O Mycobacterium bovis é o agente causador da tuberculose em bovinos, zoonose que produz prejuízos para a produção de carne e leite em muitos países. Para apoiar estudos epidemiológicos no âmbito dos programas de controle, recentemente surgiram vários métodos de discriminação molecular de isolados de M. bovis. Os mais utilizados são o Spoligotyping, Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) e Exact Tandem Repeat (ETR), que apresentam diferentes poderes de discriminação. No presente estudo calculou-se a diversidade alélica para cada locus de MIRU e de ETR e o índice discriminatório de Hunter-Gaston (HGI) para o Spoligotyping, 10 MIRU e 3 ETR em 116 amostras de M. bovis isoladas de bovinos. Além disso, verificou-se se a capacidade de detectar agrupamentos espaciais de focos aumenta na medida em que é aumentado o poder discriminatório das análises moleculares. Comparou-se a utilização dessas três técnicas moleculares em análises espaciais para verificação de agrupamentos de focos da doença. A análise da diversidade alélica indicou que os MIRU 16, 26 e 27 e os ETR A, B e C foram os que apresentaram maior diversidade dentre os ensaiados. O HGI para cada uma das técnicas foi de: Spoligotyping = 0,738381; MIRU = 0,829835 e ETR = 0,825337. A associação desses métodos aumentou o poder discriminatório: Spoligotyping + MIRU = 0,930585; Spoligotyping + ETR = 0,931034; MIRU + ETR = 0,953373. O maior poder discriminatório foi alcançado quando as três técnicas foram associadas (HGI = 0,98051). Considerando as análises realizadas no presente estudo, o método inicial deveria ser o Spoligotyping, por diferenciar o M. bovis dos outros integrantes do complexo Mycobacterium tuberculosis. Como as associações do MIRU e do ETR com o Spoligotyping resultaram em HGI praticamente idênticos, depois do Spoligotyping, o método ETR parece ser a melhor escolha, pois é mais rápido e econômico do que o MIRU. Finalmente, o MIRU deve ser o último método a ser realizado. Assim, a escolha do método depende do poder discriminatório necessário para o objetivo em questão. Embora a capacidade de detectar agrupamentos espaciais de focos não tenha sido aumentada na medida em que cresceu o poder discriminatório das análises moleculares, a premissa continua válida. / Mycobacterium bovis is the causative organism of bovine tuberculosis, has zoonotic character and leads economic losses in livestock production in a lot of countries. To support the epidemiological researches on the disease control programs several molecular methods has been used to detect M. bovis strains. Among them, Spoligotyping, Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) and Exact Tandem Repeat (ETR) are the molecular analyses that present different powers of Mycobacterium bovis discrimination. In this study, allelic diversity of MIRU and ETR locus and Hunter-Gaston discriminatory index (HGI) were calculated for Spoligotyping, 10 MIRU and 3 ETR of 116 isolates of M. bovis from Brazilian bovines. The use of those three molecular techniques was compared in space analyses for verification of groupings of focuses of the disease. Besides, it was verified if the capacity to cluster of focuses increases in the measure in that the discriminatory power of the molecular analyses is increased. The analysis of the allelic diversity indicated that MIRU 16, 26, 27 and ETR A, B, C presented larger diversity among the rehearsed. The HGI for each individual technique was: Spoligotyping = 0.738381; ETR = 0.825337 and MIRU = 0.829835. The associations of these methods increased the discriminatory power: Spoligotyping + MIRU = 0.930585; Spoligotyping + ETR = 0.931034; MIRU + ETR = 0.953373. The greater discriminatory power was verified when the three techniques were associated (HGI = 0,98051). Considering the analyses performed, the initial method for differentiating M. bovis from the other species of the M. tuberculosis complex should be Spoligotyping. The association of MIRU and ETR with Spoligotyping resulted in HGI almost identical, after Spoligotyping, the ETR technique showed to be the best choice, due the shorter time to process and economic benefits when compared to MIRU. Finally, MIRU is the last method to be performed. Thus, the choice among the techniques depends on the discriminatory power necessary for the task. Although the capacity to detect clusters of focuses has not been increased in the measure in that it increased the discriminatory power of the molecular analyses, the premise continues valid.

