Thesis--Universidad de Sevilla. / "Apéndice demografico": p. 134-180. Includes bibliographical references (p. 132-134).

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:48:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000033.pdf: 7866268 bytes, checksum: a1c0bde146b6919403f5eb6d11f6b460 (MD5) Previous issue date: 2008 / Este estudo, a partir de uma abordagem histórica, assume como objeto central a metodologia empregada para a erradicação da varíola no Brasil, entendida como parte de um movimento internacional de prevenção da disseminação de doenças transmissíveis, ao longo do século xx, para a qual contribuiu o emprego dos preceitos de vigilância epidemiológica, como ação relevante de saúde pública. Para tanto, será estabelecida uma análise dos variados níveis de circulação de interesses e de saberes, nacionais e internacionais, institucionais e individuais, procurando compreender a consolidação do projeto político-científico que viabilizou a implementação da vigilância epidemiológica na proposta de erradicação mundial da varíola .

Surtos associados às micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm sido cada vez mais relatados em todo o mundo, inclusive no Brasil. Entre as MCR, o complexo M. abscessus é o mais patogênico e relacionado a multirresistência. Considerando a importância de investigar as cepas de MCR presentes em nosso Estado, este estudo teve como objetivos avaliar o perfil molecular e de suscetibilidade caracterizando os isolados de MCR encaminhados para o Centro de Referência em Micobactérias do Estado (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Além disso, foram avaliados os mecanismos de resistência à FQ conferido pelos genes gyrA e gyrB. Foram encaminhadas para o IPB-LACEN/RS, entre 2007 a 2012, 74 isolados clínicos. No total, 43 isolados relacionados a surto e 31 isolados de MCR não relacionados a surtos foram analisados. Pela técnica de PRA-hsp65 foi possivel identificar 43 isolados como M. abscessus tipo 2, 21 isolados como M. fortuitum tipo 1 e 10 isolados como M. abscessus tipo 1. Através do sequenciamento parcial do gene rpoB, foi confirmada a identificação de M. abscessus tipo 2 como M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus tipo 1 como M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum tipo 1 como M. fortuitum subsp. fortuitum. Pela técnica de tipagem PFGE todos os isolados de M. abscessus subsp. bolletii apresentaram o mesmo perfil clonal o qual pertence ao clone BRA100, já descrito mundialmente. Os isolados de M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum apresentaram perfis distintos de PFGE. O perfil de suscetibilidade aos antibióticos foi avaliado por microdiluição em caldo de acordo com CLSI (2011) e, todos os isolados foram sensíveis a amicacina e todos foram resistentes a doxiciclina e sulfametoxazol-trimetoprima. Para M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados foram resistentes à ciprofloxacino, moxifloxacino e tobramicina e um padrão de susceptibilidade variável foi observado para cefoxitina (Sensível - 28%, Intermediário - 72%) e claritromicina (Sensível - 86%, Resistentes - 14%). Cabe mencionar que este é o primeiro relato de resistência a claritromicina para o clone BRA100. Para M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum todos os isolados foram resistentes a claritromicina; já para a cefoxitina e tobramicina um padrão de susceptibilidade variável foi observado. Todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum foram sensíveis à ciprofloxacino, em contraste aos isolados de M. abscessus subsp. abscessus que apresentaram 70% de resistência. Todas MCR, resistentes (ou intermediárias) para ciprofloxacino apresentaram uma Ala-83 em GyrA, em contraste com uma Ser-83 em todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum sensíveis a ciprofloxacino, mas com perfil de resistência variável a moxifloxacino. Nenhuma diferença foi encontrada em GyrB independentemente do perfil de sensibilidade de MCR. Em conclusão, nosso estudo relata a persistência de um único clone M. abscessus subsp. bolletii BRA100 relacionado aos surtos, altamente resistente, mesmo após a implementação nacional das medidas de controle de infecção para contenção de surtos por MNTs. Também foi possível correlacionar que mutações no aminoácido Ala-83 de GyrA estão diretamente relacionados com a resistência à ciprofloxacino em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii. / Outbreaks associated with rapidly growing mycobacteria (RGM) have been increasingly reported worldwide, including in Brazil. Among RGM, the M. abscessus complex is consider the most pathogenic, besides being related to multidrug resistance. Considering the importance of investigating the RGM strains present in our state, this study aimed to characterize the molecular and susceptibility profile of RGM isolates referred