Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Cerca de 15% dos organismos eucariotos possuem elementos genômicos adicionais dispensáveis chamados cromossomos B. Na maioria dos casos a composição e os efeitos da presença destes cromossomos é desconhecida. Estes elementos estão presentes em diversas espécies de peixes do gênero Astyanax. Assim, os objetivos do presente trabalho foram caracterizar a composição do cromossomo B de A. paranae, bem como os efeitos da presença deste cromossomo nesta espécie e sua relação com cromossomos B de espécies próximas. Foram identificados sete genes codificadores de proteínas no cromossomo B de A. paranae, dos quais quatro mostraram expressão diferencial nos ovários de fêmeas 0B e 1B. Além disto, quatro destes genes estão presentes nos cromossomos B de A. fasciatus e de A. bockmanni. Desta forma, nós concluímos que o cromossomo B de A. paranae interfere na expressão dos genes que carrega em seu próprio benefício e possui uma origem comum com cromossomos B encontrados em outras espécies de Astyanax. Além deste objetivo principal do trabalho, também foi realizada uma análise do DNA mitocondrial de A. paranae e, por extensão, dos vertebrados em geral. Esta análise revelou inicialmente que o conteúdo de bases do DNA mitocondrial dos vertebrados tende a um padrão comum. Adicionalmente, foi possível distinguir grupos entre as classes de vertebrados com conteúdos semelhantes na composição de bases do DNA mitocondrial, indicando que a evolução do DNA destas organelas poderia estar relacionada às... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: About 15% of eukaryotic organisms have additional and dispensable genomic elements called B chromosomes. In most cases the composition and effects of the presence of these chromosomes is unknown. These elements are present in several species of fish of the genus Astyanax. Thus, the objectives of the present work were to characterize the composition of the B chromosome of A. paranae, as well as the effects of the presence of this chromosome in this species and its relation with B chromosomes of nearby species. Seven protein-coding genes were identified on the B chromosome of A. paranae, of which four showed differential expression in the ovaries of females 0B and 1B. In addition, five of these genes are present on the B chromosomes of A. fasciatus and A. bockmanni. Thus, we conclude that the B chromosome of A. paranae interferes with the expression of the genes it carries for its own benefit and has a common origin with B chromosomes found in other species of Astyanax. In addition to this main objective of the work, an analysis of the mitochondrial DNA of A. paranae and, by extension, of the vertebrates in general was also performed. This analysis initially revealed that the base content of vertebrate mitochondrial DNA tends to a common pattern, and it was possible to distinguish groups among vertebrate classes with similar contents in mitochondrial DNA bases, indicating that the DNA evolution of these organelles could be related to the biological characteristics of each group... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by DUÍLIO MAZZONI ZERBINATO DE ANDRADE SILVA null (duzerbinato@yahoo.com.br) on 2018-03-13T18:57:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_Duilio_2018.pdf: 3388923 bytes, checksum: d3bd5397e2e92ef08a15e7b3a7fe9cc8 (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-03-16T19:40:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_dmza_dr_bot.pdf: 3388923 bytes, checksum: d3bd5397e2e92ef08a15e7b3a7fe9cc8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-16T19:40:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_dmza_dr_bot.pdf: 3388923 bytes, checksum: d3bd5397e2e92ef08a15e7b3a7fe9cc8 (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cerca de 15% dos organismos eucariotos possuem elementos genômicos adicionais dispensáveis chamados cromossomos B. Na maioria dos casos a composição e os efeitos da presença destes cromossomos é desconhecida. Estes elementos estão presentes em diversas espécies de peixes do gênero Astyanax. Assim, os objetivos do presente trabalho foram caracterizar a composição do cromossomo B de A. paranae, bem como os efeitos da presença deste cromossomo nesta espécie e sua relação com cromossomos B de espécies próximas. Foram identificados sete genes codificadores de proteínas no cromossomo B de A. paranae, dos quais quatro mostraram expressão diferencial nos ovários de fêmeas 0B e 1B. Além disto, quatro destes genes estão presentes nos cromossomos B de A. fasciatus e de A. bockmanni. Desta forma, nós concluímos que o cromossomo B de A. paranae interfere na expressão dos genes que carrega em seu próprio benefício e possui uma origem comum com cromossomos B encontrados em outras espécies de Astyanax. Além deste objetivo principal do trabalho, também foi realizada uma análise do DNA mitocondrial de A. paranae e, por extensão, dos vertebrados em geral. Esta análise revelou inicialmente que o conteúdo de bases do DNA mitocondrial dos vertebrados tende a um padrão comum. Adicionalmente, foi possível distinguir grupos entre as classes de vertebrados com conteúdos semelhantes na composição de bases do DNA