Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-05Bitstream added on 2014-06-13T19:13:01Z : No. of bitstreams: 1 leite_dc_me_jabo.pdf: 1227082 bytes, checksum: 7596e93ea3e5948f3529db795c099964 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A produção de açúcar por hectare constitui o foco principal dos programas de melhoramento de cana-de-açúcar e depende tanto da produção da cana colhida no campo como da concentração de açúcar (sacarose) contida no colmo. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites genômicos e funcionais associados aos componentes de produção (altura, diâmetro, peso e número de colmos), produtividade e parâmetros de qualidade em cana-de-açúcar (Brix, Fibra, Pol%Cana), com base em uma progênie proveniente do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046 ambos do Programa de Melhoramento Cana IAC. O mapa de ligação foi composto por 175 marcadores em dose única distribuídos em 58 grupos de ligação (GL) com cobertura de 1525 centiMorgans e distância média entre os marcadores de 8,71 centiMorgans. O comprimento dos grupos de ligação variou de 1 a 72 centiMorgans. Os 58 GL deram origem a 9 grupos de homologia. Com os marcadores em dose única foi feita uma análise de marca simples para a identificação de QTLs putativos associados as medidas fenotípicas obtidas em cana planta e cana soca. No total foram detectadas 69 (25%) associações marcador/característica fenotípica (P<0.05) das quais, 32 (46%) em cana planta, 37 (54%) cana soca e 6 (9%) em ambos os ciclos. Estas associações foram derivadas de 47 locos de microssatélites. Para os componentes de produção e produtividade foram encontradas 38 associações e duas em ambos os ciclos (planta e soca) enquanto para os parâmetros de qualidade foram detectadas 22 associações e duas em ambos os ciclos. Para os marcadores derivados de seqüências expressas, algumas associações mostraram uma relação entre a função do gene do qual o marcador foi derivado com à característica fenotípica associada. Para estas associações, apesar dos marcadores terem apresentado... / Sugar production per hectare is the main focus of sugarcane breeding programs and depends on the sugarcane production harvest in the field and the sugar content (sucrose) of the stalk juice. The objective of the present work was to identify genomic and functional microsatellites markers associated to yield components (height, diameter, weight and stalk number), productivity and quality parameters (Brix, Fibre, Pol%Cane) in a progeny derived from a cross of the elite clone IACSP95-3018 and the variety IACSP93-3046, both from the IAC Sugarcane Breeding Program. The genetic map was composed by 175 single dose markers distributed onto 58 linkage groups (LG). The map coverage was 1525 centiMorgans with an average distance between markers of 8.71 centiMorgans (cM) and length of the LG ranging from 1 to 72 cM. The 58 LG gave rise to 9 homology groups. Single marker trait association analysis was performed with the single dose markers to identify putative QTLs associated with the phenotypic measures obtained at plant cane and ratoon cane. A total of 69 (25%) maker/trait associations (P<0.05) was detected, of which, 32 (46%) at plant cane, 37 (54%) at ratoon cane and 6 (9%) at both cycles. These associations were derived from 47 microsatellite loci. For the yield components and productivity 38 associations was found and 2 at both cycles while for the quality parameters 22 associations were detected and 2 at both cycles. For the EST derived markers, some associations showed a relation between the function of de gene of which it was derived with the phenotypic trait. For such associations, although the marker effects were low, it is probable that these markers contribute to the respective phenotypic trait

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2669.pdf: 905418 bytes, checksum: e06df8c17515f9220d215dad2779c365 (MD5) Previous issue date: 2009-07-29 / Universidade Federal de Sao Carlos / A carcinicultura marinha brasileira, desde a década de 90, concentra sua produção, principalmente, na espécie exótica Litopenaeus vannamei, a qual era inicialmente importada de países localizados na costa do Pacífico. Devido às normas de proteção ambiental, o setor produtivo, no entanto, foi alertado sobre o risco de importar novos reprodutores para a criação dessa espécie, o que levou os produtores de L. vannamei a adotar práticas de endocruzamento para manutenção de seus planteis e estoques comerciais, conduzindo à perda da viabilidade genética das populações cativas ao longo das gerações. Desta forma, o monitoramento dos níveis de diversidade genética associado ao desenvolvimento de métodos de cruzamento seletivos, utilizando ferramentas moleculares, passou a ser essencial para o manejo adequado desta espécie no Brasil. Este estudo teve como objetivo desenvolver novas marcas microssatélites para esta importante espécie de camarão e analisar a variabilidade e o nível de diversidade genética de duas famílias cativas em L. vannamei, submetidas a um programa de melhoramento genético para caracteres divergentes. Através de uma biblioteca genômica parcial enriquecida (Hamilton et al. 1999), conseguimos desenvolver dez novas marcas de microssatélites úteis em L. vannamei, que também se mostraram eficientes em cinco outras espécies nativas a costa brasileira em testes de transferabilidade de locos. Com essas novas dez marcas foram analisadas a variabilidade e os níveis de diversidade e distancia genética em duas famílias construídas a partir de pools gênicos diferentes; Familia G1 (Venezuela F22 X Panamá F7) e Família G2 (Equador F8 e Panamá). As freqüências alélicas e genotípicas, o número de heterozigotos e homozigotos esperados e observados foram calculados utilizando-se o software Genepop v. 3.4 (Raymond & Rousset 1995). Também foi empregado o software Popgene, versão 1.31 (Yeh et al., 1999) a fim de calcular as porcentagens de locos polimórficos, as freqüências gênicas (Nei, 1987), os índices de diversidade (Nei, 1973), a distância 2 genética (Nei, 1972) e a identidade genética (Nei, 1978). Para calcular a freqüencia de alelos nulos foi usado o software Micro Checker (Oosterhout et al. 2004). As duas famílias apresentaram déficit de heterozigotos significativo (p<0,007), (três locos para G1 e um para G2), sendo verificado um loco com excesso de heterozigotos na família G2. Os locos, no entanto, não apresentaram desequilíbrio de ligação. A análise de estimativa de erros de genotipagem revelou a presença de alelos nulos em três locos, apenas para a família G1, não sendo, porém, constatada a presença de dropout e/ou stutters para nenhum dos sete locos polimórficos analisados. A distância genética e a identidade genética calculadas entre as duas famílias foram de 0,42 e 0,64, respectivamente, sendo observada uma heterozigosidade média de 0,49 para G1 e 0,53 para G2. Essa heterozigosidade pode ser considerada alta quando comparada com estudos em populações selvagens e cativas, provavelmente, devido às famílias em estudo terem sido formadas a partir do cruzamento entre indivíduos pertencentes a estoques geneticamente divergentes. Nesta estratégia, o exocruzamento realizado para formar estas duas famílias parece ter ajudado a recuperar a diversidade genética dos estoques que originaram as famílias G1 (F22 x F07) e G2 (F07 x F08), os quais eram provenientes de cruzamentos endogâmicos em gerações relativamente já avançadas.