Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T16:50:10Z No. of bitstreams: 1 Miguel Arcanjo dos Santos Neto.pdf: 268842 bytes, checksum: ffc97fe7f597d810577265479d03c8e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T16:50:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Miguel Arcanjo dos Santos Neto.pdf: 268842 bytes, checksum: ffc97fe7f597d810577265479d03c8e2 (MD5) Previous issue date: 2008-07-29 / The surubim, Pseudoplatystoma corruscans, is one of the most important native fish species in South American hydrographic basins, especially in São Francisco River, where it is considered a top chain predator. Different aspects have contributed to the decline of this species populations, especially at the submedium São Francisco, thus raising the necessity of a restocking program to recover the resource. A basic principle in such programs is that a large number of unrelated wild fish should ideally be used as founders, when possible or, alternatively, a small number of unrelated wild fish with few genetic relatedness could be used. Therefore, the genetic structure of the founder stock constitutes an essencial information to the success of such programs. This project aimed to evaluate the genetic structure of the founder stock of the restocking program of surubim maintained by Chesf in Paulo Afonso city, through the use of microsatellite molecular markers. DNA of 80 breeders were genotyped for 5 different microsatellite markers. PCR products were separated by polyacrylamide gel electrophoresis stained with silver nitrate. Statistical analysis were carried out using GENEPOP software, in which parameters such as number of alleles (A), observed (Ho) and expected heterozygosities (He), Hardy-Weinberg deviation, linkage disequilibrium and inbreeding coefficient (FIS) were calculated. GenAlEx 6.1 was used to calculate the number of effective alleles and relatedness coefficient (rxy). Results showed that the number of alleles ranged between from 6 to 18 and the number of effective alleles, from 3.28 to 9.25. Average observed and expected heterozygosities were 0.63 and 0.84, respectively. All loci, except Pcor5, showed deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (P<0,001). Average inbreeding coefficient (FIS) for the 5 loci was 0.24. The analysis of linkage disequilibrium, when corrected by Bonferroni, were significant for loci Pcor21 and Pcor10 (P<0.05). The average relatedness coefficient (rxy) was -0.008 for a total number of 2926 possible pairwise combinations. A great genetic diversity, expressed in number of alleles and in a low value of average relatedness, was obtained despite a deficit of heterozygotes was observed in this stock. Such deficit seems to reflect the strategy adopted in the composition of this stock, in which individuals caught at the medium and lower São Francisco River, separated by two dams, were mixed together. It is feasible to conclude that this founder stock retained genetic diversity comparable to those found in the wild stocks and could be used in a restocking program. / Pseudoplatystoma corruscans (surubim) é um peixe encontrado nas principais bacias hidrográficas sul-americanas, sendo considerado o primeiro predador da bacia do Rio São Francisco. Diversos fatores vêm comprometendo seriamente as populações de surubim no São Francisco, especialmente no submédio, despertando a necessidade de se investir em programas de propagação artificial que recuperem este recurso. Uma premissa básica de tais programas é utilizar um grande número de indivíduos selvagens como estoque fundador, quando possível, ou alternativamente, um número menor de indivíduos selvagens, mas com pouca relação genética de parentesco. A estrutura genética do plantel de fundadores constitui, portanto, uma informação essencial para o sucesso de um programa de repovoamento. O presente trabalho objetivou avaliar a estrutura genética do plantel de fundadores do programa de repovoamento do surubim, a ser desenvolvido pela Chesf em Paulo Afonso, através da utilização de marcadores moleculares de microssatélite. DNA de 80 reprodutores foram analisados para 5 diferentes marcadores de microssatélite. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida corados com nitrato de prata. As análises estatísticas foram realizadas utilizando-se o programa computacional GENEPOP, onde parâmetros como número de alelos (A), heterozigosidades observada (Ho) e esperada (He), desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg, desequilíbrio de ligação e coeficiente de consangüinidade (FIS) foram calculados. O programa GenAlEx 6.1 foi utilizado para calcular o número de alelos efetivos e o estimador de relação genética (rxy). Os resultados mostraram que o número de alelos variou de 6 a 18 e o de alelos efetivos (Ae), de 3,28 a 9,25. As heterozigosidades médias observadas e esperadas encontradas foram de 0,63 e 0,84, respectivamente. Todos os loci, a exceção do Pcor5, mostraram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<0,001). O coeficiente de consangüinidade (FIS) médio calculado para os 5 loci foi de 0,24. As análises de desequilíbrio de ligação, quando corrigidas pelo método de Bonferroni, mostraram-se significativas apenas para os loci Pcor21 e Pcor10 (P<0,05). O valor médio do coeficiente de relação genética (rxy) foi de -0,008 para um total de 2926 combinações de possíveis casais. Uma grande diversidade alélica caracterizou o estoque fundador e, muito embora um déficit de heterozigotos tenha sido registrado, uma baixa relação de parentesco foi encontrada para o plantel em questão. Tal déficit parece refletir a estratégia de composição deste plantel em que indivíduos, oriundos do médio e do baixo São Francisco, separados por duas barragens, foram unidos. É possível concluir que o plantel fundador manteve uma diversidade alélica comparável àquela encontrada em estoques selvagens e poderá ser usado em um programa de repovoamento.

O objetivo dessa pesquisa foi avaliar aspectos genéticos que relacionados à produção in vitro de embriões na raça Guzerá. O primeiro estudo focou na estimação de (co) variâncias genéticas e fenotípicas em características relacionadas a produção de embriões e na detecção de possível associação com a idade ao primeiro parto (AFC). Foi detectada baixa e média herdabilidade para características relacionadas à produção de oócitos e embriões. Houve fraca associação genética entre características ligadas a reprodução artificial e a idade ao primeiro parto. O segundo estudo avaliou tendências genéticas e de endogamia em uma população Guzerá no Brasil. Doadoras e embriões produzidos in vitro foram considerados como duas subpopulações de forma a realizar comparações acerca das diferenças de variação anual genética e do coeficiente de endogamia. A tendência anual do coeficiente de endogamia (F) foi superior para a população geral, sendo detectado efeito quadrático. No entanto, a média de F para a sub- população de embriões foi maior do que na população geral e das doadoras. Foi observado ganho genético anual superior para a idade ao primeiro parto e para a produção de leite (305 dias) entre embriões produzidos in vitro do que entre doadoras ou entre a população geral. O terceiro estudo examinou os efeitos do coeficiente de endogamia da doadora, do reprodutor (usado na fertilização in vitro) e dos embriões sobre resultados de produção in vitro de embriões na raça Guzerá. Foi detectado efeito da endogamia da doadora e dos embriões sobre as características estudadas. O quarto (e último) estudo foi elaborado para comparar a adequação de modelos mistos lineares e generalizados sob método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e sua adequação a variáveis discretas. Quatro modelos hierárquicos assumindo diferentes distribuições para dados de contagem encontrados no banco. Inferência foi realizada com base em diagnósticos de resíduo e comparação de razões entre componentes de variância para os modelos em cada variável. Modelos Poisson superaram tanto o modelo linear (com e sem transformação da variável) quanto binomial negativo à qualidade do ajuste e capacidade preditiva, apesar de claras diferenças observadas na distribuição das variáveis. Entre os modelos testados, a pior qualidade de ajuste foi obtida para o modelo linear mediante transformação logarítmica (Log10 X +1) da variável resposta. / The objective of this research was to evaluate genetic aspects permeating in vitro embryo production in Guzerá cattle. The first study aimed for estimating genetic and phenotypic (co)variances among embryo production traits and detecting possible genetic association with the age at first calving (AFC). Low and medium heritabilities were detected for oocyte and embryo production traits. A weak genetic association between artificial reproduction traits and AFC was identified. The second study evaluated genetic and inbreeding trends in the Brazilian Guzerá population. Female donors and in vitro produced embryos were considered as two subpopulations in order to perform comparisons and infer over differences in inbreeding and genetic annual variations. Embryos\' subpopulation showed higher genetic gains for age at first calving and milk production than donors\' subpopulation and the general population. Higher annual mean inbreeding values were also detected for the embryos\' subpopulation. The third study examined the effects of donor, sire (used for in vitro fertilization) and embryos\' inbreeding coefficient over in vitro embryo production traits in Guzerá cattle. Donors\' and embryos\' inbreeding effects over the analyzed traits were detected. Fourth and final study was designed to compare the performance of Linear and Generalized Linear Mixed Models under Restricted Maximum Likelihood method when fitting discrete variables. Four hierarchical models assuming different distributions for the response variable were fit to the (count) data. Inference was performed upon residual diagnostics and comparison of variance component ratios between models within each trait. Poisson models outperformed both linear (with and without variable transformation) and negative binomial models for goodness of fit and predictive ability despite clear differences in each trait\'s distribution. Logarithmic transformation (Log10 X +1) showed lowest goodness of fit among all models tested.

O objetivo dessa pesquisa foi avaliar aspectos genéticos que relacionados à produção in vitro de embriões na raça Guzerá. O primeiro estudo focou na estimação de (co) variâncias genéticas e fenotípicas em características relacionadas a produção de embriões e na detecção de possível associação com a idade ao primeiro parto (AFC). Foi detectada baixa e média herdabilidade para características relacionadas à produção de oócitos e embriões. Houve fraca associação genética entre características ligadas a reprodução artificial e a idade ao primeiro parto. O segundo estudo avaliou tendências genéticas e de endogamia em uma população Guzerá no Brasil. Doadoras e embriões produzidos in vitro foram considerados como duas subpopulações de forma a realizar comparações acerca das diferenças de variação anual genética e do coeficiente de endogamia. A tendência anual do coeficiente de endogamia (F) foi superior para a população geral, sendo detectado efeito quadrático. No entanto, a média de F para a sub- população de embriões foi maior do que na população geral e das doadoras. Foi observado ganho genético anual superior para a idade ao primeiro parto e para a produção de leite (305 dias) entre embriões produzidos in vitro do que entre doadoras ou entre a população geral. O terceiro estudo examinou os efeitos do coeficiente de endogamia da doadora, do reprodutor (usado na fertilização in vitro) e dos embriões sobre resultados de produção in vitro de embriões na raça Guzerá. Foi detectado efeito da endogamia da doadora e dos embriões sobre as características estudadas. O quarto (e último) estudo foi elaborado para comparar a adequação de modelos mistos lineares e generalizados sob método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e sua adequação a variáveis discretas. Quatro modelos hierárquicos assumindo diferentes distribuições para dados de contagem encontrados no banco. Inferência foi realizada com base em diagnósticos de resíduo e comparação de razões entre componentes de variância para os modelos em cada variável. Modelos Poisson superaram tanto o modelo linear (com e sem transformação da variável) quanto binomial negativo à qualidade do ajuste e capacidade preditiva, apesar de claras diferenças observadas na distribuição das variáveis. Entre os modelos testados, a pior qualidade de ajuste foi obtida para o modelo linear mediante transformação logarítmica (Log10 X +1) da variável resposta. / The objective of this research was to evaluate genetic aspects permeating in vitro embryo production in Guzerá cattle. The first study aimed for estimating genetic and phenotypic (co)variances among embryo production traits and detecting possible genetic association with the age at first calving (AFC). Low and medium heritabilities were detected for oocyte and embryo production traits. A weak genetic association between artificial reproduction traits and AFC was identified. The second study evaluated genetic and inbreeding trends in the Brazilian Guzerá population. Female donors and in vitro produced embryos were considered as two subpopulations in order to perform comparisons and infer over differences in inbreeding and genetic annual variations. Embryos\' subpopulation showed higher genetic gains for age at first calving and milk production than donors\' subpopulation and the general population. Higher annual mean inbreeding values were also detected for the embryos\' subpopulation. The third study examined the effects of donor, sire (used for in vitro fertilization) and embryos\' inbreeding coefficient over in vitro embryo production traits in Guzerá cattle. Donors\' and embryos\' inbreeding effects over the analyzed traits were detected. Fourth and final study was designed to compare the performance of Linear and Generalized Linear Mixed Models under Restricted Maximum Likelihood method when fitting discrete variables. Four hierarchical models assuming different distributions for the response variable were fit to the (count) data. Inference was performed upon residual diagnostics and comparison of variance component ratios between models within each trait. Poisson models outperformed both linear (with and without variable transformation) and negative binomial models for goodness of fit and predictive ability despite clear differences in each trait\'s distribution. Logarithmic transformation (Log10 X +1) showed lowest goodness of fit among all models tested.