The dissertation covers two problems motivated by computational biology: genome rearrangements, and haplotype networks.<p><p>Genome rearrangement problems are a particular case of edit distance problems, where one seeks to transform two given objects into one another using as few operations as possible, with the additional constraint that the set of allowed operations is fixed beforehand; we are also interested in computing the corresponding distances between those objects, i.e. merely computing the minimum number of operations rather than an optimal sequence. Genome rearrangement problems can often be formulated as sorting problems on permutations (viewed as linear orderings of {1,2,n}) using as few (allowed) operations as possible. In this thesis, we focus among other operations on ``transpositions', which displace intervals of a permutation. Many questions related to sorting by transpositions are open, related in particular to its computational complexity. We use the disjoint cycle decomposition of permutations, rather than the ``standard tools' used in genome rearrangements, to prove new upper bounds on the transposition distance, as well as formulae for computing the exact distance in polynomial time in many cases. This decomposition also allows us to solve a counting problem related to the ``cycle graph' of Bafna and Pevzner, and to construct a general framework for obtaining lower bounds on any edit distance between permutations by recasting their computation as factorisation problems on related even permutations.<p><p>Haplotype networks are graphs in which a subset of vertices is labelled, used in comparative genomics as an alternative to trees. We formalise a new method due to Cassens, Mardulyn and Milinkovitch, which consists in building a graph containing a given set of partially labelled trees and with as few edges as possible. We give exact algorithms for solving the problem on two graphs, with an exponential running time in the general case but with a polynomial running time if at least one of the graphs belong to a particular class.<p>/<p>La thèse couvre deux problèmes motivés par la biologie: l'étude des réarrangements génomiques, et celle des réseaux d'haplotypes.<p><p>Les problèmes de réarrangements génomiques sont un cas particulier des problèmes de distances d'édition, où l'on cherche à transformer un objet en un autre en utilisant le plus petit nombre possible d'opérations, les opérations autorisées étant fixées au préalable; on s'intéresse également à la distance entre les deux objets, c'est-à-dire au calcul du nombre d'opérations dans une séquence optimale plutôt qu'à la recherche d'une telle séquence. Les problèmes de réarrangements génomiques peuvent souvent s'exprimer comme des problèmes de tri de permutations (vues comme des arrangements linéaires de {1,2,n}) en utilisant le plus petit nombre d'opérations (autorisées) possible. Nous examinons en particulier les ``transpositions', qui déplacent un intervalle de la permutation. Beaucoup de problèmes liés au tri par transpositions sont ouverts, en particulier sa complexité algorithmique. Nous nous écartons des ``outils standards' utilisés dans le domaine des réarrangements génomiques, et utilisons la décomposition en cycles disjoints des permutations pour prouver de nouvelles majorations sur la distance des transpositions ainsi que des formules permettant de calculer cette distance en temps polynomial dans de nombreux cas. Cette décomposition nous sert également à résoudre un problème d'énumération concernant le ``graphe des cycles' de Bafna et Pevzner, et à construire une technique générale permettant d'obtenir de nouvelles minorations en reformulant tous les problèmes de distances d'édition sur les permutations en termes de factorisations de permutations paires associées.<p><p>Les réseaux d'haplotypes sont des graphes dont une partie des sommets porte des étiquettes, utilisés en génomique comparative quand les arbres sont trop restrictifs, ou quand l'on ne peut choisir une ``meilleure' topologie parmi un ensemble donné d'arbres. Nous formalisons une nouvelle méthode due à Cassens, Mardulyn et Milinkovitch, qui consiste à construire un graphe contenant tous les arbres partiellement étiquetés donnés et possédant le moins d'arêtes possible, et donnons des algorithmes résolvant le problème de manière optimale sur deux graphes, dont le temps d'exécution est exponentiel en général mais polynomial dans quelques cas que nous caractérisons.<p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les travaux portent sur l’étude de la formation de motifs sédimentaires à l’aval d’un cylindre vertical soumis à un courant. Le cylindre simule une fondation monopieu d’éolienne en mer, ou une pile de pont. Une modélisation théorique est développée. Les résultats obtenus sont en bon accord avec les résultats expérimentaux acquis au cours de la thèse. Une étude préliminaire expérimentale et théorique sur le tri sédimentaire au voisinage du cylindre est également effectuée. / This work concerns the study of sediment patterns formation downstream a vertical cylinder under a steady current. The cylinder simulates an offshore monopile foundation, or a bridge pile. A theoretical modeling is developed. The results are in good agreement with the experimental results obtained in the framework of this PhD. An experimental and theoretical preliminary study on sediment segregation in the vicinity of the cylinder is also performed.

