Surface water is used for drinking by many people around the world. E. coli is the most frequently used bacterial indicator used for assessing water quality. The survival, sources, and concentrations of E. coli were examined through a series of experiments that investigated the survival of beef cattle E. coli on land and in water, and used bacterial source tracking (BST) to determine the sources of fecal contamination diurnally and annually in multiple watersheds in British Columbia. A fecal pat experiment was conducted to examine the survival of E. coli under 4 levels of solar exposure. E. coli survived longer with increasing shade. Age of fecal pats, as well as exposure to solar radiation negatively influenced the survival of E. coli. The survival of E. coli in stream water was examined in filtered and unfiltered stream water at 3 different temperatures (6, 20 and 26 ºC). There was no significant difference in the survival of E. coli in filtered versus non-filtered stream water. Lower water temperatures (6 ºC) increased the survival of E. coli. The addition of manure to the water substantially increased the nutrient concentrations and organics. BST is a rapidly growing area of research and technology development and many methods are being developed and tested. The choice of method used for BST depends on: question(s) to be answered, scale of identification needed, available expertise, cost of analysis, turnaround time, and access to facilities. The spatial, diurnal, and annual sources and concentrations of E. coli were investigated in several watersheds in British Columbia. Fecal coliforms and E. coli concentrations varied throughout the day, as well as by site, month and year. Ribotyping identified many different sources of E. coli within the watersheds. The majority of E. coli isolates classified were from wildlife sources in each watershed even though they had different land-use.

No Brasil existem poucos relatos sobre casos de Shigelose, um fator que contribui com o pouco conhecimento a respeito dessa doença. Além disso, a falta de obrigatoriedade por parte da legislação vigente em relação à pesquisa de Shigella tem contribuído com este fato. O presente trabalho teve por objetivo isolar, identificar e caracterizar isolados de Shigella envolvidas em surtos alimentares ocorridos no Rio Grande do Sul, além de comparar tais isolados de alimentos com amostras isoladas de fezes de pacientes com diarréia envolvidos nesses surtos. Após a identificação, os isolados foram submetidos à caracterização por suscetibilidade a antimicrobianos e PCR-Ribotipificação. Entre agosto de 2007 e agosto de 2008, foram isoladas três linhagens de Shigella (2 S. flexneri e 1 S. sonnei) a partir de placas de meio de cultura utilizadas pela FEPPS/LACEN/RS para pesquisa de Salmonella em alimentos suspeitos. Uma vez que a análise foi considerada negativa para a presença Salmonella, o resultado nas estatísticas epidemiológicas do RS possivelmente foi expresso como "agente do surto não identificado". Das 149 linhagens de Shigella isoladas pelo mesmo órgão, entre 2003 e 2007, 71,14 % foram identificados como S. flexneri, 21,48% como S. sonnei, 0,67% como S. dysenteriae e 6,71% foram classificados apenas como Shigella sp. Os resultados também demonstraram um aumento no percentual de isolados de S. sonnei, que em 2003 era nulo e em 2007 foi de 43,48 %, ao mesmo tempo o percentual de isolados de S. flexneri passou de 100% em 2003 para 47,83% em 2007. Em relação ao teste de resistência a antimicrobianos os isolados provenientes de fezes (n=149) demonstraram altas percentagens de resistência, sendo que as maiores foram observadas contra estreptomicina (88,59%), ampicilina (84,56%) e sulfametoxazol-trimetoprim (80,53%). Os maiores percentuais de sensibilidade foram para ciprofloxacina (96,64%), ácido nalidíxico (89,26%) e gentamicina (83,22 %). A resistência múltipla foi verificada em 90,19% dos isolados. Dos 73 perfis de resistência encontrados, 82,23 % apresentaram resistência a pelo menos três antimicrobianos. Seis perfis agruparam mais de quatro isolados (A, B, C, D, E e F). O mais resistente dos isolados de alimentos apresentou resistência à gentamicina e resistência intermediária à tetraciclina e ao cloranfenicol. Quando os isolados de Shigella foram submetidos à PCR-Ribotipificação, somente três perfis (SH1, SH2 e SH3) foram identificados. O perfil SH1 agrupou 76,31% dos isolados (todos S. flexneri) e o perfil SH2 agrupou 23% dos isolados (todos S. sonnei). De acordo com os resultados, várias linhagens de Shigella apresentaram o mesmo padrão de bandas na PCR-Ribotipificação e também o mesmo perfil de resistência, sugerindo tratar-se da mesma linhagem de Shigella; Os resultados obtidos no presente estudo indicam a necessidade do monitoramento contínuo da resistência da Shigella e também que a PCRRibotipificação pode ser útil na investigação de surtos de Shigeloses alimentares. / In Brazil, there are few reports about foodborne Shigellosis and the Brazilian regulation do no requires compulsory investigation for Shigella in foods, contributing to the lack of knowledge about this disease. The objective of the present study was to isolate, identify and characterize isolates of Shigella involved in outbreaks occurred in Rio Grande do Sul (RS), Southern Brazil, and compare the strains isolated from foods with those isolated from fecal stools of foodborne shigellosis victims. Food isolates were sampled between August 2007 and August 2008 from plates of selective medium used for Salmonella detection in suspect foods analysed by official Laboratory of RS (FEPPS/LACEN/RS), while fecal isolates were isolated from victim stools analysed between 2003 and 2007 by the same Laboratory. Bacterial samples were identified by FEPPS/LACEN/RS and submitted to antimicrobial susceptibility testing and PCR-Ribotyping. Results indicated that three Shigella (1 S. sonnei and 2 S. flexneri) were isolated from foods and 149 were isolated from fecal stools (71.14 % S. flexneri, 21.48 % S. sonnei, 0.67 % S. dysenteriae, and 6.71 % Shigella sp.). Results also showed an increase on the isolation percentage of S. sonnei from fecal samples, which was zero in 2003 increasing to 43.48 % in 2007. At the same period, the percentage of isolation of S. flexneri decreased from 100 % in 2003 to 47.83 % in 2007. Fecal stool isolates demonstrated high percentages of resistance, mainly for streptomycin (88.59 %), ampicillin (84.56 %) and sulfamethoxazole-trimethoprim (80.53 %). The highest percentage of sensitivity was observed for ciprofloxacin (96.64 %), nalidixic acid (89.26%) and gentamicin (83.22 %). Multiple resistance was observed in 137 isolates (90.19 %). Experiments revealed that 73 resistance patterns were found, and 82.23 % of the isolates showed resistance to at least three drugs. Six patterns grouped more than four isolates (A, B, C, D, E, and F). The most resistant isolates from foods showed only resistance to gentamicin and intermediate resistance to tetracycline and to chloramphenicol. PCR-Ribotyping identified three banding patterns (SH1, SH2, and SH3). The profile SH1 grouped 76.31 % of the isolates (all S. Flexneri) and profile SH2 grouped 23 % of isolates (all S. sonnei). According to the results, various Shigella isolates showed the same PCR-Ribotyping banding patterns and also the same resistance profile, suggesting it is the same strain of Shigella. The results indicate the need for continuous monitoring of resistance of Shigella and that the PCR-Ribotyping could be useful in the investigation of foodborne Shigellosis.

No Brasil existem poucos relatos sobre casos de Shigelose, um fator que contribui com o pouco conhecimento a respeito dessa doença. Além disso, a falta de obrigatoriedade por parte da legislação vigente em relação à pesquisa de Shigella tem contribuído com este fato. O presente trabalho teve por objetivo isolar, identificar e caracterizar isolados de Shigella envolvidas em surtos alimentares ocorridos no Rio Grande do Sul, além de comparar tais isolados de alimentos com amostras isoladas de fezes de pacientes com diarréia envolvidos nesses surtos. Após a identificação, os isolados foram submetidos à caracterização por suscetibilidade a antimicrobianos e PCR-Ribotipificação. Entre agosto de 2007 e agosto de 2008, foram isoladas três linhagens de Shigella (2 S. flexneri e 1 S. sonnei) a partir de placas de meio de cultura utilizadas pela FEPPS/LACEN/RS para pesquisa de Salmonella em alimentos suspeitos. Uma vez que a análise foi considerada negativa para a presença Salmonella, o resultado nas estatísticas epidemiológicas do RS possivelmente foi expresso como "agente do surto não identificado". Das 149 linhagens de Shigella isoladas pelo mesmo órgão, entre 2003 e 2007, 71,14 % foram identificados como S. flexneri, 21,48% como S. sonnei, 