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3375.pdf: 2411076 bytes, checksum: 13a92e8d3cf7c707f91a955cf5e6bd34 (MD5) Previous issue date: 2010-12-20 / Universidade Federal de Sao Carlos / Crabronid wasps of the genus Trypoxylon are characterized by being solitary and nest in preexisting cavities or in mud nests. The species Trypoxylon (Trypargilum) albitarse is included in the latter group, because builds its own mud nests. These nests are made by mud tubes with the lower portion open. Each tube is internally formed by a linear series of cells provisioned with captured spiders in which she oviposits an egg. After that, she starts closing the cell with a mud wall and begins to supply the next cell. Males of these wasps have an unusual behavior among the Hymenoptera. They assist the females during the construction and the provisioning of their nests, besides expelling parasites or other males who eventually approach the nest. This peculiarity of the male guard was always associated with his paternity of female offspring of the guarded nest. However, this hypothesis has not been tested until now, doing this the main objective of this work. The nesting behavior of the species Trypoxylon albitarse was monitored. For this, it took the observation of the nesting pairs and their collecting, as the collect of their offspring. The adults caught were frozen at -20°C for the genetic analysis. The offspring was collected after the construction of the cocoon and, after its emergence, it was weighted and frozen at -20°C for the same purpose. The monitoring of nesting allowed gathering data from this species, adding information to this gender, since most of that is gathered with trap nests. It was seen that that species have more nesting activity in cold and dry seasons, the emergence of adults is mainly concentrated in two moments, before and after the winter. Besides that, most of the larvae spend the winter in a quiescence state. A secondary sex ratio 1:1 was observed in two populations, São Carlos and Araras, however the resource allocation was higher for females, since they are 28% larger than males. To the paternity tests of the guard male, it was necessary to develop a genomic library for Trypoxylon albitarse, which allowed the development of eight microsatellite markers. Four of those were polymorphic and good enough to the purpose of these tests. These genetic tools were the first developed for this gender. They, together with the field observations, allowed assigning the female offspring of a nest to the male who guarded it. However, usurpation and extra-pair copulations were also found, contributing for greater understanding of mating system in this species and the understanding of the functional significance of the male guard behavior. The occurrence of diploid males was detected and their origin discussed. / Vespas crabronídeas do gênero Trypoxylon se caracterizam por serem solitárias e nidificarem em cavidades pré-existentes ou em ninhos de barro. A espécie Trypoxylon (Trypargilum) albitarse está incluída no segundo grupo, pois exclusivamente constrói seus ninhos. Esses são constituídos por tubos de barro com a porção inferior aberta. São formados internamente por uma série linear de células aprovisionadas com aranhas capturadas, sobre uma das quais ela oviposita um ovo para, então, começar o fechamento da célula com uma parede de barro e iniciar o aprovisionamento da célula seguinte. Os machos dessas vespas possuem um comportamento incomum entre os himenópteros. Eles auxiliam as fêmeas na construção e no aprovisionamento de seus ninhos, além de permanecerem nestes até o seu término, expulsando parasitóides ou outros machos que eventualmente se aproximem do ninho. Essa peculiaridade do macho-guarda sempre foi associada à sua paternidade da prole feminina do ninho que guardava. No entanto, esta hipótese até hoje não fora testada, constituindo assim, o objetivo principal deste trabalho. Neste, foi acompanhado o comportamento de nidificação da espécie Trypoxylon albitarse e, para tal, foram necessárias a observação de casais nidificando e a coleta dos mesmos e de suas proles. Os adultos capturados foram congelados a -20°C para posterior análise genética. A prole foi coletada após a formação do casulo e, após a sua emergência, ela foi pesada, sexada e congelada a -20°C para o mesmo fim. O acompanhamento do processo de nidificação permitiu colher dados desta espécie que constrói ninhos expostos, complementando a maioria dos trabalhos realizados no gênero que se baseiam em espécies que nidificam em ninhos armadilha. Foi observado maior atividade de nidificação na época fria e seca do ano, a emergência dos adultos se concentra principalmente em dois momentos, imediatamente antes e após o inverno, além de que, a maior parte dos indivíduos passa por um estado de quiescência no estado de larva durante essa época. Uma razão sexual secundária 1:1 foi observada nas duas populações amostradas, São Carlos e Araras. Porém a alocação de recursos foi maior para as fêmeas, já que elas são em média 28% maiores que os machos. Para os testes genéticos de paternidade, foi necessário desenvolver uma biblioteca genômica para Trypoxylon albitarse, o que permitiu o desenvolvimento de oito marcadores de regiões de microssatélites, dos quais quatro foram polimórficos e suficientes para as análises necessárias. Essas ferramentas genéticas foram as primeiras a serem desenvolvidas para o gênero. Elas, em conjunto com as observações a campo, permitiram atribuir a prole feminina de um ninho ao macho que o guardou. No entanto, usurpações e cópulas extra-par também foram evidenciadas, contribuindo para o maior conhecimento do sistema de acasalamento na espécie e para o entendimento do significado funcional do comportamento de guarda. A ocorrência de machos diplóides foi detectada e sua origem discutida.

