BOUHOURS, A. Segmentação do ventrículo esquerdo em ecocardiogramas usando contornos ativos (snake). 2006. 86 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Teleinformática) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2006. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-04-01T18:08:47Z No. of bitstreams: 1 2006_dis_abouhours.pdf: 4223585 bytes, checksum: 226b2671026c73988b2ed24c309cf885 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2016-04-06T18:12:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_dis_abouhours.pdf: 4223585 bytes, checksum: 226b2671026c73988b2ed24c309cf885 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T18:12:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_dis_abouhours.pdf: 4223585 bytes, checksum: 226b2671026c73988b2ed24c309cf885 (MD5) Previous issue date: 2006-10-09 / The cardiac illnesses represent the most of death cause in developed countries and one of the commonest in developing countries, which is the case of Brazil. In order to detect them, different existing methods can be applied. Among them, the ECG (electrocardiogram), methods developed from nuclear medicine and echocardiogram of effort (ECE). This last one is preferred due to its low cost, in comparison with the nuclear medicine and its non-invasive ability. For these reasons, ECE is used to diagnostic the isquemia (muscular elasticity loss). But the diagnostic is done by a specialist through the visualization of a video, and is consequently subjective. This master degree dissertation describes a segmentation method of the left ventricle in ecocardiograms, using the active contours model (snake), in order to the ECE becomes more objective, allowing an automatic measure of left ventricle and consequently the detection of isquemia. Denoising techniques are implemented because this kind of image is corrupted by the speckle noise, what is harmful for analises. Wavelet-based technics are developed and four algorithms are compared in measuring the time of execution and the resulting signal to noise ratio. From the resulting denoised images, a technique for left ventricle border detection is developed using the snake methods. Partial results show an effective result for the detection of intern myocardium borders which represent the left ventricle. / As doenças cardíacas constituem a principal causa de mortalidade em países desenvolvidos e ocupam uma posição de destaque em países em desenvolvimento, sendo no Brasil a segunda causa de morte. Na busca por sua identificação, diversos exames podem ser feitos, dentre eles o ECG (eletrocardiograma), medicina nuclear e o ecocardiograma de esforço (ECE). Este último é preferível por ser um método de baixo custo, comparando-se com medicina nuclear, além de ser um método não evasivo. Por estas razões é muito utilizado no diagnóstico preciso de isquemia (perda de elasticidade muscular), inclusive na sua intensidade. Entretanto, o diagnóstico por ECE é realizado por uma análise visual de um vídeo por um especialista, portanto subjetivo. Esta dissertação descreve um método de segmentação do ventrículo esquerdo em ecocardiogramas, utilizando-se de contornos ativos (snakes) na tentativa de tornar o ECE o mais objetivo possível, permitindo uma medida automática do volume do ventrículo esquerdo através da análise do ECE a fim de detectar a isquemia. Técnicas de eliminação de ruído speckle são implementadas e confrontadas, pois o ECE é sempre contaminado por este tipo de ruído, resultando em uma análise visual de difícil percepção. Tais técnicas utilizam a transformada wavelets na construção dos filtros, sendo então, implementados e avaliados quatro diferentes algoritmos, tomando-se como parâmetro o tempo de processamento e a relação sinal/ruído. Desenvolvesse também uma técnica de detecção do ventrículo esquerdo, usando o método dos contornos ativos (snakes). Resultados parciais são obtidos, permitindo uma detecção de bordas do miocárdio interno representando as paredes do ventrículo esquerdo.

Magister Scientiae (Biodiversity and Conservation Biology) - MSc (Biodiv & Cons Biol) / Gaps in our knowledge of the functional roles of snakes within ecosystems limit our ability to predict the potentially cascading effects their removal from an ecosystem might create. Extirpation of snake species could potentially result in losses of ecosystem functionality if those taxa are ecologically unique. I used pitfall and funnel trap arrays, artificial cover object surveys, active searching, and passive camera trapping, as well as pre-existing faunal diversity data to identify terrestrial tetrapod species within the Koeberg Private Nature Reserve. This resulted in a list of 265 species, of which 13 were snakes. I then gathered data on dietary and four additional functional traits for each species from the literature. Next, using hierarchical and partitioning around medoids clustering, I identified ten broad dietary guilds and 54 functional guilds within the terrestrial tetrapod community. Of the dietary guilds Dasypeltis scabra was the only snake species that formed a unique single species guild and was one of four snake species (Pseudaspis cana, Homoroselaps lacteus and Lamprophis guttatus) to form four unique single species functional guilds. The remaining snakes clustered together within groups of other vertebrate predators. Functional diversity analysis was then used to simulate losing eight major taxonomic groups (birds, passerines, non-passerines, mammals, reptiles, snakes, non-snake reptiles and amphibians) and gauge the effects of those losses on overall community dietary and functional diversity. Functional diversity analysis revealed that the loss of certain snake species resulted in disproportionate losses of overall community dietary and functional diversity while losing others had negligible effects. These findings provide ambivalent support for the dietary and functional uniqueness of snakes suggesting that certain snake species are fulfilling unique functional roles within the ecosystem. Additionally, it is likely that losing those non-redundant species would result in significant losses of ecosystem functionality.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-06Bitstream added on 2014-06-13T19:12:06Z : No. of bitstreams: 1 cunha_rm_me_botib.pdf: 829808 bytes, checksum: 0d58883f9479527d834af5abe27ce09a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os acidentes botrópicos representam cerca de 87% dos envenenamentos ofídicos registrados no Brasil e se destacam pelas graves seqüelas que limitam a vida do acidentado. O principal efeito tóxico local destes é a mionecrose, que pode levar à perda tecidual permanente e à amputação. A mionecrose pode ser decorrente da isquemia do tecido muscular, causada por fatores hemorrágicos presentes nestes venenos (metaloproteases), ou da presença de miotoxinas (PLA2s) que afetam diretamente o tecido muscular. O método mais eficaz para o tratamento dos envenenamentos ofídicos é a soroterapia passiva. No entanto, esta é limitada devido à relativa ineficácia do soro em neutralizar a mionecrose dos venenos botrópicos, além de muitas comunidades não terem acesso à soroterapia. Estes fatores conduzem a busca de métodos alternativos, como o uso de extratos vegetais. Evidências mostram que o extrato aquoso da Casearia sylvestris, conhecida popularmente como “guaçatonga, é capaz de neutralizar efeitos tóxicos de venenos brutos e de suas miotoxinas isoladas. A Casearia sylvestris apresenta diversos outros efeitos terapêuticos como: anti-séptico, antiinflamatório, anestésico local, anti-tumoral, anti-úlcera e cicatrizante. Devido à escassez de estudos experimentais para avaliar a eficácia de extratos vegetais na redução dos danos locais ocasionados pelo envenenamento botrópico, torna-se importante avaliar a potencial atividade antiofídica da Casearia sylvestris. O presente estudo teve por objetivo investigar o uso do extrato aquoso da Casearia sylvestris, como terapêutica tópica dos efeitos locais do envenenamento botrópico experimental em camundongos. Foi avaliada a capacidade do extrato bruto da planta em neutralizar a mionecrose induzida pelo veneno da Bothrops jararacussu e/ou acelerar o processo de regeneração... / Bothrops accidents represent about 87% of snakebites recorded in Brazil and account for serious the consequences that affect the life of the victim with social and economic repercussions. Its main toxic effect is myonecrosis, which can lead to permanent tissue loss and amputation. Myonecrosis may result from muscle tissue ischemia, hemorrhage caused by factors present in these venoms (metalloproteases), or the presence of myotoxins (PLA2s) that directly affect muscle tissue. The most effective treatment is passive serotherapy. However, this is limited due the relative ineffectiveness of the serum to neutralize the myonecrosis of Bothrops venoms and the lack of access to serotherapy by many communities. These factors lead to alternative methods such as the use of plant extracts. Evidence shows that the aqueous extract of Casearia sylvestris, known popularly as guaçatonga, is able to neutralize the toxic effects of venom and their crude myotoxins isolated. Casearia sylvestris presents several other therapeutic effects such as, antiseptic, antiinflammatory, local anesthetic, anti-tumor, anti-ulcer and wound healing. Due to the scarcity of experimental studies to evaluate the efficacy of plant extracts in reducing the harm caused by Bothrops envenomation, it is important to evaluate the potential activity of antiophidic Casearia sylvestris as a complement to conventional serum therapy. The present study aimed to investigate the use of aqueous extract of Casearia sylvestris, topical therapy as complementary to local effects of Bothrops envenomation in experimental mice. We evaluated the ability of the crude extract of the plant to neutralize myonecrosis induced by the venom of Bothrops jararacussu and / or accelerate the process of muscle regeneration. The onset of myonecrosis and the regenerative process... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-12-02T11:21:33Z : No. of bitstreams: 1 000796026_20150701.pdf: 159832 bytes, checksum: 09209d9c65475570237fe3814b7ab633 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-01T11:47:25Z: 000796026_20150701.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-01T11:48:08Z : No. of bitstreams: 1 000796026.pdf: 2743984 bytes, checksum: 7d898c5b85ad9a3a3ffa1bff8165adfc (MD5) / A atividade diária é um aspecto pouco estudado entre as serpentes neotropicais. Essa região abriga grande riqueza de espécies com ecologia extremamente diversificada. Nesse contexto, este estudo buscou fornecer informações sobre padrões de atividade de várias espécies de dipsadídeos, o grupo de serpente mais diversificado da região neotropical. Foram observados 49 indivíduos de nove espécies, pertencentes a diferentes linhagens: Atractus pantostictus, Sibynomorphus mikanii, Apostolepis assimilis, Erythrolamprus aesculapii, Liophis miliaris, Oxyrhopus guibei, Philodryas patagoniensis, Thamnodynastes strigatus e Tomodon dorsatus. Os espécimes foram mantidos em cativeiro e monitorados por dez dias consecutivos por sistema de circuito interno. As espécies apresentaram atividade predominantemente diurna, com exceção de A. pantostictus, S. mikanii e O. guibei. Apostolepis assimilis, L. miliaris e O. guibei apresentaram padrão de atividade bimodal, além de E. aesculapii, que individualmente apresentou dois picos de atividade diários, embora o horário de tais picos tenha diferido entre os indivíduos. A análise de similaridade sugere que o padrão de atividade seja conservado em alguns grupos (E. aesculapii e L. miliaris, da tribo Xenodontini, e os dipsadíneos A. pantostictus e S. mikanii). Disponibilidade de alimento no ambiente natural e fatores climáticos também parecem influenciar a atividade, além do estado reprodutivo e variação ontogenética / Daily activity is an understudied aspect among Neotropical snakes. This region possesses high species richness, and bears an extremely diverse ecology. In this context, the present study sought to provide information on activity patterns of several species of dipsadids, which is the most diverse group of snakes at the neotropical region. A total of 49 individuals were observed, comprising nine species, from different lineages: Atractus pantostictus and Sibynomorphus mikanii, Apostolepis assimilis, Erythrolamprus aesculapii, and Liophis miliaris, Oxyrhopus guibei, Philodryas patagoniensis, and Tomodon dorsatus and Thamnodynastes strigatus. The specimens were housed in captivity for 10 consecutive days and monitored by CCTV system. Most species presented predominantly diurnal activity, except A. pantostictus, S. mikanii and O. guibei. Apostolepis assimilis, L. miliaris and O. guibei showed bimodal activity pattern, as specimens of E. aesculapii individually presented two daily peaks of activity, even so the time of such peaks has differed among the individuals. The analysis of similarity suggests that the pattern of activity is preserved in some groups (E. aesculapii and L. miliaris, tribe Xenodontini, and the Dipsadini A. pantostictus and S. mikanii). Availability of food in the natural environment and climatic factors also seem to influence activity, beyond the reproductive state, and ontogenetic variation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:50:16Z : No. of bitstreams: 1 salvador_ghm_me_botib_parcial.pdf: 205572 bytes, checksum: ea2da7983b8e624b8fb6f242a2874147 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-16T11:30:15Z: salvador_ghm_me_botib_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-03-16T11:31:00Z : No. of bitstreams: 1 000709624.pdf: 1507151 bytes, checksum: e7624c11b3bf8ce0e311b5d40988f595 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Serpentes do gênero Bothrops são responsáveis pela maioria dos acidentes ofídicos que ocorrem no Brasil. Uma das principais complicações deste tipo de acidente é o dano muscular, que muitas vezes pode evoluir para necrose. Estes danos podem estar relacionados à ação de fosfolipases A2 (Asp49- PLA2) e fosfolipases A2 homólogas (dentre as quais se encontram as Lys49-PLA2s) presentes nos venenos botrópicos. Esta complicação relacionada ao envenenamento ofídico não é atualmente contornada pela administração de soro antiofídico e, por isso, diversos trabalhos vêm sendo realizados na tentativa de se conhecer os sítios farmacológicos destas toxinas com o intuito de, no futuro, desenvolver tratamentos complementares à soroterapia. Neste trabalho, por meio de estudos utilizando a técnica de cristalografia de raios X, realizamos estudos comparativos entre a BmooPLA2-I e outras Asp49-PLA2s que inibem a agregação plaquetária e sugerimos que outras regiões além do sítio proposto anteriormente são responsáveis por esta atividade biológica. Estudos com a MjTX-II e outras Lys49-PLA2s também foram realizados e propuseram que moléculas de cadeia longa, como ácidos graxos e os polietilenoglicóis (PEGs), possuem contribuição direta para a cristalização destas toxinas. Além disso, estes compostos interagem com o sítio ativo, causando, em alguns casos, a hiperpolarização dos resíduos Cys29/Gly30 pelo Lys122, reforçando assim a teoria que propõe que a atividade catalítica das Lys49-PLA2s não é somente inibida pela presença da cadeia lateral da Lys49 junto ao loop de ligação de cálcio, mas também por outros fatores estruturais. Por fim, estudos com a MjTX-I revelaram que esta toxina é diferenciada das outras Lys49-PLA2s, visto que sua estrutura cristalográfica apresenta quatro moléculas na unidade... / Bothrops snakes are responsible for the most part of the snakebites that occur in Brazil. A major complication of this type of accident is muscle damage, which can often progress to necrosis. This damage may be related to the action of phospholipases A2 (Asp49-PLA2s) and homologue phospholipases A2 (including Lys49-PLA2s) present in Bothrops venoms. This complication related to snakebite is not currently solved by the administration of ophidic serum and, therefore, several studies have been conducted in attempt to understand the pharmacological sites of these toxins and to develop complementary treatments to serum therapy. In this work, we performed a comparative crystallographic study between BmooPLA2-I and other Asp49-PLA2s which present inhibitingplatelet aggregation activity using protein crystallography. The results suggest that some regions distinct from the site proposed by prior works could be responsible by this biological activity. Studies with MjTX-II and other Lys49-PLA2s were also performed and it was proposed that long-chain molecules, such as fatty acids and polyethylene glicols (PEGs), contribute to the crystallization of these toxins. Besides, these compounds interact with the active site, thus causing the hyperpolarization of the Cys29/Gly30 residues via Lys122. These findings reinforce the theory which establishes the catalytic activity of Lys49-PLA2s is not abolish only by the presence of the Lys49 sidechain close to the calcium binding loop, but also due to other structural features. Finally, studies with the MjTX-I revealed that this toxin is different from other Lys49-PLA2s since its crystal structure presents four molecules in the asymmetric unit and a distinct configuration of the myotoxic site as previously proposed for other Lys49-PLA2s. Other studies with MjTX-I using spectroscopy... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:59:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 04133.pdf: 1484751 bytes, checksum: 70d3b59e3be4faedca8ab4be9a1ad750 (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:27:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:34:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:00:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dissertação (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP / FAPESP:09/11038-3

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:25:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:02:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 05831.pdf: 9371868 bytes, checksum: edde31cededa88727eb00eed0bb47ed5 (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Intituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:54:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:07:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP