Informações sobre o uso do espaço são importantes para o entendimento de processos ecológicos que envolvem uma espécie e a determinação de seu estado de conservação. Tais informações são escassas para o gênero Mazama, o mais diverso entre os cervídeos neotropicais, sendo que desenvolver metodologias para obtenção de dados ecológicos do gênero torna-se fundamental para qualquer ação de manejo envolvendo o grupo. O estudo do DNA fecal surge como uma ferramenta importante para viabilizar a coleta sistemática de informações sobre o gênero. Assim, o presente trabalho visou a estimar a área de vida e a seleção de hábitat do veado-catingueiro, comparando duas metodologias, com intuito de avaliar a aplicação do DNA fecal como alternativa para se estudar a espécie. O trabalho contou com 6 animais que tiveram suas localizações obtidas a cada 13 horas por colares GPS, no período de um ano. Nesse mesmo período e na mesma área, foram coletadas mensalmente amostras fecais, gerando um total de 830 amostras, cujo DNA foi extraído para identificação genética. A espécie das amostras foi determinada com o uso de um marcador mitocondrial (cit-b), e a identificação individual, com um painel de 11 microssatélites. Os valores de área de vida pelo método do MPC 95% variaram de 33 ha a 97 ha, e pelo método Kernel com 95% das localizações, variaram de 17 ha a 77 ha. Observou-se que as áreas de vida são alocadas nos diferentes habitats da região conforme o disponível (p = 0,072), porém são utilizadas internamente de forma selecionada (p=0,001). Neste nível, a espécie apresentou preferência pelos hábitats de cerrado e campo cerrado e evitou o campo (p < 0,005). Foram identificadas 670 amostras de veado-catingueiro e 15 genótipos únicos. A análise espacial das fezes também sugeriu uso desproporcional dos hábitats em relação à sua disponibilidade, sendo que a comparação direta entre os dois métodos revelou iguais distribuições no nível de espécie (p=0,178). As amostras individualizadas sugeriram um padrão de alta sobreposição de área de uso por diferentes indivíduos, mas avanços são necessários para melhor elucidar a questão. Perante os resultados observados, entende-se que há muito em se avançar na análise molecular das fezes que, realizada em larga escala, pode fornecer respostas importantes anteriormente inviáveis para espécies florestais. / Space use information is a key element to understand the ecological processes regarding a species and its conservation status. Such information is scarce for the genus Mazama, the most diverse group among Neotropical deer. The development of methods to obtain ecological data is fundamental to management actions concerning the group. The study of fecal DNA emerges as an important tool to enable systematic information collection about Mazama genus. Therefore, the present study aimed to estimate the home range and habitat selection of brown brocket deer comparing two methodologies in order to assess the application of fecal DNA as an alternative to study this species. Six animals were monitored with GPS collars and their location data was collected every 13 hours within one year time. Fecal samples were collected monthly in the same period and in the same area, generating a total of 830 samples whose DNA was extracted for genetic identification. The species identification was determined by a mitochondrial marker (cit-b) and individuals were identified applying a panel of 11 microsatellites. Home range was 33-97 h by MPC 95% and 17-77 h by Kernel 95%. Home rages are allocated in different habitats as available in the region (p = 0.072), but its use is internally selected (p = 0.001). At this level, the species showed preference for \"cerrado\" and \"campo cerrado\" habitats and avoidance to open field areas (p < 0.005). Genetics analysis identified 670 brown brocket deer samples and 15 unique genotypes. Feces spatial analysis suggested disproportionate use of habitats in relation to their availability in the field and the direct comparison between the two methods revealed equal distributions at the species level (p = 0.178). The genotyped samples suggested an overlapping home range pattern for different individuals, but advances are needed to further elucidate the issue. There is need for improvements in feces molecular analysis and, if held on large scale, it can provide important and previously unviable answers for forest species.