Submitted by Olívia Oliveira (olivia@ufba.br) on 2012-11-12T18:02:52Z No. of bitstreams: 1 DISSERTA_E MELO.pdf: 1517784 bytes, checksum: 7532ea6b2dd32f92aca23a62969970cb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-12T18:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTA_E MELO.pdf: 1517784 bytes, checksum: 7532ea6b2dd32f92aca23a62969970cb (MD5) Previous issue date: 2011-05-20 / A indústria petrolífera movimenta anualmente trilhões de dólares e consolida-se como a principal fonte de energia mundial. Seus derivados têm intensa aplicação na geração de energia, bem como na indústria petroquímica. A despeito da importância econômica do segmento, a poluição ambiental causada pelos derivados de petróleo, óleos e graxas representa um problema de escala mundial que, a cada ano, aumenta consideravelmente. No Brasil, o óleo diesel é o derivado mais consumido e o país vive uma ascendência econômica inerente ao setor tendo despertado também a atenção da sociedade para impactos ambientais proporcionados pelos derramamentos de óleo. A glicerina bruta (GB) tem sido empregada experimentalmente na recuperação avançada de petróleo, mostrando-se promissora para remoção de parafinas lineares, ramificadas e com potencial para bioestimulação do metabolismo microbiano, O interesse industrial na biotecnologia e o reconhecimento de sua importância por todos os países industrializados tornam emergente a necessidade de novas tecnologias. Dessa forma, será maior o estímulo para estudo do crescimento de microrganismos na presença de hidrocarbonetos visando uma possível aplicação dos mesmos no tratamento da poluição do meio ambiente por compostos oleosos. O Presente trabalho avaliou a biodegradabilidade do óleo diesel utilizando a GB na estimulação de bactérias hidrocarbonoclásticas para remediação de solos contaminados com hidrocarbonetos. Para este estudo foram utilizados a bactéria CCMICS 109 e microrganismos provenientes do diesel. Para analisar o crescimento bacteriano, foi preparado meio mínimo (M.M) contendo GB como bioestimulador e óleo Diesel como fonte de carbono. Métodos cromatográficos e medidas da tensão superficial foram utilizados para avaliação experimental da atividade microbiana sobre o óleo Diesel e hidrocarbonetos utilizados. Os resultados mostraram que houve a ocorrência da utilização de compostos como o Docosano-C22, Antraceno e Fenantreno pelo consórcio, o maior consumo observado foi para o Docosano. Após o vigésimo dia de analises, constatou-se a redução da tensão superficial. A significativa redução da mesma, atingida próxima a fase de morte celular microbiana, bem como o potencial para biodegradação principalmente de cadeias alifáticas e aromáticas do óleo diesel sugerem que o consórcio microbiano possui potencial para biorremediação de solos contaminados por hidrocarbonetos. / Salvador

Submitted by Tania Ivani Rokohl (tania.rokohl@uffs.edu.br) on 2018-03-12T18:38:04Z No. of bitstreams: 1 PANISSON.pdf: 1097165 bytes, checksum: f6c1d67ce06c6606331012fe373c6d9c (MD5) / Approved for entry into archive by Diego dos Santos Borba (dborba@uffs.edu.br) on 2018-03-13T18:25:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PANISSON.pdf: 1097165 bytes, checksum: f6c1d67ce06c6606331012fe373c6d9c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-13T18:25:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PANISSON.pdf: 1097165 bytes, checksum: f6c1d67ce06c6606331012fe373c6d9c (MD5) Previous issue date: 2018-01-09 / A compostagem já é conhecida como método de tratamento de resíduos agroindustriais, porém ela possui algumas limitações quando se trata de processos em pequena escala, pois como sofre influência da temperatura externa, não atinge as temperaturas ideais e, portanto, não ocorre a eliminação dos patógenos. Na literatura são encontrados muitos trabalhos inoculando microrganismos para acelerar o processo