No description available.

Sepsis är ett livshotande tillstånd som orsakas av bakterier i blodbanan. Tidig och korrekt antibiotikabehandling är viktig, antibiotikaresistens är ett ökande problem och resistensbestämning är därför essentiell. Vid sepsisdiagnostik med blododling krävs ofta minst två dygn innan resistensbesked kan ges. Antibiotikabehandling måste därför påbörjas innan odlingssvar. Rutinmetod för resistensbestämning vid svenska mikrobiologiska laboratorier är diskdiffusionsmetoden som är standardiserad av European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Vid diskdiffusion odlas bakterier på agarplattor och hämningszoner kring pappersdiskar med antibiotika används som mått på antibiotikaeffekt. Metoden kräver framväxta bakteriekolonier på agarplattor som ursprungsmaterial och utförandet tar 16-20 timmar. EUCAST har vidareutvecklat diskdiffusionsmetoden för snabb resistensbestämning (Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing, (RAST)). Resistensbestämning med diskdiffusion utförs då direkt från positiv blododlingsflaska och hämningszoner mäts redan efter 4, 6 och 8 timmar. I metoden används olika brytpunkter för känslighetskategorisering vid de olika tidpunkterna. Syftet med studien var att undersöka hur väl RAST fungerade för Staphylococcus aureus och Streptococcus pneumoniae genom att undersöka bakterieisolat inokulerade i blododlingsflaskor. Totalt 31 isolat; 23 S.aureus och 8 S.pneumoniae undersöktes varav en hög andel med betalaktamresistens. Till båda bakteriearterna användes 5 sorters antibiotika. Zondiametrar mättes av två personer oberoende av varandra och resultaten jämfördes med de från standardiserad diskdiffusion. För S.aureus var vid 4 timmar 102/184 (55 %) avläsningar kategoriseringsbara, vid 6 timmar 164/184 (89 %) och vid 8 timmar 174/184 (95 %). Sammanlagt inträffade 7 felkategoriseringar varav 5 gällde underskattning av klindamycinresistens vid 4 timmar. S.pneumoniae hade sämre tillväxt och metoden var därför svårare att tillämpa. För S.pneumoniae var vid 4 timmar 74/80 (92 %) avläsningar kategoriseringsbara, vid 6 timmar 73/80 (91 %) och vid 8 timmar 77/80 (96 %). Resistens överskattades vid 21 zonmätningar vid 4 timmar. RAST fungerade väl för S.aureus efter 6 timmar. För S.pneumoniae kan sannolikt bedömning av penicillinresistens efter 6 timmar fungera men ytterligare undersökningar krävs. / Bacteria in the bloodstream may cause sepsis, therefore early and correct treatment is important. Antibiotic resistance is an increasing problem and antimicrobial susceptibility testing (AST) is essential for the patients survival. In sepsis with diagnosis based on blood culture, at least two days are required for results from AST. Routine AST-method in Swedish microbiological laboratories is the disc diffusion method standardized by the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). In disc diffusion, bacteria are grown on agar plates and inhibition zones around paper disks with antibiotics are used to measure the antibiotic effect. The method requires bacterial colonies as source material and takes 16–20 hours. EUCAST has further developed the method for Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing (RAST). RAST is performed directly from positive blood culture bottles and inhibition zones are measured at 4, 6 and 8 hours. The method uses different breakpoints for categorization at the different timepoints. The purpose of the study was to evaluate RAST for Staphylococcus aureus and Streptococcus pneumoniae by examining bacterial isolates inoculated into blood culture bottles. Zone diameters were measured, and results were compared with those of standardized disk diffusion. For S.aureus, at 4 hours 102/184 (55%) readings were categorizable, at 6 hours 164/184 (89%) and at 8 hours 174/184 (95%). A total of 7 error categorizations occurred, 5 of which were underestimation of clindamycin resistance at 4 hours. For S.pneumoniae at 4 hours, 74/80 (92%) readings were categorizable, at 6 hours 73/80 (91%) and at 8 hours 77/80 (96%). Resistance was overestimated at 21 zone measurements at 4 hours.. RAST showed good results for S.aureus after 6 hours. For S.pneumoniae, further studies are required but RAST may work after 6 hours for penicillin resistance assessment.

Direct antimicrobial susceptibility testing (dAST) is not a standardized method and there is no recommendations regarding the volume of blood culture media to be used. The aim of the study was to optimize the method of dAST by determining a volume of blood culture media in µL to be used and to test the reproducibility of the volume optimized method. The dASTs (n=160) were performed on blood culture bottles (n=40) inoculated with reference bacteria (n=4), using four test volumes (50 µL, 75 µL, 100 µL and 125 µL). The optimized method was implemented on frozen and fresh bacterial isolates (n=120) derived from blood cultures. Susceptibility tests according to EUCASTs method for disk diffusion was also performed. Deviations in SIR-categorical agreement was calculated. The optimal volume of blood culture media for dAST was 75 µL. All dASTs were approved for three out of four reference bacteria whereas for the fourth reference bacteria eight out of ten dASTs was approved. Testing the reproducibility, the optimized method showed a sensitivity and specificity of 100 %. No deviation in categorical agreement of SIR-categorization was observed. The result shows a possibility of implementing a standardized method for dAST regarding the volume of blood culture media. / Vid direktresistensbestämning används blododlingsmedium för tillverkning av bakteriesuspensioner. Metoden är inte standardiserad och det finns ingen rekommenderad volym blododlingsmedium som bör användas. Syftet med studien var att optimera metoden för direktresistensbestämning genom att bestämma en volym blododlingsmedium i µL som används för tillverkning av bakteriesuspensioner. Den optimerade metodens prestanda utvärderades därefter på kliniska patientisolat. Metoden optimerades genom att direktresistensbestämningar (n=160) utfördes baserat på fyra volymer (50 µL, 75 µL, 100 µL och 125 µL) blododlingsmedium (n=40), som var inokulerade med fyra olika referensstammar. Den optimerade metodens reproducerbarhet testades på frysta och färska patientisolat (n=120) genom jämförelse av SIR-kategorisering mellan direktresistensbestämning samt resistensbestämning enligt EUCASTs metod för diskdiffusion. Den optimala volymen blododlingsmedium med kända referensstammar fastställdes vara 75 µL då samtliga direktresistensbestämningar godkändes för tre av fyra referensstammar, för den fjärde referensstammen godkändes åtta av tio. Då metoden implementerades på kliniska patientisolat från positiva blododlingar var känsligheten och specificiteten 100 % avseende kategorisk överensstämmelse enligt SIR-systemet. Inga avvikelser avseende SIR-kategorisering observerades. Resultaten visar att det är möjligt att optimera metoden avseende volymen blododlingsmedium som används för direktresistensbestämning på blododlingsflaskor. Då den optimerade metodens känslighet och specificitet var 100 %, är det möjligt att implementera metoden i rutinarbetet.

Bacterial bloodstream infections represent a severe and potentially life-threatening condition. Diagnostic tools, providing rapid species identification and antimicrobial susceptibility testing have a great impact on disease progression and treatment optimization. Typically, antimicrobial susceptibility testing involves a time-consuming process, and faster methods are likely to contribute in clinical settings. This study aimed to assess the reliability of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) with a 16-20-hour incubation period for implementation in a clinical microbiology laboratory. This method was conducted alongside the standardized disk diffusion method from EUCAST, encompassing all bacterial species compatible with 16-20-hour RAST. The method was executed 80 times, and over 450 readings were performed. It confirms EUCAST's method validation, affirming 16-20-hour RAST as a swift and precise method for blood bacterial resistance determination. All inhibition zones were readable, with 89% of antibiotics tested falling within 1 mm of the set target value. Notable deficiencies were observed in antibiotic-species combinations, such as trimethoprim/sulfamethoxazole and gentamicin against E. coli, and erythromycin against S. pneumoniae. Accurate interpretation of inhibition zones demands precise reading practices as some zones were ambiguous. The study also underscores the importance of overnight cultures in antimicrobial susceptibility testing via standardized disk diffusion, accentuating 16-20-hour RAST's pivotal role in potentially accelerating resistance determination by up to a day. Given its commendable performance, 16-20-hour RAST is ready to be incorporated into the standard procedures at clinical microbiology laboratories, as demonstrated by its successful adoption at Unilabs, Skövde.