El frijol (Phaseolus vulgaris L.) es una de las especies más importantes del Perú y del mundo para la alimentación humana. Asimismo, es un mejorador del suelo porfijar nitrógeno atmosférico por la simbiosis del frijol con Rhizobium phaseoli. Esto permite el ahorro en fertilizantes químicos para el agricultor. Este trabajo de investigación se realizó en un campo experimental de la ciudad de Lima (Perú), desde setiembre 2012 a junio del 2013, con el objeto: (i) de evaluar el rendimiento de cinco cultivares genéticos de frijol “ñuña” (Phaseolus vulgaris L.) en la producción de granos en simbiosis con Rhizobium phaseoliy (ii) seleccionar entre los cultivares el de mayor rendimiento en grano y que exprese mayor compatibilidad en la simbiosis. El diseño experimental utilizado fue el Bloque Completo Randomizado (BCR) con 15 tratamientos (con inoculación con Rhizobium, los testigos: sin inoculación y con fertilizante N.P.K.) ,05 cultivares de frijol “ñuña” y tres repeticiones. Se evaluaron factores de: precocidad, nodulación y fijación biológica de nitrógeno (FBN), y de rendimiento, que se analizaron empleando el software estadístico SPSS. Se determinó que existen diferencias estadísticas significativas entre tratamientos y efectuando la prueba de comparación de medias de Tukey al 5% resultó que los tratamientos con inoculación y fertilizados con urea no difieren entre sí. Al evaluar los factores de precocidad como días: a la aparición del botón floral, a la floración, a la madurez fisiológica y de cosecha; resultó el tratamiento con inoculación el más precoz y con una mejor performance el cultivar N°1 “azulita”; en cuanto al número de días a la aparición de los nódulos en cultivares inoculados, el cultivar N°3 sobresalió con media 74,77 días. El cultivar N°1 presentó mejor performance para el tamaño, número y peso de los nódulos. Para el factor rendimiento en grano prevaleció el inoculado, destacando el cultivar N°1con media 5,148 kg/ha. Se concluye que la ñuña “Azulita” tuvo el mayor rendimiento en grano y la que expresó mayor compatibilidad en la simbiosis con Rhizobium phaseoli. La FBN a través de la simbiosis incrementó los parámetros de rendimiento y puede reemplazar a la fertilización con urea, sin dañar el ambiente (suelo-agua) y tiene un menor costo. Cultivar, fertilizante biológico, frijol, ñuña, rizobio. / --- The bean Phaseolus vulgaris L is one of the most important species in Peru and worldwide for human nourishment. It also improves the soil because it fixes atmospheric nitrogen in symbiosis with Rhizobium phaseoli. It enables to save fertilizer, economical upside for farmers. This research has been carried out in a trial field located in Lima (Peru), from September 2012 to June 2013. The objectives were:(i) to evaluate the “ñuña” bean’s cultivar performance (Phaseolus vulgaris L.) within the production of seeds in symbiosis with Rhizobium phaseoli and (ii) to select the cultivar which has the highest performance and expresses the greatest compatibility in symbiosis. The experimental methodology was the Randomized Complete Block Design (RCB) in 15 treatments (with Rhizobium inoculation, the witnesses: without inoculation and with fertilizer N.P.K.), 05 “ñuña” bean’s cultivars and three essays. The following factors were evaluated: earliness, nodulation and nitrogen fixation (FBN) and performance; which were analyzed in the statistical software, SPSS. There are significant statistical differences between treatments. In the Tukey’s average comparison test at 5 % turned out that treatments with inoculation and fertilized with urea do not differ. When evaluating the earliness factors in days, the cultivar N°1 “azulita” had the best performance (at flower’s stems appearance, at blooming, at physiological maturity and harvest). What is more, cultivar N°3 also had the lowest number of days and nodule appearance (74, 77 days) in inoculated cultivars tests. The cultivar N°1 presented the best size, nodule number and weight performance. The inoculated cultivar showed the highest performance, especially the N°1 (5,148 kg/ha). As a conclusion, the “ñuña Azulita” had the best performance in grain and it had the greatest compatibility in symbiosis with Rhizobium phaseoli. Besides, the biological fixation of nitrogen (FBN) through symbiosis can replace the fertilization with urea, because it is less expensive and does not affect negatively the ecological system. Cultivar, biologicalfertilizer, Bean, ñuña, rizobi

