Une étude paléoparasitologique a été menée sur des échantillons provenant de 30 sites archéologiques du Moyen-Orient afin de fournir de nouvelles données sur les parasites dans cette région. Une grande partie des échantillons étudiés se sont avérés négatifs. Cependant, le site archéologique de Chehrabad en Iran a fourni d’importants résultats. Des embryophores de Taeniidae, ainsi que des œufs d’Ascaris sp., de Trichuris sp., d’Enterobius vermicularis, et d’Oxyuris equi ont été identifiés, dans deux couches datées des périodes Achéménide et Sassanide. Ces résultats exclusifs pour la région du plateau iranien, prouvent le potentiel d’étude dans certains contextes sédimentaires de cette région du globe à dominante semi-aride. L’analyse de coprolithes humains et animaux issus du site égyptien de Hierakonpolis a également révélé une diversité parasitaire importante. Des œufs de plusieurs familles de trématodes, cestodes, nématodes, et acanthocéphales ont été mis en évidence dans 2 zones du site datées de 3700-3500 av. JC, et 3900-3600 av. JC. Ces résultats fournissent de nouvelles données sur l’Egypte ancienne, et prouvent l’importance de l’étude parasitologique des coprolithes en contextes d’hyper aridité comme les sites de la Vallée du Nil. Les résultats de cette étude complètent les données paléoparasitologiques pour le Moyen-Orient, et apportent des informations inédites sur la vie des populations anciennes, de leur alimentation, de leur maladie, ainsi que sur les échanges de pathogènes liés à leurs déplacements. Ces résultats contribuent également à mieux appréhender l’histoire des maladies parasitaires et du parasitisme dans cette région du globe. / A paleoparasitological study has been carried out on 30 archaeological sites located in the Middle East to provide new information on ancient parasites of the region. Many samples examined during our analyses were negative. However, the site of Chehrabad (Iran) provided significant positive results. Taeniids, Ascaris sp., Trichuris sp., Enterobius vermicularis, Oxyuris equi and strongyle were the identified taxa in this site dated to Achaemenid and Sassanid periods. These results showed for the first time, the potential of paleoparasitological studies on the Iranian Plateau to improve our knowledge on ancient parasitism of the oriental areas of the Middle East region. The analyses of coprolites from the site of Hierakonpolis (Egypt) also revealed a diversity of human/animal parasitic markers consisting of trematodes, cestodes, nematodes and acanthocephalan eggs. Oocysts of Eimeria sp. were also identified in this site. Findings in Hierakonpolis came from two localities at the site dated to 3700-3500 BC and 3900-3300 BC. These results provided new information on parasites in ancient Egypt and showed the importance of paleoparasitological analyses of coprolites which could be well preserved in the hyper-arid contexts. The results obtained in this work complete the previous paleoparasitological findings of the Near East. They shed a new light on several aspect of ancient human communities’ everyday life; diet and feeding practices, diseases and sanitary conditions and also on possible pathogens exchanges as a result of mobility and migration. These results contribute also to a better understanding of the history of parasitic diseases and parasitism in the Middle East region.

Les données paléoparasitologiques pour l’époque romaine sont nombreuses, mais souvent diluéesdans des rapports, des monographies ou des articles scientifiques. La première partie de ma thèsevise à rassembler ces informations, et présente une synthèse des données disponibles pour l'époqueromaine (27 av. - 476 ap. J.-C.). Dans cette perspective, une approche pathographique des maladiesparasitaires a été réalisée, et une liste des parasites connus dans l'Antiquité a pu être réalisée. Nousavons également complété ces données grâce à l’étude de onze nouveaux sites archéologiques.L’ensemble des résultats a été intégré dans une base de données, dont l'exploitation a permisd'étudier la répartition géographique des taxons, et de comparer leurs fréquences en fonction dedifférents paramètres tels les types de sites, d'activités, ou d'échantillon.Une seconde partie de mon travail s’est attaché à comparer et améliorer la technique employée pourl’extraction des oeufs de parasites anciens. Plusieurs tests ont été réalisés, qui montrent que lesméthodes sans sélection chimique permettent d’extraire un grand nombre de résidus tout enconservant le maximum de biodiversité. Enfin la quantification précise des oeufs lors des études dessites archéologiques du corpus a permis de tester des approches statistiques et de spatialisation dansle traitement des résultats. Ainsi, l'emploi d’outils tels la classification ascendante hiérarchique(CAH), les systèmes d'information géographique (SIG), ou la micromorphométrie sur les oeufs, ontpermis d'affiner les identifications, et les interprétations des structures au sein des sitesarchéologiques. Ces résultats montrent l’intérêt d’intégrer ces outils dans les étudespaléoparasitologiques à l’avenir. / Paleoparasitological data concerning the Roman period are numerous, but scaterred in reports,monographs or scientific articles. The aim of the first part of my thesis is to collect theseinformations, and provide a review of available data for the Roman period (27 BC - 476 AD). Forthis purpose, a pathographic approach for parasitic diseases has been performed and a listing ofparasites known in Antiquity has been made. We have also completed the data with the study ofeleven new archeological sites. All results have been include in a database. The exploitation of dataallowed to study the taxa geographical repartition, and to compare their frequencies according tovarious parameters such as the type of sites, activities or samples.A second part of my work is focused on comparing and improving the method used to extractancient eggs. Several tests have been performed which point out that methods without chemicalselection allowed to extract many residues, while maintaining the maximum of biodiversity. Tofinish, the precise quantification of eggs during the study of archeological sites from the corpus,allowed to test statistical and spatialization approaches in the treatment of results. So, using toolssuch as hierarchical cluster analysis (HCA), geographic information system (GIS), ormicromorphometry on eggs, allowed to refine identifications and interpretations of structures withinarcheological sites. These results point out the interest to include in the future these tools inpaleoparasitological studies.

