Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-25. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:17:00Z : No. of bitstreams: 1 000864285.pdf: 2759439 bytes, checksum: 7135a8f61ee29b84b93a0f8f1e4fb0b9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Linfoma de Hodgkin clássico (LHc) é uma neoplasia maligna que apresenta um padrão aberrante de expressão de citocinas, incluindo IL-10 e TNF-a. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes codificadores de IL-10 e TNF-a ou de suas proteínas regulatórias, como NFkB, podem interferir na patobiologia do LHc. No presente estudo, SNPs nas regiões promotoras dos genes de IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; e SNP/pIL-10 -1082, rs1800896) e TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; e SNP/pTNF-a -862, rs1800630), assim como na região intrônica do gene NFkB1 (SNP/iNFkB1, rs1585215) foram genotipados em 73 pacientes com LHc e avaliados em relação à sua associação com parâmetros prognósticos clínicos e laboratoriais da doença. SNPs/pIL-10 AA foram significativamente associados a maiores contagens de leucócitos e menores valores de linfócitos ao diagnóstico. No caso de TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG foi associado à presença de infecção pelo EBV enquanto SNP/pTNF-a -862 CC apresentou-se mais frequentemente com leucocitose. SNP/iNFkB1 AA associaramse à doença em estádio IV e padrão extranodal de apresentação. Entretanto, nenhum dos SNPs avaliados teve efeito no desfecho do tratamento. Esse estudo mostrou que alguns genótipos de SNPs nos genes de IL-10 e TNF-a estão associados a parâmetros prognósticos no LHc. Adicionalmente, pela primeira vez foram descritas associações entre SNP/iNFkB1 (rs1585215) e aspectos clínicos da doença / Classic Hodgkin lymphoma (cHL) is a malignant lymphoid neoplasia that shows aberrant expression of cytokines, including IL-10 and TNF-a. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes encoding IL-10 and TNF-a or their regulatory proteins, such as NFkB, may impact cHL pathobiology. In this study, SNPs in the promoter regions of genes encoding for IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; and SNP/pIL-10 -1082, rs1800896), and TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; and SNP/pTNF-a -862, rs1800630), as well as in the intronic region of the NFkB1 gene (SNP/iNFkB1, rs1585215) were genotyped in 73 patients with cHL and evaluated against clinical and laboratory prognostic parameters for the disease. SNPs/pIL-10 AA were significantly associated with higher leukocyte and lower lymphocyte counts at diagnosis. In case of TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG was associated with EBV infection while SNP/pTNF-a -862 CC presented more frequently with leukocytosis. SNP/iNFkB1AA generally had stage IV and extranodal disease at diagnosis. Nonetheless, none of the studied SNPs had effect on on treatment outcome. This study shows that some SNPs genotypes for IL-10 and TNF-a genes are associated with prognostic parameters in cHL; furthermore, this is the first time that the SNP/iNFkB1 (rs1585215) was implicated in clinical features of the disease

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:58Z : No. of bitstreams: 1 000867456.pdf: 597008 bytes, checksum: 606bb70eef526e50825cab583a7274ce (MD5) / Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:15Z : No. of bitstreams: 1 000868518.pdf: 4362952 bytes, checksum: f8782956d423a313439c04aba289df01 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Cintia Fridman / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Gustavo Chemale / Banca: João Aristeu da Rosa / Resumo: A identificação humana por meio da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Estes marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada. Isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha. Entretanto, em um mesmo indivíduo podem existir populações de DNA mt diferentes, fenômeno denominado heteroplasmia. Este trabalho teve como objetivo o estudo de polimorfismos presentes no DNA mt de indivíduos residentes na Grande São Paulo para aplicação na Identificação Humana. Para isso, foi sequenciada toda a região hipervariável do DNA mt de 160 indivíduos. Além disso, o SNP 3010 foi analisado por discriminação alélica (PCR em tempo real) para estudo do aumento do poder discriminatório quando os indivíduos não puderam ser diferenciados pela análise da região hipervariável. Foi desenvolvido, também, uma reação de SNaPshot em multiplex contendo 42 SNPs que permitiram a classificação das amostras em haplogrupos do DNA mt. Por fim, foram analisadas 100 amostras de cabelo dos mesmos indivíduos para o estudo da frequência de heteroplasmia na região HV3 do DNA mt. De um total de 160 amostras, 144 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt; 131 haplótipos foram únicos. O SNP 3010 foi suficientemente