Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-09-19T17:10:05Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Rejected by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br), reason: Aguardar as orientações on 2017-10-10T16:49:19Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T17:46:39Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-22T18:41:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-22T18:41:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os roedores representam o grupo de mamíferos viventes mais diversificados e com ampla diversidade de adaptações ecológicas. Os roedores, devido às características populacionais que apresentam, desenvolveram-se como o grupo mais especioso de mamíferos em florestas neotropicais e um dos mais interessantes para estudos da variabilidade genética e de evolução entre os vertebrados. Os roedores do gênero Oecomys compreendem aproximadamente 16 espécies que habitam floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Destas, apenas seis têm ocorrência esperada para a Amazônia Oriental Brasileira. De acordo com a literatura, o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. Neste estudo, espécimes de Oecomys paricola Thomas, 1904 de Belém e da Ilha do Marajó foram estudadas usando analises citogenética, molecular e morfológica. Três cariótipos foram encontrados, dois de Belém (2n=68, NF=72 e 2n=70, NF=76) e um da Ilha do Marajó (2n=70, NF=74). Não foi encontrada diferença molecular e morfológica entre indivíduos dos diferentes citótipos de Belém e da Ilha do Marajó. Espécies da cidade de Belém representam duas espécies crípticas, pois dois cariótipos diferentes estão presentes na ausência de diferenças significativas nas características morfológicas e moleculares. Populações da Ilha do Marajó e Belém representam espécies distintas que foram separadas há algum tempo, e estão em processo de diferenciação morfológica e molecular, como consequência do isolamento reprodutivo a nível geográfico e cromossômico. / The rodents are one of the most diversified groups of living mammals and also have a large range of ecological adaptations. The rodents, because of yours population characteristics, developed as the most specious group of mammals in Neotropical forests and one of the most interesting for studies of genetic variation and evolution among vertebrates. The genus Oecomys (Sigmodontinae) comprises approximately 16 species that inhabit tropical and subtropical forests in Central and South America. Six of these species are expected to occur in eastern Brasilian Amazon. In literature, the genus Oecomys has a large karyotypic variation, where the diploid number ranges from 58 to 86. In this study specimens of Oecomys paricola Thomas, 1904 from Belém and Marajó Island, northern Brazil, were investigated using cytogenetic, molecular and morphological analyses. Three karyotypes were found, two from Belém (2n=68, FN=72 and 2n=70, FN=76) and a third from Marajó Island (2n=70, FN=72). No molecular or morphological differences were found between the individuals with differing cytotypes from Belém and Marajó Island. Specimens from the Belém City region may represent two cryptic species because two different karyotypes are present in the absence of significant differences in morphology and molecular characteristics. The Marajó Island and Belém populations represent distinct species that have been separated for some time, and are in the process of morphological and molecular differentiation as a consequence of reproductive isolation at the geographic and chromosomal levels.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-10-24T22:26:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T12:07:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T12:07:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) Previous issue date: 2010 / Os roedores arborícolas do gênero Oecomys possuem distribuição reconhecida para áreas de floresta tropical e subtropical da América Central e do Sul, e compreendem 17 espécies atualmente reconhecidas, além de duas descritas, mas não nomeadas, reconhecidas em estudos prévios. Destas, apenas seis têm ocorrência esperada para a Amazônia oriental brasileira. A delimitação das espécies com base apenas em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao gênero e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Na única revisão taxonômica para o gênero, realizada há 50 anos, foram reconhecidas apenas duas espécies politípicas. Desde então, vários trabalhos envolvendo análises morfológicas, moleculares e cariotípicas têm demonstrado que há uma maior diversidade de espécies em Oecomys, resultando em descrições de espécies novas e revalidações de espécies anteriormente sinonimizadas. Este trabalho buscou caracterizar a variação morfológica e a diversidade molecular das espécies com ocorrência na Amazônia oriental brasileira. Para isto, empregamos análises filogenéticas com base no gene mitocondrial citocromo-b a fim de definir clados que representassem espécies, para as quais descrevemos a morfologia externa e craniana. Como resultado, reconhecemos 11 espécies com ocorrência para o leste da Amazônia brasileira, das quais cinco são esperadas para a região (Oecomys auyantepui, O. bicolor, O. paricola, O. rex e O. rutilus), duas são registradas pela primeira vez para o bioma Amazônia (Oecomys catherinae e O. cleberi) e quatro espécies são novas ou não reconhecidas como válidas atualmente, aqui denominadas Oecomys sp. A, Oecomys sp. B, Oecomys sp. C e Oecomys sp. D. Além disso, corroboramos estudos moleculares prévios em que Oecomys bicolor é um complexo de espécies, com base na alta taxa de divergência nucleotídica apresentada (7,5 %). Observamos dimorfismo sexual e variação ontogenética na morfometria craniana da espécie Oecomys paricola, e para efeito de comparação extrapolamos estas variações para as demais espécies tratadas aqui. Sugerimos também uma hipótese filogenética entre as espécies do gênero a partir de 653 pb do gene citocromo-b, sendo esta a filogenia mais abrangente para Oecomys publicada até o momento, devido ao elevado número de espécies incluídas (11 das 16 espécies atualmente reconhecidas e sete prováveis novas espécies) e a amplitude geográfica das amostras aqui utilizadas. / The arboreal rice rats, genus Oecomys, are distributed in tropical and subtropical areas from Central and South America, with 17 currently recognized species and another two species already described in earlier studies but still unnamed. Six of these species are expected to occur in eastern Brazilian Amazon. Because defining the species limits inside Oecomys based only on morphological characters is a complicated task, many nominal taxa have already been associated to the genus, and different taxonomic arrangements have been proposed by specialists. Despite of this taxonomic instability, there is only one taxonomic review for the genus carried out 50 years ago, in which only two polytypical species were recognized. However, several recent studies based on morphological, molecular and karyotypical data have been showing that the species diversity inside Oecomys is largely underestimated, resulting in recent descriptions of new taxa or revalidation of previously synonymized species. This work aimed to assess the species diversity inside this genus in the eastern Brazilian Amazon by investigating the molecular and morphological variation in regional specimens. We employed phylogenetic analysis based on cytochrome-b in order to define clades that may represent species, and described the external and cranial morphology of these recognized species. As a result, we recognized 11 species in the eastern Amazonian forest in Brazil, of which five are already expected to occur in this area (Oecomys auyantepui, O. bicolor, O. paricola, O. rex, and O. rutilus), two are recorded for the first time in the biome Amazonia (Oecomys catherinae and O. cleberi), and the four are either new or not currently recognized species (i.e. synonyms), herein referred as Oecomys sp. A, Oecomys sp. B, Oecomys sp. C, and Oecomys sp. D. Moreover, we suggest that Oecomys bicolor is a species complex, based in the high nucleotide divergence we found (7.5 %), corroborating previous molecular studies. We observed sexual dimorphism and ontogenetic variation on cranial morphometry in the species Oecomys paricola, and for comparison purposes we treated all other species herein studied as exhibiting this kind of dimorphism. We also suggest a phylogenetic hypothesis among the species of this genus based on 653 bp of cytochrome-b. This is the most comprehensive phylogeny for Oecomys published to date, due to the great number of species included in the analysis (11 of the 16 currently recognized species plus seven probably new species), and the wide-ranging geographic area included in our sample.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.