Protozoários do gênero Acanthamoeba estão entre os organismos de vida-livre mais abundantes sendo encontrados em uma ampla gama de ambientes naturais como água, solo, poeira, vegetais, hospitais, sistemas de ventilação e esgotos. Algumas espécies de Acanthamoeba são consideradas patógenos oportunistas e têm sido associadas a infecções cutâneas, queratite, encefalite granulomatosa amebiana (EGA) e a outras afecções em menor frequência. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a presença de Acanthamoeba em áreas comunitárias de unidades acadêmicas e hospitalares, assim como determinar o risco potencial dos isolados. Amostras foram coletadas em dois hospitais e duas universidades do Rio Grande do Sul, Brasil. As amebas foram isoladas e caracterizadas utilizando métodos morfológicos, fisiológicos e genéticos. Além disso, a variação e a especificidade de proteases extracelulares foram determinadas por análise de zimogramas. A detecção e isolamento de amebas em amostras clínicas e ambientais envolve a amostragem e cultura em meio ágar não nutriente. Apesar de eficiente, este sistema requer diversas passagens visando eliminar contaminantes e não é apropriado para o isolamento de amebas individuais de amostras biodiversas. Para solucionar este problema foi desenvolvido um método alternativo que envolve amostragem, enriquecimento, indução de encistamento e micromanipulação de cistos e cultura direta em placas de ágar não nutriente. Utilizando os métodos convencional e alternativo, 429 amostras de áreas comunitárias de hospitais e universidades foram avaliadas mostrando alta prevalência de Acanthamoeba tanto em ambientes secos (13,77%) como úmidos (19,29%). A maior parte dos isolados (77,4%) foram classificados dentro do grupo II, o qual inclui a maioria das espécies patogênicas. Os isolados apresentaram tolerância à temperatura e pH, assim como resistência a desinfetantes, características que devem contribuir para a sobrevivência e proliferação de Acanthamoeba em ambientes fechados, aumentado o risco de contaminação das pessoas. Como as proteases extracelulares são consideradas um dos mais importantes fatores de patogenicidade das amebas de vida-livre, dez isolados foram avaliados quanto à atividade, padrão e especificidade de proteases. Análise com azocaseina mostrou variação significativa na atividade proteolítica volumétrica e específica dos distintos isolados, independente do “status” patogênico e não patogênico das espécies. Zimogramas em géis copolimerizados com gelatina mostraram três padrões de bandas em isolados de A. castellanii, e perfis particulares para as outras espécies. Todas as proteases secretadas por A. castellanii, A. pearcei e A. healyi foram caracterizadas como serino proteases, enquanto apenas cisteino e metaloproteases foram identificadas em A. astronyxis. Algumas proteases extracelulares apresentaram importante atividade sobre gelatina, fibrinogênio e γ-globulina, e podem estar implicadas na patogenicidade de Acanthamoeba e na resposta do hospedeiro. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:28:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:28:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Protozoa of the genera Acanthamoeba are one of the most abundant free-living organisms. This microrganisms are found in a wide variety of natural habitats including water, soil, dust, vegetables, hospital units, ventilation areas and sewage. Some species of Acanthamoeba are considered opportunistic pathogens, and have been associated with cutaneous infections, keratitis, granulomatous amoebic encephalitis (GAE), among other less frequent diseases. The aim of this study was to evaluate the presence of Acanthamoeba in community areas of academic and hospital units, and to determine their potential risk. Samples were collected from two hospitals and two universities of Rio Grande do Sul, Brazil. Amoebas were isolated and characterized using morphological, physiological and genetic methods. Additionally, extracellular proteases variation and specificity was determined by zymogram analysis. The conventional detection and isolation of amoeba from clinical and environmental samples involves sampling and culture on non-nutrient Agar medium. Although efficient, this system requires several transfers in order to eliminate contaminants, and is not appropriate for the isolation of individual amoeba from samples with a biodiverse community. To solve this problem we developed an alternative method that involves sampling, enrichment, encystment induction, and direct cysts micromanipulation and culture on Agar plates. Using the conventional and alternative method, 429 samples from community areas of hospitals and universities were evaluated showing high prevalence of Acanthamoeba in both