de degradação e possivelmente aumentar a temperatura, porém não foram encontrados trabalhos de inoculação de microrganismos eficientes em compostagem de pequena escala com experimentos realizados a campo. Assim, esta pesquisa teve por objetivo, aplicar métodos de compostagem e vermicompostagem com diferentes concentrações de microrganismos eficientes (ME), que busquem temperaturas desejáveis, em compostagem de pequena escala realizada a campo, a fim de eliminar patógenos e resultar em um produto final com qualidade requerida pela legislação vigente. Para realizar os experimentos, misturou-se esterco bovino, ovino e serragem, os quais foram divididos em 6 caixas, sendo que destas, em 3 foi realizado o processo de compostagem e inserido microrganismos eficientes nas concentrações de 0 mL/L; 2 ml/L e 4 ml/L e nas demais foi realizado o processo de vermicompostagem e ME nas mesmas concentrações. Os parâmetros monitorados foram: macronutrientes, micronutrientes, metais e patógenos, os quais foram analisados no início e no fim do processo, além da temperatura, medida diariamente. Como resultado obteve-se que a adição de microrganismos eficientes influenciou mais na redução de patógenos do que a temperatura ou o tipo de processo empregado, sendo que a compostagem, associada aos microrganismos eficientes, também é benéfico para o aumento da concentração de nutrientes. E o processo de vermicompostagem, associado aos ME, apresentou os melhores resultados de remoção de patógenos, além de influenciar na redução de metais. Por fim, concluiu-se que a inserção de microrganismos eficientes nos processos de compostagem e vermicompostagem se mostrou uma alternativa viável para garantir uma qualidade adequada do composto final. / Composting is known as a method of treatment of agro-industrial waste, however, it presents some limitations when small-scale processes are used, because as it is influenced by outdoor temperature, if ideal temperatures are not reached, pathogenic microorganisms are not extinguished. In the current literature one can see many works that uses microorganism’s inoculation aiming at accelerating degradation process and possibly increase the temperature, but there is a lack about the use of efficient microorganisms in small scale composting, especially at small farm properties. In this context, the aim of this study was to apply composting and vermicomposting methods, using different concentrations of efficient microorganisms (EMs) that seek desirable temperatures in small scale composting, in order to eliminate pathogens and result in a final product with the quality required by legislation in force. In order to perform the experiments, cattle manure, sheep manure, sawdust were mixed, which were divided in 6 cashier, being that of these, in 3 the composting process was carried out and efficient microorganisms (EM) were inserted in the concentrations of 0 mL/L; 2 mL/L and 4 mL/L and in the others it was performed in the vermicomposting and EM processes at the same concentrations. The parameters monitored were: macronutrients, micronutrients, metals and pathogens, which were analyzed at the beginning and end of the process, besides temperature, measured daily. As a result it was obtained that the addition of efficient microorganisms influenced in the reduction of pathogens more than a temperature or the type of process employed, being that the composting, associated to the efficient microorganisms, also benefits in the increase of the concentration of nutrients. And the vermicomposting process, associated to EM, presented the best results of pathogen removal, besides influencing the reduction of metals. Finally, it was concluded that the insertion of efficient microorganisms in the composting and vermicomposting processes proved to be a viable alternative to guarantee an adequate quality of the final compound.

