Cette thèse s’intéresse à l’adaptation d’un classifieur statistique d’opinion au niveau du texte d’un domaine à un autre. Cependant, nous exprimons notre opinion différemment selon ce dont nous parlons. Un même mot peut ne pas désigner pas la même chose ou bien ne pas avoir la même connotation selon le thème de la discussion. Si ces mots ne sont pas détectés, ils induiront des erreurs de classification.Nous appelons donc marqueurs multi-polaires des mots ou bigrammes dont la présence indique une certaine polarité du texte entier, différente selon le domaine du texte. Cette thèse est consacrées à leur étude. Ces marqueurs sont détectés à l’aide d’un test du khi2 lorsque l’on dispose d’annotations au niveau du texte dans les deux domaines d’intérêt. Nous avons également proposé une méthode de détection semi-supervisé. Nous utilisons une collections de mots pivots auto-épurés afin d’assurer une polarité stable d’un domaine à un autre.Nous avons également vérifié la pertinence linguistique des mots sélectionnés en organisant une campagne d’annotation manuelle. Les mots ainsi validés comme multi-polaires peuvent être des éléments de contexte, des mots exprimant ou expliquant une opinion ou bien désignant l’objet sur lequel l’opinion est portée. Notre étude en contexte a également mis en lumière trois causes principale de changement de polarité : le changement de sens, le changement d’objet et le changement d’utilisation.Pour finir, nous avons étudié l’influence de la détection des marqueurs multi-polaires sur la classification de l’opinion au niveau du texte par des classifieurs automatiques dans trois cas distincts : adaptation d’un domaine source à un domaine cible, corpus multi-domaine, corpus en domaine ouvert. Les résultats de ces expériences montrent que plus le transfert initial est difficile, plus la prise en compte des marqueurs multi-polaires peut améliorer la classification, allant jusqu’à plus cinq points d’exactitude. / In this thesis, we are studying the adaptation of a text level opinion classifier across domains. Howerver, people express their opinion in a different way depending on the subject of the conversation. The same word in two different domains can refer to different objects or have an other connotation. If these words are not detected, they will lead to classification errors.We call these words or bigrams « multi-polarity marquers ». Their presence in a text signals a polarity wich is different according to the domain of the text. Their study is the subject of this thesis. These marquers are detected using a khi2 test if labels exist in both targeted domains. We also propose a semi-supervised detection method for the case with labels in only one domain. We use a collection of auto-epurated pivot words in order to assure a stable polarity accross domains.We have also checked the linguistic interest of the selected words with a manual evaluation campaign. The validated words can be : a word of context, a word giving an opinion, a word explaining an opinion or a word wich refer to the evaluated object. Our study also show that the causes of the changing polarity are of three kinds : changing meaning, changing object or changing use.Finally, we have studyed the influence of multi-polarity marquers on opinion classification at text level in three different cases : adaptation of a source domain to a target domain, multi-domain corpora and open domain corpora. The results of our experiments show that the potential improvement is bigger when the initial transfer was difficult. In the favorable cases, we improve accurracy up to five points.

Epithelial tissues are composed of a sheet of adherent cells and are present in all metazoans. Their broad function is to compartmentalize tissues and enable the regulated exchange of nutrients and waste between the internal and external environments. To accomplish this function, cells require a specific organization: an apico-basal polarity that provides directionality and intercellular adhesion mediated by adherens junctions that hold cells together. How the epithelia architecture is initiated and maintained remains to be fully elucidated. Adherens junctions and the polarity proteins are functionally linked, as a loss of the main component of AJs: E-cadherin leads to a loss of apico-basal polarity, while disturbing apico-basal polarity results in a re-localization of E-Cadherin. Therefore is challenging to study either pathway in isolation.During my thesis I explored the role of Crumbs, a polarity protein, in the regulation of E-Cadherin in both AJ maturation and maintenance. During maturation of AJs in Drosophila embryo, I demonstrated for the first time by using quantitative high-resolution microscopy PALM that Crumbs regulates E-Cadherin clusters size and their homogenous distribution along the junction. In conclusion, my thesis work provides the first dissection of polarity proteins in E-Cadherin regulation apart from polarity pathways. / Epithelial tissues are composed of a sheet of adherent cells and are present in all metazoans. Their broad function is to compartmentalize tissues and enable the regulated exchange of nutrients and waste between the internal and external environments. To accomplish this function, cells require a specific organization: an apico-basal polarity that provides directionality and intercellular adhesion mediated by adherens junctions that hold cells together. How the epithelia architecture is initiated and maintained remains to be fully elucidated. Adherens junctions and the polarity proteins are functionally linked, as a loss of the main component of AJs: E-cadherin leads to a loss of apico-basal polarity, while disturbing apico-basal polarity results in a re-localization of E-Cadherin. Therefore is challenging to study either pathway in isolation.During my thesis I explored the role of Crumbs, a polarity protein, in the regulation of E-Cadherin in both AJ maturation and maintenance. During maturation of AJs in Drosophila embryo, I demonstrated for the first time by using quantitative high-resolution microscopy PALM that Crumbs regulates E-Cadherin clusters size and their homogenous distribution along the junction. In conclusion, my thesis work provides the first dissection of polarity proteins in E-Cadherin regulation apart from polarity pathways.

Audiologists are challenged with various neurological diseases, such as Multiple Sclerosis. This disease causes demyelination of the white matter in the central nervous system resulting in desynchronisation of neural impulses. Despite controversy in the literature many studies illustrated some degree of auditory involvement associated with this disease. The auditory brainstem response has dominated the field during the assessment of the auditory system of patients with Multiple Sclerosis. Although this objective test procedure is useful during the assessment of the auditory nerve on a brainstem level, it reveals its own set of limitations when used in isolation as a single test procedure. A multiple test battery approach has shown promise in addressing the limitations of any single test procedure. This approach aims to assess the auditory nervous system of patients with Multiple Sclerosis on different levels (sensory and neural). The aim of the current study was to determine the effectiveness of a clinically appropriate battery of test procedures during the assessment of the auditory nervous system of 25 adult subjects with Multiple Sclerosis. The subjects were divided into two groups: Group 1 consisted of fifteen (15) subjects without a history of noise exposure, whereas the ten (10) subjects in Group 2 had previously been exposed to noise. A combined experimental-descriptive research design was selected in order to describe both the qualitative and quantitative results obtained during the study. The following test procedures were included in the test battery: • A self-assessment questionnaire allowing subjects to report on hearing abilities, related auditory-vestibular symptoms and communicative competence during every day life; • Puretone audiometry, distortion product otoacoustic emissions as well as the cochlear microphonic; and • Auditory brainstem response recording using both the rarefaction and condensation click polarities consecutively. The results indicated that a high percentage of subjects experienced vestibular symptoms such as dizziness and vertigo by the time the study was conducted. The presence of tinnitus and hearing difficulties were uncommon among subjects. Despite this, more than half of the subjects experienced difficulty with communication in the presence of background noise. Puretone audiometry demonstrated that some of the subjects presented with mild high-frequency hearing losses. However other configurations with impaired hearing thresholds were also observed. Most of the subjects’ auditory brainstem response recordings displayed abnormalities using either the rarefaction or condensation click polarity. The use of the condensation click polarity displayed more ABR abnormalities compared to the rarefaction click polarity. Several subjects displayed additional cochlear involvement while a smaller percentage of subjects presented only with neural involvement. / Dissertation (M (Communication Pathhology))--University of Pretoria, 2006. / Speech-Language Pathology and Audiology / unrestricted

Expressions such as not yet, already, still and no longer belong to a category called Phasal Polarity (Phasal Polarity), and express phase, polarity and speaker expectations. In European languages, these often appear as phasal adverbs. However, in the Skellefteå dialect, spoken in northern Sweden, another type of construction is also used to express not yet. The construction consists of the auxiliary hɶ ‘have’ together with the supine form of the lexical verb prefixed by the negative prefix o-, for example I hɶ oskrive breve ‘I haven’t written the letter yet’. I will refer to this construction as the o-construction. Constructions meaning not yet have lately been referred to as nondum (from Latin nondum 'not yet') (Veselinova & Devos, forthcoming) and appear to be widely used in grammaticalized forms in, for example, Austronesian- and Bantu languages. The o-construction in the Skellefteå dialect is only mentioned but has no detailed documentation in existing descriptions. The aim of this study is to collect data and analyze the use of this construction. Data were collected through interaction with speakers of the Skellefteå dialect, using questionnaires and direct elicitation. The results show that the o-construction occurs in the dialect to express NOT YET, but only in specific contexts, where certain conditions must be met. It tends to occur with telic predicates and an omniscient narrator and high probability of the event to materialize in near future enhances the chance of the o-construction to be used. This stand in contrast with more grammaticalized nondums in Austronesian- and Bantu languages where these expressions have a more general meaning and wider applicability. / Uttryck som inte än, redan, fortfarande och inte längre tillhör en kategori som kallas Phasal Polarity (Phasal Polarity), och uttrycker fas, polaritet och talarförväntningar. I europeiska språk förekommer dessa ofta som fasala adverb. I skelleftemålet, talat i Västerbotten, förekommer dock även en annan typ av konstruktion för att uttrycka inte än. Konstruktionen består av hjälpverbet ’hɶ’ tillsammans med supinumformen av verbet och det negativa prefixet o-, till exempel I hɶ oskrive breve ’Jag har inte skrivit brevet än’. Jag kommer att hänvisa till denna konstruktion som o-konstruktionen. Konstruktioner med betydelsen inte än har den senaste tiden kommit att benämnas som nondum (från latinets nondum ’ännu inte’) (Veselinova & Devos, forthcoming) och tycks förekomma i vid utsträckning i grammatikaliserad form i exempelvis austronesiska språk och bantuspråk. Denna o-konstruktion i skelleftemålet är tidigare nämnd men inte vidare beskriven inom existerande litteratur. Den här studien syftar till att samla in data och analysera användningen av den. Insamling av data har skett genom interaktion med talare av skelleftemålet, genom frågeformulär och direkt elicitering. Resultaten visar att o-konstruktionen förekommer i skelleftemålet för att uttrycka inte än, men endast i specifika kontexter, där vissa förutsättningar måste vara uppfyllda. Den tenderar att förekomma med teliska predikat och ett allvetande subjekt, samt hög sannolikhet för eventet att realiseras i nära framtid, ökar chansen att konstruktionen används. Detta står i kontrast till mer grammatikaliserade nondumkonstruktioner i austronesiska språk och bantuspråk, där dessa uttryck har en mer generell betydelse och vidare användningsområde.

L'insuffisance cardiaque (IC) est l'évolution terminale de nombreuses pathologies cardiaques, notamment de l'infarctus du myocarde (IDM). Elle se caractérise par la mort des cellules contractiles du cœur, les cardiomyocytes (CMs), et par l'incapacité des CMs survivants à régénérer le tissu lésé. Les thérapeutiques disponibles ralentissent sans toutefois stopper la progression de l'IC, expliquant l'émergence du concept de régénération tissulaire pour restaurer la fonction du cœur. Dans ce domaine, la thérapie cellulaire par injection de cellules exogènes (souches/progénitrices) dans le myocarde représente l'approche la plus conventionnelle. Malgré des résultats expérimentaux prometteurs, l'efficacité de cette stratégie reste encore mal établie en clinique. Ainsi, identifier de nouvelles voies thérapeutiques s'avère essentiel en médecine régénérative cardiaque. Jusqu'à récemment, les CMs survivant à l'IDM ont été ignorés en régénération cardiaque car considérés comme bloqués dans un état post-mitotique. Or, des études récentes ont montré que ces CMs adultes différenciés résidents sont dotés d'un potentiel naturel faible de prolifération qu'il est possible de stimuler afin de régénérer le tissu lésé. L'enjeu est maintenant d'identifier les mécanismes moléculaires naturels bloquant la prolifération du CM en vue d'une modulation en thérapeutique et a constitué le contexte de mon travail de thèse. Dans ce contexte, l'équipe a récemment identifié Ephrine-B1 comme nouvelle protéine spécifique de la membrane latérale (ML) du CM stabilisant la morphologie en brique du CM adulte et la cohésion du tissu cardiaque. De façon inattendue, au cours de mon travail de doctorat, nous avons montré, grâce à de multiples approches in vitro et in vivo, que la délétion d'Ephrine-B1 (souris KO ou thérapie génique avec interférence à l'ARN) confère au CM adulte un potentiel de prolifération important (~ 15%), mobilisé uniquement en situation de stress cardiaque (vieillissement, apectomie adulte ou IDM) et permettant la régénération cardiaque. Ephrine-B1 apparaît donc comme une cible prometteuse en médecine régénératrice cardiaque. [...] / Heart failure (HF) is the convergent evolution of many cardiac diseases, particularly myocardial infarction (MI). At the tissue level, HF is characterized by the death of cardiac contractile cells, the cardiomyocytes (CMs), and by the incapability of survivor CMs to regenerate the damaged tissue. Various pharmacological therapies have proven to slow HF progression but not to block it. Thus, major efforts have been developed in regenerative cardiac medicine to repair the scar tissue of failing heart to restore the function. In this context, cardiac cell therapy (injection of exogenous stem/progenitor cells) has been one of the more promising approaches. Besides its encouraging results in laboratories, its clinical benefit still remains elusive. Thus, there is an urgent need for identifying new therapeutic strategies for cardiac regenerative medicine. Until now, surviving resident CMs to MI have been ignored in cardiac regeneration since considered in a post-mitotic state, unable to proliferate. However, recent studies demonstrated that adult differentiated CMs can naturally proliferate but at low rate and that it is possible to stimulate this potential to regenerate the damaged tissue. The issue remains now to identify the natural molecular mechanisms involved in the post-mitotic blockage of adult CMs and has constituted my main thesis project. In this context, the team has recently identified Ephrin-B1 as a new specific protein of the CM lateral membrane (LM),stabilizing the adult CM rod-shape and the overall cardiac tissue cohesion. Surprisingly, during my thesis, we demonstrated, based on multiple in vitro and in vivo approaches, that Ephrin-B1 deletion (KO mice or RNA-interference based-gene therapy) confers an important proliferative potential to the adult CM. Interestingly, this potential is only mobilized under cardiac stress (aging, adult apectomy or MI). Thus, Ephrin-B1 deletion in CMs leads to substantial cardiac regeneration through their proliferation. Ephrin-B1 appears as a promising target for cardiac regenerative medicine. [...]

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Les mutations MKS1 sont impliquées dans un groupe de ciliopathies récessives létales, telles que le syndrome de Meckel-Gruber (MKS) et le syndrome de Joubert (JBT), caractérisées par une dysplasie rénale kystique, des anomalies du système nerveux central (encéphalocèle occipitale), une polydactylie, une dysgénésie biliaire et une fibrose hépatique. MKS1 a été localisée dans la zone de transition du cil dans de nombreux types cellulaires où elle joue un rôle essentiel pour la structure et la fonction des cils, en particulier la régulation de plusieurs voies de signalisation telles que Wnt et Shh.Dans le présent travail, nous avons identifié la fonction pré-ciliaire de MKS1 dans des cellules épithéliales. Nous avons montré que la localisation subcellulaire de MKS1 varie au cours de la maturation de l’épithelium, passant du cytosol où MKS1 co-localise avec le réseau de kératine, aux jonctions cellulaires, où elle co-colocalise avec les caténines. De plus, la translocation de MKS1 des jonctions au cytosol s'est avérée être mécano-sensible, suggérant que MKS1 participe à l'homéostasie épithéliale en stabilisant les jonctions cellulaires, via la transduction des signaux mécaniques liés à la compaction de l’épithelium.L’analyse fonctionnelle a démontré que le « knockdown » de MKS1 désorganise le réseau de kératine, et déstabilise les jonctions adhérentes des cellules épithéliales en culture, avec une diminution de la β-caténine jonctionnelle et une libération de l’E-cadhérine, l’α-caténine et la vinculine dans le cytosol. De plus, la déplétion de MKS1 entraîne une diminution notable du réseau apical d’actine, ainsi que la désorganisation de la structure épithéliale et une transition partielle vers un état mésenchymateux. Ces résultats illustrent une fonction indépendante du cil de MKS1 dans l’homéostasie épithéliale, et apporte de nouvelles hypothèses quant à son rôle et celui des filaments intermédiaires dans les processus d’organogenèse des épitheliums, en particulier la tubulogenèse, qui repose à la fois sur l’équilibre de la transition épithelium/mesenchyme et la mécanotransduction des sollicitations mécaniques durant l’embryogenèseDans le but de caractériser les partenaires de MKS1, des expériences de Co-IP et d’analyses protéomiques ont permis d’identifier l’epiplakine comme un partenaire possible de MKS1. L'Epiplakine est un cytolinker capable de lier la kératine à la membrane et à l'actine ; l’interaction de MKS1 avec l’epiplakine pourrait ainsi rendre compte de la stabilisation à la fois du réseau de kératine et des jonctions cellulaires. Des analyses complémentaires de protéomique et des études fonctionnelles devront compléter ces résultats préliminaires.Finalement, ces travaux ont également permis de révéler le rôle de MKS1 dans la stabilisation des jonctions communicantes ; la déplétion de MKS1 conduisant à une diminution de la CX43 jonctionnelle et à une altération de la fonction de communication intercellulaire dans les cellules épithéliales en culture. Ces travaux, qui constituent la première mention d’une altération possible des jonctions communicantes dans ce type de maladies, devront être approfondis pour caractériser leur impact dans les processus de tubulogenèse.En conclusion, ce travail qui a permis de révéler un rôle pré-ciliaire de MKS1 dans l'homéostasie épithéliale, apporte de nouvelles hypothèses pour l’étiologie de ces maladies, jusqu’alors considérées comme essentiellement consécutives à des défauts de transduction de la signalisation ciliaire. Il propose également de nouveaux mécanismes pour rendre compte des anomalies du développement hépatique, telles que la dysgénésie des voies biliaires, et plus largement des processus de tubulogenèse impliqués dans le développement de nombreux organes. / MKS1 mutations are involved in a group of lethal recessive ciliopathies, such as Meckel-Gruber syndrome (MKS) and Joubert's syndrome (JBT), characterized by cystic renal dysplasia, central nervous system abnormalities (occipital encephalocele) , polydactyly, biliary dysgenesis and hepatic fibrosis. MKS1 has been located in the transition zone of the cilia in many cell types where it plays an essential role in the cilia structure and function, in particular in the regulation of signaling pathways such as Wnt and Shh.In the present work, we have identified the preciliary function of MKS1 in epithelial cells. We have shown that the subcellular localization of MKS1 varies during the maturation of the epithelium, from the cytosol where MKS1 co-localizes with the keratin network, to the cell junctions, where it co-localizes with the catenins. In addition, the MKS1 translocation to cytosol junctions proved to be mechano-sensitive, suggesting that MKS1 participates in epithelial homeostasis by stabilizing cell junctions, via the transduction of mechanical signals related to epithelial compaction.Functional analysis has shown that the knockdown of MKS1 disrupts the keratin network, and destabilizes the adherent junctions of epithelial cells in culture, with a decrease in the junctional β-catenin and a release of E-cadherin, the α-catenin and vinculin in the cytosol. In addition, the depletion of MKS1 results in a significant decrease in the apical actin network, as well as disorganization of the epithelial structure and a partial transition to a mesenchymal state. These results illustrate a ciliary-independent function of MKS1 in epithelial homeostasis, and provides new hypotheses regarding its role and that of intermediate filaments in epithelial organogenesis processes, in particular tubulogenesis, which is based both on the equilibrium of the epithelium / mesenchyme transition and the mechanotransduction of mechanical stresses during embryogenesisIn order to characterize MKS1 partners, Co-IP experiments and proteomic analyzes have identified epiplakin as a possible MKS1 partner. Epiplakin is a cytolinker capable of binding keratin to membrane and actin; the interaction of MKS1 with epiplakin could thus account for the stabilization of both the keratin network and cell junctions. Additional proteomic analyzes and functional studies will complement these preliminary results.Finally, this work has also revealed the role of MKS1 in the stabilization of gap junctions; the depletion of MKS1 leading to a decrease in the junctional CX43 and an alteration of the intercellular communication function in the epithelial cells in culture. This work, which constitutes the first mention of a possible alteration of gap junctions in this type of disease, will have to be further developed to characterize their impact on tubulogenesis processes.In conclusion, this work which revealed a pre-ciliary role of MKS1 in epithelial homeostasis, provides new hypotheses for the etiology of ciliopathies, previously considered as essentially consecutive to signal transduction defects. It also proposes new mechanisms to account for abnormalities of hepatic development, such as bile ducts dysgenesis, and more broadly tubulogenesis processes involved in the development of many organs.

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle majeur chez les organismes vivants. Chez Arabidopsis thaliana, le transporteur de fer racinaire IRT1 est endocyté à la suite de la monoubiquitination de deux résidus lysine situés au niveau de sa grande boucle cytosolique. Cependant, les mécanismes régissant l’endocytose médiée par l’ubiquitine ainsi que son rôle biologique restent flous. Au cours de ma Thèse, j’ai mis en évidence que la dynamique d’IRT1 était contrôlée par les métaux substrats secondaires du transporteur (à savoir le zinc, le manganèse et le cobalt). En l’absence de ces métaux, IRT1 est localisé à la membrane plasmique avec une polarité latérale le positionnant sur la face externe des cellules de l’épiderme racinaire. La présence de ces mêmes métaux à un niveau physiologique entraîne la monoubiquitination d’IRT1 et son internalisation vers les endosomes précoces. J’ai démontré que lorsque les métaux substrats secondaires d’IRT1 sont présents en excès, les modifications monoubiquitine sont alors allongées en chaînes de polyubiquitines liées par le résidu lysine-63, entrainant ainsi son adressage vers la vacuole et sa dégradation. Mes travaux ont par ailleurs permis d’élucider les mécanismes moléculaires impliquées dans la réponse des plantes à l’excès de métaux substrats d’IRT1. J’ai notamment montré que l’endocytose d’IRT1 était dépendante i) d’un motif riche en résidus histidine dans la séquence d’IRT1 qui est capable de fixer ces métaux autres que le fer, ii) de la phosphorylation d’IRT1 au niveau d’un résidu thréonine par une protéine kinase en cours d’investigation, et iii) de l’E3 ligase à domaine RING IDF1. D’un point de vue physiologique, l’endocytose d’IRT1 médiée par l’ubiquitine et dépendante des métaux protège la plante d’une suraccumulation de ces métaux autres que le fer qui sont hautement réactifs. / Ubiquitination is a post-translational modification playing a major role in living organisms. In Arabidopsis thaliana, the root iron transporter IRT1 is endocytosed following the monoubiquitination of two lysine residues located in its large cytosolic loop. However, the mechanisms driving IRT1 ubiquitin-mediated endocytosis and its biological relevance remains unclear. During my PhD, I uncovered that IRT1 dynamics is controlled by its secondary metal substrates (i.e. zinc, manganese and cobalt). In the absence of these non-iron metals, IRT1 is found at the cell-surface of root epidermal cells with an outer lateral polarity, while their presence at physiological levels triggers IRT1 monoubiquitination, internalization and accumulation in early endosomes. However, upon non-iron metal excess, monoubiquitin modifications are extended into K63 polyubiquitin chains to promote the vacuolar targeting of IRT1 and its degradation. I investigated further the molecular mechanisms driving plant responses to non-iron metal excess. I notably showed that this regulation by non-iron metals is dependent on i) a histidine-rich stretch in IRT1 that is able to directly bind to non-iron metals, ii) the subsequent recruitment of a kinase currently under investigation which phosphorylates IRT1 at a threonine residue, and iii) the RING E3 ligase IDF1. Altogether, the metal-dependent ubiquitin-mediated endocytosis of IRT1 protects the plant from overaccumulation of highly reactive non-iron metals.

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