dry (13.77%) and humid (19.29%) environments. Most of this isolates (77.4%) were classified within group II, which includes the great majority of pathogenic species. Isolates exhibited temperature and pH tolerance, as well as resistance to disinfectants. These characteristics may contribute for the maintenance and proliferation of Acanthamoeba in the indoor environments, increasing the risk of people contamination. As extracellular proteases are considered one of the most important pathogenic factors of free-living amoeba, ten isolates were evaluated to determined proteases activity, patterns and specificity. Azocasein assays showed significant variation on the overall and specific protease activity in Acanthamoeba-conditioned media, independently of the pathogenic or nonpathogenic status of the species. The zymographic assays on gelatin co-polymerized gels showed three banding patterns for A. castellanii isolates, and specific profiles for other species. All the proteases secreted by A. castellanii, A. pearcei, and A. healyi were characterized as serine proteases, but only cisteine and metalloproteases were identified in A. astronyxis. Some extracellular proteases exhibited important activity on gelatin, fibrinogen and γ-globulin, and may be implicated in Acanthamoeba pathogenicity and host response.

Protozoários do gênero Acanthamoeba estão entre os organismos de vida-livre mais abundantes sendo encontrados em uma ampla gama de ambientes naturais como água, solo, poeira, vegetais, hospitais, sistemas de ventilação e esgotos. Algumas espécies de Acanthamoeba são consideradas patógenos oportunistas e têm sido associadas a infecções cutâneas, queratite, encefalite granulomatosa amebiana (EGA) e a outras afecções em menor frequência. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a presença de Acanthamoeba em áreas comunitárias de unidades acadêmicas e hospitalares, assim como determinar o risco potencial dos isolados. Amostras foram coletadas em dois hospitais e duas universidades do Rio Grande do Sul, Brasil. As amebas foram isoladas e caracterizadas utilizando métodos morfológicos, fisiológicos e genéticos. Além disso, a variação e a especificidade de proteases extracelulares foram determinadas por análise de zimogramas. A detecção e isolamento de amebas em amostras clínicas e ambientais envolve a amostragem e cultura em meio ágar não nutriente. Apesar de eficiente, este sistema requer diversas passagens visando eliminar contaminantes e não é apropriado para o isolamento de amebas individuais de amostras biodiversas. Para solucionar este problema foi desenvolvido um método alternativo que envolve amostragem, enriquecimento, indução de encistamento e micromanipulação de cistos e cultura direta em placas de ágar não nutriente. Utilizando os métodos convencional e alternativo, 429 amostras de áreas comunitárias de hospitais e universidades foram avaliadas mostrando alta prevalência de Acanthamoeba tanto em ambientes secos (13,77%) como úmidos (19,29%). A maior parte dos isolados (77,4%) foram classificados dentro do grupo II, o qual inclui a maioria das espécies patogênicas. Os isolados apresentaram tolerância à temperatura e pH, assim como resistência a desinfetantes, características que devem contribuir para a sobrevivência e proliferação de Acanthamoeba em ambientes fechados, aumentado o risco de contaminação das pessoas. Como as proteases extracelulares são consideradas um dos mais importantes fatores de patogenicidade das amebas de vida-livre, dez isolados foram avaliados quanto à atividade, padrão e especificidade de proteases. Análise com azocaseina mostrou variação significativa na atividade proteolítica volumétrica e específica dos distintos isolados, independente do “status” patogênico e não patogênico das espécies. Zimogramas em géis copolimerizados com gelatina mostraram três padrões de bandas em isolados de A. castellanii, e perfis particulares para as outras espécies. Todas as proteases secretadas por A. castellanii, A. pearcei e A. healyi foram caracterizadas como serino proteases, enquanto apenas cisteino e metaloproteases foram identificadas em A. astronyxis. Algumas proteases extracelulares apresentaram importante atividade sobre gelatina, fibrinogênio e γ-globulina, e podem estar implicadas na patogenicidade de Acanthamoeba e na resposta do hospedeiro. / Protozoa of the genera Acanthamoeba are one of the most abundant free-living organisms. This microrganisms are found in a wide variety of natural habitats including water, soil, dust, vegetables, hospital units, ventilation areas and sewage. Some species of Acanthamoeba are considered opportunistic pathogens, and have been associated with cutaneous infections, keratitis, granulomatous amoebic encephalitis (GAE), among other less