The human genome contains slightly more than 20 000 genes that are expressed in a tissue specific manner. Transcription factors play a key role in gene regulation. By mapping the transcription factor binding sites genome-wide we can understand their role in different biological processes. In this thesis we have mapped transcription factors and histone marks along with nucleosome positions and RNA levels. In papers I and II, we used ChIP-seq to map five liver specific transcription factors that are crucial for liver development and function. We showed that the mapped transcription factors are involved in metabolism and other cellular processes. We showed that ChIP-seq can also be used to detect protein-protein interactions and functional SNPs. Finally, we showed that the epigenetic histone mark studied in paper I is associated with transcriptional activity at promoters. In paper III, we mapped nucleosome positions before and after treatment with transforming growth factor  β (TGFβ) and found that many nucleosomes changed positions when expression changed. After treatment with TGFβ, the transcription factor HNF4α was replaced by a nucleosome in some regions. In paper IV, we mapped USF1 transcription factor and three active chromatin marks in normal liver tissue and in liver tissue of patients diagnosed with alcoholic steatohepatitis. Using gene ontology, we as expected identified many metabolism related genes as active in normal samples whereas genes in cancer pathways were active in steatohepatitis tissue. Cancer is a common complication to the disease and early signs of this were found. We also found many novel and GWAS catalogue SNPs that are candidates to be functional. In conclusion, our results have provided information on location and structure of regulatory elements which will lead to better knowledge on liver function and disease.

The Wilms’ tumor gene 1 (WT1) was first reported as a tumor suppressor gene in Wilms’ tumor. However, later studies have shown the oncogenic properties of WT1 in a variety of tumors. It was recently proposed that WT1 was a chameleon gene, due to its dual functions in tumorigenesis. We aimed to investigate the clinical significance of WT1 as biomarker in acute myeloid leukemia (AML) and clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and to elucidate the function of WT1 as an oncogene in squamous cell carcinoma of head and neck (SCCHN). In AML, it was suggested that WT1 expression was an applicable marker of minimal residual disease (MRD). In adult patients with AML, we found a good correlation between WT1 expression levels normalized to two control genes, β-actin and ABL. Outcome could be predicted by a reduction in WT1 expression in bone marrow (≥ 1-log) detected less than 1 month after diagnosis, when β-actin was used as control. Also, irrespective of the control gene used, outcome could be predicted by a reduction in WT1 expression in peripheral blood (≥ 2-log) detected between 1 and 6 months after treatment initiation. Previous studies in RCC demonstrated that WT1 acted as a tumor suppressor. Thus, we tested whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) or mutations in WT1 might be associated with WT1 expression and clinical outcome in patients with ccRCC. We performed sequencing analysis on 10 exons of the WT1 gene in a total of 182 patient samples, and we identified six different SNPs in the WT1 gene. We found that at least one or two copies of the minor allele were present in 61% of ccRCC tumor samples. However, no correlation was observed between WT1 SNP genotypes and RNA expression levels. Moreover, none of the previously reported WT1 mutations were found in ccRCC. Nevertheless, we found that a favorable outcome was associated the homozygous minor allele for WT1 SNP. We then further investigated whether WT1 methylation was related to WT1 expression and its clinical significance. Methylation array and pyrosequencing analyses showed that the WT1 promoter region CpG site, cg22975913, was the most frequently hypermethylated CpG site. We found a trend that showed nearly significant correlation between WT1 mRNA levels and hypermethylation in the 5’-untranslated region. Hypermethylation in the WT1 CpG site, cg22975913, was found to be associated with patient age and a worse prognosis. One previous study reported that WT1 was overexpressed in SCCHN. That finding suggested that WT1 might play a role in oncogenesis. We found that both WT1 and p63 could promote cell proliferation. A positive correlation between WT1 and p63 expression was observed, and we identified p63 as a WT1 target gene. Furthermore, several known WT1 and p63 target genes were affected by knocking down WT1. Also, co-immunoprecipitation analyses demonstrated a protein interaction between WT1 and p53. In summary, WT1 gene expression can provide useful information for MRD detection during treatment of patients with AML. In RCC, our results suggested that the prognostic impact of WT1 SNPs was limited to the subgroup of patients that were homozygous for the minor allele, and that WT1 promoter hypermethylation could be used as a prognostic biomarker. In SCCHN, WT1 and p63 acted as oncogenes by affecting multiple genes involved in cancer cell growth.

<p>Autism is a pervasive developmental disorder (PDD) that&rsquo / s incidence is approximately 1 in 158. It is four times more prevalent in males than females and is believed to be caused by both genetic and environmental factors. Research indicates that several genes are involved in autism and it is believed that these genes act together to produce autism. Many genes implicated in this disorder are involved with brain structure formation and brain functioning. Studies have identified the reelin (RELN) gene as necessary for proper formation of brain, which indicates that RELN abnormalities could contribute to the aetiology of several neurogenetic diseases such as schizophrenia, bipolar and autism. The aims of the study were (i) to genotype two SNPs (exonic rs3622691 and intronic rs736707) in the RELN gene using Taqman&reg / SNP Genotyping assays to detect association with autism in three distinct South African (SA) ethnic groups (Black, Caucasian and Mixed), and (ii) to detect candidate genes that are over and under-expressed in the samples taken from a SA Caucasian autistic group and compare those with samples taken from a healthy Caucasian group using cDNA microarray. The Taqman&reg / study indicated significant association for the intronic SNP, rs736707, with a p-value of 0.0009 in the total SA group. More so, the Mixed group displayed the highest significance amongst the ethnic groups, with a p-value of 0.00014. The microarray study yielded 21 genes with 95% significance in the Caucasian sample group. Most genes were hypothetical proteins and formed part of the FAM90A family. The LOC83459 showed the highest level of expression in the autistic samples, while the BTNL8 gene was shown to be highly suppressed in the control samples.</p>

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Submitted by DONICER EDUARDO MONTES VERGARA null (donicer.montes@unisucre.edu.co) on 2016-04-11T17:24:33Z No. of bitstreams: 1 H.Tese-Donicer- Defensa Definitivo -08-04-2016.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) Previous issue date: 2016-03-24 / Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de “chips” de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip “Illumina BovineHD BeadChip”. Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia “Relative Extended Haplotype Homozygosity” (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do “National Center for Biotechnology Information”- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas 2.756 regiões núcleo, com tamanho médio 27,6 ± 29,1 Kb, abrangendo 70,1 Mb dos 25 cromossomos estudados. Dos SNPs utilizados, 17.312 participaram da formação das regiões núcleo, com o mínimo de 10 no BTA27 e o máximo de 20 SNPs nos cromossomos 1, 3-7, 9-15,18-21, e 23-24. Foram identificadas 40 assinaturas de seleção recentes com diferentes níveis de significância e 56 genes A maioria dos genes localizados nas regiões de assinaturas de seleção tem relação com os processos biológicos de metabolismo mitocondrial, desenvolvimento pós-embrionário, regulação da taxa de ovulação e fertilidade, resposta imune, metabolismo de triglicerídeo, proliferação celular e neurônios receptores olfativos. A investigação de mecanismos regulatórios da expressão dos genes associados aos processos biológicos descritos pode oferecer conhecimentos sobre os mecanismos moleculares que afetam a característica ocorrências de prenhez precoce, na raça Nelore. / Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatures, with different levels of significance, and 56 positional candidate genes. Most of genes located in selection signature regions are related to biological processes of mitochondrial metabolism, post-embryonic development, ovulation rate regulation and fertility, immune response, triglyceride metabolism, cell proliferation, and olfactory receptor neurons. The investigation of regulatory mechanisms of gene expression associated with biological processes described can provide knowledge on the molecular mechanisms affecting characteristic of early pregnancy occurrences in Nellore.

Submitted by GUILHERME LUÍS PEREIRA null (guipicoia@hotmail.com) on 2017-05-22T14:29:57Z No. of bitstreams: 1 Tese_Guilherme_Luis_Pereira.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-23T17:26:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pereira_gl_dr_jabo.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T17:26:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pereira_gl_dr_jabo.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5) Previous issue date: 2017-04-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre os equinos selecionados para velocidade, a linhagem de corrida da raça Quarto de Milha se destaca pelo alto desempenho em provas de curtas distâncias, sendo considerados os mais velozes do mundo. Apesar de, no Brasil, o efetivo de animais ser relativamente menor na linhagem de corrida do que nas demais, sua importância econômica é substancial. Tendo em vista o interesse econômico e científico relacionado a esta característica atlética, poucos esforços têm sido realizados para a maior compreensão de seus mecanismos genéticos e fisiológicos. Este trabalho teve como objetivos: 1) realizar a imputação de genótipos em duas vias entre indivíduos de uma amostra populacional relativamente pequena de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha genotipados com painéis de 54k ou de 65k, bem como avaliar a acurácia de imputação por meio de simulações; 2) realizar estudo de associação ampla do genoma (GWAS) em cavalos da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha por meio da utilização de chips equinos de genotipagem de SNPs, visando a prospecção de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos relacionados ao desempenho; 3) analisar exomas de equinos de corrida da raça Quarto de Milha contrastantes para Índice de Velocidade máximo (IV max) em regiões previamente associadas à característica por meio de GWAS, visando a prospecção de polimorfismos gênicos causais, ligados ou em forte desequilíbrio de ligação com o desempenho em corridas. A imputação foi realizada utilizando 116 cavalos genotipados com o arranjo de SNPs de 54k e 233 genotipados com arranjo de 65k. Nas simulações foram escolhidas amostras aleatórias para constituírem as populações imputadas e referências em dois cenários. O cenário A simulou a imputação genótipos na primeira via (65k para 54k) e o cenário B na segunda (54k para 65k). No cenário A foram considerados 113 indivíduos para a população referência e 236 para a imputada, dos quais 116 e 120 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. No cenário B foram considerados 50 indivíduos para a população referência e 299 para a imputada, dos quais 66 e 233 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. Com isso, após o controle de qualidade, os painéis de 54k e de 65k contaram com 7.048 e 16.940 marcadores exclusivos, respectivamente. As médias de taxa de concordância para os cenários A e B foram 0,9815 e 0,9751 e para r2 alélico foram 0,9791 e 0,9740, respectivamente. O GWAS foi realizado com base no método single step GBLUP por meio de duas abordagens: ssGWAS1, em que somente efeitos de SNPs são reestimados a cada iteração, e ssGWAS2, em que a cada iteração são reestimados efeitos de SNPs a partir de valores genético genômico (GEBVs) reestimados. Vinte e uma regiões foram encontradas explicando mais que 1% da variância genética total (gVar) da característica índice de velocidade máximo (IV max) para ssGWAS1 e doze parassGWAS2. No total mais de 40% da gVar foi explicada por estas regiões para ssGWAS1 e cerca de 30% para ssGWAS2. Entre os cromossomos que explicaram mais de 1% da variância genética, cinco foram comuns aos dois métodos (ECA 3, 10, 15, 22, 25). Foram identificados 108 genes na primeira abordagem e 59 na segunda. A partir de informações de GEBVs de cada cavalo foram formados dois grupos de animais contrastantes para desempenho em corridas (20 animais de IV max superior e 20 IV max inferior), para ser sequenciados. Foram observadas leituras de boa qualidade para toda extensão das reads sequenciadas (até 100pb) e cobertura média de 43x. Foram identificadas 1.203 variantes (1.105 SNPs e 93 InDels) em 33 regiões de interesse obtidas, anteriormente, por meio de estudo de GWAS, das quais 61,3% não estavam registradas/depositadas no banco de dados de variantes equino. Do total de polimorfismos, 29 (24 SNPs e 5 InDels) foram considerados de importância com base em três abordagens distintas e independentes: escores SIFT classificado como deletério (<0,05), grau de impacto na região consenso de cada polimorfismo, e frequências alélicas diferentes, identificadas pelo teste de Fisher (p< 0,01), entre os grupos de cavalos contrastantes para IV max. Com isso, oito genes descritos como candidatos em trabalhos anteriores (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3 e SHQ1), e oito genes candidatos novos (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4 e HNRNPU) foram relacionados ao desempenho em corridas de cavalos da raça Quarto de Milha. Assim, os resultados obtidos neste trabalho mostraram que o desempenho em corridas na raça Quarto de Milha, dado pelo IV max, é característica quantitativa e que não há ocorrência de major genes. / Among horses selected for speed, the racing line of Quarter Horses is characterized by high performance in sprint races, with these animals being considered the fastest horses in the world. Although in Brazil the effective number of animals in the racing line is relatively smaller compared to the other lines, its economic importance is substantial. Despite economic and scientific interest in this athletic trait, few efforts have been made to better understand the genetic and physiological mechanisms underlying this trait. The objectives of this study were: 1) to perform two-step genotype imputation between individuals in a relatively small population sample of racing Quarter Horses genotyped with the 54k or 65k panel, and to evaluate the accuracy of imputation through simulations; 2) to perform genome-wide association studies (GWAS) in Quarter Horses of the racing line using equine SNP genotyping chips for prospecting chromosome regions, genes and polymorphisms related to performance; 3) analyze exomes and UTRs in regions previously associated with this trait by GWAS in Quarter Horse racehorses with contrasting maximum speed index (SImax), prospecting causal gene polymorphisms that are related to or are in strong linkage disequilibrium with racing performance. Genotypes were imputed using 116 horses genotyped with the 54k SNP array and 233 animals genotyped with the 65k array. For the simulations, random samples were chosen to compose the imputed and reference populations in two scenarios. Scenario A simulated the genotype imputation in the first step (from 65k to 54k) and scenario B in the second step (from 54k to 65k). Thus, after quality control, the 54k and 65k panels contained 7,048 and 16,940 exclusive markers, respectively. The mean concordance rate was 0.9815 and 0.9751 for scenarios A and B, and the mean allelic r2 was 0.9791 and 0.974, respectively. After imputation was performed by the single-step GBLUP method using two approaches: ssGWAS1 in which only SNP effects are recalculated at each iteration, and ssGWAS2 in which SNP effects are recalculated from genomic estimated breeding values (GEBVs) at each iteration. Twenty-one regions that explained more than 1% of the total genetic variance (gVar) in the maximum speed index were identified by ssGWAS1 and 12 by ssGWAS2. More than 40% of gVar was explained by these regions in ssGWAS1 and about 30% in ssGWAS2. Among chromosomes that explained more than 1% of genetic variance, five were common to both methods (ECA 3, 10, 15, 22, 25). A total of 108 genes were identified with the first approach and 59 with the second approach. To exome sequencing, GEBVs were used for the formation of two groups of animals with contrasting racing performance (20 animals with superior SI max and 20 with inferior SI max). Good quality data were obtained throughout the reads sequenced, with an average coverage of 43x. A total of 1,203 variants (1,105 SNPs and 93 InDels) were identified in 33 regions of interest obtained previously by GWAS; of these, 61.3% were not registered/deposited in the horse genomic variant database. Twenty-nine of the polymorphisms (24 SNPs and 5 InDels) were considered to be important based on three different and independent approaches: SIFT scores classified as deleterious (<0.05), degree of impact on the consensus region of each polymorphism, and different allele frequencies identified by Fisher’s exact test (p< 0.01) between the groups of horses with contrasting SImax. Thus, eight genes described as functional and positional candidates in previous studies (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3, and SHQ1) and eight new candidate genes (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4, and HNRNPU), some of them with known function, were related to racing performance in Quarter Horses. Taken together, the present results show that the racing performance of Quarter Horses, given by the maximum speed index, is a quantitative trait and that no major genes exist.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-05-03T00:00:27Z No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-05-08T22:15:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-08T22:15:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) Previous issue date: 2018-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O câncer de tireoide (CT) é o tumor endócrino mais comum e corresponde a 1% de todas as neoplasias malignas. O número de casos diagnosticados vem aumentando e estima-se que surjam 212 mil novos casos anuais no mundo. Atualmente, não há nenhum estudo de predisposição genética ao CT realizado na população miscigenada do Rio Grande do Norte, local cuja indecência é elevada em comparação à média da população brasileira. Desta forma, o presente projeto busca avaliar a predisposição genética da população local em desenvolver o CT, a fim de compreender melhor a fisiopatologia desta doença e estabelecer potenciais biomarcadores de predisposição. Neste intuito, foi selecionado material histopatológico do banco de amostras do laboratório de Patologia da LNRCC para compor o grupo de estudo, e sangue periférico de doadores do banco de sangue Hemovida, como grupo controle. O DNA genômico das glândulas tireoide emblocadas em parafina e sangue periférico dos controles foram extraídos utilizando o conjunto de reagentes QIAamp® DNA FFPE Tissue e QIAamp® genomic DNA, respectivamente. A genotipagem de um painel de 84 SNPs foi executada através do espectrofotômetro de massa MALDI-TOF Sequenom® MassARRAY iPLEX Gold, em colaboração com o Centro Nacional de Genotipagem de Santiago de Compostela – Espanha. Trinta e seis SNPs mostraram diferenças significativas em suas frequências alélicas quando comparados entre os casos e controles. Destes, 23 SNPs foram associados ao risco de desenvolvimento do CT, destacando-se entre eles as variantes rs2997312 (OR= 6,33), rs7024345 (OR= 2,97), rs10788123 (OR= 2,78), rs116909374 (OR= 3,40) e rs965513 (OR= 2,91) por conferir maior risco de desenvolver CT aos pacientes. Adicionalmente, 13 SNPs se apresentaram como um fator de proteção para o não desenvolvimento desta neoplasia. Desta forma, o presente estudo, inédito na população do Rio Grande do Norte, sugere a associação destes SNPs como biomarcadores de predisposição de CT nesta população. / Thyroid cancer (CT) is the most common endocrine tumor and accounts for 1% of all malignancies. The number of cases diagnosed has been increasing and it is estimated that 212 thousand new cases will appear each year in the world. Currently, there is no study of genetic predisposition to CT performed in the admixture population of Rio Grande do Norte, a place where its incidence is high compared to the Brazilian average. In this way, the present project aims to evaluate the genetic predisposition of the local population to develop the CT, to better understand the pathophysiology of this disease and to establish potential biomarkers of predisposition. To this purpose, histopathological material was selected from the sample bank of the LNRCC Pathology Laboratory to compose the study group, and venous blood from donors from Hemovida blood bank as a control group. Genomic DNA from thyroid gland paraffin blocks and controls blood samples were extracted using the QIAamp® DNA FFPE Tissue kit and QIAamp® genomic DNA kit, respectively. The genotyping of a panel of 84 SNPs was performed using the MALDI-TOF Sequenom® MassARRAY iPLEX Gold Mass Spectrophotometer, in collaboration with the National Center for Genotyping of Santiago de Compostela - Spain. Thirty-six SNPs showed significant differences in their allelic frequencies when compared cases and controls. Of these, 23 SNPs were associated with risk of developing CT, mainly the variants rs2997312 (OR= 6,33), rs7024345 (OR= 2,97), rs10788123 (OR= 2,78), rs116909374 (OR= 3,40) and rs965513 (OR= 2,91) once they confer greater risk to patients. Additionally, 13 SNPs presented as a protective factor for the non-development of this neoplasia. Thus, the present study, unprecedented in the population of Rio Grande do Norte, suggests the association of these SNPs as biomarkers of CT predisposition in this population.

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-12T19:35:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Jaqueline de Azevedo Silva.pdf: 1480397 bytes, checksum: b38b99c8bc543a2c2b3933d0bb630f45 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T19:35:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Jaqueline de Azevedo Silva.pdf: 1480397 bytes, checksum: b38b99c8bc543a2c2b3933d0bb630f45 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPQ; CAPES; FACEPE / O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma das mais relevantes desordens autoimunes no mundo com a prevalência variando entre 20 a 150 casos a cada 100.000 indivíduos. A formação de autoanticorpos e a deposição de imunocomplexos na circulação sanguínea é um dos principais mecanismos patogênicos da doença. Além disso, o LES é caracterizado por um diversificado quadro de manifestações clínicas que varia de paciente para paciente. A genética do LES é complexa e caracteriza-se pela participação de diversos genes atuando em conjunto na etiopatogênese da doença. Neste trabalho foi estudada a susceptibilidade dos polimorfismos nos genes LIG4, RAD52, VDR e IFIH1 ao LES e suas manifestações clínicas. Os genes LIG4 e RAD52 são codificadores de enzimas de reparo do DNA e os danos ao DNA são potenciais ativadores da resposta imune. O VDR (receptor de vitamina D) atua como modulador da resposta imune através da ação da vitamina D. Uma vez que pacientes com LES apresentam com frequência alterações dos níveis séricos da vitamina D e o VDR está presente em importantes células do sistema imune, o VDR aparece como um candidato promissor à susceptibilidade ao LES. O gene IFIH1 é capaz de induzir a ativação do IFN e, como esta citocina apresenta papel chave na patogênese do LES, a ação deste gene tem papel importante na resposta imune. Nos gene LIG4 e RAD52 foram analisados quatro (rs10131, rs1805386, rs1805388 e rs3093740) e três (rs1051669, rs1106467 e rs3748522) SNPs respectivamente, em 158 pacientes e 212 controles da população do Sudeste Brasileiro. Os polimorfismos nos genes LIG4 e RAD52 não apresentaram associação ao LES nem às suas manifestações clínicas na população analisada. Os polimorfismos analisados no gene VDR (rs11168268, rs2248098, rs1540339, rs4760648 e rs3890733) não apresentaram associação com o LES, no entanto apresentaram associação com as seguintes manifestações clínicas: alterações cutâneas com genótipo G/G (rs11168269, OR=3,01e p=0,035), anticorpo anti ds-DNA com o genótipo C/T (rs4760648, OR=0,369 e p=0,03), alterações imunológicas com o genótipo G/G (rs2248098, OR=2,82 e p=0,04) e artrite com o genótipo T/T (rs3890733, OR=17,05 e p= 0,001). No gene IFIH1 foram analisados dois polimorfismos (rs6432714 e rs10930046) e o genótipo C/C (rs10930046) foi associado com ao LES (p=0.032), no entanto, não foi encontrada associação com as manifestações clínicas. Os resultados obtidos neste estudo forneceram dados para o primeiro estudo de associação com LES e os genes de reparo LIG4 e RAD52. Além disso, os genes VDR e IFIH1 foram testados pela primeira vez na população brasileira, contribuindo como marcadores não somente na doença, mas nas manifestações clínicas do LES.

Submitted by Andre Moraes Queiroz (andre.moraesqueiroz@ufpe.br) on 2015-04-14T13:54:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Anselmo Jiro Kamada.pdf: 3782162 bytes, checksum: 9e3edbe815739e95716e1427a8368966 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T13:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Anselmo Jiro Kamada.pdf: 3782162 bytes, checksum: 9e3edbe815739e95716e1427a8368966 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / Recentemente foi demonstrado o envolvimento do complexo protéico conhecido como inflamassoma na resposta inata à infecção pelo HIV-1. O inflamassoma é um complexo citoplasmático constituído principalmente por um receptor de padrões moleculares (NLRP-1, NLRP-3, NLRC-4, IFI16 ou AIM-2) e uma cisteína protease (caspase-1) responsável pela digestão de precursores e citocinas pró-inflamatórias da família IL-1 (IL-1ß, IL-18 e IL-33). A ampla atividade das citocinas IL-1ß e IL-18 na inflamação e ativação de células dendríticas e linfócitos demonstra um papel central do inflamassoma na regulação da resposta imune. A atuação deste complexo pode ter relevância particularmente na infecção pelo HIV-1 no qual o comprometimento do sistema imune é determinante na progressão da doença. Objetivo do trabalho foi avaliar o papel do inflamassoma na infecção pelo HIV-1 através de um modelo celular baseado em células dendríticas derivadas de monócitos (MDDCs). O cultivo alogênico do HIV-1 a partir do sangue periférico de portadores crônicos do HIV-1 e a padronização do protocolo de diferenciação in vitro em MDDCs foram estabelecidos inicialmente. Em seguida, a indução da resposta mediada pelo inflamassoma foi avaliada por expressão gênica dos componentes do inflamassoma e de produção de IL-1ß em MDDCs. Contemporaneamente, polimorfismos de base única (SNPs) nos principais genes do inflamassoma foram analisados em coortes de Recife e São Paulo de portadores do HIV-1 para verificar o papel das variações genéticas na susceptibilidade à infecção pelo HIV-1.