0,67% como S. dysenteriae e 6,71% foram classificados apenas como Shigella sp. Os resultados também demonstraram um aumento no percentual de isolados de S. sonnei, que em 2003 era nulo e em 2007 foi de 43,48 %, ao mesmo tempo o percentual de isolados de S. flexneri passou de 100% em 2003 para 47,83% em 2007. Em relação ao teste de resistência a antimicrobianos os isolados provenientes de fezes (n=149) demonstraram altas percentagens de resistência, sendo que as maiores foram observadas contra estreptomicina (88,59%), ampicilina (84,56%) e sulfametoxazol-trimetoprim (80,53%). Os maiores percentuais de sensibilidade foram para ciprofloxacina (96,64%), ácido nalidíxico (89,26%) e gentamicina (83,22 %). A resistência múltipla foi verificada em 90,19% dos isolados. Dos 73 perfis de resistência encontrados, 82,23 % apresentaram resistência a pelo menos três antimicrobianos. Seis perfis agruparam mais de quatro isolados (A, B, C, D, E e F). O mais resistente dos isolados de alimentos apresentou resistência à gentamicina e resistência intermediária à tetraciclina e ao cloranfenicol. Quando os isolados de Shigella foram submetidos à PCR-Ribotipificação, somente três perfis (SH1, SH2 e SH3) foram identificados. O perfil SH1 agrupou 76,31% dos isolados (todos S. flexneri) e o perfil SH2 agrupou 23% dos isolados (todos S. sonnei). De acordo com os resultados, várias linhagens de Shigella apresentaram o mesmo padrão de bandas na PCR-Ribotipificação e também o mesmo perfil de resistência, sugerindo tratar-se da mesma linhagem de Shigella; Os resultados obtidos no presente estudo indicam a necessidade do monitoramento contínuo da resistência da Shigella e também que a PCRRibotipificação pode ser útil na investigação de surtos de Shigeloses alimentares. / In Brazil, there are few reports about foodborne Shigellosis and the Brazilian regulation do no requires compulsory investigation for Shigella in foods, contributing to the lack of knowledge about this disease. The objective of the present study was to isolate, identify and characterize isolates of Shigella involved in outbreaks occurred in Rio Grande do Sul (RS), Southern Brazil, and compare the strains isolated from foods with those isolated from fecal stools of foodborne shigellosis victims. Food isolates were sampled between August 2007 and August 2008 from plates of selective medium used for Salmonella detection in suspect foods analysed by official Laboratory of RS (FEPPS/LACEN/RS), while fecal isolates were isolated from victim stools analysed between 2003 and 2007 by the same Laboratory. Bacterial samples were identified by FEPPS/LACEN/RS and submitted to antimicrobial susceptibility testing and PCR-Ribotyping. Results indicated that three Shigella (1 S. sonnei and 2 S. flexneri) were isolated from foods and 149 were isolated from fecal stools (71.14 % S. flexneri, 21.48 % S. sonnei, 0.67 % S. dysenteriae, and 6.71 % Shigella sp.). Results also showed an increase on the isolation percentage of S. sonnei from fecal samples, which was zero in 2003 increasing to 43.48 % in 2007. At the same period, the percentage of isolation of S. flexneri decreased from 100 % in 2003 to 47.83 % in 2007. Fecal stool isolates demonstrated high percentages of resistance, mainly for streptomycin (88.59 %), ampicillin (84.56 %) and sulfamethoxazole-trimethoprim (80.53 %). The highest percentage of sensitivity was observed for ciprofloxacin (96.64 %), nalidixic acid (89.26%) and gentamicin (83.22 %). Multiple resistance was observed in 137 isolates (90.19 %). Experiments revealed that 73 resistance patterns were found, and 82.23 % of the isolates showed resistance to at least three drugs. Six patterns grouped more than four isolates (A, B, C, D, E, and F). The most resistant isolates from foods showed only resistance to gentamicin and intermediate resistance to tetracycline and to chloramphenicol. PCR-Ribotyping identified three banding patterns (SH1, SH2, and SH3). The profile SH1 grouped 76.31 % of the isolates (all S. Flexneri) and profile SH2 grouped 23 % of isolates (all S. sonnei). According to the results, various Shigella isolates showed the same PCR-Ribotyping banding patterns and also the same resistance profile, suggesting it is the same strain of Shigella. The results indicate the need for continuous monitoring of resistance of Shigella and that the PCR-Ribotyping could be useful in the investigation of foodborne Shigellosis.