frequent diseases. The aim of this study was to evaluate the presence of Acanthamoeba in community areas of academic and hospital units, and to determine their potential risk. Samples were collected from two hospitals and two universities of Rio Grande do Sul, Brazil. Amoebas were isolated and characterized using morphological, physiological and genetic methods. Additionally, extracellular proteases variation and specificity was determined by zymogram analysis. The conventional detection and isolation of amoeba from clinical and environmental samples involves sampling and culture on non-nutrient Agar medium. Although efficient, this system requires several transfers in order to eliminate contaminants, and is not appropriate for the isolation of individual amoeba from samples with a biodiverse community. To solve this problem we developed an alternative method that involves sampling, enrichment, encystment induction, and direct cysts micromanipulation and culture on Agar plates. Using the conventional and alternative method, 429 samples from community areas of hospitals and universities were evaluated showing high prevalence of Acanthamoeba in both dry (13.77%) and humid (19.29%) environments. Most of this isolates (77.4%) were classified within group II, which includes the great majority of pathogenic species. Isolates exhibited temperature and pH tolerance, as well as resistance to disinfectants. These characteristics may contribute for the maintenance and proliferation of Acanthamoeba in the indoor environments, increasing the risk of people contamination. As extracellular proteases are considered one of the most important pathogenic factors of free-living amoeba, ten isolates were evaluated to determined proteases activity, patterns and specificity. Azocasein assays showed significant variation on the overall and specific protease activity in Acanthamoeba-conditioned media, independently of the pathogenic or nonpathogenic status of the species. The zymographic assays on gelatin co-polymerized gels showed three banding patterns for A. castellanii isolates, and specific profiles for other species. All the proteases secreted by A. castellanii, A. pearcei, and A. healyi were characterized as serine proteases, but only cisteine and metalloproteases were identified in A. astronyxis. Some extracellular proteases exhibited important activity on gelatin, fibrinogen and γ-globulin, and may be implicated in Acanthamoeba pathogenicity and host response.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1174662 bytes, checksum: b8d279c4ce9aa576070293eaf8594b88 (MD5) Previous issue date: 2010-03-24 / Sewage sludge is the major residue produced in Sewage Treatment Stations (STS). One of its possible applications, agricultural use of biosolids - a term which characterizes sewage sludge submitted to hygienization process - presents productive and reduced cost advantages. However, there is a concern of environmental contamination and risk of disease transmission through pathogenic microorganisms. This work aimed to evaluate the decay of pathogenic organisms in hygienized sewage sludge by solarization and lime addition, at field scale, and to estimate the time of permanence of microorganisms in soils fertilized by biosolids in experiments in laboratory conditions. Sewage sludge from a UASB reactor was fortnightly disposed in drying beds and three different lots were monitored, out of which samples were collected for analysis of microbiological parameters every seven days until class B biosolid characteristics were reached, following CONAMA 375/2006 specifications. The parameters monitored were: total solids, pH, humidity, total coliforms, Escherichia coli, Salmonella sp. and helminth eggs. Mixtures in the proportion of 75, 50 and 25% of biosolid with soil were prepared in the laboratory experiments, besides a biosolid treatment. The treatments were placed in 2 kg vases, with 3 repetitions, and submitted to 100 mL irrigation, weekly. The results indicated that hygienization was faster when the lime addition process was applied. Besides, the laboratory experiments confirmed that the biosolid+limed soil mixtures presented a drastic reduction of the remaining pathogenic microorganisms, even after hygienization. The concentrations found at 90 days of treatment with 75% of biosolid were 1.85x102 NMP/g of S.T. (?) for total coliforms, absence of E. coli since the start of monitoring and 0.07 helminth eggs per g of S.T. (?) In the treatment with 75% of solarized biosolid, total coliform concentrations of 5.15x104 NMP/g of S.T. (?) were found at 90 days of experiment; absence of E. coli, at the end of the experiment and between 0.48 and 0.12 helminth eggs per g of S.T. The results obtained in this work indicate the efficiency of