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Ctenomys flamarioni, comumente chamado tuco-tuco-das-dunas, é um roedor subterrâneo que habita a primeira linha de dunas costeiras do Estado do Rio Grande do Sul. Devido à pouca informação sobre este roedor e ao fato de ser uma espécie endêmica e ameaçada de extinção (principalmente pela redução e modificações antrópicas a que é submetido o ecossistema costeiro) o principal esforço desta tese foi centralizado na caracterização genética da variabilidade (e em como esta se encontra distribuída) em populações ao longo de toda a área de distribuição da espécie. Para isto foram utilizados dois tipos de marcadores moleculares, loci nucleares (nove loci de microssatélites) e seqüências de DNA mitocondrial (389 pares de bases da região controladora e 665 pares de bases do citocromo-b).Para três das dez populações amostradas foram incorporadas análises demográficas tanto a partir de dados de campo quanto a partir de dados genéticos através da utilização de loci de microssatélites. Para estas populações foram observadas diferenças significativas na proporção de machos e fêmeas (1:2, para os indivíduos adultos) e nas medidas utilizadas como estimativa de dimorfismo sexual (machos com maior peso e comprimento do corpo). Estas evidências sugerem um padrão de poliginia para C. flamarioni. As análises de estrutura genética indicaram forte diferenciação entre as populações, mas não a nível intrapopulacional. As estimativas de dispersão a partir dos dados genéticos utilizando índices de assignement (FST, FIS, mAIc, vAIc) e teste de AMOVA, mostraram diferenças não significativas entre machos e fêmeas, sugerindo dispersão de ambos os sexos. Todavia, a partir de estimativas de FST entre as populações mais próximas, foi inferida uma maior mobilidade dos machos. Quando a dispersão foi comparada entre aspopulações, esta foi significativamente maior para fêmeas, na população que habita a área mais preservada, e com menor densidade de indivíduos, em relação às outras duas. Para o total de populações, ambos os marcadores mostraram baixa variabilidade genética intrapopulacional, embora esta fosse mais crítica para o mtDNA. Para o conjunto de seqüências da região controladora mitocondrial (n = 89) analisadas foram obtidos sete haplótipos, enquanto que para as do citocromo-b (n = 45), cinco. Para os loci de microssatélites foi observado um número baixo de alelos por loci (entre três e oito). A variabilidade genética obtida foi divergente entre as nove populações estudadas, com valores de diversidade alélica que variaram de 1,1 a 3,6 e valores de heterozigosidade média de 0,21 a 0,70.As populações do sul da distribuição apresentaram os menores valores de variabilidade: a maioria dos loci nucleares em estado monomórfico e baixo número de haplotipos para os loci mitocondriais. O baixo polimorfismo obtido para os microssatélites não tem permitido o uso de testes estatísticos para detectar gargalos de garrafa. Todavia, para três das seis populações analisadas foi verificada a existência de reduções recentes do tamanho populacional. Os níveis de diferenciação genética entre populações foram maiores para os loci de microssatélites que para os de mtDNA, sugerindo assim baixo fluxo gênico atual e maior conectividade histórica entre as populações. Através dos testes de AMOVA, para os dois tipos de marcadores genéticos utilizados, foi observada correlação positiva entre a estruturação da variabilidade e a presença de duas das três possíveis barreiras geográficas ao fluxo gênico testadas. Os testes de Mantel evidenciaram um padrão de isolamento pela distância quando todas as populações foram consideradas na análise, mas não a nível regional.As árvores filogenéticas obtidas a partir dos diferentes métodos empregados evidenciaram relações pouco profundas entre os haplótipos, também sugeridas através das análises de Network. Estas últimas indicaram os haplótipos do norte da distribuição como os ancestrais, a partir dos quais teriam se originado os demais. A partir das diferentes abordagens utilizadas para testar a expansão demográfica (mismatch distribution, teste de Tajima, Fu, e modelo de crescimento exponencial), foi evidenciado sinal positivo, embora fraco, de expansão. O baixo poder dos testes empregados pode estar evidenciando, para a espécie, um padrão mais complexo de ocupação de sua atual área de distribuição, no qual flutuações do tamanho populacional, tanto históricas como contemporâneas, teriam um papel fundamental na redução da variabilidade genética. A partir de métodos semi e não-paramétricos foi estimado o tempo de divergência das principais linhagens filogenéticas de C. flamarioni (aproximadamente 90.000 anos) assim como uma taxa de mutação para o citocromo-b (μ = 0,019⁄ sítio ⁄ milhão de anos). Baseado nesta taxa de mutação, o tempo de ocorrência da principal expansão demográfica foi estimado em 60.000 anos. A partir dos resultados obtidos para os marcadores moleculares utilizados, e com o aporte de informação dos polimorfismos cariotípicos e protéicos reportados para a espécie, foi proposto: (1) duas Unidades Evolutivamente Significativas (ESUs) para C. flamarioni, a primeira formada pelas populações das regiões I, II e III, e a segunda incluindo as populações pertencentes à região IV; e (2) que cada uma das populações estudadas se constitua em uma unidade de manejo independente. / The tuco-tuco-das-dunas, Ctenomys flamarioni, is a subterranean rodent that inhabits the first line of the coastal dunes in State of Rio Grande do Sul. Due to the lack of information about this endemic rodent, and the threatened situation of the species (mainly as result of the anthropogenic changes over native coastal ecosystem), the effort of this thesis was focalized on the genetic variability characterization, and its distribution, over the total range of the species. With this aim two kinds of molecular markers were used: nine nuclear microsatellites loci and mitochondrial DNA sequences (389 base pairs of the control region and 665 base pairs of the cytochrome-b). In three of the ten populations sampled demographical analyses were done both from field and genetical data. For adult individuals significant differences were observed toward a female-biased sex-ratio (1 male:2 female) and sexual dimorphism (males heavier and larger than females). These evidences support a hypothesis of polygyny in C. flamarioni.Analysis of genetic structure revealed strong differentiation among populations, but no significant structure at the intrapopulation level. Non-significant values were obtained for the tested indexes, from assignment tests (FST, FIS, mAIc, vAIc) as well as from AMOVA, showing no evidence of sex-biased