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-11-04Bitstream added on 2014-06-13T21:01:18Z : No. of bitstreams: 1 suganuma_ch_dr_jabo.pdf: 2851427 bytes, checksum: 03ed93e6b51f4af5d916613162e4b58b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho teve como objetivo principal ampliar o conhecimento sobre a estrutura genética e obter informações para a conservação de pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), provenientes de populações selvagens dos rios da Bacia do Alto Paraguai. Esta espécie possui grande valor comercial e imenso potencial para exploração em pisciculturas. Os marcadores moleculares do tipo microssatélite utilizados neste estudo, resultaram em muitas informações sobre a estrutura populacional desta espécie, permitindo uma possível caracterização dos bancos genéticos para esta espécie. Exemplares provenientes de nove sub-bacias do Pantanal Matogrossense foram coletados para a realização da extração de DNA visando à análise do material genômico. Para isto, foram retirados pequenos fragmentos de nadadeira de cada indivíduo. A amplificação dos locos microssatélites foi realizada num termociclador de PCR utilizando oligonucleotídeos marcados com fluorescência, conforme descrito na literatura. A genotipagem foi realizada no seqüenciador automático MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), pertencente ao Centro de Estudos do Genoma Humano da Universidade de São Paulo. Os tamanhos dos alelos obtidos foram organizados para a montagem das matrizes de dados que foram submetidas aos programas computacionais para verificar a variabilidade genética nas populações. Os parâmetros que permitiram a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional foram o número de alelos por loco, riqueza alélica, heterozigosidade observada e esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada... / This work aimed to obtain information about the genetic structure of pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), from wild populations of Alto Paraguai Basin Rivers. This specie has a greatly commercial importance, with huge potential for hatcheries. The pacu has a wide distribution in the Prata Basin, formed by Paraguay, Paraná and Uruguay rivers and their tributaries Microsatellites markers offer relevant information about this specie, allowing the characterization of genetic stocks. Individuals from nine sampling sites in the Pantanal Matogrossense were analysed in this study. DNA extraction methods did not required killing the samples, we used fin clippings from each individual. The amplification of microsatellites loci was carried out via polymerase chain reaction (PCR) using oligonucleotide marked with fluorescent labels. The amplified fragments were analysed on the automatic DNA sequencer MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), belonged to Centro de Estudos do Genoma Humano from Universidade de São Paulo. Allele sizes were organized in an input file that was submitted statistical analysis to verify the genetic variability of populations. The parameters used to estimate the genetic diversity intra and interpoulation were number of allele per locus, allele richness, observed and expected heterozygosities, Hardy Weinberg equilibrium, molecular variance analyses (AMOVA), fixation index, linkage disequilibrium and gene flow. Bayesian estimates were used to verify the populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-04Bitstream added on 2014-06-13T20:14:40Z : No. of bitstreams: 1 mantellatto_amb_me_jabo.pdf: 1226641 bytes, checksum: c169087a2c251650d718092c5eeab5ad (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O veado-campeiro (Ozotoceros bezoarticus) é uma das oito espécies de cervídeos reconhecidas no Brasil. Efeitos das atividades de caça, introdução de animais domésticos, destruição, fragmentação e alteração na qualidade do habitat são causas potenciais de ameaças às populações dessa espécie, sendo que a população existente no Pantanal é a mais significativa da espécie. Estudos a respeito da estrutura social do veado-campeiro são escassos e, além disso, a literatura apresenta questões controversas e outras em aberto. Dentro desse contexto, o presente projeto de pesquisa teve como objetivo analisar a estrutura social da população de veadoscampeiro na região central do Pantanal (MS, Brasil). Para tanto, 12 fêmeas foram marcadas com radiotransmissores, e utilizadas como animal focal para a observação da constituição de seus grupos. Amostras de fezes de integrantes do grupo dessas fêmeas foram coletadas mensalmente durante o período de 1 ano. O DNA das amostras de fezes foi extraído e amplificado por meio de iniciadores para seis regiões microssatélites. As análises permitiram acessar o nível de proximidade genética entre os animais que formavam cada grupo, sendo que o grau de parentesco foi significativo entre quatro fêmeas marcadas e seu respectivo grupo, devido, principalmente, a permanência de seus filhotes até o nascimento de um novo indivíduo em seu agrupamento. Para as demais fêmeas e análises realizadas, foi verificado que o grau de parentesco entre os animais não foi significativo. Esse fato contribui com a manutenção da diversidade genética da população, sendo que, a conservação do ambiente no qual estes animais estão inseridos é uma premissa para que o comportamento social dessa espécie se mantenha ao longo dos anos / The pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) is onde of eight recognized species of deer in Brazil. Effects of hunting, introduction of livestock, destruction, fragmentation and change in habitat quality are potential causes of threats to populations of this species, and the existing population in the Pantanal is the most significant in our country. Studies on the structure social pampas deer are scarce and, moreover, the literature presents controversial issues and other open. Within this context, this research project aimed at analyzing the social structure of population of pampas deer in the central region of the Pantanal (MS, Brazil). To this end, 12 females were marked with radio tranmitters, and used as focal animal for observation of the groups. Stool samples from members of 11 groups were collected monthly during period of one yaer. The DNA from stool samples was extracted and amplified using primers for six microsatellite regions. The analysis allows to access the level of genetic proximity between the animals that made up each group, and the degree of kinship was significant in four marked females and their respective group, due to mainly stay in their young until the birth of a new individual in their group. For the other females and analyzes it was found that the degree of relatedness among the animals was not significant. This contributes to maintaining the genetic diversity of the population, and the conservation of the environment in which these animals are inserted is a premise for the social behavior of this species is maintained over the years

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-17Bitstream added on 2014-06-13T21:03:51Z : No. of bitstreams: 1 catelli_ll_dr_jabo.pdf: 365148 bytes, checksum: 08d9d16fd7bd7a58dff2a344f86ecfe6 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os fungos patogênicos Phakopsora pachyrhizi e Erysiphe diffusa causam a ferrugem asiática e oídio, respectivamente, em soja, e são responsáveis por grandes perdas nas áreas sojícolas de muitos países. O objetivo deste trabalho foi estudar a herança de caracteres qualitativos e quantitativos e mapear genes de resistência dessas doenças, utilizando populações de plantas F2 e F2:3 derivados dos cruzamentos entre os genótipos resistentes à ferrugem asiática PI 200487 e PI 200526 com o genótipo suscetível BRI98-641. Ambos os genótipos apresentaram um gene dominante para a resistência, os quais foram mapeados no mesmo grupo de ligação da soja (GL-N). Adicionalmente, as análises quantitativas demonstraram que o modelo aditivo-dominante foi suficiente para explicar a herança dos dois caracteres, número de urédias e severidade, mostrando que alguns genes adicionais de efeito menores podem contribuir para a resposta da severidade da ferrugem asiática nas duas populações. No entanto, o número de urédias demonstrou ser menos influenciado pelas condições ambientais, indicando que os genes podem estar concentrados apenas nos parentais resistentes, evidenciando o caráter de resistência. A severidade continua sendo importante na seleção, pois demonstra melhor o caráter seletivo e pela facilidade de avaliação. Para oídio da soja o gene de resistência foi mapeado em uma população F2:3, derivada do cruzamento entre os genótipos BR01-22106 (resistente) e PI 200487 (suscetível). A resistência ao oídio nesta população foi determinada por um único gene dominante e permitiu o mapeamento de um loco red no grupo de ligação C2 da soja. Os marcadores associados ao Rpp e Red identificados neste trabalho mostraram-se potencialmente úteis na seleção assistida de plantas resistência para o desenvolvimento de cultivares elites carregando estes genes e para manter... / The pathogenic fungi Phakopsora pachyrhizi and Erysiphe diffusa cause the Asian rust and powdery mildew diseases, respectively, in soybean and are responsible for severe yield reduction around the world. The aim of this work was to study the inheritance of qualitative and quantitative resistance characters and to map disease resistance genes in F2 e F2:3 soybean populations, derived from the crosses between Asian rust resistance genotypes, PI 200487 and PI 200526, with the susceptible genotype BRI98-641. Both genotypes revealed a dominant resistance gene that was mapped in the same soybean linkage group (LG-N). In addition, quantitative analysis demonstrated that the additivedominant model was sufficient to explain the inheritance of both characters, number of uredinia and severity, showing that some additional genes can contributed to soybean response to Asian rust severity in the two populations. However, the number of uredinia showed to be less influenced by environmental conditions, demonstrating that gene could be concentrated the in PI 200487 and PI 200526 and be evidence for resistance character. The severity remains important in the selection process because showing the best selective character and the available to evaluation. For powdery mildew, the resistance gene was mapped on linkage group C2 in a F2:3 populations derived from the cross between BR01-22106 (resistant) and PI 200487 (susceptible) genotypes. The powdery mildew resistance was determined by one dominant gene, mapped on linkage group C2 of soybean. The associate markers to Rpp and Red genes will be very useful to assist the selection of resistant plants on the development of elite cultivars carrying these genes and keep the competitiveness and sustainability of soybean Brazilian agribusiness.