both hygienization processes and continuity in pathogen reduction even after their application in the soil, confirming their viability for agricultural use. / O lodo de esgoto é o principal resíduo produzido nas Estações de Tratamento de Esgotos (ETEs). Entre os destinos possíveis, o uso agrícola de biossólidos, nome este que caracteriza o lodo de esgoto submetido a processo de higienização, apresenta vantagens produtivas e de redução de custos; contudo, há preocupação com a possibilidade de contaminação ambiental e risco de transmissão de doenças por microrganismos patogênicos. Este trabalho teve como objetivos avaliar o decaimento de organismos patogênicos em lodo de esgoto higienizado por solarização e caleação, em escala real, e estimar o tempo de permanência dos microorganismos em solos adubados com biossólido em experimentos de bancada. O lodo de um reator UASB era descartado quinzenalmente em leitos de secagem. Foram acompanhados três lotes diferentes, dos quais amostras foram coletadas para análise de parâmetros microbiológicos, a cada sete dias, até alcançar características de biossólido classe B, conforme especificação da CONAMA 375/2006. Os parâmetros monitorados foram: sólidos totais, pH, umidade, coliformes totais, Escherichia coli, Salmonella sp. e ovos de helmintos. Nos experimentos de bancada, foram realizadas misturas na proporção de 75, 50 e 25% de biossólido com solo, além de um tratamento sem biossólido. Os tratamentos foram colocados em vasos com capacidade de 2 kg, com três repetições, e submetidos à irrigação semanal de 100 mL. Os resultados indicaram que a higienização foi mais rápida, quando foi aplicado o processo de caleação. Além disso, constatou-se, nos experimentos de bancada, que as misturas biossólido + solo caleado apresentaram drástica redução dos microrganismos patogênicos remanescentes, mesmo após o processo de higienização. As concentrações encontradas aos 90 dias do tratamento, com 75% de biossólido, foram de 1,85x102 NMP/g de S.T para coliformes totais; ausência de E. coli, desde o princípio do monitoramento; e 0,07 ovos de helmintos por g de S.T. No tratamento com 75% de biossólido solarizado, foram encontradas, aos 90 dias, concentrações de coliformes totais de 5,15x104 NMP/g de S.T.; ausência de E. coli no final do experimento; e ovos de helmintos entre 0,48 e 0,12 ovos por g S.T. Os resultados obtidos indicam que há eficiência em ambos os processos de higienização e continuidade na redução de patógenos, mesmo após a sua aplicação no solo, o que ratifica a sua viabilidade para o uso agrícola.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Infections caused by Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa multiresistant are responsible for high morbidity and mortality, failure of drug therapy, increased hospital stay and consequently the financial impact on the health system. However, while the occurrence of these bacteria to configure a public health problem, numerous studies reveal that it is scarce information about the resistance genes present in multi-drug resistant bacteria. This reality associated with the negative impact of these on society, justifies the importance of detecting the resistance genes of A. baumannii and P. aeruginosa multiresistant and clinically characterize patients from a public hospital in Sergipe. It is an analytical prospective cohort study and a quantitative approach. The collection of clinical data of patients was carried out through a specifically designed form. Strains of A. baumannii were subjected to PCR for identification of resistance genes (blaIMP, blaVIM, blaSIM, bla OXA-51, blaOXA-58, blaOXA-23 and blaOXA-24) and P. aeruginosa the blaSPM genes, blaVIM, blaIMP, blaKPC. Descriptive analyzes were performed, the Chi-square and Fisher exact tests, with 5% significance level. The software used was R version 3.1.2. The sample consisted of 119 patients. Of the 43 patients with P. aeruginosa isolates, 33 were male (76.7%) with mean age of 46.2 years. Twenty-eight were admitted to the ICU (65.1%) and 13 (30.2%) diagnosed with head trauma (TBI). Of the 76 patients with isolates of A. baumannii, 59 (77.6%) were male, mean age of 44.4 years. Fifty patients (65.8%) were from the ICU and 18 (23.7%) diagnosed with TBI. The median number of days of hospitalization was statistically significant between bacteria. Among the isolation sites, there is urine to P. aeruginosa, with 16 samples (37.2%) and tracheal aspirate for A. baumannii with 32 (42.1%) strains. A urinary catheter was the most used device in patients with isolates of A. baumannii (93.4% - 71) and the central venous catheter in patients with P. aeruginosa (93% - 40). All patients with P. aeruginosa isolates made use of carbapenems and 98.6% (75) of A. baumannii. It found