La thèse interroge les pratiques mises en œuvre aujourd’hui pour collecter des objets contemporains au sein des écomusées et des musées de société en France. Cette question de la « contemporanéité » connaît un regain d’actualité en muséologie et prête le flanc à la critique dans le paysage des politiques culturelles. Aussi, la première partie constitue le questionnement théorique de la recherche. Elle interroge la situation paradoxale des musées ethnographiques français, dans l’objectif d’examiner la nouvelle orientation des collections, axée sur le « contemporain ». La deuxième partie trace l’évolution dans les orientations, les méthodes et les finalités des politiques d’acquisition. Le corpus de la recherche analyse, dans ce sens, des pratiques de collecte aujourd’hui opérationnelles au sein de trois musées, foncièrement différents de par leur taille, leur implantation géographique et leurs missions : le musée des Civilisations de l’Europe et de la Méditerranée (MUCEM) à Marseille, l’écomusée du Val de Bièvre à Fresnes (Val-de-Marne) et le musée de la ville de Saint-Quentin-en-Yvelines (Yvelines). Enfin, la troisième partie de la thèse présente les résultats de l’étude expérimentale de terrain. D’abord, en examinant le sens du contemporain au sein du musée de société, à travers la représentativité des exemples retenus dans le corpus. Ensuite, en présentant les conséquences de la collecte de l’objet contemporain, tant sur les missions du musée que sur le statut de l’objet. Ces deux entités sont analysées dans le cadre d’un « système signifiant » qui permet au musée de construire un savoir et une connaissance sur l’objet d’aujourd’hui, à partir des notions d’« altérité », de « document », de « tri », de « mémoire » et de « patrimoine ». / This thesis questions the current working practices of French eco-museums and museums of society concerning the collection of contemporary objects. The question of « contemporaneity » is undergoing a revival today in museology, attacking the flank of criticism from the field of cultural politics. In addition, the first part of this thesis involves a theoretical questioning of the method of research itself. It questions the paradoxical position of French ethnographic museums, with the aim of examining the new direction that their collections are taking, focusing on the « contemporary ». The second part of this thesis traces the evolution of the tendancies, methods and aims of museum acquisition policies. The body of research analyses the current practices in the collection of pieces by three museums which are fundamentally different in size, geographical presence and assignation/mission : the Musée des Civilisations de l’Europe et de la Méditerranée (MUCEM) in Marseille, the Écomusée du Val de Bièvre in Fresnes (Val de Marne) and the museum of the town of Saint-Quentin-en-Yvelines (Yvelines). Finally the third part of this thesis presents the results of an experimantal study into the museum space. Firstly by studying the direction of contemporaneity in the museum of society by way of the representational value of pieces retained in the collection. Further, in presenting the outcome of collecting contemporary pieces, as much as a result of deliberate seeking out by the museum as about the status of the piece itself. These two subjects are considered in the framework of a « system of significance » which allows a museum to build up knowledge and a familiarity with contemporary pieces, with the concepts of « otherness », « written record », « selection », « recollection » and « heritage » providing a starting point.

Il est bien établit théoriquement et observationnellement que les amas de galaxies ne sont pas des objets sphèriques, et qu'ils sont beaucoup mieux décrits par la géométrie triaxiale. Malgré cela, les travaux sur la forme tri-dimensionnelle des amas de galaxies sont encore trés rares. L'objet de cette thèse est de contribuer à cette problématique naissante. L'originalité de ce travail est d'aborder ce sujet théoriquement et observationnellement. J'ai mesuré la forme d'amas de galaxies simulés, proposant des prédictions sur la forme des haloes de matière noire. J'ai ensuite développé un algorithme qui se propose de combiner des données en lentilles gravitationnelles et en rayons X afin de contraindre un modèle de haloe triaxial. L'algorithme est testé sur des données simulées. Finalement, je présente l'analyse en rayons X de Abell 1703, qui, combinée avec l'analyse en lentilles gravitationnelles, permettra de déterminer la forme de Abell 1703. / It is well established both theoretically and observationally that galaxy clusters are not spherical objects and that they are much better approximated as triaxial objects. This thesis focusses on the three dimencional shape of galaxy clusters. The originality of my approach is to tackle the problem both theoretically and observationally. First, I have measured the shape of dark matter haloes in the Millenium XXL and Sbarbine simulations, providing predictions for dark matter halo shape over 5 order in magnitude in mass. Then, I have developed an algorithm aimed at fitting simultaneously lensing and X-ray data in order to constrain a triaxial mass distribution. The algorithm is tested and characterized on mock data sets. It is found to be able to recover the input parameters. Finally, I present the X-ray analysis of galaxy cluster Abell 1703, which will be combined with the existing lensing analysis in order to investigate its shape.

The diploma thesis deals with research of the jet issuing from the defrost duct of Skoda Octavia car. Components of velocity and turbulence intensity were measured using hot wire anemometry. Obtained data were presented in graphs and contour maps. Results were confronted with previous research.

Electrochromic devices are based on the intercalation processes to the active layer mostly WO3. The optical properties of active layer are changed by intercalation ions from the electrolyte. For that purpose are used Li ions. The mass of thin layer can be observed by the QCM method. This method is based on the changes of the resonance frequency of a quartz crystal resonator. The investigated substance is deposited on the surface of the resonator. Various metals (Pt, Au, Ag) and their compounds should be plated on the resonator. Most frequently, the resonators for the frequency 5,0 MHz are used. This frequency change is used for the detection of chemical changes of the electrode surface and is very sensitive.

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Les environnements côtiers se caractérisent en de très nombreux endroits, depuis les zones tropicales jusqu’à des latitudes tempérées à froides, par des sédiments qui sont constitués d’un mélange de particules silicoclastiques et bioclastiques. Les processus de transport qui s’opèrent dans ces environnements dits "mixtes" sont difficiles à quantifier et modéliser compte tenu des différences de comportement hydrodynamique entre les particules silicoclastiques,souvent de forme sub-sphérique, et les particules bioclastiques dont les formes sont beaucoup plus complexes. En lien avec cette problématique, l’objectif général de la thèse est d’évaluer si des modifications de la composition de sédiments mixtes peut avoir un impact significatif sur la dynamique du trait de côte, et plus spécifiquement sur les modalités de construction des barrières littorales. Pour répondre à cet objectif une approche expérimentale a été choisie. Des expérimentations en érodimètre sous courant unidirectionnel mettent en évidence le comportement singulier des débris bioclastiques par rapport à des particules silicoclastiques, et surtout des différences significatives de comportement entre des bioclastes provenant de diverses espèces de mollusques. Ces résultats pourraient permettre notamment d’améliorer les modèles numériques de transport sédimentaire. Des expérimentations dans un grand canal à houle montrent clairement que des barrières littorales reconstituées à partir de mélanges en proportions variables de sédiments silicoclastiques et bioclastiques ont des caractéristiques morphologiques et des architectures internes différentes. Les barrières très bioclastiques sont plus hautes et moins larges que les barrières contenant plus de particules silicoclastiques. Ces conclusions suggèrent qu’une augmentation en apports bioclastiques pourrait avoir un effetpositif sur la stabilité des barrières littorales. / In many areas, coastal environments, from tropical to temperate-cold zones, are characterizedby mixed sediments, i.e. made of a mixture of siliciclastic and biogenic particles. Processes oftransport that occur in these so-called "mixed" environments are difficult to quantify and modeldue to the differences in hydrodynamic behaviour between siliciclastic particles, generally ofsub-spherical shape, and bioclastic particles the shape of which is very complex. The presentPhD work is related to this topic and aims in evaluating if changes in the composition ofmixed sediments can impact significantly the dynamics of the coastline, and more specificallythe construction modes of coastal barriers. To reach this objective an experimental approachhas been developed. Experiments in unidirectional current flume (erodimeter) highlight thesingular behaviour of bioclastic debris in comparison with that of siliciclastic particles, as wellas significant differences in behavior between bioclasts from various mollusc species. Theseresults could help in improving numerical models of natural sediment transport. Experimentsin a large wave flume clearly show that coastal barriers reconstructed from mixtures of varyingproportions of siliciclastic and bioclastic sediments have different morphological characteristicsand internal architectures. Barriers with high content in bioclastic debris are thicker andnarrower compared to barriers containing more siliciclastic particles. These findings suggestthat an increase in bioclastic inputs may have a positive effect on the stability of littoral barriers.

Four works are selected to demonstrate the stature and demands of this craft and to represent a pinnacle in the art of contemporary woodwind doubling. Concerto for Doubles, by Thomas Filas, Concerto Tri-Chroma. by Michael Kibbe, Rhapsody Nova, by Clare Fischer and Suite for Solo Flute. Clarinet and Alto Saxophone by Claude Smith all represent rare, major solo works written specifically for three individual woodwind doublers. The paper will begin with a history of the practice of woodwind doubling from the fifteenth century to the present. The four works will then be examined by considering form, style and related performance practices.

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