to the Reference Center for Mycobacteria State (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Furthermore, the mechanisms of quinolone resistance conferred by gyrA and gyrB genes were evaluated. A total of 74 isolates was sent to IPB-LACEN/RS between 2007 and 2012. Forty-three of the analyzed isolates were related to outbreak and 31 isolates of RGM were unrelated to outbreaks. The technique of PRA- hsp65 identified 43 isolates as M. abscessus type 2, 21 isolates as M. fortuitum type 1 and 10 isolates as M. abscessus type 1. The partial sequencing of the rpoB gene confirmed the identification of M. abscessus type 2 as M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus type 1 as M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum type 1 and M. fortuitum subsp. fortuitum. PFGE typing technique showed the same clonal profile for all isolates of M. abscessus subsp. bolletii which belongs to clone BRA100, already described worldwide. Isolates of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum showed distinct PFGE profiles. The antibiotic susceptibility profile was evaluated by broth microdilution according to CLSI (2011), and all isolates were susceptible to amikacin and resistant to doxycycline and trimethoprimsulfamethoxazole. All isolates of M. abscessus subsp. bolletii were resistant to ciprofloxacin, moxifloxacin and tobramycin and presented variable susceptibility pattern to cefoxitin (Susceptible - 28%, Intermediate - 72%) and clarithromycin (Susceptible - 86%, Resistant - 14%). It is important to mention that this is the first report of clarithromycin resistance for clone BRA100. Strains of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum were all resistant to clarithromycin, and presented a variable susceptibility profile to cefoxitin and tobramycin. All isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum were susceptible to ciprofloxacin, in contrast to isolates of M. abscessus subsp. abscessus that showed a resistance rate of 70%. All RGM ciprofloxacin non-susceptible presented an Ala-83 in GyrA, contrasting to a Ser-83 in all isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum susceptible to ciprofloxacin, however, with a variable resistance profile to moxifloxacin. No difference was found in GyrB, regardless of the RGM susceptible profile. In conclusion, our study reports the persistence of a single clone of M. abscessus subsp. bolletii BRA100 related to outbreak, highly resistant, even after national implementation of infection control measures to contain outbreaks by NTM. It was also possible to correlate that mutations in the amino acid Ala-83 of GyrA are directly related to ciprofloxacin and moxifloxacin resistance in M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii.

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A detecção de clusters de doenças é um desafio para a saúde pública e principalmente para elucidação da ocorrência de surtos, visto que surtos epidemiológicos são usualmente definidos como aglomeração de casos. As revisões da literatura disponíveis sobre a indicação de qual técnica de análise espacial (TAE) é apropriada para essa tarega se limitam a indicar a escolha das técnicas considerando os tipos de dados, o tipo de cluster e a medida da doença. São raras as diretrizes que sugerem o uso de TAE em investigações de surtos . É um estudo metodológico exploratório, com avaliação de métodos em duas etapas: (i) uma revisão narrativa do objeto da pesquisa e (ii) descrição e revisão crítica da aplicação das técnicas selecionadas na revisão narrativa. As técnicas consideradas de maior importância para investigação de surtos forma revisadas e descritas, incluindo técnicas dos tipos global, loca e focal. treze técnicas foram submetidas à revisão crítica e 14 perguntas relevantes para investigação de surtos foram apreciadas. A análise da capacidade de responta das técnicas selecionadas baseou-se nas características das técnicas e natureza das perguntas da investigação de surtos, buscando-se a equivalência da responta dada pelas técnicas de análise espacial em relação à responta que se pretende alcançar na pergunta da investigação. As técnicas forma classificadas quanto a quantidade de informação que elas fornecem para que a perunca seja respondida, indicando assim, a sua capacidade de responder , ou de responsividade. concluiu-se que as TAE podem contribuir para a investigação de surtos, uma vez que são capazes de responder algumas das perguntas de uma investigação. Todas as catorze perguntas estudadas forma respondidas em algum nível pelas treze técnicas revisadas. Técnicas espaço-temporais e puramente espaciais locais respondem ao maior número de perguntas. Já as espaço-temporais apresentam maior nível de responsividade às perguntas. As técnicas com menor número de perguntas respondidas forma as puramente espaciais focais.