Made available in DSpace on 2015-07-08T12:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 26.pdf: 2505316 bytes, checksum: f5db7e53d3352f1b2e198a85915b80c3 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Lagoas urbanas costeiras são ambientes dinâmicos e poluídos, sendo altamente afetadas pela mistura de sedimentos, água do mar e de água doce continental. Apesar de uma série de estudos publicados sobre estuários de água doce e ambientes marinhos há pouco interesse nas lagoas urbanas impactadas nos trópicos. Neste estudo, realizamos uma abordagem polifásica, utilizando métodos microbiológicos como isolamento de bactérias e seus perfis de resistência aos antibióticos e moleculares como a DGGE-PCR e bibliotecas do gene rrs do 16S rRNA para comparar as comunidades microbianas do ecossistema lagunar de Jacarepaguá. Foram selecionados três ambientes distintos para o estudo: água límpida (maçico Pedra Branca), águas poluídas das lagoas e água marinha do Joá. O isolamento das culturas foi realizado em meios seletivos e as bibliotecas foram preparadas a partir do DNA genômico ambiental e do DNA proveniente do enriquecimento em BHI. Análises de DGGE mostraram perfis distintos tanto entre as bibliotecas ambientais e enriquecidas quanto entre os pontos de coleta de cada uma das abordagens. Um total de 497 sequências resultou em 245 unidades taxonômicas operacionais agrupadas a 97%. As análises comparativas demonstraram comunidades bacterianas significativamente diferentes entre as abordagens por meio do programa Unifrac. Este resultado também pode ser observado pelo diagrama de Venn, no entanto, vale ressaltar que uma OTU, correspondente ao Vibrio cholerae, foi compartilhada entre as três abordagens. Bactérias potencialmente patogênicas foram isoladas nos três ambientes estudados e 50% delas apresentaram resistência a pelo menos uma das classes de antibióticos analisadas. Nossos resultados permitem concluir que ambientes com diferentes parâmetros físico-químicos possuem comunidades microbianas distintas. / Urban coastal lagoons are polluted and dynamic environments that highly affected by the mixing of sediment, seawater and continental freshwater. In spite of a number of published studies of estuaries, freshwater and marine environments few concerned impacted urban lagoons in the tropics. We performed a polyphasic approach using microbiological methods as bacteria isolation and their antibiotic resistance profiles and molecular techniques such as PCR-DGGE and rrs gene of the 16S rRNA libraries to compare the bacterioplankton communities from the Jacarepaguá lagoon ecosystem. We selected three different environments for the study: freshwater (Pedra Branca), polluted waters of the lagoons and Joa’s seawater. The culture isolation was performed on selective medium and libraries were prepared from the genomic DNA environment and DNA from the enrichment in BHI. DGGE analysis showed distinct community profiles between each BHI culture and their environmental counterparts indicating that culturing leads to shifts in community composition. A total of 497 bacterial sequences were analyzed by MOTHUR, yielding 245 operational taxonomic units (OTUs) grouped at 97% stringency. UniFrac metrics and Venn diagrams showed that bacterial communities covered by each experimental approach were significantly different and that only one OTU was shared between them, corresponding to Vibrio cholera. Potentially pathogenic bacteria were isolates from most of the sampled environments and 50% of them showed antibiotic resistance. Our results suggest that environments with physical and chemical parameters have different microbial communities. The detection of resistant organisms in polluted waters clearly demonstrates the presence of intrinsic resistant mechanisms acquired by the microorganisms depending on the selective pressure. Metagenomic analyses, with or without enrichment, demonstrated the efficiency model for the evaluation of bacteria diversity in Jacarepaguá aquatic ecosystem. Our data may contribute to the improvement of environmental services and epidemiological surveillance of waters resources.

Ambientes aquáticos são essenciais para quase todas as formas de vida na Terra. Suas comunidades microbianas são responsáveis por controlar processos biogeoquímicos importantes nestes ecossistemas. Nos últimos anos, ocorreu um considerável aumento no número de estudos relacionando fatores e processos ambientais e comunidades microbianas em ambientes aquáticos. Uma das principais razões para o crescimento destes estudos foram os avanços das tecnologias de sequenciamento de DNA, que permitiram o desenvolvimento de novas abordagens, proporcionando um momento único para o campo da microbiologia. A aplicação de sequenciamento de nova geração para analisar regiões do gene do RNA ribossomal 16S (rRNA 16S) tem sido amplamente utilizada para a compreensão da composição, estrutura e respostas ambientais do bacterioplâncton. Os rios são ambientes importantes, tanto em uma perspectiva ecológica quanto econômica. No entanto, a base de nosso conhecimento sobre a dinâmica microbiana aquática se baseia principalmente em estudos ambientais de água do mar e lagos. Nesta tese, foi realizado o sequenciamento em larga escala da região V4 do gene rRNA 16S em amostras coletadas ao longo do Rio dos Sinos. Este rio está localizado em um dos centros industriais brasileiros mais importantes e apresenta várias características ambientais contrastantes, além de um gradiente