No description available.

Under vissa omständigheter kan bakterier kan ta sig in i blodbanan där de kan orsaka allvarliga infektioner (bakteriemi). Metoden som används för identifiering och resistensbestämning av bakterier i blododlingar kräver minst 16 timmars inkubation. Fram tills en resistensbestämning utförts kan empirisk antibiotikabehandling användas, men med ökande resistensutbredning blir det alltmer osäkert om denna behandling är verksam. Nyligen har en lappdiffusionsmetod för resistensbestämning direkt från blododling validerats, som kan läsas av efter 4, 6 och/eller 8 timmars inkubation. Det finns även publicerade arbeten där flödescytometriassisterad resistensbestämning används, men då krävs att bakterierna finns i tillräckligt hög koncentration, befinner sig i tillväxtfas och finns som renkultur. Syftet med examensarbetet var att optimera hantering av blododlingsflaskor så att bakterier från blododlingsflaskorna kunde isoleras med tillräcklig kvalitet och koncentration för att kunna utföra resistensbestämning med flödescytometri. Upprening av bakterierna utfördes med olika tvättbuffertar och sedan utfördes resistensbestämning med flödescytometri och  referensmetoden buljongspädning. Resultaten från uppreningen visade att sterilt vatten och Tween20 gynnade bakteriernas återhämtningsförmåga mest. Resistensbestämning utfördes med Klebsiella pneumoniae ATCC700603,  K. pneumoniae CCUG56233 och K. pneumoniae ATCC13882, som tvättats med sterilt vatten och Tween20. För CCUG56233 skiljde 1 spädningssteg i koncentrationsskalan mellan metoderna. ATCC-isolaten erhöll likartade MIC-värden (minimum inhibitory concentration) vid alla analyser men där fanns en skillnad på 2 spädningssteg mellan buljongspädning och analys med flödescytometri. Detta kan förklaras av skillnaden i inkubationstid mellan metoderna. Slutsatsen som kan dras är därför att resultaten från de två metoderna vid resistensbestämning är likartade och att sterilt vatten är mest lämpligt att använda vid upprening av bakterier. Fler undersökningar bör dock utföras.

No description available.

Sepsis är ett livshotande tillstånd som orsakas av bakterier i blodbanan. Tidig och korrekt antibiotikabehandling är viktig, antibiotikaresistens är ett ökande problem och resistensbestämning är därför essentiell. Vid sepsisdiagnostik med blododling krävs ofta minst två dygn innan resistensbesked kan ges. Antibiotikabehandling måste därför påbörjas innan odlingssvar. Rutinmetod för resistensbestämning vid svenska mikrobiologiska laboratorier är diskdiffusionsmetoden som är standardiserad av European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Vid diskdiffusion odlas bakterier på agarplattor och hämningszoner kring pappersdiskar med antibiotika används som mått på antibiotikaeffekt. Metoden kräver framväxta bakteriekolonier på agarplattor som ursprungsmaterial och utförandet tar 16-20 timmar. EUCAST har vidareutvecklat diskdiffusionsmetoden för snabb resistensbestämning (Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing, (RAST)). Resistensbestämning med diskdiffusion utförs då direkt från positiv blododlingsflaska och hämningszoner mäts redan efter 4, 6 och 8 timmar. I metoden används olika brytpunkter för känslighetskategorisering vid de olika tidpunkterna. Syftet med studien var att undersöka hur väl RAST fungerade för Staphylococcus aureus och Streptococcus pneumoniae genom att undersöka bakterieisolat inokulerade i blododlingsflaskor. Totalt 31 isolat; 23 S.aureus och 8 S.pneumoniae undersöktes varav en hög andel med betalaktamresistens. Till båda bakteriearterna användes 5 sorters antibiotika. Zondiametrar mättes av två personer oberoende av varandra och resultaten jämfördes med de från standardiserad diskdiffusion. För S.aureus var vid 4 timmar 102/184 (55 %) avläsningar kategoriseringsbara, vid 6 timmar 164/184 (89 %) och vid 8 timmar 174/184 (95 %). Sammanlagt inträffade 7 felkategoriseringar varav 5 gällde underskattning av klindamycinresistens vid 4 timmar. S.pneumoniae hade sämre tillväxt och metoden var därför svårare att tillämpa. För S.pneumoniae var vid 4 timmar 74/80 (92 %) avläsningar kategoriseringsbara, vid 6 timmar 73/80 (91 %) och vid 8 timmar 77/80 (96 %). Resistens överskattades vid 21 zonmätningar vid 4 timmar. RAST fungerade väl för S.aureus efter 6 timmar. För S.pneumoniae kan sannolikt bedömning av penicillinresistens efter 6 timmar fungera men ytterligare undersökningar krävs. / Bacteria in the bloodstream may cause sepsis, therefore early and correct treatment is important. Antibiotic resistance is an increasing problem and antimicrobial susceptibility testing (AST) is essential for the patients survival. In sepsis with diagnosis based on blood culture, at least two days are required for results from AST. Routine AST-method in Swedish microbiological laboratories is the disc diffusion method standardized by the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). In disc diffusion, bacteria are grown on agar plates and inhibition zones around paper disks with antibiotics are used to measure the antibiotic effect. The method requires bacterial colonies as source material and takes 16–20 hours. EUCAST has further developed the method for Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing (RAST). RAST is performed directly from positive blood culture bottles and inhibition zones are measured at 4, 6 and 8 hours. The method uses different breakpoints for categorization at the different timepoints. The purpose of the study was to evaluate RAST for Staphylococcus aureus and Streptococcus pneumoniae by examining bacterial isolates inoculated into blood culture bottles. Zone diameters were measured, and results were compared with those of standardized disk diffusion. For S.aureus, at 4 hours 102/184 (55%) readings were categorizable, at 6 hours 164/184 (89%) and at 8 hours 174/184 (95%). A total of 7 error categorizations occurred, 5 of which were underestimation of clindamycin resistance at 4 hours. For S.pneumoniae at 4 hours, 74/80 (92%) readings were categorizable, at 6 hours 73/80 (91%) and at 8 hours 77/80 (96%). Resistance was overestimated at 21 zone measurements at 4 hours.. RAST showed good results for S.aureus after 6 hours. For S.pneumoniae, further studies are required but RAST may work after 6 hours for penicillin resistance assessment.

Ökande antibiotikaresistens utgör en allvarlig samhällsutmaning. För resistensbestämning av bakterier används standardmetoden buljongspädning. Då bestäms minsta inhiberande koncentration (MIC) som den lägsta koncentration av antibiotika som kan förhindra tillväxt. Examensarbetets syfte var att undersöka om val av odlingsbuljong påverkar MIC-värdet för Gramnegativa bakterier. En litteraturundersökning genomfördes av studier som jämfört resistensbestämning i standardbuljong med alternativ buljong. Därutöver gjordes en experimentell jämförelse. Litteraturstudien visade att buljongens sammansättning kan ha betydelse för MIC-värdet, men resultatet varierade med både bakteriearter och typer av antibiotika. Viktigt att beakta är det begränsade materialet i studien, möjliga förklaringar till MIC-varianser är exempelvis bikarbonat och antibiotikums olika känslighet för ämnet. Den experimentella studien visade att buljongvalet inte hade någon inverkan på MIC-värdet när det undersöktes för Klebsiella pneumoniae och antibiotikan meropenem. Det kan möjligen förklaras av att effekten av meropenem inte påverkas av buljongvalet. Slutsatsen är att många faktorer påverkar MIC-värdet och att standardbuljongen är en tillgång med stor mängd historiska data som kan nyttjas för att följa resistensutvecklingen, även om alternativa buljonger i vissa fall kan vara bättre lämpade för att förutsäga behanlingsbarheten. Buljongval bör väljas med noggrannhet efter rådande omständigheter. / Increasing antibiotic resistance is a concerning societal challenge. The standard test for measuring antibiotic susceptibility of bacteria is the method of broth microdilution. This method is used to determine the minimum inbibitory concentration (MIC), defined as the lowest concentration of an antibiotic that can inhibit the growth of a specific strain of a bacterium. This study aimed to investigate whether the choice of broth affects the MIC-value for Gram-negative bacteria. A literature review was conducted to examine studies comparing standard broth against alternative broth, alongside an experimental comparison of the same. The result of the literature review indicated that the composition of the broth does have an effect. However, the effect varies depending on the bacterial species and type of the antibiotic that was analyzed. Its important to note the limited amount of data from both prior work and this study, but one possible explanation to the variance in MIC-values could be e.g., bicarbonate and the specific antibiotic´s sensitivity to this substance. The experimental part of this study concluded that the choice of broth did not affect the resulting MIC-value when the antibiotic susceptibility of Klebsiella pneumoniae to meropenem was analyzed. This could be attributed to the efficacy of meropenem being unaffected by the broths used in this study. The conclusing of this study is that multiple factors contribute to the resulting MIC-value, and that the standard broth with its large volume of historical data, is a valuable asset to use when tracking the evolution of antibiotic resistance, even though an alternative broth may be better suited to predict treatability. The choice of broth should be made with great care and be adapted to actual circumstances and conditions.

Bacterial bloodstream infections represent a severe and potentially life-threatening condition. Diagnostic tools, providing rapid species identification and antimicrobial susceptibility testing have a great impact on disease progression and treatment optimization. Typically, antimicrobial susceptibility testing involves a time-consuming process, and faster methods are likely to contribute in clinical settings. This study aimed to assess the reliability of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) with a 16-20-hour incubation period for implementation in a clinical microbiology laboratory. This method was conducted alongside the standardized disk diffusion method from EUCAST, encompassing all bacterial species compatible with 16-20-hour RAST. The method was executed 80 times, and over 450 readings were performed. It confirms EUCAST's method validation, affirming 16-20-hour RAST as a swift and precise method for blood bacterial resistance determination. All inhibition zones were readable, with 89% of antibiotics tested falling within 1 mm of the set target value. Notable deficiencies were observed in antibiotic-species combinations, such as trimethoprim/sulfamethoxazole and gentamicin against E. coli, and erythromycin against S. pneumoniae. Accurate interpretation of inhibition zones demands precise reading practices as some zones were ambiguous. The study also underscores the importance of overnight cultures in antimicrobial susceptibility testing via standardized disk diffusion, accentuating 16-20-hour RAST's pivotal role in potentially accelerating resistance determination by up to a day. Given its commendable performance, 16-20-hour RAST is ready to be incorporated into the standard procedures at clinical microbiology laboratories, as demonstrated by its successful adoption at Unilabs, Skövde.

Acinetobacter är gramnegativa bakterier som orsakar svåra nosokomiala infektioner hos immunkomprometterade och neutropena patienter. Det har rapporterats att den vanligaste smittkällan är sjukhusutrustning såsom andningsinstrument, där kolonisation av acinetobacter observerats. Av den anledningen att acinetobacter är multiresistenta mot olika antibiotikum medför det att en acinetobact infektioner blir svåra att behandla. Syftet med studien var att undersöka vilka acinetobactarter som orsakat bakteremi i Skåne från 2011-2019 samt undersöka vilka antibiotika de är resistenta för. Dessutom undersöktes hur stor andel av bakteremifynden som är resistenta mot betalaktamantibiotika, och vilka arter som är mest resistenta. För att artidentifiera acinetobacterna användes MALDI-TOF som analysinstrumentet. Resistensbestämningen bestämdes med E-test och diskdiffusionsmetoden, där tolv olika antibiotika testades. Resultatet visade att bland de 107 stammarna var A. Iwoffii störst då den utgjorde 31 st. Dessutom visade resultatet att majoriteten av stammarna var känsliga mot de tolv antibiotikasorterna. Bland de resistenta stammarna var de flesta av arten A. Baumannii som tidigare är kända för att vara multidrug-resistant (MDR). / Acinetobacter are gram-negative bacteria that cause severe nosocomial infections in immunocompromised and neutropenic patients. It has been reported that the most common source of infection is hospital equipment such as respiratory instruments, where colonization of acinetobacter has been observed. Due to the fact that acinetobacter is multi-resistant to various antibiotics, it makes an acinetobact infection difficult to treat. The aim of the study is to investigate which acinetobact species caused bacteremia in Skåne from 2011-2019 and to investigate which antibiotics they are resistant to. In addition, the proportion of bacteremia findings that are resistant to beta-lactam antibiotics was examined, and which species are most resistant. MALDI-TOF was used to identify the species of acientobacter. Twelve different antibiotics were tested with E-test and the disc diffusion method. The results showed that among the 107 strains was A. iwoffii the largest acinetobacter species, which corresponds to 31. In addition, the results obtained showed that the majority of the strains were sensitive to the twelve types of antibiotics. Among the resistant strains were the majority of the species A. Baumannii, which are known to be multidrug resistant (MDR).

Resistensbestämningar som genererar ett kvantitativt MIC-värde är värdefullt för att kunna välja adekvat antibiotikabehandling. Referensmetoden för MIC-bestämning är mikrobuljongspädning där kommersiella antibiotikapaneler underlättar handhavandet av metoden på kliniska laboratorier. Syftet med studien var att verifiera mikrobuljongspädning med Sensititre™-panelerna SEMSE7 och SEMST7 avsedda för grampositiva kocker, genom att jämföra erhållet resultat med tidigare uppmätta referensvärden av MIC samt SIR-kategorier. Mikrobuljongspädning utfördes med SEMSE7-panel och MH-buljong för Staphylococcus spp. (n=21) och Enterococcus spp. (n=13) samt med SEMST7-panel och MH-F buljong för Streptococcus pneumoniae (n=20). Avläsning av MIC utfördes samt tolkades enligt SIR-systemet. Resultaten jämfördes mot kända referensvärden tidigare uppmätta med mikrobuljongspädning. Isolat analyserade med SEMSE7-panel och SEMST7-panel erhöll en överensstämmelse av MIC på 88,2% respektive 96,7%. Motsvarande kategorisk överensstämmelse av SIR var 92,5% respektive 92,6%. Resultatet visar att Sensititre™-panelen SEMST7 är godkänd i verifieringen av mikrobuljongspädning med god överensstämmelse med referensvärden av MIC samt SIR-kategorier. Vidare bedöms att fortsatt verifiering krävs av SEMSE7-panelen eftersom ej tillfredställande överenstämmelse med referensvärden av MIC erhölls, trots god överenstämmelse av SIR-kategorier. Studien visar att SEMST7-panelen kan implementeras för Streptococcus pneumoniae i den kliniska verksamheten på mikrobiologilaboratoriet, Jönköping. / Antimicrobial susceptibility testing methods generating a quantitative MIC are valuable for choosing adequate antibiotic treatment. Broth microdilution is the reference method for MIC determination and commercial panels with antibiotics facilitate the procedure in clinical laboratories. The aim of the study was to verify broth microdilution with the Sensititre™ panels SEMSE7 and SEMST7 designed for gram-positive cocci, by comparing results with previously measured reference values of MIC and SIR. Broth microdilution was performed using the SEMSE7 panel with MH broth for Staphylococcus spp. (n=21) and Enterococcus spp. (n=13), and using the SEMST7 panel with MH-F broth for Streptococcus pneumoniae (n=20). Reading MIC endpoints was performed and interpreted according to SIR system. Isolates analysed with the SEMSE7 and SEMST7 panel obtained essential agreement of 88,2% and 96,7%, and categorical agreement of 92,5% and 92,6% respectively. In conclusion, the Sensititre™ panel SEMST7 is approved in the verification of broth microdilution with satisfactory essential agreement and categorical agreement. Furthermore, it is considered that further verification is required for the SEMSE7 panel as unsatisfactory essential agreement was obtained, despite satisfactory categorical agreement. The study shows that the SEMST7 panel can be implemented for Streptococcus pneumoniae in the clinical practice at the microbiology laboratory, Jönköping.

Infections caused by antibiotic resistant pathogenic bacteria is an increasing issue inhealthcare, and development of new antimicrobial substances could contribute to combat the continued spread. Plants have historically been used in traditional medicine, have intrinsic defense mechanisms against microbes, and could therefore be a source for new antimicrobial agents. At the Department of Chemistry and Biomedicine at Linnaeus University, Kalmar, a total of 18 extracts made from 9 different combinations of Swedish-growing plants were available.The purpose of the current thesis was to investigate possible antimicrobial effects of the plant extracts in vitro, on a selection of Gram-positive (n=3) and Gram-negative (n=4) bacterial strains. Initial screening of all 18 extracts was performed with agar-based methods including agar well diffusion and direct application on inoculated agar. Detection of concentration-dependent antimicrobial effects was performed with four extracts on Staphylococcus aureus and Enterococcus faecalis. At inhibitory concentrations, viability was estimated as colony forming units/ml (CFU/ml).Screening showed that 11 of 18 extracts affected the growth of at least one of the strains tested. Gram-positive species were affected to a greater extent than Gram-negatives. Estimation of concentration dependency showed inhibitory effects at 50 mg/l in the most potent extracts. Viability estimation revealed an average reduction for both S. aureus and E. faecalis, as compared to the positive control. In conclusion, the study showed possible antimicrobial effects of several extract-bacteria combinations, disclosing potential substances for further investigations.

Efter upptäckten av penicillinet observerades en ökad resistens hos S. aureus vilket ledde till att alla stammar ansågs vara resistenta. Dock har många stammar enligt senare studier visat sig vara känsliga vilket har öppnat upp möjlighet att åter använda benzylpenicillin som ett behandlingsalternativ eftersom det kan ges i lägre koncentration jämfört med andra alternativ. Metoden för att upptäcka penicillinresistens hos S. aureus enligt EUCAST har bedömts svår att tillämpa på grund av subjektivitet vid bedömning av zonkanten. Studiens syfte var att utvärdera metoden för senare implementering på Klinisk Mikrobiologi Unilabs i Skövde. Metodens användbarhet utvärderades genom resistensbestämning av en referensstam samt tio stammar från ett referenslaboratorium för EUCAST. Bedömningen av de tio stammarna från referenslaboratoriet stämde vid jämförelse överens med deras resultat förutom för en stam som bedömdes som resistent i stället för känslig. Repeterbarheten var hög då ingen skillnad (p=0,156) uppvisades för referensstammen.  Resultatet tyder på att det kan vara svårt att göra en korrekt tolkning av zonkantens utseende då det är en subjektiv bedömning. För att uppnå en högre säkerhet kan det vara fördelaktigt att mer än en person gör en bedömning. Slutsatsen var att metoden kan implementeras på laboratoriet. / Following the discovery of penicillin, resistance rates increased until all strains of S. aureus were considered resistant. Recent studies have shown that many strains are susceptible, making it possible to again use penicillin as an alternative for treatment since it can be used in lower concentrations compared to alternatives. The EUCAST method for discovering penicillin resistance in S. aureus has been judged difficult due to the subjectiveness of assessing the zone edge. The aim of this study was to evaluate the method to implement it in the Section for Clinical Microbiology Unilabs Skövde. The useability of the method was evaluated by resistance testing of a reference strain and ten strains from a EUCAST reference laboratory. The assessment of the strains from the reference laboratory equaled their results except for one strain that was assessed resistant rather than sensitive. The repeatability was high since no difference (p=0,156) was found for the reference strain. The results show how difficult it is to correctly assess the zone edge due to its subjectiveness. It could be beneficial with more than one person assessing the zone edge to achieve a higher security. In conclusion the method is possible to implement in the laboratory.