A tuberculose continua sendo uma importante doença infecciosa, tanto nos humanos quanto nos animais, com índices de morbidade e mortalidade significativos e perdas econômicas em todo o mundo. A tuberculose bovina é uma doença infecciosa causada pela bactéria Mycobacterium bovis, que gera perdas na produção nos rebanhos infectados, sendo também considerada uma importante zoonose. Os métodos de diagnóstico direto têm fundamental importância para um sistema de vigilância para a tuberculose bovina e a agregação de métodos moleculares, notadamente aqueles que têm aplicação em epidemiologia, traz maior precisão diagnóstica para esses sistemas. Dentre as técnicas moleculares, destacam-se o TB Multiplex PCR, o RD Multiplex PCR e o Multispacer Sequence Typing, para a identificação dos isolados e o Variable Number Tandem Repeat (VNTR) e o Spoligotyping, como técnicas de fingerpint de M. bovis. Assim, o presente estudo teve como objetivo a identificação molecular de amostras oriundas de várias regiões do Brasil utilizando estes padrões de técnicas moleculares. Os espoligotipos identificados em maior abundância foram o SB0121, o qual apresentou-se amplamente distribuído entre as amostras, seguido pelo SB0295, SB1380, SB0140 e SB1050. Além disso, foram detectados quatro perfis nunca antes descritos na literatura, sendo que um deles foi o terceiro mais frequente entra as amostras pesquisadas. Os resultados observados neste trabalho demonstraram ainda que a tipagem pelo MIRU-VNTR revelou-se superior ao Spoligotyping para discriminar os isolados. Nesta perspectiva, acredita-se que as pesquisas moleculares voltadas a identificação de micobactérias, aliadas as técnicas epidemiológicas tradicionais, possam melhorar sensivelmente a performance dos sistemas de vigilância para tuberculose bovina no Brasil. / Tuberculosis remains a major infectious disease in both humans and animals, with morbidity and mortality and significant economic losses. Bovine tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium bovis, with yield losses in infected herds and is also considered an important zoonosis. The methods of direct diagnosis are important for a surveillance system for bovine tuberculosis and aggregation of molecular methods brings greater diagnostic accuracy for these systems, especially those that have application in epidemiology. Among them, TB Multiplex PCR, RD Multiplex PCR, and Multispacer Sequence Typing for the identification of strains, and Variable Number Tandem Repeat (VNTR) and Spoligotyping, for fingerprint of M. bovis. Thus, the present study aimed to identify molecular samples from different regions of Brazil using these molecular techniques. The most abundant were the spoligotype SB0121, which has become widely distributed among the samples, followed by SB0295, SB1380, SB0140, and SB1050. In addition, four profiles never before described in the literature were detected, one of which was the third most frequent. The results of this study also showed that the MIRU-VNTR typing has proved superior to Spoligotyping to discriminate the isolates. In this perspective, it is believed that the research focused on molecular identification of mycobacteria, combined traditional epidemiological techniques, can significantly improve the performance of surveillance systems for bovine tuberculosis in Brazil.