longitudinal de eutrofização, assim, tornando-se um local notável para o estudo da dinâmica do bacterioplâncton. Neste trabalho, foi testada a influência do espaço e do tempo como variáveis para o processo de estruturação das comunidades microbianas, bem como influências sazonais e longitudinais para suas dinâmicas ecológicas. Foram demonstradas evidências consistentes para a existência de um perfil bacteriano na nascente do rio e a sua persistência ao longo do curso de água analisado. Mudanças sazonais reforçam a importância da nascente do rio na manutenção do reservatório bacteriano que é dispersado ao longo de todo o rio. Além disso, também existe uma pequena influência do espaço para determinar a estrutura das comunidades microbianas onde, amostras separadas por 63 km de curso de água são quase tão semelhantes entre si quanto as amostras de um mesmo local, coletadas com uma diferença de 15 minutos. Portanto, a preservação da fonte do rio é importante não apenas por razões hidrológicas, mas também para manter a composição e a integridade microbiana do rio. / Aquatic environments are essential for almost all Earth living forms. Their microbial communities are responsible for driven the most important biogeochemical processes in these ecosystems. Only in the past few years, we began to understand about the factors and processes that orchestrate the microbial community in these environments. One reason for this delay was the lack of proper tools. With advances in new sequencing technologies, new approaches are providing an unique moment for the microbiology field. The application of next-generation sequencing for 16S rRNA analysis has been broadly used for understanding bacterioplankton composition, structure and environmental responses. Rivers are important environments, for both ecological and economic perspectives. However, the basis of our knowledge about aquatic microbial dynamics relies mostly in seawater and lakes environmental studies. We performed high-throughput analysis of 16S rRNA highly variable V4 region in samples from the Sinos River, which is located in one of most important Brazilian industrial centers. This region has several contrasts in its environmental characteristics, presenting a longitudinal gradient of eutrophication and making it a remarkable study site for observing the dynamics of bacterioplankton. In this work, we tested the influence of space and time as variables for the microbial community structuring process, as well as, seasonal and longitudinal influences for their ecological dynamics. We demonstrated consistent evidence for the existence of a bacterial seed-bank and its longitudinal persistence. Seasonal shifts reinforce the importance of the source of the river in maintaining the bacterial seed-bank that spreads throughout the river. Besides, our results also suggest a lower influence of the space to determine the microbial community structure, where, samples separated by 63 km of watercourse are almost as dissimilar as the samples from the same site, collected with a difference of fifteen minutes. Therefore, the preservation of the source of the river is important not only for hydrologic reasons but also to maintain the microbial composition and the ecological integrity of the river.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_3107_Dissertao_Paula Segui.pdf: 1369579 bytes, checksum: 0a772a2ec88ad7d51bd2ea2f285962c1 (MD5) Previous issue date: 2009-02-18 / Em sistemas e processos industriais, incluindo processos de tratamento de águas residuárias e sistemas de exploração e produção de petróleo, a geração de sulfeto e a corrosão influenciada por microrganismos trazem prejuízos incalculáveis em todo mundo. A indústria de petróleo tem se empenhado em desenvolver novas tecnologias para o tratamento da água produzida, gerada nos processos de exploração, no intuito de minimizar a biocorrosão nos dutos e materiais metálicos, e os possíveis danos ambientais. O grupo de microrganismos conhecido como microrganismos redutores de sulfato (MRS) possui como principal característica a redução do sulfato a sulfeto no processo de degradação anaeróbia da matéria orgânica. Além da importância ecológica no ciclo do enxofre e do carbono, os MRS estão relacionados à corrosão microbiológica e à geração de odores, sendo que a indústria petrolífera se destaca como umas das que mais são afetadas pela atividade deste grupo de microrganismos. O nitrato é uma alternativa mais econômica em ralação aos biocidas, normalmente utilizados no tratamento da água produzida, além de não oferecer riscos ambientais. O presente trabalho avaliou a utilização de nitrato para a diminuição da geração de sulfeto por microrganismos redutores de sulfato em amostras de água produzida, fornecidas pela Petrobras. O experimento foi planejado utilizando tratamentos envolvendo três níveis de nitrato, dois níveis de acetato (presença e ausência) e três repetições, com controles de água produzida, água produzida + lodo e água produzida + lodo + acetato, totalizando 27 unidades experimentais. Os resultados indicaram que o nitrato na concentração intermediária (500 mg/L) foi suficiente para cessar a geração de sulfeto pelos microrganismos redutores de sulfato, num período entre 3 e 4 semanas após o início do experimento. Além disso, a análise estatística dos dados incluiu as amostras em que houve adição de acetato, como aumento da fonte de carbono, num mesmo grupo de médias em relação às mesmas amostras, porém, sem a adição de acetato.

