Les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) désignent deux affections, la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH). Ces maladies sont caractérisées par une grande disparité de répartition dans le monde et une forte augmentation de leur incidence depuis 50 ans. Leur physiopathologie fait intervenir une composition anormale du microbiote intestinal (appelée dysbiose), une dysfonction de la barrière épithéliale, un déficit de l'immunité innée et une dérégulation de l'immunité adaptative. Plus de 163 gènes de prédisposition ont été identifiés, mais la plupart d'entre eux ne sont associés qu'à une augmentation modeste du risque de MICI (Odds Ratios compris entre 1,02 et 1,2). Les facteurs d'environnement semblent jouer un rôle important dans la survenue de ces maladies. Le tabagisme a un effet démontré, favorable dans la RCH, néfaste dans la MC. L'exposition solaire, la vitamine D, l'alimentation, les agents infectieux et les médicaments ont été associés aux MICI mais leur effet est moins bien démontré. Cette thèse d'épidémiologie est consacrée aux MICI; plus précisément, à l'étude de leurs facteurs d'environnement, et au risque de cancer associé aux médicaments des MICI. Elle est fondée sur l'étude de bases de données françaises et européennes. Un premier travail a exploré l'association entre l'exposition à l'isotrétinoïne (médicament prescrit pour traiter l'acné) et la survenue de RCH, rapportée par une étude américaine. Cette étude cas témoin a été menée à l'échelle de la France entière à partir des données du système national d'information inter-régimes de l'assurance maladie (SNIIRAM). Dans ce travail très peu de patients atteints de MICI ont reçu de l'isotrétinoïne durant l'année précédant le diagnostic de la maladie. La prise d'isotrétinoïne n'est pas associée au risque de RCH mais inversement associée au risque de MC.Dans un deuxième travail, nous avons étudié l'impact gobal de l'alimentation en modélisant les profils alimentaires associés à la survenue de RCH et de MC dans la cohorte prospective européenne EPIC (European Prospective Investigation Into Cancer). Un profil alimentaire riche “en produits sucrés et sodas” est associé à l'incidence de RCH dans le sous-groupe diagnostiqué au delà de 2 ans. Aucun profil alimentaire n'est associé au risque de MC. Le régime méditerranéen n'est ni associé à la RCH ni à la MCDans un troisième travail, nous nous sommes intéressés aux risques de cancer associés à l'exposition aux médicaments des MICI : immunosuppresseurs et anti-TNF. Leur prescription a beaucoup augmenté ces dernières années. Cependant ils ont été associés à un risque de lymphome, de cancer de la peau non mélanocytaire et de mélanome pour les thiopurines et les anti-TNF, respectivement. Nous avons évalué prospectivement le risque de cancer associé à ces médicaments, à l'échelle de la France entière dans des conditions de prescription courante, grâce aux données du SNIIRAM. Les résultats sont en en cours d'analyse.Notre thèse montre que l'étude des bases de données peut apporter une réponse à une question importante en pratique clinique , portant sur le lien entre isotrétinoïne et MICI. Notre travail a également permis de générer des hypothèses sur le lien entre les profils alimentaires et la survenue de MICI. Les limites de l'exercice (détaillées dans le manuscrit) ne doivent pas être sous estimées. Nos résultats suscitent des questions et appellent d'autres travaux, menés à une échelle encore plus vaste et avec d'autres méthodes statistiques. / Inflammatory bowel diseases refer to two conditions: Crohn's disease and ulcerative colitis. These diseases display an important geographic heterogeneity worldwide and an increase in incidence during the last fifty years. Their physiopathology is complex, involving anormal composition of gut microbiota (dysbiosis), dysfonction of epithelial barrier and dysregulation of innate and adaptative immune response. More than 163 predisposing genes have been identified, but most of them carry modest association with IBD (Odds ratios varrying from 1.02 to 1.3) (1–3). Environmental factors seem to play an important role in IBD onset. Smoking has a positive effect on UC and harmfull effect on CD. Sun exposure, vitamin D, diet, infections have been inconsistently associated with IBD. This epidemiology thesis is devoted to IBD and specifically, to environemental risk factors, and also to the risk of cancer associated to IBD drugs. It is based on French and European databases. Our first work, explored the association between isotretinoin and UC reported in a US study. Our study was performed in a case-control study in the whole French territory thanks to a medico-administrative database (SNIIRAM). In this work, only a few patients with IBD were exposed to isotetinoin in the year before disease onset. Exposure to isotretinoin was not associated with UC but negatively associated with CD.In a second study, we explored the global impact of diet on UC and CD in a European prospective study (European Prospective Investigation Into Cancer (EPIC)). A dietary pattern with “high sugars and soft drinks” was associated with UC risk when restricted to cases diagnosed at least two years after dietary assessment. No dietary pattern was associated with CD. Mediterranean diet had no effect on UC nor CD risks.In the third part of this work, we investigated the risk of cancer associated with IBD drugs: immunosuppresive agents and anti-TNF. These medications are more and more prescribed nowadays. Howevere, they are associated with an increased risk of cancer in observationnal studies: lymphoma and non melanoma skin cancer with thiopurines and anti-TNF agents respectively. Therefore, we aimed to investigate the cancer risks associated with thiopurine and/or anti-TNF exposure in the whole French territory in the real life , using a medico-adminstrative database (SNIRAM). Currently, we are still analyzing the results.Our work shows that studying large databases can answer an important issue in clinical practice related to a potential link between isotretinoin and IBD. Also, it has generated hypotheses about the link between dietary pattern and IBD. Limitations of our work (detailed in the manuscript) should be considered.. Otr studies using larger databases and other statistical methods should address these limitations.

Le nombre de personnes ayant eu un cancer, dans le monde, n’a jamais était aussi élevé. Même si le bénéfice de l’adoption de comportements favorables à la santé, notamment en termes d’alimentation, suite à un diagnostic de cancer a été suggéré, peu d’études se sont spécifiquement intéressées à l’influence d’un diagnostic de cancer sur l’évolution à long terme de l’alimentation, ainsi qu’à l’impact de l’environnement socio-économique et du type de cancer (localisation et stade au diagnostic) dans cette relation. Par ailleurs, l’alimentation étant un des déterminants majeurs de la santé, de nombreuses études épidémiologiques ou cliniques souhaitent recueillir de plus en plus fréquemment les habitudes alimentaires de leurs sujets mais redoutent la durée de recueil avec les outils existants. L’objectif de ce travail doctoral était de 1) mieux caractériser les relations entre alimentation, environnement socio-économique et survenue de cancer, notamment chez les patients ayant eu un cancer, et 2) de créer et valider un outil de recueil alimentaire court, adapté au régime français, afin d’harmoniser le recueil des données alimentaires sur le plan national. À partir des données de plus de 50 000 femmes de la cohorte E3N, une augmentation de la consommation de fruits et légumes, utilisés ici comme marqueur de la qualité de l’alimentation, a été observée uniquement chez les femmes ayant eu un cancer du sein de stade avancé (II-III-IV). Cette augmentation était davantage prononcée dans certaines strates socio-économiques (chez les femmes à niveau d’éducation élevée et chez celles vivant dans le Sud, par exemple). En parallèle, un questionnaire de fréquence alimentaire court, capable d’évaluer rapidement l’alimentation des individus, a été développé en format papier et en ligne. La version papier de ce questionnaire a été validée dans une population de 127 patients atteints de maladie rénale chronique et la version numérique sur 92 adultes issus de la population générale. Ce travail précise l’influence complexe de l’environnement socio-économique sur l’évolution de l’alimentation chez les patients ayant eu un cancer. Des études complémentaires seront nécessaires pour comprendre les freins à l’adoption de comportements alimentaires favorables à la santé. Les recommandations nécessiteraient d’être modulées en fonction du niveau socio-économique des individus afin de réduire les inégalités socio-économiques en lien avec l’alimentation et la survenue de cancer. Finalement, ce travail doctoral va permettre de mettre à disposition de la communauté scientifique un outil de recueil alimentaire court, fiable et actualisé, qui sera commun à l’ensemble des groupes de population française. / The number of cancer survivors is increasing worldwide. Several studies have demonstrated a potential beneficial impact of healthy lifestyle factors, including the diet, on cancer survival, but only a few studies have evaluated the influence of a cancer diagnosis on the long-term evolution of the diet, taking into account the socioeconomic environment of individuals as well as cancer characteristics such as the site and stage at diagnosis. Moreover, considering that the diet is one of the main determinants of health, an increasing number of epidemiological studies aim to collect dietary data but are limited by the fact that dietary data collection is very time-consuming for participants as well as for researchers. The objective of this project was 1) to better characterize the complex relations between diet and socio-economic environment among women who had cancer and 2) to develop and validate a short tool able to quickly assess the diet in several French population subgroups, and standardize dietary data collection at a national level. We used data from over 50 000 women in the prospective E3N-EPIC cohort study and considered fruit and vegetable consumption as a proxy for overall diet quality. Compared with healthy and non-cancer women, an increase in fruit and vegetable consumption was only observed in women who had an advanced stage of breast cancer (stages II-III-IV). This increase was also only observed in certain socioeconomic groups (e.g. women with high level of education and women living in the South of France). A short food frequency questionnaire (SFFQ) was also developed, both a paper and online version, to easily and quickly assess diet. Both versions were validated in a sample of 127 patients with chronic kidney disease and a sample of 92 adults selected among the general population, respectively. Our results help to understand the complex influence of the socioeconomic environment on the evolution of the diet among patients who had cancer. Further studies are required to better understand the factors that prevent cancer survivors from the adoption of healthy dietary patterns. Dietary guidelines should adapt to the socioeconomic environment of individuals, in order to reduce socioeconomic inequities in diet and cancer. Finally, within the framework of the present study, a standardized, validated, short and modern tool has been developed to quickly assess diet in French clinical and epidemiological studies. Diet and dietary patterns will therefore be comparable between several French population subgroups.

