京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(理学) / 甲第22229号 / 理博第4543号 / 新制||理||1653(附属図書館) / 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻 / (主査)教授 濱田 穣, 准教授 平﨑 鋭矢, 教授 髙井 正成 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Science / Kyoto University / DGAM

Alpine vegetation is the plant communities above the treeline. Alpine vegetation in Taiwan, distributing throughout Central Mountains, Yushan Mountains and Sheishan Mountains, covers an area of 100 000 ha. There are about seven hundreds of vegetation literatures in Taiwan. However literatures about classification of alpine vegetation are very few. Therefore we must increase studies of alpine vegetation to understand its distribution in Taiwan more. The study selected alpine vegetation in Yushan National Park as study area and surveyed floristic composition and distribution. The vegetation sampled based on relevé method and species cover estimated using the Braun- Blanquet cover-abundance scale. Analysis methods of vegetation classification are two-way indicator species analysis, nom-metric multidimentional scaling and diagnostic species determination. We recognized seven vegetation types: Solidago virgaurea var. leiocarpa herb vegetation type, Lycopodium clavatum herb vegetation type, Scabiosa lacerifolia herb vegetation type, Pieris taiwanensis shrub vegetation type, Rhododendron pseudochrysanthum shrub vegetation type, Gentiana horaimontana rock vegetation type and Brachypodium kawakamii rock vegetation type. The classification will be helpful for Yushan National Park on management and conservation. Besides, the data will be useful for detecting the effects of climatic changes threat to alpine vegetation.

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-02T11:56:44Z No. of bitstreams: 1 RAFAEL.pdf: 2923056 bytes, checksum: ed2c8fd6018c384a933ac0da4bea2317 (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-09-26T18:15:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RAFAEL.pdf: 2923056 bytes, checksum: ed2c8fd6018c384a933ac0da4bea2317 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-26T18:15:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RAFAEL.pdf: 2923056 bytes, checksum: ed2c8fd6018c384a933ac0da4bea2317 (MD5) / CAPES, FAPESB, CNPq / A revisão da família Hylidae realizada recentemente (2005) teve como base principalmente caracteres moleculares e examinou 228 das 860 espécies conhecidas para a referida família. Os autores apontaram lacunas deixadas em seu trabalho, entre elas uma carência de teste de monofilia para o possível clado de Dendropsophus decipiens. Com o objetivo de testar a monofilia do grupo de D. decipiens e explorar seu relacionamento interno realizei uma análise filogenética usando uma abordagem morfológica com 82 caracteres de morfologia externa e esqueleto cranial das formas adultas e larvares de 31 táxons. Foi obtida uma árvore mais parcimoniosa apenas de 470 passos, valores de suporte alto para o grupo de D. decipiens (também para os outros grupos incluídos na análise) e baixos para as relações entre os grupos. A monofilia do grupo de Dendropsophus decipiens é suportada com base em oito sinapomorfias (2 da larva e 6 do adulto) e a hipótese de relacionamento entre as espécies obtida é (D. berthalutzae (D. haddadi (D. decipiens, D. oliveirai))). Dos caracteres apontados para definir formalmente o grupo apenas a posição de início da nadadeira dorsal na junção do corpo com a cauda e coloração da cauda congruem com as sinapomorfias aqui encontradas. Da discussão que historicamente envolve a diferenciação do grupo de D. decipiens em relação ao grupo de D. microcephalus, aqui é observado que as diferenças refletem o caráter único do girino deste último grupo de espécies. Com base nos resultados obtido aqui recomendo o reconhecimento do grupo de D. decipiens como unidade independente do grupo de D. microcephalus. Uma descrição do girino de D. haddadi é provida. / Salvador

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T19:12:55Z : No. of bitstreams: 1 dias_es_me_sjrp.pdf: 1177689 bytes, checksum: f1f230e591b3ef47a8155f3bc9916e14 (MD5) / Três modelos têm sido propostos para explicar o modo de expansão dos elementos de transposição nos genomas – master gene, transposon e intermediário. O modelo master gene aplica-se à situação em que existe apenas uma única sequência ativa, de uma subfamília particular, que dá origem às demais sequências, as quais não apresentam capacidade de mobilização, enquanto o modelo transposon assume que todas as sequências de uma subfamília são ativas. Por outro lado, o modelo intermediário, considera que algumas cópias apresentam capacidade de mobilização e outras permanecem inativas. Os modelos propostos podem ser relacionados aos mecanismos de transposição, copy-and-paste e cut-and-paste, característicos das classes de elementos transponíveis I e II, respectivamente. Contudo, os estudos de dispersão intragenômica se concentram em elementos da classe I sem LTRs. Com o objetivo de ampliar o entendimento da dinâmica de dispersão genômica dos elementos de transposição e buscando verificar se os modelos propostos para a dispersão dos retroposons ajustam-se aos transposons e aos retrotransposons, foram analisados o transposon Bari e o retrotransposon 412 no genoma das espécies do grupo melanogaster de Drosophila e em populações naturais de D. melanogaster e D. simulans. Assim, buscas por seqüência similares a ambos os elementos selecionados foram realizadas nos genomas seqüenciados de seis espécies do grupo melanogaster; bem como, foram amplificadas, clonadas e sequenciadas cópias presentes nas populações naturais de ambas as espécies. Foram reconstruídas as relações evolutivas entre as sequências dos genomas, como também entre aquelas das populações naturais por meio do programa Network, utilizando o algoritmo Median Joining. Nossos resultados indicam a ausência de um modelo único de dispersão para ambos os elementos... / Three models have been proposed to explain the expansion of transposable elements within genomes - master gene, transposon and intermediate. The master gene model applies to situations in which there is only one active sequence of a particular subfamily, which gives rise to other sequences which have no capacity for mobilization, while the transposon model assumes that all sequences of a subfamily are active. On the other hand, the intermediate model considers that some copies have the capacity for mobilization and others remain inactive. The proposed models can be related to mechanisms of transposition, copy-and-paste and cut-and-paste, characteristic of class I and II of transposable elements, respectively. However, studies of intragenomic dispersion concentrate on elements of the class I without LTRs. Aiming at enhancing the understanding of the transposable elements genomic dynamics of dispersion and trying to verify whether the proposed models for dispersion of retroposons fit to transposons and retrotransposons, we analyzed the retrotransposon 412 and Bari transposon in the genome of the species melanogaster group of Drosophila and in natural populations of D. melanogaster and D. simulans. Thus, searches for sequences similar to both elements were done in the sequenced genomes of six species of the melanogaster group; as well as copies present in natural populations of both species were amplified, cloned and sequenced. We reconstructed the evolutionary relationships between the sequences of the genomes, as well as those amplified from samples of wild populations through the Network program, using the Median Joining algorithm. Our results indicate the absence of a single model of dispersion for both transposable elements, Bari and 412, in the different species analyzed, as well as in the populations of both species... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Cristina Vieira / Banca: Douglas Silva Domingues / Resumo: Três modelos têm sido propostos para explicar o modo de expansão dos elementos de transposição nos genomas - master gene, transposon e intermediário. O modelo master gene aplica-se à situação em que existe apenas uma única sequência ativa, de uma subfamília particular, que dá origem às demais sequências, as quais não apresentam capacidade de mobilização, enquanto o modelo transposon assume que todas as sequências de uma subfamília são ativas. Por outro lado, o modelo intermediário, considera que algumas cópias apresentam capacidade de mobilização e outras permanecem inativas. Os modelos propostos podem ser relacionados aos mecanismos de transposição, copy-and-paste e cut-and-paste, característicos das classes de elementos transponíveis I e II, respectivamente. Contudo, os estudos de dispersão intragenômica se concentram em elementos da classe I sem LTRs. Com o objetivo de ampliar o entendimento da dinâmica de dispersão genômica dos elementos de transposição e buscando verificar se os modelos propostos para a dispersão dos retroposons ajustam-se aos transposons e aos retrotransposons, foram analisados o transposon Bari e o retrotransposon 412 no genoma das espécies do grupo melanogaster de Drosophila e em populações naturais de D. melanogaster e D. simulans. Assim, buscas por seqüência similares a ambos os elementos selecionados foram realizadas nos genomas seqüenciados de seis espécies do grupo melanogaster; bem como, foram amplificadas, clonadas e sequenciadas cópias presentes nas populações naturais de ambas as espécies. Foram reconstruídas as relações evolutivas entre as sequências dos genomas, como também entre aquelas das populações naturais por meio do programa Network, utilizando o algoritmo Median Joining. Nossos resultados indicam a ausência de um modelo único de dispersão para ambos os elementos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Three models have been proposed to explain the expansion of transposable elements within genomes - master gene, transposon and intermediate. The master gene model applies to situations