statistically significant differences between bacteria in the use of aminoglycosides, 3rd generation cephalosporins and tigecycline. In P. aeruginosa was no significant difference in the use of oxacillin and cephalosporins of 1st and 3rd generations and polymyxin in the various sectors of the hospital. All the samples of A. baumannii and P. aeruginosa were susceptible to colistin, ranging between MIC <= 0.5 and 2. The majority (55.8% - 24) patients with P. aeruginosa and A. baumannii (52.6% - 40) died. Among the 76 strains of A. baumannii, 56 (73.6%) had concomitant both blaOXA-51 and blaOXA-23 genes. Among the 43 strains of P. aeruginosa, 28 (65.1%) had the blaSPM gene. It was concluded that the A.baumannii was more frequent than P. aeruginosa. There was a significant predominance of Pseudomonas and Acinetobacter in the urine in tracheal aspirates. Carbapenems was widely used throughout the hospital stay of patients with Acinetobacter and Pseudomonas isolates in different hospital departments. Most Pseudomonas strains showed blaSPM resistance gene and Acinetobacter blaOXA-23 genes and blaOXA-51 concurrently. The mortality of patients with Acinetobacter and Pseudomonas was greater than 50%. / As infecções causadas por Acinetobacter baumannii e Pseudomonas aeruginosa multirresistentes são responsáveis pela alta morbidade e mortalidade, falência da terapia medicamentosa, aumento do período de internação e consequentemente impacto financeiro no sistema de saúde. Todavia, embora a ocorrência destas bactérias se configure um problema de saúde pública, inúmeros estudos revelam que é escasso o conhecimento acerca dos genes de resistência presentes nas bactérias multirresistentes. Essa realidade associada ao impacto negativo destas na sociedade, justifica a importância de detectar os genes de resistência de A. baumannii e P. aeruginosa multirresistentes e caracterizar clinicamente os pacientes de um hospital público de Sergipe. Trata-se de um estudo analítico de coorte prospectiva e abordagem quantitativa. A coleta dos dados clínicos dos pacientes foi realizada através de um formulário especificamente elaborado. As cepas de A. baumannii foram submetidas à técnica PCR para identificação dos genes de resistência (blaIMP, blaVIM, blaSIM, bla OXA-51, blaOXA-58, blaOXA-23 e blaOXA-24) e em P. aeruginosa os genes blaSPM, blaVIM, blaIMP, blaKPC. Foram realizadas análises descritivas, os testes de Qui-Quadrado e Exato de Fisher, com nível de significância de 5%. O software utilizado foi o R versão 3.1.2. A amostra foi constituída de 119 pacientes. Dos 43 pacientes com isolados de P.aeruginosa, 33 eram do sexo masculino (76,7%), com idade média de 46,2 anos. Vinte e oito estavam internados na UTI (65,1%) e 13 (30,2%) com diagnóstico de trauma crânio encefálico (TCE). Dos 76 pacientes com isolados de A. baumannii, 59 (77,6%) era do sexo masculino, média de idade de 44,4 anos. Cinquenta pacientes (65,8%) eram procedentes da UTI e 18 (23,7%) com diagnóstico de TCE. A mediana de dias de internamento foi estatisticamente significante entre as bactérias. Dentre os sítios de isolamento, destaca-se a urina para P. aeruginosa, com 16 amostras (37,2%) e o aspirado traqueal para A. baumannii com 32 (42,1%) cepas. A sonda vesical foi o dispositivo mais usado nos pacientes com isolados de A. baumannii (93,4% - 71) e o cateter venoso central nos pacientes com P. aeruginosa (93% - 40). Todos os pacientes com isolados de P.aeruginosa fizeram uso dos carbapenêmicos e 98,6% (75) dos A. baumannii. Foi encontrado diferença estatisticamente significante entre as bactérias quanto ao uso dos aminoglicosídeos, cefalosporinas de 3ª geração e tigeciclina. Em P. aeruginosa houve diferença significativa no uso da oxacilina e cefalosporinas de 1ª e 3ª gerações e polimixina nos diversos setores do hospital. Todos as amostras de A. baumannii e P. aeruginosa apresentaram sensibilidade à colistina, com variação da MIC entre < = 0,5 e 2. A maioria (55,8% - 24) dos pacientes com P. aeruginosa e A. baumannii (52,6% - 40) foram a óbito. Dentre as 76 cepas de A. baumannii, 56 (73,6%) apresentaram concomitantemente os dois genes blaOXA-51 e blaOXA-23. Dentre as 43 cepas de P. aeruginosa, 28 (65,1%) apresentaram o gene blaSPM. Concluiu-se que o A.baumannii foi mais frequente do que a P.aeruginosa. Houve predomínio significante da Pseudomonas na urina e do Acinetobacter na secreção traqueal. Os carbapenêmicos foi amplamente utilizado ao longo da internação dos pacientes com isolados de Acinetobacter e Pseudomonas nos diversos setores do hospital. A maioria das cepas de Pseudomonas apresentaram gene de resistência blaSPM e Acinetobacter os genes blaOXA-23 e blaOXA-51 concomitantemente. A mortalidade dos pacientes com Acinetobacter e Pseudomonas foi superior a 50%.