Ambientes aquáticos são essenciais para quase todas as formas de vida na Terra. Suas comunidades microbianas são responsáveis por controlar processos biogeoquímicos importantes nestes ecossistemas. Nos últimos anos, ocorreu um considerável aumento no número de estudos relacionando fatores e processos ambientais e comunidades microbianas em ambientes aquáticos. Uma das principais razões para o crescimento destes estudos foram os avanços das tecnologias de sequenciamento de DNA, que permitiram o desenvolvimento de novas abordagens, proporcionando um momento único para o campo da microbiologia. A aplicação de sequenciamento de nova geração para analisar regiões do gene do RNA ribossomal 16S (rRNA 16S) tem sido amplamente utilizada para a compreensão da composição, estrutura e respostas ambientais do bacterioplâncton. Os rios são ambientes importantes, tanto em uma perspectiva ecológica quanto econômica. No entanto, a base de nosso conhecimento sobre a dinâmica microbiana aquática se baseia principalmente em estudos ambientais de água do mar e lagos. Nesta tese, foi realizado o sequenciamento em larga escala da região V4 do gene rRNA 16S em amostras coletadas ao longo do Rio dos Sinos. Este rio está localizado em um dos centros industriais brasileiros mais importantes e apresenta várias características ambientais contrastantes, além de um gradiente longitudinal de eutrofização, assim, tornando-se um local notável para o estudo da dinâmica do bacterioplâncton. Neste trabalho, foi testada a influência do espaço e do tempo como variáveis para o processo de estruturação das comunidades microbianas, bem como influências sazonais e longitudinais para suas dinâmicas ecológicas. Foram demonstradas evidências consistentes para a existência de um perfil bacteriano na nascente do rio e a sua persistência ao longo do curso de água analisado. Mudanças sazonais reforçam a importância da nascente do rio na manutenção do reservatório bacteriano que é dispersado ao longo de todo o rio. Além disso, também existe uma pequena influência do espaço para determinar a estrutura das comunidades microbianas onde, amostras separadas por 63 km de curso de água são quase tão semelhantes entre si quanto as amostras de um mesmo local, coletadas com uma diferença de 15 minutos. Portanto, a preservação da fonte do rio é importante não apenas por razões hidrológicas, mas também para manter a composição e a integridade microbiana do rio. / Aquatic environments are essential for almost all Earth living forms. Their microbial communities are responsible for driven the most important biogeochemical processes in these ecosystems. Only in the past few years, we began to understand about the factors and processes that orchestrate the microbial community in these environments. One reason for this delay was the lack of proper tools. With advances in new sequencing technologies, new approaches are providing an unique moment for the microbiology field. The application of next-generation sequencing for 16S rRNA analysis has been broadly used for understanding bacterioplankton composition, structure and environmental responses. Rivers are important environments, for both ecological and economic perspectives. However, the basis of our knowledge about aquatic microbial dynamics relies mostly in seawater and lakes environmental studies. We performed high-throughput analysis of 16S rRNA highly variable V4 region in samples from the Sinos River, which is located in one of most important Brazilian industrial centers. This region has several contrasts in its environmental characteristics, presenting a longitudinal gradient of eutrophication and making it a remarkable study site for observing the dynamics of bacterioplankton. In this work, we tested the influence of space and time as variables for the microbial community structuring process, as well as, seasonal and longitudinal influences for their ecological dynamics. We demonstrated consistent evidence for the existence of a bacterial seed-bank and its longitudinal persistence. Seasonal shifts reinforce the importance of the source of the river in maintaining the bacterial seed-bank that spreads throughout the river. Besides, our results also suggest a lower influence of the space to determine the microbial community structure, where, samples separated by 63 km of watercourse are almost as dissimilar as the samples from the same site, collected with a difference of fifteen minutes. Therefore, the preservation of the source of the river is important not only for hydrologic reasons but also to maintain the microbial composition and the ecological integrity of the river.