Ce travail concerne la valorisation des résultats de la recherche universitaire. Il s'agit d'une terminologie qui concerne le processus ainsi que l'infrastructure - les bureaux de valorisation - permettant à un chercheur académique de commercialiser les résultats de sa recherche. Une étude de cas comparant la Belgique et le Québec dans ce domaine se trouvera au centre des réflexions. L'accent sera tout d'abord mis sur le cadre théorique permettant de comprendre l'origine et le sens de l'activité de valorisation. Différents concepts comme l'innovation et l'économie du savoir devront alors être introduits, notamment dans une perspective historique et normative. De plus, différents modèles théoriques se succèderont ; ce qui permettra au lecteur d'acquérir une vision complète du domaine étudié. La problématique qui anime ensuite la recherche est centrée sur les relations qui existent entre les bureaux de valorisation et les chercheurs universitaires qui font appel à leurs services et à l'impact de ces relations sur le processus de valorisation. Les différentes hypothèses proposées suggèrent l'importance des politiques universitaires de propriété intellectuelle ainsi que celle de la culture universitaire de la recherche académique. Ces différents points sont analysés au regard des entretiens semi-directifs effectués. Le but final de ce mémoire est la proposition de recommandations sur certaines bonnes pratiques dans le domaine de la valorisation. Ces dernières concernent d'une part la position organisationnelle des bureaux de valorisation au sein du processus de valorisation et, d'autre part, l'importance de la communication dans ce même processus. / The main subject of this study is technology transfer. These terms are related to the process and the infrastructure - the technology transfer offices - that allow academical researchers to commercialize the results of their research. A case study comparing Belgium and Quebec will be at the heart of the reflexion. A theoretical framework will be developed for the purpose of understanding the meaning of this activity. Various concepts such as innovation and knowledge-based economy will be introduced in an historical and a normative way. Successively, the different models that will be developed will complete the reader's understanding of the subject. The questions that are raised in this thesis are related to the relationship between the researcher and his technology transfer office and the impact of this relationship on the process of technology transfer. Different hypothesis suggest therein the importance of both the academical policies related to intellectual property and the academical research's culture. These aspects are analyzed with the content of interviews. The ultimate purpose of this thesis is to suggest recommendations concerning good manners in the field of technology transfer. These last concern the organizational position of the technology transfer offices during the process of technology transfer and the centrality of communication during this process.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le but de cette thèse est de proposer et d’évaluer une représentation 3D de collections non structurées de documents visuels. L'objectif est d’accroître le confort visuel, de réduire le temps de recherche et de favoriser la mémorisation des positions des documents, par rapport aux logiciels actuels de gestion de collections d'images. Avec une représentation sous forme d'un cylindre vertical, nous avons conçu 2 visualisations : les photographies sont plaquées sur la face interne ou externe du cylindre, pour implémenter 2 métaphores courantes d’interaction, respectivement locomotion et manipulation. 3 études expérimentales ont été réalisées, avec la même méthodologie : la réalisation par les participants de 2 tâches courantes de recherche visuelle. La première étude est exploratoire, la seconde compare les 2 vues 3D plus finement et la dernière compare les vues 3D à une vue 2D classique. Dans cette dernière étude, l’usage d’un oculomètre permet de comprendre les relations entre les caractéristiques géométriques des vues et les stratégies visuelles des participants. Les participants préfèrent majoritairement les vues 3D. Les performances n'influent pas sur les préférences ; les caractéristiques géométriques statiques ont principalement été mentionnées pour justifier les préférences. Les stratégies de parcours visuel sont davantage influencées par la caractéristique dynamique des vues (i.e., défilement horizontal), ce qui avantage la vue interne. Enfin, les vues 3D garantissent un meilleur confort visuel, en offrant un meilleur guidage du regard (principalement la vue interne) et en minimisant les saccades désordonnées observées dans la vue 2D. / The goal of this thesis is to propose and to assess a 3D representation of large unstructured collections of images. The purpose is to improve comfort of visual search, to reduce search times and to better support memorization of documents’ locations, compared with standard photo browsers. With a representation as a vertical cylinder, we designed two visualizations: photos are plastered on the inner or the outer side of the cylinder, to implement 2 common interaction metaphors, respectively locomotion and manipulation. 3 experimental studies were performed, with the same methodology: subjects performed 2 common types of visual search tasks. The first study is exploratory, the second one compares both 3D views in-depth and the last one compares 3D views with a standard 2D view. In this study, an eye-tracker helps us to understand relations between geometrical features and visual exploration strategies. 3D views are preferred by a majority of participants. Preferences are not influenced by performances; static visual features were mainly used to justified preferences. Visual exploration strategies are mainly influenced by the common dynamic visual feature (i.e., horizontal scrolling), which is an advantage for the inner view. At last, 3D views ensure a better comfort of visual search, with a better gaze guidance (especially the inner view) and by minimizing uncoordinated saccades which were observed in the 2D view.

A Thesis submitted to the Faculty of Arts, University of the Witwatersrand, Johannesburg, in fulfIlment of the requlrements for the degree of Doctor of Philosophy / This thesis sets out to study one ".................." episodes in Marcel Proust's monumental work, A la recherche du temps perdu. Since its conception in the cahier 29 of 1909, "la mort de la grand-mere" ("the death of the grandmother") constituted one of the major articulations in the novel, and was destined for the last volume, LeTemps retrouve. In the succeeding versions of the novel, the episode was shifted to Le Cote de Guermantes and given functions which Proust modified in the light of changes made to the volume and to the novel as a whole. the novel had, by 1918, grown from three to five volumes and, at the time of its publication in 1920, Le Cote de Guermantes, as well as the episode in question, was divided into two as a result of editorial pressure on the author. (Abbreviation abstract) / Andrew Chakane 2018

Le cancer du sein a touché près de 49000 femmes en France en 2012. Deux pour cents surviennent chez des femmes de moins de 35 ans. Comme beaucoup de femmes reportent leur maternité à plus tard, les médecins font de plus en plus face aux questions relatives à une grossesse post-traitement. L’histoire reproductive, les influences hormonales et le cancer du sein semblent liés. Pourtant aucune étude n’a rapporté d’impact péjoratif de la grossesse sur l’évolution du cancer ; par contre beaucoup d’études ont annoncé que la grossesse n’avait aucun impact, et pourrait même avoir un effet de protection à long terme. Toutefois l’interprétation des résultats est souvent limitée par un biais de confusion connu, le « healthy mother bias » : seules les femmes se sentant en bonne santé vont mener une grossesse. La grossesse est donc un événement dont la survenue est liée au statut pronostique de la patiente et qui pourrait interagir avec l’hormonosensibilité du cancer du sein. Pour tenter de prendre en compte ce biais de confusion dans l’estimation et l’interprétation de l’effet d’une grossesse qui est un événement survenant au cours du temps, nous avons exploré deux approches. La grossesse est assimilée à une exposition survenant au cours du temps. Dans un premier temps nous avons appliqué le modèle « illness-death » sur des données de cohorte : l’exposition est l’état intermédiaire dont la valeur dépend du temps ; l’estimation des facteurs influençant le passage vers l’exposition permet une évaluation qualitative de la confusion. L’effet de l’exposition est étudié à partir de la comparaison des transitions vers l’événement d’intérêt : celles ayant eu l’événement intermédiaire versus les autres. Cet effet est estimé en prenant en compte l’interaction entre les facteurs pronostiques caractérisant le niveau de gravité de la maladie et l’exposition. Dans la seconde approche, nous avons constitué, à partir de la cohorte, des paires composées d’un sujet exposé et d’un sujet non exposé. Dans la littérature, l’appariement est réalisé en créant les paires a posteriori comme si la grossesse était connue lors du diagnostic du cancer. Nous proposons, dans ce cas particulier où l’événement caractérisant les sujets d’une paire survient au cours du temps, une nouvelle méthode d’appariement. De plus, nous étudions des modèles d’analyse connus et dédiés aux données censurées corrélées : le modèle de Cox stratifié de Holt et Prentice, le plus utilisé, et le modèle de Cox de Lee Wei et Amato. Tout le travail est basé sur une large étude de simulation afin d’estimer et interpréter l’effet pronostique d’un événement survenant au cours du temps et en lien avec le statut pronostique. Les conclusions de ces simulations ont été appliquées à l’analyse d’une cohorte réelle de patientes jeunes traitées pour un cancer du sein, afin d’évaluer l’effet d’une éventuelle grossesse post-traitement sur l’évolution de la maladie. / Almost fifty thousand women were treated for breast cancer in France in 2012. Two percents occur in women under 35 years old. As more women are postponingchildbearing until later life, physicians are more often faced with questions regarding their subsequent pregnancy. Reproductive history, hormonal influences, and breastcarcinoma may be interrelated. However no study has reported a pejorative effect of the pregnancy on the breast cancer recurrences; many studies have found that pregnancy has no adverse effects on clinical outcome in women diagnosed previously with breast cancer, and may even have a long-term protective effect in some. This phenomenon may be due to the « healthy mother bias »: only women who feel well will pursue a subsequent pregnancy. So the pregnancy is an event which occurrence is linked to the prognostic status of the patient; and its appearance might interact with the hormonal sensitivity of the breast cancer. To try to take into account this confusion bias in the estimation and interpretation of the pregnancy effect, we explore two approaches. The pregnancy is considered as an exposure. In a first way, we apply the illness-death model to analyze cohort data: the exposition is the intermediate state which value depends on time; the estimation of the factors related to the transition to the exposure allows a qualitative evaluation of the confusion. The effect of the exposure is studied through the comparison between the transitions to the event of interest: those which underwent the intermediate state and the others. This effect is estimated by taking into account the interaction between the exposure and the prognostic factors characterizing the gravity of the disease as reflecting the health status. In the second approach, pairs composed of an exposed and a non-exposed subject are created from the cohort data. In the literature, the matching is realized by creating pairs a posteriori, as if the pregnancy was known at the cancer diagnosis date. We propose in this particular case where the event characterizing the member of the pair is an event occurring over time, a newmatching method. Moreover, we studied some known models of analysis dedicated to the censored correlated data: the stratified Cox model of Holt and Prentice, the more used, and the Cox model of Lee, Wei and Amato. All the work is based on a large simulation study in order to estimate and interpret the prognostic effect of an event occurring over time and related to the prognostic status. The simulations conclusions were applied to the analysis of real data of young women treated for a breast cancer, in order to evaluate the possible prognostic effect of a subsequent pregnancy.

La recherche de motifs approchée consiste à identifier les occurrences d’un motif modulo une certaine distance au sein d’un texte. Ce problème trouve de nombreuses applications en bio-informatique pour l’analyse de séquences biologiques. Par exemple, les microARN sont des petits ARN qui régulent l’expression des gènes par reconnaissance d’un motif similaire. Comprendre le mode d’action des microARN demande de pouvoir localiser de courts motifs, environ 21 nucléotides, comprenant jusqu’à 3 ou 4 erreurs dans un texte de l’ordre de 108 à 109 nucléotides, représentant un génome. Dans cette thèse, nous proposons un algorithme efficace pour la recherche de motifs approchée, qui se base sur la définition d’un nouveau type de graines avec erreurs, les graines 01*0, et qui exploite une structure d’index compressée, le FM-index. Cet algorithme a été mis en œuvre dans un logiciel librement disponible, appelé Bwolo. Nous démontrons expérimentalement l’avantage de cette approche en nous comparant à l’état de l’art des outils existants. Nous montrons également comment utiliser Bwolo pour mettre en place une analyse originale sur l’étude de la distribution des cibles potentielles de miARN dans deux génomes de plantes, Arabidopsis thaliana et Arabidopsis lyrata. / Approximate string matching consists in identifying the occurrences of a motif within a text, modulo a given distance. This problem has many applications in bioinformatics for the analysis of biological sequences. For instance, microRNAs are short RNA molecules regulating the expression of genes by specific recognition of their sequence motif on the target gene. Understanding the mode of action of microRNAs requires the ability to identify short motifs, around 21 nucleotides in size, comprising up to 3-4 errors in a text whose size is in the order of 108-109 , representing a genome. In this thesis, I have proposed an efficient algorithm for the approximate search of short motifs. This algorithm is based on a new type of seeds containing errors, the 01*0 seeds, and uses a compressed index structure, the FM-index. I have implemented this algorithm in a freely available software, Bwolo. I demonstrate experimentally the advantage of this approach and compare it to the state of the art of existing tools. I also show how Bwolo can be used and have set up an original study on the distribution of potential miRNA target sites in two plant genomes, Arabidopsis thaliana and Arabidopsis lyrata.

Les problèmes d'optimisation à grande échelle sont généralement difficiles à résoudre de façon optimale.Des algorithmes d'approximation tels que les métaheuristiques, capables de trouver rapidement des solutions sous-optimales, sont souvent préférés. Cette thèse porte sur les algorithmes de recherche locale multi-objectif (MOLS), des métaheuristiques capables de traiter l'optimisation simultanée de plusieurs critères. Comme de nombreux algorithmes, les MOLS exposent de nombreux paramètres qui ont un impact important sur leurs performances. Ces paramètres peuvent être soit prédits et définis avant l'exécution de l'algorithme, soit ensuite modifiés dynamiquement. Alors que de nombreux progrès ont récemment été réalisés pour la conception automatique d'algorithmes, la grande majorité d'entre eux ne traitent que d'algorithmes mono-objectif et l'optimisation d'un unique indicateur de performance. Dans cette thèse, nous étudions les relations entre la conception automatique d'algorithmes et l'optimisation multi-objective. Nous passons d'abord en revue les stratégies MOLS possibles et présentons un framework MOLS général et hautement configurable. Nous proposons également MO-ParamILS, un configurateur automatique spécialement conçu pour gérer plusieurs indicateurs de performance. Nous menons ensuite plusieurs études sur la conception automatique de MOLS sur de multiples problèmes combinatoires bi-objectifs. Enfin, nous discutons deux extensions de la configuration d'algorithme classique : d'abord l'intégration des mécanismes de contrôle de paramètres, pour bénéficier de multiples prédictions de configuration; puis l'utilisation séquentielle de plusieurs configurations. / Large-scale optimisation problems are usually hard to solve optimally.Approximation algorithms such as metaheuristics, able to quickly find sub-optimal solutions, are often preferred.This thesis focuses on multi-objective local search (MOLS) algorithms, metaheuristics able to deal with the simultaneous optimisation of multiple criteria. As many algorithms, metaheuristics expose many parameters that significantly impact their performance. These parameters can be either predicted and set before the execution of the algorithm, or dynamically modified during the execution itself. While in the last decade many advances have been made on the automatic design of algorithms, the great majority of them only deal with single-objective algorithms and the optimisation of a single performance indicator such as the algorithm running time or the final solution quality. In this thesis, we investigate the relations between automatic algorithm design and multi-objective optimisation, with an application on MOLS algorithms. We first review possible MOLS strategies ans parameters and present a general, highly configurable, MOLS framework. We also propose MO-ParamILS, an automatic configurator specifically designed to deal with multiple performance indicators. Then, we conduct several studies on the automatic offline design of MOLS algorithms on multiple combinatorial bi-objective problems. Finally, we discuss two online extensions of classical algorithm configuration: first the integration of parameter control mechanisms, to benefit from having multiple configuration predictions; then the use of configuration schedules, to sequentially use multiple configurations.

L'histoire du silicium cristallin cSi et de sa forme oxydée (silice aSiO2) est intimement liée au développement des transistors depuis les années 1960. La miniaturisation de ces composants au fil du temps, permettant d'améliorer la puissance des ordinateurs avec une régularité proche de celle prédite par la loi de Moore, nécessite aujourd'hui une compréhension de la physique de ces systèmes à l'échelle nanométrique. Face aux coûts nécessaires pour réaliser des expériences à de si petites échelles, la simulation numérique – et plus particulièrement la dynamique moléculaire (MD) est un outil de premier choix. Nous appliquons ainsi, dans ce mémoire de thèse, la MD classique au cas des transistors silicium-sur-isolant (SOI), afin de déterminer la résistance thermique de l'interface cSi-aSiO2, qui peut se révéler être un facteur limitatif de la dissipation thermique dans les transistors ultrafins. Après avoir exposé le principe de la MD classique (chapitre 1) et présenté des pistes pour optimiser la recherche des voisins (chapitre 2), nous proposons dans le chapitre 3 les étapes que nous avons suivies pour former nos systèmes silicium-silice, ainsi qu'une manière de caractériser l'interface pour de tels systèmes. Enfin, dans le chapitre 4, nous développons une méthode – l'approach-to-equilibrium molecular dynamics (AEMD) –, qui nous permet d'obtenir une valeur de la résistance pour l'interface cSi-aSiO2 estimée à 3,6.10-10 m2.K.W-1. / Since the 60s, the history of crystalline silicon cSi and its oxyde (silica, aSiO2) is driven by the emergence of the new transistors. The miniaturization of these technologies, which enabled an increase in computers performances closely related to the Moore law, implies nowadays a nanometric scale comprehension of the physics in these systems. Because of the important costs of nanoscale experiments, numerical simulations and especially molecular dynamics (MD) are often used as a first-choice tool to investigate this kind of problems. In this thesis, we also apply classical MD to the case of silicon-on-insulator (SOI) transistors in order to determine the Kapitza resistance of a cSi-aSiO2 interface, which could be a source of slowdown for the thermal dissipation in ultra thin body and box (UTB²) transistors. We first expose the principle of classical MD (chapter 1) and show some ideas to optimize the neighbour search algorithms (chapter 2). In chapter 3 we explain the steps to form our silicon-silica systems and propose a way to characterize the interface. Finally, in chapter 4 we develop a method – called approach-to-equilibrium molecular dynamics (AEMD) – which allows us to estimate the value of the interfacial resistance interface to be 3.6*10-10 m2.K.W-1.