La Selle-Français (SF) a été sélectionné avec comme objectif principal la réussite en concours de saut d'obstacle (CSO) et cette sélection a largement utilisé les croisements avec d'autres races. Comme pour les autres chevaux de selle à travers le monde, les éleveurs français veulent augmenter le nombre de caractères dans leur objectif de sélection. En plus du CSO, ils souhaitent améliorer leur population sur les allures, la conformation, le comportement, la fertilité et la santé. Pour ajouter tous ces caractères, en conservant un schéma de sélection efficace, différentes études ont été menées et sont exposées dans cette thèse. -Tout d'abord, une large présentation du SF avec ses spécificités est effectuée. -Une étude de l'efficacité de la sélection entre 1974 et 2002 est conduite afin d'identifier les qualités et les inconvénients du plan de sélection actuel du SF. Sur cette période, on dénombre entre 6000 à 10000 naissances par an. Depuis 1995, le gain génétique annuel pour le CSO est élevé (

A La Réunion, l'activité volcanique détruit et fragmente la forêt tropicale humide. La colonisation des coulées de lave crée une série de succession primaire Nous étudions l'évolution du système de reproduction et de la diversité génétique en relation avec les processus écologiques associés à la colonisation et à la succession primaire. Antirhea borbonica est un arbre pionnier qui persiste dans la succession. Cette espèce montre une variation du genre sexuel en fonction du stade successionnel et la capacité de fructification du morphe pollinifère est liée au niveau de ressources. Nos résultats théoriques révèlent que la plasticité du genre sexuel pourrait être adaptative. Mais, bien que le morphe pollinifère fructifie, A. borbonica semble fonctionner comme une espèce dioïque stricte. Ainsi, les fortes valeurs de F;s des populations ne s'expliquent pas par le système de reproduction. Mais une structure agrégée des populations pourrait engendrer de la consanguinité et un effet Walhund.

Mis en place dans les années 1980 et au début des années 1990, les modèles d'évaluation génétique des reproducteurs bovins allaitants en ferme (IBOVAL) et en stations de contrôle individuel (CI) et sur descendance (CD) reposent sur des hypothèses simples dont le non respect est à l'origine de biais dans la prédiction des valeurs génétiques. Ces biais peuvent induire un choix non optimal des reproducteurs et réduire ainsi l'efficacité de la sélection à court terme, mais aussi à plus long terme en privilégiant les reproducteurs issus de lignées familiales bien connues. Le travail présenté dans cette thèse contribue à l'amélioration des programmes de sélection allaitants en proposant de nouveaux modèles statistiques pour quantifier et éliminer certaines sources de biais des évaluations génétiques des reproducteurs bovins allaitants. Tout d'abord, un bilan détaillé de la diversité génétique des trois principales populations bovines allaitantes françaises a été réalisé à l'aide d'analyses de pedigree des animaux des bases de sélection Blonde d'Aquitaine, Charolaise et Limousine. Cette étude a montré que la diversité génétique est encore importante dans ces populations et largement suffisante pour garantir des marges de progrès génétique dans les générations futures. Elle a également permis de caractériser les populations d'animaux nés dans les élevages sélectionneurs, vendeurs de taureaux de monte naturelle ou approvisionnant en mâles les programmes de sélection des taureaux d'insémination artificielle (IA). Cette caractérisation a jeté les bases pour proposer de nouveaux modèles d'évaluation génétique des reproducteurs de bovins allaitants. Tout d'abord, le modèle IBOVAL actuel ne prend pas en compte correctement les différences de longueurs de pedigree existant dans les populations bovines allaitantes. En effet, il suppose que les parents inconnus proviennent d'une unique population de fondateurs génétiquement homogènes et défavorise ainsi les animaux aux généalogies les plus courtes en fixant leur valeur génétique prédite sur ascendance au niveau génétique de l'ensemble des fondateurs de la race. L'introduction de groupes de parents inconnus (GPI) dans le modèle d'évaluation permet de mieux intégrer les différences de niveau génétique existant dans la population des fondateurs. Une méthode a été élaborée et validée en race Charolaise pour définir des GPI robustes et homogènes d'après les flux de reproducteurs observés au sein de la population évaluée sur les performances au sevrage des veaux. L'inclusion de GPI dans le modèle IBOVAL s'avère utile pour améliorer l'efficacité à court terme de la sélection en race Charolaise, principalement sur la voie femelle. Elle contribue à améliorer sensiblement le choix des vaches pour le renouvellement des troupeaux ayant un taux élevé d'animaux nés de parents inconnus. En revanche, cela impacte peu le choix des reproducteurs mâles destinés à une large diffusion par IA parce que ces mâles sont essentiellement issus d'élevages spécialisés dans la vente de reproducteurs où les généalogies des animaux sont bien connues sur plusieurs générations. Les programmes de sélection des taureaux d'IA s'appuient sur une succession de trois étapes séquentielles d'évaluation et sélection, d'abord en ferme puis en stations de CI et de CD. A chaque étape, une évaluation génétique est réalisée à l'aide d'un modèle unicaractère ignorant les données qui ont servi à la sélection aux étapes précédentes. Un modèle multicaractère, combinant performances enregistrées en stations et performances homologues contrôlées en ferme dans les élevages approvisionnant le schéma IA, a été proposé pour éliminer les biais dus à la sélection des mâles entrant en stations. L'utilisation de ce modèle permet d'augmenter l'efficacité de la sélection par une meilleure précision des index, mais surtout par l'élimination des,biais dans la prédiction des valeurs génétiques en stations de CI et de CD et l'amélioration de la connexion entre séries évaluées au cours du temps. Si les reclassements des reproducteurs évalués en stations sont limités intra-série, ils peuvent être en revanche très sensibles entre séries évaluées en race Blonde d'Aquitaine ou Limousine, modulant l'utilisation des reproducteurs sélectionnés intra-série et donc la diffusion à large échelle de leur semence.

En France, le virus de l'hépatite E (VHE) est responsable de cas d'hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d'autres espèces animales que l'homme. Les objectifs de cette thèse ont été d'évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l'Homme. Une première étude d'épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l'adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n'a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d'hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l'étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d'un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d'études phénotypiques du VHE

Le virus de l'immunodéficience bovine (VIB) est un rétrovirus qui partage des propriétés similaires avec les autres lentivirus, dont le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). L'expression des gènes lentiviraux dépend des protéines régulatrices virales Tat et Rev qui interviennent, dans le cycle de réplication virale, aux niveaux transcriptionnel et post-transcriptionnel, respectivement. Les longues répétitions terminales (LTR) du génome viral fournissent, quant à elles, les signaux d'initiation, d'amplification et de terminaison de la transcription. La protéine Tat, pour exercer son activité transactivatrice, interagit avec une séquence d'ARN appelée TAR ("transactivaton response element") présente sur tous les transcrits viraux. Tat recrute le facteur positif de l'élongation de la transcription b (pTEFb) au niveau du promoteur viral des LTR pour augmenter l'efficacité de transcription de l'ARN polymérase II. La protéine nucléaire Rev est impliquée dans le transport nucléo-cytoplasmique des ARN viraux mono- et non épissés. Récemment, une protéine hybride Tat/Rev constituée de 236 acides aminés (Tat 236) a été découverte à partir de virions isolés de la rate de lapins qui avaient été infectés trois ans auparavant, suggérant une évolution temporelle du virus in vivo. L'objectif de ce travail était de déterminer si des variations génétiques et/ou fonctionnelles pouvaient se retrouver dans d'autres parties du génome du variant du VIB impliquées dans la régulation de l'expression génique virale, notamment au niveau du LTR et du gène accessoire rev du VIB. Ainsi, en utilisant la technique d'amplification en chaîne des gènes (PCR), une séquence LTR mutante (LTRm) fut mise en évidence, démontrant la présence de trois mutations aux positions 191, 250 et 271 lorsque comparée à celle du LTR pré-infection obtenue du génome des virus ayant servi à l'infection des lapins. La séquence du LTR pré-infection était 100% identique à celle du LTR sauvage (LTRs) retrouvée dans la littérature. En utilisant un test de transactivation CAT in vitro avec la protéine Tat103 comme agent transactivateur, le LTRm démontra une activité promotrice d'au moins deux fois supérieure à celle obtenue avec le LTRs. Pour tenter d'associer ces mutations au nouveau caractère phénotypique de LTRm, des mutants de restauration furent développés par PCR-mutagenèse pour revenir au phénotype LTRs. L'ensemble des résultats obtenus suggère que les mutations en positions 250 et 271 seraient impliquées dans l'activité promotrice augmentée de LTRm. Finalement, l'analyse de séquences du gène rev pré- et post- infection a montré deux mutations aux positions 48 (Val → Ile) et 76 (Pro → Leu), la dernière étant localisée dans un domaine riche en arginine. Fait intéressant, la mutation à la position 76 avait aussi été rapportée auparavant dans la portion Rev de Tat236. Les résultats obtenus suggèrent une évolution temporelle du VIB dans le cours d'infections in vivo au niveau du LTR et du gène rev, similaire à celle antérieurement décrite pour le gène tat. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : lentivirus, région du LTR, gène rev, diversité génétique

Les ressources génétiques naturelles du Tilapia du Nil (Oreochromis niloticus) se trouvent en Afrique. Ces ressources sont menacées en raison de modifications des habitats naturels des poissons et des introductions incontrôlées d'espèces ou de souches exotiques. Les populations de tilapia du Nil qui vivent dans des habitats extrêmes sont emblématiques de cette situation. Elles représentent des ressources génétiques originales et potentiellement utiles pour l'aquaculture. Cependant, les populations sont menacées soit par des modifications fortes de l'environnement soit par l'introduction d'espèces exotiques dans leur habitat. La caractérisation de ces populations constitue la première étape de leur protection et par conséquent leur utilisation en aquaculture. Dans notre étude, nous nous sommes concentré sur deux populations différentes de tilapia du Nil. L'une d'entre elles vit dans le lac alcalin ‘Crocodile Lake' (10 590 S / cm, pH 10) qui est un lac de cratère situé dans Central Island, au milieu du lac Turkana. La deuxième population (ou groupe de population) vit dans les sources chaudes (Hot Springs) du marais de loboi (Loboi Swamp) près du lac Bogoria au Kenya. Ces poissons vivent dans une eau caractérisée par des températures élevées, autour de 36 ° c. Toutes les populations ci-dessus (Crocodile Lake et Loboi swamp Hot Springs) ont connu ou connaissent un certain nombre de pressions sélectives de la part de leurs environnements difficiles. Pour le lac Crocodile, les poissons ont certainement dû trouver un moyen d'excréter leurs déchets azotés car à pH 10, l'excrétion n'est pas possible par simple diffusion. Pour les populations de sources chaudes, la plupart des individus devraient être des mâles car les hautes températures sont connues pour induire une masculinisation chez O. niloticus. Cette population doit avoir accumulé des mutations nécessaires pour lui permettre de surmonter les effets masculinisants des températures élevées.Pour étudier ces populations, nous avons utilisé la morphométrie géométrique et des marqueurs génétiques (microsatellites et 16 ADNmt) et nous les avons comparés à d'autres populations proches de la région. En outre, trois gènes liés au sexe (Cyp19a, Wt1b, AMH) ont été analysés en utilisant des marqueurs SNP dans trois populations de tilapia du Nil habitant les sources chaudes du marais de Loboi, et nous les avons comparés à ceux que l'on observe chez huit autres populations de l'Afrique de l'Est, la région soudano-sahélienne et éthiopiennes . Des différences morphologiques significatives ont été observées entre toutes les populations étudiées, y compris entre les trois populations voisines du marais Loboi, et entre les deux populations génétiquement liées du Crocodile Lake et du lac Turkana. Nous concluons de cette analyse que les différences morphologiques observées peuvent avoir comme origine pour une part des différences génétiques et pour une autre part des facteurs environnementaux. De même, toutes les populations étudiées sont génétiquement différenciées, et nous avons montré que les populations du marais Loboi et celle du lac Baringo ont été introgresséess par des gèes de O. leucostictus. Les analyses des gènes liés au sexe ont révélé que le gène AMH est un gène candidat pour la détermination du sexe chez le tilapia du Nil, avec 12 SNPs montrant de fortes associations avec le sexe phénotypique des individus. Néanmoins, il n'existe pas de modèle général de la détermination du sexe, il semble plutôt que les mécanismes de détermination du sexe sont différents suivant les populations de cette espèce et qu'il n'existe pas de mécanisme unique pour l'espèce entière. / Nile tilapia (Oreochromis niloticus) natural genetic resources are found in Africa. These resources are threatened due to modifications of the natural habitats of fishes and uncontrolled introductions of alien species or strains. Nile tilapia populations living in extreme habitats are emblematic of this situation. They represent original and potentially useful genetic resources for Aquaculture. However, the populations are threatened either by strong modifications or introduction of alien species in their habitats. Characterizing these populations constitutes the very first step of their protection and consequently their utilization in aquaculture. In our study we concentrated on two different populations of Nile Tilapia. One living in the alkaline Crocodile Lake (10,590 µS/cm, 10 pH) which is a Crater Lake located in the central Island of Lake Turkana. The second group of population inhabit the hot springs of Loboi Swamp near Lake Bogoria in Kenya. These fish are living in water characterized by high temperatures, around 36°c. All above populations (Crocodile Lake and Loboi Swamp Hot springs) may have experienced some selective pressures to cope with their challenging environments. For Crocodile Lake, fish may have found a way to excrete their nitrogenous wastes because at pH 10, excretion is not possible by simple diffusion. For the hot spring populations, most individuals should have been males as high temperature is known to induce masculinization in O. niloticus. This population may have accumulated adequate mutations to enable them overcome masculinizing effects of high water temperature. To study these populations we used geometric morphometrics and genetic markers (16 microsatellites and mtDNA) and compared them with other related populations from the region. In addition, three sex-linked genes (Cyp19a, Wt1b, amh) were analysed using SNP markers in three populations of Nile tilapia inhabiting hot springs of Loboi Swamp, and compared them to eight other populations from East Africa, Sudano-Sahelian and Ethiopian regions. Significant morphological differences were observed in all populations studied, including three closely related populations of Loboi Swamp, and two genetically related populations from Lake Turkana basin. Both genetic differences and environmental factors were responsible for the observed morphological differences. Similarly, all studied populations were genetically differentiated, and we demonstrated that populations from Loboi Swamp and Lake Baringo have been introgressed by O. leucostictus genes. Analyses of the sex-linked clustered revealed that amh gene is a candidate gene for sex determination in Nile tilapia, with 12 SNPs showing strong associations to phenotypic sex. Nevertheless there is no general pattern of sex determination, rather it seems that sex determination mechanisms are different with respect to populations, but is not characteristic or unique for the entire species.