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:06:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6503_1.pdf: 1701606 bytes, checksum: 3a982377ec02b5d793cc7183cffd1fcb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / As várias questões em potencial associadas aos fungos em água de consumo incluem obstruções da canalização, alterações como odor, sabor, pigmentos, formação de biofilmes, disseminação de fungos patogênicos e produção de micotoxinas. As bactérias e os fungos têm sido bem sucedidos nesse meio por possuírem estratégias metabólicas que lhes permitem sobreviver em ambientes oligotróficos como água potável. Assim, algumas espécies de fungos podem ser encontradas habitando sistemas de distribuição de água. A legislação brasileira, assim como a de outros países, não determina a pesquisa de fungos, nem estabelece limites para a presença destes na água de abastecimento. Este trabalho aborda ocorrência de fungos filamentosos e bactérias heterotróficas na rede de distribuição de um sistema de abastecimento em Recife-PE. As coletas foram realizadas até 150 dias nos pontos: reservatório da estação de tratamento de água, início, meio e fim da rede de distribuição. Fungos e bactérias heterotróficas foram quantificados por filtração em membrana, utilizando peptona glicose rosa Bengala Agar com antibióticos e R2A, incubação a 30° até 10 dias e 35ºC por 48 h respectivamente As bactérias mantiveram-se dentro do limite estabelecido pela legislação. Das 180 amostras de fungos isoladas, os mais abundantes foram Penicillium e Aspergillus, seguido de Phoma, Curvularia, Trichoderma, Alternaria, Fusarium, Cladosporium, Nigrospora, Pestalotiopsis e Cunninghamella. Nos canos de distribuição da rede foram encontrados filamentos de fungos, formando biofilmes. Como a água pode veicular a disseminação de patógenos, espera-se com estes registros, contribuir para o conhecimento sobre o envolvimento dos fungos no sistema de distribuição de água potável Alto do Céu em Recife PE

Made available in DSpace on 2018-08-24T22:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5734_Neumann_Dissertação20130527-132251.pdf: 2654027 bytes, checksum: 2aff0913ed9aa214ca5ab9e8fe170144 (MD5) Previous issue date: 2012-03-02 / Os Microrganismos Redutores de Sulfato (MRS) são um grupo diversificado de bactérias e árqueas com o crescimento heterotrófico e anaeróbio, reduzem sulfatos e produzem sulfeto de hidrogênio (H2S) que pode ser detectado através da presença de precipitados de cor no meio líquido. Muitos esforços estão sendo direcionados para o desenvolvimento de métodos rápidos e simplificados de enumeração de MRS que possibilitem um diagnóstico mais rápido da Corrosão Influenciada Microbiologicamente (CIM). O objetivo principal deste estudo foi avaliar uma nova metodologia de detecção e contagem de MRS em amostras do sistema de produção de petróleo e gás. O experimento foi planejado a partir da comparação da contagem microbiana entre o método tradicional (28 dias de incubação) e o método de microplacas (07 dias de incubação). O monitoramento do crescimento microbiano ocorreu durante 06 meses (maio 2011 a outubro de 2011) em oito pontos de amostragem que incluem à montante e jusante de dutos (gasoduto, aqueduto, oleoduto) e drenos de tanques de armazenamento de água produzida. Nesses pontos foi avaliada a qualidade da água por meio de variáveis físico-químicas (APHA, 2005) e o crescimento de MRS e BANHT pelos métodos microbiológicos citados em amostras de água produzida, óleo e resíduos depositados nos dutos. Os resultados das análises estatísticas referentes à enumeração de MRS e Bactérias Anaeróbias Heterotróficas Totais (BANHT) demonstraram uma vantagem significativa na redução do tempo de processamento da amostra utilizando o novo método proposto (7 dias) em comparação com o método tradicional (28 dias), permitindo a obtenção do diagnóstico mais rápido. Portanto, o emprego deste novo método de detecção na indústria de petróleo e gás contribuirá para a aplicação de medidas preventivas e/ou corretivas de forma mais imediata, consequentemente, o controle desses microrganismos possibilitará a economia de recursos ao evitar problemas de biocorrosão que resultam em poluição ambiental, perda de produção e podem afetar a saúde humana através da produção de H2S.

