En utilisant comme cas d’étude le mouflon Méditerranéen (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), les objectifs de cette thèse étaient de mieux comprendre comment sont liés diversité génétique, comportement des individus, flux de gènes et dynamique parasitaire. Au travers d’approches de génétique des populations et de génétique du paysage, nous avons pu mettre en évidence que la structure génétique spatiale de la population étudiée était impactée par son histoire d’introduction, sa structure socio-spatiale et le paysage dans lequel elle évolue. Etant donné l’impact de ces divers éléments sur les flux de gènes des mouflons, nous nous attendions à ce qu’ils déterminent également les flux de parasites dans la population. Nos résultats ont, au contraire, révélé que les parasites circulent mieux que les gènes de mouflons dans la population. Enfin, nous avons montré que les capacités de résistance des hôtes face à leurs parasites dépendaient de la diversité génétique neutre et adaptative, notamment de l’hétérozygotie d’un gène lié à l’immunité. Les résultats de ce travail décrivent avec précision la distribution de la variabilité génétique et son lien avec les risques sanitaires dans la population d’étude, apportant ainsi des informations cruciales pour la mise en place de stratégies de gestion et de conservation des populations de mouflons dans le contexte actuel de changements globaux et de réémergences de maladies. / Using as a case study the Mediterranean mouflon (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), we aimed at better understanding how are linked genetic diversity, individual behaviour, gene flows and parasitic dynamic. Using population and landscape genetics approaches, we showed that the spatial genetic structure of the studied population was determined by its introduction history, its socio-spatial structure and the landscape in which it evolves. Given the impact of these elements on mouflon gene flow, we expected them to also determine parasite transmission in the population. Our results nevertheless evidenced that parasite are better dispersed than mouflon genes. Finally, we showed that host resistance to parasites depends on neutral and adaptive genetic diversity, and more specifically on heterozygosity at a immunity-linked locus. Our results precisely describe genetic variability spatial distribution and its link with sanitary risks in the studied population, bringing crucial information for wild sheep population management and conservation in the current context of global changes and disease reemergence.

Cette thèse évalue le risque d’émergence d’un pathogène via l’avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches : (1) L’étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant ; et (2) L’utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne. Le Chapitre 1 montre que l’étude de la circulation de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes (Influenza Aviaire Faiblement Pathogène et Maladie de Newcastle) avec un pathogène émergeant (H5N1 HP) permet d’apporter des éléments d’information sur la circulation potentielle de ce pathogène en cas d’émergence. Les principales conclusions de ce chapitre nous permettent de construire les trois hypothèses testées aux chapitres suivants portant respectivement sur les étapes d’une émergence : introduction (Chapitre 2), circulation (Chapitre 3), et transmission à la faune domestique (Chapitre 4). Ces trois chapitres permettent une meilleure évaluation du risque d’émergence d’un pathogène (le H5N1 HP) dans une zone indemne (le DIN) à partir de méthodes basées sur les données écologiques disponibles dans cette zone indemne et obtenues à partir de techniques telles que le comptage aérien, la télémétrie satellitaire, ou la télédétection. Ils permettent notamment d’estimer que le risque d’émergence du H5N1 HP dans le DIN via l’avifaune sauvage est le plus élevé lors des mois de janvier à mars des années de faible crue, et que la Sarcelle d’été et le canard Pilet sont les deux espèces à surveiller en priorité. Cette thèse présente des travaux originaux combinant écologie, épidémiologie, et l’utilisation de nouvelles technologies. Le développement de ce type de méthodes pour d’autres systèmes hôtes-pathogènes permettra une meilleure compréhension dees mécanismes épidémiologiques et un meilleur contrôle de maladies émergentes.