La culture de Légumineuses présente le double intérêt de permettre une production de graines à haute valeur nutritionnelle sans nécessité d’un apport d’engrais azoté. La nutrition azotée des légumineuses dépend en effet majoritairement de la fixation symbiotique de l’azote atmosphérique réalisée par des bactéries du sol, les rhizobia, au sein des nodosités, et dans une moindre mesure, de l’assimilation de l’azote minéral du sol par les racines.Une meilleure compréhension a été acquise sur le contrôle génétique de la mise en place des racines et des nodosités et sur leur impact sur la nutrition azotée. Une grande variabilité génétique pour ces caractères a été mise en évidence, ainsi que l’existence de corrélations génétiques entre eux. Une approche de génétique quantitative a permis d’identifier des régions génomiques pouvant être impliquées dans leurs variations. Deux pistes d’amélioration de la nutrition azotée ont aussi été étudiées : l’amélioration de l’acquisition d’azote par les racines à partir d’une étude détaillée d’un mutant de développement racinaire, et l’amélioration de la symbiose via l’étude de la capacité des pois à favoriser les associations symbiotiques avec les rhizobia les plus performants.Les résultats obtenus apportent des bases de réflexion concernant la conception d’un idéotype de nutrition azotée. Au-delà de la complémentarité indispensable entre les deux voies d’acquisition d’azote, il convient d’optimiser l’interaction entre les deux partenaires symbiotiques, mécanisme complexe mettant en jeu la formation et le fonctionnement des nodosités, en lien avec une signalétique et des interactions trophiques entre partenaires et intra-plante. / Grain legume pulse crops are of great interest to allow a production of seeds high nutritional value without any contribution of nitrate fertilizer. The nitrogen nutrition of legumes depends indeed mainly on the fixation in nodules of atmospheric dinitrogen through the plant-rhizobium symbiosis, and to a lesser extent, absorption by roots of soil mineral nitrogen.A better understanding has been obtained on the genetic control of the development of roots and nodules and on their impact on nitrogen nutrition. High genetic variability of these characters has been detected, and the existence of genetic correlations between them demonstrated. A quantitative genetic approach has identified several genomic regions that may be involved in their variations. The two different ways to improve nitrogen nutrition were also studied: the improvement of nitrogen acquisition by roots through a detailed study of a root architecture mutant, and the improvement of symbiosis via the study of the ability of peas to promote symbiotic associations with the most effective rhizobia.The results provide interesting bases for the design of a pea nitrogen-nutrition ‘ideotype’. Beyond the essential complementarity between the two pathways of nitrogen acquisition, it is necessary to optimize the interaction between the two symbiotic partners, which is a complex mechanism involving nodules formation and functioning in connection with complex signaling and trophic interactions between the partners and intra-plant.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2010-2011 / Actuellement, un des objectifs permettant de découvrir le rôle de la sélection naturelle dans la production de la diversité phénotypique est de décomposer la variation des traits en leurs composantes environnementales et héréditaires. Toutefois, une importante question demeure, à savoir si les traits phénotypiques ont des niveaux significatifs de variance génétique, car cela déterminerait si un trait répond à la sélection. Par ailleurs, les relations génétiques entre les caractères affectent aussi leur capacité à répondre indépendamment à la sélection. Cela soulève une autre question, à savoir si les traits phénotypiques partagent leur variance génétique ou covarient génétiquement. Les phénotypes alternatifs de reproduction sont caractérisés par la présence de catégories extrêmes de variation phénotypique. L'incidence de ces catégories et les caractères s'y trouvant varient considérablement. Cependant, l'ampleur de la variation génétique de ces traits est peu connue. Ainsi, cette thèse vise à explorer la variance génétique associée aux voies alternatives de développement (migratrices versus résidentes) chez Salmo salar à l'aide d'une expérience en élevage commun. Tout au long de l'ontogenèse, la variation génétique est abondante à l'intérieur des phénotypes alternatifs, et en d'autres traits qui influencent directement leur activation. De plus, les voies alternatives de développement provoquent un découplage significatif de la variance génétique de la masse corporelle. Globalement, la présence de variance génétique chez les caractères mesurés suggère que de la diversité phénotypique de cette espèce peut être générée par sa réponse à la sélection naturelle. Une telle réponse peut survenir au cours du stade larvaire, juvénile, de maturité sexuelle ou migratoire. La différence entre les profils de covariation génétique des phénotypes alternatifs montre également leurs différentes capacités évolutives. De futures avenues de recherche devraient étudier la forme et l'intensité de la sélection sur ces traits.

Dans ce travail de thèse de doctorat, deux objectifs ont été poursuivis à savoir : i) évaluer la structure génétique des populations du tilapia du Nil (Oreochromis niloticus, Linnaeus, 1758) pour orienter les mesures de gestion à l’échelle de la sous-région du bassin du Congo; ii) et évaluer l’héritabilité des traits de croissance afin d’envisager une amélioration génétique de ladite espèce. Dans la perspective de déterminer la structuration génétique du tilapia du Nil dans le bassin du Congo à l'aide de récents outils génomiques de type GBS, 13,792 SNPs neutres étaient identifiés à partir de 438 tilapias du Nil collectés au Cameroun, en République Centrafricaine et en République Démocratique de Congo. La présence de groupements génétiques distincts a été élucidée par la méthode de regroupement bayésien implémentée dans le programme Admixture exécuté en utilisant 2000 bootstraps avec un nombre de groupes (K) variant de 1 à 14. L’estimation du flux génique potentiel, entre les sites, a été réalisée à l’aide du logiciel Treemix et l’évaluation de degré d’apparentement par paire entre deux individus d’un même site ou écosystème (utilisant les indices de relation de parenté ou relatedness, AJK), par vcftools. L’estimation de l’héritabilité des traits de croissance du tilapia du Nil a été réalisée en utilisant les données de 660 poissons cultivés dans les hapas placés en étang entre 185 et 209 jours d’expérience. Les mesures de masse corporelle et de longueur standard ont été prises in situ tandis que le facteur de condition a été déduit en utilisant la formule de Fulton. La détermination de données liées à la morphologie a été obtenue par analyse Procruste généralisée. Une analyse utilisant le modèle animal mixte a été appliquée à ces traits morphométriques pour estimer les différentes composantes de variance génétique et environnementale à partir desquelles l'héritabilité de chaque caractère, les effets des facteurs environnementaux et les corrélations génétiques entre les traits ont été déduits. Les résultats de l’analyse de structure sur les 13,792 marqueurs neutres ont révélé l’existence d'une structuration génétique mise en évidence avec l’identification de 5 populations génétiquement différentes (moyenne Fst = 0.079; CI: 0.073 à 0.086, P-valeur = 0.001). Il ressort de cette étude qu’il y a eu flux de gènes entre certains sites et qu’il y a moins d’individus apparentés dans les rivières et lacs par rapport aux piscicultures. / On a démontré que l’héritabilité au sens strict (h²) de la masse corporelle était élevée (0.67±0.30), modérée pour la morphologie (0.30 ± 0.12), faible pour la longueur standard (0.10 ± 0.10) et le facteur de condition (0.03 ± 0.04). L’héritabilité au sens large (H²) a varié de 0.22 ± 0.13 à 0.93 ± 0.10 pour tous les traits. La corrélation génétique entre la masse corporelle et la morphologie (0.91) était élevée mais moyenne entre la longueur standard et la morphologie (0.21) ainsi qu’entre la masse corporelle et la longueur standard (0.20). La corrélation phénotypique entre la masse corporelle et la longueur standard (0.95) était élevée tandis qu’elle était moyenne entre la longueur standard et la morphologie (0.21) ainsi qu’entre la masse corporelle et la morphologie (0.27). Au vu de ces résultats, on peut conclure qu’il y a existence d'une structuration génétique pouvant permettre une gestion et utilisation durables de l’espèce tilapia du Nil dans le cadre des activités piscicoles et d’ensemencement. L’existence d’une bonne diversité́ génétique associée à l’héritabilité des caractères de croissance augure de bonnes perspectives pour des programmes d’amélioration génétique de l’espèce dans la sous-région du bassin du Congo. / Strict heritability (h²) of body mass was shown to be high (0.67 ± 0.30), moderate for morphology (0.30 ± 0.12), low for standard length (0.10 ± 0.10), and condition factor (0.03 ± 0.04). Heritability in the broad sense (H²) ranged from 0.22 ± 0.13 to 0.93 ± 0.10 for all traits. The genetic correlation between body mass and morphology (0.91) was high but average between standard length and morphology (0.21) and between body weight and standard length (0.20). The phenotypic correlation between body mass and standard length (0.95) was high while it was average between standard length and morphology (0.21) as well as between body mass and morphology (0.27). In view of these results, it can be concluded that there is a genetic structure that can allow sustainable management and use of the Nile tilapia species in the context of fish farming and fish seed production. The existence of a good genetic diversity associated with the heritability of growth traits is promising for the development of genetic improvement programs of the of Nile tilapia species in the Congo Basin sub region / In this PhD thesis work, two objectives were pursued: i) to assess the genetic structure of Nile tilapia populations (Oreochromis niloticus, Linnaeus, 1758) in order to guide management strategies at the sub-regional scale; region; ii) and assess the heritability of the growth traits in order to consider a genetic improvement of the species. In order to determine the genetic structuring of Nile tilapia in the Congo Basin using recent GBS-type genomic tools, 13,792 neutral SNPs were identified from 438 Nile tilapias collected in Cameroon, Central African Republic and Democratic Republic of Congo. The presence of distinct genetic groupings was elucidated by the Bayesian clustering method implemented in the Admixture program run using 2000 bootstraps with a number of groups (K) ranging from 1 to 14. The estimation of potential gene flow between sites, was performed using Treemix software and peer paired degree evaluation between two individuals from the same site or ecosystem (using kinship or relatedness indices, AJK), by vcftools. The assesment of the heritability of Nile tilapia growth traits was performed using data from 660 fish grown in hapas placed in a pond between 185 and 209 days of experience. The body mass and standard-length measurements were taken in situ while the condition factor was deduced using the Fulton formula. Determining morphology-related data was obtained by generalized Procrustes analysis. An analysis using the mixed animal model was applied to these morphometric traits to estimate the different components of genetic and environmental variances from which the heritability of each trait, the effects of environmental factors and the genetic correlations between traits were derived. The results of the structural analysis on the 13,792 neutral markers revealed the existence of a genetic structure highlighted with the identification of 5 genetically different populations (average Fst = 0.079, CI: 0.073 to 0.086, P-value = 0.001). This study shows that there has been gene flow between some sites and that there are fewer inbred individuals in the rivers and lakes while fish farmers have been more consanguineous.

Dans un contexte de surexploitation, l’ensemencement est un outil de gestion largement utilisé afin de soutenir et d’améliorer autant les pêcheries sportives que commerciales. Les impacts de cette pratique sur les mélanges génétiques individuels et populationnels ont été documentés par de nombreuses études. Néanmoins, peu d’études se sont penchées sur les déterminismes des mélanges génétiques découlant de cette pratique. Cette étude visait à investiguer cet aspect par le génotypage à 19 marqueurs microsatellites de 3341 touladis (Salvelinus namaycush) provenant de 72 lacs. Les résultats ont montré une altération profonde de l’intégrité génétique des populations ensemencées. L’intensité des ensemencements était fortement corrélée aux taux de mélange génétique observés dans les populations ensemencées et une valeur seuil d’homogénéisation totale entre les populations sources et les populations ensemencées a été identifiée. Finalement, nos résultats suggèrent que dans certains cas, les impacts génétiques des ensemencements pourraient être de courte durée. / Stocking represents the most important management tool to increase and sustain commercial and recreational fisheries in a context of overexploitation. Genetic impacts of this practice have been investigated in many studies that examined population and individual admixture, but few investigated determinants of these processes. Here we addressed this question from the genotyping at 19 microsatellite loci of 3341 adult lake trout (Salvelinus namaycush) from 72 lakes. Results showed a profound alteration of the genetic integrity in stocked populations. Moreover, levels of admixture in stocked populations were strongly correlated with stocking intensity and a threshold value of total homogenization between source and stocked populations was identified. Our results finally suggest that under certain scenarios, the genetic impacts of stocking could be of short duration.