A tuberculose continua sendo uma importante doença infecciosa, tanto nos humanos quanto nos animais, com índices de morbidade e mortalidade significativos e perdas econômicas em todo o mundo. A tuberculose bovina é uma doença infecciosa causada pela bactéria Mycobacterium bovis, que gera perdas na produção nos rebanhos infectados, sendo também considerada uma importante zoonose. Os métodos de diagnóstico direto têm fundamental importância para um sistema de vigilância para a tuberculose bovina e a agregação de métodos moleculares, notadamente aqueles que têm aplicação em epidemiologia, traz maior precisão diagnóstica para esses sistemas. Dentre as técnicas moleculares, destacam-se o TB Multiplex PCR, o RD Multiplex PCR e o Multispacer Sequence Typing, para a identificação dos isolados e o Variable Number Tandem Repeat (VNTR) e o Spoligotyping, como técnicas de fingerpint de M. bovis. Assim, o presente estudo teve como objetivo a identificação molecular de amostras oriundas de várias regiões do Brasil utilizando estes padrões de técnicas moleculares. Os espoligotipos identificados em maior abundância foram o SB0121, o qual apresentou-se amplamente distribuído entre as amostras, seguido pelo SB0295, SB1380, SB0140 e SB1050. Além disso, foram detectados quatro perfis nunca antes descritos na literatura, sendo que um deles foi o terceiro mais frequente entra as amostras pesquisadas. Os resultados observados neste trabalho demonstraram ainda que a tipagem pelo MIRU-VNTR revelou-se superior ao Spoligotyping para discriminar os isolados. Nesta perspectiva, acredita-se que as pesquisas moleculares voltadas a identificação de micobactérias, aliadas as técnicas epidemiológicas tradicionais, possam melhorar sensivelmente a performance dos sistemas de vigilância para tuberculose bovina no Brasil. / Tuberculosis remains a major infectious disease in both humans and animals, with morbidity and mortality and significant economic losses. Bovine tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium bovis, with yield losses in infected herds and is also considered an important zoonosis. The methods of direct diagnosis are important for a surveillance system for bovine tuberculosis and aggregation of molecular methods brings greater diagnostic accuracy for these systems, especially those that have application in epidemiology. Among them, TB Multiplex PCR, RD Multiplex PCR, and Multispacer Sequence Typing for the identification of strains, and Variable Number Tandem Repeat (VNTR) and Spoligotyping, for fingerprint of M. bovis. Thus, the present study aimed to identify molecular samples from different regions of Brazil using these molecular techniques. The most abundant were the spoligotype SB0121, which has become widely distributed among the samples, followed by SB0295, SB1380, SB0140, and SB1050. In addition, four profiles never before described in the literature were detected, one of which was the third most frequent. The results of this study also showed that the MIRU-VNTR typing has proved superior to Spoligotyping to discriminate the isolates. In this perspective, it is believed that the research focused on molecular identification of mycobacteria, combined traditional epidemiological techniques, can significantly improve the performance of surveillance systems for bovine tuberculosis in Brazil.

O Mycobacterium bovis é o agente causador da tuberculose em bovinos, zoonose que produz prejuízos para a produção de carne e leite em muitos países. Para apoiar estudos epidemiológicos no âmbito dos programas de controle, recentemente surgiram vários métodos de discriminação molecular de isolados de M. bovis. Os mais utilizados são o Spoligotyping, Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) e Exact Tandem Repeat (ETR), que apresentam diferentes poderes de discriminação. No presente estudo calculou-se a diversidade alélica para cada locus de MIRU e de ETR e o índice discriminatório de Hunter-Gaston (HGI) para o Spoligotyping, 10 MIRU e 3 ETR em 116 amostras de M. bovis isoladas de bovinos. Além disso, verificou-se se a capacidade de detectar agrupamentos espaciais de focos aumenta na medida em que é aumentado o poder discriminatório das análises moleculares. Comparou-se a utilização dessas três técnicas moleculares em análises espaciais para verificação de agrupamentos de focos da doença. A análise da diversidade alélica indicou que os MIRU 16, 26 e 27 e os ETR A, B e C foram os que apresentaram maior diversidade dentre os ensaiados. O HGI para cada uma das técnicas foi de: Spoligotyping = 0,738381; MIRU = 0,829835 e ETR = 0,825337. A associação desses métodos aumentou o poder discriminatório: Spoligotyping + MIRU = 0,930585; Spoligotyping + ETR = 0,931034; MIRU + ETR = 0,953373. O maior poder discriminatório foi alcançado quando as três técnicas foram associadas (HGI = 0,98051). Considerando as análises realizadas no presente estudo, o método inicial deveria ser o Spoligotyping, por diferenciar o M. bovis dos outros integrantes do complexo Mycobacterium tuberculosis. Como as associações do MIRU e do ETR com o Spoligotyping resultaram em HGI praticamente idênticos, depois do Spoligotyping, o método ETR parece ser a melhor escolha, pois é mais rápido e econômico do que o MIRU. Finalmente, o MIRU deve ser o último método a ser realizado. Assim, a escolha do método depende do poder discriminatório necessário para o objetivo em questão. Embora a capacidade de detectar agrupamentos espaciais de focos não tenha sido aumentada na medida em que cresceu o poder discriminatório das análises moleculares, a premissa continua válida. / Mycobacterium bovis is the causative organism of bovine tuberculosis, has zoonotic character and leads economic losses in livestock production in a lot of countries. To support the epidemiological researches on the disease control programs several molecular methods has been used to detect M. bovis strains. Among them, Spoligotyping, Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) and Exact Tandem Repeat (ETR) are the molecular analyses that present different powers of Mycobacterium bovis discrimination. In this study, allelic diversity of MIRU and ETR locus and Hunter-Gaston discriminatory index (HGI) were calculated for Spoligotyping, 10 MIRU and 3 ETR of 116 isolates of M. bovis from Brazilian bovines. The use of those three molecular techniques was compared in space analyses for verification of groupings of focuses of the disease. Besides, it was verified if the capacity to cluster of focuses increases in the measure in that the discriminatory power of the molecular analyses is increased. The analysis of the allelic diversity indicated that MIRU 16, 26, 27 and ETR A, B, C presented larger diversity among the rehearsed. The HGI for each individual technique was: Spoligotyping = 0.738381; ETR = 0.825337 and MIRU = 0.829835. The associations of these methods increased the discriminatory power: Spoligotyping + MIRU = 0.930585; Spoligotyping + ETR = 0.931034; MIRU + ETR = 0.953373. The greater discriminatory power was verified when the three techniques were associated (HGI = 0,98051). Considering the analyses performed, the initial method for differentiating M. bovis from the other species of the M. tuberculosis complex should be Spoligotyping. The association of MIRU and ETR with Spoligotyping resulted in HGI almost identical, after Spoligotyping, the ETR technique showed to be the best choice, due the shorter time to process and economic benefits when compared to MIRU. Finally, MIRU is the last method to be performed. Thus, the choice among the techniques depends on the discriminatory power necessary for the task. Although the capacity to detect clusters of focuses has not been increased in the measure in that it increased the discriminatory power of the molecular analyses, the premise continues valid.

Foi estabelecida uma parceria entre o Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal (VPS) da FMVZ-USP, a Coordenadoria de Defesa Agropecuária do Estado de São Paulo e o Serviço de Inspeção Federal (SIF) para organizar um sistema capaz de detectar focos de tuberculose bovina no Estado, com base nas rotinas de inspeção de carcaças em abatedouros, cujos objetivos foram: 1) conhecer a diversidade genética de isolados de Mycobacterium bovis em bovinos no Estado de São Paulo; 2) estudar a distribuição espacial desses focos; 3) estudar a tipologia das unidades de criação de bovinos caracterizadas como focos de tuberculose; 4) verificar se é possível, com a atual infra-estrutura existente em São Paulo, operar um sistema de vigilância para detecção de focos de tuberculose bovina. Assim, foi estruturado um sistema de coleta, envolvendo as redes SISP (Sistema de Inspeção do Estado de São Paulo) e SIF, que realizou as coletas de materiais e informações de maio de 2002 a janeiro de 2004. Todo o material seguiu para o VPS, onde foram processados. As propriedades caracterizadas como focos foram rastreadas e delas foi coletada outro conjunto de informações. Seguem os resultados alcançados: 1) foram identificados 33 diferentes espoligotipos dentre os 248 isolados de M. bovis de bovinos no Estado de São Paulo. Os isolados do espoligotipo SB0295 foram re-discriminados em 13 novos perfis genéticos de M. bovis pela técnica MIRU-VNTR; 2) dentre os dois espoligotipos mais prevalentes estudados (SB0295 e SB0121), apenas o SB0295 apresentou-se de forma agrupada nas análises espaciais; 3) foram geradas várias informações sobre a tipologia e o manejo das unidades de criação de bovinos caracterizadas como focos de tuberculose; 4) a atual infra-estrutura existente no Estado de São Paulo foi capaz de operar um sistema de detecção de focos de tuberculose bovina / A partnership between the Department of Preventive Veterinary Medicine and Animal Health (VPS) of the FMVZ-USP, the Coordination of Agriculture and Animal Defense of the State of São Paulo, and the Federal Inspection Service (SIF) was established to organize a work system for detection of bovine tuberculosis focus in the state, based on routine methods of carcass inspection in the abattoir, with the following objectives: 1) to determine the genetic diversity of the isolates of Mycobacterium bovis from bovines in the state of São Paulo; 2) to study the spatial distribution of the focuses; 3) to study the typology of the bovine breading units (farms), which were characterized as tuberculosis focus; 4) to verify the possibility of operating a surveillance system for detection of bovine tuberculosis focus based on the current network in the state of São Paulo. Thus, it was performed a system for data collection involving the current systems SISP (System of Inspection of the State of São Paulo) and SIF, who performed the collection of biological samples and information from May 2002 to January 2004. All samples were addressed to the VPS, where they were processed. Farms characterized as focus were traced to obtain new information. The results obtained in this study follow: 1) A total of 33 different spoligotypes were determined out of 248 bovine isolates of M. bovis in the state of São Paulo. The spoligotype SB0295 isolates were re-discriminated into 13 new M. bovis genetic profiles by the MIRU-VNTR technique; 2) From the two most prevalent spoligotypes analyzed in this study (SB0295 e SB0121), only SB0295 showed a cluster presentation by the spatial analyses; 3) Several information about typology and bovine breeding unit management were generated regarding the status of tuberculosis focus; 4) the current network in the state of São Paulo was capable of operating a system for detection of bovine tuberculosis focus

Foi estabelecida uma parceria entre o Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal (VPS) da FMVZ-USP, a Coordenadoria de Defesa Agropecuária do Estado de São Paulo e o Serviço de Inspeção Federal (SIF) para organizar um sistema capaz de detectar focos de tuberculose bovina no Estado, com base nas rotinas de inspeção de carcaças em abatedouros, cujos objetivos foram: 1) conhecer a diversidade genética de isolados de Mycobacterium bovis em bovinos no Estado de São Paulo; 2) estudar a distribuição espacial desses focos; 3) estudar a tipologia das unidades de criação de bovinos caracterizadas como focos de tuberculose; 4) verificar se é possível, com a atual infra-estrutura existente em São Paulo, operar um sistema de vigilância para detecção de focos de tuberculose bovina. Assim, foi estruturado um sistema de coleta, envolvendo as redes SISP (Sistema de Inspeção do Estado de São Paulo) e SIF, que realizou as coletas de materiais e informações de maio de 2002 a janeiro de 2004. Todo o material seguiu para o VPS, onde foram processados. As propriedades caracterizadas como focos foram rastreadas e delas foi coletada outro conjunto de informações. Seguem os resultados alcançados: 1) foram identificados 33 diferentes espoligotipos dentre os 248 isolados de M. bovis de bovinos no Estado de São Paulo. Os isolados do espoligotipo SB0295 foram re-discriminados em 13 novos perfis genéticos de M. bovis pela técnica MIRU-VNTR; 2) dentre os dois espoligotipos mais prevalentes estudados (SB0295 e SB0121), apenas o SB0295 apresentou-se de forma agrupada nas análises espaciais; 3) foram geradas várias informações sobre a tipologia e o manejo das unidades de criação de bovinos caracterizadas como focos de tuberculose; 