No Brasil existem poucos relatos sobre casos de Shigelose, um fator que contribui com o pouco conhecimento a respeito dessa doença. Além disso, a falta de obrigatoriedade por parte da legislação vigente em relação à pesquisa de Shigella tem contribuído com este fato. O presente trabalho teve por objetivo isolar, identificar e caracterizar isolados de Shigella envolvidas em surtos alimentares ocorridos no Rio Grande do Sul, além de comparar tais isolados de alimentos com amostras isoladas de fezes de pacientes com diarréia envolvidos nesses surtos. Após a identificação, os isolados foram submetidos à caracterização por suscetibilidade a antimicrobianos e PCR-Ribotipificação. Entre agosto de 2007 e agosto de 2008, foram isoladas três linhagens de Shigella (2 S. flexneri e 1 S. sonnei) a partir de placas de meio de cultura utilizadas pela FEPPS/LACEN/RS para pesquisa de Salmonella em alimentos suspeitos. Uma vez que a análise foi considerada negativa para a presença Salmonella, o resultado nas estatísticas epidemiológicas do RS possivelmente foi expresso como "agente do surto não identificado". Das 149 linhagens de Shigella isoladas pelo mesmo órgão, entre 2003 e 2007, 71,14 % foram identificados como S. flexneri, 21,48% como S. sonnei, 0,67% como S. dysenteriae e 6,71% foram classificados apenas como Shigella sp. Os resultados também demonstraram um aumento no percentual de isolados de S. sonnei, que em 2003 era nulo e em 2007 foi de 43,48 %, ao mesmo tempo o percentual de isolados de S. flexneri passou de 100% em 2003 para 47,83% em 2007. Em relação ao teste de resistência a antimicrobianos os isolados provenientes de fezes (n=149) demonstraram altas percentagens de resistência, sendo que as maiores foram observadas contra estreptomicina (88,59%), ampicilina (84,56%) e sulfametoxazol-trimetoprim (80,53%). Os maiores percentuais de sensibilidade foram para ciprofloxacina (96,64%), ácido nalidíxico (89,26%) e gentamicina (83,22 %). A resistência múltipla foi verificada em 90,19% dos isolados. Dos 73 perfis de resistência encontrados, 82,23 % apresentaram resistência a pelo menos três antimicrobianos. Seis perfis agruparam mais de quatro isolados (A, B, C, D, E e F). O mais resistente dos isolados de alimentos apresentou resistência à gentamicina e resistência intermediária à tetraciclina e ao cloranfenicol. Quando os isolados de Shigella foram submetidos à PCR-Ribotipificação, somente três perfis (SH1, SH2 e SH3) foram identificados. O perfil SH1 agrupou 76,31% dos isolados (todos S. flexneri) e o perfil SH2 agrupou 23% dos isolados (todos S. sonnei). De acordo com os resultados, várias linhagens de Shigella apresentaram o mesmo padrão de bandas na PCR-Ribotipificação e também o mesmo perfil de resistência, sugerindo tratar-se da mesma linhagem de Shigella; Os resultados obtidos no presente estudo indicam a necessidade do monitoramento contínuo da resistência da Shigella e também que a PCRRibotipificação pode ser útil na investigação de surtos de Shigeloses alimentares. / In Brazil, there are few reports about foodborne Shigellosis and the Brazilian regulation do no requires compulsory investigation for Shigella in foods, contributing to the lack of knowledge about this disease. The objective of the present study was to isolate, identify and characterize isolates of Shigella involved in outbreaks occurred in Rio Grande do Sul (RS), Southern Brazil, and compare the strains isolated from foods with those isolated from fecal stools of foodborne shigellosis victims. Food isolates were sampled between August 2007 and August 2008 from plates of selective medium used for Salmonella detection in suspect foods analysed by official Laboratory of RS (FEPPS/LACEN/RS), while fecal isolates were isolated from victim stools analysed between 2003 and 2007 by the same Laboratory. Bacterial samples were identified by FEPPS/LACEN/RS and submitted to antimicrobial susceptibility testing and PCR-Ribotyping. Results indicated that three Shigella (1 S. sonnei and 2 S. flexneri) were isolated from foods and 149 were isolated from fecal stools (71.14 % S. flexneri, 21.48 % S. sonnei, 0.67 % S. dysenteriae, and 6.71 % Shigella sp.). Results also showed an increase on the isolation percentage of S. sonnei from fecal samples, which was zero in 2003 increasing to 43.48 % in 2007. At the same period, the percentage of isolation of S. flexneri decreased from 100 % in 2003 to 47.83 % in 2007. Fecal stool isolates demonstrated high percentages of resistance, mainly for streptomycin (88.59 %), ampicillin (84.56 %) and sulfamethoxazole-trimethoprim (80.53 %). The highest percentage of sensitivity was observed for ciprofloxacin (96.64 %), nalidixic acid (89.26%) and gentamicin (83.22 %). Multiple resistance was observed in 137 isolates (90.19 %). Experiments revealed that 73 resistance patterns were found, and 82.23 % of the isolates showed resistance to at least three drugs. Six patterns grouped more than four isolates (A, B, C, D, E, and F). The most resistant isolates from foods showed only resistance to gentamicin and intermediate resistance to tetracycline and to chloramphenicol. PCR-Ribotyping identified three banding patterns (SH1, SH2, and SH3). The profile SH1 grouped 76.31 % of the isolates (all S. Flexneri) and profile SH2 grouped 23 % of isolates (all S. sonnei). According to the results, various Shigella isolates showed the same PCR-Ribotyping banding patterns and also the same resistance profile, suggesting it is the same strain of Shigella. The results indicate the need for continuous monitoring of resistance of Shigella and that the PCR-Ribotyping could be useful in the investigation of foodborne Shigellosis.

Comparamos os resultados obtidos por meio de sorotipagem com o painel de mAbs acrescido dos mAbs para os sorotipos 7 e 10 , produzidos pelo Instituto Adolfo Lutz com os resultados obtidos pela ribotipagem. O estudo incluiu 95 cepas pertencentes ao sorogrupo B que expressaram o sorotipo 4, representados pelos fenótipos B:4; B;4,1; B:4,7; B:4,10 e B:4,21. A ribotipagem utilizando a endonuclease de restrição C/a\\ dividiu as cepas em dez ribotipos e a endonuclease EcoRV em outros cinco padrões. Quando os padrões de bandas foram combinados, formaram-se 12 ribotipos (Rb A-L). Ribotipos com 85% de similaridade entre as bandas foram combinados em grupos, Rb-1, incluindo os ribotipos C e D (sorotipo B:4,10) e Rb-2, incluindo os ribotipos A, B, E, F e I (sorotipo B:4,7). O Rb-H (sorotipo B:4,1) e Rb-G (sorotipo B:4,21) representaram distintos ribotipos diferindo dos dois primeiros grupos por mais de 25% de diferença entre as bandas. Nossos resultados sugerem que a caracterização de múltiplos epítopos de sorotipo podem melhorar a correlação entre o método fenotípico e genotípico para cepas de meningococo sorogrupo B. / The purpose of this study was to assess the correlation between phenotypic- and genotypic- methods for typing Neisseria meningitidis. We compare the results obtained by serotyping of PorB epitopes using an expanded panel of monoclonal antibodies (MAb) including MAb 7 and MAb 10, with results obtained by RFLP of rRNA genes (ribotyping). The study included a total of 95 serogroup B strains that express epitope 4 representing the phenotypes B:4; B:4,1; B:4,7; B:4, 10, and B:4,21. The ribotypes obtained using C/ai or EcoRV endonucleases divided the strains into ten and five different patterns, respectively. When banding patterns for the two enzymes were combined, twelve unique ribotypes were obtained (Rb A-L). Particular ribotypes with ≥ 85% identical bands were combined into groups, RbGroup1, including Rbs C and D (B:4,10 strains), and RbGroup-2 including Rbs A, B, E, F, and I (B:4,7 strains). The Rb-H (B:4,1 strains) and Rb-G (B:4,21 strains) represent distinct ribotypes differing from the first two groups by more than 25% of band mismatches. The phenotypic characterization of more than one PorB VR epitope on the same PorB protein was able to divide our collection of B:4 strains in groups of strains genetic related. This additional characterization of PorB epitopes improved the correlation between these two methods of typing N.meningitidis.

Salmonella é uma das principais causas de Doenças Transmitidas por Alimentos em todo o mundo, sendo que no Estado do Rio Grande do Sul (RS) esse microrganismo tem sido apontado como um dos principais agentes de toxinfecções alimentares nos últimos anos. Neste trabalho foram caracterizados isolados de Salmonella envolvidas em salmoneloses ocorridas no RS, no período de 2007 a 2013. Entre os 163 isolados investigados, 138 (84,7%) foram sorotipificados com S. Enteritidis, enquanto os outros isolados foram S. Schwarzengrund (n = 9 – 5,5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3,7%), S. Infantis (n = 1 – 0,6 %), S. Agona (n = 1 – 0,6 %), S. Derby (n = 1 – 0,6 %), S. London (n = 1 – 0,6 %), S. Give (n = 1 – 0,6 %), S. Panama (n = 1 – 0,6 %) e S. enterica (n = 4 – 2,5 %). Os principais alimentos envolvidos nos surtos foram maionese caseira (17,39%), seguido dos produtos de confeitaria (15,94 %) e carnes (12,32 %). A resistência da S. Enteritidis a 12 agentes antimicrobianos também foi investigada. As maiores porcentagens de resistência foram encontradas em relação à nitrofurantoína (94,2 %) e ao ácido nalidíxico (89,1 %). A resistência para duas drogas foi verificada em 80,43 % dos isolados. Sendo que a multirresistência para três ou cinco antimicrobianos foi verificada em quatro e dois isolados, respectivamente. Quando os isolados foram submetidos à PCR-Ribotipificação, apenas um perfil de bandas foi identificado. Os resultados de PCR-Ribotipificação sugerem que uma mesma cepa de S. Enteritidis foi isolada a partir de alimentos envolvidos em salmoneloses ocorridas em diferentes municípios do Estado do RS no período de 2007 a 2013. Uma vez que o mesmo perfil de bandas foi identificado em S. Enteritidis causadoras de salmoneloses, durante 1999 a 2006, os resultados indicam que a mesma cepa de S. Enteritidis tem causado surtos alimentares no RS, durante o período de 1999 a 2013. / Salmonella is a major cause of Foodborne Diseases worldwide, and in the State of Rio Grande do Sul (RS) this microorganism has been identified as the main agent of foodborne diseases in last years. In this work, Salmonella isolates responsible for salmonellosis occurred in the State of RS, in the period 2007 to 2013 were characterized. Among the 163 isolates investigated, 138 (84.7 %) were serotyped as S. Enteritidis, whereas the other isolates were S. Schwarzengrund (n = 9 – 5.5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3.7 %), S. Infantis (n = 1 – 0.6 %), S. Agona (n = 1 – 0.6 %), S. Derby (n = 1 – 0.6%), S. London (n = 1 – 0.6 %), S. Give (n = 1 – 0.6 %), S. Panama (n = 1 – 0.6 %) and S. enterica (n = 4 – 2.5 %). The main food vehicles identified were homemade mayonnaise (17.39 %), followed by pastry products (15.94 %) and beef (12.32 %). The S. Enteritidis resistance to 12 antimicrobial agents was investigated. The highest percentages of resistance were found to nitrofurantoin (94.2 %) and nalidixic acid (89.1 %). The resistance to two different drugs was observed in 80.43 % of the isolates. Multidrug-resistance for three to five antimicrobials was observed in four and two isolates, respectively. When the isolates were analysed by PCR-Ribotyping, only one banding profile was identified. The results of PCR-Ribotyping suggest that the same strain of S. Enteritidis was isolated from foods involved in salmonelloses occurred in different municipalities of the State of RS in the period 2007-2013. Since the same banding pattern was found in strains involved in salmonellosis outbreaks of 1999 to 2006, results indicated that the same strain of S. Enteritidis has caused salmonellosis outbreaks in RS, during the period of 1999 to 2013.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective was to determine the antimicrobial resistance and to identify the ribotypes of 96 Salmonella strains isolated from poultry plants with complete production cycle to establish their profile dissemination. The highest percentages of resistance were to sulfonamide (56.25%), tetracycline (53.12%) and amoxicillin (31.25%), while 28.13% of the isolates were sensitive to all antibiotics tested. The profiles of multidrug resistance were observed in 28 strains (29.17%) of serovar Minnesota. In MIC were found strains at concentrations above the maximum (tetracycline >256 μg/mL - 7; sulfamethoxazole >1024 μg/mL - 45; amoxicillin >256μg/mL - 16). The ribotyping identified 63/96 strains. Of the samples tested, 21 were identified as Minnesota and grouped into six ribotypes, and the 208-S-8 was the most prevalent with 11 identifications (52.38%). Fourteen samples of S. Infantis were grouped into seven ribogroups, and the 337-S-2 was the most prevalent, 8/14 (57.14%). Two samples of S. Schwarzengrund and two S. Newport were grouped in the ribogroups 208-S-4 and 204-S-7, respectively. The multidrug resistance of S. Minnesota alert to the needing of implements systematic monitoring of antimicrobial resistance in zoonotic bacteria. The MIC above the maximum concentration suggests that these bacteria may have changed with the emergence of acquired resistance. The results emphasize the needing for responsible use of antibiotics in animal production, especially those used in human medicine. The high prevalence of ribogroup 208-S-8 (S. Minnesota) and 337-S-2 (S. Infantis) characterizes the clonal spread of these serovars, isolated from the farm until slaughter. These results indicate that positive birds at the farm contribute to contamination of carcasses at the slaughterhouse. The identification of clonal strains may establish the epidemiological link between isolates of Salmonella, thereby determining the stage of the chain of industrial production of broiler chickens that contributes to the contamination of the final product. / Objetivou-se determinar a resistência antimicrobiana e identificar os ribotipos de 96 cepas de Salmonella isoladas em plantéis avícolas com ciclo completo de produção para estabelecer seu perfil de disseminação. Os maiores percentuais de resistência foram para sulfonamida (56,25%), tetraciclina (53,12%) e amoxacilina (31,25%), enquanto 28,13% dos isolados foram sensíveis a todos antibióticos. Perfis de multiresistência foram observados para 28 cepas (29,17%) do sorovar Minnesota. Na CIM encontraram-se cepas com concentração acima da máxima (tetraciclina >256 μg/mL - 7; sulfametoxazol >1024 μg/mL - 45; amoxacilina >256 μg/mL - 16). A ribotipagem identificou 63/96 cepas. Das amostras testadas, 21 foram identificadas como Minnesota e agrupadas em seis ribotipos, sendo o 208-S-8 o mais prevalente com 11 identificações (52,38%). Quatorze amostras de S. Infantis foram agrupadas em sete ribogrupos, sendo o 337-S-2 o mais prevalente, 8/14 (57,14%). Duas amostras de S. Schwarzengrund e duas de S. Newport foram agrupadas nos ribogrupos 208-S-4 e 204-S-7, respectivamente. A multirresistência de S. Minnesota alerta para a necessidade de uma monitoria sistemática da resistência antimicrobiana em bactérias zoonóticas. A CIM acima da concentração máxima sugere que essas bactérias podem ter sofrido alterações com o surgimento de resistência adquirida. Os resultados reforçam a necessidade do uso responsável de antibióticos na produção animal, principalmente daqueles usados na medicina humana. A alta prevalência do ribogrupo 208-S-8 (S. Minnesota) e 337-S-2 (S. Infantis) caracteriza a disseminação clonal destes sorovares, isolados desde o ambiente de criação até o abate. Estes resultados indicam que aves positivas na granja contribuem para a contaminação das carcaças no abatedouro. A identificação de cepas clonais permite estabelecer o elo epidemiológico existente entre isolados de Salmonella, determinando assim a etapa da cadeia de produção industrial do frango de corte que contribui para a contaminação do produto final. / Mestre em Ciências Veterinárias

Salmonella é uma das principais causas de Doenças Transmitidas por Alimentos em todo o mundo, sendo que no Estado do Rio Grande do Sul (RS) esse microrganismo tem sido apontado como um dos principais agentes de toxinfecções alimentares nos últimos anos. Neste trabalho foram caracterizados isolados de Salmonella envolvidas em salmoneloses ocorridas no RS, no período de 2007 a 2013. Entre os 163 isolados investigados, 138 (84,7%) foram sorotipificados com S. Enteritidis, enquanto os outros isolados foram S. Schwarzengrund (n = 9 – 5,5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3,7%), S. Infantis (n = 1 – 0,6 %), S. Agona (n = 1 – 0,6 %), S. Derby (n = 1 – 0,6 %), S. London (n = 1 – 0,6 %), S. Give (n = 1 – 0,6 %), S. Panama (n = 1 – 0,6 %) e S. enterica (n = 4 – 2,5 %). Os principais alimentos envolvidos nos surtos foram maionese caseira (17,39%), seguido dos produtos de confeitaria (15,94 %) e carnes (12,32 %). A resistência da S. Enteritidis a 12 agentes antimicrobianos também foi investigada. As maiores porcentagens de resistência foram encontradas em relação à nitrofurantoína (94,2 %) e ao ácido nalidíxico (89,1 %). A resistência para duas drogas foi verificada em 80,43 % dos isolados. Sendo que a multirresistência para três ou cinco antimicrobianos foi verificada em quatro e dois isolados, respectivamente. Quando os isolados foram submetidos à PCR-Ribotipificação, apenas um perfil de bandas foi identificado. Os resultados de PCR-Ribotipificação sugerem que uma mesma cepa de S. Enteritidis foi isolada a partir de alimentos envolvidos em salmoneloses ocorridas em diferentes municípios do Estado do RS no período de 2007 a 2013. Uma vez que o mesmo perfil de bandas foi identificado em S. Enteritidis causadoras de salmoneloses, durante 1999 a 2006, os resultados indicam que a mesma cepa de S. Enteritidis tem causado surtos alimentares no RS, durante o período de 1999 a 2013. / Salmonella is a major cause of Foodborne Diseases worldwide, and in the State of Rio Grande do Sul (RS) this microorganism has been identified as the main agent of foodborne diseases in last years. In this work, Salmonella isolates responsible for salmonellosis occurred in the State of RS, in the period 2007 to 2013 were characterized. Among the 163 isolates investigated, 138 (84.7 %) were serotyped as S. Enteritidis, whereas the other isolates were S. Schwarzengrund (n = 9 – 5.5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3.7 %), S. Infantis (n = 1 – 0.6 %), S. Agona (n = 1 – 0.6 %), S. Derby (n = 1 – 0.6%), S. London (n = 1 – 0.6 %), S. Give (n = 1 – 0.6 %), S. Panama (n = 1 – 0.6 %) and S. enterica (n = 4 – 2.5 %). The main food vehicles identified were homemade mayonnaise (17.39 %), followed by pastry products (15.94 %) and beef (12.32 %). The S. Enteritidis resistance to 12 antimicrobial agents was investigated. The highest percentages of resistance were found to nitrofurantoin (94.2 %) and nalidixic acid (89.1 %). The resistance to two different drugs was observed in 80.43 % of the isolates. Multidrug-resistance for three to five antimicrobials was observed in four and two isolates, respectively. When the isolates were analysed by PCR-Ribotyping, only one banding profile was identified. The results of PCR-Ribotyping suggest that the same strain of S. Enteritidis was isolated from foods involved in salmonelloses occurred in different municipalities of the State of RS in the period 2007-2013. Since the same banding pattern was found in strains involved in salmonellosis outbreaks of 1999 to 2006, results indicated that the same strain of S. Enteritidis has caused salmonellosis outbreaks in RS, during the period of 1999 to 2013.

Salmonella é uma das principais causas de Doenças Transmitidas por Alimentos em todo o mundo, sendo que no Estado do Rio Grande do Sul (RS) esse microrganismo tem sido apontado como um dos principais agentes de toxinfecções alimentares nos últimos anos. Neste trabalho foram caracterizados isolados de Salmonella envolvidas em salmoneloses ocorridas no RS, no período de 2007 a 2013. Entre os 163 isolados investigados, 138 (84,7%) foram sorotipificados com S. Enteritidis, enquanto os outros isolados foram S. Schwarzengrund (n = 9 – 5,5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3,7%), S. Infantis (n = 1 – 0,6 %), S. Agona (n = 1 – 0,6 %), S. Derby (n = 1 – 0,6 %), S. London (n = 1 – 0,6 %), S. Give (n = 1 – 0,6 %), S. Panama (n = 1 – 0,6 %) e S. enterica (n = 4 – 2,5 %). Os principais alimentos envolvidos nos surtos foram maionese caseira (17,39%), seguido dos produtos de confeitaria (15,94 %) e carnes (12,32 %). A resistência da S. Enteritidis a 12 agentes antimicrobianos também foi investigada. As maiores porcentagens de resistência foram encontradas em relação à nitrofurantoína (94,2 %) e ao ácido nalidíxico (89,1 %). A resistência para duas drogas foi verificada em 80,43 % dos isolados. Sendo que a multirresistência para três ou cinco antimicrobianos foi verificada em quatro e dois isolados, respectivamente. Quando os isolados foram submetidos à PCR-Ribotipificação, apenas um perfil de bandas foi identificado. Os resultados de PCR-Ribotipificação sugerem que uma mesma cepa de S. Enteritidis foi isolada a partir de alimentos envolvidos em salmoneloses ocorridas em diferentes municípios do Estado do RS no período de 2007 a 2013. Uma vez que o mesmo perfil de bandas foi identificado em S. Enteritidis causadoras de salmoneloses, durante 1999 a 2006, os resultados indicam que a mesma cepa de S. Enteritidis tem causado surtos alimentares no RS, durante o período de 1999 a 2013. / Salmonella is a major cause of Foodborne Diseases worldwide, and in the State of Rio Grande do Sul (RS) this microorganism has been identified as the main agent of foodborne diseases in last years. In this work, Salmonella isolates responsible for salmonellosis occurred in the State of RS, in the period 2007 to 2013 were characterized. Among the 163 isolates investigated, 138 (84.7 %) were serotyped as S. Enteritidis, whereas the other isolates were S. Schwarzengrund (n = 9 – 5.5 %), S. Typhimurium (n = 6 – 3.7 %), S. Infantis (n = 1 – 0.6 %), S. Agona (n = 1 – 0.6 %), S. Derby (n = 1 – 0.6%), S. London (n = 1 – 0.6 %), S. Give (n = 1 – 0.6 %), S. Panama (n = 1 – 0.6 %) and S. enterica (n = 4 – 2.5 %). The main food vehicles identified were homemade mayonnaise (17.39 %), followed by pastry products (15.94 %) and beef (12.32 %). The S. Enteritidis resistance to 12 antimicrobial agents was investigated. The highest percentages of resistance were found to nitrofurantoin (94.2 %) and nalidixic acid (89.1 %). The resistance to two different drugs was observed in 80.43 % of the isolates. Multidrug-resistance for three to five antimicrobials was observed in four and two isolates, respectively. When the isolates were analysed by PCR-Ribotyping, only one banding profile was identified. The results of PCR-Ribotyping suggest that the same strain of S. Enteritidis was isolated from foods involved in salmonelloses occurred in different municipalities of the State of RS in the period 2007-2013. Since the same banding pattern was found in strains involved in salmonellosis outbreaks of 1999 to 2006, results indicated that the same strain of S. Enteritidis has caused salmonellosis outbreaks in RS, during the period of 1999 to 2013.

Clostridium difficile is a major cause of infectious diarrhea in hospitalized patients. Clostridium difficile-associated disease (CDAD) is of gaining importance now due to its increasing incidence and severity. However, little is known about the C. difficile infections in the Czech Republic. The aim of the study was to characterize C. difficile strains recently isolated (2008 to 2011) from patients hospitalized with gastrointestinal disease in four Prague health care institutions using molecular typing methods; PCR toxinotyping, PCR ribotyping and MLVA (multilocus variable number tandem repeat analysis). Among 273 C. difficile strains, we identified 8 toxinotypes (0, III, IV, V, VI, VIII, IX a XXIII) and 63 ribotypes, of which ribotypes 596 (23,4 % patient), 017 (13,9 %) and 176 (7 %) were the most frequent. According to PCR ribotyping, the situation in the Czech Republic is the most similar to the situation in Poland. Within ribotypes 017, 017/1 and 017/2 and ribotypes 596 and 596/1, 5 and 4 distinct clusters were identified by MLVA, none of which was institution-specific. Additionally, pathogenic C.difficile were isolated from piglet faeces (63,3 %) in a single piglet farm, evaluating the role of C. difficile as an emerging animal pathogen. All piglet isolates belonged to the toxinotype 0 and the ribotype...