Contexte : La prévalence de l'asthme et des allergies a augmenté au cours de ces dernières décennies,en particulier chez les enfants et dans le monde occidental. Cette augmentation de la prévalence estdevenue un problème très grave de santé publique et pourrait être liée à une combinaison deprédisposition génétique, de facteurs environnementaux et des changements dans le mode de vie, ycompris les habitudes alimentaires. Cependant, les études épidémiologiques concernant les maladiesallergiques chez l’enfant en relation avec l'alimentation sont rares.Objectifs : Ce travail analyse la littérature récente traitant l'alimentation, les habitudes alimentaires et lanutrition en relation avec les maladies allergiques chez les enfants en tenant compte de la méthodologieutilisée pour évaluer les habitudes alimentaires. En outre, il évalue en premier lieu l'association entre leshabitudes alimentaires et l'asthme et les maladies allergiques et en deuxième lieu la relation entrel'asthme et le surpoids/l’obésité dans l’étude des six villes françaises.Méthodes : MEDLINE/PubMed et Cochrane Database of Systematic Reviews ont été utilisés pour larevue de la littérature concernant l'alimentation et les maladies allergiques. Des études transversales ontété menées à Bordeaux, Clermont-Ferrand, Créteil, Marseille, Reims, Strasbourg sur 7 432 enfantsscolaires, choisis au hasard et âgés de 9-11 ans. Des questionnaires adressés aux parents, basés surl'Enquête internationale sur l'asthme et les allergies dans l'enfance (ISAAC), ont été utilisés pourrecueillir des informations sur les maladies allergiques et les facteurs de risque potentiels, y compris unquestionnaire de fréquence alimentaire pour évaluer les habitudes alimentaires des enfants. Des testscutanés aux allergènes communs ont été effectués afin d'identifier l'existence d'une hypersensibilitéallergique et des tests d’effort ont été effectués pour évaluer l'asthme à l’effort.Résultats : Les apports moyens de 12 principaux produits alimentaires consommés par les élèves ontété calculées et trois profils alimentaires ont été extraits par analyse en composantes principales:l’alimentation proche du régime méditerranéen, l’alimentation à base d’oméga-3 et de poissons gras etl’alimentation non équilibrée. Les risques relatifs des maladies allergiques ont été estimés par des odds7ratios (OR) et le contrôle des facteurs de confusion a été réalisé par des régressions logistiques. Lessifflements, l’asthme et la rhinite sont plus fréquents chez les garçons que chez les filles. En analysemultivariée, l’alimentation à base d’oméga-3 avait un effet protecteur contre l'asthme vie et l’asthmesévère chez les enfants (OR ajusté: 0,77 ; IC 95%: [0,62 -0,96] et OR ajusté: 0,55 ; IC 95%: [0,32 -0,94]respectivement). L’adhérence à une alimentation proche du régime méditerranéen et riche enantioxydants semble avoir un effet protecteur contre les maladies allergiques. Le surpoids et l’obésitéont été positivement associés avec l’asthme vie chez les enfants ne présentant pas de sifflements (ORajusté: 1,98 ; IC 95%: [1,06 -3,70]) et ont été de même associé positivement avec la rhinite vie et larhinite 12 mois chez les enfants présentant des sifflements (OR ajusté: 1,63 ; IC 95%: [1,09 -2,45] etOR ajusté: 2,20 ; IC 95%: [1,13 -4,27] respectivement), mais pas avec l’asthme à l’effort.Conclusion: Dans l'ensemble, l'adhésion à un régime alimentaire sain, y compris les antioxydants et lesoméga-3 semble avoir un effet protecteur sur l'asthme et les allergies chez les enfants. Le surpoids etl’obésité a été associé significativement avec l’asthme chez les enfants non atopiques et la rhiniteallergique chez les enfants atopiques. Des études prospectives longitudinales sont donc nécessaires pourpouvoir évaluer les relations de causalité. / Background: The prevalence of asthma and allergy has risen in recent decades, especially amongchildren and in the Western world. This increase in prevalence has become a serious public healthproblem and might be related to a combination of genetic predisposition, environmental factors, andlifestyle changes, including dietary habits. However, epidemiological studies concerning childhood dietrelatedallergic diseases are scarce.Objectives: This work reviews published literature dealing with diet, dietary patterns and nutrition inrelation with allergic diseases among children taking into account the methodology used to evaluatedietary patterns. Moreover, it assesses primary the association between food patterns and asthma andallergic diseases and secondary the relation between asthma and overweight/obesity in the French SixCities Study.Methods: MEDLINE/PubMed and Cochrane Database of Systematic Reviews were used for theliterature review concerning diet and allergic diseases. Cross-sectional studies were conducted inBordeaux, Clermont-Ferrand, Créteil, Marseille, Reims, and Strasbourg among 7432 randomly selectedschoolchildren aged 9-11 years. Parental questionnaires, based on the International Study on Asthmaand Allergies in Childhood (ISAAC), were used to collect information on allergic diseases and potentialrisk factors including a food frequency questionnaire to evaluate dietary habits. Skin prick testing tocommon allergens was performed to identify the existence of an allergic hypersensitivity and exercisetest was performed to assess Exercise-Induced Asthma (EIA).Results: The mean intakes of 12 main food items were calculated and three food patterns wereextracted by principal component analysis labeled: the Mediterranean-like diet, the diet rich in omega-3fatty acids and the unhealthy diet. Relative risks of allergic diseases were estimated as odds ratios (OR)and confounders control was performed with multiple logistic regressions. Wheezing, asthma andrhinitis were more prevalent in boys than in girls. In the multivariate analysis, diet rich in omega-3 wasprotective for lifetime and severe asthma in children (adjusted OR: 0.77; 95% CI: [0.62 -0.96] and9adjusted OR: 0.55; 95% CI: [0.32 -0.94] respectively). Adherence to the Mediterranean-like diet rich inantioxidants tended to be protective against allergic diseases. Overweight and obesity were positivelyassociated with lifetime asthma in non-wheezing children (adjusted OR: 1,98 ; 95% CI: [1,06 -3,70])and were also positively associated with lifetime and past year allergic rhinitis in wheezing children(adjusted OR: 1.63; 95% CI: [1.09 -2.45] and adjusted OR: 2.20; 95% CI: [1.13 -4.27] respectively), butwere not associated with EIA.Conclusion: Overall, adherence to a healthy diet including antioxidants and omega-3 fatty acids seemsto have a protective effect on asthma and allergy in childhood. Overweight and obesity weresignificantly associated with asthma in non-atopic children and with allergic rhinitis in atopic children.Prospective longitudinal studies should be necessary for evaluation of causal relations.

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes canadiens. Aucun facteur de risque modifiable n’a été identifié, mais l’alimentation pourrait être impliquée. Les profils alimentaires, décrivant l’ensemble de l’apport alimentaire, constituent une approche de recherche prometteuse. L’objectif général de cette thèse était d’évaluer le rôle des profils alimentaires et du niveau de transformation des aliments sur le risque de cancer de la prostate. Les données colligées dans une vaste étude cas-témoins populationnelle menée chez les résidents montréalais ont été utilisées. Les 1919 cas incidents histologiquement confirmés étaient âgés de 75 ans ou moins et avaient été diagnostiqués entre 2005 et 2009. Les 1991 témoins ont été sélectionnés aléatoirement à partir de la liste électorale, puis appariés aux cas selon l’âge (± 5 ans). Les informations concernant l’alimentation ont été recueillies avec un questionnaire de fréquence alimentaire documentant la consommation deux ans avant le diagnostic ou l’entrevue. Le premier objectif visait à identifier des profils alimentaires parmi les témoins francophones ainsi que les caractéristiques associées à ces profils. Une analyse en composantes principales a permis d’identifier les profils alimentaires Santé, Occidental modifié - Salé et Occidental modifié - Sucré. Le profil Santé a été associé à des niveaux plus élevés de revenu et d’éducation, à un niveau modéré d’activité physique et à un faible niveau de tabagisme. Le profil Occidental modifié - Salé a été associé avec des ethnicités française, européenne (autre que française) ou latine, avec le fait d’être marié ou en union libre, et était inversement associé avec l’âge. Le profil Occidental modifié - Sucré était plus commun chez les hommes d’origine française et chez les consommateurs de suppléments de vitamines et minéraux. Le deuxième objectif visait à évaluer les associations entre les profils alimentaires et le cancer de la prostate. Les rapports de cotes (RC) et intervalles de confiance (IC) à 95% ont été obtenus par régression logistique non conditionnelle ajustée pour les facteurs de confusion. Le profil Santé était inversement associé au risque de cancer de la prostate (RC= 0,76 [IC 95% = 0,61-0,93], en comparant le quartile supérieur au quartile inférieur). Le profil Occidental - Sucré et Boissons était associé à une augmentation du risque de cancer de la prostate (RC= 1,35 [IC 95% =1,10-1,66], quartile supérieur vs inférieur). Ces résultats sont novateurs. Aucune association n’a été observée avec le profil Occidental - Salé et Alcool. Le troisième objectif visait à évaluer l’association entre le niveau de transformation des aliments et le cancer de la prostate. Les aliments transformés étaient associés à une augmentation du risque (RC= 1,32 [IC 95% =1,07-1,62], quartile supérieur vs inférieur) et l’association était légèrement plus prononcée pour les cancers agressifs. En conclusion, ces résultats suggèrent que les profils alimentaires et le niveau de transformation des aliments jouent un rôle dans le développement du cancer de la prostate. Il s’agit d’informations importantes pour soutenir la promotion de saines habitudes de vie et la prévention du cancer de la prostate. / Prostate cancer is the most commonly diagnosed cancer among men in Canada. No modifiable risk factor has been identified, but diet is suspected to play a role. Dietary patterns, which describe the overall dietary intake rather than the consumption of specific foods or nutrients, represent a promising research approach. The general objective of this thesis was to assess the role of dietary patterns and the level of food processing on the risk of prostate cancer. Data collected in a large population-based case-control study conducted among Montreal residents were used. The 1919 histologically confirmed incident cases were 75 years of age or younger and had been diagnosed between 2005 and 2009. Concurrently, the 1991 controls were randomly selected from the electoral list and frequency-matched to cases by age (± 5 years). Food consumption was assessed using a food frequency questionnaire focusing on the period two years before diagnosis or interview. The first objective was to identify dietary patterns among the French-speaking controlsas well as the characteristics associated with these patterns. Principal component analysis led to the identification of three dietary patterns: Healthy, Western modified - Salty and Western modified - Sweet. The Healthy pattern was associated with higher income, education, moderate levels of recreational physical activity and lower levels of smoking. The Western modified – Salty pattern was positively associated with French, other European (other than French), and Latino ancestries, and with married and common-law relationships, whereas it was inversely associated with age. Finally, the Modified Western – Sweet pattern was more common among men of French ancestry and users of vitamin/mineral supplements. The second objective was to assess associations between the different dietary patterns and prostate cancer. Odds ratios (OR) and 95% confidence interval (95% CI) were obtained by unconditional logistic regression adjusting for confounders. The Healthy dietary pattern was inversely associated with prostate cancer (OR = 0,76 [95% CI = 0,61-0,93], highest vs lowest quartile), whereas the Western - Sweet and beverages pattern increased the risk of this cancer (OR = 1,35 [95% CI = 1,10-1,66], highest vs lowest quartile). Both results are novel. The Western - Salty and alcohol pattern was not associated with prostate cancer risk. The third objective was to assess the association between the level of food processing and prostate cancer. The level of food processing in the diet was assigned using the NOVA food classification. Processed foods were associated with an increased risk (OR = 1,32 [95% CI] = 1,07-1,62], highest vs lowest quartile) of prostate cancer, and the association was slightly more pronounced for high-grade prostate cancers. In conclusion, these results suggest that dietary patterns and the level of food processing play a role on the risk of developing prostate cancer. This information is important for promoting a healthy lifestyle and for prostate cancer prevention.