Orientador: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: O conjunto de microrganismos que vivem junto das plantas é chamado de microbioma ou fitomicrobioma, e exerce diversos papéis conjuntamente com seu hospedeiro inclusive para a manutenção da saúde conjunta, considerando que co-evoluíram juntos, como um holobionte e, portanto, podem ter desenvolvido mecanismos de adaptação mútua. No presente trabalho, exploramos a diversidade do microbioma de cana-de-açúcar pela mineração de dados de RNA-Seq: realizamos atribuição taxonômica às sequências daqueles organismos que foram sequenciados conjuntamente com as plantas, mas que não foram analisados em nenhum ponto. Dados de 15 acessos do SRA contendo 246 bibliotecas foram obtidos, totalizando 841 Gigabases. As leituras dessas bibliotecas foram processadas, montadas em sequências a fim de reconstruir as moléculas de RNA e passaram por processo de atribuição taxonômica com o Kraken2 usando um banco de referência expandido personalizado, gerando uma contagem de organismos por biblioteca, sendo que os \textit{taxa} microbianos foram quantificados a partir da identificação de 09 milhões de leituras correspondentes. Como prova de conceito do método, validamos diversas observações que já existiam sobre a diversidade do microbioma da cana-de-açúcar. Revelamos que em todas as plantas, há uma presença quase ubíqua de bactérias Gammaproteobacteria, especialmente Pseudomonas e Xanthomonas e de fungos Ascomycota. Além disso, que a diversidade é alterada pela natureza do estresse na planta, hídrico ou ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The set of microorganisms that live under the influence of its host is called microbiome or in case of plants, phytomicrobiome, and they play various roles alongside their host including in maintaining the health of the pair, considering that they co-evolved together as a holobiont and thus may developed mechanisms of mutual adaptation. In the present work, we explored the diversity of the sugarcane microbiome by mining RNA-Seq data: we performed taxonomic assignment to RNA sequences of those organisms that were sequenced together with the plants but were not analyzed at any point. As proof-of-concept, we were able to validate several known observations of the sugarcane microbiome. We revealed that in all plants there is an almost ubiquitous presence of Gammaproteobacteria, especially Pseudomonas and Xanthomonas and fungi Ascomycota. In addition, that diversity is altered the stress implied on the sugarcane plant, be it abiotic (drought) or biological (infection), and that the major modulators in the community are mostly the plant compartment and the type of stress involved. We also observed a set of original organisms negatively and positively correlated with smut disease, caused by Sporisorium scitamineum, potentially antagonistic to the disease agent. Additionally, we detected differentially abundant phytomicrobiome activity between treatments, including those in which plant-induced infection was performed. Finally, virus sequences were assembled, and we were able to retri... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

FERREIRA, E. G. Diversidade e potencial biotecnológico de actinomicetos recuperados do sedimento marinho coletado no Arquipélago São Pedro e São Paulo, Brasil. 2014. 157 f. Tese (Doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar. Universidade Federal do Ceará. Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2017-07-26T12:52:05Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_egferreira.pdf: 5062161 bytes, checksum: bf5df90231cc6fb9bcd616eb2c10f323 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2017-07-27T15:29:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_egferreira.pdf: 5062161 bytes, checksum: bf5df90231cc6fb9bcd616eb2c10f323 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-27T15:29:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_egferreira.pdf: 5062161 bytes, checksum: bf5df90231cc6fb9bcd616eb2c10f323 (MD5) Previous issue date: 2014 / Marine organisms are recognized for their ability to synthesize bioactive molecules with unique mechanisms of action peculiar structures. This study conducted a study about the biological diversity and biotechnological potential of microorganisms recovered from sediment samples St. Peter