dispersal over populations. Nevertheless, for the nearest populations, non significant pairwise FST for males suggested a slightly male-biased dispersal pattern. In regard to inter-population differences, significant differences were clearer in the dispersal patterns among females with more dispersal for the population at the most preserved habitat than the two others. For all populations both microsatellites and mtDNA datasets showed low withinpopulation genetic variation but, it was more critical for mtDNA. For the mitochondrialcontrol-region set of sequences (n = 89) a total of seven haplotypes were obtained, and for the cytochrome-b dataset (n = 45) five haplotypes. The nine microsatellite loci surveyed were polymorphic with variable number of alleles by locus, ranging from three to seven. The same was observed with the genetic variability: the population mean diversity for varied between 1.1 to 3.6 alleles, and the mean observed heterozygosity across all loci ranged from 0.21 to 0.70. The three populations from the southern region of the range showed the lowest values of diversity: most of nuclear loci in monomorphic state and low number of haplotypes for the mtDNA datasets. The low number of polymorphic loci in these populations precluded the use of statistical test for bottleneck detection. However, for three of the six populations examined, a genetic signature of recent population size reduction was observed. Levels of genetic differentiation among populations were higher for microsatellites than mitochondrial loci, suggesting lower gene flow at the present than in the past. For both kinds of markers, the AMOVA analyses showed a substantial relationship between the genetic variation partitioning and two of the three hypothesized historical barriers to gene flow. Positive correlation between the genetic and geographic distances (isolation-by-distance pattern) was found when the total sampled range was considered but not at regional level. Phylogenetic tree analyses showed a shallow relationship between haplotypes, also suggested by the network approach. The northern haplotypes were suggested as the most ancient. Weak evidences of recent population expansion were obtained from the mismatch distribution, Tajima and Fu’s tests and using an exponential grow model. The lack ofpower of the applied tests may indicate by a complex pattern of the species occupation in its distribution range, in which historical and current reductions in population size possibly had a primary role in the reduction of genetic variability. Further analyses from nonparametric and semiparametric methods estimated a divergence time of haplotypic lineages of 90,000 years ago, in the Late Pleistocene, and a rate of cytochrome-b evolution μ = 1.9% per million years. Using this rate and assuming a stepwise scenario, the major increase in effective population size was estimated as occurring 60,000 years ago. Despite the lack of phylogeographic information to define Evolutionarily Significant Units (ESUs), based on the patterns of variation and divergence from the two kinds of markers and the previous allozyme and karyotype studies we propose, (1) two ESU,the first including north (I) and central (II and III) regions, and the second including all populations at the south of the distribution (IV); and (2) that each of the populations sampled should constitute an independent management unit.

As seqüências microssatélites ou Short Tandem Repeats (STR) são caracterizadas por alta taxa de mutação e heterozigosidade, herança codominante e ampla distribuição nos genomas. Somada a estas características, a fácil detecção dos polimorfismos (técnicas automatizadas de PCR e eletroforese capilar), justificam a ampla utilização destes marcadores em áreas como: forense, testes de ascendência, antropologia, genética da conservação e principalmente em estudos evolutivos em humanos. O Gran Chaco, no período da conquista espanhola, foi um refúgio de povos caçadores-coletores remanescentes, mas ainda em período anterior, seus habitantes sofreram influências culturais de povos das regiões sub-andina, amazônica e dos pampas, tornando esta região um importante ponto de estudo cultural e genético. Este trabalho tem como objetivo o estudo da diversidade em 15 STRs em 128 indivíduos de três tribos ameríndias do Gran Chaco (Wichí e Toba, das províncias argentinas de Chaco e Formosa, e Pilagá, de Formosa) pertencentes a duas das principais famílias lingüísticas da região, Mataco e Guaykurú. A amplificação dos 15 microssatélites (D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, CSF1PO, TH01, TPOX, VWA, FGA), todos compostos por motivos tetranucleotídicos, foi realizada com o uso do kit AmpFlSTR IdentifilerTM de acordo com as especificações do fabricante. Após a amplificação dos fragmentos, foi realizada eletroforese capilar e softwares específicos de análises foram usados para medir o tamanho dos fragmentos e identificação dos alelos. Todas as popualções estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg para os 15 STRs, e o número médio de alelos por loco assim como a heterozigosidade média estão dentro do intervalo encontrado em outras populações nativo-americanas. Os resultados das análises das diferenças nas distribuições genotípicas das populações, análises de estruturação populacional e das relações genéticas através da distância DA indicam que: (1) As relações genéticas entre as populações estudadas correspondem à afiliação lingüística e localização geográfica. (2) Os Wichí da província de Chaco são geneticamente distintos das outras populações, mas ainda preservam similaridade genética com os Wichí de Formosa. (3) As populações Toba do Chaco e de Formosa, apesar de separadas por cerca de 230 km, são indistinguíveis geneticamente. (4) Os Toba da província de Formosa são similares aos Pilagá, que pertencem ao mesmo grupo lingüístico, o Guaykurú, e aos Wichí de Formosa, que pertencem a outro grupo lingüístico (Mataco). Esta similaridade poderia ser conseqüência de aspectos sócio-demográficos desta etnia. Análises de variância molecular e valores GST’ foram determinados em três grupos populacionais geograficamente determinados: Gran Chaco, Amazônia e Savana/Floresta sub-tropical. Os valores estimados indicam que o Gran Chaco pode ser considerado geneticamente homogêneo, se os índios Ayoreo do Paraguai não são considerados. No entanto, não é possível afirmar que esta homogeneidade prevalece nas populações do Gran Chaco como um todo, já que esta é uma região bastante extensa que foi habitada por diferentes culturas que mudaram ao longo do tempo. Um maior número de populações, de línguas e locais diferentes do Chaco, devem ser avaliadas. / The microsatellite sequences or Short Tandem Repeats (STR) are characterized by high mutation rate and heterozygosity, codominant inheritance and ample distribution in the genomes. Added to these features, the easy detection of polymorphism (automated techniques of PCR and capillary electrophoresis), justify the wide use of these markers in areas such as: forensics, ascendance tests, anthropology, conservation genetics and mainly on human evolution studies. During the period of the Spanish conquest, the Gran Chaco was the refuge of several remaining hunter-gatherer groups, which had suffered cultural influence of people from the sub-Andean, Amazon and pampas’ regions in previous periods, making this zone an important spot for cultural and genetic studies. The objective of this investigation is the study of the diversity in 15 STR loci in 128 individuals from three Amerindian tribes of the Gran Chaco (Wichí and Toba, from the Argentinean provinces of Chaco and Formosa, and Pilagá, from Formosa). These tribes belong to two of the main linguistic families of the region: Mataco and Guaykurú. The amplification of the 15 STRs (D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, CSF1PO, TH01, TPOX, VWA, FGA), all of them composed by tetranucleotide motives, was made with the AmpFlSTR IdentifilerTM kit according to the specifications of the manufacturer. After the amplification, the fragments were submitted to capillary electrophoresis and specific softwares were used to measure the size of the fragments and to identify the alleles. All populations are in Hardy-Weinberg equilibrium for all of the 15 STR loci. The mean number of alleles per locus and the mean heterozygosity are within the interval found for other Native American populations. The results of the analyses of the differences on the genotypic distributions of the populations, analysis of population structure and DA genetic distance indicate that: (1) The genetic relations between the studied populations correspond to the linguistic affiliation and geographic location. (2) The Wichí from the Chaco province are genetically distinct from the other populations, but still preserve genetic similarity with the Wichí from Formosa. (3) The Toba populations from Chaco and Formosa, despite being separated by about 230km (142.6 miles), are genetically indistinguishable. (4) The Toba from Formosa province are similar to the Pilagá, that belong to the same linguistic group, the Guaykurú, and to the Wichí from Formosa, which belong to another linguistic group (Mataco). This similarity could be consequence of the socio demographic aspects of this ethnic group. Analyses of molecular variance were performed and GST’ values were determined in three geographic groups of populations: Gran Chaco, Amazon, and Savannah and Subtropical forest. The results indicated that the Gran Chaco region is genetically homogeneous, if the Ayoreo from the Paraguayan Chaco are not considered. However, it is not possible to affirm that genetic homogeneity in the Chaco’s populations is a general trait. This region is geographically extensive and culturally diverse, and the number of populations evaluated until now is small.

O Brasil possui cerca de uma dezena de raças de cavalos sendo essas classificadas em locais ou comerciais. As raças que aqui se naturalizaram são descendentes dos animais trazidos pelos portugueses e espanhóis na época da colonização. Cerca de 500 anos após sofrer seleção natural e artificial esses cavalos adquiriram características próprias capazes de se adaptar a ambientes adversos, escassez de alimento, doenças, influência do homem e cruzamento indiscriminado com raças exóticas. Assim, surgiram raças típicas brasileiras dotadas de peculiaridades importantes para as regiões em que vivem. Com isso, o objetivo principal deste trabalho foi o de estimar a variabilidade genética em quatro raças brasileiras de cavalos (Brasileiro de Hipismo, Crioulo, Mangalarga e Pantaneiro) por meio do marcador de DNA microssatélites. Foram utilizados 10 loci de microssatélites que amplificaram para as quatro raças. Em um primeiro estudo, foi estimada a variabilidade genética em 227 animais de três fazendas da região do Pantanal. Um total de 91 alelos foi encontrado. A probabilidade de exclusão de paternidade (PE) para as três amostras conjunta ficou em torno de 99,3%. O conteúdo de informação polimófica (PIC) foi alto, considerado altamente informativo. Os valores de Fis revelaram alto índice de homozigose nas três populações. Pôde-se verificar, por meio de baixos valores de Fst, baixa estruturação para as amostras estudadas sugerindo pouca diferenciação entre as mesmas. Foram utilizados três métodos para detectar gargalo de garrafa. Os resultados sugerem que os animais das fazendas estudadas não passaram por um processo de declínio populacional recente, mas que provavelmente animais da Fazenda Nova Esperança estariam passando por um processo de estruturação. Um outro estudo de variabilidade genética incluiu, além da raça Pantaneira, outras três raças brasileiras de cavalos: Crioulo, Brasileiro de Hipismo (BH) e Mangalarga. Os mesmos 10 loci de microssatélites também foram utilizados. Todos os loci amplificaram nas quatro raças, com a exceção de AHT17 em BH e Mangalarga. A raça que apresentou maior variabilidade alélica foi a Pantaneira (n = 91) seguida pelas raças Crioula (n = 81), BH (n = 57) e Mangalarga (n = 41). O coeficiente de endogamia (Fis) apresentou valores altos para as quatro raças. Por meio da estimativa Fst pôde-se inferir que a raça Mangalarga é a mais divergente entre as raças estudadas. Através do programa Structure, foi observado que Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo e Mangalarga estão estruturadas em quatro distintas raças. / Brazil has around ten horse breeds, which are classified as local or commercial horses. The breeds established here are descendant from the animals brought by the Portuguese and Spanish colonization. After 500 years of natural and artificial selection, these horses acquired their own adaptive characteristics to adverse environments, lack of food, diseases, human influence, and random breeding with exotic breeds. Thus, the main objective of this work was to estimate the genetic variability of four Brazilian horse breeds (Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo and Mangalarga) by microsatellite markers. Ten microsatellite loci have been used and amplified in the 4 breeds. On a first study, the genetic variability was estimated in 227 animals from three farms around the Pantanal region. A total of 91 alleles were found. The paternity exclusion probability (PE) to all 3 samples was around 99.3%. The polymorphic information content (PIC) was high, and considered to be informative. The Fis values showed high levels of homozygosity in all three populations. It was verified, through the low values of Fst, low structure of the samples studied, suggesting slight differentiation among them. Three methods to detect the bottleneck effect have been used. These results suggest that the animals from the studied farms did not go through a recent population decrease in numbers, however animals from the Fazenda Nova Esperança may be going through a structure process. On a second study, besides the Pantaneiro, genetic variability was also estimated in others three Brazilian horse breeds: Crioulo, Brasileiro de Hipismo (BH) and Mangalarga. The same 10 microsatellite loci were used. All loci amplified in the four breeds, except for the AHT17 in the BH and Mangalarga. The breed that presented higher allelic variability was Pantaneiro, followed by the Crioulo, BH and Mangalarga breeds. The endogamy coefficient (Fis) showed high values on the four breeds. Through the Fst estimate, it was observed that the Mangalarga breed is more differentiated among the studied breeds. Through the Structure software, it was observed that Pantaneiro, Crioulo, Brasileiro de Hipismo and Mangalarga are structured in four distinct breeds.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAS.pdf: 1412899 bytes, checksum: 63abec2bf184d3c9a7283e91c19a0b38 (MD5) Previous issue date: 2007-03-09 / Brycon hilarii (subfamily Bryconinae, Characidae), popularly known as piraputanga, is a migratory fish species distributed throughout the entire Paraguay River basin and largely appreciated for its meat quality as well as for fishing, besides being the main species of touristic value in the Bonito region (MS, Brazil). Considering the lack of information on the population genetic structure of these fish, the objective of the present study was to analyze, through the use of microsatellite markers, the distribution of the genetic variability in Brycon hilarii collected in different localities of the Miranda River sub-basin (Paraguay basin) in the Bonito region (MS). For such an end, at first a total of seven polymorphic microsatellite loci capable of producing a considerable genetic variation was prospected (among di-, tri- and tetranucleotides), with their also being efficient in the heterologous amplification for five other species of the genus. In the populational analysis of B. hilarii, the different samples presented very similar genetic diversity levels. Through the FST values, gene and genotype differentiation tests and Bayesian analysis, it was possible to verify (1) the existence of at least two genetic populations of Brycon hularii coexisting in the sampled range, despite being a potentially mobile species; and (2) that only the fish from a reproductive stock were genetically differentiated from the other samples, representing a putative population unit. It is possible that in the reproductive season the more genetically homogeneous individuals organize themselves into a population genetic unit or a reproductive stock, aiming the maintenance of their genetic integrity. These results on the genetic structure of B. hilarii constitute tools of extreme importance considering they can aid the understanding of the behavior and biology of these fish, contributing to fish management and species conservation programs. / Brycon hilarii (subfamília Bryconinae, Characidae), popularmente conhecida como piraputanga, é uma espécie de peixes migradores, distribuída por toda a bacia do Paraguai, bastante apreciada tanto pela qualidade da carne quanto para a pesca, além de ser a principal espécie de interesse turístico da região de Bonito (MS, Brasil). Considerando a escassez de informações sobre a estrutura genética populacional desses peixes, o objetivo do presente estudo foi analisar, através dos marcadores microssatélites, a distribuição da variabilidade genética de Brycon hilarii coletados em diferentes locais da sub-Bacia do Rio Miranda (Bacia do Paraguai), região de Bonito (MS). Para tanto, primeiramente foi prospectado um total de sete locos polimórficos (entre di, tri e tetranucletídeos) que foi capaz de produzir uma considerada variação genética e ainda foi eficaz na amplificação heteróloga em outras cinco espécies do gênero. Na análise populacional de B. hilarii as diferentes amostras apresentaram níveis de diversidade genética bastante similares. Foi possível verificar através dos valores de FST , dos testes de diferenciação gênica e genotípica e da análise Bayesiana: (1) a existência de pelo menos duas populações genéticas de Brycon hilarii coexistindo através da extensão amostrada, a despeito de ser uma espécie potencialmente vágil; (2) somente os peixes provenientes de um cardume reprodutivo mostraram-se geneticamente diferenciados das demais amostras representando uma possível unidade populacional. É possível que na época reprodutiva, os indivíduos geneticamente mais homogêneos se organizam em uma unidade genética populacional ou um cardume reprodutivo, de forma a manter sua integridade genética. Estes resultados sobre a estrutura genética de B. hilarii constituem ferramentas de extrema importância uma vez que podem fornecer subsídios para o entendimento do comportamento e biologia desses peixes, para programas de manejo de pesca e conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3353732 bytes, checksum: c5790f6e05ae09dfbd6df05a41f56053 (MD5) Previous issue date: 2009-08-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The first part of this work involved the development and genetic mapping of a new battery of microsatellites for Eucalyptus derived from ESTs. Screening of 232 microsatellites derived from ESTs was carried out using a panel of 12 individuals corresponding to the parents used for population development in the Genolyptus project. Among the successfully amplified loci, 78% were polymorphic and showed complete inter-specific transferability. Thirty six loci were selected for mapping based on the amplicon size (< 400 pb), repeat motif and positive BLAST with interesting genes in public databases. With the objective of mapping, 36 loci were evaluated with regard to polymorphism and segregation in a reference segregating population derived from a cross between E. grandis x E. urophylla. The proportion of loci segregating in a fully informative configuration was about 40% lower than the one seen for microsatellites derived from genomic-enriched libraries. In spite of a relatively lower genetic information content, these loci are interesting for mapping, as they correspond to genes, allowing comparative mapping and potential co-location with QTL. Among the informative loci, 20 were successfully mapped in the particular reference mapping population. These mapped loci were characterized for polymorphism information content. Although EST derived microsatellites are generally less informative than those derived from non coding genomic regions they can be effectively used for individual identification, paternity analysis, evaluation of genetic diversity, certification of controlled crosses, genetic mapping and marker-assisted selection. In the second part of this work the coincidence in QTL detection was investigated by comparing the position and magnitude of effect of QTLs for wood and growth properties in three partially connected segregating populations of Eucalyptus spp. in two contrasting environments (Guanhães-MG and Guaíba-RS) over 3,000 km apart in a north-south latitude gradient. The families studied were: (E. camadulensis) x (E. urophilla x E. globulus), C1 x UGL, (E. dunnii x E. grandis) x (E. urophylla x E. globulus), DG x U2, and (E. dunnii x E. grandis) x (E. uropyilla), DG x UGL. Microsatellite markers flanking QTLs mapped in previous studies in these three families in Guaíba-RS were selected for the coincidence study. These markers were mapped using different sets of individuals from the same three families planted in Guanhães-MG. QTLs for eight quantitative traits related to wood and growth properties were studied. Two QTL (height and depth of pilodyn penetration, i.e. wood density) were detected in common for the two environments in the UGL parent (cross C1 x UGL); two (lignin content and pulp yield) in parents DG and U2 respectively (cross DG x U2) and four QTLs (two for diameter at breast height, one for height and one for volume), two of them colocalized with QTLs for biologically correlated traits (r > 0.8), in the parent UGL (cross DG x UGL). Furthermore, three QTLs (diameter at breast height, height and pilodyn penetration depth) located on linkage group 6 of the parent UGL were stable across the different genetic backgrounds and environments. Results indicate that QTLs of major effect for wood property traits are consistently detected in contrasting environments and/or different genetic backgrounds, suggesting that environmental variability and genetic background did not have a detectable impact on the action of the genes or genomic regions underlying these QTL, while other QTLs detected only in one of the environments are possibly under strong environmental interaction. These novel results are relevant, given that they provide target regions for marker assisted selection within families and starting point for association genetics studies. / No primeiro capítulo desta tese, foi desenvolvido e geneticamente mapeado um novo conjunto de microssatélites para Eucalyptus spp. derivados de EST (Expressed Sequence Tag). Foi feita uma triagem de 232 microssatélites derivados de EST utilizando-se um painel de 12 indivíduos correspondendo aos parentais das populações segregantes do projeto Genolyptus. Dentre os locos amplificados com sucesso, 78% foram polimórficos e apresentaram um nível elevado de transferibilidade interespecífica. Trinta e seis locos foram selecionados para mapeamento com base no tamanho dos segmentos amplificados (< 400 pb), motivos de repetição e BLAST positivo com genes de interesse em bancos públicos de dados. Com o objetivo de mapeamento, os 36 locos foram avaliados quanto ao polimorfismo e a segregação em uma população de referência envolvendo os parentais E. grandis x E. urophylla, verificando-se que a quantidade de locos totalmente informativos foi cerca de 40% menor quando comparados com microssatélites derivados de bibliotecas genômicas enriquecidas. Apesar da menor hipervariabilidade estes locos são interessantes para mapeamento, pois correspondem a regiões gênicas, possibilitando mapeamento comparativo e potencial colocalização de genes com QTLs. Dos locos em configuração informativa de segregação, 20 foram mapeados com sucesso. Estes locos mapeados foram caracterizados quanto ao seu conteúdo de informação para análise genética. Embora os microssatélites derivados de EST sejam menos polimórficos que os microssatélites derivados de sequências não codificantes, ainda assim eles podem ser utilizados com eficiência na discriminação de indivíduos, estudos de parentesco, avaliação de diversidade genética, mapeamento genético e seleção assistida por marcadores. O segundo capítulo teve como objetivo a verificação da coincidência de detecção de QTLs por meio da comparação da posição genômica e magnitude de efeito de QTLs para características silviculturais de crescimento e de qualidade da madeira em amostras de descendentes de três famílias segregantes de Eucalyptus spp. em dois locais experimentais contrastantes (Guanhães- MG e Guaíba- RS). As famílias estudadas foram: (E. camadulensis) x (E. urophilla x E. globulus), C1 x UGL, (E. dunii x E. grandis) x (E. urophilla x E. globulus), DG x U2, e (E. dunii x E. grandis) x (E. urophilla), DG x UGL. Primeiramente foram selecionados marcadores microssatélites flanqueantes e internos às regiões de QTL mapeados em experimentos anteriores para estas três famílias oriundas do ambiente de Guaíba-RS. Posteriormente mapeou-se estes marcadores utilizando-se diferentes indivíduos destas mesmas três famílias oriundos do ambiente de Guanhães-MG. Foram estudados QTLs para oito características quantitativas relacionadas com desempenho silvicultural e qualidade da madeira. Detectou-se dois QTLs (altura e profundidade de penetração do Pilodyn) em comum para os dois ambientes, no genitor UGL da família C1 x UGL; dois QTLs (teor de lignina e rendimento depurado) nos genitores DG e U2 respectivamente, do cruzamento DG x U2 e quatro QTLs (dois para diâmetro à altura do peito, um para altura e um para volume) no genitor UGL, do cruzamento DG x UGL, sendo que dois destes se colocalizaram com QTLs para características biologicamente correlacionadas (r > 0,8). Ainda, três QTLs (diâmetro à altura do peito, altura e profundidade de penetração do Pilodyn) localizados no grupo de ligação 6 do genitor UGL se mostraram estáveis entre os diferentes backgrounds genéticos e ambientes. Os resultados indicam que QTLs de maior efeito para características de qualidade da madeira são detectados em ambientes contrastantes e/ou entre diferentes backgrounds genéticos, sugerindo que a variabilidade ambiental e de background genético não teve impacto detectável sobre a expressão dos genes presentes nestes QTLs. Estes resultados inéditos para Eucalyptus são relevantes, pois fornecem regiões alvo interessantes para a seleção assistida dentro de famílias via seleção para QTLs ou ainda como ponto de partida para estudos de genética de associação.

