions juridiques locales initialement d’essence islamique et coutumière. Certes, des avancées notables ont été réalisées durant la dernière décennie. Néanmoins, il subsiste des zones d’ombres qui exigent une intervention imminente du législateur afin que la lumière soit faite. En effet, le droit ne peut se satisfaire d’incertitudes. Pour son efficacité, il a besoin de l’énonciation de principes clairs. Les règles qu’il pose doivent être limpides pour écarter tout risque d’arbitraire. Il s’agit là d’un préalable, pour faciliter le travail du juge chargé s’en assurer l’observation. C’est aussi une armure avec laquelle chaque justiciable peut s’envelopper pour se sentir en sécurité. Le législateur doit être en mesure de garantir ces besoins élémentaires propres à fonder l’harmonie dans la société. Ce voyage dans les méandres de l’assimilation du statut personnel mahorais, a été également l’occasion de découvrir le renouveau de cette notion, et sillonner l’horizon qui se présente à elle. A charge maintenant pour le législateur, d’en explorer toutes les potentialités, et lui restituer son véritable sens / The study examined the question of assimilation status Mayotte staff. It allowed especially to elucidate the process of substitution of the Civil Code of rules to local legal institutions initially Islamic and customary gasoline. While significant progress has been made over the past decade. Nevertheless, there are still gray areas that require imminent legislative action so that light be shed.Indeed, the right can not be satisfied uncertainties. For efficiency, it requires the articulation of clear principles. The rules must be clear that it poses to rule out any risk of arbitrariness. This is a prerequisite to facilitate the work of the judge to ensure compliance. It is also an armor with which each individual can wrap himself to feel safe. The legislator must be able to guarantee these basic needs own to found harmony in society. This journey through the maze of assimilation status Mayotte staff, was also an opportunity to discover the revival of this concept, and crisscross the horizon that presents itself. A now supported for the legislature, to explore all potential and restore its true meaning

La leptospirose est considérée comme la zoonose la plus répandue au monde mais les incidences sont les plus élevées dans les régions tropicales et en particulier sur les îles. Les îles du Sud-Ouest de l'Océan Indien ne dérogent pas à la règle puisque la maladie y représente un problème de santé humaine majeur sur plusieurs îles, notamment aux Seychelles qui enregistrent un des plus fort taux d'incidence humaine au monde. Sur la base des données disponibles, l'épidémiologie humaine apparait contrastée à l'échelle de la région : les cas cliniques sur Mayotte résultent d'infections par quatre espèces de leptospires distinctes alors qu'à La Réunion ou aux Seychelles, une seule espèce est à l'origine de la grande majorité des cas cliniques. L'objectif général de cette thèse est d'identifier certains des déterminants de cette épidémiologie singulière. Nous avons dans un premier temps complété les informations humaines en investiguant la leptospirose en Union des Comores, pays n'ayant jamais rapporté de transmission autochtone. Nos résultats indiquent que les populations humaines y sont exposées à des antigènes de leptospires comparables à ceux retrouvés sur l'île voisine de Mayotte. Ce résultat suggére que l'absence de leptospirose sur certaines îles est le résultat d'un déficit de surveillance. Nous avons ensuite caractérisé la diversité génétique des leptospires au sein de la faune de certaines îles, caractérisées par des niveaux d'endémisme élevés à même d'être en partie à l'origine de cette épidémiologie contrastée. Nous décrivons d'une part une importante diversité des leptospires pathogènes chez les chauves-souris (Chiroptères) malgaches. Nous montrons d'autre part que cette diversité de leptospires n'est pas structurée géographiquement mais présente au contraire une importante spécificité d'hôte, résultant de différents processus évolutifs incluant co-spéciation et host-switch. Nous avons exploité cette spécificité d'hôte pour éclairer l'épidémiologie de la leptospirose à Mayotte, où nous montrons que l'importante diversité bactérienne impliquée dans les cas cliniques résulte de la présence de nombreux réservoirs, dont certains originaires de Madagascar. Ainsi, il apparaît que l'épidémiologie humaine de la leptospirose dans le SOOI est le reflet d'assemblages distincts de leptospires cosmopolites et autochtones/endémiques maintenus et excrétés par des réservoirs animaux particuliers. / Leptospirosis is considered as the most widespread zoonosis worldwide but the incidence levels are higher in tropical regions and particularly on islands. The South-Western Indian Ocean islands are no exception and the disease is of major medical concern in several islands notably in Seychelles, displaying some of the highest human incidence ever reported. Based on available data, the human epidemiology appears contrasted in the region: on Mayotte, human cases result from the infection with four distinct Leptospira species whereas on Reunion Island or Seychelles, a single species causes the majority of clinical cases. The main objective of this thesis is to identify some of the drivers of this singular epidemiology. We first completed the information available on this human disease in the region by investigating the leptospirosis situation in the Union of the Comoros, a country where no autochthonous transmission has been reported so far. Our results indicate that Comorian populations are exposed to Leptospira, which are antigenically comparable to those detected in the neighbouring island of Mayotte. This finding suggests that the apparent absence of leptospirosis in some islands rather reflects a lack of surveillance. We then investigated the genetic diversity of Leptospira on distinct islands home to distinct endemic animal species that may shed distinct Leptospira lineages and thus at least in part explain the contrasted epidemiology of leptospirosis in the region. Specifically, we describe a high diversity of pathogenic Leptospira within Malagasy bats (Chiroptera) and further show that Leptospira diversity is not structured by geography. Instead, we show that these Leptospira display a strong specificity towards their hosts, which may result from different evolutionary processes including co-speciation and host switching. Using this tight host specificity, we investigated the leptospirosis epidemiology on Mayotte, where we show that the important bacterial diversity reported in clinical cases is due of the presence of several distinct animal species acting as reservoirs, some of which introduced from the neighbouring Madagascar. Altogether, results presented herein combined to data produced by our lab suggest that the epidemiology of leptospirosis in the SWOI results from distinct assemblages of cosmopolitan and autochthonous/endemic Leptospira. Keywords : Leptospirosis, Leptospira, Chiroptera, small mammals, hosts-parasites associations, MAT, MLST, co-phylogeny, Madagascar, Mayotte, Union of Comoros, South-Western Indian Ocean.

La loi du 31 décembre 1975 sur l’autodétermination des Comores organise deux consultations à Mayotte pour demander aux Mahorais s’ils confirment le maintien de leur Île dans la France et la seconde les invitant à déterminer le statut de Mayotte. La loi du 24 décembre 1976 tire les conséquences de ce choix et crée une collectivité territoriale au statut provisoire sur le fondement de l'article 72 de la Constitution. La loi du 11 juillet 2001 qui réaffirme l’ancrage de Mayotte dans la République, martèle d’une part que celle-ci ne peut quitter la France sans le consentement des Mahorais et modifie d’autre part le statut sui generis pour établir celui de la Collectivité Départementale (CDM). Consultée le 29 mars 2009, les électeurs mahorais se prononcent largement pour ériger Mayotte en un département d’outre-mer avec les perspectives de sa rupéisation. Sur le plan institutionnel, Mayotte se retrouve à un moment décisif de son histoire puisqu’ au lendemain des lois du 7 décembre 2010 qui créent le statut de département, Mayotte affronte les défis de la départementalisation outre-mer dont les enjeux nécessitent une plus grande synergie entre pouvoirs publics et des Mahorais toujours vigilants à l’évolution de leur propre statut. Et cette transformation statutaire engendre une autre mutation subséquente du statut européen de PTOM vers celui de région ultrapériphérique de l’Union européenne à l’horizon 2014. Comment ce dogme va-t-il évoluer ? Tel est l’objet de la présente thèse. / The law of 31 December 1975 on self determination of Comores organises two consultations in Mayotte to ask its residents to declare maintenance in France and the second inviting mahorais to determine the status of Mayotte within the Republic. Mahorais confirm their donating and the law of 23 December 1976 create local authority to the provisional status on the basis of Article 72 of the constitution. The law of 11 July 2001 changes that status to establish « collectivité territoriale of Mayotte » by specifying the local system to enfoncement of laws and regulations by reducing the legal context of legislative specialty rule. This resolution is immediatly followed by a consultation of population of Mayotte the 29 March 2009 that must decide on the future of the island’s status. In the institutional plan, Mayotte find it self in a decisive moment from it hitory to next day of laws of 7 December 2010 that create the department status, Mayotte face to the overseas administration department’s challenges whose the aims need biggest collaboration between public powers and the Mahorais who are always vigilant to the evolution of their status. And this statutory transformation cause an other subsequent transfer of european status of PTOMVERS the one of an ultra-perpheral regional of the European Union in the horizon 2014. How does this dogma evolue ? That is the goal of this thesis.

Collecting sea cucumbers to supply the high value Chinese dried seafood market is a livelihood activity available to many people in the Western Indian Ocean (WIO), making it an important part of local economies. These fisheries are generally not successfully managed and tropical sea cucumber fisheries show continuing signs of decline. This thesis takes a social-ecological systems approach to guide better management of sea cucumber fisheries and aquaculture in the WIO. Papers 1 and 2 analyse the fishery situation in Zanzibar and find that in the absence of effective management institutions and income alternatives among fishers, leading to dependence, there are unsustainable expanding processes. Paper 3 compares the unmanaged fishery in Zanzibar to the highly controlled situation in Mayotte. In Mayotte, a protection effect is evident and the commercial value of stocks is significantly higher than in Zanzibar. The analysis of the situation in Mayotte demonstrates the importance of matching the fishery – management temporal scales through prepared and adaptive management to avoid processes that reinforce unsustainable expansion. Paper 4 analyses sea cucumber community spatial distribution patterns at a coastal seascape-scale in Mayotte establishing baseline patterns of habitat utilization and abundance, which can be used as reference in management. Paper 5 reviews the potential for sea cucumber aquaculture in the WIO. The review illustrates that this activity, which is currently gaining momentum, does so based on inflated promises and with significant social-ecological risks. Emphasis for improvements is, in this thesis, placed on the importance of prepared and adaptive institutions to govern and control expanding processes of the fishery. These institutional features may be achieved by increasing the level of knowledge and participation in governance and by integration of sea cucumber resources management into higher-level policy initiatives. / <p>At the time of the doctoral defense, the following paper was unpublished and had a status as follows: Paper 3: Manuscript.</p>

L'étude porte sur les cadres de la vie quotidienne contemporaine dans l'île de Mayotte, Comores, canal du Mozanbique, en envisageant les aspects cognitifs de ces cadres culturellement construits. Elle tente de rendre compte du sens que les usagers de la culture donnent à leur expérience quotidienne et aux symboles qui servent à l'exprimer. Une analyse sémantique de la langue (le shimaore) de la vie courante a permis une exploration des attitudes et des comportements dans les limites des grilles d'interprétation fournies par la culture même à ses membres. Sont envisagés successivement les cadres spatio-temporels, le monde social et familial, le monde des idées, avec une vision du monde musulmane et populaire, l'action et surtout les interactions, l'image des genres (sexes), les rapports au monde matériel, enfin les rapports avec le surnaturel. L'étude contient un index des notions essentielles, une biliographie générale d'anthropologie et spécialisé sur l'islam et les Comores

L'environnement côtier de l'île de Mayotte (nord du canal du Mozambique, océan Indien) se caractérise par l'existence d'un vaste complexe récifo-lagonaire au sein duquel se développe un littoral particulièrement diversifié et marqué par la présence de nombreuses mangroves. Plusieurs campagnes de mesures hydrodynamiques et d'observations morphologiques ont été effectuées afin d'apporter des éléments de compréhension sur l'évolution et le fonctionnement morphodynamique de ce type de littoral mixte à mangroves et récifs coralliens. Les observations de terrain conjuguées à une analyse diachronique de photographies aériennes ont permis de montrer le caractère très variable de la dynamique des mangroves avec une progression ou une stabilité au nord et à l'est de l'île, et inversement, une évolution nettement régressive au sud et à l'ouest. Les mesures hydrodynamiques ont donné lieu à une analyse des paramètres de houle et de courant en se focalisant sur leurs variabilités spatiales et temporelles. Les résultats obtenus montrent l'importance de l'architecture récifale sur les processus hydrosédimentaires et le développement des formes littorales. L'évolution et la dynamique des mangroves de Mayotte apparaissent ainsi fortement influencées par les caractéristiques morphologiques des structures récifales amont qui engendrent une plus forte vulnérabilité des mangroves du sud et de l'ouest face à une déstabilisation naturelle ou anthropique. La disparition des formations végétales des mangroves du sud et de l'ouest de l'île entraine une réorganisation des répartitions sédimentaires et la mise en place de nouveaux systèmes de fonctionnement morphodynamique. L'ampleur des phénomènes constatés a montré la nécessité de mettre en place un observatoire opérationnel de surveillance de la dynamique côtière. Cet outil, basé sur un réseau de mesures et d'observations de terrain et sur la réalisation d'un Système d'Information Géographique (SIG), a pour but de favoriser le suivi et l'évaluation de l'état du littoral. Dans un contexte local de fort développement et dans celui, plus global, de mutations environnementales, cet outil de surveillance et d'analyse permet une meilleure compréhension de la morphodynamique des côtes mahoraises et apporte une aide à la décision et à la gouvernance afin d'orienter les politiques de gestion de ce milieu fragile, à forts enjeux et en constante évolution.

L'étude multidisciplinaire de Mayotte permet d'identifier deux systèmes volcaniques : le système volcanique du Sud constitué de laves définissant une série continue fortement sous-saturée représentant la phase post-érosionelle du volcan ; le système volcanique Septentrional constitué de laves définissant une lignée évolutive moyennement sous-saturée s'expliquant par un plus fort degré de fusion que la précédente et réprésentant une phase de construction du bouclier et une phase post-érosionelle. L'étude des rapports isotopiques du Strontium et du Néodyme et des éléments traces révèle des contradictions dans le modèle d'évolution d'un volcan de point chaud classique (ex : Hawaï). L'extension d'ampleur pluri-kilométrique relevée au Nord de l'île pourrait engendrer une fusion par décompression lors de l'amincissement litosphérique et ainsi expliquer le fort taux de fusion des laves récentes du Nord-Est de signature isotopique caractéristique de lithosphère océanique.