Le transfert horizontal de gènes (THG, ou transfert latéral de gènes) est un mécanisme d'évolution naturel qui consiste en le transfert direct du matériel génétique d'une espèce à une autre. La possibilité que le transfert horizontal de gènes puisse jouer un rôle clé dans l'évolution biologique est un changement fondamental dans notre perception des aspects généraux de la biologie évolutive survenu ces dernières années. Par exemple, les bactéries et les virus possèdent des mécanismes sophistiqués d'acquisition de nouveaux gènes par transfert horizontal leur permettant de s'adapter et d'évoluer adéquatement dans leur environnement. Jusqu'à tout récemment, les méthodes de détection de ce mécanisme reposaient essentiellement sur l'analyse de séquences et étaient très rarement automatisées. Il est impossible de représenter l'évolution d'organismes ayant subi des THG à l'aide d'arbres phylogénétiques acycliques. La présentation adéquate est celle d'un réseau. Dans cette thèse, nous décrivons un nouveau modèle de ce mécanisme d'évolution, en se basant sur l'étude de différences topologiques et métriques entre un arbre d'espèces et un arbre du gène inférés pour le même ensemble d'espèces. Les méthodes qui en découlent ont été appliquées à des jeux de données réelles où des hypothèses de transferts latéraux de gènes étaient plausibles. Des simulations Monté-Carlo ont été menées afin d'évaluer la qualité des résultats par rapport à des méthodes existantes. Nous présentons également une généralisation du modèle de transferts horizontaux complets qui est applicable pour détecter des transferts partiels et identifier des gènes mosaïques. Dans ce dernier modèle, on suppose qu'une partie seulement du gène a été transférée. Enfin, nous présentons une application de ces nouvelles méthodes servant à modéliser des emprunts de mots survenus durant l'évolution des langues indo-européennes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arbre phylogénétique, réseau réticulé, transfert horizontal de gènes, critère des moindres carrés, distance de Robinson et Foulds, dissimilarité de bipartitions, biolinguistique.

La présente thèse s'inscrit dans les pratiques de soutien. Elle s'appuie sur le concept de réseau. La recherche a été effectuée à partir d'entrevues et de questionnaires obtenus auprès de 20 couples avec enfants, vivant à Québec et à Lévis, qui ont entrepris de réaliser leur établissement. Deux types de liens y sont explorés, soit les liens forts ou tissés serrés et les liens faibles ou mi-serrés, ceux-ci étant constitués de non intimes, par exemple, des collègues de travail, des camarades d'études, des groupes associatifs et volontaires, etc. L'entrée dans la modernité a scindé les liens sociaux en deux composantes, soit les liens forts représentés par la parenté immédiate et les amis, ainsi que les liens faibles, soit diverses connaissances, formelles et informelles. Malgré leur nombre et leur utilité, les liens faibles sont souvent négligés dans les recherches sur le soutien. Il s'agissait, dans cette étude, de savoir si les liens de parenté étaient encore vivaces et ensuite, de déterminer dans quelle proportion le soutien pouvait être obtenu des réseaux à liens faibles ou mi-serrés, lorsque l'aide des proches n'était pas disponible. Il nous importait également de connaître la variété des significations que les répondants et les répondantes attribuaient à cette assistance, selon la notion des représentations sociales. Par ailleurs, cette thèse confirme la compétence que détiennent les sujets pour contourner les contraintes - se rapportant, ici, à l'obtention d'un soutien - tel que défini dans la pensée structuraliste constructiviste. Les liens de parenté n'ont pas perdu leur vivacité, bien au contraire. Nous avons relevé leur prégnance dans la présente étude de même que le climat d'affectivité qui régnait dans les familles rencontrées. Nos informateurs et informatrices préfèrent l'assistance des parents qui dispensent une aide autant matérielle que morale. Cependant, cette assistance est réduite lorsque les couples habitent loin de la parenté, comme c'est le cas dans notre étude pour près de la moitié des répondants(es). Notre enquête démontre que les familles reçoivent une moyenne d'assistance plus élevée de la part de leurs réseaux à liens faibles que de leurs réseaux à liens forts. Cette aide vient suppléer le déficit d'assistance des proches. La majorité des couples adhérent à des réseaux à liens faibles informels et à des groupes formels répondant à diverses vocations, en partant des organismes communautaires jusqu'aux associations sportives, culturelles ou récréatives. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : réseaux, soutien, assistance, liens forts, liens tissés serrés, liens faibles, liens mi-serrés, connaissances, familles, couples, établissement.

Les réseaux à radios cognitives sont des réseaux émergeants donnant une possibilité d'accès dynamique au spectre dans le but de l'utiliser de façon plus efficace. Le problème de routage dans ce type de réseaux est assez complexe vu l'aspect dynamique et flexible d'un environnement cognitif opportuniste. Notre travail consiste à suggérer une solution de routage efficace et performante en débit et délai de transmission de bout en bout. Dans ce mémoire, nous proposons un nouveau protocole de routage réactif en s'inspirant des protocoles de routage déjà existant dans les réseaux sans fil classiques car ils présentent une grande maturité. Les simulations effectuées démontrent que l'algorithme permet d'atteindre un débit de transmission élevé avec un petit délai de transmission de bout en bout, ainsi qu'un bon maintien de chemins face à l'activation de transmission d'utilisateurs primaires. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : réseaux à radios cognitives, routage réactif, multi-interface, utilisateur primaire, utilisateur secondaire.

Cette thèse porte sur l'analyse de l'importance des contributions des infrastructures de transport au développement économique et social en tenant compte des spécificités propres à l'économie djiboutienne. Nous avons effectué cette analyse dans le cadre théorique de l'industrie des réseaux, de l'économie spatiale et des modèles de croissance endogène. En tant que composante des industries de réseaux, les réseaux de transport sont sources d'économies externes positives qui se diffusent à l'ensemble de l'activité économique et qui font d'eux un facteur de développement économique indispensable. Ces effets externes peuvent s'exercer dans le voisinage immédiat des infrastructures de transport et peuvent influencer les choix de localisation des acteurs économiques. Ils ont aussi des effets macroéconomiques qui se propagent aussi à l'échelle de la nation et modélisés par les nouvelles théories de la croissance. En nous appuyant sur les apports théoriques des modèles de croissance endogène, nous avons effectué une analyse économétrique pour mesurer les effets exercés par les dépenses publiques et privées d'investissement sur l'évolution du revenu réel dans le cas de Djibouti. Nous avons basé l'étude économétrique sur l'estimation d'une fonction de production agrégée par la méthode de cointégration et le modèle Vectoriel à Correction d'erreurs (VECM). Les résultats des estimations ont montré que, conformément à ce qui était attendu, à long terme, le stock de capital privé a un effet positif significatif sur le du revenu réel. A l'inverse, le stock de capital public a un impact négatif significatif sur la dynamique du PIB réel aussi bien dans le court terme que dans le long terme. Mots clés : Infrastructures de transport, Développement, croissance, investissements publics, port de Djibouti, port de Doraleh, transport maritime, COMESA.

La connaissance comme facteur de production a des caractéristiques spécifiques. Elle est attachée à des individus, à leurs interactions et au contexte social. Sa création nécessite d’une part, la circulation et l’ouverture sur l’extérieur, et d’autre part l’intégration (une gouvernance adéquate qui permet des comportements cohérents). Cela met en évidence un dilemme économique que les organisations conventionnelles (firme, marché) ne semblent pas à même de résoudre. C’est pourquoi il convient d’analyser la capacité d’une forme organisationnelle alternative – la coopération en Réseau. Cette question est abordée selon trois axes : (1) une mise en perspective théorique du Réseau et sa comparaison avec les formes marchandes et hiérarchiques conventionnelles, (2) l’analyse des modalités d’émergence et (3) de la performance du Réseau. L’exemple du Logiciel Libre comme alternative productive de type Réseau dans l’industrie logicielle est utilisé. Cette thèse met en lumière les avantages et les problèmes intrinsèques du modèle du Libre. Elle discute les perspectives de ce modèle dans d’autres domaines de production intensifs en connaissance. / Knowledge as a factor of production has some specific features. It does not exist independently from individuals, from their interactions and from the social context. It requires, on one hand, free circulation and openness and, on the other hand, integration (i.e. an adequate governance to ensure coherent actions). This constitutes an economic dilemma which the conventional organization forms (firm, market) often fail to solve. Therefore, the analysis of capabilities of an alternative organization – the cooperation in Network – becomes especially relevant. The analysis of this question is undertaken throughout three chapters: (1) a formal theoretical representation of the Network organization and its comparison with the market-like and hierarchical forms, (2) the empirical analysis of the patterns of its development and (3) of its performance. The example of Free and Open Source Software, representing the network-like alternative in the software industry, has been used. This work highlights the advantages and the inherent problems of the F/OSS model. It discusses the perspective of this model in other fields of the knowledge-intensive production.

L’augmentation et le renforcement des usages d’Internet rend nécessaire l’évolution des réseaux existants. Cependant, on constate de fortes inégalités entre les zones urbaines, bien desservies et qui concentrent l’essentiel des investissements, et les zones rurales, mal desservies etdélaissées. Face à cette situation, les utilisateurs de ces zones se tournent vers d’autres moyensd’accès, et notamment vers les accès Internet par satellite. Cependant, ces derniers souffrentd’une limitation qui est le délai important induit par le temps de propagation du signal entre la terre et l’orbite géostationnaire. Dans cette thèse, nous nous intéressons à l’utilisation simultanée d’un réseau d’accès terrestre, caractérisé par un faible débit et un faible délai, et d’un réseau d’accès satellite, caractérisé par une forte latence et un débit plus important. D’autre part, les réseaux dediffusion de contenus ou CDNs, constitués d’un grand nombre de serveurs de cache, apportentune réponse à l’augmentation du trafic et des besoins en termes de latence et de débit.Cependant, localisés dans les réseaux de cœur, les caches restent éloignés des utilisateurs etn’atteignent pas les réseaux d’accès. Ainsi, les fournisseurs d’accès Internet (FAI) se sontintéressés au déploiement de ces serveurs au sein de leur propre réseau, que l’on appelle alorsTelCo CDN. La diffusion des contenus nécessite idéalement l’interconnexion des opérateurs CDNavec les TelCo CDNs, permettant ainsi la délégation de la diffusion à ces derniers. Ils sont alorsen mesure d’optimiser la diffusion des contenus sur leur réseau dont ils ont une meilleureconnaissance. Ainsi, nous nous intéresserons à l’optimisation de la livraison de contenus sur unréseau hybride satellite / terrestre intégré à une chaîne de livraison CDN. Nous nous attacheronsdans un premier temps à décrire une architecture permettant, grâce à l’interconnexion de CDNs,de prendre en charge la diffusion des contenus sur le réseau hybride. Dans un second temps,nous étudierons l’intérêt de la connaissance des informations apportées par le contexte CDN pour le routage sur une telle architecture. Dans ce cadre, nous proposerons un mécanisme de routage fondé sur la taille des contenus. Finalement, nous montrerons la supériorité de notre approche sur l’utilisation du protocole de transport multichemin MP-TCP

Les technologies CPL offrent une possibilité de créer un réseau informatique en utilisant le réseau électrique domestique comme support de communication. Elles offrent aujourd’hui des débits suffisants pour mettre en place les mêmes applications que sur les réseaux wifi ou Ethernet. Néanmoins, les performances sont très tributaires de la configuration électrique et électromagnétique de l’habitation et peuvent se révéler dans plusieurs cas non satisfaisantes. L’objectif de ce mémoire est de développer un outil déterministe permettant de qualifier une installation électrique vis-À-Vis du CPL. Après une analyse et une étude comparative des modèles les fréquents dans les travaux scientifiques, celui basé sur les multi trajets a été choisi et implémenté. L’outil permet de calculer des paramètres du canal entre deux points du réseau. Les éléments de protection (disjoncteurs) non repris dans la littérature ont été caractérisés et modélisés. L’impact de la topologie du réseau (dérivation, étoile, cascade) et du type de câble (R02V, ICT) a été investigué. Lorsque la topologie du réseau électrique n’est pas connue, nous avons initié une approche pour la déterminer à partir des temps de propagation d’une impulsion entre les prises de courant. / Power line communications (PLC) technologies allow deploying low cost home data network using power cables as transmission lines. They offer nowadays data rate sometimes upper than those of Wifi standard. However, PLC performances strongly depend on the electric and electromagnetic environment of the domestic power grid. The announced data rates are then rarely achieved. The aim of this work is to develop a tool computing the expected PLC performances of a given network. Frequent PLC models are compared and the multipath model has been chosen after than analysis. The developed simulator can compute the transmission parameters (transfer function, channel capacity, coherence bandwidth) between two points of the grid. The influence of the grid topology and the cable type is investigated. When the grid topology is unknown, an algorithm to compute it has been initiated from the pulse propagation times between power outlets.

La présente recherche a pour objet l'étude des processus de décisions dans une organisation pluraliste. Elle prend pour terrain de recherche une importante Chambre de Commerce et d'Industrie de l'Est de la France et pose la problématique générale suivante : « Comment améliorer la prise de décision dans une organisation politique ? ». A la suite de notre revue de la littérature, nous avons retenu trois dimensions dans la décision nous paraissant pertinentes dans le cadre de ce travail : une dimension d'ordre temporel, une dimension d'ordre sociocognitif (chez les acteurs de la décision) et une dimension technique (quels outils de gestion ?) Ce travail s'est inscrit dans une approche pratique de la décision, expliquant ainsi notre référence à la théorie de l'acteur réseau dont l'utilisation nous a semblé parfaitement pertinente pour ce type d'organisation.Nous avons travaillé sur trois études de cas au sein de la CCI : la mutualisation des services export, la supervision de la gestion d'un aéroport régional et le développement de l'école de commerce consulaire. A l'issue de la recherche, nous pouvons mettre en avant des apports d'ordre conceptuel et prescriptif.Parmi les apports conceptuels, nous validons le modèle de « décideur express » au sein des organisations pluralistes, celui-ci étant de nature à réduire la complexité de sens des acteurs. Par ailleurs, nous avons aussi pu montrer l'intérêt de séparer ceux qui portent les décisions et ceux qui doivent les mettre en oeuvre par la suite. Les porteurs de projets ne doivent pas être ceux qui les pilotent. Les différentes études de cas ont montré également la nécessité d'un contrôle de gestion proactif dans les organisations pluralistes.Enfin, ce travail de thèse propose un guide des bonnes pratiques répondant à la problématique générale sur l'amélioration de la prise de décisions. Cela s'inscrit aussi dans la dimension « decision as practice » de la recherche et dont l'un des objectifs est de soumettre des implications managériales. / This research aims to study the process of decisions in a complexorganization. Based on three cases studies in a wide Chamber of Industry andCommerce, this work raises the following question ?How to improve the decisionmaking in a political organization?Following our review of the literature, we kept three dimensions in thedecision appearing to us relevant within the framework of this work: a temporaldimension, a dimension of socio-cognitive order (at the actors of the decision) anda technical dimension (which management tools?).This research was part of a practical approach of the decision. This is thereason why we used the Actor Network Theory which seems to be appropriate forthis type of organization. We worked on three case studies: the pooling of exportservices, the management of a regional airport and the development of the consular business school.Among the conceptual contributions, we validate the model of -expressdecision-maker-. In addition, we have been able to show the interest of separatingthose who made the decisions and those who must put into service them later.Project manager should not be the one who implement them. The several casestudies have also shown the need of proactive management control in thisorganization.Finally, this work proposes a guide of good practices to improve thedecision-making. The guide keeps the dimension "decision as practice" withmanagerial implications.

Les familles seigneuriales n’ont que rarement servi de cadre à l’étude du phénomène castral. Le lignage de Neufchâtel-Bourgogne présente un double d’intérêt. D’une part, son ascension sociale est très marquée entre le XIIIe et le XVIe siècle, d’autre part son patrimoine castral, composé de 37 châteaux, est disséminé sur plusieurs principautés, du comté de Bourgogne au duché de Luxembourg. La démarche historique permet de décrypter le jeu des stratégies territoriales de la famille et de dégager les structures de la gestion de la démographie familiale. L’approche en archéologie du bâti offre un regard renouvelé qui permet parfois de préciser le rôle de la famille dans la construction ou l’aménagement de ses châteaux. La réunion des deux méthodes permette une meilleure compréhension des fonctions assurées par le château (résidence, défense, administration, pôle économique et symbolique) et leur évolution. Elle permet enfin de saisir le fonctionnement quotidien d’un réseau castral seigneurial où les échanges s’affranchissent des limites des principautés. / The seigneurial families are rarely a framework for reflection of the castral phenomenon. The Neufchatel-Burgundy’s lineage is particularly interesting for two reasons. Firstly, for its social rise between the 13th and 16th centuries and secondly, for its 37 castles which are settled through several medieval principalities, from County of Burgundy to the Duchy of Luxembourg. The historical approach allows to decrypt the territorial strategy and the adaptability to manage his familial demography. The archeology of architecture shows family’s role into construction and development of its castles. Both of these methods help for comprehension of the functions of the castles (residence, defense, administration, economy and influence) and their evolutions. Finally, it shows the mechanisms of a castral network and how exchanges between castles can overcome the borders of the principalities.

Cette thèse va porter tout particulièrement sur l’analyse d’un blogue consacré aux femmes qui, délibérément, ont fait le choix de ne pas avoir d’enfant, les « childfree ». Autour d’elles se développe tout un discours car elles vont à l’opposé des normes « socialement acceptables » préconisées par la société occidentale, qui prône un rôle de mère et d’épouse pour la femme dans un modèle familial ancestral pronataliste. Les « childfree » apparaissent dès lors comme des « outsiders » qui doivent en permanence justifier leur choix de vie face à cette norme de la parentalité. Il est intéressant de se pencher sur ce groupe marqué qui veut sortir de l’ombre et être reconnu en tant que tel, et qui s’exprime au travers de ce blogue « Maman, non merci » (http://mamannonmerci.blogspot.ca/) créé en février 2010 par Magenta Baribeau, cinéaste documentariste québécoise engagée, de 38 ans, sans enfant par choix.