Denna rapport beskriver ett projekt vars syfte är att underlätta valet av bakteri- estammar till testpaneler som används av Q-lineas instrument ASTar®. ASTar® är ett automatiserat instrument för snabb antibiotikasensitivitetstestning (AST). Med testpanel menas en uppsättning av bakteriestammar som används för träning av den algoritm som används av ASTar®. De huvudsakliga målen med detta projekt är att ta fram indikatorer som kan användas för att utvärdera en testpanel samt att skapa verktyg för visualisering av en testpanel. Indikatorerna återspeglar en pa- nels spridning, täckning och redundans. Spridning är hur många olika MIC-värden en testpanel innefattar för varje antibiotikum och hur utspridda de är, täckning är antalet MIC-värden som varje antibiotikum har i en testpanel och redundans är kopplat till hur unikt varje MIC-värde på panelen är. Med MIC-värden menas den minsta koncentration av antibiotika som hämmar en bakteries tillväxt. I detta projekt har indikatorer tagits fram för att kunna kvantifiera en panels spridning, täckning och redundans, och enkelt kunna jämföra olika testpaneler utifrån dessa aspekter. Ett skript compare.py har skrivits i programmeringsspråket Python för att skapa en visualisering som jämför de kvantitativa indikatorvärdena för olika paneler i relation till de högsta möjliga värdena. Ytterligare ett skript, master_vis.py har skrivits för att generera olika visualiseringar av en panel och dess täckning, sprid- ning och redundans. Sex olika grafer och två tabeller kan genereras med detta skript. Dessa visualiseringar och tabeller visar bland annat hur utspridda MIC-värdena är på en panel, hur många känsliga, intermediära och resistenta MIC-värden som finns för varje antibiotikum på en panel och hur många unika MIC-värden som finns för varje stam på panelen. Slutligen har även ett tredje skript skrivits, kallat isola- te_selection.py. Detta skript utgår från de framtagna kvantitativa indikatorerna för att välja ett specificerat antal stammar till en panel och utvecklades för att under- söka hur indikatorerna skulle kunna användas för att påverka stamvalet. Möjligen skulle en liknande implementering kunna göras i Q-lineas nuvarande stamvalsskript. Samtliga skript, visualiseringar och beräkningsmetoder som har arbetats fram i det- ta projekt är tänkta att kunna användas av Q-linea för att underlätta deras fram- tagning och utvärdering av testpaneler.

Ökande antibiotikaresistens utgör en allvarlig samhällsutmaning. För resistensbestämning av bakterier används standardmetoden buljongspädning. Då bestäms minsta inhiberande koncentration (MIC) som den lägsta koncentration av antibiotika som kan förhindra tillväxt. Examensarbetets syfte var att undersöka om val av odlingsbuljong påverkar MIC-värdet för Gramnegativa bakterier. En litteraturundersökning genomfördes av studier som jämfört resistensbestämning i standardbuljong med alternativ buljong. Därutöver gjordes en experimentell jämförelse. Litteraturstudien visade att buljongens sammansättning kan ha betydelse för MIC-värdet, men resultatet varierade med både bakteriearter och typer av antibiotika. Viktigt att beakta är det begränsade materialet i studien, möjliga förklaringar till MIC-varianser är exempelvis bikarbonat och antibiotikums olika känslighet för ämnet. Den experimentella studien visade att buljongvalet inte hade någon inverkan på MIC-värdet när det undersöktes för Klebsiella pneumoniae och antibiotikan meropenem. Det kan möjligen förklaras av att effekten av meropenem inte påverkas av buljongvalet. Slutsatsen är att många faktorer påverkar MIC-värdet och att standardbuljongen är en tillgång med stor mängd historiska data som kan nyttjas för att följa resistensutvecklingen, även om alternativa buljonger i vissa fall kan vara bättre lämpade för att förutsäga behanlingsbarheten. Buljongval bör väljas med noggrannhet efter rådande omständigheter. / Increasing antibiotic resistance is a concerning societal challenge. The standard test for measuring antibiotic susceptibility of bacteria is the method of broth microdilution. This method is used to determine the minimum inbibitory concentration (MIC), defined as the lowest concentration of an antibiotic that can inhibit the growth of a specific strain of a bacterium. This study aimed to investigate whether the choice of broth affects the MIC-value for Gram-negative bacteria. A literature review was conducted to examine studies comparing standard broth against alternative broth, alongside an experimental comparison of the same. The result of the literature review indicated that the composition of the broth does have an effect. However, the effect varies depending on the bacterial species and type of the antibiotic that was analyzed. Its important to note the limited amount of data from both prior work and this study, but one possible explanation to the variance in MIC-values could be e.g., bicarbonate and the specific antibiotic´s sensitivity to this substance. The experimental part of this study concluded that the choice of broth did not affect the resulting MIC-value when the antibiotic susceptibility of Klebsiella pneumoniae to meropenem was analyzed. This could be attributed to the efficacy of meropenem being unaffected by the broths used in this study. The conclusing of this study is that multiple factors contribute to the resulting MIC-value, and that the standard broth with its large volume of historical data, is a valuable asset to use when tracking the evolution of antibiotic resistance, even though an alternative broth may be better suited to predict treatability. The choice of broth should be made with great care and be adapted to actual circumstances and conditions.