discriminatório para conseguir distinguir indivíduos que apresentavam o mesmo haplótipo em dois dos treze casos que apresentavam mais de um indivíduo com o mesmo haplótipo / Abstract: The human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual based on the combination of diverse markers that are inherited of its ancestors. These markers are generally differences in sequences of nuclear DNA between individuals (polymorphisms). In some cases, however, the analysis of the nuclear DNA cannot be applied. It occurs when the DNA sample is degraded or in cases which the biological material does not content nuclear DNA. In these cases, the mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is the choice method. However, inside one individual can exist different mtDNA populations, phenomenon called heteroplasmy. The aim of this work was to study mtDNA polymorphisms in individuals residents in São Paulo metropolitan area for application in Human Identification. For this, we have sequenced the entire hypervariable region of mtDNA for 160 individuals. Furthermore, the SNP 3010 was analyzed by allelic discrimination (Real-Time PCR) to study the increase of the discriminatory power when individuals could not be differentiated by analysis of the hypervariable region. It was developed also, a SNaPshot multiplex reaction containing 42 SNPs that allowed the classification of samples in mtDNA haplogroups. Finally, 100 hair samples, from the same individuals, were analyzed for the study of heteroplasmy frequency in the HV3 region of mtDNA. Among 160 samples, 144 different haplotypes were found when the entire hypervariable region of mtDNA was analyzed; 131 haplotypes were unique. The SNP 3010 SNP was able to distinguish individuals who had the same haplotype in two of thirteen cases with more than one individual with the same haplotype. Our population was classified in 46.6% of African, 27.3% of European, 25.5% of Native American and 0.6% Asian origin using the SNaPshot panel of 42 SNPs in multiplex / Doutor

Orientador: Ana Maria Soares Pereira / Coorientador: Bianca Waléria Bertoni / Banca: Filipe Pereira Giardini Bonfim / Banca: Sonia Marli Zingaretti / Banca: Marcia Ortiz Mayo Marques / Banca: Juliana da Silva Coppede / Resumo: Uncaria tomentosa Willd. ex Roem. & Schult. e Uncaria guianensis Gmell. são plantas medicinais nativas da Amazônia, utilizadas na medicina tradicional com ação anti-inflamatória, sofrem pressão antrópica como o desmatamento e extrativismo predatório para uso e necessitam de cuidados em relação à conservação. U. tomentosa é uma das plantas medicinais que compõe a lista da relação nacional de medicamentos essenciais (RENAME) disponibilizada pelo Ministério da Saúde para os municípios brasileiros, através do Sistema Único de Saúde (SUS) e a U. guianensis apesar de não estar nesta lista apresenta também alcaloides oxindólicos pentacíclicos, como marcadores químicos, sendo utilizada popularmente como anti-inflamatória e sua ocorrência na natureza é maior quando comparada à U. tomentosa. Os objetivos desse trabalho foram avaliar a diversidade genética e química entre os indivíduos de U. tomentosa e U. guianensis por marcador molecular SRAP (Sequence-Related Amplifield Polymosphism) e quantificar os alcaloides oxindólicos pentacíclicos mitrafilina e isomitrafilina em folhas por HPLC. A coleta do material foi feita nos estados do Acre, Amazonas, Amapá e Pará. Para ambas as espécies foram coletadas oito populações, em municípios distintos com 20 indivíduos cada. A genotipagem de U. tomentosa foi realizada utilizando três combinações de primers e os fragmentos submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida. A genotipagem de U. guianensis foi realizada usando quatro combinações de primers e os fragmentos analisados no equipamento 4300 DNA Analyser LI-COR®. A quantificação dos alcaloides oxindólicos pentacíclicos mitrafilina e isomitrafilina foi realizada de acordo com método já descrito na literatura com algumas modificações. Nas populações avaliadas de U. tomentosa a variabilidade genética foi maior dentro (75%) das populações do que entre ... / Abstract: Uncaria tomentosa Willd. ex Roem. & Schult. and Uncaria guianensis Gmell. are medicinal plants natives from Amazonia state, used in the ocidental medicine for its anti-inflammatory effect, which are suffering from the actions of mankind by deforestation and predatory extraction, requesting care for their conservation. U. tomentosa is one of the medicinal plants that make up the national ratio of the list of essential drugs (RENAME) made available by the Ministry of Health to the municipalities through the Unified Health System (SUS) and U. guianensis although this is not list also features pentacyclic oxindole alkaloids, as markers, being popularly used as anti-inflammatory and its occurrence in nature is higher compared to U. tomentosa. The objectives of the present study were to evaluate the chemical and genetical diversity between individuals of U. tomentosa and U. guianensis by molecular marker SRAP (Sequence-Related Amplifield Polymosphism) and quantify pentacyclic oxindolic alkaloides mitraphylline and isomitraphylline in leaves via HPLC. Samples were collected in the states of Acre, Amazonas, Amapá and Pará. For both species, 20 samples were collected from each of the eight populations coming from different locations. The genotyping of U. tomentosa was realized by using the combination of three primers and the fractions submitted to an electrophoresis in acrylamide gel. The genotyping of U. guianensis was realized by using the combination of four primers and the fractions analyzed with a 4300 DNA Analyser LICOR®. The quantification of pentacyclic oxindole alkaloides mitraphylline and isomitraphylline were realized by using the existing method with some modifications. The U. tomentosa populations showed higher genetic variability inside the same population(75%) than between different populations (25%). The value of Fst was 0,246, showing that the populations are following the Island Model ... / Doutor

Orientador: Maria Rita Marques de Oliveira / Banca: Thais Borges César / Banca: Thabata Koester Weber / Banca: Celso Vieira de Souza Leite / Banca: Emília Alonso Balthazar / Resumo: A obesidade tem se configurado como um dos principais problemas de saúde pública da atualidade. É resultante de uma complexa interação entre fatores genéticos, ambientais e metabólicos, o que torna desafiador o seu tratamento. A cirurgia vem se apresentando como uma opção eficaz ao controle do problema, por promover modificações anatômicas e hormonais que levam à redução da ingestão energética e, consequentemente, perda de peso, melhoria da qualidade de vida e das comorbidades. O seu resultado em termos de redução do peso corporal depende de uma série de fatores intrínsecos e extrínsecos ao paciente, nem sempre conhecidos. Os polimorfismos genéticos estão entre os fatores que necessitam ser explorados, visto que em muitos estudos têm sido mostrada a contribuição genética para a patogênese da obesidade, a qual, em teoria, também poderia influenciar os resultados da perda de peso pós-cirúrgica. Diante do exposto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar o resultado da Derivação Gástrica em Y de Roux (DGYR) em mulheres, quanto ao peso corporal e à resolução do diabetes mellitus tipo 2 (DM2) e hipertensão arterial sistêmica (HAS), em associação ao efeito de polimorfismos genéticos (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) e ao consumo de energia e macronutrientes após um ano do tratamento cirúrgico. Os resultados do trabalho mostraram que em relação à perda de peso, o índice de massa corporal pré-cirúrgico e a presença do genótipo AA do gene FTO foram determinantes do resultado da cirurgia sobre o peso corporal. Em análise para identificação de potenciais polimorfismos preditores da perda de peso pós-cirurgia encontrou-se relação com o polimorfismo do gene 5-HT2C. Em... / Abstract: Obesity is one of the main public health problems today. It results from a complex interaction between genetic, environmental, and metabolic factors, making its treatment challenging. Surgery is proving to be an effective option for controlling the problem as it promotes anatomic and hormonal changes that reduce energy intake and consequently, promote weight loss and better quality of life and improve comorbidities. Weight loss depends on a series of factors intrinsic and extrinsic to the patient, not always known. Genetic polymorphisms are among the factors that need to be explored because many studies have shown how genes contribute to the pathogenesis of obesity, which theoretically could also affect weight loss after surgery. Considering the above, the general objective of the present study was to assess the effects of roux-en-Y gastric bypass (RYGB) on weight loss and resolution of diabetes type 2 (DM2) and high blood pressure (HBP) in women, and whether the said effects are associated with the genetic polymorphisms (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) and energy and macronutrient intakes one year after surgery. The results show that the effect of surgery on weight loss was determined by preoperative body mass index and the presence of the genotype AA of the gene FTO. Analysis of the potential polymorphisms that could predict postoperative weight loss found a relationship between weight loss and gene 5-HT2C polymorphism. Surgery controlled DM2 and HBP in 87% and 99% of the women, respectively. The prevalence of preoperative DM2 was influenced by polymorphisms of the genes 5-HT2C and UCP3. None of the study polymorphisms were associated with energy and macronutrient intakes one year after surgery. In conclusion, the ... / Doutor

Orientador: Lourdes Aparecida Martins dos Santos-Pinto / Banca: Raquel Mantuanéli Scarel-Caminaga / Banca: Andréa Gonçalves / Banca: Robson Frederico Cunha / Banca: Hérica Adad Ricci Donato / Resumo: Distúrbios genéticos durante o desenvolvimento dentário influenciam na variação do número e formada dentição. Este é o primeiro estudo a avaliar se a variação genética nos genes da formação do esmalte dentário está associada com a Hipomineralização Molar-Incisivo (HMI), levando também em consideração, a experiência de cárie. Amostras de DNA de 71 casos (com HMI) e 89 controles (não afetados) de Araraquara/SP (Brasil) foram analisadas. Onze marcadores em cinco genes [ameloblastina (AMBN), amelogenina (AMELX), enamelina (ENAM), tuftelina (TUFT1), e proteína 11 interagindo com tuftelina (TFIP11)] foram genotipados pelo método TaqMan. O teste Qui-quadrado foi utilizado para comparar as frequências alélicas e genotípicas entre os grupos caso e controle. A experiência de cárie no grupo HMI também foi avaliada para a associação com a variação genética nos genes da formação do esmalte. Os marcadores rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), foram associados com a HMI (p<0.05). Associações dos marcadores rs5997096/rs134136(TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) com a cárie dentária foram observadas. O presente estudo sugere possibilidade de associação entre o esmalte hipomineralizado e variação genética nos genes da formação do esmalte dentário / Abstract: Genetic disturbances during dental development influence variation of number and shape of the dentition. This is the first study that tested if genetic variation in enamel formation genes is associated with molar-incisor hypomineralization (MIH), also taking into consideration caries experience. DNA samples from 71 cases with MIH and 89 unaffected controls from Araraquara/SP (Brazil) were studied. Eleven markers in five genes [ameloblastin (AMBN), amelogenin (AMELX), enamelin (ENAM), tuftelin (TUFT1), and tuftelin-interacting protein 11 (TFIP11)] were genotyped by the TaqMan method. Chi-square was used to compare allele and genotype frequencies between cases with MIH and controls. Distinct caries experience within the MIH group was also tested for association with genetic variation in enamel formation genes. The markers, rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), were associated with MIH (p<0.05). Associations between rs5997096/rs134136 (TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) markers could be seen with caries. This study suggests a possible association between hypomineralized enamel and genetic variation in the genes of the enamel formation / Doutor

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda de Alexandre Sebastião / Banca: Danielly Veloso Blanck / Resumo: Pacu (Piaractus mesopotamicus) é uma espécie de peixe Neotropical amplamente distribuída nas bacias dos rios Paraná e Paraguai, e uma das espécies de peixe neotropicais de maior valor para a aquicultura. Uma melhor compreensão do genoma do pacu é necessária para o manejo genético na conservação dos estoques naturais e cultivados. O principal objetivo foi identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) gene-associados no transcriptoma de fígado do pacu e, em seguida, aplicar em análises de variabilidade genética e de parentesco visando um manejo adequado desta importante espécie não modelo na aquicultura. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da plataforma Roche/454, que resultou na formação de 4.110 contigs não redundantes. Destes, 2.051 genes foram identificados e funcionalmente anotados a fim de revelar genes relacionados às características econômicas interessantes para a aquicultura. Foram encontrados 464 SNPs localizados em 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) e em regiões CDS (71,1%), e classificados como sinônimos (70,6%) e não sinônimos (29,4%). Foram genotipados 32 SNPs por meio da técnica Sequenom MassARRAY, dos quais alguns estavam relacionados com sistema imune. A variabilidade genética foi estimada em populações de indivíduos selvagens (Rio Paraná) e de indivíduos cultivados em sete pisciculturas do estado de São Paulo (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 e FF7). Não foram observadas diferenças significativas entre heterozigosidade observada (Hobs) e esperada (Hexp) para cada população. Análises de diferenciação genética mostraram baixo nível de estruturação genética entre as populações (Fst = 0.064, AMOVA = 93,59% da variação dentro de populações, P<0,05). Análises de parentesco mostraram que a maioria das estações de piscicultura possuíam pelo menos 40% de indivíduos aparentados, com risco de endogamia e necessidade de realização de um programa de acasalamentos... / Abstract: Pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical freshwater fish widely distributed in Parana, Paraguay Basin. Wild populations of pacu are threatened by overfishing and it is one of the fish species of highest commercial value for aquaculture. An understanding of the pacu genome is appropriate to genetic management in the conservation of wild and cultivated stocks. The main objective was identify gene-associated SNPs in liver transcriptome of pacu. We used SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to perform genetic variability and kinship analysis for suitable management of this important non-model species in aquaculture. Transcriptome sequencing was done with the Roche/454 technology and yielded 4,110 non-redundant contigs. Of these, 2,051 genes were identified and functionally annotated to reveal genes correlated to economical traits in aquaculture. We found 464 SNPs in 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) and CDS (71,1%), classified in synonymous (70,6%) and non-synonymous (29,4%). We genotyped 32 feasible SNPs through Sequenom MassARRAY platform and we obtained some SNPs related to immune system. Genetic diversity was estimated in wild individuals (Parana river) and in seven farm fish populations (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 and FF7). There were no significant differences between observed heterozygosity (Hobs) and expected (Hexp) for each population; and also between observed heterozygosity, expected heterozygosity and minimum allele frequency (MAF), when the population averages were compared (P <0.05). In addition, genetic differentiation analyzes showed low genetic structure of wild and cultivated populations of pacu (Fst = 0.064; AMOVA = 93.59% of the variation within populations; P<0,05). Kinship analysis showed most hatchery stations had at least 40% of related individuals, at risk of inbreeding and the need to perform a directed mating program. Our results showed unprecedented genomic resources for pacu / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Vanessa Paes da Cruz / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Fernando Yuldi Ashikaga / Banca: Guilherme José da Costa Silva / Banca:Cristiane Kioko Shimabukuro / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scuderler / Resumo: / Abstract: / Mestre

Orientador: Sergio Roberto Peres Line / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-07-28T15:30:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Trevilatto_PaulaCristina_M.pdf: 3125878 bytes, checksum: 6c22f296426df0c0ec2347f87a129c94 (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: O estudo visou buscar polimorfismos do gene da amelogenina X (AMGX). Para tanto, analisou 79 indivíduos do sexo feminino (158 cromossomos), de etnias diferentes, quanto à presença de variações de sítios de restrição (RFLP) em cinco segmentos intragênicos amplificados por PCR. Uma deleção de aproximadamente 700 pb foi evidenciada em uma paciente, provavelmente em região intrônica, pois não foi observada qualquer alteração fenotípica no esmalte dental. Foram detectadas duas formas variantes com relação ao padrão de restrição da enzima Rsa I no segundo intron do gene. O trabalho também reportou a extração e amplificação de DNA genômico de alta massa molecular a partir de células epiteliais em processo de descamação da mucosa bucal. O método de obtenção de DNA a partir dessas células é não-invasivo, rápido, fácil e barato, sendo especialmente indicado na coleta de DNA de crianças e pessoas relutantes em doar sangue. Além disso, não apresenta riscos de infecção e dispensa a supervisão médica, podendo ser utilizado com sucesso em amostragens populacionais de larga escala e em estudos epidemiológicos / Abstract: The study aimed to search for polymorphisms of the amelogenin X (AMGX) gene. It analyzed 79 female individuaIs (158 chromosomes), from different races, as for the variations of restriction sites (RFLP) of five fragments of the AMGX amplified by PCR. A deletion of about 700 bp was observed in one of the patients, probably in an intronic region. No phenotypic alterations were noted in the dental enamel of this individual. Two variant forms were visualized with two different pattems of restriction of the enzyme Rsa I in the second intron of the gene. The number of women studied is small to precisely determine the frequency of the alleles in the population. The work also reported the extraction and amplification of genomic DNA of high molecular mass from epithelial cells of the bucal mucosa. The method using DNA obtained from these cells is easy, rapid, cheap and non-invasive, being especially indicated for DNA collection of children and people reluctant to donate blood. In addition, it does not present risks of infection and require no medical supervision. It can be successfully employed in large scale populational samplings and in epidemiological studies / Mestrado / Mestre em Biologia e Patologia Buco-Dental