and St. Paul Archipelago (SPSPA) located almost a thousand miles from the Brazilian coast. The sediment samples were processed for isolation of cultivable microorganisms and to estimating microbial diversity based on the analysis of metagenomic DNA. The isolated cultures were grown on broth medium for the extraction with organic solvents and subsequent characterization of cytotoxic activity on human adenocarcinoma cells (HCT-116) and the chemical profile by liquid chromatography followed by mass spectrometry (LC-MS) and subsequent analysis on the basis of AntiMarin data. The study of diverse groups of bacteria and archaea through the DGGE techniques performed to the samples of the first (E1) and second semester (E2) showed that there is a marked similarity of 62.8% to the group of bacteria, whereas for Archaea, the similarity was 32.9%. In total 61UTOs from bacteria and Archaea were obtained for 32 OTUs. In relation to cultivable bacteria a total of 268 strains of bacteria was recovered from the 21 samples collected sediment. In the evaluation of biological activity, 41 extracts showed cytotoxicity, with IC50 ranging from 0.04 to 31.55μg/mL. From this result, three bacteria were chosen for bioguided fractionation of the active compounds. In the extract of BRA-132, identified as Salinispora sp., were identified bioactive compounds the group of staurosporinesbeyond saleniketals and rifamycin. Extract the BRA-199, identified as Streptomycessp., were isolated three diketopiperazines, however none of them showed cytotoxicactivity in addition to cytotoxic activity piericidin A and A glycol-piericidin A. Already BRA-177, identified as Actinomadura sp., were isolated the molecules cyclononilprodigiosin and nonilprodigiosin of the group prodigiosins, which have potent cytotoxic activity were isolated. These results demonstrate that, despite the low diversity observed by DGGE, the culturable bacteria SPSPA have high biotechnological potential. / Microrganismos marinhos são reconhecidos por sua capacidade de sintetizar moléculas bioativas com estruturas únicas e mecanismos de ação peculiares. O presente trabalho realizou um estudo sobre a diversidade biológica e potencial biotecnológico de microrganismos recuperados de amostras dos sedimentos do Arquipélago São Pedro e São Paulo (ASPSP), localizado a quase mil quilômetros da costa brasileira. As amostras de sedimento foram processadas para isolamento dos microrganismos cultiváveis e para estimativa da diversidade microbiana a partir da análise do ADN metagenômico. As culturas isoladas foram crescidas em meio líquido para extração com solventes orgânicos e posterior caracterização da atividade citotóxica em células de adenocarcinoma humano (HCT-116) e do perfil químico por cromatografia líquida seguida de espectrometria de massas (CL-EM) e posterior análise na base de dados AntiMarin. O estudo preliminar da diversidade de grupos de Bacteria e Archaea através das técnicas de DGGE realizado para as amostras do primeiro (E1) e segundo semestre (E2) mostraram que existe uma semelhança acentuada de 62,8% para o grupo das bactérias, enquanto para o Archaea, a similaridade foi de 32,9%. Ao todo foram obtidos 61 UTOs de bactérias e 32 UTOs para Archaea. Em relação às bactérias cultiváveis, um total de 268 estirpes de bactérias foi recuperado a partir das 21 amostras de sedimentos recolhidos. Na avaliação da atividade biológica, 41 extratos demonstraram citotoxicidade, com CI50 variando entre 0,04 e 31,55μg/mL. A partir desse resultado, três bactérias foram escolhidas para o fracionamento bioguiado dos compostos ativos. No extrato da BRA-132, identificada como Salinispora sp., foram identificados compostos bioativos do grupo das estaurosporinas além da saleniketais e rifamicina. Do extrato da BRA-199, identificada como Streptomyces sp., foram isoladas três dicetopiperazinas, entretanto nenhuma delas demonstrou atividade citotóxica, além dos compostos citotóxicos piericidina A e glicopiericidna A.Já da BRA-177, identificada como Actinomadura sp., foram isoladas moléculas do grupo das prodigiosinas, ciclononilprodigiosina e nonilprodigiosina, que apresentam potente atividade citotóxica. Esses resultados demonstram que, apesar da baixa diversidade observada pelo DGGE, as bactérias cultiváveis do ASPSP apresentam elevado potencial biotecnológico.