For a better understanding of how to search for an extraterrestrial life, scientists study hidden biospheres on Earth. The subseafloor crust is recognized as a vast microbial habitat and it is hypothesized that extremophilic microorganisms, occurring there, can be the first living organisms on Earth. Those extremophiles does not require oxygen due their ability to derive bioavailable energy from fluid-rock interactions, resembling conditions on Mars. Hence, in this study, geological samples from such environments are analysed. Overall, this report examines a concept of biogenicity and evaluates a set of methods used for the determination of biologic origin. Fossilized microbial remains were discovered in unconsolidated sediments from the volcaniclastic apron of Gran Canaria and in aragonite veins in ultramafic rocks from the North Pond at the Mid-Atlantic Ridge. Mentioned sediments and rocks were collected during Ocean Drilling Program (ODP) Leg 157 and 209. The fossil record from Gran Canaria is consistent with Foraminifera. The microbial remains from North Pond are consistent with Frutexites microstromatolites. Both fossilized communities have characteristic compositions associated with carbonaceous matter (CM) and different configurations of trace elements such as Si, Al, Mg, Mn, Ni, Fe, and Co. This study confirms the biologic origin of the fossilized remains and shows that the applied methods are suitable for astrobiological application. / För en bättre förståelse på hur man söker efter utomjordiskt liv, studerar forskare dem dolda biosfärer på jorden. Djuphavsbotten är uppskattad att vara ett stort mikrobiellt habitat och det antas att extremofila mikroorganismer, som förekommer där, kan vara de första levande organismerna på jorden. Dessa extremofiler kräver inte syre på grund av deras förmåga att härleda biologiskt tillgänglig energi från vätske-bergartsinteraktioner, vilket liknar förhållandena på Mars. I denna studie analyseras därför geologiska prover från sådana miljöer. Övergripande, granskar denna rapport begreppet biogenecitet och utvärderar en uppsättning av metoder, som används för bestämning av biologiskt ursprung. Fossiliserade mikrobiella lämningar återfanns i okonsoliderat sediment från Gran Canarias vulkaniklastiska förkläde och i aragonitåror i ultramafiska bergarter från North Pond vid Mittatlantiska ryggen. Nämnda sediment och bergarter samlades in under Ocean Drilling Program (ODP) Leg 157 och 209. Det fossila arkivet från Gran Canaria överensstämmer med Foraminifera. Dem mikrobiella resterna från North Pond är förenliga med Frutexites mikrostromatoliter. Båda dem fossiliserade samhällena har karakteristiska kompositioner associerade med kolhaltiga ämnen (CM) och olika konfigurationer av spårämnen, såsom Si, Al, Mg, Mn, Ni, Fe och Co. Denna studie bekräftar biologiska ursprungen hos dem fossila lämningarna och visar att applicerade metoder är lämpliga för astrobiologisk tillämpning.

Allt mer forskning kring digitala bildanalysplattformar sker då de har visat lika bra eller bättre prestation än existerande manuella och automatiserade metoder samt effektiviserat handläggningstiden för patientprov. Nyligen har företaget CellaVision utvecklat ett prototypprogram som via bildanalys kan räkna och klassificera retikulocyter. Syftet med studien var att jämföra noggrannheten och precisionen av CellaVisions prototypprogram för retikulocytnumrering med manuell mikroskopering och en automatiserad cellräknare. Totalt 40 blodutstryk tillverkades av 20 blodprov med abnormala värden retikulocyter (>2,5%) och 20 med normala värden retikulocyter (0,5-2,5%). Blodutstryken analyserades med prototypprogrammet, manuell mikroskopering och den automatiserade cellräknaren varpå retikulocytkoncentrationen för respektive resultat jämfördes med Pearsons korrelationstest och Bland-Altmananalys. Blodutstryk tillverkades av tre nivåer retikulocytkontroller och analyserades flertal gånger med prototypprogrammet vars retikulocytkoncentration jämfördes med andra metoders retikulocytkoncentrationer. Samma blodutstryk analyserades med olika antal inskannade celler för att utvärdera hur variationen påverkades. Resultaten från komparabilitetsstudien visade att prototypprogrammet erhöll en utmärkt korrelation och en god överensstämmelse med de andra metoderna. Precisionsstudien visade att prototypprogrammet erhöll konsekventa retikulocytkoncentrationer vid repeterade analyser och en låg variationskoefficient (0,25-10%) vid högre antal inskannade celler vid tre olika nivåer av retikulocytkontroller. Resultaten visar CellaVisions prototypprogram designat för retikulocyträkning erhåller en god noggrannhet och en hög precision vid jämförelse med manuell mikroskopering och en automatiserad cellräknare, dock behöver större studier utföras då antalet patientprov var begränsade. / More and more research on digital image analysis platforms is taking place as they have shown to have as good or better performance than existing manual and automated methods and have also streamlined the processing time for patient samples. Recently, the company CellaVision has developed a prototype program that can enumerate and classify reticulocytes via image analysis. The purpose of the study was to compare the accuracy and precision of CellaVision's prototype program for reticulocyte numbering with manual microscopy and an automated cell counter. A total of 40 blood smears were made from 20 blood samples with abnormal reticulocyte values (>2,5%) and 20 with normal reticulocyte values (0,5-2,5%). The blood smears were analysed with the prototype program, manual microscopy, and the automated cell counter, after which the reticulocyte concentration for each result was compared with Pearson's correlation test and Bland-Altman analysis. Blood smears were made by three levels of reticulocyte controls and analysed several times with the prototype program whose reticulocyte concentration was compared with the other methods' reticulocyte concentrations. The same blood smears were analysed with different numbers of scanned cells to evaluate how the variation was affected. The results of the comparability study showed that the prototype program obtained an excellent correlation and a good agreement with the other methods. The precision study showed that the prototype program obtained consistent reticulocyte concentrations in repeated assays and a low coefficient of variation (0,25-10%) in higher numbers of scanned cells at three different levels of reticulocyte controls. The results showed the CellaVision's prototype program designed for reticulocyte counting obtained good accuracy and high precision when compared with manual microscopy and an automated cell counter, however, larger studies need to be performed as the number of patient samples was limited.