La paléoparasitologie est l’étude des restes de parasites préservés dans des échantillons archéologiques et permet de mieux comprendre l’état de santé des populations anciennes et d’obtenir des informations d’ordre anthropologique ou ethnologique, sur les régimes alimentaires ou les conditions d’hygiène au quotidien. Les restes de parasites peuvent être retrouvés sous forme de macro-restes (vers ou larves), d’antigènes, d’ADN ou d’œufs. Cesderniers peuvent être particulièrement bien préservés au cours du temps car ils sont composés en partie de chitine, les rendant résistants aux processus de dégradation. L’observation microscopique de leurs caractéristiques morphologiques et micrométriques permet d’identifier les taxons au niveau du genre ou de la famille. Dans le cadre de cette thèse, plusieurs helminthes gastro-intestinaux, dont les œufs sont fréquemment retrouvés dans des échantillons archéologiques, ont été ciblés par une approche génétique. Il s’agit des vers plats Tæniasaginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E. multilocularis, Diphyllobothriumlatum, D. dendriticum et D. nihonkaiense, des nématodes Trichuris trichiura, Enterobiusvermicularis et Ascaris sp. et des douves Fasciola hepatica, F. gigantica, Dicrocoeliumdendriticum et D. chinensis.La méthode « aMPlex Torrent » permet de détecter, dans un grand nombre d’échantillons archéologiques, une faible quantité d’ADN de parasites. Cette approche combine la spécificité et la sensibilité de la PCR au haut-débit du séquençage de nouvelle génération. Plusieurs vestiges, provenant de périodes et de régions géographiques diverses, ont été analysés. Des résultats génétiques ont été obtenus pour des échantillons aussi anciens que 7200 BP. Nous avons par ailleurs obtenus les premières séquences anciennes de Taenia sp., Diphyllobothriumsp., Echinococcus sp., et les premières séquences européennes d’Enterobius vermicularis. Auvu de ces résultats, notre approche apparait comme étant complémentaire à la microscopie. / Palaeoparasitogy, the study of parasite remains from archaeological samples, is adiscipline that can highlight questions about the health status of the ancient populations. It can give important anthropological or ethnological information such as the diet and the hygiene conditions of past societies. The remains can be preserved as macroremains (worms or larvae),antigens, DNA or eggs. Because they are partially made of chitin, eggs of gastrointestinalhelminths resist well over time to the taphonomic degradation process. It is possible to distinguish between different families or genera of parasites by looking at the morphological features of eggs. However, since several taxa share common features, the determination is rarelypossible at the species level. For this thesis, several parasite species for which eggs arecommonly observed in archeological samples have been studied by a genetic approach. Westudied the tapeworms Tænia saginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E.multilocularis, Diphyllobothrium latum, D. dendriticum, and D. nihonkaiense; the nematodesTrichuris trichiura, Enterobius vermicularis, and Ascaris sp.; and the flukes Fasciola hepatica,F. gigantica, Dicrocoelium dendriticum, and D. chinensis.The “aMPlex Torrent” approach has been set up to detect minute amounts of DNA from parasites in multiple archaeological samples. This approach combines the specificity andsensitivity of PCR to the throughput of Next-Generation sequencing. Several samples have been analyzed by this approach. We obtained genetic results for samples as old as 7200 BP and from various geographical and archeological contexts. We obtained the first ancient DNA sequences for Taenia sp., Diphyllobothrium sp., Echinococcus sp. and the first European sequences forEnterobius vermicularis. Genetic analyses and microscopic observations appear to be complementary. Indeed, at least one taxon per sample was detected by one of the two approaches.