L’importance écologique et agronomique des abeilles sauvages dans les paysages agricoles rend cruciale la gestion de ces insectes pollinisateurs. Les abeilles sauvages utilisent plusieurs habitats dans les paysages agricoles, comme les milieux semi-naturels (bois, haies, prairies permanentes), mais aussi les parcelles agricoles. L’objectif de ce travail est de caractériser la structure des communautés de pollinisateurs et le succès de pollinisation le long de gradients de composition et de configuration des milieux semi-naturels ainsi que d’intensité des pratiques agricoles à l’échelle paysagère. Par une approche basée sur les trais écologiques, traduisant des différences d’utilisation des ressources par les abeilles sauvages, nous avons mis en évidence que i) les abeilles sauvages peu mobiles, les espèces solitaires mais aussi les espèces terricoles (nids souterrains) sont plus abondantes dans des parcelles agricoles entourées d’une forte proportion de prairies permanentes faiblement fragmentées, ii) les parcelles entourées d’une forte quantité de lisières forestières présentent une abondance plus importante d’espèces peu mobiles, d’espèces tardives, sociales et polylectiques, iii) les espèces oligolectiques sont filtrées (exclues) dans les paysages fortement boisés car ce sont des espèces profitant de ressources fournies par la mosaïque cultivée. Nous avons aussi mis en évidence que l’effet positif de la proportion en milieux semi-naturels sur la diversité des abeilles sauvages était plus important dans des paysages à la mosaïque agricole gérée de façon intensive. Nous montrons par ailleurs que l’intensité locale des pratiques agricoles peut autant influencer la diversité des abeilles sauvages que la proportion de milieux semi-naturels environnants. Enfin, nous montrons que, suivant les situations, l’abondance des espèces d’abeilles sauvages dominantes ou la présence d’un assemblage d’espèces peu communes peut expliquer le succès de pollinisation. Il semblerait que, dans le cas où le succès de pollinisation répond à l’occurrence d’espèces peu communes, la proportion de milieux semi-naturels aurait une influence positive sur le succès de pollinisation par les abeilles sauvages. Ce travail de thèse démontre l’importance d’espèces peu communes, dépendantes des milieux semi-naturels, pour le succès de pollinisation mais aussi la relation positive entre l’abondance de certains groupes d’espèces et la proportion de milieux semi-naturels. Ce travail permet donc de soutenir l’hypothèse selon laquelle les milieux semi-naturels sont garants du maintien de la diversité des abeilles sauvages et des services rendus par ces dernières. Cependant, l’effet positif des milieux semi-naturels sur la diversité des abeilles sauvages est variable, puisque il dépend des pratiques agricoles à l’échelle locale et paysagère. Les préconisations d’aménagement paysager et de modifications des pratiques ne peuvent donc être faites indépendamment les unes des autres.

En été, la cueillette des bleuets sauvages est une activité de loisir ou une activité génératrice de revenus, qui est très répandue au Saguenay-Lac-Saint-Jean ainsi que dans d’autres régions du Canada. Aucun modèle prédictif validé de présence ou de production en fonction des caractéristiques des peuplements forestiers et des facteurs climatiques n’est disponible actuellement. La présente étude se base sur les données d’une campagne d’échantillonnage en 2016 qui a documenté 13 variables environnementales de 157 sites, pour analyser les liens avec la présence des plants de bleuets sauvages. À l’issue de ces analyses, les variables telles que le type de perturbation, l’âge depuis la dernière perturbation, la densité du couvert forestier, la hauteur du couvert, et le type écologique se sont avérées pertinentes pour prédire le pourcentage de recouvrement en plants de bleuets sauvages. De plus, les données météorologiques de sept stations couvrant la période de 2009 à 2016 ont permis de développer un modèle prédictif de la productivité relative annuelle qui peut servir de modèle d’aide à la décision pour la planification de la cueillette. Les résultats montrent que l’intégration des variables environnementales issues des tests statistiques permet d’augmenter de façon significative la capacité de prédiction du potentiel de présence des plants de bleuets sauvages. Sur les 126 sites retenus pour les analyses, le nouveau modèle qui utilise les variables issues des tests statistiques a prédit avec exactitude le potentiel de présence de 70 sites, contrairement à l’ancien modèle basé sur les connaissances théoriques des experts, qui prédit avec exactitude le potentiel de présence de 46 sites, soit une augmentation de 19 %. De plus, les modalités qui favorisent la présence des plants de bleuets sauvages comme : (1) une faible densité du couvert forestier, (2) une faible hauteur du peuplement, et (3) une perturbation récente due à un feu ou à une coupe forestière, démontrent que le bleuet sauvage n’est pas une plante compétitrice. De plus, le lien établi entre le rendement moyen annuel et les variables climatiques démontrent que la variabilité interannuelle du rendement est étroitement liée à la quantité de neige accumulée pendant la période hivernale, à la température minimale moyenne entre mai et juin et au nombre de jours du mois de juin ou les températures minimales sont négatives.

En été, la cueillette des bleuets sauvages est une activité de loisir ou une activité génératrice de revenus, qui est très répandue au Saguenay-Lac-Saint-Jean ainsi que dans d’autres régions du Canada. Aucun modèle prédictif validé de présence ou de production en fonction des caractéristiques des peuplements forestiers et des facteurs climatiques n’est disponible actuellement. La présente étude se base sur les données d’une campagne d’échantillonnage en 2016 qui a documenté 13 variables environnementales de 157 sites, pour analyser les liens avec la présence des plants de bleuets sauvages. À l’issue de ces analyses, les variables telles que le type de perturbation, l’âge depuis la dernière perturbation, la densité du couvert forestier, la hauteur du couvert, et le type écologique se sont avérées pertinentes pour prédire le pourcentage de recouvrement en plants de bleuets sauvages. De plus, les données météorologiques de sept stations couvrant la période de 2009 à 2016 ont permis de développer un modèle prédictif de la productivité relative annuelle qui peut servir de modèle d’aide à la décision pour la planification de la cueillette. Les résultats montrent que l’intégration des variables environnementales issues des tests statistiques permet d’augmenter de façon significative la capacité de prédiction du potentiel de présence des plants de bleuets sauvages. Sur les 126 sites retenus pour les analyses, le nouveau modèle qui utilise les variables issues des tests statistiques a prédit avec exactitude le potentiel de présence de 70 sites, contrairement à l’ancien modèle basé sur les connaissances théoriques des experts, qui prédit avec exactitude le potentiel de présence de 46 sites, soit une augmentation de 19 %. De plus, les modalités qui favorisent la présence des plants de bleuets sauvages comme : (1) une faible densité du couvert forestier, (2) une faible hauteur du peuplement, et (3) une perturbation récente due à un feu ou à une coupe forestière, démontrent que le bleuet sauvage n’est pas une plante compétitrice. De plus, le lien établi entre le rendement moyen annuel et les variables climatiques démontrent que la variabilité interannuelle du rendement est étroitement liée à la quantité de neige accumulée pendant la période hivernale, à la température minimale moyenne entre mai et juin et au nombre de jours du mois de juin ou les températures minimales sont négatives.

Il est classiquement admis que les études comparatives sur la communication des animaux peuvent permettre de mieux comprendre la coévolution de la vie sociale, de la communication vocale et des capacités cognitives, notamment l’émergence de certaines propriétés du langage humain. De récentes études ont suggéré la présence de capacités combinatoires chez les primates non humains, capacités qui permettraient à ces animaux de diversifier leurs répertoires ou d’enrichir les messages transmis par leurs vocalisations en dépit de capacités articulatoires limitées. Toutefois, les fonctions des cris combinés et les informations qui en sont extraites par les receveurs restent méconnues. Cette thèse porte sur les capacités de combinaison vocale de cercopithèques forestiers sauvages : la mone de Campbell (Cercopithecus Campbelli) et le singe Diane (Cercopithecus Diana). Premièrement, à l’aide d’expériences de repasse acoustiques, j’ai étudié la nature combinatoire de cris combinés et les informations qui en sont extraites par les receveurs chez ces deux espèces. Les résultats ont confirmé chez les mâles mone de Campbell la présence d’un mécanisme de suffixation diminuant l’urgence du danger signalé par un cri d’alarme ainsi que, chez les femelles singe Diane, la présence de cris complexes combinant linéairement les messages des deux unités qui les composent, signalant respectivement l’émotion et l’identité de l’émetteur. Deuxièmement, une étude observationnelle du contexte d’émission de cris simples et combinés par des femelles mones de Campbell sauvages a révélé une utilisation flexible de la combinaison en fonction du besoin immédiat de rester discret (i.e. cris simples) ou de signaler son identité (i.e. cris combinés). Finalement, j’ai comparé les systèmes de communication des femelles de ces deux espèces pour identifier leurs points communs et leurs différences. Leurs répertoires sont basés principalement sur des structures acoustiques homologues, comme prédit par leur proximité phylogénétique. Cependant, les femelles de ces deux espèces diffèrent fortement dans leur utilisation de ces structures. Par exemple, le grand nombre de cris combinés chez les singes Diane semble permettre un accroissement considérable de leur répertoire vocal par rapport aux mones de Campbell. Etant donné l’organisation non-aléatoire de ces combinaisons vocales qui font sens pour les receveurs et de leur utilisation flexible en fonction du contexte, je propose un parallèle avec une forme simple de morphosyntaxe sémantique et discute aussi plus généralement de la possibilité de trouver des capacités similaires chez d’autres espèces animales. / It is generally accepted that comparative studies on animal communication can provide insights into the coevolution of social life, vocal communication, cognitive capacities and notably the emergence of some human language features. Recent studies suggested that non-human primates possess combinatorial abilities that may allow a diversification of vocal repertoires or a richer communication in spite of limited articulatory capacities. However, the functions of combined calls and the information that receivers can extract remain poorly understood. This thesis investigated call combination systems in two species of guenons: Campbell’s monkey (Cercopithecus Campbelli) and Diana monkey (Cercopithecus Diana). Firstly, I studied the combinatorial structure and relevance to receivers of combined calls in of both species using playback experiments. Results confirmed the presence of a suffixation mechanism reducing the emergency of danger signaled by calls of male Campbell’s monkeys. Also, they showed that combined calls of females Diana monkeys convey linearly information via their two units, which signal respectively caller’s emotional state and identity. Secondly, focusing on the context associated with the emission of simple and combined female Campbell’s monkey calls, results revealed flexible use of combination reflecting the immediate need to remain cryptic (i.e. simple calls) or to signal caller’s identity (i.e. combined calls). Finally, I compared females’ communication systems of both species to identify their similarities and differences. As predicted by their close phylogenetic relatedness, their repertoires are mostly based on homologous structures. However, the females differ strongly in their use of those structures. In particular, the great number of calls combined by Diana monkeys increases considerably their vocal repertoire compared to Campbell’s monkeys. Given that the combinations are non-random, meaningful to receivers and used flexibly with the context, I propose a parallel with a rudimentary form of semantic morphosyntax and discuss more generally the possible existence of similar capacities in other non-human animals.

Contexte : Le commerce illégal d’espèces sauvages implique d’importants enjeux sociétaux, mais à ce jour peu d’études s’intéressent au commerce illégal de succulentes qui sont des plantes connues pour transformer l’eau en suc leur permettant ainsi de survivre dans des régions arides (ex. cactus, aloès, etc.). S’intéresser à ce commerce est d’autant plus crucial que la passion des consommateurs pour les succulentes ne cesse de croître, poussant alors certains à adopter des comportements illégaux. Le manque de contrôle de la part des autorités compétentes et l’adoption de ces comportements illégaux favorisent le développement d’un commerce illégal de succulentes. De plus, ce commerce s’est numérisé, posant donc de nouveaux enjeux liés à l’utilisation des nouvelles technologies. Ainsi, le mémoire vise à comprendre le choix des consommateurs à importer illégalement des succulentes à l’aide de plateformes numériques. Méthodologie : Les données analysées sont issues de 14 entrevues semi-dirigées menées auprès de consommateurs ayant importé au moins une fois illégalement une succulente à l’aide d’une plateforme de commerce en ligne. Durant les entrevues, plusieurs thèmes ont été abordés tels que le contexte d’achat, les connaissances des participants concernant les lois et enjeux environnementaux et leur perception vis-à-vis de leur comportement. Résultats : Les consommateurs sont initialement motivés à importer illégalement des succulentes au nom de leur passion et/ou pour des raisons économiques. Le marché illégal de succulentes en ligne représente alors une véritable opportunité pour eux de le faire, puisqu’ils considèrent que les succulentes y sont facilement accessibles, diversifiées et à des prix concurrentiels. Parallèlement, les risques de se faire appréhender par les autorités ou de se faire frauder sont perçus comme faibles. En revanche, ces derniers naviguent dans une zone grise alimentée par leur manque de connaissances concernant le processus légal ainsi que par l’asymétrie d’information du marché. Cette dernière les empêche alors de bien évaluer la source du produit et les risques associés. Face à cette incertitude, les consommateurs recourent à plusieurs justifications permettant de se persuader, mais également de convaincre autrui que leurs comportements sont acceptables. Implications : Ce mémoire fournit une meilleure compréhension du comportement illégal des consommateurs de succulentes, puisqu’il apporte à la fois des explications théoriques et empiriques afin de comprendre ce phénomène. Finalement, cette étude offre des pistes d’interventions intéressantes à l’élaboration de campagnes d’éducation et de sensibilisation visant la réduction de cette demande qui suscite d’important risques environnementaux. / Context: The Illegal wildlife trade (IWT) raises important environmental issues. However, up to now, few studies have focused on the illegal trade in succulents. Succulents correspond to a type of plant which are known for transforming water into juice, enabling them to survive in arid or semi-arid regions. Furthermore, consumers' passion for these plants is growing all the time. But this passion leads some individuals to engage in illegal behaviour. The lack of control by the competent authorities and the adoption of these illegal behaviours encourage the development of an illegal trade in succulents. What's more, this trade has gone online, raising new issues linked to the use of new technologies. This master’s thesis aims to understand consumers' choice to import succulents illegally using digital platforms. Methods: The data analyzed come from 14 semi-structured interviews conducted with succulent consumers who had illegally imported a succulent at least once using an online trading platform. During the interviews, several themes were addressed, such as the purchasing context, participants' knowledge of trade laws and environmental issues, and their perception of their behavior. Results: Consumers are initially motivated to illegally import succulents in the name of their passion and/or for economic reasons. The illegal online succulent market then represents a real opportunity for them to do it. Indeed, they consider succulents to be easily accessible, diversified and competitively priced. At the same time, the risk of being caught by the authorities or defrauded is perceived as low. However, consumers navigate in a grey zone fuelled by their lack of knowledge of the legal process and the asymmetry of market information. The latter prevents them from properly assessing the source of the product and the associated risks. Faced with this uncertainty, consumers use several justifications to persuade themselves and others that their behaviors are acceptable. Implications: This master’s thesis provides a better understanding of the illegal behaviour of passionate succulent consumers, since it offers both theoretical and empirical explanations for this phenomenon. Finally, this research offers interesting avenues of intervention for the development of education and awareness campaigns aimed at reducing this demand, which gives rise to significant environmental risks.

L'arachide (Arachis hypogaea L.) est une plante allotétraploïde (2n = 4x = 40) issue d'un événement récent d'hybridation entre deux espèces sauvages suivi d'un doublement spontané des chromosomes. La variabilité génétique existant dans le compartiment cultivé est faible. Les espèces diploïdes sauvages apparentées à l'arachide cultivée représentent un important réservoir d'allèles nouveaux utilisables pour élargir le pool génique du cultigène. L'objectif général de cette thèse est d'augmenter les marges de progression en amélioration de l'arachide par recours aux ressources génétiques sauvages. Nous avons développé une population BC1F1 à partir du croisement entre Fleur11 et un amphidiploïde synthétique (A. ipaensis x A. duranensis)x4 qui associe les génomes des plus probables progéniteurs sauvages de l'espèce cultivée. Nous avons d'abord construit une carte génétique comprenant 298 loci positionnés sur 21 groupes de liaison avec une taille totale de 1843.7 cM. Nous avons ensuite conduit une analyse AB-QTL pour plusieurs caractères impliqués dans la productivité, l'adaptation et la domestication de l'arachide. Au total, nous avons cartographié 95 QTL. Pour plusieurs QTL, les effets positifs sont associés aux allèles provenant des espèces sauvages. Nous avons aussi identifié trois régions du génome qui portent des empreintes de la domestication. Nous avons enfin développé une population de 122 lignées d'introgression à l'aide d'une stratégie de sélection assistée par marqueurs. L'ensemble des groupes de liaison sont couverts avec des frag ments chevauchants, issus des donneurs sauvages, d'une taille moyenne de 39.2 cM et chaque lignée comprend en moyenne 1.2 fragments. Nous avons par ailleurs discuté l'utilisation de cette collection de lignées d'introgression pour des applications de sélection et de recherche. Nos résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour l'amélioration de l'arachide par croisement avec les espèces sauvages apparentées. / Peanut (Arachis hypogaea L.) is considered to be an allotetraploid (2n = 4x = 40) originated from a single hybridization event between two wild diploids followed by spontaneous chromosomes duplication. Cultivated peanut harbours a limited genetic diversity. Peanut wild relatives represent an important source of novel alleles that could be used to broaden the gene pool of the cultigen. The general objective of this work is to enhance the rate of progress in peanut breeding using wild species resources.We developed a BC1F1 population from the cross between Fleur11 and a synthetic amphidiploid (A. ipaensis x A. duranensis)x4 that combines the genomes of the most probable wild progenitors of the cultigen. We first developed a SSR based genetic map of 298 loci on 21 linkage groups, spanning a total map distance of 1843.7 cM. We then conducted a detailed AB-QTL analysis for several traits involved in peanut productivity and adaptation as well as in the domestication syndrome. We mapped a total of 95 QTLs. About half of the QTL positive effects were associated with alleles of the wild parents and several QTLs involved in yield components were specific to the water-limited treatment. We identified three genomic regions which bear footprints of domestication. We finally developed, through a marker assisted backcross strategy, an exotic introgression library of 122 lines. This population, which has in average 1.2 fragments per line, allows covering all linkage groups with overlappi ng wild donor fragments of in average 39.2 cM length. The utilization of the exotic introgression lines library for breeding and research is discussed. Our findings open new avenues for peanut improvement using wild relatives.

Ce travail de thèse porte sur deux problèmes distincts, tous deux en lien avec le comportement galoisien de certains noyaux de localisation en cohomologie étale : les noyaux sauvages étales. Fixons un nombre premier p et $F_{\infty}$ une $\Z_p$-extension d'un corps de nombres $F$.<br />La structure de groupe abélien du p-groupe des classes des étages de $F_{\infty}/F$ est asymptotiquement bien connue : nous montrons, au moyen de la théorie d'Iwasawa des $\Z_p$-extensions, un analogue de ce résultat en $K$-théorie supérieure.<br />Dans un deuxième temps, nous étudions le groupe de Galois sur $F_{\infty}$ de la pro-p-extension, non ramifiée, p-décomposée maximale de $F_{\infty}$, lorsque $F_{\infty}$ est la $\Z_p$-extension cyclotomique de $F$. Après avoir établi un lien entre la structure de ce groupe et le comportement galoisien des noyaux sauvages étales, nous donnons divers critères effectifs de non pro-p-liberté pour ce groupe.

Le travail présenté ici s'intéresse au rôle des oiseaux sauvages dans l'épidémiologie du virus West Nile (WN) en Camargue. Des espèces d'oiseaux susceptibles d'intervenir dans les différentes phases de circulation du virus (introduction, amplification, dispersion, émergence) sont identifiées en s'appuyant sur les données bibliographiques relatives à la maladie et sur des critères ornithologiques. Les investigations épidémiologiques effectuées pour quelques unes de ces espèces en 2004 (année épizootique) et en 2005 (année post-épizootique) montrent que le virus WN circule dans la population d'oiseaux de Camargue. Pour les oiseaux migrateurs arrivant d'Afrique au printemps, les dates et lieux de ces contacts restent inconnus. Concernant les oiseaux sédentaires, deux isolats d'une même souche virale ont été obtenus en 2004, réciproquement à partir du cerveau d'une Pie bavarde Pica pica et d'un Moineau domestique Passer domesticus, et totalement séquencés. L'étude phylogénétique de cette souche montre qu'elle appartient au même cluster que celles précédemment isolées en Europe méditerranéenne. Les résultats sérologiques et virologiques chez ces deux espèces d'oiseaux, souvent observées à proximité des écuries, en font des candidates à l'amplification et l'émergence du virus WN chez les chevaux de Camargue. La mise en évidence, en 2005, d'ARN viral dans les fientes d'une Pie bavarde conforte cette hypothèse. Les recherches doivent se poursuivre pour évaluer la part respective des différents oiseaux de Camargue dans la circulation du virus WN en utilisant d'autres approches, comme par exemple l'analyse des repas de sang des moustiques vecteurs, récemment identifiés.