mitocondrial, indicando que a evolução do DNA destas organelas poderia estar relacionada às características biológicas de cada grupo, como modo de respiração, ocupação do meio terrestre ou aquático, modo de vida em água doce ou salgada e taxa metabólica dos organismos. / About 15% of eukaryotic organisms have additional and dispensable genomic elements called B chromosomes. In most cases the composition and effects of the presence of these chromosomes is unknown. These elements are present in several species of fish of the genus Astyanax. Thus, the objectives of the present work were to characterize the composition of the B chromosome of A. paranae, as well as the effects of the presence of this chromosome in this species and its relation with B chromosomes of nearby species. Seven protein-coding genes were identified on the B chromosome of A. paranae, of which four showed differential expression in the ovaries of females 0B and 1B. In addition, five of these genes are present on the B chromosomes of A. fasciatus and A. bockmanni. Thus, we conclude that the B chromosome of A. paranae interferes with the expression of the genes it carries for its own benefit and has a common origin with B chromosomes found in other species of Astyanax. In addition to this main objective of the work, an analysis of the mitochondrial DNA of A. paranae and, by extension, of the vertebrates in general was also performed. This analysis initially revealed that the base content of vertebrate mitochondrial DNA tends to a common pattern, and it was possible to distinguish groups among vertebrate classes with similar contents in mitochondrial DNA bases, indicating that the DNA evolution of these organelles could be related to the biological characteristics of each group, such as the type of respiration, occupation of the terrestrial or aquatic environment, freshwater or salt water livelihood and metabolic rates of organisms. / 2013/24367-0

Orientador: Patricia Pintor dos Reis / Resumo: Introdução: O adenocarcinoma é o subtipo histológico mais comum de câncer de pulmão e leva à óbito milhões de pacientes a cada ano, mundialmente. Biomarcadores com utilidade clínica potencial têm sido identificados; entre estes, os RNAs não codificadores e os pseudogenes apresentam um potente papel na regulação de genes-alvo e genes parentais regulados por mRNAs respectivamente, os quais estão associados a vias moleculares de tumorigênese. Objetivos: Identificar alterações na expressão de pseudogenes em adenocarcinoma pulmonar, utilizando dados de transcritoma (RNA-Seq). Material e Métodos: Este estudo incluiu 27 tumores de adenocarcinoma pulmonar e 10 tecidos pulmonares histologicamente normais, adjacentes ao tumor, dos mesmos pacientes. Dados de RNA-Seq foram gerados na plataforma Illumina HiScan SQ e utilizados para a aplicação de uma estratégia de análise a fim de identificar sequências de pseudogenes com expressão anormal em tumores. Os pseudogenes com expressão significativamente alterada (p<0,05) foram validados no banco de dados The Cancer Genome Atlas (TCGA) e utilizados para identificação funcional, in silico, utilizando métodos computacionais incluindo o IID (Integrated Interactions Database), TOPPGENES (functional enrichment analysis), mirDip (microRNA Data Integration Portal) e NAViGaTOR (Network Analysis, Visualization, & GraphingTORonto). Resultados e Discussão: Foram identificados 60 pseudogenes desregulados em adenocarcinoma pulmonar, sendo que 34 destes fora... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Background: Lung adenocarcinoma is the most common histological subtype of lung cancer and is associated with high rates of patient death (>1 million), every year. Clinically useful biomarkers have been identified; among these, non-coding RNAs and pseudogenes have a potent role in the regulation of miRNA target genes and parental genes, respectively, which are associated with tumorigenesis pathways. Objectives: To identify alterations in pseudogene expression in lung adenocarcinoma using transcriptome data (RNA-Seq). Material and Methods: This study included 27 lung adenocarcinoma and 10 histologically normal tissues, adjacent to the tumors, from the same patients. RNA-Seq data were generated on the Illumina HiScan SQ platform and utilized for application of a data analysis strategy (pipeline) in order to identify pseudogene sequences with abnormal expression in tumor compare to normal tissues. Pseudogenes with significantly altered expression (p<0,05) were validated using external dataset The Cancer Genome Atlas (TCGA) and subsequently used for in silico functional analysis, using computational tools including IID (Integrated Interactions Database), TOPPGENES (functional enrichment analysis), mirDip (microRNA Data Integration Portal) and NAViGaTOR (Network Analysis, Visualization, & Graphing TORonto). Results and Discussion: A total of 60 deregulated pseudogenes were identified in pulmonary adenocarcinoma, 34 of which were validated in the TCGA database. Some pseudogenes sho... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O carcinoma renal de células claras é o tumor renal maligno mais frequentemente diagnosticado nos adultos. Uma série de defeitos genéticos tem sido observada no tecido tumoral renal e tais achados podem estar envolvidos na gênese ou progressão desses tumores. Alterações metabólicas e genéticas da mitocôndria são fatores que contribuem para muitas doenças humanas, incluindo o câncer. Objetivo: Estabelecer método para extração mitocondrial sem contaminação pelo DNA nuclear; verificar se existe contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs) no sequenciamento do genoma mitocondrial no carcinoma renal de células claras. Métodos: Para o estudo foram selecionados quatro pacientes portadores de carcinoma renal de células claras. Após a cirurgia obtivemos de cada paciente um fragmento de tumor e um fragmento de parênquima renal sem comprometimento neoplásico, as amostras de cada paciente foram extraídas de forma que ao final pudéssemos obter quatro amostras de DNA, sendo duas com isolamento da mitocôndria e duas sem o isolamento da mitocôndria. As amostras obtidas foram submetidas às seguintes análises genéticas: Sequenciamento completo do mtDNA; Reação em cadeia da polimerase para avaliação da contaminação do mtDNA obtido com isolamento da organela por DNA nuclear; avaliação do número de cópias do mtDNA (depleção) e patogenicidade das mutações. Resultados: Com os resultados obtidos neste estudo podemos afirmar que é possível a realização da extração do DNA mitocondrial sem a contaminação do genoma nuclear; e que o DNA mitocondrial extraído de maneira clássica do DNA total não apresentou contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs). / Clear cell renal carcinoma is the most frequently diagnosed malignant renal tumor in adults. A number of genetic defects have been observed in renal tumor tissue and such findings may be involved in the genesis or progression of these tumors. Metabolic and genetic changes in mitochondria are contributing factors to many human diseases, including cancer. Objective: To establish a method for mitochondrial extraction without nuclear DNA contamination; check for contamination by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs) in the sequencing of the mitochondrial genome in clear cell renal carcinoma. Methods: Four patients with clear cell renal carcinoma were selected for the study. After surgery, we obtained from each patient a tumor fragment and a renal parenchyma fragment without neoplastic involvement, the samples from each patient were extracted so that in the end we could obtain four DNA samples, two with mitochondrial isolation and two without the mitochondria isolation of mitochondria. The obtained samples were submitted to the following genetic analyzes: Complete sequencing of mtDNA; Polymerase chain reaction to evaluate the contamination of mtDNA obtained with organelle isolation by nuclear DNA; evaluation of mtDNA copy number (depletion) and pathogenicity of mutations. Results: With the results obtained in this study we can affirm that it is possible to perform mitochondrial DNA extraction without contamination of the nuclear genome; and that the mitochondrial DNA extracted from the classical DNA of the total DNA was not contaminated by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1200564 bytes, checksum: 7a0f61b430c00f9ecb6c3820735aa8e0 (MD5) Previous issue date: 2010-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The investigation of intra-individual variation of the rDNA cistron ITS in Carapichea ipecacuanha was made from direct sequencing of 26 individuals and from sequencing of 240 clones, representing another 51 individuals. The secondary structures of 5.8S and ITS2 regions show the typical configurations present in angiosperms respectively for 20 and 48 haplotypes. The comparison with the conserved motifs in angiosperms and the secondary structures obtained for the 5.8S region, the most reliable markers of functional sequences in C. ipecacuanha, allowed the identification of 13 pseudogenes among 26 haplotypes of 5.8S. The analysis of the secondary structure of ITS2 added one haplotype to the set of pseudogenes. The loss of functionality in some haplotypes has occurred prior to the others copies due to the accumulation of a larger number of substitutions and the formation of groups of pseudogenes that belong to distinct populations. / A investigação da variação intra-individual do cistron de rDNA ITS em Carapichea ipecacuanha foi realizada a partir de seqüenciamento direto de fragmentos de PCR de 26 indivíduos e do seqüenciamento de 240 clones, representando outros 51 indivíduos. As estruturas secundárias das regiões 5.8S e ITS2 apresentam as configurações típicas presentes em angiospermas respectivamente em 20 e 48 haplótipos encontrados. A comparação com os motivos conservados em angiospermas e as estruturas secundárias obtidas para a região 5.8S, indicadores mais confiáveis da funcionalidade das seqüências em C. ipecacuanha, permitiram a identificação de 13 pseudogenes entre os 26 haplótipos de 5.8S encontrados. A análise da estrutura secundária do ITS2 adicionou um haplótipo ao conjunto de pseudogenes. A perda de funcionalidade em alguns haplótipos deve ser mais antiga do que em outros em razão do acúmulo de maior número de substituições e da formação de grupos de pseudogenes pertencentes a populações distintas.

O carcinoma renal de células claras é o tumor renal maligno mais frequentemente diagnosticado nos adultos. Uma série de defeitos genéticos tem sido observada no tecido tumoral renal e tais achados podem estar envolvidos na gênese ou progressão desses tumores. Alterações metabólicas e genéticas da mitocôndria são fatores que contribuem para muitas doenças humanas, incluindo o câncer. Objetivo: Estabelecer método para extração mitocondrial sem contaminação pelo DNA nuclear; verificar se existe contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs) no sequenciamento do genoma mitocondrial no carcinoma renal de células claras. Métodos: Para o estudo foram selecionados quatro pacientes portadores de carcinoma renal de células claras. Após a cirurgia obtivemos de cada paciente um fragmento de tumor e um fragmento de parênquima renal sem comprometimento neoplásico, as amostras de cada paciente foram extraídas de forma que ao final pudéssemos obter quatro amostras de DNA, sendo duas com isolamento da mitocôndria e duas sem o isolamento da mitocôndria. As amostras obtidas foram submetidas às seguintes análises genéticas: Sequenciamento completo do mtDNA; Reação em cadeia da polimerase para avaliação da contaminação do mtDNA obtido com isolamento da organela por DNA nuclear; avaliação do número de cópias do mtDNA (depleção) e patogenicidade das mutações. Resultados: Com os resultados obtidos neste estudo podemos afirmar que é possível a realização da extração do DNA mitocondrial sem a contaminação do genoma nuclear; e que o DNA mitocondrial extraído de maneira clássica do DNA total não apresentou contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs). / Clear cell renal carcinoma is the most frequently diagnosed malignant renal tumor in adults. A number of genetic defects have been observed in renal tumor tissue and such findings may be involved in the genesis or progression of these tumors. Metabolic and genetic changes in mitochondria are contributing factors to many human diseases, including cancer. Objective: To establish a method for mitochondrial extraction without nuclear DNA contamination; check for contamination by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs) in the sequencing of the mitochondrial genome in clear cell renal carcinoma. Methods: Four patients with clear cell renal carcinoma were selected for the study. After surgery, we obtained from each patient a tumor fragment and a renal parenchyma fragment without neoplastic involvement, the samples from each patient were extracted so that in the end we could obtain four DNA samples, two with mitochondrial isolation and two without the mitochondria isolation of mitochondria. The obtained samples were submitted to the following genetic analyzes: Complete sequencing of mtDNA; Polymerase chain reaction to evaluate the contamination of mtDNA obtained with organelle isolation by nuclear DNA; evaluation of mtDNA copy number (depletion) and pathogenicity of mutations. Results: With the results obtained in this study we can affirm that it is possible to perform mitochondrial DNA extraction without contamination of the nuclear genome; and that the mitochondrial DNA extracted from the classical DNA of the total DNA was not contaminated by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs).

We developed a new program called GeneTack for ab initio frameshift detection in intronless protein-coding nucleotide sequences. The GeneTack program uses a hidden Markov model (HMM) of a genomic sequence with possibly frameshifted protein-coding regions. The Viterbi algorithm nds the maximum likelihood path that discriminates between true adjacent genes and a single gene with a frameshift. We tested GeneTack as well as two other earlier developed programs FrameD and FSFind on 17 prokaryotic genomes with frameshifts introduced randomly into known genes. We observed that the average frameshift prediction accuracy of GeneTack, in terms of (Sn+Sp)/2 values, was higher by a signicant margin than the accuracy of the other two programs. GeneTack was used to screen 1,106 complete prokaryotic genomes and 206,991 genes with frameshifts (fs-genes) were identifed. Our goal was to determine if a frameshift transition was due to (i) a sequencing error, (ii) an indel mutation or (iii) a recoding event. We grouped 102,731 genes with frameshifts (fs-genes) into 19,430 clusters based on sequence similarity between their protein products (fs-proteins), conservation of predicted frameshift position, and its direction. While fs-genes in 2,810 clusters were classied as conserved pseudogenes and fs-genes in 1,200 clusters were classied as hypothetical pseudogenes, 5,632 fs-genes from 239 clusters pos- sessing conserved motifs near frameshifts were predicted to be recoding candidates. Experiments were performed for sequences derived from 20 out of the 239 clusters; programmed ribosomal frameshifting with eciency higher than 10% was observed for four clusters. GeneTack was also applied to 1,165,799 mRNAs from 100 eukaryotic species and 45,295 frameshifts were identied. A clustering approach similar to the one used for prokaryotic fs-genes allowed us to group 12,103 fs-genes into 4,087 clusters. Known programmed frameshift genes were among the obtained clusters. Several clusters may correspond to new examples of dual coding genes. We developed a web interface to browse a database containing all the fs-genes predicted by GeneTack in prokaryotic genomes and eukaryotic mRNA sequences. The fs-genes can be retrieved by similarity search to a given query sequence, by fs- gene cluster browsing, etc. Clusters of fs-genes are characterized with respect to their likely origin, such as pseudogenization, phase variation, programmed frameshifts etc. All the tools and the database of fs-genes are available at the GeneTack web site http://topaz.gatech.edu/GeneTack/

Thesis (M.Sc.). / Written for the Dept. of Biology. Title from title page of PDF (viewed 2008/12/07). Includes bibliographical references.

G-protein coupled receptors (GPCRs) play a key role in a broad range of biological processes by binding to a wide variety of signaling molecules, which have resulted in 34% of all FDA-approved drugs which target GPCRs. The human genome encodes for approximately 800 GPCR members of which about 140 non-olfactory receptors remain orphans with an unknown function and endogenous ligand. Despite prolonged efforts to deorphanize the unresolved receptors, they remain orphans until this day. By studying scientific publications, this thesis has clarified the challenges with the deorphanization of GPCRs to explain why there are still so many orphan GPCRs when they have confirmed involvement in so many human disorders.

Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-23T15:53:00Z No. of bitstreams: 1 Tese final.pdf: 4005234 bytes, checksum: 457b822652d4193c9c8e25953f4d3dc1 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-07-26T13:34:20Z (GMT) / Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-26T14:07:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_Diego_Felipe_Alves_Batista.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) Previous issue date: 2017-07-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O tifo aviário, causado por Salmonella Gallinarum biotipo Gallinarum, é uma infecção caracterizada pela alta mortalidade nos lotes de aves suscetíveis acometidos, enquanto S. Gallinarum biotipo Pullorum, o agente da pulorose, infecta as aves de produção industrial com as quais desenvolve relação mais branda. Ainda é escasso o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam essas diferentes interações patógeno-hospedeiro. Nesse estudo, objetivou-se investigar o efeito de deleção parcial das sequências codificantes dos genes idnT (transportador de L-idonato ou D-gluconato), idnO (5-cetogluconato redutase) e ccmH (heme liase necessária na montagem de citocromos do tipo C) sobre a patogenicidade de S. Gallinarum 287/91 (SG287/91), uma vez que seus ortólogos são pseudogenes conservados em S. Pullorum. Os clones mutantes SG∆idnTO, SG∆ccmH e SG∆ccmHidnTO foram obtidos por meio da técnica de mutação sítio-dirigida, denominada de recombinação Lambda-Red e testados em dois experimentos independentes com aves comerciais semipesadas de postura suscetíveis ao tifo aviário. No 1º experimento não se observou alteração da patogenicidade dos clones mutantes após inoculação oral, pois todos os animais infectados desenvolveram sinais clínicos típicos do tifo aviário e vieram a óbito ao longo de 12 dias pós-infecção (dpi). Apesar dos 100% de mortalidade, as infecções desenvolvidas pelos clones SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO levaram os animais a óbito dentro de 48 horas desde o aparecimento dos sinais clínicos, enquanto SG287/91 o fez em 6 dias, sugerindo aumento da virulência dos clones mutantes. No 2º experimento observou-se que as mutantes invadiram o hospedeiro a partir do intestino, embora as quantidades recuperadas de SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO nos fígados e de SG∆idnTO nos baços, no 5º dpi, foram superiores a de SG287/91, reforçando a hipótese de aumento da virulência dos clones contendo a alteração idnTO. Apesar disso, os níveis de transcrição das citocinas CXCLi2 e IL6 produzidos à infecção por SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO não diferiram nas tonsilas cecais nos 1º e 3º dpi e nos baços no 3º dpi em relação à infecção por SG287/91. Somente SG∆ccmH inclinou-se a estimular a transcrição de CXCLi2 e IL6 nas tonsilas cecais no 1° dpi em relação ao grupo controle, enquanto SG287/91 tendeu a suprimi-la. Porém, não houve suporte estatístico para essa observação. Os níveis de mRNA do IFNγ estavam aumentados para todas as estirpes de S. Gallinarum, mutantes ou não, porém sem diferença estatística entre eles. Os resultados do presente estudo indicam que a ruptura nos genes idnTO, e em menor grau do gene ccmH, poderiam levar a perda de “fitness” em S. Gallinarum, lhes justificando a permanência no genoma desse micro-organismo, ao contrário do que ocorre com S. Pullorum. O estudo da patogenicidade de estirpe de S. Pullorum tendo reconstituídos os genes idnTO e ccmH no seu genoma poderia esclarecer os motivos pelos quais esses foram negativamente selecionados por esse micro-organismo. / Fowl typhoid, caused by Salmonella Gallinarum biovar Gallinarum, is an infectious disease which elicits high mortality into a flock of susceptible birds whereas S. Gallinarum biovar Pullorum, the aetiological agent of pullorum disease, infects poultry of commercial importance with which such a bacterium sets off a more permissive host-pathogen interaction. Little is known about the molecular mechanisms driving these distinct interplays with the host. Herein, we aimed at investigating the effect of partial deletions in the idnT (L-idonate / D-gluconate transporter), idnO (5-ketogluconase reductase) and ccmH (heme liase involved in the c-type cytochrome maturation) coding sequences on S. Gallinarum 287/91 (SG287/91) pathogenicity since they are conserved pseudogenes in S. Pullorum genomes. SG∆idnTO, SG∆ccmH and SG∆ccmHidnTO mutant strains were constructed through a one-step inactivation technique, known as Lambda-Red-mediated recombination, and tested on two independent experiments by using a commercial brown egg-producing layer line susceptible to fowl typhoid. On the experiment 1, no changing was observed in the pathogenicity of the mutant strains upon oral inoculation as the infected animals developed typical fowl typhoid clinical signs and died along 12 days post-infection (dpi). In spite of causing 100% mortality, SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO killed all the animals within 48 hours since the clinical signs appearance while SG287/91 did so in 6 days, indicating an increased virulence by these mutant strains. On the experiment 2 every mutant strain were able to invade the host system from the intestine albeit SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were recovered from livers and SG∆idnTO alone from spleens at higher numbers than was SG287/91, supporting the hypothesis of increased virulence for those clones harbouring the idnTO mutation. Despite the results above, CXCLi2 and IL6 transcription levels during infection by SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were similar to that induced by SG287/91 in caecal tonsils at 1 and 3 dpi and in spleens at 3 dpi. In contrast, SG∆ccmH trended to stimulate CXCLi2 and IL6 transcription in caecal tonsils at 1 dpi when compared to the negative, control group whereas SG287/91 tended to suppress it, but no statistical significance was found for such an observation. IFNγ mRNA were augmented for all S. Gallinarum strains, mutant or not, but without statistical difference amongst them. These findings indicate that gene decay into idnTO, and at a lesser extent, into ccmH sequences might lead to the loss of fitness by S. Gallinarum, raising an explanation for their maintenance on this bacterium chromosome when the opposite happens to S. Pullorum. Studying the pathogenicity of a S. Pullorum strain possessing both the idnTO and ccmH genes in its genome could bring to light the reasons whereby such genes were negatively selected by this microorganism. / FAPESP: 2013/22920-4 / FAPESP: 2013/26127-7