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Theoretical investigation of protein functions related to electron and ion transports working in thermal fluctuation / イオンと電子が関わる生体分子機能におけるタンパク質熱ゆらぎの役割の理論的解明

Cheng, Cheng 25 March 2019 (has links)
京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(理学) / 甲第21593号 / 理博第4500号 / 新制||理||1646(附属図書館) / 京都大学大学院理学研究科化学専攻 / (主査)教授 林 重彦, 教授 谷村 吉隆, 教授 寺嶋 正秀 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Science / Kyoto University / DGAM
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Estudos de reparo de DNA por excisão de nucleotídeos em lesões oxidativas em células de mamíferos. / The involvement of nucleotide excision repair in DNA oxidative lesions in mammals cells.

Berra, Carolina Maria 12 December 2008 (has links)
Para melhor entender o envolvimento do NER em lesões oxidativas averiguou-se os efeitos da foto-excitação do azul de metileno (MB) in vitro e in vivo. Verificou-se que MB e luz induzem muitos sítios sensíveis a enzima FPG em DNA plasmidial. Mostrou-se que MB é incorporado por fibroblastos humanos proficientes ou deficientes em NER (XP-A e XP-C) e gerou oxigênio singlete (1O2) intracelularmente. A foto-excitação do MB formou também 8-oxoG em núcleos de fibroblastos. Células mutantes XP-A e XP-C foram mais sensíveis ao tratamento e apresentaram mais danos oxidativos em seu DNA genômico do que células selvagens. Contudo, todas as células mostraram a mesma cinética de reparo das lesões formadas. Além disso, houve mais marcação de g-H2AX nas células mutantes após a foto-excitação do MB. Assim, os resultados sugerem que a excitação do MB gera danos oxidativos e quebras na molécula de DNA, tanto in vitro quanto in vivo e que as proteínas XPA e XPC podem ter algum papel na proteção desse estresse, além da sua sabida participação em reparo de lesões induzidas por luz UV. / In order to study the participation of NER mechanisms in the removal of oxidative DNA lesions, we examined the effects of photoactivated methylene blue (MB) in vitro and in vivo. Plasmid DNA presents more FPG sensitive sites when MB was photoactivated than non-photoactivated. MB can be incorporated by NER-proficient or deficient cells and is able to generate singlet oxygen (1O2) inside cells. We detected also the presence of 8-oxoG in genomic DNA after treatment. XP-A and XP-C deficient cells are more sensitive to MB treatment and were found to have more oxidative DNA lesions than proficient cells. Also, there are more g-H2AX foci in mutant cells after treatment. However, there is a clear similarity in lesions repair kinetic between proficient and deficient cells. Therefore, these results suggest that photoactivated MB generates oxidative damage and DNA strand breaks both vitro and in vivo assays and that XPA and XPC proteins may also have a role in the protection of cellular oxidative stress, in addition to its participation in repair of UV-induced DNA damage.
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Estudos de reparo de DNA por excisão de nucleotídeos em lesões oxidativas em células de mamíferos. / The involvement of nucleotide excision repair in DNA oxidative lesions in mammals cells.

Carolina Maria Berra 12 December 2008 (has links)
Para melhor entender o envolvimento do NER em lesões oxidativas averiguou-se os efeitos da foto-excitação do azul de metileno (MB) in vitro e in vivo. Verificou-se que MB e luz induzem muitos sítios sensíveis a enzima FPG em DNA plasmidial. Mostrou-se que MB é incorporado por fibroblastos humanos proficientes ou deficientes em NER (XP-A e XP-C) e gerou oxigênio singlete (1O2) intracelularmente. A foto-excitação do MB formou também 8-oxoG em núcleos de fibroblastos. Células mutantes XP-A e XP-C foram mais sensíveis ao tratamento e apresentaram mais danos oxidativos em seu DNA genômico do que células selvagens. Contudo, todas as células mostraram a mesma cinética de reparo das lesões formadas. Além disso, houve mais marcação de g-H2AX nas células mutantes após a foto-excitação do MB. Assim, os resultados sugerem que a excitação do MB gera danos oxidativos e quebras na molécula de DNA, tanto in vitro quanto in vivo e que as proteínas XPA e XPC podem ter algum papel na proteção desse estresse, além da sua sabida participação em reparo de lesões induzidas por luz UV. / In order to study the participation of NER mechanisms in the removal of oxidative DNA lesions, we examined the effects of photoactivated methylene blue (MB) in vitro and in vivo. Plasmid DNA presents more FPG sensitive sites when MB was photoactivated than non-photoactivated. MB can be incorporated by NER-proficient or deficient cells and is able to generate singlet oxygen (1O2) inside cells. We detected also the presence of 8-oxoG in genomic DNA after treatment. XP-A and XP-C deficient cells are more sensitive to MB treatment and were found to have more oxidative DNA lesions than proficient cells. Also, there are more g-H2AX foci in mutant cells after treatment. However, there is a clear similarity in lesions repair kinetic between proficient and deficient cells. Therefore, these results suggest that photoactivated MB generates oxidative damage and DNA strand breaks both vitro and in vivo assays and that XPA and XPC proteins may also have a role in the protection of cellular oxidative stress, in addition to its participation in repair of UV-induced DNA damage.
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Synthèse chimique et assemblage sous champ électrique de nanocristaux semiconducteurs anisotropes

Rossitto, Emanuela 24 September 2009 (has links) (PDF)
Cette thèse a eu pour objectif la synthèse de nanocristaux de semi-conducteur de forme allongée et leur assemblage contrôlé entre des électrodes. L'alignement de ces nanorods à grande échelle permet d'obtenir des matériaux ayant des propriétés optiques et électriques intrinsèquement anisotropes. Nous avons synthétisé des nanorods de CdSe dans une large gamme de rapports de forme (de 1,6 à 10), et des hétérostructures cœur sphérique de CdSe et coquille allongée de CdS. Nous avons utilisé les techniques de spectroscopie UV-vis et PL pour caractériser les propriétés optiques des nanorods ; leur morphologie et leur structure ont été étudiées par MET et diffraction des rayons X. La mise en œuvre d'un dispositif pour réaliser l'assemblage en parallèle de plusieurs électrodes a permis d'implémenter une technique rapide et reproductible. Bien que l'application d'un champ électrique seul permet de guider les nanorods entre les électrodes, le contrôle de l'assemblage et leur alignement est réalisé grâce à l'application simultanée d'un champ électrique et d'une excitation ultraviolette pendant l'évaporation d'une goutte de solution colloïdale. Différents paramètres expérimentaux ont été explorés pour identifier leurs influences sur les assemblages. Ces derniers ont ensuite été caractérisés par des techniques de microscopie (électronique à balayage et optique), révélant un degré d'alignement considérable des nanorods de CdSe selon les lignes de champ électrique quand il y a l'action synergique d'un champ électrique et d'une source UV.
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Electronic structures, quasi-particle and gap dynamics in copper oxides superconductors using Time and Angle Resolved Photoemission Spectroscopy / Dynamique de la structure électronique, de quasi-particule dans les oxydes de cuivre supraconducteurs par spectroscopie de photoémission résolue en angle et en temps

Zhang, Zailan 29 May 2017 (has links)
Les supraconducteurs à base d'oxyde de cuivre ont fait l'objet d'études approfondis mais ils restent toujours au centre de nombreux débats. Après 30 années de recherche, certaines questions scientifiques ont été éclairées, alors que d'autres restent controversées. L'évolution du paramètre d'ordre supraconducteur avec la température et le dopage en est un cas exemplaire. Dans cette thèse nous décrivons notre étude systématique de supraconducteurs à haute temperature critique par Angle Resolved PhotoEmission Spectroscopy (ARPES: Spectroscopie de photoémission résolue en angle) et par ARPES resolué en temps. On a mesuré du Bi2Sr2CaCu2O8+δ avec dopage optimale (c.a.d. montrant la Tc la plus élevé), afin d'explorer la possibilité que une photo-excitation très intense du supraconducteur crée un état avec des paires de Cooper incohérentes et sans aucune densité superfluide. La méthode expérimentale employée nous a permis de mesurer la dynamique des électrons hors équilibre et du gap supraconducteur, en fournissant des informations complémentaires à l'ARPES conventionnelle et aux mesures optiques. Nos données de ARPES résolue en temps sur Bi2Sr2CaCu2O8+δ montrent que une photo-excitation génère un effondrement du gap supraconducteur qui dépend du moment. La relaxation des quasi-particules acquiert une composante rapide à la fluence F de seuil ou le gap s'effondre complètement. La comparaison entre le F_pair et le F_phase spar spectroscopie optique THz résolue en temps suggère que il y aurait un régime de fluence ou les paires de Cooper survivent, mais ne portant plus un courant superfluide.Un autre défi majeur dans la physique des cuprates supraconducteurs à haute température critique (HTSCs) est la compréhension de l'état normale à haute température. Nous presentons aussi un étude ARPES du pseudo-gap proche du point nodale de la surface de Fermi dans le système La2-xBaxCuO4 (LBCO), qui montre un possible lien avec les modulations de densité de charge (stripes). Nos données suggerent que le gap s'ouvre en dessous de la transition LTT-LTO associé à l'apparition des modulations de charge tandis que la fonction spectrale n'est pas affecté par le modulation de la densité de spin. On observe aussi que la structure de bande dans LBCO est rénormalisé avant le "kink" à environs 70 meV. Nous corrélons cette rénormalisation en énergie et moment à l'amollissement du mode d'étirement de la liaison Cu-O. / The superconductors of the copper-oxide family have been matter of extensive investigations and are still subject of fierce debates. After 30 years of research, some issues have been settled, whereas others remain controversial. The evolution of the superconducting order parameter with temperature and doping level is an exemplary case. In this thesis, we report a systematic Time resolved Angle Resolved PhotoEmission Spectroscopy (ARPES) study of the optimally doped Bi2Sr2CaCu2O8+δ to explore the possibility that an intense photoexcitation of the superconductor can generate a state with incoherent copper pairs and no superfluid density. The employed experimental methods allow us to measure the dynamics of non-equilibrium electrons and of the superconducting gap, providing complementary information to conventional ARPES and optical measurement. Our time resolved ARPES data of Bi2Sr2CaCu2O8+δ, report a momentum-dependent collapse of the superconducting gap upon photoexcitation. Interestingly, the QP relaxation develops a faster component at the threshold fluence F_pair where the gap has fully collapsed. The comparison between the F_pair and the F_phase extracted by tr-THz suggested the existence a fluence regime when the Cooper pairs have survived, but without holding superfluid current. A second major challenge in the physics of HTSCs is the poor understanding of the normal phase at high temperature. We also present the ARPES study of the near nodal pseudo-gap in La2-xBaxCuO4 (LBCO) to show a possible link with charge modulation (stripes). Our data show that the near nodal gap open below the LTT-LTO transition, which is linked to the formation of such modulations, instead of the one where spin modulations appear. The data show that the band structure of LBCO is affected by a renormalization setting in prior to the 70 meV kink. We were able to correlate this renormalization of the ARPES data to the region where the Cu-O bond-stretching mode soften, both in energy and momentum space.

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