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2146.pdf: 1671091 bytes, checksum: f97eeea1da741ae03253f4c73616f003 (MD5) Previous issue date: 2007-11-30 / Universidade Federal de Minas Gerais / Several Psittacidae species, as those of Ara genus, have biological characteristics frequently associate with extinction risk. These include corporal size, specialized food preferences, low rate of population growth, restricted habitat and geographic dispersal. Genetic studies are important tools because they provide helpfulness for the conservation of those species with high extinction risks. Microsatellite markers are frequently used in population and conservation studies, and are usually isolated from the genome of the targeted species or of the related species. The main goal of this study was evaluate the genetic variation of Ara chloroptera inhabiting a touristic area, named Buraco das Araras, in Mato Grosso do Sul. For such way, six microsatellite loci were isolated and characterized and were useful to assess the genetic variation of Ara chloroptera and presented also a good value to study other Neotropical parrot. The studied population showed a genetic variation value comparable to that previously observed in a non endangered congeneric species. A significant Hardy-Weinberg disequilibrium was detected, probably related to migrants. It was hypothesized the occurrence a throughout of the years alternation of visiting individuals. The Buraco das Araras constitutes a favorable and helpful environment for reproduction and food of the red-and-green macaw and species conservation. / Certas espécies de psitacídeos possuem uma série de características normalmente associadas ao risco de extinção, como grande tamanho corporal, pequena diversidade de itens alimentares, alta especificidade de hábitat, pequena taxa de crescimento populacional e distribuição geográfica restrita, como o gênero Ara. Estudos genéticos são importantes ferramentas para auxiliar a conservação de espécies sob risco de extinção. Um dos marcadores moleculares mais utilizados é o microssatélite, o qual deve ser isolado da própria espécie ou de espécies correlatas. O objetivo principal desse estudo foi avaliar a variação genética de uma população de Ara chloroptera que habita uma região turística do Mato Grosso de Sul, conhecida por Buraco das Araras. Para tanto foram identificados e caracterizados seis locos de microssatélites na espécie, os quais foram úteis para acessar a variação genética e também apresentaram potencial para utilização em estudos com outros psitacídeos neotropicais. A população estudada apresentou uma variabilidade genética comparável a observada em uma espécie congenérica não ameaçada. Mostrouse significativamente em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, provavelmente devido aos imigrantes detectados. Foi hipotetizada a ocorrência de alternância de indivíduos visitantes ao através dos anos. O Buraco das Araras proporciona um ambiente favorável para reprodução e alimentação da arara vermelha, ajudando na conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2684.pdf: 1745831 bytes, checksum: de44549cd06256556eeedbb0b3f3e643 (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Universidade Federal de Minas Gerais / Habitat fragmentation is one of the main results of human alterations on nature. Understanding the biological consequences of this process is essential to reach the goal of conserving natural resources. The aim of this project was to assess levels of diversity and genetic structure of a population of the marsupial Micoureus paraguayanus, in forest remnants of a Semi-Decidual Estational Forest in the region of Pontal do Paranapanema, São Paulo. This variation was evaluated in ten microsatellite loci scored in 95 individuals sampled from six habitat fragments, including the Morro do Diabo State Forest. Genetic diversity in each subgroup was estimated by considering the average number of alleles (6,1 overall) and heterozygosity (0,488 when averaging all subpopulations). The latter was lower than values described in the literature for non-inbred populations on average. The number of alleles of three loci were also lower than what was observed for other population from the same species. So, on average, diversity was slightly lower than observed elsewhere. We detected a significant positive correlation (R = 0,087; P = 0,003) between genetic and geographic distances of populations of the fragments. The high number of migrants per generation (Nm) indicates historic gene flow between the analyzed populations. In spite of that, significant values of Fst and Rst were detected between some of the populations. A significant genetic differentiation was detected between Santa Teresa, Santa Maria and Ponte Branca. To analyze the genetic structure of this population we used the softwares Tess and Structure, which indicated tree clusters in the population of M paraguayanus sampled, which are associated with the three populations previously mentioned. These localities were the smallest and most disturbed fragments evaluated in this study and their differences probably indicate that the recent fragmentation process about 60 years could be responsible for promoting changes, by founder effect or bottleneck, in the genetic composition of the studied population. / A fragmentação de habitat é um dos principais resultados das alterações causadas pelos seres humanos na natureza. Entender as conseqüências biológicas desse processo é essencial para atingir o objetivo de conservar a natureza antropizada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e estrutura genética de uma população do marsupial Micoureus paraguayanus, em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi- Decidual, na região do Pontal do Paranapanema, São Paulo. Foram avaliados dez locos de microssatélites em 95 indivíduos, amostrados em seis fragmentos de hábitat, incluindo o Parque Estadual Morro do Diabo. A diversidade genética dos grupos de indivíduos da população estudada foi verificada através do número de alelos (média de 6,1) e heterozigozidade (média de 0,488). A heterozigosidade ficou abaixo dos valores descritos na literatura como característicos de populações não endogâmicas e também foram encontrados menos alelos em três dos locos estudados, quando comparados com outra população dessa mesma espécie. Sendo assim, a diversidade genética foi considerada baixa. Foi encontrada uma correlação positiva significativa entre as distâncias genética e geográficas dos grupos de indivíduos nos fragmentos (R = 0,087; P = 0,003). Também, o número de imigrantes por geração (Nm) evidenciou um fluxo gênico histórico entre as populações analisadas. No entanto, através da observação dos valores de Fst e Rst foi evidenciada uma diferenciação genética significante entre as populações de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Na analise da estrutura genética dessa população foram usados os programas Tess e Structure, que indicaram haver três agrupamentos nessa amostra populacional de M. paraguayanus. A estruturação em três grupos provavelmente deva-se a diferenciação entre os fragmentos de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Estes são os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação cerca de 60 anos já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

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Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 972.pdf: 784590 bytes, checksum: bd3b6cf7e5feb50b5d709be904d4c669 (MD5) Previous issue date: 2006-03-24 / Onças-pardas (Puma concolor) são animais ameaçados devido à fragmentação, perda de habitats e ao crescente conflito com populações humanas em expansão. Utilizamos um método não invasivo de estudo, a análise genética de fezes, para determinar a presença e estimar o número populacional mínimo de onças-pardas (Puma concolor) em duas Unidades de Conservação ao nordeste do estado de São Paulo, Brasil: a Estação Ecológica do Jataí (EEJ) e o Parque Estadual do Vassununga (PEV). A partir da amplificação de uma porção do gene citocromo b do genoma mitocondrial e da comparação deste fragmento com seqüências de referência de outros carnívoros presentes na região, pudemos diagnosticar a espécie que originalmente depositou as fezes e, por meio de um painel de 4 loci de microssatélites, individualizar cada uma das amostras coletadas em campo. Dentre as 20 fezes coletadas, diagnosticamos 9 como realmente pertencentes à espécie e 2 como provenientes de jaguatiricas (L. pardalis), espécie simpátrica à P. concolor. Determinamos a presença de ao menos 9 indivíduos de P. concolor na região, e plotando os pontos de coleta das fezes sobre uma imagem de satélite, verificamos a ocorrência de 3 indivíduos na EEJ, 4 no PEV e dois nos entornos. A probabilidade de identidade (PID) foi de 0,0001 e a probabilidade de não detecção alélica (allelic dropout) de 10,6%. A determinação da presença, a estimativa do tamanho populacional mínimo e a distribuição de P. concolor nas áreas da EEJ e do PEV determinadas neste estudo podem fornecer subsídios para a implantação dos planos de manejo e conservação da espécie, assim como dessas áreas e de seus entornos.