in which there is only one active sequence of a particular subfamily, which gives rise to other sequences which have no capacity for mobilization, while the transposon model assumes that all sequences of a subfamily are active. On the other hand, the intermediate model considers that some copies have the capacity for mobilization and others remain inactive. The proposed models can be related to mechanisms of transposition, copy-and-paste and cut-and-paste, characteristic of class I and II of transposable elements, respectively. However, studies of intragenomic dispersion concentrate on elements of the class I without LTRs. Aiming at enhancing the understanding of the transposable elements genomic dynamics of dispersion and trying to verify whether the proposed models for dispersion of retroposons fit to transposons and retrotransposons, we analyzed the retrotransposon 412 and Bari transposon in the genome of the species melanogaster group of Drosophila and in natural populations of D. melanogaster and D. simulans. Thus, searches for sequences similar to both elements were done in the sequenced genomes of six species of the melanogaster group; as well as copies present in natural populations of both species were amplified, cloned and sequenced. We reconstructed the evolutionary relationships between the sequences of the genomes, as well as those amplified from samples of wild populations through the Network program, using the Median Joining algorithm. Our results indicate the absence of a single model of dispersion for both transposable elements, Bari and 412, in the different species analyzed, as well as in the populations of both species... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Les espèces de haute altitude (Sky-Islands) sont parmi les taxons les plus sensibles aux changements environnementaux et une meilleure connaissance de ces espèces (répartition, groupes génétiques, histoire d’évolution, etc.) est indispensable afin de définir les unités adaptées pour la conservation. Cette thèse a porté sur l’analyse moléculaire de deux gènes mitochondriaux (Cyt b et ND4) chez le groupe d’espèces Montivipera raddei et un gène mitochondrial (COI) chez l’Ophisops elegans dans les montagnes d’Iran qui sont des centres d’endémisme importants pour les reptiles. En me basant sur les données génétiques, je propose de considérer toutes les montivipère d’Iran comme une seule espèce ; Montivipera raddei comprenant trois sous-espèces ; Montivipera raddei albicornuta (nord du Zagros, Zanjan et nord-ouest de l’Iran jusqu’en Turquie), Montivipera raddei latifii (Alborz), et Montivipera raddei kuhrangica (centre du Zagros). Les temps de divergences obtenus entre les clades de montivipères semblent montrer des changements de la connectivité des populations pendant le Pléistocène qui résulte de l’effet fort des oscillations climatiques durant cette époque, notamment pendant les interglaciaires. Ce travail a aussi révélé une grande diversité génétique au sein des clades iraniens d’ophisops élégant ce qui pose la question de l’existence d’espèces/sous-espèces cryptiques en Iran. Finalement, ce travail a permis de définir des ESU pour les montivipères et l’ophisops élégant et notamment je propose que toutes les populations isolées du groupe d’espèces M. raddei et d’O. elegans montrant des haplotypes propres soient considérées comme des ESU pour la conservation. / High-altitude species (Sky-Islands) are among the most sensitive taxa to environmental changes and a better knowledge of these species (distribution, genetic groups, evolutionary history, etc.) is essential in order to define the adapted units for the conversation. This thesis focused on the molecular analysis of two mitochondrial genes (Cyt b and ND4) in the Montivipera raddei (Radde's Rock Viper) species group and a mitochondrial gene (COI) in Ophisops elegans (Snake-Eyed Lizard) in the mountains of Iran, which are important centers of endemism for reptiles. Based on the genetic data, I propose to consider all the Iranian montivipers as one species; Montivipera raddei comprising three subspecies; Montivipera raddei albicornuta (north of Zagros, Zanjan and northwestern Iran to Turkey), Montivipera raddei latifii (Alborz), and Montivipera raddei kuhrangica (central Zagros). The times of divergence between the clades of montivipers seem to show changes in the connectivity of populations during the Pleistocene, which results from the strong, effect of climatic oscillations during this period, especially during interglacial periods. This work also revealed a great genetic diversity within the Iranian clades of snake-eyed lizard, which raises the question of the existence of cryptic species / subspecies in Iran. Finally, this work made it possible to define ESUs for montivipers and snake-eyed lizards. In particular, I propose that all isolated populations of the M. raddei species group and O. elegans showing specific haplotypes to be considered as ESUs for conservation.