A aveia (Avena sativa L.) é um cereal de importância mundial utilizada para a produção de grãos e forragem. A ferrugem do colmo da aveia, causada por Puccinia graminis f. sp. avenae (Pga), é uma das mais devastadoras doenças da aveia em todo o mundo. Para melhor entender as epidemias de ferrugem do colmo no Sul do Brasil, foram realizados levantamentos da virulência do patógeno durante dois anos em um programa de melhoramento de aveia. As epidemias foram caracterizadas por uma mistura de raças similares e de amplo espectro de virulência. A raça de maior virulência (TST) foi identificada em 2014, para a qual apenas o gene Pg-10 foi parcialmente efetivo. Marcadores moleculares para estudos de genética de populações para Pga são escassos. Utilizando a sequência genômica de um isolado de Pga, 19 marcadores de sequências simples repetidas (SSR) foram desenvolvidos. Estes marcadores foram utilizados para avaliar a diversidade genética de 66 isolados de Pga da Austrália, Brasil e Suécia. Os isolados do Brasil e da Austrália foram caracterizados por uma e duas linhagens clonais predominantes, respectivamente. Por outro lado, os isolados da Suécia foram caracterizados por uma população recombinante e alta diversidade genética (nove genótipos distintos entre dez isolados). No hospedeiro, um limitado número de genes de resistência à ferrugem do colmo está disponível para o melhoramento da aveia. Para identificar novos genes de resistência, 61 genótipos brasileiros do Programa Internacional de Aveia da Quaker foram avaliados para a resposta de plântula e de planta adulta à ferrugem do colmo na Austrália. Nos testes de plântula, o patótipo de maior virulência da Austrália conferiu tipo de infecção susceptível à todas as linhagens diferenciais e genótipos testados, sendo utilizado para investigar a presença de resistência de planta adulta (RPA). Em um ensaio de campo, os genótipos UFRGS 087105-1 e UFRGS 087129-1 foram resistentes a moderadamente resistentes e representam uma promissora fonte de RPA para a ferrugem do colmo na Austrália. No Brasil, o genótipo UFRGS 995088-3 é uma importante fonte de resistência à ferrugem do colmo. Este estudo reporta a análise genética e o mapeamento molecular da resistência em UFRGS 995088-3. A análise genética foi realizada em duas populações de linhagens endogâmicas recombinantes (LERs) F5:7. A razão de segregação para a resistência está em conformidade com a presença de um e três genes independentes. Um arranjo de 6000 SNPs da aveia foi utilizado para genotipar uma população de 85 LERs. Os dados moleculares fornecem evidências de um único gene para a resistência com distorção de segregação. Este gene foi mapeado em um intervalo de 0,7 cM entre dois marcadores que explicam 95 % da resistência. Estes marcadores poderão servir de base para estudos futuros de validação em outras populações. / Oat (Avena sativa L.) is a major cereal crop of global importance used for grain and forage production. Oat stem rust, caused by Puccinia graminis f. sp. avenae (Pga), is one of the most severe diseases of oats worldwide. To better understand the epidemics of stem rust in South Brazil, virulence surveys were carried out during two epidemic years in an oat breeding program. The epidemics were characterized by a mixture of similar and highly virulent races. The most virulent race (TST) was identified in 2014, for which only Pg-10 was partially effective. Molecular markers suitable for population genetics of Pga are scarce. Using the genomic sequence of a Pga isolate, 19 simple sequence repeat (SSR) markers were developed. These markers were used to assess the genetic diversity of 66 Pga isolates from Australia, Brazil and Sweden. Brazilian and Australian isolates were characterized by one and two predominant clonal lineages, respectively. In contrast, the Swedish isolates were characterized by a highly diverse recombinant population (nine distinct genotypes out of ten isolates). In the host, a limited number of resistance genes to stem rust are available for oat breeding. In order to identify novel resistance sources, 61 Brazilian genotypes from Quaker International Oat Nursery were assessed for seedling and adult plant response to stem rust in Australia. In the seedling tests, the most virulent pathotype of Australia conferred susceptible infection type to all differential set and genotypes tested, and thus it was used to investigate the presence of adult plant resistance (APR). In a field trial, the genotypes UFRGS 087105-1 and UFRGS 087129-1 were resistant to moderately resistant and represent a promising source of effective APR to oat stem rust in Australia. In Brazil, the genotype UFRGS 995088-3 is a useful stem rust resistance source. This study reports the genetic analysis and the molecular mapping of the resistance in UFRGS 995088-3. The genetic analysis was performed using two recombinant inbred line (RIL) populations F5:7. The segregation ratio of RIL populations for the resistance conformed to the presence of one and three independent genes. A 6 K oat single nucleotide polymorphism (SNP) array was used to genotype one population comprising 85 RILs. The molecular marker data provided evidence of a single-gene for the resistance with distorted segregation. This gene was mapped in a 0.7 cM interval between two markers that explained 95 % of the resistance. These markers can be used as a basis for further validation studies using other populations.