INTRODUÇÃO: O Hipotireoidismo congênito (HC) é uma das endocrinopatias mais frequentes em pediatria e pode causar retardo mental e do crescimento, se não for tratado precocemente. A determinação do nível do hormônio estimulador da tireoide em sangue total após o nascimento (TSHneo) constitui uma estratégia efetiva para o rastreamento de HC, embora não exista consenso em relação aos níveis considerados seguros para essa detecção. Muitos serviços utilizam os valores de corte do TSH neonatal de 10,0 e 15,0 ?UI/mL, por ensaios imunofluorimétricos. OBJETIVO: Analisar a capacidade de detecção dos casos de hipotireoidismo congênito por diferentes níveis de corte do TSH neonatal e os efeitos destes sobre o sistema de triagem neonatal para essa doença, em nascidos vivos avaliados pelo Programa de Triagem Neonatal (PTN) da rede pública do Estado de Mato Grosso (MT), de 01 de janeiro de 2010 a 31 de dezembro de 2012. MÉTODOS: Estudo de coorte, de corte transversal, com coleta retrospectiva de dados obtidos a partir do banco de dados do Serviço de Referência em Triagem Neonatal do Estado de Mato Grosso, de nascidos vivos no período 01/01/2010 a 31/12/2012 e avaliados pelo PTN-MT. Estes foram divididos em dois grupos: I. Controle: Crianças com exame de triagem neonatal normal; II. Estudo: Crianças com HC. Análise estatística incluiu o uso do teste qui-quadrado ou exato de Fischer para análise das características dos recém-nascidos entre os grupos e o teste t de Student ou não paramétrico de Mann-Whitney para análise dos níveis de TSH em sangue total de ambos os grupos e, avaliação das concentrações de TSH e T4 livre no soro, em crianças com HC. Construiu-se uma curva ROC (Receiver Operating Characteristic), para a avaliação dos pontos de corte do TSHneo. O nível de significância foi p<0,05. RESULTADOS: Entre as 111.705 crianças triadas pelo Programa, 50 tiveram o diagnóstico de HC, sob o ponto de corte do TSHneo de 5,0 ?UI/mL. A prevalência da doença foi de 1:2.234 nascidos vivos. A cobertura do Programa estadual foi de 73,9%. Para o Grupo II, os níveis do TSHneo foram superiores a 20,0 ?UI/mL em 61,4% das crianças e, os níveis de TSH no soro excederam este valor em 83,7%. A curva ROC identificou o ponto de corte do TSHneo de 5,03 ?UI/mL, como o correspondente à sensibilidade de 100% e a maior especificidade associada (93,7%). A área observada sob a curva foi de 0,9898 (p<0,0001). CONCLUSÕES: Observou-se uma cobertura inadequada do PTN-MT. O ponto de corte do TSH neonatal de 5,0 ?UI/mL, adotado pelo PTN-MT, foi confirmado pela curva ROC como o mais seguro para detectar HC e determinou a elevada prevalência da doença no Estado de Mato Grosso / INTRODUCTION: Congenital hypothyroidism (CH) is a very common pediatric endocrine disorder and can cause mental and growth retardation without early treatment. Measuring the total blood thyroid-stimulating hormone level after birth (TSHneo) is an effective screening strategy for CH, although there is not yet a consensus on the appropriate diagnostic levels. Many services use the neonatal TSH cut-off points of 10.0 and 15.0 uIU/mL per imunofluorimetric assay. OBJECTIVE: The aim of the present study was to analyze the ability of various TSHneo cutoff values to detect CH and their effects on the Newborn Screening Program (NSP) of the State of Mato Grosso (MT) from January 1, 2010, to december 31, 2012. METHODS: Cohort study, cross-sectional, based on retrospective data collection obtained from the database of the Reference Service for Neonatal Screening of the State of Mato Grosso, for all live births from January 1, 2010, to December 31, 2012, reviewed by NSP-MT. The infants were divided into two groups: I-Control: infants with normal newborn screening tests and II-Study: infants with CH. Statistical analysis included the chi-square or Fisher\'s exact test to compare the characteristics of the newborns from both groups and Student\'s t-test or the non-parametric Mann-Whitney test to analyse the total blood TSH level from both groups of infants and evaluate the serum TSH and free thyroxine (T4) concentrations in infants with CH. A Receiver Operating Characteristic (ROC) curve was constructed to assess the TSHneo cutoff values. The significance level was p < 0.05. RESULTS: Using a TSHneo cutoff value 5.0 uIU/mL, 50 out of 111,705 screened infants were diagnosed with CH. The prevalence of CH was 1:2,234 live births. The state program coverage was 73.9%. For Group II, the TSHneo levels were higher than 20.0 uIU/mL in 61.4% of infants, and the serum TSH levels exceeded that level in 83.7%. The ROC curve showed that a TSHneo cutoff value of 5.03 uIU/mL had 100% sensitivity and the greatest associated specificity (93.7%). The area under the curve was 0.9898 (p < 0.0001). CONCLUSIONS: An inadequate coverage of the NSP-MT was observed. The ROC curve confirmed that the TSHneo cutoff value of 5.0 ?IU/mL adopted by the NSP-MT was the safest for detecting CH and determined the high prevalence of disease that was found in the State of Mato Grosso