Orientadora : Profª Drª Roseli Wassem / Coorientadora : Profª Drª Ana Claudia Bonatto / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/04/2013 / Inclui referências : f. 46-49;65-73 / Área de concentração / Resumo: Rhizobium sp. NGR234 é um bacilo gram-negativo pertencente à família Rhizobiaceae que tem a capacidade de estabelecer uma relação simbiótica e induzir a formação de nódulos radiculares com 112 gêneros da família Fabaceae, sendo considerado um simbionte promíscuo em comparação com outros rizóbios. Sabe-se que a expressão de genes envolvidos na nodulação e fixação de nitrogênio em Rhizobium sp. NGR234 é controlada por uma complexa cascata regulatória cujo regulador chave é NodD1. No entanto, outros ativadores transcricionais, tais como SyrM1 e SyrM2, também estão envolvidos no controle dessa cascata e ainda não possuem suas funções muito bem esclarecidas. No presente trabalho, foram construídas estirpes mutantes nos genes syrM1 e syrM2, além de uma estirpe duplo mutante syrM1/syrM2. Essas estirpes mutantes foram avaliadas quanto à sua capacidade de nodulação, sendo possível observar que SyrM2 aumenta o número de nódulos nas raízes de Phaseolus vulgaris e diminui a nodulação em Tephrosia vogelii, Macroptilium atropurpureum e Vigna unguiculata. Uma complementaridade das atividades de SyrM1 e SyrM2, que é hospedeiro-específica, também foi observada em Phaseolus vulgaris, Tephrosia vogelii e Vigna unguiculata. A análise da expressão de potenciais genes alvo mostrou que os genes rhcC1 e nodPQ possuem expressão constitutiva, não sendo induzidos por flavonóides nem regulados por SyrM1 ou SyrM2. Também foi observado que SyrM2 pode estar diretamente envolvido na ativação de y4xD e nodD2 e é capaz de aumentar indiretamente a expressão de nopB. Ensaios de EMSA (ensaio de alteração da mobilidade eletroforética) confirmaram que SyrM2 reconhece e interage fisicamente com a região regulatória de y4xD e nodD2. Além disso, SyrM1 pode desempenhar uma atividade repressora em y4xD e nopB, que atenua os níveis de expressão desses genes. Palavras-chave: Rhizobium sp. NGR234, nodulação, syrM1 e syrM2. / Abstract: Rhizobium sp. NGR234 is a gram-negative bacillus belonging to the family Rhizobiaceae that has the ability to establish a symbiotic relationship and induce the development of root nodules with 112 genera of the family Fabaceae; it is considered a promiscuous microsymbiont compared with other rhizobia. It is known that expression of genes involved in nodulation and nitrogen fixation of Rhizobium sp.NGR234 is controlled by a complex cascade whose regulatory key regulator is NodD1. However, other transcriptional activators, such as SyrM1 and SyrM2, are also involved in the control of this cascade and their functions have not been clearly established. In the presentstudy, we constructed mutant strains in both syrM1 and syrM2 genes and a double mutant strain syrM1/syrM2. These mutant strains were evaluated for their ability to nodulate host plants, revealing that syrM2 increases the number of nodules on the roots of Phaseolus vulgaris and decreases inTephrosia vogelii, Macroptilium atropurpureum and Vigna unguiculata. A potential complementary activity of syrM1syrM2, which is host-specific, was also observed in Phaseolus vulgaris, Tephrosia vogelii and Vigna unguiculata. Analysis of the expression of potential target genes showed that rhcC1 and nodPQ genes have constitutive expression and are not regulated by syrM1 or syrM2 and are not induced by flavonoids. It was also observed that SyrM2 may be directly involved in activating y4xD and nodD2 and can indirectly increase the expression of nopB. EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assays) assays confirmed that SyrM2 recognizes and physically interacts with the regulatory region of y4xD and nodD2. Furthermore, a SyrM1may act as a repressor of y4xD and nopB genes, which attenuates the expression levels of these genes. Key-words: Rhizobium sp. NGR234, nodulation, syrM1 e syrM2.

Orientadora : Profª Drª Roseli Wassen / Coorientadora : Profª Drª Ana Claudia Bonatto / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 31/03/2017 / Inclui referências / Resumo: O processo de fixação biológica de nitrogênio atmosférico por rizóbios é de grande importância uma vez que reduz a necessidade de fertilizantes nitrogenados em culturas de interesse agronômico. Entre os rizóbios, S. fredii NGR234 tem sido amplamente estudado devido a sua grande faixa hospedeira. O intercâmbio de sinais moleculares requerido para uma nodulação ótima de NGR234 em leguminosas tem sido muito estudado, mas alguns fatores nele ainda têm função desconhecida. Entre eles o par regulatório NodV e NodW. Através do estudo do transcriptoma do mutante nodVW?, em comparação com o transcriptoma da estirpe selvagem, foram determinados alguns alvos de regulação por este sistema. Dentre eles os operons NGR_b03250-NGR_b03190, rmlB-wbgA, NGR_c06030-NGR_c06080, nopB-rhcU, nopC-NGR_a00520, e os genes nopT, nopJ, fixF, nodU e rgpF que são modulados por NodV e NodW em presença de flavonoides, enquanto que os operons NGR_c26130-NGR_c26200, NGR_c26090-NGR_26120, e os genes NGR_c30010 e hmgA são modulados na ausência destas substâncias. Os operons pqqEDCBA, cysHDN, cysG-NGR_c13080, thuEFGKAB e o gene suhB são modulados nas duas condições. Através do uso de fusões transcricionais das regiões regulatórias dos genes nopJ, nopB-rhcU, nopC-NGR_a00520, nopT, fixF e pqqEDCBA com o gene repórter de proteína fluorescente verde (GFP), a expressão diferencial destes foi confirmada. Ademais, foi detectada a ligação de NodW á região regulatória de nopB, in vitro, sugerindo que o sistema NodV-NodW pode participar diretamente da ativação deste gene. Além disso, foi feita uma nova descrição dos genes modulados por flavonoides em NGR234, confirmando o descrito por outros autores, através de RNA-seq. Desta maneira, este trabalho agrega informação para um maior entendimento do diálogo molecular rizóbio-leguminosa e abre portas para novas pesquisas no futuro. Palavras-chave: Sinorhizobium fredii NGR234, nodV, nodW, RNA-seq. / Abstract: The process of biological nitrogen fixation by rhizobia is of great importance since it reduces the need for nitrogen fertilizers in crops of agronomic interest. Among rhizobia, S. fredii NGR234 has been extensively studied due to its large host range. The exchange of molecular signals required for optimal nodulation of NGR234 in legumes has been well studied, but some factors in it still have unknown function. Among them is the NodV and NodW regulatory pair. Through the transcriptome study of the nodVW? mutant in comparison with the wild-type transcriptome some regulatory targets have been described for this system. Among them, the operons, NGR_b03250-NGR_b03190, rmlB-wbgA, NGR_c06030-NGR_c06080, nopB-rhcU, nopC-NGR_a00520, and the nopT, nopJ, fixF, nodU and rgpF genes are modulated by NodV and NodW in the presence of flavonoids, while the operons NGR_c26130-NGR_c26200, NGR_c26090-NGR_26120, and the genes NGR_c30010 and hmgA are in the absence of these substances. The pqqEDCBA, cysHDN, cysG-NGR_c13080, thuEFGKAB and suhB gene operons are modulated under both conditions. Through the use of transcriptional fusions of the regulatory regions of the nopJ, nopB-rhcU, nopC-NGR_a00520, nopT, fixF and pqqEDCBA genes with the green fluorescent protein (GFP) reporter gene, the differential expression of these genes has been confirmed. In addition, NodW binding to the regulatory region of nopB-rhcU has been detected in vitro, suggesting that the NodV-NodW system can participate directly in the activation of this gene. Additionally, a new description of the flavonoid-modulated genes in NGR234 has been made, confirming the one described by other authors, through RNA-seq. Therefore, this work aggregates information for a better understanding of rhizobial-legume molecular conversation, and opens the door to further research in the future. Key-words: Sinorhizobium fredii NGR234, nodV, nodW, RNA-seq.

Orientadora: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Jaime Maia dos Santos / Resumo: A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas. / Abstract: The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn't confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied. / Mestre

Orientador: Sidney Luiz Stürmer. / Dissertação (mestrado) - Universidade Regional de Blumenau, Centro de Ciências Tecnológicas, Programa de Pós-Graduação de Engenharia Florestal.

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Tereza Cristina Luque Castellane / Banca: Maria de Lourdes Corradi Custodio da Silva / Banca: Luciana Maria Saran / Banca: Tsai Siu Mui / Banca: Jackson Antonio Marcondes de Souza / Resumo: As estruturas e alguns compostos produzidos pelos microrganismos apresentam elevada quantidade de cargas como, por exemplo, parede celular e biopolímeros. Os exopolissacarídeos (EPSs) de bactérias pertencentes à ordem Rhizobiales apresentam biopolímeros que têm sido muito estudados. Os EPSs são moléculas que apresentam grupos polares, esta característica é capaz de reduzir a tensão interfacial de mistura água/óleo e óleo/água. A formação de emulsões é um fator importante para a biodegradação de óleos e hidrocarbonetos. As cargas presentes na parede celular das células bacterianas são de natureza predominantemente aniônica. Estas estruturas são capazes de interagir fortemente com cátions metálicos e desempenham um papel importante no sequestro ou imobilização de íons no ambiente. A aplicação dos isolados de rizóbios são interessantes ferramentas biotecnológicas no processo de biorremediação, por estes microrganismos não apresentarem toxicidade à saúde e ao meio ambiente. Dos isolados de rizóbios pertencentes ao Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas, da FCAV/UNESP, foram selecionados quatro, que demonstraram elevada produção de goma 'in vitro'. Este trabalho teve como objetivo investigar o potencial biotecnológico, de isolados de Rhizobium spp. (SEMIA 4064 e JAB6) e dois isolados de Mesorhizobium spp. (LMG 6125 e LMG 11892), como bioemulsificantes e biossorventes. Para a identificação dos isolados foi sequenciada a região 16S rRNA (1500pb). Foram estudados a produção de EPS e aplicação desses biopolímeros como bioemulsificantes de óleos e hidrocarbonetos. Investigando a Reologia e a ... / Abstract: The structures and some compounds produced by microorganisms have a high amount of charges such as, for example, cell wall and biopolymers. The exopolysaccharides (EPSs) of bacteria belonging to the order Rhizobiales have biopolymers that have been widely studied. The EPSs are molecules that have polar groups, this feature they are can to reduce the interfacial tension of water/oil and oil/water. The formation of emulsions is important factor for the biodegradation of oils and hydrocarbons. The charges present in the cell wall on the bacterial cells are predominantly of anionic in nature. These structures are capable of interacting strongly with metal ions and play an important role in sequestering or immobilization of ions in the environment. The application of the populations of rhizobia are interesting biotechnological tools in bioremediation process, these organisms do not present toxicity to health and the environment. Rhizobial isolates belonging to the Laboratory of Biochemistry of Plants and Microorganisms, FCAV / UNESP, four were chosen that demonstrated high gum production in vitro. This work aimed to investigate the potential of biotechnology of the isolates of Rhizobium spp. (SEMIA 4064 and JAB6) and two strains of Mesorhizobium spp. (LMG 6125 and LMG 11892), as biosorbents and bioemulsifiers. For the identification of the isolates were done sequencing of the gene 16S rRNA (1500pb). The production and application of these EPSs were studied as bioemulsifiers of oils and hydrocarbons. Investigating the monosaccharides composition and rheology of the EPSs. These isolates were explored for sensitivity of live cells and the process of removal of dead cells by copper ions (Cu2+) and chromium (Cr6+). The sequencing showed that the isolates LMG 6125 and LMG 11892 were not consistent with the genus and species previously described / Doutor

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-09Bitstream added on 2015-04-09T12:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000817293.pdf: 1011948 bytes, checksum: 6854d3b9376a3b4692a20f1cc23048bc (MD5) / As estruturas e alguns compostos produzidos pelos microrganismos apresentam elevada quantidade de cargas como, por exemplo, parede celular e biopolímeros. Os exopolissacarídeos (EPSs) de bactérias pertencentes à ordem Rhizobiales apresentam biopolímeros que têm sido muito estudados. Os EPSs são moléculas que apresentam grupos polares, esta característica é capaz de reduzir a tensão interfacial de mistura água/óleo e óleo/água. A formação de emulsões é um fator importante para a biodegradação de óleos e hidrocarbonetos. As cargas presentes na parede celular das células bacterianas são de natureza predominantemente aniônica. Estas estruturas são capazes de interagir fortemente com cátions metálicos e desempenham um papel importante no sequestro ou imobilização de íons no ambiente. A aplicação dos isolados de rizóbios são interessantes ferramentas biotecnológicas no processo de biorremediação, por estes microrganismos não apresentarem toxicidade à saúde e ao meio ambiente. Dos isolados de rizóbios pertencentes ao Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas, da FCAV/UNESP, foram selecionados quatro, que demonstraram elevada produção de goma ‘in vitro’. Este trabalho teve como objetivo investigar o potencial biotecnológico, de isolados de Rhizobium spp. (SEMIA 4064 e JAB6) e dois isolados de Mesorhizobium spp. (LMG 6125 e LMG 11892), como bioemulsificantes e biossorventes. Para a identificação dos isolados foi sequenciada a região 16S rRNA (1500pb). Foram estudados a produção de EPS e aplicação desses biopolímeros como bioemulsificantes de óleos e hidrocarbonetos. Investigando a Reologia e a ... / The structures and some compounds produced by microorganisms have a high amount of charges such as, for example, cell wall and biopolymers. The exopolysaccharides (EPSs) of bacteria belonging to the order Rhizobiales have biopolymers that have been widely studied. The EPSs are molecules that have polar groups, this feature they are can to reduce the interfacial tension of water/oil and oil/water. The formation of emulsions is important factor for the biodegradation of oils and hydrocarbons. The charges present in the cell wall on the bacterial cells are predominantly of anionic in nature. These structures are capable of interacting strongly with metal ions and play an important role in sequestering or immobilization of ions in the environment. The application of the populations of rhizobia are interesting biotechnological tools in bioremediation process, these organisms do not present toxicity to health and the environment. Rhizobial isolates belonging to the Laboratory of Biochemistry of Plants and Microorganisms, FCAV / UNESP, four were chosen that demonstrated high gum production in vitro. This work aimed to investigate the potential of biotechnology of the isolates of Rhizobium spp. (SEMIA 4064 and JAB6) and two strains of Mesorhizobium spp. (LMG 6125 and LMG 11892), as biosorbents and bioemulsifiers. For the identification of the isolates were done sequencing of the gene 16S rRNA (1500pb). The production and application of these EPSs were studied as bioemulsifiers of oils and hydrocarbons. Investigating the monosaccharides composition and rheology of the EPSs. These isolates were explored for sensitivity of live cells and the process of removal of dead cells by copper ions (Cu2+) and chromium (Cr6+). The sequencing showed that the isolates LMG 6125 and LMG 11892 were not consistent with the genus and species previously described

Orientador: Lucia Maria Carareto Alves / Coorientador: Luciana Maria Saran / Banca: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Mariana Carina Frigieri Salaro / Resumo: Rizobactérias são excelentes candidatas à aplicação em processos de bioacumulação de elementos potencialmente tóxicos, pois desenvolveram mecanismos para a incorporação intracelular de uma ampla gama de íons. A sensibilidade e a capacidade de remoção de cádmio (Cd2+) de duas espécies de rizobactérias: Rizobium tropici (LBMP-C01) e Ensifer meliloti (LBMPC02), foram estudadas. A concentração mínima inibitória (CMI) das bactérias foi determinada pelo cultivo em meio contendo CdCl2.2H2O (0,025 a 4 mmol L-1). Foram realizados testes de viabilidade das células das duas estirpes na CMI e ensaios de bioacumulação com suspensões de células bacterianas nas doses de 10, 20 e 30 %(v/v) em solução contendo 100 mg L-1 de Cd2+. As estirpes LBMP-C01 e LBMP-C02 foram sensíveis a concentrações de Cd2+ superiores a 1,0 e 0,05 mmol L-1, respectivamente. As células de LBMP-C01 e LBMP-C02 apresentaram-se viáveis nas CMI 1,0 e 0,05 mmol L-1 Cd2+, respectivamente. A estirpe LBMP-C01 não removeu Cd2+ nos ensaios de bioacumulação e a estirpe LBMP-C02 foi capaz de remover 80 % deste íon em solução contendo 100 mg L-1 Cd2+, após 72 h de contato e 30 %(v/v) do bioacumulador. Os espectros de absorção molecular na região do infravermelho, de ambas as espécies estudadas praticamente não indicaram diferenças nos grupos funcionais presentes nas moléculas da biomassa celular. A observação por microscopia eletrônica de transmissão mostrou a presença de maior número de grânulos eletrodensos no citoplasma da esti... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Rhizobacteria are excellent candidates for use in the processes of bioaccumulation of potentially toxic elements because they have developed mechanisms for the intracellular uptake of a wide range of ions. Here, the sensitivity and capacity to remove cadmium (Cd2+) of two species of rhizobacteria, Rhizobium tropici (LBMP-C01) and Ensifer meliloti (LBMP-C02), were studied. The minimum inhibitory concentration (MIC) of the bacteria was determined by culturing them in medium containing CdCl2·2H2O (0.025 to 4 mmol L-1 ). Cell viability tests of the two strains were performed at MIC, and bioaccumulation assays were performed with 10, 20, and 30 %(v/v) bacterial cell suspensions in a Cd2+ solution 100 mg L-1 . Strains LBMP-C01 and LBMP-C02 were sensitive to Cd2+ concentrations above 1.0 and 0.05 mmol L-1, respectively. LBMP-C01 and LBMP-C02 cells were viable at the MICs of Cd2+ solution 1.0 and 0.05 mmol L-1, respectively. LBMP-C01 did not remove Cd2+ in the bioaccumulation assays, whereas LBMP-C02 removed 80 % of this ion in Cd2+ solution 100 mg L-1, after 72 h of contact and 30 %(v/v) of the bioaccumulator. The infrared absorption spectra of both species did not indicate differences in the functional groups present in the molecules of the cell biomass. Transmission electron microscopy showed the presence of a larger number of electron-dense granules in the cytoplasm of LBMP-C02 compared to LBMP-C01 when they were cultured with Cd2+. The LBMP-C02 strain was the most efficient i... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-29Bitstream added on 2014-06-13T18:54:07Z : No. of bitstreams: 1 toledo_bfb_me_jabo.pdf: 494396 bytes, checksum: 73007bbe5afed3d92412924b6ebe8b81 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas. / The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn’t confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied.

Orientador : Adriana Parada Dias da Silveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-28T04:19:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrade_SaraAdrianLopezde_M.pdf: 7166141 bytes, checksum: 149d0b5c7fa78f09096232d6bb736a34 (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado