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Individual and population responses to abiotic stresses in Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.)

Martinez-Ghersa, Maria Alejandra 15 March 2004 (has links)
Plant form is a compromise between resource gathering, reproduction and the tolerance to physical demands of the abiotic and biotic environment. In an agricultural field in addition to the natural factors causing stress, humans also introduce physical and mechanical stresses, and chemical pesticides into the environment. Many of these factors are hazardous, since they represent stresses to which plants are unable to develop defense mechanisms. However, weeds have persisted in the agricultural environment despite the efforts to eradicate them. They have adapted to environmental changes such as crop rotation and have developed tolerance to stressors like pesticides in very short periods of times (less than 10 years), much less time than normally expected for evolutionary responses to occur. Perhaps a key to why weeds persist in stress-dominated habitats is the way they compromise between yield and survival. The mechanisms that explain which process is relevant in the control of seed production or seedling growth relate to the ecophysiology of the individual plants. However, trade-offs between plants physiological functions will have implications at both population and community levels. Climate change, air pollution and water scarcity are examples of environmental stresses that particularly affect agriculture. Herbicides are a major technological tool for agriculture and are responsible, at least in part, for significant increases in crop production during the last quarter of the century. The research presented in this dissertation was developed to understand the extent that individual responses to multiple environmental stresses can be extrapolated to population-level responses in an annual weed species. The specific objectives were to assess (1) the impact of three anthropogenic stresses (herbicide, UVB light and ozone) and their interactions on individual Italian ryegrass ontogeny and reproduction and (2) the potential evolutionary effect of these stresses and combinations on changes in population size and structure over time. Plants were capable of growth and reproductive compensation under the studied stresses. Stress factors with similar biochemical mechanisms had different effects at the individual plant and population levels of organization. Compensation occurred at all levels of organization: as individuals modifying growth and allocation to different organs and as populations modifying birth, and death rates and density dependent responses. The ability to compensate sometimes decreased with the number of stress factors (e.g. herbicide and UVB). In other cases, compensation ability increased with the number of stress factors (e.g. ozone and herbicide). / Graduation date: 2004
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Long-term monitoring program for forest herbs at Mammoth Cave National Park

Jones, Bobette Elaine January 1997 (has links)
A monitoring program of forest herbs was initiated at Mammoth Cave National Park (MCNP). The objectives of this project were to produce a quantitative description of the current forest herb communities which can be used as a baseline for monitoring future change as well as a foundation for making informed management decisions. Herbaceous vegetation in previously established permanent forest monitoring plots was characterized during the summers of 1993-94. In the future, these baseline data can be used to detect changes in forest herb communities that might result from natural succession, management decisions and/or environmental changes. The landuse history for these plots was evaluated as a factor affecting the present diversity, richness and cover of the forest herbs at Mammoth Cave National Park. Prior to the establishment of MCNP, landuse consisted of a mosaic of agriculture, logging, and grazing. The park provides unique natural experiment to study the recovery of vegetation following a variety of human influenced disturbances.Thirty-two permanent plots were used to collect species presence and cover in early spring and mid-summer. Five forest herb communities were classified for spring and summer. All plots for the spring and summer community classification were the same except for two. Environmental variables, overstory vegetation, and previous landuse are identified as variables that have significant associations with herbaceous composition. Herbaceous cover, richness, and diversity were higher in areas that were forested before park establishment. The results of this study support the contention that human induced disturbances have more detrimental effect on forest herbs compared to overstory tree species. / Department of Biology
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Aboveground production and growth dynamics of vascular bog plants in central Sweden

Backéus, Ingvar. January 1985 (has links)
Thesis (doctoral)--Uppsala University, 1985. / Includes bibliographical references (p. [92]-98).
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INFLUÊNCIA DE LÂMINAS DE IRRIGAÇÃO E DENSIDADES DE PLANTAS SOBRE O CULTIVO DO MILHO SAFRINHA / INFLUENCE OF DIFFERENT IRRIGATION STRATEGIES AND PLANT DENSITY ON THE CULTIVATION OF CORN "SECOND HARVEST"

Ben, Luis Humberto Bahú 14 July 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The maize (Zea mays L.) stands out among the great cultures of global economic importance. In Brazil presents itself as the third most cultivated cereal, because its use ranging from animal feed to high-tech industries. However, productivity is still low or suffers fluctuations due to poor distribution of rainfall. As the drought caused by lack of water, the main production factor affecting the productivity of this crop in the main producing regions of the country. What, for RS West Frontier region is no different. Thus, the use of supplemental irrigation presents itself as a fundamental alternative to minimize the effect of water stress and increase productivity. Another limiting factor is the adequacy of plant density in scenarios with the use of supplemental irrigation. The purpose of the present study was to asses the effect of different irrigation strategies and plant densities on the yield components of maize crop cultivated in second season. This work took place at Instituto Federal Farroupilha - Alegrete Campus/RS, from January to June 2014. The treatments were arranged in a randomized disign in a factorial scheme 4x5 with 3 replications. The moment of irrigation was defined in turn fixed irrigation of five days and the amount of water applied, based on evapotranspiration of culture (Etc). The treatments were 0% (rainfall without irrigation), 50%, 75%, 100% and 125% of the Etc was set four densities of plants (40, 70, 100 and 130 thousand plants.ha-1). It was assessed: Plant height, ear insertion height, stem diameter, leaf area index, dry matter of the aerial part, ear length, ear diameter, number of corn ear per plant, number of grains per ear, aboveground dry matter, mass of 100 grains, harvest index and grain productivity and efficient use of water. There was a population of plants that maximized the yield of corn for each irrigation strategies adopted. The different irrigation strategies influenced mainly the stem diameter, leaf area index, dry matter of the shoot, the length of ear number of grains per ear, the mass of one hundred grains and grain productivity and efficient use of water. The use of supplementary irrigation is recommended to maximize the productivity of maize second crop to the border region west of the RS. The choice of the plant density is a crucial variable in the cultivation of maize crops, since the different populations significantly influenced the components of yeld. Furthermore, there is a plant density which maximizes the yield of corn grain for each blade irrigation adopted. The combination which obtained greater grain productivity was 130 thousand plants.ha-1 with the strategies 100% of irrigation Etc (15.25 t. ha-1). / A cultura do milho (Zea mays L.) destaca-se entre as grandes culturas de importância econômica mundial. No Brasil apresenta-se como o terceiro cereal mais cultivado, devido sua utilização que vai desde a alimentação animal até indústrias de alta tecnologia. Porém, a produtividade ainda é baixa ou sofre flutuações devido a má distribuição das chuvas. Sendo o déficit hídrico causado pela falta da água, o principal fator de produção que afeta a produtividade dessa cultura nas principais regiões produtoras do País. O que, para a região Fronteira Oeste do RS não é diferente. Assim, a utilização de irrigação suplementar apresenta-se como alternativa fundamental para minimizar o efeito do déficit hídrico e aumentar a produtividade. Outro fator limitante é a adequação da densidade de plantas em cenários com utilização de irrigação suplementar. Neste sentido, o objetivo do presente estudo foi avaliar o efeito de diferentes lâminas de irrigação e densidades de plantas sobre os componentes de crescimento, desenvolvimento e rendimento da cultura do milho safrinha, cultivado na região Fronteira Oeste do Estado do RS. O trabalho foi conduzido no Instituto Federal Farroupilha Campus de Alegrete/RS, no período de janeiro a maio de 2014. Utilizou-se o híbrido superprecoce Dekalb 250 VT Pro2. Os tratamentos foram dispostos em um Delineamento Inteiramente Casualizado em esquema fatorial 4x5 com três repetições. O momento das irrigações foi definido em turno de rega fixo de cinco dias e a quantidade de água aplicada, com base na evapotranspiração da cultura (Etc) medidas através de um tanque classe A e ajustadas conforme os coeficientes de tanque e de cultivo. Os tratamentos foram: 0% (precipitação pluviométrica), 50%, 75%, 100% e 125% da Etc. Foram definidas quatro densidades de plantas (40, 70, 100 e 130 mil plantas.ha-1). Avaliou-se: altura de plantas, altura de inserção de espiga, diâmetro de colmo, índice de área foliar, matéria seca da parte aérea, comprimento de espiga, diâmetro de espiga, número de espigas por planta, número de grãos por espiga, massa de cem grãos, índice de colheita, produtividade de grãos e eficiência no uso da água. As diferentes lâminas de irrigação influenciaram o diâmetro de colmo, o índice de área foliar, a matéria seca da parte aérea, o comprimento de espigas, o número de grãos por espigas, a massa de cem grãos, a produtividade de grãos e a eficiência no uso da água. A utilização de irrigação suplementar é recomendada para maximizar a produtividade do milho safrinha para a região fronteira oeste do RS. A escolha da densidade de plantas é uma variável decisiva no cultivo de milho safrinha, visto que, as diferentes densidades de planta influenciaram significativamente os componentes produtivos da cultura. Além disso, há uma densidade de plantas que maximiza o rendimento de grãos de milho para cada lâmina de irrigação adotada. A combinação que obteve maior produtividade de grãos foi na densidade de 130 mil plantas.ha-1 com a lâmina de irrigação de 100% da Etc com 15,25 t.ha-1.
