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Phenotypic plasticity in the red alga Porphyra abbottae : environmental factors influencing light harvesting ability /

Hannach, Gabriela, January 1990 (has links)
Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 1990. / Vita. Includes bibliographical references (leaves [112]-128).
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A morphological and phylogenetic investigation of Porphyra linearis Greville and Porphyra purpurea (Roth) C. Agardh forms from Nova Scotia

Curtis, Bruce Anthony. January 1900 (has links)
Thesis (M.Sc.)--Acadia University, 1997. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet via the World Wide Web.
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A morphological and phylogenetic investigation of Porphyra linearis Greville and Porphyra purpurea (Roth) C. Agardh forms from Nova Scotia /

Curtis, Bruce Anthony. January 1900 (has links)
Thesis (M.Sc.)--Acadia University, 1997. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet via the World Wide Web.
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A field, culture, and cytological study of Porphyra gardneri, Porphyra nereocystis and Porphyra thuretii (Rhodophyta, Bangiophycidae)

Hawkes, Michael William January 1978 (has links)
A field, culture and cytological investigation has been made of the life histories of Porphyra gardneri (Smith et Bollenberg) Hawkes, P. nereocystis Anderson and P. thuretii Setchell et Dawson, three superficially similar epiphytic red algae (Bhodophyceae, Bangiales). Porphyra gardneri was found from February through November, but is basically a spring-early summer species, Porphyra nereocystis is an autumn-winter species and P. thuretii is a winter-early spring species. The reported number of host species and geographical distribution is increased for all three species. A light microscope study of spermatogenesis and carposporogenesis was undertaken to characterize the spermatangium and carpogonium and to follow their division sequence. The spermatangium in Porphyra gardneri and probably P. thuretii is formed by the production of a new wall layer around a transformed vegetative cell. In contrast, no new wall layer is formed by P. nereocystis spermatangia, making them difficult to distinguish from vegetative cells. The carpogonium of P. gardneri and P. thuretii is easily recognized because it differentiates bipolar prototrichogynes. In P. nereocystis the carpogonium does not form prctctrichogynes and can only be distinguished from vegetative cells by its elongate, rectangular shape. On the basis of these observations and reports in the literature I suggest that the species of Porphyra can be separated into at least two groups based on their spermatangial and carpogonial morphology; the more advanced group has carpogonia with prototrichogynes and clearly defined spermatangia due to the deposition of a new wall layer, whereas the more primitive group lacks these features. The first division in both spermatogenesis and carposporogenesis is periclinal. This is discussed with respect to the division sequences reported by other workers. The transfer of Porphyrella Gardneri Smith et Hollenberg to Porphyra gardneri is explained on the basis of the observed mode of carpogonium formation and carposporangial division. Of the three species studied, only Porphyra gardneri produces monospores. Under all photoperiod and temperature regimes tested monospores germinated into the foliose phase. At an ultrastructural level monosporogenesis in Porphyra gardneri is characterized by the production of abundant small and large fibrous vesicles. The economic implications of monospore production are discussed. Field observations of Porphyra gardneri suggest that photoperiod is an important factor involved in inducinq the formation of spermatangia and carpogonia. A conchocelis phase is reported for the first time for Porphyra gardneri and Porphyra thuretii. Under all photoperiod and temperature reqimes tested carpospores qerminated into the conchocelis phase. In P. sardneri and P. thuretii short days favoured conchosporanqial branch formation; however, no such photoperiodic effect was observed for P. nereocystis., Although my results were inconclusive, reports in the literature indicate that temperature is a critical factor in conchospore release. Amoeboid movement of conchospores is reported for E°I£J3J£§ thuretii and discussed with respect to the occurrence of this phenomenon in the Rhodophyta generally. The epiphyte-'host' attachment zone of Porphyra gardneri and P. nereocystis was examined with the light microscope. The basal rhizoids of P. gardneri penetrate deep into the medulla of the Laminaria blade, whereas the rhizoids of P. nereocystis make only a superficial penetration of the Nereocystis stipe. The spermatia of Porphyra gardneri and P. nereocystis were examined ultrastructurally and found to have many similarities with Florideophycidae spermatia. The occurrence of fertilization in the life history of Porphyra gardneri is documented with the light and electron microscopes. A diploid chromosome number 2n=8 is reported for the carpospores and vegetative cells of the conchocelis phase P. gardneri. This is the first unequivocal report of sexual reproduction in the genus Porphyra. Suspected spermatia attached to the carpogonia and linked to them via fertilization canals have been observed in P. nereocystis and P. thuretii suggesting that sexual reproduction also occurs in their life histories. Reports of sexual reproduction in other members of the Bangiophycidae are evaluated in light of my observations. / Science, Faculty of / Botany, Department of / Graduate
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Elucidación estructural del polisacárido del alga roja Porphyra columbina y determinación in vivo de la capacidad antioxidante e hipolipemiante

Aguilar Velasquez, Blanca Yessenia January 2015 (has links)
El objetivo principal de esta tesis es la elucidación estructural del polisacárido del alga roja marina Porphyra columbina, extraído en agua caliente, purificado y liofilizado, y el estudio de su actividad antioxidante en ratones e hipolipemiante en conejos. Previamente se evaluó la toxicidad aguda oral y toxicidad oral a dosis repetidas considerando que el material biológico sería expuesto a diferentes concentraciones del mismo. El análisis del espectro FT-IR y RMN-¹H muestra que el polisacárido de P. columbina tiene una típica estructura de porfirano: unidades β-D-galactosa, 4-O-α-L-galactosa-6-sulfato o 3,6-anhidro-α- L-galactosa. Los estudios de toxicidad para el caso de toxicidad aguda oral muestran ser no tóxico hasta concentraciones de 2000 mg/Kg, y para toxicidad oral dosis repetidas de 28 días a 50 mg/Kg evidencia daño hepático. Las pruebas in vivo en ratones midieron las actividades de las enzimas antioxidantes superóxido dismutasa (SOD), catalasa (CAT) y glutatión peroxidasa (GPx) así como los niveles medios de malondialdehído (MDA). Los resultados muestran incremento de las 3 enzimas evaluadas y disminución del MDA por administración intraperitoneal dosis-dependiente del polisacárido. El efecto hipolipemiante en conejos se determinó por evaluación del perfil lipídico: medición de C, TG, HDL y cálculo de LDL y VLDL. Los resultados mostraron disminución estadísticamente significativa, p < 0.05, tanto para los lípidos y lipoproteínas en evaluación en las condiciones del diseño experimental comparado con el grupo control de lipemia. El peso corporal de los conejos mostró diferencias significativas, p < 0.05, para los grupos en tratamiento. / The main aim of this thesis is the structural elucidation of polysaccharide from the red seaweed Porphyra columbina, hot water extracted, purified and lyophilized, and the study of its antioxidant activity in mice and the lipid-lowering effect in Rabbits. Prior acute oral toxicity was evaluated considering the biological material would be exposed to different concentrations of the same. The IR and 1H-NMR spectrum shows that the polysaccharide of P. columbina has a typical porphyran structure: β-D-galactose, 4-O-α-L-galactose-6-sulphate or 3,6-anhydro-α-L-galactose units. The toxicity study for the case of acute oral toxicity shown to be nontoxic up to 2000 mg/Kg strength, and for repeated dose 28-day oral toxicity study to 50 mg/kg liver damage is evident. In vivo tests in mice measured the activities of antioxidant enzymes superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), and glutathione peroxidase (GPx) as well as the mean levels of malondialdehyde (MDA). The results show increase of the 3 enzymes tested also decreased MDA by intraperitoneal administration dose-dependent polysaccharide. Hypolipidemic effect in rabbits was determined by the evaluation of the lipid profile: measurement of C, TG, HDL and LDL and VLDL was calculated. The results were statistically significant, p < 0.05, for both lipids and lipoproteins in assessment compared with control group of lipemia. Body weight of the rabbits showed significant differences, p < 0.05, for the groups in treatment. Keywords: Porphyra, porphyrano, lipid peroxidation, antioxidant, hypolipidemic, lipoprotein.
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Bioreactor development and cell culture of the marine macroalgae Porphyra (sp.) and Laminaria saccharina

Modrell, Jason G. 10 August 1993 (has links)
Graduation date: 1994
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Fenologia e ecofisiologia das macroalgas Porphyra spp. (Bangiales, Rhodophyta) e Lessonia spp. (Laminariales, Phaeophyceae) na costa norte e central do Chile: variações latitudinais e sazonais / Phenology and ecophysiology of macroalgae Porphyra spp. (Bangiales, Rhodophyta) and Lessonia spp. (Laminariales, Phaeophyceae) in north-central Chile: latitudinal and seasonal variations.

Tala, Fadia 05 December 2013 (has links)
O propósito dos estudos fenológicos é descrever e compreender como o desenvolvimento dos organismos ocorre em resposta às variações ambientais que mudam ciclicamente e como certos fatores estimulam a geração de uma cascata de sinais e reações que abrangem desde mudanças moleculares, bioquímicas e fisiológicas, os que acabam se manifestando como padrões anuais de abundância e reprodução. As mudanças ambientais ocorrem em escalas temporais (diárias, sazonais, interanuais) e espaciais (latitudinal, em profundidade, em altitude) e têm um forte impacto no crescimento e desenvolvimento das espécies, em especial de aquelas com características sésseis. O objetivo deste estudo foi caracterizar os padrões fenológicos (sazonais e latitudinais) de abundância, reprodução, fotossíntese e capacidade antioxidante de dois gêneros de macroalgas de importância ecológica e econômica, Porphyra spp. (rodofícea) e Lessonia spp. (feofícea), distribuídas ao longo da costa norte e centro (25&deg; - 34&deg;S) do Chile. Os resultados mostram que variações sazonais de radiação e latitudinais de temperatura influenciam significativamente as respostas fenológicas e ecofisiológicas das espécies estudadas. No caso de Porphyra spp., o ajuste temporal mais notório envolve um desenvolvimento fenológico anual para a população do norte e perene para as do centro e sul. As características fisiológicas mostraram diminuição na eficiência fotossintetizante, pigmentos (clorofila &alpha;, carotenoides e ficobiliproteínas) e proteínas solúveis em primavera-verão, acompanhados por aumento da capacidade antioxidante. No caso de Lessonia e embora a abundância não tenha mostrado uma mudança sazonal nas populações, o ajuste temporal mais notório aconteceu nas características fisiológicas, com diminuição na eficiência fotossintetizante, pigmentos (clorofilas &alpha; e c, carotenoides), fenois e capacidade antioxidante durante o verão, acompanhado por aumento na absorptância do talo, ETRmax e NPQ. Estudos sobre as identidades taxonômicas das populações de Porphyra são necessários para distinguir entre possíveis padrões devido à caraterísticas da espécie de possíveis variações morfológicas ou ecotípicas. Estudos das espécies de Lessonia próximas aos seus limites de distribuição biogeográfica poderiam elucidar se as diferenças fenológicas e fisiológicas são devido a padrões dependentes das espécies ou são mascaradas por características ambientais locais. Os estudos fenológicos e as mudanças em nível bioquímico/fisiológico podem subsidiar novos destinos da biomassa produzida ou da matéria prima proveniente de organismos de importância econômica. Além disso, alterações nos padrões fenológicos e ecofisiológicos típicos podem direcionar a compreensão sobre os impactos de câmbios ambientais tais como os câmbios climáticos globais, contaminação e poluição, sobrexploração e as interações e dinâmica entre as populações / The purpose of phenological studies is to describe and understand how the development of the organisms occurs in response to environmental variations which change cyclically and how certain factors stimulate the generation of signals and a cascade of reactions from molecular, biochemical and physiological levels, which at the end manifests annual patterns of abundance and reproduction. Environmental changes occur in time scale (daily, seasonal, interannual) and spatial scale (latitudinal, depth, altitude) and have a strong impact on growth and development of the species, especially those with sessile characteristics. The purpose of this study was to characterize the phenology (seasonal and latitudinal) of abundance, reproduction, photosynthesis and antioxidant capacity of two macroalgae with ecological and economic importance, Porphyra spp. (Rhodophyta) and Lessonia spp. (Phaeophyceae), distributed along the coast north and center (25&deg; - 34&deg;S) in Chile. The results show that seasonal changes in radiation and latitudinal temperature significantly influence the phenological and ecophysiological responses of the species studied. For Porphyra spp., the most notorious temporal adjustment involves an annual phenological development from north population in contrast to perennial populations from central and south. The physiological characteristics showed decrease in photosynthetic efficiency, pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins) and soluble proteins in spring-summer, accompanied by increasing in antioxidant capacity. For Lessonia spp., although the abundance showed no seasonal changes between the populations, the most notoriously temporal adjustment occurs in physiological characteristics with decrease in photosynthetic efficiency, pigments (chlorophylls a and c, carotenoids), phenols and antioxidant capacity during the summer, followed by increase in thallus absorptance, ETRmax and NPQ. Studies on the taxonomic identity of Porphyra populations are required to distinguish between possible characteristics due to species-specific patterns from morphological or ecotypes variations. Studies in the species Lessonia near their limits of biogeographical distribution could elucidate whether the phenological and physiological differences are due to patterns species-specific or are masked by local environmental characteristics. The phenological studies and changes in the biochemical/physiological levels can subsidize new destination of biomass production and raw material from organisms economically important. Moreover, changes in typical phenological and ecophysiological patterns can give a light about environmental impacts of alterations such as global climate changes, contamination and pollution, overexploitation and interactions and dynamics between populations.
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Fenologia e ecofisiologia das macroalgas Porphyra spp. (Bangiales, Rhodophyta) e Lessonia spp. (Laminariales, Phaeophyceae) na costa norte e central do Chile: variações latitudinais e sazonais / Phenology and ecophysiology of macroalgae Porphyra spp. (Bangiales, Rhodophyta) and Lessonia spp. (Laminariales, Phaeophyceae) in north-central Chile: latitudinal and seasonal variations.

Fadia Tala 05 December 2013 (has links)
O propósito dos estudos fenológicos é descrever e compreender como o desenvolvimento dos organismos ocorre em resposta às variações ambientais que mudam ciclicamente e como certos fatores estimulam a geração de uma cascata de sinais e reações que abrangem desde mudanças moleculares, bioquímicas e fisiológicas, os que acabam se manifestando como padrões anuais de abundância e reprodução. As mudanças ambientais ocorrem em escalas temporais (diárias, sazonais, interanuais) e espaciais (latitudinal, em profundidade, em altitude) e têm um forte impacto no crescimento e desenvolvimento das espécies, em especial de aquelas com características sésseis. O objetivo deste estudo foi caracterizar os padrões fenológicos (sazonais e latitudinais) de abundância, reprodução, fotossíntese e capacidade antioxidante de dois gêneros de macroalgas de importância ecológica e econômica, Porphyra spp. (rodofícea) e Lessonia spp. (feofícea), distribuídas ao longo da costa norte e centro (25&deg; - 34&deg;S) do Chile. Os resultados mostram que variações sazonais de radiação e latitudinais de temperatura influenciam significativamente as respostas fenológicas e ecofisiológicas das espécies estudadas. No caso de Porphyra spp., o ajuste temporal mais notório envolve um desenvolvimento fenológico anual para a população do norte e perene para as do centro e sul. As características fisiológicas mostraram diminuição na eficiência fotossintetizante, pigmentos (clorofila &alpha;, carotenoides e ficobiliproteínas) e proteínas solúveis em primavera-verão, acompanhados por aumento da capacidade antioxidante. No caso de Lessonia e embora a abundância não tenha mostrado uma mudança sazonal nas populações, o ajuste temporal mais notório aconteceu nas características fisiológicas, com diminuição na eficiência fotossintetizante, pigmentos (clorofilas &alpha; e c, carotenoides), fenois e capacidade antioxidante durante o verão, acompanhado por aumento na absorptância do talo, ETRmax e NPQ. Estudos sobre as identidades taxonômicas das populações de Porphyra são necessários para distinguir entre possíveis padrões devido à caraterísticas da espécie de possíveis variações morfológicas ou ecotípicas. Estudos das espécies de Lessonia próximas aos seus limites de distribuição biogeográfica poderiam elucidar se as diferenças fenológicas e fisiológicas são devido a padrões dependentes das espécies ou são mascaradas por características ambientais locais. Os estudos fenológicos e as mudanças em nível bioquímico/fisiológico podem subsidiar novos destinos da biomassa produzida ou da matéria prima proveniente de organismos de importância econômica. Além disso, alterações nos padrões fenológicos e ecofisiológicos típicos podem direcionar a compreensão sobre os impactos de câmbios ambientais tais como os câmbios climáticos globais, contaminação e poluição, sobrexploração e as interações e dinâmica entre as populações / The purpose of phenological studies is to describe and understand how the development of the organisms occurs in response to environmental variations which change cyclically and how certain factors stimulate the generation of signals and a cascade of reactions from molecular, biochemical and physiological levels, which at the end manifests annual patterns of abundance and reproduction. Environmental changes occur in time scale (daily, seasonal, interannual) and spatial scale (latitudinal, depth, altitude) and have a strong impact on growth and development of the species, especially those with sessile characteristics. The purpose of this study was to characterize the phenology (seasonal and latitudinal) of abundance, reproduction, photosynthesis and antioxidant capacity of two macroalgae with ecological and economic importance, Porphyra spp. (Rhodophyta) and Lessonia spp. (Phaeophyceae), distributed along the coast north and center (25&deg; - 34&deg;S) in Chile. The results show that seasonal changes in radiation and latitudinal temperature significantly influence the phenological and ecophysiological responses of the species studied. For Porphyra spp., the most notorious temporal adjustment involves an annual phenological development from north population in contrast to perennial populations from central and south. The physiological characteristics showed decrease in photosynthetic efficiency, pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins) and soluble proteins in spring-summer, accompanied by increasing in antioxidant capacity. For Lessonia spp., although the abundance showed no seasonal changes between the populations, the most notoriously temporal adjustment occurs in physiological characteristics with decrease in photosynthetic efficiency, pigments (chlorophylls a and c, carotenoids), phenols and antioxidant capacity during the summer, followed by increase in thallus absorptance, ETRmax and NPQ. Studies on the taxonomic identity of Porphyra populations are required to distinguish between possible characteristics due to species-specific patterns from morphological or ecotypes variations. Studies in the species Lessonia near their limits of biogeographical distribution could elucidate whether the phenological and physiological differences are due to patterns species-specific or are masked by local environmental characteristics. The phenological studies and changes in the biochemical/physiological levels can subsidize new destination of biomass production and raw material from organisms economically important. Moreover, changes in typical phenological and ecophysiological patterns can give a light about environmental impacts of alterations such as global climate changes, contamination and pollution, overexploitation and interactions and dynamics between populations.
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Filogenia de Porphyra spp. (Rhodophyta): sequenciamento do gene nuclear para o RNA da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) e estudos morfológicos da fase Conchocelis / Phylogene of Porphyra spp (Rhodophyta): sequencing of the nuclear gene coding for the RNA from the small subunity of the ribosome (18S rDNA) and morphological studies of the Conchocelis phase

Oliveira, Mariana Cabral de 15 December 1993 (has links)
O gênero Porphyra (Rhodophyta) apresenta uma considerável importância econômica, sendo extensivamente cultivado e consumido como alimento. O gênero é representado por mais de 70 espécies e apresenta ampla distribuição geográfica, desde regiões tropicais até polares. Sua taxonomia, baseada em poucos caracteres da fase macroscópica do seu ciclo de vida, é ainda bastante problemática. Para tentar entender melhor a taxonomia e a história evolutiva de Porphyra foram utilizadas metodologias de biologia molecular e características da fase conchocelis do ciclo de vida. Verificou-se que caracteres da fase microscópica podem ser utilizados para complementar os conhecimentos taxonômicos tradicionais. Para tentar elucidar a posição filogenética do gênero Porphyra na divisão Rhodophyta e, dentro do gênero, entre espécies do Atlântico, o gene nuclear que codifica para o RNA ribossomal da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) foi amplificado através de PCR, clonado e completamente sequenciado. Foram utilizadas três espécies de Porphyra da Nova Escócia (Canadá) e duas de São Paulo (Brasil). As sequências obtidas foram alinhadas com as de alguns eucariontes e de outras algas vermelhas, incluindo uma sequência publicada de \"Porphyra umbilicalis\" da França. As árvores filogenéticas foram construídas através dos métodos de parcimônia, distancia e máxima verossimilhança. As analises mostraram que o gênero Porphyra é monofilético para as cinco espécies estudadas e constitui um dos ramos mais antigos dentro das algas vermelhas já analisados. O gênero Porphyra, subclasse Bangiophycidae, apresentou uma diferença substancial em relação aos gêneros da subclasse Florrideophycidae, sustentando assim, a divisão de Rhodophyta em duas subclasses pela taxonomia tradicional. Entre os eucariontes, Porphyra divergiu ao mesmo tempo que o nuclemorfo de Cryptomonas. O alto grau de divergência genética encontrada entre espécies de Porphyra, além de indicações do registo fóssil, na literatura, sugerem que o gênero é bastante primitivo dentro das algas vermelhas. Surpreendentemente, a sequência publicada para \"Porphyra umbilicalis\" apresentou mais de 99% de identidade com uma espécie de Palmaria que pertence à subclasse Florideophycidae; neste caso, a biologia molecular serviu para comprovar a identificação errônea do exemplar cuja sequência foi publicada. Durante a análise filogenética, verificou-se a ocorrência de um intron do grupo ICI nos genes rDNA 18S de Porphyra spiralis var. amplifolia. Esse intron ocorre na mesma posição que os introns do grupo IC1 nos rDNA 18S dos fungos Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei e da alga verde Chlorella ellipsoidea, e apresenta identidade de sequências nos domínios P1 e P2, fora da região conservada, com o intron de Pn. Carinii. Três variantes, diferindo do tamanho da seqüencia do domínio P1, foram observados em três populações com distribuição geográfica diferente. O variante maior pode se auto-processar (\"self-splice\") in vitro. Quadros abertos de leitura estão presentes nos introns, mas não correspondem a nenhum gene conhecido. Introns estão presentes no rDNA 18S de outras espécies de Porphyra, que também podem apresentar variantes do rDNA 18S sem introns / The red algas genus Porphyra has considerable economic importance, and some species are extensively cultivated for human food. The genus is represented by more than 70 species, and occurs worldwide. Its taxonomy, based mainly on morphological characters of the macroscopic phase of its life-cycle is still unsettled. Alternatives to try to understand better the taxonomy and evolutive history of the genus were ascertained. It was verified that characters of the microscopic, filamentous phase, of the life-cycle of Porphyra may be used to complement the traditional taxonomic studies. To try to elucidate the phylogenetic position of Porphyra relative to the other red algae, and within the genus, among isolates from different locations, nuclear-encoded small-subunit ribosomal RNA genes (18S rDNAs) were PCR-amplified, cloned and completely sequenced. Three species of Porphyra from Nova Scotia and two species from Brasil were aligned with 18S sequences of other eukaryotes, including one published sequence of \"Porphyra umbilicalis\" from France. Phylogenetic trees were constructed by parsimony, distance and maximum-likelihood procedures. Analysis of our data revealed that these Porphyra species represented one of the deepest branches so far discovered within red algae. There was a great degree of primary sequence difference between Porphyra (subclass Bangiophycidae), and the other red algae belonging to the subclasses Florideophycidae. These results support the division of red algae into two subclasses by traditional taxonomy. Among eukaryotes Porphyra diverges at the same point as the Cryptomonas nucleomorph. The great among of sequence divergence, and the fossil record suggest that Porphyra, my indeed, be a very primitive red alga. Surprisingly, the 18S RNA sequence of the French \"Porphyra umbilicalis\" does not fit in our Porphyra category; instead, it has more than 99% identity with a species of Palmaria belonging to the subclass Florideophycidae. Therefore it was concluded that \"P. umbilicalis\" with the published sequence was actually a Palmaria palmate that was misidentified. During the phylogenetic analysis it was found that a group IC1 intron occurs in nuclear 18S rRNA genes of Porphyra spiralis var. amplifolia. This intron occurs at the same position of the group IC1 introns in 18S rDNAs of the fungus Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei and the green alga Chlorella ellipsoidea, and shares primary-structural identity with the Pn. Carinii intron in domains P1 and P2, outside the conserved core. Three size-variants, differing in amount of optimal sequence in P1, exist and are differentially distributed in geographically distinct populations. The largest variant can self-splice in vitro. Open reading frames are present, but do correspond to known genes. Introns are present in the 18S rDNAs of several other Porphyra species, that may also have intronless rDNA copies
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Filogenia de Porphyra spp. (Rhodophyta): sequenciamento do gene nuclear para o RNA da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) e estudos morfológicos da fase Conchocelis / Phylogene of Porphyra spp (Rhodophyta): sequencing of the nuclear gene coding for the RNA from the small subunity of the ribosome (18S rDNA) and morphological studies of the Conchocelis phase

Mariana Cabral de Oliveira 15 December 1993 (has links)
O gênero Porphyra (Rhodophyta) apresenta uma considerável importância econômica, sendo extensivamente cultivado e consumido como alimento. O gênero é representado por mais de 70 espécies e apresenta ampla distribuição geográfica, desde regiões tropicais até polares. Sua taxonomia, baseada em poucos caracteres da fase macroscópica do seu ciclo de vida, é ainda bastante problemática. Para tentar entender melhor a taxonomia e a história evolutiva de Porphyra foram utilizadas metodologias de biologia molecular e características da fase conchocelis do ciclo de vida. Verificou-se que caracteres da fase microscópica podem ser utilizados para complementar os conhecimentos taxonômicos tradicionais. Para tentar elucidar a posição filogenética do gênero Porphyra na divisão Rhodophyta e, dentro do gênero, entre espécies do Atlântico, o gene nuclear que codifica para o RNA ribossomal da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) foi amplificado através de PCR, clonado e completamente sequenciado. Foram utilizadas três espécies de Porphyra da Nova Escócia (Canadá) e duas de São Paulo (Brasil). As sequências obtidas foram alinhadas com as de alguns eucariontes e de outras algas vermelhas, incluindo uma sequência publicada de \"Porphyra umbilicalis\" da França. As árvores filogenéticas foram construídas através dos métodos de parcimônia, distancia e máxima verossimilhança. As analises mostraram que o gênero Porphyra é monofilético para as cinco espécies estudadas e constitui um dos ramos mais antigos dentro das algas vermelhas já analisados. O gênero Porphyra, subclasse Bangiophycidae, apresentou uma diferença substancial em relação aos gêneros da subclasse Florrideophycidae, sustentando assim, a divisão de Rhodophyta em duas subclasses pela taxonomia tradicional. Entre os eucariontes, Porphyra divergiu ao mesmo tempo que o nuclemorfo de Cryptomonas. O alto grau de divergência genética encontrada entre espécies de Porphyra, além de indicações do registo fóssil, na literatura, sugerem que o gênero é bastante primitivo dentro das algas vermelhas. Surpreendentemente, a sequência publicada para \"Porphyra umbilicalis\" apresentou mais de 99% de identidade com uma espécie de Palmaria que pertence à subclasse Florideophycidae; neste caso, a biologia molecular serviu para comprovar a identificação errônea do exemplar cuja sequência foi publicada. Durante a análise filogenética, verificou-se a ocorrência de um intron do grupo ICI nos genes rDNA 18S de Porphyra spiralis var. amplifolia. Esse intron ocorre na mesma posição que os introns do grupo IC1 nos rDNA 18S dos fungos Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei e da alga verde Chlorella ellipsoidea, e apresenta identidade de sequências nos domínios P1 e P2, fora da região conservada, com o intron de Pn. Carinii. Três variantes, diferindo do tamanho da seqüencia do domínio P1, foram observados em três populações com distribuição geográfica diferente. O variante maior pode se auto-processar (\"self-splice\") in vitro. Quadros abertos de leitura estão presentes nos introns, mas não correspondem a nenhum gene conhecido. Introns estão presentes no rDNA 18S de outras espécies de Porphyra, que também podem apresentar variantes do rDNA 18S sem introns / The red algas genus Porphyra has considerable economic importance, and some species are extensively cultivated for human food. The genus is represented by more than 70 species, and occurs worldwide. Its taxonomy, based mainly on morphological characters of the macroscopic phase of its life-cycle is still unsettled. Alternatives to try to understand better the taxonomy and evolutive history of the genus were ascertained. It was verified that characters of the microscopic, filamentous phase, of the life-cycle of Porphyra may be used to complement the traditional taxonomic studies. To try to elucidate the phylogenetic position of Porphyra relative to the other red algae, and within the genus, among isolates from different locations, nuclear-encoded small-subunit ribosomal RNA genes (18S rDNAs) were PCR-amplified, cloned and completely sequenced. Three species of Porphyra from Nova Scotia and two species from Brasil were aligned with 18S sequences of other eukaryotes, including one published sequence of \"Porphyra umbilicalis\" from France. Phylogenetic trees were constructed by parsimony, distance and maximum-likelihood procedures. Analysis of our data revealed that these Porphyra species represented one of the deepest branches so far discovered within red algae. There was a great degree of primary sequence difference between Porphyra (subclass Bangiophycidae), and the other red algae belonging to the subclasses Florideophycidae. These results support the division of red algae into two subclasses by traditional taxonomy. Among eukaryotes Porphyra diverges at the same point as the Cryptomonas nucleomorph. The great among of sequence divergence, and the fossil record suggest that Porphyra, my indeed, be a very primitive red alga. Surprisingly, the 18S RNA sequence of the French \"Porphyra umbilicalis\" does not fit in our Porphyra category; instead, it has more than 99% identity with a species of Palmaria belonging to the subclass Florideophycidae. Therefore it was concluded that \"P. umbilicalis\" with the published sequence was actually a Palmaria palmate that was misidentified. During the phylogenetic analysis it was found that a group IC1 intron occurs in nuclear 18S rRNA genes of Porphyra spiralis var. amplifolia. This intron occurs at the same position of the group IC1 introns in 18S rDNAs of the fungus Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei and the green alga Chlorella ellipsoidea, and shares primary-structural identity with the Pn. Carinii intron in domains P1 and P2, outside the conserved core. Three size-variants, differing in amount of optimal sequence in P1, exist and are differentially distributed in geographically distinct populations. The largest variant can self-splice in vitro. Open reading frames are present, but do correspond to known genes. Introns are present in the 18S rDNAs of several other Porphyra species, that may also have intronless rDNA copies

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