The Arlanda area is a construction intensive area facing problems with risk of leaching of arsenic (As) from the bedrock to surface- and groundwater. Construction projects in the area have had problems with high levels of As in the bedrock and the risk of leaching increases through processing of aggregates and blasting of the bedrock. Additionally, there are high concentrations of As in potable water and elevated concentrations are correlated with occurrences of metasedimentary rock, but may also be related to other rock types. The existing geological information of the area was collected in the 1960´s and modern petrographic information as well as modelling of P-T and redox conditions are needed to understand the As mineralogy of the bedrock. Methods used in this project include field work, optical microscopy, electron microprobe analyses, geothermometry calculations, pseudosection modelling in Perple_X and geochemical modelling in PHREEQC. The results indicate that the As-rich bedrock domain include rocks of both igneous and sedimentary origin. As-bearing minerals löllingite and arsenopyrite were found in the matrix of two of the metasedimentary rock samples, while no As-minerals were found in metavolcanic samples. P-T estimates from several geothermobarometry models all suggest amphibolite facies metamorphism for the area, with pressure of 3.0-5.5 kbar and temperature of 490-640 °C. Simple modelling of equilibration of löllingite and arsenopyrite in pure water indicate that As(III) is the dominating oxidation state of As and that the molality of As increases with increasing T and decreasing pH. The results of this thesis provide new information on the petrography and P-T conditions for metamorphism of As-bearingsupracrustal rocks in the Arlanda area, but future research is needed to be able to predict the spatial occurrence of As in the bedrock. / Arlandaområdet är ett av de mest expansiva områdena i Sverige där en stor mängd infrastrukturprojekt är planerade under de närmaste 5-20 åren. Tidigare byggnadsprojekt i området har dock stött på problem med höga bakgrundshalter av arsenik (As) i berggrunden och det finns även en risk för urlakning av As från berggrunden till både yt-och grundvatten. Denna risk ökar under byggnadsarbeten i och med till exempel sprängning av berg. Ytterligare ett problem är att det i området runtomkring Arlanda ofta är höga halter av arsenik i dricksvattenbrunnar. Från data över As-halter i bergborrade brunnar har man kunnat se att höga halter av As ofta förekommer i metasedimentära bergarter, men även kan uppträda i andra bergarter. Den tillgängliga geologiska informationen över området är insamlad på 60-talet och ny petrografisk information, samt modellering av tryck- och temperaturförhållanden är nödvändig för att förstå förekomst av As i berggrunden. Målet med detta projekt är att med hjälp av fältarbete, optisk- och elektronmikroskopering, samt termodynamisk modellering få djupare kunskap kring ytbergarterna i området och utvärdera förekomsten av arsenik i dessa. Under vilka tryck- och temperaturförhållanden som de metamorfa bergarterna omvandlats studeras genom beräkningar från mineralsammansättningar samt modellering i programmet Perple_X. Resultatet från projektet visar att bergarter i As-anrikade zoner är av både magmatiskt och sedimentärt ursprung. Arsenikmineralen löllingit och arsenikkis dokumenterades endast i bergarter av sedimentärt ursprung. Bergarternas kemiska sammansättning tyder också på att de högsta As-halterna finns i de metasedimentära bergarterna. Modellering i PHREEQC visar att As(III) är den dominerande formen av As när löllingit och arsenikkis reagerar med vatten. Tryck- och temperaturberäkningar samt tryck- och termodynamisk modellering tyder på metamorfos under amfibolitfacies, med tryck omkring 3.0-5.5 kbar och temperatur omkring 490-640 °C. Resultaten från detta projekt ger ny information om de metamorfa bergarterna i Arlanda området och förekomst av As i dessa. Vidare studier är nödvändiga för att kunnaförutse i vilken form och i vilka bergarter As förekommer.