4) a atual infra-estrutura existente no Estado de São Paulo foi capaz de operar um sistema de detecção de focos de tuberculose bovina / A partnership between the Department of Preventive Veterinary Medicine and Animal Health (VPS) of the FMVZ-USP, the Coordination of Agriculture and Animal Defense of the State of São Paulo, and the Federal Inspection Service (SIF) was established to organize a work system for detection of bovine tuberculosis focus in the state, based on routine methods of carcass inspection in the abattoir, with the following objectives: 1) to determine the genetic diversity of the isolates of Mycobacterium bovis from bovines in the state of São Paulo; 2) to study the spatial distribution of the focuses; 3) to study the typology of the bovine breading units (farms), which were characterized as tuberculosis focus; 4) to verify the possibility of operating a surveillance system for detection of bovine tuberculosis focus based on the current network in the state of São Paulo. Thus, it was performed a system for data collection involving the current systems SISP (System of Inspection of the State of São Paulo) and SIF, who performed the collection of biological samples and information from May 2002 to January 2004. All samples were addressed to the VPS, where they were processed. Farms characterized as focus were traced to obtain new information. The results obtained in this study follow: 1) A total of 33 different spoligotypes were determined out of 248 bovine isolates of M. bovis in the state of São Paulo. The spoligotype SB0295 isolates were re-discriminated into 13 new M. bovis genetic profiles by the MIRU-VNTR technique; 2) From the two most prevalent spoligotypes analyzed in this study (SB0295 e SB0121), only SB0295 showed a cluster presentation by the spatial analyses; 3) Several information about typology and bovine breeding unit management were generated regarding the status of tuberculosis focus; 4) the current network in the state of São Paulo was capable of operating a system for detection of bovine tuberculosis focus

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-11Bitstream added on 2014-06-13T18:56:00Z : No. of bitstreams: 1 mendes_nh_me_arafcf.pdf: 650825 bytes, checksum: 5f25430d19f2f2c2a96d1d63836fe97c (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... / The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world’s data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below)

A tuberculose bovina (bTB) é um problema sanitário importante em Moçambique e ainda a espera de uma ação organizada por parte dos Serviços Veterinários Oficiais. O presente estudo teve por objetivo investigar e mapear os genótipos de Mycobacterium bovis circulantes no país e paralelamente maximizar a utilização de abatedouros como fonte de informação epidemiológica da bTB. Durante o período de outubro de 2016 a abril de 2017 foram colhidas um total de 90 amostras de lesões sugestivas de tuberculose bovina nos abatedouros Municipais de Maputo e Maxixe e dois abatedouros privados da província de Maputo. Essas amostras, juntamente com outras 10, disponibilizadas pelo Laboratório Central de Veterinária e 72 do banco de amostras de Faculdade de Veterinária de Moçambique foram processadas para isolamento, identificação e discriminação molecular (MIRU-VNTR e spoligotyping) de micobactérias. Nos abatedouros foram coletados dados para calcular as prevalências de carcaças com lesões sugestivas de tuberculose e foi estimada em 0,63% e 80% das carcaças condenadas por tuberculose apresentaram lesões compatíveis com generalização da infecção. Foram obtidos 104 isolados identificados como gênero Mycobacterium, dos quais 80 foram compatíveis com o MTBC e 10 MNT. Destes 80 MTBC, 70 foram identificados como M. bovis. O MIRU-VNTR discriminou os 70 isolados de M. bovis em 47 perfis, agrupados em 3 complexos clonais e cinco singletons. Dos 24 loci estudados, os que apresentaram maiores polimorfismos foram MIRU 960, 2996 e QUB-4052. Em relação ao spoligotyping, foram identificados cinco perfis, dos quais o mais prevalente foi o SB0961, seguido do SB0140, SB2306, SB2481 (novo) e SB1099. Dos 70 isolados submetidos a análises dos complexos clonais africano 1, africano 2, europeu 1 e europeu 2, foram detectados apenas 18,5% de europeu. O distrito de Machanga foi o que apresentou maior diversidade de isolados e o Govuro maior número de isolados de M. bovis. Quando comparados as técnicas, o MIRU-VNTR apresentou maior poder de discriminação em relação ao spoligotyping. O complexo clonal europeu 1 está relacionado com o SB0140 que por sua vez é característico de isolados do Reino Unido e de países que tiveram trocas comerciais de bovinos com o país, incluindo os circunvizinhos a Moçambique e de onde há registros da importação de animais para Moçambique. A não identificação precisa dos complexos clonais dos spoligotyping SB0961, SB2306, SB2481 relacionados, podem ser derivados do BCG, que é sugestivo de evolução clonal própria de Moçambique e os complexos clonais até hoje existentes não são suficientes para discriminar os isolados de Moçambique. Embora os dados de abatedouros sugeriram que a prevalência da tuberculose bovina em Moçambique está entre as mais baixas dos países africanos, a predominância de carcaças com lesões generalizadas significa alto risco de exposição de animais e humanos, sobretudo das populações rurais que têm estreito contato com esses animais. Esse risco é ampliado em função da alta prevalência de humanos que vivem com HIV/AIDS no país. Assim, recomenda-se que Moçambique estruture programa de controle da doença nos animais e métodos de diagnóstico que detectem a infecção por M. bovis na população humana. / Bovine tuberculosis (bTB) is a major sanitary problem in Mozambique and awaits organized action by the Official Veterinary Services. The aim of this work was to investigate and map the circulating Mycobacterium bovis genotypes in the country and to maximize the use of slaughterhouses as a source of epidemiological information for bTB. During the period from October 2016 to April 2017, a total of 90 samples with lesions suggestive of bovine tuberculosis were collected from Maputo and Maxixe Municipal abattoirs and two private abattoirs from the province of Maputo. These samples, together with 10 others provided by the Central Veterinary Laboratory and 72 from the Veterinary Faculty sample bank were processed for isolation, identification and molecular discrimination (MIRU-VNTR and spoligotyping) of mycobacteria. Samples collected in the slaughterhouses were analyzed by calculating the prevalence of carcasses with lesions suggestive of bTB, which was estimated at 0.63% and 80% of carcasses condemned for tuberculosis presented lesions compatible with generalized infection. A total of 104 isolates were identified as M. bovis as Mycobacterium genus were obtained, of which 80 were compatible with MTBC and 10 MNT. Of these 80 MTBC, 70 were identified as M. bovis. The MIRU-VNTR discriminated the 70 isolates of M. bovis in 47 profiles, grouped in 3 clonal complexes and 5 singletons. Of the 24 loci studied, the ones with the highest polymorphisms were MIRU 960, 2996 and QUB-4052. In relation to spoligotyping, five profiles were identified; SB0961 was the most prevalent, being SB0961, followed by SB0140, SB2306, SB2481 (new) and SB1099. Of the 70 isolates submitted to analyzes of the clonal complexes African 1, African 2, European 1 and European 2, only 18.5% of European complex were detected. Machanga district presented the greatest diversity of isolates, while Govuro district had largest number of isolates of M. bovis. The MIRU-VNTR presented greater power of discrimination in relation to spoligotyping. The European clonal complex 1 was related to SB0140 which in turn is characteristic of isolates from the United Kingdom and from countries that have had commercial trade in cattle with UK including those surrounding Mozambique and where there are records of imports of animals for Mozambique. The precise identification of the clonal complexes of the SB0961, SB2306 and SB2481 related spoligotypings subject to the BCG derivatives, is suggestive of the clonal evolution of Mozambique and that the clonal complexes to date are not sufficient to discriminate against the isolates from Mozambique. Although data from slaughterhouses suggested that the prevalence of bovine tuberculosis in Mozambique is among the lowest in African countries, the predominance of carcasses with generalized lesions means a high risk of animal and human exposure, especially of rural populations that have close contact with these animals. This risk is amplified due to the high prevalence of people that living with HIV/AIDS in the country. Thus, it is recommended that Mozambique structure a disease control program in animals and diagnostic methods that detect M. bovis infection in the human population.

Submitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2017-03-16T14:03:46Z No. of bitstreams: 1 2008 - Telma de Figueiredo do Nascimento.pdf: 875301 bytes, checksum: 0d53eac4a000372a6c136ed189b7dd48 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-16T14:03:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008 - Telma de Figueiredo do Nascimento.pdf: 875301 bytes, checksum: 0d53eac4a000372a6c136ed189b7dd48 (MD5) Previous issue date: 2008-11-19 / In Brazil it is believed that bovine tuberculosis is present in all states, as is in all continents. The official indices are 1.3% of the national herd infected, which represent a large number in the order of 2.5 million animals. Mycobacterium bovis stands out as zoonotic disease of major importance. Increasing are the economic losses, caused by tuberculosis in cattle, such as low productivity of the herd, condemnation of carcasses at slaughterhouses, reduction in the production of milk and meat, commitment marketing of animals and their products domestically and externally. It is estimated that about 5,0 % of human tuberculosis is caused by Mycobacterium bovis. The success of a program to control a disease is closely linked to various factors including the knowledge of the history of the causative agent and its spatial and temporal distribution. Molecular methods are used as auxiliary tools in combating the disease by providing information in order to achieve these goals. In the last decade, methods for molecular typing of M. tuberculosis were developed and implemented on a large scale. Although the genomes of the two parasites are very similar, the discriminatory power of the methods is smaller in Mycobacterium bovis. In this study were analyzed samples from cattle slaughtered in refrigerators under Federal Inspection in the state of Minas Gerais. A total of 215 cultures sent to the Laboratory of Applied Molecular biology to Micobacterioses, and only 159 confirmed a profile of Mycobacterium bovis through molecular techniques applied. The south and state has the highest prevalence of the disease in the samples studied. The method of Spoligotyping applied to the samples showed the presence of 32 different profiles, obtaining a HGDI of 0.86 and a departure from the MIRU-VNTR presented 40 different profiles with a HGDI of 0.87. In this study was to evaluate that when using these techniques together we get a greater discriminatory power between these strains. / No Brasil acredita-se que a tuberculose bovina est? presente em todos os Estados, assim como est? em todos os continentes. Os ?ndices oficiais est?o em 1,3% do rebanho nacional infectado, que representaria um n?mero elevado, na ordem de 2,5 milh?es de animais. Mycobacterium bovis destaca-se como zoonose de reconhecida import?ncia. Crescentes s?o as perdas econ?micas, causada pela tuberculose em bovinos, como a baixa na produtividade do rebanho, condena??o de carca?as em matadouros, redu??o na produ??o de leite e carne, comprometimento da comercializa??o de animais e seus produtos no mercado interno e externo. Estima-se que em torno de 5,0% da tuberculose humana ? causada por M. bovis. O sucesso de um programa de controle de uma doen?a est? estreitamente ligado a diferentes fatores entre os quais o conhecimento da hist?ria do agente etiol?gico e sua distribui??o espacial e temporal. Os m?todos moleculares s?o utilizados como ferramentas auxiliares no combate ? doen?a fornecendo informa??es com a finalidade de alcan?ar estes objetivos. Na ?ltima d?cada, m?todos para tipagem molecular de Mycobacterium tuberculosis foram desenvolvidos e aplicados em larga escala. Embora o genoma dos dois parasitos seja muito parecido, o poder discriminat?rio dos m?todos decresce para Mycobacterium bovis. Neste trabalho foram analisadas amostras de bovinos abatidos em Frigor?ficos sob Inspe??o Federal no estado de Minas Gerais. Um total de 215 culturas foram enviadas ao Laborat?rio de Biologia Molecular Aplicada ? Micobacterioses, e apenas 159 confirmaram um perfil de Mycobacterium bovis atrav?s das t?cnicas moleculares de Spoligotyping e 159 a t?cnica do MIRU-VNTR. A mesorregi?o Sul e Sudoeste mostraram a maior preval?ncia da doen?a nas amostras estudadas. O m?todo de Spoligotyping aplicados ?s amostras mostrou a presen?a de 32 perfis diferentes, obtendo um HGDI de 0,86 e em contra partida o MIRU-VNTR apresentou 40 perfis diferentes com um HGDI de 0,87. Neste estudo foi poss?vel avaliar que quando utilizamos estas t?cnicas em conjunto obtemos um maior poder discriminat?rio entre essas cepas.

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world's data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre