Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Chromobacterium violaceum is a Gram-negative bacteria belonging to the Neisseriaceae family often found in soil and water in tropical and subtropical regions. The biotechnological potential of C. violaceum, due to its peculiar characteristics, led to his choice to be the first bacteria to have its genome sequenced by Brazilian Genome Consortium (MCT / CNPq). A previous study (Vale, R., 2005) identified extra chromosomal DNA molecules in C. violaceum CVT2 samples isolated in fresh waters from Negro in which so far had not been identified C. violaceum bacterial species in this region. Plasmids from C. violaceum CVT2 sample was sequenced by pyrosequencing and analysis " in silico " revealed sequences (contig) that could correspond to three natural plasmids pCVT2.1 , pCVT2.2 and pCVT2.3 so called . The contig 1 (pCVT2.1) with the size of 26.206pb and 84% similarity to plasmid pIJB1 the contig 2 (pCVT2.2) with the size of 7.440pb and 92% similarity to plasmid pRSB105 and contig 4 (pCVT2.3) size of 3062pb and 82% similarity to plasmid pHLHK19. The result of the sequences annotation of these three contigs showed a total of 23 ORFs, being distributed as follows: 18 ORFs located in the plasmid pCVT2.1 7 pCVT2.2 the ORFs, and ORF in plasmid pCVT2.3 1. Research suggests that replication of plasmids and pCVT2.2 pCVT2.3 require a Rep protein and its possible origins of replication with sequences 511and 383pb, respectively, located upstream from the gene Rep. / A Chromobacterium violaceum é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família Neisseriaceae, frequentemente encontrada no solo e na água, em regiões tropicais e subtropicais. O potencial biotecnológico da C. violaceum, devido suas características peculiares, levaram a sua escolha para ser a primeira bactéria a ter seu genoma sequenciado pelo Projeto Genoma Brasileiro (MCT/CNPq). Um estudo desenvolvido por do Vale, R. (2005) identificou moléculas de DNA extracromossomais na amostra CVT2 de C. violaceum isolada nas águas doces da região do Baixo Rio Negro que até então, não tinham sido identificadas nessa espécie bacteriana. Neste estudo foi realizado o sequenciamento dos plasmídeos naturais de C. violaceum CVT2 bem como, a análise das sequências obtidas. A fração de DNA plasmidial de C. violaceum amostra CVT2 foi sequenciada por pirosequenciamento e a análise “in sílico” revelou três contigs que poderiam corresponder a três plasmídeos naturais que foram denominados pCVT2.1, pCVT2.2 e pCVT2.3. O contig 1 (pCVT2.1) com o tamanho de 26.206pb e identidade de 84% ao plasmídeo pIJB1, o contig 2 (pCVT2.2) com o tamanho de 7.440pb e similaridade de 92% ao plasmídeo pRSB105 e o contig 4 (pCVT2.3) com o tamanho de 3062pb e similaridade de 82% ao plasmídeo pHLHK19. O resultado da anotação das sequências desses 3 contigs mostrou um total de 23 ORFs, sendo distribuídas da seguinte maneira: 18 ORFs localizadas no plasmídeo pCVT2.1, 7 ORFs no pCVT2.2 e, 1 ORF no plasmídeo pCVT2.3. A investigação sugere que a replicação dos plasmídeos pCVT2.2 e pCVT2.3 requerem uma proteína Rep e suas prováveis origens de replicação, com sequências de 511pb e 383, respectivamente, localizadas a montante do gene da proteína Rep.