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Ecologia de populações de Psychotria nuda (Rubiaceae) em Floresta Ombrófila Densa / Population ecology of Psychotria nuda, (Cham. & Schltdl.) Wawra (Rubiaceae) in dense-ombrophylous forest

Corrêa, Christiane Erondina 17 August 2018 (has links)
Orientador: Flavio Antonio Maës dos Santos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T22:02:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_ChristianeErondina_D.pdf: 5936327 bytes, checksum: 06835275c2d435b9e58c2c5894d02a54 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Os habitats variam entre si quanta às características abióticas como luminosidade e topografia. A variação altitudinal pode conter essas diferenças e influenciar variações em escala individual e populacional das espécies. 0 objetivo geral desse trabalho foi descrever as características da espécie em escala do indivíduo, o padrão espacial e a dinâmica populacional do arbusto Psychotria nuda (Rubiaceae). Adicionalmente, verifica se há variação dessas características populacionais entre altitudes e dentro de cada altitude, considerando variações da topografia e luminosidade. 0 estudo foi realizado em Floresta Ombrófila Densa, no Parque Estadual da Serra do Mar em diferentes altitudes (Floresta de Restinga, Terras Baixas, Sub-Montana e Montana). Foram identificadas duas formas de crescimento, ereta e prostrada. lndivíduos prostrados podem apresentar crescimento clonal, encontrado em mais de 70% dos casas. 0 comprimento, o diâmetro, a área de copa e o módulo de elasticidade dos indivíduos eretos foram maiores comparados aos prostrados. Mais de 80% dos indivíduos amostrados ocorreram nas parcelas Terras Baixas. 0 comprimento foi semelhante entre altitudes, mas o diâmetro e a área da copa foram maiores nos indivíduos da Sub-Montana. A variação dos indivíduos localizados na Sub-Montana foi menor comparado aos indivíduos nas Terras Baixas. 0 padrão espacial diferiu entre as altitudes. Na Sub-Montana e na Restinga a distribuição foi agregada à pequenas distâncias e na Terras Baixas foi aleatória. Para todas as altitudes não houve variação temporal do padrão espacial. Mesmo avaliando a distribuição dos indivíduos por tamanho ou forma de crescimento, as variações influenciadas pela altitude foram preponderantes. A distribuição da densidade dos indivíduos não esteve relacionada a variações da topografia e luminosidade. 0 crescimento individual variou pouco ao Iongo do tempo e entre altitudes. Não houve variação da taxa de crescimento decamétrico com as classes de diâmetro dos indivíduos. As taxas de crescimento decamétrico não estavam relacionadas as variáveis abióticas. A taxa de crescimento populacional foi positiva, próxima a 1, nas duas altitudes. As taxas de mortalidade e de recrutamento foram muito semelhantes entre altitudes e não variaram temporal ou espacialmente. Indivíduos menores são mais freqüentes nas populações estudadas e a probabilidade de reprodução esteve associada ao tamanho do indivíduo. A maior proporção indivíduos reprodutivos na população foi encontrada na Sub-Montana. A maioria dos indivíduos permaneceu na classe de diâmetro inicial. Houve casos de regressão em até duas classes de diâmetro que podem significar a diminuição de tamanho ou fragmentação de rametas. O ingresso por reprodução sexuada foi pequeno sendo a maior parte dos recrutas originados por propagação vegetativa (91,6%). As duas altitudes diferiram quanto as contribuições para as diferenças encontradas no ?a, indicando que diferentes transições são importantes em cada hábitat. Algumas características populacionais estudadas variaram mais fortemente com a altitude em comparação a outros. As diferenças destacam que as populações das duas altitudes mantiveram estabilidade, entretanto a partir de estratégias diferentes. Na altitude maior os indivíduos foram maiores e apenas indivíduos grandes foram reprodutivos. Na altitude menor os indivíduos iniciam a reprodução com tamanho menor e ocorre maior entrada de indivíduos por propagação vegetativa / Abstract: The habitats may differ among themselves by abiotic traits like light and slope. The altitudinal variation may include these differences and influence changes in species on both individual and populational scales. The goals of this work were to describe individual traits, spatial pattern and population dynamic of shrub Psychotria nuda. Besides verify if there were variations of these population traits between altitudes and in each altitude considering slope and canopy openness variations. We developed this work in Dense-Ombrophylous Forest of Serra do Mar State Park in distinct altitudes. Two growth forms were recognized, erect and prostrate. The prostrate growth form includes the plants derived from clonal growth which is present in more than 70% of recorded individuals. The length, diameter, crown area and elastic modulus of erect growth form were higher than the prostrate one. More than 80% of the individuals occurred in the Lowland Secondary-Dense-Ombrophylous Forest. The length was similar between altitudes, but the diameter and crown area were higher in SM. Plants variations were smaller in Submontane Secondary-Dense-Ombrophylous Forest plots than in Lowland Secondary-Dense-Ombrophylous Forest. In Submontane Secondary­ Dense-Ombrophylous Forest and Coastal Plain Forest the distribution were aggregate to small distances and in Lowland Secondary-Dense-Ombrophylous Forest was random. There was no variation for all altitudes over time. Even evaluated the individuals distribution by size or growth form, the variations was mainly influenced by altitude. Individuals' density distribution was not related with slope and canopy openness variations. The individual growth of Psychotria nuda varies little over time and between altitudes. The diameter growth rate did not vary with individual's diameter class and with abiotic traits. Growth rate was positive and equals to one in both altitudes. Mortality and recruitment were similar between altitudes and did not vary in time and space. The smaller diameter classes were the most frequent ones and the reproduction probability was related with plant size. The proportion of reproductive plants was higher in Submontane Secondary-Dense-Ombrophylous Forest. Most plants remained in the original diameter class. There were some cases with regression of up to two diameter classes that may mean size reduction or ramets fragmentation. There was a little input of recruits from sexual reproduction. Almost all recruits came from vegetative propagation (91,6%). The contributions to variability in ? were different between altitudes due to distinct important transitions in each altitude. Some population traits varied more strongly with altitude than others. The differences highlight that two altitudes populations maintained stability, but from different strategies. At higher altitude, plants were larger than those on lower altitude and just the bigger ones were reproductive. At lower altitude plants start reproduction earlier than in higher altitude and had more input of recruits from vegetative propagation. / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia
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Resistência à seca em cana-de-açúcar para diferentes níveis de disponibilidade hídrica no solo / Drought resistance of sugar cane crop for different levels of total availability water in the soil

Fernando da Silva Barbosa 13 January 2011 (has links)
A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma cultura de grande importância social, econômica e ambiental para o Brasil, ocupa 7,1 milhões de hectares, com produção de aproximadamente 570 milhões de toneladas. A disponibilidade hídrica é a principal causa da redução da produtividade, sendo o início do desenvolvimento o período mais sensível a déficit hídrico. São necessárias mais pesquisas para entender claramente os mecanismos de resposta da cultura ao déficit hídrico. Assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o desenvolvimento vegetativo e resistência à seca de duas variedades da cultura de cana-de-açúcar (RB867515 e SP81-3250) durante a fase inicial de desenvolvimento quando submetidas a diferentes níveis de estresse hídrico para quatro profundidades de solo. O experimento foi realizado na área de pesquisa do Departamento de Engenharia de Biossistemas na Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP) em ambiente protegido (casa de vegetação), o solo utilizado foi classificado como Latossolo Vermelho Amarelo, textura franco arenosa, denominado Série Sertãozinho. Utilizaram-se caixas dágua de 100 litros preenchidas com diferentes camadas de pedra brita nº 02, e solo, compondo camadas de 40, 30, 20 e 10 cm. Os níveis de déficit hídrico (N) foram aplicados interrompendo-se as irrigações por diferentes períodos, sendo que a evapotranspiração de referência acumulada (EToAc) foi de 0, 21, 38 e 58 mm até o tratamento ser novamente irrigado para N1, N2, N3 e N4 respectivamente. O sistema de irrigação utilizado foi por gotejamento e o manejo realizado com base em dados de umidade do solo obtidos a partir de leituras de tensiômetros. O delineamento foi em blocos ao acaso (DBC) em esquema fatorial 2 x 4 x 4 com os tratamentos dispostos em faixas, totalizando 32 tratamentos, sendo a parcela experimental representada por uma caixa contendo quatro touceiras de cana-de-açúcar. Observou-se que as plantas cultivadas em solo com profundidade de 10 cm apresentaram redução significativa na extensão máxima do colmo primário, massa de folhas do colmo primário, massa de folhas e bainha+colmo dos perfilhos, mesmo não tendo restrição hídrica. Para solos rasos, a variedade SP81-3250 foi mais sensível ao déficit hídrico, com grande redução na massa seca de folhas e bainha+colmo dos perfilhos. O desenvolvimento das plantas em solos de 30 e 40 cm de profundidade não apresentou diferença de sensibilidade ao déficit hídrico entre as variedades. Uma vez que o nível de água disponível do solo seja esgotado, a tolerância à seca das variedades estudadas é relativamente baixa. Balanços hídricos com valores menores que -13 mm causam queda significativa na população final de plantas, independentemente da variedade, sendo que, a partir de um valor acumulado de -35 mm, nenhuma planta sobreviveu. / Sugar cane (Saccharum spp.) is an important crop from social, economic and environmental points of view for Brazil. It occupies 7,1 million hectares, producing approximately 570 million tons per year. Total available water in the soil (TWA) is the main cause of low productivity of certain areas, and the early development period it is one of most sensitive to water deficit. More research is needed to clearly understand mechanisms of crop response to drought, so this study aimed to evaluate plant growth and drought resistance of two varieties of the crop of sugar cane (RB867515 and SP81- 3250) during the initial phase of development, under different water stress levels for different soil depths. The experiment was conducted at the Biosystems Engineering Department at the School of Agriculture \"Luiz de Queiroz (ESALQ/USP) under greenhouse conditions; the soil used was classified as Typic Yellow, sandy loam, called Series Sertãozinho. Fiber cement containers were used, filled with 100 liters of different gravel layers and soil, forming layers 40, 30, 20 and 10 cm of soil. The levels of water deficit (N) were applied interrupting the irrigation for different periods of cumulative reference evapotranspiration (EToAc): 0, 21, 38 and 58 mm, before reirrigated treatment for N1, N2, N3 and N4 respectively. Irrigation management was carried out based on a drip irrigation system and tensiometer readings. The design was a randomized block design (RBD) in factorial 2 x 4 x 4 with treatments arranged in bands, totalizing 32 treatments (containers), presenting four clumps of sugar cane per recipient. It was observed that plants growing in 10 cm soil depths showed a significant reduction to the fullest extent of the primary stem, leaf mass of primary stem, leaf mass and stem sheath of tillers, although not differing under water restriction. For shallow soils the variety SP81-3250 was more sensitive to drought, with a large reduction in dry weight of leaves and stalks + sheath of the tillers. The development of plants in soils 30 and 40 cm soil depths showed no difference in sensitivity to water deficit among varieties. The percentage of plants alive correlated very well with the value of climatic water balance, and the treatments with climatic water balance more negative than -13 mm had a significant reduction in final plant population, without difference among varieties; after - 35 mm of water deficit, 100% of the plants died.
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A modelling approach to elephant and tree population dynamics for a small game farm

Stretch, Anne-Marie January 2005 (has links)
Thesis (M.Tech.: Information Technology)-Durban Institute of Technology, 2005 iii, iii, 85 leaves / Throughout Africa, growing human populations and resulting loss of wildlife habitat is a critical issue for most animal species. It is more and more common for privately owned small or medium sized farms to reintroduce wildlife on their land and such protected areas are fast becoming the only refuges available to wild animals. However a comprehensive understanding of the complex ecological processes taking place is vital for the effective management of restricted areas and the conservation of biodiversity. Due to the enormous complexity of an ecological system and the long periods of the related dynamics, it is very difficult to analyse the interaction between animals and plant populations without suitable computer models. In this thesis, the dynamics between elephant and trees (a major food source) are considered using computer simulations.
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Modelo hierárquico bayesiano na determinação de associação entre marcadores e QTL em uma população F2 / Bayesian hierarchical model in the determination of association between markers and QTL in a F2 population

Pereira, Renato Nunes 13 April 2012 (has links)
O objetivo do mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci ) e identificar sua posição no genoma, isto e, identificar em qual cromossomo esta e qual sua localização nesse cromossomo, bem como estimar seus efeitos genéticos. Uma vez que as localizações dos QTL não são conhecidas a priori, marcadores são usados frequentemente para auxiliar no seu mapeamento. Alguns marcadores podem estar altamente ligados a um ou mais QTL e, dessa forma eles podem mostrar uma alta associação com a característica fenotípica. O efeito genético do QTL e os valores fenotípicos de uma característica quantitativa são normalmente descritos por um modelo linear. Uma vez que as localizações dos QTL não são conhecidas a priori, marcadores são utilizados para representá-los. Em geral, e utilizado um numero grande de marcadores. Esses marcadores são utilizados no modelo linear para proceder ao processo de associação; dessa forma o modelo especificado contem um numero elevado de parâmetros a serem estimados. No entanto, e esperado que muitos destes parâmetros sejam não significativos, necessitando de um tratamento especial. Na estimação bayesiana esse problema e tratado por meio da estrutura de distribuições a priori utilizada. Um parâmetro que e esperado assumir o valor zero (não significativo) e naturalmente especificado por meio de uma distribuição que coloque um peso maior no zero, encolhimento bayesiano. Neste trabalho e proposta a utilização de dois modelos que utilizam distribuições a priori de encolhimento. Um dos modelos esta relacionado com o uso da distribuição a priori Laplace (Lasso bayesiano) e o outro com a Horseshoe (Estimador Horseshoe). Para avaliar o desempenho dos modelos na determinação da associação entre marcadores e QTL, realizou-se um estudo de simulação. Foi analisada a associação entre marcadores e QTL utilizando três características fenotípicas: produção de grãos, altura da espiga e altura da planta. Comparou-se os resultados obtidos neste trabalho com analises feitas na literatura na detecção dos marcadores associados a essas características. A implementação computacional dos algoritmos foi feita utilizando a linguagem C e executada no pacote estatístico R. O programa implementado na linguagem C e apresentado e disponibilizado. Devido a interação entre as linguagens de programação C e R, foi possível executar o programa no ambiente R. / The objective of the mapping of quantitative trait loci (QTL) is to identify its position in the genome, ie, identify which chromosome is and what is its location in the chromosome, as well as to estimate their genetic eects. Since the location of QTL are not known a priori, markers are often used to assist in it mapping. Some markers may be closely linked to one or more QTL, and thus they may show a strong association with the phenotypic trait. The genetic eect of QTL and the phenotypic values of a quantitative trait are usually described by a linear model. Since the QTL locations are not known a priori, markers are used to represent them. Generally is used a large number of markers. These markers are used in the linear model to make the process of association and thus the model specied contains a large number of parameters to be estimated. However, it is expected that many of these parameters are not signicant, requiring a special treatment. In Bayesian estimation this problem is treated through structure priori distribution used. A parameter that is expected to assume the value zero (not signicant) is naturally specied by means of a distribution that put more weight at zero, bayesian shrinkage. This paper proposes the use of two models using priori distributions to shrinkage. One of the models is related to the use of priori distribution Laplace (bayesian Lasso) and the other with Horseshoe (Horseshoe Estimator). To evaluate the performance of the models to determine the association between markers and QTL, we performed a simulation study. We analyzed the association between markers and QTL using three phenotypic traits: grain yield, ear height and plant height. We compared the results obtained in this study with analyzes in the literature on the detection of markers associated with these characteristics. The computational implementation of the algorithms was done using the C language and executed the statistical package R. The program is implemented in C languages presented and made available. Due to the interaction between the programming languages C and R, it was possible execute the program in the environment R.
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Estrutura genética de populações de Euterpe edulis Mart. submetidas à ação antrópica utilizando marcadores alozímicos e microssatélites. / Genetic structure of Euterpe edulis Mart. populations submitted to human exploitation using allozymic and microsatellite markers.

Conte, Rudimar 22 April 2004 (has links)
O palmiteiro (Euterpe edulis Mart.) é uma espécie nativa da Mata Atlântica cujas populações naturais encontram-se degradadas pelo extrativismo. Considerando a escassez de informações relativas às conseqüências genéticas da exploração de palmito, o objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do processo de exploração sobre os níveis de diversidade, estrutura genética e tamanho efetivo de populações da espécie. Também foram estudados aspectos genéticos do recrutamento de plantas e o sistema reprodutivo da espécie. O estudo foi realizado em duas localidades do Estado de Santa Catarina, nos municípios de São Pedro de Alcântara e Ibirama. Em cada localidade foram escolhidas duas áreas de ocorrência natural de E. edulis, uma sem influência antrópica e outra que sofreu exploração de palmito, totalizando quatro populações. Os sistemas de exploração foram: (i) extrativismo - onde todos os indivíduos acima de 2 m de altura são cortados, incluindo plantas reprodutivas; and (ii) manejo - onde somente indivíduos acima de 9 cm de DAP são cortados, com a manutenção de 50 plantas reprodutivas por hectare. Em cada população foram examinadas plântulas, jovens e adultos, usando oito locos microssatélites e dez locos alozímicos. Os resultados revelaram que a espécie se reproduz por alogamia ( m tˆ = 0,996 para microssatélites e m tˆ = 1,000 para isoenzimas), porém a ocorrência de cruzamentos entre indivíduos aparentados (até 5%) e cruzamentos biparentais (10%) indica a ocorrência de cruzamentos não aleatórios. Em locos alozímicos, observaram-se as seguintes amplitudes de variação das estimativas de diversidade entre as categorias: Aˆ : 3,05 a 3,15; e Hˆ : 0,416 a 0,431; o Hˆ : 0,378 a 0,403. Em locos microssatélites, a variação observada foi a seguinte: Aˆ : 14,12 a 14,72; e Hˆ : 0,781 a 0,785; o Hˆ : 0,678 a 0,709. Nas populações não exploradas, houve um aumento na freqüência de heterozigotos na direção do estádio adulto, o que sugere a ação da seleção favorecendo o aumento de heterozigotos. Valores altos e significativos do índice de fixação ( fˆ ) foram observados, especialmente nos marcadores microssatélites, indicando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. De modo geral, ambos os marcadores revelaram um aumento dos valores de fˆ nas populações exploradas, especialmente entre as plântulas. As estimativas ST Gˆ e ST Rˆ não revelaram alterações na estrutura genética das populações exploradas e demostraram uma divergência genética inferior a 5% na maioria das comparações aos pares, em ambos os marcadores. O tamanho efetivo ( e Nˆ ) dos indivíduos adultos por hectare foi superior a 110 nas populações não pertubadas, enquanto nas populações exploradas, o tamanho efetivo por hectare foi reduzido para 45, sob manejo, e 14, sob extrativismo. Porém, o tamanho efetivo total das populações exploradas ainda é elevado, o que explica a manutenção dos altos níveis de diversidade nessas populações. Finalmente, a informação genética conjunta desses marcadores demonstrou que os efeitos da exploração foram pouco pronunciados até o momento em relação aos níveis de diversidade e estrutura genética das populações de E. edulis. Entretanto, a redução da população de cruzamentos resultou em alterações no comportamento reprodutivo dos indivíduos, promovendo um aumento nos níveis de endogamia nas coortes mais jovens das populações exploradas. Contudo, os resultados obtidos neste estudo indicaram questões adicionais a serem estudadas. Em função do elevado nível de variabilidade dos locos microssatélites observado em E. edulis, recomenda-se aumentar o tamanho das amostras visando otimizar a informação genética proporcionada por esses marcadores. Além disso, novos estudos são necessários sobre os efeitos do manejo tecnificado, uma vez que os resultados obtidos podem ter sido influenciados por outros eventos de exploração ocorridos no passado e pelas populações existentes nas proximidades devido ao elevado fluxo gênico da espécie. / Heart-of-palm tree (Euterpe edulis Mart.; Arecaceae) is a native species of the Atlantic forest whose natural populations are degraded by extractivism. Regarding the relative scarcity of information on the genetic consequences of palm heart exploitation, the aim of this study was to investigate the effects of two exploitation systems - extractivism and management - on the levels of variability, genetic structure and effective size of Euterpe edulis Mart. populations. We also investigated genetic aspects of the plant recruitment and the reproductive system of the species. Four natural populations of E. edulis with different histories of disturbance were surveyed in the districts of São Pedro de Alcântara and Ibirama, Santa Catarina, Brazil. At both sites, we sampled an undisturbed and an exploited population. The exploitation systems were: (i) extractivism - where most individuals higher than 2 m are harvested, including reproductive plants; and (ii) management - where only individuals with more than 9 cm of DBH are harvested, with the maintainance of 50 reproductive plants per ha. Three categories of plants, from seedlings to adults, were examined using eight microsatellite loci and ten allozyme loci. Results demonstrated the preferentially allogamic behaviour of the species ( m tˆ = 0.996 for microsatellites and m tˆ = 1.000 for allozymes), but the occurrence of matings among related individuals (5%) and biparental matings (10%) indicated the existence of non-random matings in this species. For allozymic loci, the following diversity estimates were obtained among the categories: Aˆ : 3.05 to 3.15; e Hˆ : 0.416 to 0.431; o Hˆ : 0.378 to 0.403. For microsatellites, the estimates were as follows: Aˆ : 14.12 to 14.72; e Hˆ : 0.781 to 0.785; o Hˆ : 0.678 to 0.709. In undisturbed populations, there was an increase in heterozygote frequency towards the adult stages, suggesting the action of natural selection favouring such heterozygote increase. Highly significant values of fixation index ( fˆ ) were observed, mainly at microsatellite loci, indicating departures from Hardy-Weinberg expectation. Both markers displayed an increase of fˆ values in the exploited populations, especially for seedlings. The estimates of interpopulation genetic variation ( ST Gˆ ; ST Rˆ ) revealed that more than 95% of the molecular genetic variability of the species is distributed within populations, and there was no evidence of changes in genetic structure of the exploited populations. Effective size ( e Nˆ ) per hectare of the adult individuals was higher than 110 in the two undisturbed populations, while in the exploited populations the effective size per hectare was reduced to 45 under management, and 14 under extractivism. However, the total effective size of the exploited populations was still high, which explains the maintenance of high diversity levels in these populations. Finally, the genetic information from both markers displayed small pronounced effects of the exploitation process on variability and population genetic structure of E. edulis, with the exception of an increase in the inbreeding levels among seedlings and juveniles of the exploited populations. However, our results raised further questions for study. Because of the hypervariability of microssatellite loci used in this work, we would recommend an increase in the sample size (>100) in order to optimize the genetic information provided by these markers. Moreover, new investigations are necessary on the effects of management, since the results from this study could have been influenced by other exploitation events that have occurred in the past and by the existence, due to the high gene flow of the species, of surrounding undisturbed populations.
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Avaliação de progênies F2:4 de uma população de soja e perspectivas de melhoramento / Evaluation of F2:4 progenies of a soybean population and breeding perspectives

Farias, Guilherme José 21 January 2009 (has links)
Os objetivos do presente trabalho compreenderam a obtenção de estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos, como variâncias, correlações, herdabilidades e respostas à seleção, em uma população derivada do cruzamento entre as linhagens 14 e 56 de soja, contrastantes para produção de grãos. Os tratamentos consistiram de uma amostra de 89 progênies F2:4 e 11 testemunhas comerciais, que foram avaliadas em experimentos em látice triplo 10 x 10 no ano agrícola 2007/08 na Estação Experimental Anhembi do Departamento de Genética da ESALQ/USP, localizada em Piracicaba, SP. A parcela experimental foi constituída de uma linha de 2 m de comprimento, espaçada de 0,5 m, contendo 35 plantas no estande ideal, após o desbaste. Foram avaliados os seguintes caracteres: dias até a maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM), acamamento (AC) e produção de grãos (PG). As estimativas dos coeficientes de herdabilidade entre médias de progênies foram: elevada para AM (77,4%), mediana para DM (32,3%) e baixas para AC e PG (18,1% e 19,0%, respectivamente). Entretanto, os coeficientes de variação genética foram muito baixos para DM e AC (0,37% e 1,61%, respectivamente), e mais altos para AM e PG (6,80% e 6,83%, respectivamente), indicando a ocorrência de pouca variabilidade genética para DM e AC e, conseqüentemente, poucas perspectivas de resposta à seleção. O coeficiente de correlação genética entre AM e PG foi alto (rg = 0,67), indicando que a seleção para PG deve resultar em plantas mais altas. A estimativa da resposta com seleção das 20% progênies mais produtivas foi de 4,5%, e a resposta correlacionada em AM foi de 3,8%. Devido à baixa variabilidade genética, as respostas correlacionadas esperadas em DM e AC foram muito pequenas. Os resultados indicam que a população pode ser melhorada somente para os caracteres PG e AM. / This paper was carried out in order to estimate genetic and phenotypic parameters, such as variances, heritabilities, correlations and expected response to selection in a population derived from the cross between inbred lines 14 and 56 of soybeans, divergent for grain yield. Entries consisted of a sample of 89 F2:4 progenies and 11 commercial checks, evaluated in a triple 10 x 10 lattice design in the 2007/08 growing season at Anhembi Experimental Station of the Genetics Department (ESALQ/USP), near Piracicaba, SP. Plots were single 2-meter-long rows spaced 0.5 m apart, with 35 plants after thinning. The following traits were evaluated: days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), lodging (AC) and grain yield (PG). Heritability estimates on a progeny mean basis were high for AM (77.4%), medium for DM (32.3%) and low for AC and PG (18.1% and 19.0%, respectively). However, genetic coefficients of variation were very low for DM and AC (0.37% and 1.61%, respectively) and higher for AM and PG (6.80% and 6.83%, respectively), which indicates low genetic variability for DM and AC and, consequently, small perspectives of response to selection. Genetic correlation coefficient between AM and PG was high (rg = 0.67), indicating that selection for higher PG will result in taller plants. Expected response based on selection of the 20% high yielding progenies was 4.5%, and the correlated response in AM was 3.8%. The correlated response in DM and AC were very low, due to the low genetic variability. General results have shown that the population can be improved only for the traits PG and AM.

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