The thesis is focused on the epidemic of Ebola between years 2014 and 2015 and response of the Czech Republic. The main objective of the thesis is to assess the strategy of the Czech Republic in order to eliminate import of Ebola. The thesis is using study of documents and its effort is a complex overview of the given matters. Used documents are especially information and reports of international and Czech organizations, regulations, expert articles, electronic inquiries and media reports. There was defined 5 research questions. First question is focused on the demographic and epidemiological characteristics of the epidemic in West Africa. Second question was analysing steps, which were performed within the system of preparedness for highly contagious infections in the Czech Republic. I have divided the whole strategy of the Czech Republic into 10 points. They consist of the enforcing of International Health Regulation (2005), Decision no. 1082/2013/EU of the EP and of the Council, National action plan for the case of event, which is subject to International Health Regulation and two directives, implementation of special measures on international airports, conclusion of cooperation agreements, transmission of information within the Czech Republic, simulation actions and humanitarian aid. Third question was analysing the respondence of arrival cards at the Václav Havel Airport in Prague. Respondence was approx. 40 %. (Jágrová, 2016a) Fourth question is assessing the efficiency of implemented measures using the recorded cases of suspicion. Although there was not any case of infection in the Czech Republic, it may be concluded, that implemented measures are efficient. Fifth question is focused on the assessment of implemented measures and suggestions, how the response of the Czech Republic may be improved. Preparedness of the Czech Republic was assessed as very good by experts. Also it may be concluded from results, that preparedness is sufficient. Suggested measures, how the response of the Czech Republic may be improved, are related to the system of rapid alert of the public, creation of team for humanitarian aid, maintaining of sufficient capacities and realization of simulation actions.

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A detecção de clusters de doenças é um desafio para a saúde pública e principalmente para elucidação da ocorrência de surtos, visto que surtos epidemiológicos são usualmente definidos como aglomeração de casos. As revisões da literatura disponíveis sobre a indicação de qual técnica de análise espacial (TAE) é apropriada para essa tarega se limitam a indicar a escolha das técnicas considerando os tipos de dados, o tipo de cluster e a medida da doença. São raras as diretrizes que sugerem o uso de TAE em investigações de surtos . É um estudo metodológico exploratório, com avaliação de métodos em duas etapas: (i) uma revisão narrativa do objeto da pesquisa e (ii) descrição e revisão crítica da aplicação das técnicas selecionadas na revisão narrativa. As técnicas consideradas de maior importância para investigação de surtos forma revisadas e descritas, incluindo técnicas dos tipos global, loca e focal. treze técnicas foram submetidas à revisão crítica e 14 perguntas relevantes para investigação de surtos foram apreciadas. A análise da capacidade de responta das técnicas selecionadas baseou-se nas características das técnicas e natureza das perguntas da investigação de surtos, buscando-se a equivalência da responta dada pelas técnicas de análise espacial em relação à responta que se pretende alcançar na pergunta da investigação. As técnicas forma classificadas quanto a quantidade de informação que elas fornecem para que a perunca seja respondida, indicando assim, a sua capacidade de responder , ou de responsividade. concluiu-se que as TAE podem contribuir para a investigação de surtos, uma vez que são capazes de responder algumas das perguntas de uma investigação. Todas as catorze perguntas estudadas forma respondidas em algum nível pelas treze técnicas revisadas. Técnicas espaço-temporais e puramente espaciais locais respondem ao maior número de perguntas. Já as espaço-temporais apresentam maior nível de responsividade às perguntas. As técnicas com menor número de perguntas respondidas forma as puramente espaciais focais.

Surtos associados às micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm sido cada vez mais relatados em todo o mundo, inclusive no Brasil. Entre as MCR, o complexo M. abscessus é o mais patogênico e relacionado a multirresistência. Considerando a importância de investigar as cepas de MCR presentes em nosso Estado, este estudo teve como objetivos avaliar o perfil molecular e de suscetibilidade caracterizando os isolados de MCR encaminhados para o Centro de Referência em Micobactérias do Estado (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Além disso, foram avaliados os mecanismos de resistência à FQ conferido pelos genes gyrA e gyrB. Foram encaminhadas para o IPB-LACEN/RS, entre 2007 a 2012, 74 isolados clínicos. No total, 43 isolados relacionados a surto e 31 isolados de MCR não relacionados a surtos foram analisados. Pela técnica de PRA-hsp65 foi possivel identificar 43 isolados como M. abscessus tipo 2, 21 isolados como M. fortuitum tipo 1 e 10 isolados como M. abscessus tipo 1. Através do sequenciamento parcial do gene rpoB, foi confirmada a identificação de M. abscessus tipo 2 como M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus tipo 1 como M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum tipo 1 como M. fortuitum subsp. fortuitum. Pela técnica de tipagem PFGE todos os isolados de M. abscessus subsp. bolletii apresentaram o mesmo perfil clonal o qual pertence ao clone BRA100, já descrito mundialmente. Os isolados de M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum apresentaram perfis distintos de PFGE. O perfil de suscetibilidade aos antibióticos foi avaliado por microdiluição em caldo de acordo com CLSI (2011) e, todos os isolados foram sensíveis a amicacina e todos foram resistentes a doxiciclina e sulfametoxazol-trimetoprima. Para M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados foram resistentes à ciprofloxacino, moxifloxacino e tobramicina e um padrão de susceptibilidade variável foi observado para cefoxitina (Sensível - 28%, Intermediário - 72%) e claritromicina (Sensível - 86%, Resistentes - 14%). Cabe mencionar que este é o primeiro relato de resistência a claritromicina para o clone BRA100. Para M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum todos os isolados foram resistentes a claritromicina; já para a cefoxitina e tobramicina um padrão de susceptibilidade variável foi observado. Todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum foram sensíveis à ciprofloxacino, em contraste aos isolados de M. abscessus subsp. abscessus que apresentaram 70% de resistência. Todas MCR, resistentes (ou intermediárias) para ciprofloxacino apresentaram uma Ala-83 em GyrA, em contraste com uma Ser-83 em todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum sensíveis a ciprofloxacino, mas com perfil de resistência variável a moxifloxacino. Nenhuma diferença foi encontrada em GyrB independentemente do perfil de sensibilidade de MCR. Em conclusão, nosso estudo relata a persistência de um único clone M. abscessus subsp. bolletii BRA100 relacionado aos surtos, altamente resistente, mesmo após a implementação nacional das medidas de controle de infecção para contenção de surtos por MNTs. Também foi possível correlacionar que mutações no aminoácido Ala-83 de GyrA estão diretamente relacionados com a resistência à ciprofloxacino em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii. / Outbreaks associated with rapidly growing mycobacteria (RGM) have been increasingly reported worldwide, including in Brazil. Among RGM, the M. abscessus complex is consider the most pathogenic, besides being related to multidrug resistance. Considering the importance of investigating the RGM strains present in our state, this study aimed to characterize the molecular and susceptibility profile of RGM isolates referred to the Reference Center for Mycobacteria State (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Furthermore, the mechanisms of quinolone resistance conferred by gyrA and gyrB genes were evaluated. A total of 74 isolates was sent to IPB-LACEN/RS between 2007 and 2012. Forty-three of the analyzed isolates were related to outbreak and 31 isolates of RGM were unrelated to outbreaks. The technique of PRA- hsp65 identified 43 isolates as M. abscessus type 2, 21 isolates as M. fortuitum type 1 and 10 isolates as M. abscessus type 1. The partial sequencing of the rpoB gene confirmed the identification of M. abscessus type 2 as M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus type 1 as M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum type 1 and M. fortuitum subsp. fortuitum. PFGE typing technique showed the same clonal profile for all isolates of M. abscessus subsp. bolletii which belongs to clone BRA100, already described worldwide. Isolates of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum showed distinct PFGE profiles. The antibiotic susceptibility profile was evaluated by broth microdilution according to CLSI (2011), and all isolates were susceptible to amikacin and resistant to doxycycline and trimethoprimsulfamethoxazole. All isolates of M. abscessus subsp. bolletii were resistant to ciprofloxacin, moxifloxacin and tobramycin and presented variable susceptibility pattern to cefoxitin (Susceptible - 28%, Intermediate - 72%) and clarithromycin (Susceptible - 86%, Resistant - 14%). It is important to mention that this is the first report of clarithromycin resistance for clone BRA100. Strains of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum were all resistant to clarithromycin, and presented a variable susceptibility profile to cefoxitin and tobramycin. All isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum were susceptible to ciprofloxacin, in contrast to isolates of M. abscessus subsp. abscessus that showed a resistance rate of 70%. All RGM ciprofloxacin non-susceptible presented an Ala-83 in GyrA, contrasting to a Ser-83 in all isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum susceptible to ciprofloxacin, however, with a variable resistance profile to moxifloxacin. No difference was found in GyrB, regardless of the RGM susceptible profile. In conclusion, our study reports the persistence of a single clone of M. abscessus subsp. bolletii BRA100 related to outbreak, highly resistant, even after national implementation of infection control measures to contain outbreaks by NTM. It was also possible to correlate that mutations in the amino acid Ala-83 of GyrA are directly related to ciprofloxacin and moxifloxacin resistance in M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii.

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T19:58:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_AlexandreMacedode_D.pdf: 7363190 bytes, checksum: 9dd09c9023ccfce04ae0c4df21fadd3c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A epidemiologia de campo corresponde ao ramo da ciência que usa estratégias de epidemiologia clássica com o objetivo de controlar um problema de saúde pública e assim melhorar a condição de vida de uma população. Além da epidemiologia clássica, o epidemiologista de campo precisa usar conhecimentos de outras áreas como economia, antropologia, ciências sociais e comunicação para planejar e implementar medidas de controle, alcançando assim seus objetivos. As limitações nos estudos de epidemiologia de campo são muitas, mas é dever do profissional dessa área manter o rigor científico e ser criativo a fim de garantir a qualidade do seu trabalho. Mesmo sem o propósito inicial de avançar o conhecimento científico, investigações de campo oferecem oportunidades únicas para tal. Apresentamos três trabalhos de epidemiologia de campo no âmbito das doenças infecciosas, seus processos de investigação e suas implicações para saúde pública. O primeiro deles é a investigação de um surto de hepatite C numa clínica de hemato/oncologia. A investigação foi capaz de identificar 99 casos de hepatite C relacionados à referida clínica. A transmissão ocorreu através da contaminação de bolsas de solução salina pelo desrespeito às práticas de controle de infecção em serviços de saúde. Esse fato ressalta os desafios em implementar medidas de controle de infecção em serviços de saúde ambulatoriais e aprimorar a vigilância epidemiológica da hepatite C com fins à detecção precoce de surtos. O segundo trabalho é também fruto da investigação do surto de hepatite C. Fomos capazes de avaliar a sensibilidade dos testes sorológicos para hepatite C em pacientes oncológicos. Encontramos sensibilidade de 83% dos referidos testes, o que compromete sua capacidade diagnóstica neste grupo de pacientes. Como recomendação, sugerimos a realização concomitante de provas sorológicas e aquelas baseadas em amplificação de ácido nucleico para diagnóstico de hepatite C em pacientes oncológicos. O terceiro exemplo de aplicação da epidemiologia de campo é a investigação da suspeita de um caso de transmissão do vírus do Oeste do Nilo através de transfusão de sangue apesar de triagem laboratorial. A rápida resposta das autoridades de saúde pública permitiu confirmar o evento e evitar que novos casos ocorressem pelo uso de co-produtos contaminados. Além disso, permitiu avaliar a efetividade da implementação de testes de triagem laboratorial baseados na amplificação de ácido nucleico nos serviços de doação de sangue. A epidemiologia de campo provou ser útil na investigação desses eventos e seus achados serviram de base para a tomada de decisões com fins de melhorar a condição de saúde das populações em risco. Essas investigações permitiram também o avanço do conhecimento científico nas respectivas áreas / Abstract: Field epidemiology is an area of science that uses principles of classic epidemiology to respond to public health threats and improve the quality of life of a given population. In addition to classic epidemiology, the field epidemiologist uses knowledge from other areas such as economics, anthropology, social sciences, and communications to develop and implement control measures to reach his objectives. Limitations in this field are common, but it is the epidemiologist¿s responsibility to be creative and to maintain scientific rigor to guarantee the accuracy of his work. Although field investigations may not aim to advance scientific knowledge, they offer unique opportunities to achieve this end. We present three field investigations and their implications for public health. The first one is the investigation of an outbreak of hepatitis C virus infections at a hematology/oncology clinic. We identified 99 cases of infection associated with the clinic. Transmission was related to the contamination of saline bags due to lack of adherence to proper infection control practices. This investigation highlights the challenges in implementing infection control programs in outpatient care facilities and the need for better hepatitis C surveillance to allow for early detection of outbreaks. The second investigation is also related to this hepatitis C outbreak. We evaluated the sensitivity of hepatitis C serologic tests in oncology patients and found that these tests are only 83% sensitive in this population, which limits their diagnostic utility if used alone. As a result, we recommend that serologic tests be combined with assays based on nucleic acid amplification in oncology patients. The third example describes the use of field epidemiology to investigate a possible case of West Nile virus transmission associated with blood transfusion despite laboratory screening. The rapid response by public health authorities confirmed this suspicion and prevented the occurrence of additional cases associated with the use of co-components from the original donation. In addition, the investigation provided evidence on the effectiveness of West Nile virus nucleic acid amplification tests for blood screening. These three examples demonstrate the utility of field epidemiology in public health investigations and how investigative findings support the implementation of measures to improve the quality of health of populations at risk. These investigations also allowed for the advancement of scientific knowledge in the respective areas / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Surtos associados às micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm sido cada vez mais relatados em todo o mundo, inclusive no Brasil. Entre as MCR, o complexo M. abscessus é o mais patogênico e relacionado a multirresistência. Considerando a importância de investigar as cepas de MCR presentes em nosso Estado, este estudo teve como objetivos avaliar o perfil molecular e de suscetibilidade caracterizando os isolados de MCR encaminhados para o Centro de Referência em Micobactérias do Estado (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Além disso, foram avaliados os mecanismos de resistência à FQ conferido pelos genes gyrA e gyrB. Foram encaminhadas para o IPB-LACEN/RS, entre 2007 a 2012, 74 isolados clínicos. No total, 43 isolados relacionados a surto e 31 isolados de MCR não relacionados a surtos foram analisados. Pela técnica de PRA-hsp65 foi possivel identificar 43 isolados como M. abscessus tipo 2, 21 isolados como M. fortuitum tipo 1 e 10 isolados como M. abscessus tipo 1. Através do sequenciamento parcial do gene rpoB, foi confirmada a identificação de M. abscessus tipo 2 como M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus tipo 1 como M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum tipo 1 como M. fortuitum subsp. fortuitum. Pela técnica de tipagem PFGE todos os isolados de M. abscessus subsp. bolletii apresentaram o mesmo perfil clonal o qual pertence ao clone BRA100, já descrito mundialmente. Os isolados de M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum apresentaram perfis distintos de PFGE. O perfil de suscetibilidade aos antibióticos foi avaliado por microdiluição em caldo de acordo com CLSI (2011) e, todos os isolados foram sensíveis a amicacina e todos foram resistentes a doxiciclina e sulfametoxazol-trimetoprima. Para M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados foram resistentes à ciprofloxacino, moxifloxacino e tobramicina e um padrão de susceptibilidade variável foi observado para cefoxitina (Sensível - 28%, Intermediário - 72%) e claritromicina (Sensível - 86%, Resistentes - 14%). Cabe mencionar que este é o primeiro relato de resistência a claritromicina para o clone BRA100. Para M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum todos os isolados foram resistentes a claritromicina; já para a cefoxitina e tobramicina um padrão de susceptibilidade variável foi observado. Todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum foram sensíveis à ciprofloxacino, em contraste aos isolados de M. abscessus subsp. abscessus que apresentaram 70% de resistência. Todas MCR, resistentes (ou intermediárias) para ciprofloxacino apresentaram uma Ala-83 em GyrA, em contraste com uma Ser-83 em todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum sensíveis a ciprofloxacino, mas com perfil de resistência variável a moxifloxacino. Nenhuma diferença foi encontrada em GyrB independentemente do perfil de sensibilidade de MCR. Em conclusão, nosso estudo relata a persistência de um único clone M. abscessus subsp. bolletii BRA100 relacionado aos surtos, altamente resistente, mesmo após a implementação nacional das medidas de controle de infecção para contenção de surtos por MNTs. Também foi possível correlacionar que mutações no aminoácido Ala-83 de GyrA estão diretamente relacionados com a resistência à ciprofloxacino em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii. / Outbreaks associated with rapidly growing mycobacteria (RGM) have been increasingly reported worldwide, including in Brazil. Among RGM, the M. abscessus complex is consider the most pathogenic, besides being related to multidrug resistance. Considering the importance of investigating the RGM strains present in our state, this study aimed to characterize the molecular and susceptibility profile of RGM isolates referred to the Reference Center for Mycobacteria State (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Furthermore, the mechanisms of quinolone resistance conferred by gyrA and gyrB genes were evaluated. A total of 74 isolates was sent to IPB-LACEN/RS between 2007 and 2012. Forty-three of the analyzed isolates were related to outbreak and 31 isolates of RGM were unrelated to outbreaks. The technique of PRA- hsp65 identified 43 isolates as M. abscessus type 2, 21 isolates as M. fortuitum type 1 and 10 isolates as M. abscessus type 1. The partial sequencing of the rpoB gene confirmed the identification of M. abscessus type 2 as M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus type 1 as M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum type 1 and M. fortuitum subsp. fortuitum. PFGE typing technique showed the same clonal profile for all isolates of M. abscessus subsp. bolletii which belongs to clone BRA100, already described worldwide. Isolates of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum showed distinct PFGE profiles. The antibiotic susceptibility profile was evaluated by broth microdilution according to CLSI (2011), and all isolates were susceptible to amikacin and resistant to doxycycline and trimethoprimsulfamethoxazole. All isolates of M. abscessus subsp. bolletii were resistant to ciprofloxacin, moxifloxacin and tobramycin and presented variable susceptibility pattern to cefoxitin (Susceptible - 28%, Intermediate - 72%) and clarithromycin (Susceptible - 86%, Resistant - 14%). It is important to mention that this is the first report of clarithromycin resistance for clone BRA100. Strains of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum were all resistant to clarithromycin, and presented a variable susceptibility profile to cefoxitin and tobramycin. All isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum were susceptible to ciprofloxacin, in contrast to isolates of M. abscessus subsp. abscessus that showed a resistance rate of 70%. All RGM ciprofloxacin non-susceptible presented an Ala-83 in GyrA, contrasting to a Ser-83 in all isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum susceptible to ciprofloxacin, however, with a variable resistance profile to moxifloxacin. No difference was found in GyrB, regardless of the RGM susceptible profile. In conclusion, our study reports the persistence of a single clone of M. abscessus subsp. bolletii BRA100 related to outbreak, highly resistant, even after national implementation of infection control measures to contain outbreaks by NTM. It was also possible to correlate that mutations in the amino acid Ala-83 of GyrA are directly related to ciprofloxacin and moxifloxacin resistance in M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-08-11T12:26:26Z No. of bitstreams: 1 Artur Cezar de Carvalho Fernandes.pdf: 332869 bytes, checksum: fbb2c1878e6222c62de730cbb70d1d09 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-11T12:26:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Artur Cezar de Carvalho Fernandes.pdf: 332869 bytes, checksum: fbb2c1878e6222c62de730cbb70d1d09 (MD5) Previous issue date: 2012-02-16 / The Enzootic Bovine Leukosis (EBL) is a threat to the health of cattle herds in the state of Pernambuco and improvement in the use of epidemiological tools to identify and eliminate outbreaks of the disease demands attention. The aim of this study was to evaluate the leukocyte count as an aid in the identification of outbreaks of EBL and sanitation of livestock, from tests performed to establish the prevalence of this insidious retrovirus and Bovine Tuberculosis (BT) in cattle raised in several cities in the state. Were submitted for the EBL´s serodiagnosis 1000 bovine samples originating from 33 herds, 920 of them being previously submitted to the tuberculin test. Approximately 70% (694/1000) of the bovine leukocyte counts were analyzed, and disregarded animals with inconclusive results to two diagnostic tests and the positive to the tuberculin test. Thus, 530 samples were divided into two experimental groups, according to the results of AGID: GI = white blood cell count of 379 seronegative cattle, and IGI = white blood cell count of 151 seropositive cattle. The prevalence of EBL and BT were 28% (282/1000) and 11% (99/920), respectively. Overall, the mean values of leukocytes were: total = 12.0 ± 4.7 and lymphocytes = 8.1 ± 5.4 (x103/mm3). Considering the experimental groups, the mean values of leukocytes in GI (total = 11.5 ± 3.8 and = 7.6 ± 5.1 lymphocytes x103/mm3) were significantly lower (p <0.05) than those of GII (total = 13.3 ± 6.3 and = 9.1 ± 5.9 lymphocytes x103/mm3). 30% (159/530) of cattle examined had leukocytosis due to lymphocytosis - LL (total leukocytes and lymphocytes larger than x103/mm3 12.1 and 8.4, respectively), with the higher frequency of GI animals (99/379) with this lymphoproliferative disorder than GII (60/151), however the average values of GII leukocyte (total = 18.6 ± 6.5 and lymphocytes = 14.0 ± 6.7 x103/mm3) were significantly higher (p <0.05) to GI (total = 15.9 ± 3.1 and lymphocytes = 12.1 ± 8.0 x103/mm3). Analyzing the cattle with LL and that had leukocyte values above the reference standard deviation (total = 15.0 = 12.7 x103/mm3 and lymphocytes, respectively), there wasn´t significant difference between GI (total = 19 , 9 = ± 3.5 and 15.8 ± 3.9 lymphocytes x103/mm3) and GII (total = 23.2 ± 7.4 and 19.2 ± 7.4 lymphocytes = x103/mm3). Cattle GI (seronegative) with LL (total> 15.0 and lymphocytes> 12.7 x103/mm3) were considered suspect because leukocyte counts did not differ significantly with those of GII (seropositive) with LL. It is concluded that with the VLB demonstration of interference in leukocyte counts of cattle examined and the identification of suspect cattle not detected by AGID, the leukocyte count lends itself as an auxiliary to the identification of outbreaks of LEB and sanitation of livesto / A Leucose Enzoótica dos Bovinos (LEB) é uma ameaça à saúde dos rebanhos bovinos do estado de Pernambuco e o aperfeiçoamento no uso de ferramentas epidemiológicas para identificação e eliminação de focos desta doença demanda atenção. O objetivo com a realização deste estudo foi avaliar a leucometria como um recurso auxiliar para a identificação de focos da LEB e saneamento dos rebanhos, a partir de ensaios realizados para estabelecer a prevalência dessa insidiosa retrovirose e da Tuberculose Bovina (TB) em rebanhos criados em vários municípios do estado. Foram submetidas ao sorodiagnóstico para LEB amostras de 1.000 bovinos procedentes de 33 rebanhos, sendo 920 deles submetidos previamente ao teste da tuberculina (TCC). Em aproximadamente 70% (694/1000) dos bovinos foram realizadas análises leucométricas, sendo desconsiderados das mesmas os animais com resultados inconclusivos aos dois testes diagnósticos e os positivos ao teste da tuberculina. Desta forma, 530 amostras foram distribuídas em dois grupos experimentais, em função dos resultados à IDGA: GI = leucogramas de 379 bovinos soronegativos; e GII = leucogramas de 151 bovinos soropositivos. As prevalências da LEB e TB foram 28% (282/1000) e 11% (99/920), respectivamente. Globalmente, os valores médios dos leucócitos foram: totais = 12,0 ± 4,7 e linfócitos = 8,1 ± 5,4 (x103/mm3). Considerando os grupos experimentais, os valores médios dos leucócitos do GI (totais = 11,5 ± 3,8 e linfócitos = 7,6 ± 5,1 x103/mm3) foram significativamente menores (p<0,05) do que os do GII (totais = 13,3 ± 6,3 e linfócitos = 9,1 ± 5,9 x103/mm3). Dentre os bovinos examinados 30% (159/530) apresentaram leucocitose por linfocitose – LL (leucócitos totais e linfócitos maiores do que 12,1 e 8,4 x103/mm3, respectivamente), tendo o GI maior frequência de animais (99/379) com esta disfunção linfoproliferativa do que o GII (60/151), contudo os valores leucométricos médios do GII (totais = 18,6 ± 6,5 e linfócitos = 14,0 ± 6,7 x103/mm3) foram significativamente superiores (p<0,05) aos do GI (totais = 15,9 ± 3,1 e linfócitos = 12,1 ± 8,0 x103/mm3). Analisando os bovinos portadores de LL e que apresentaram os valores leucométricos acima do limite tolerável de referência (totais = 15,0 e linfócitos = 12,7 x103/mm3, respectivamente), não foi observada diferença significativa entre os grupos GI (totais = 19,9 ± 3,5 e linfócitos = 15,8 ± 3,9 x103/mm3) e GII (totais = 23,2 ± 7,4 e linfócitos = 19,2 ± 7,4 x103/mm3). Bovinos do GI (soronegativos) portadores de LL (totais > 15,0 e linfócitos > 12,7 x103/mm3) foram considerados suspeitos, pois não apresentaram diferença leucométrica significativa com os do GII (soropositivos) portadores de LL. Conclui-se que, com a demonstração da interferência do VLB no leucograma dos bovinos examinados e com a identificação de bovinos suspeitos não detectados pela IDGA, a leucometria se presta como recurso auxiliar para a identificação de focos da LEB e saneamento dos rebanhos.