The increase in demand for food has resulted in increased demand for tools that help streamline plant breeding process in order to create new varieties of crops. Identifying the underlying genetic mechanism of favourable characteristics is essential in order to make the best breeding decisions. In this project we have developed a modified autoencoder model which allows for lateral phenotype injection into the latent layer, in order to identify causal SNPs for phenotypes of interest in wheat. SNP and phenotype data for 500 samples of Lantmännen SW Seed provided by Lantmännen was used to train the network. Artificial phenotype created using a single SNP was used during training instead of real phenotype, since the relationship between the phenotype and SNP is already known. The modified training model with lateral phenotype injection showed significant increase in genotype concordance of the artificial phenotype when compared to the control model without phenotype injection. Causal SNP was successfully identified by using concordance terrain graph, where the difference in concordance of individual SNPs  between the modified modified model and control model was plotted against the genomic position of each SNP. The model requires further testing to elucidate its behaviour for phenotypes linked to multiple SNPs.

[pt] Desagregação de cargas é a tarefa de estimar o consumo individual de aparelhos elétricos a partir de medições de consumo de energia coletadas em um único ponto, em geral no quadro de distribuição do circuito. Este trabalho explora o uso de técnicas de aprendizado de máquina para esta tarefa, em uma base de dados coletada em uma fábrica de ração de aves no Brasil. É proposto um modelo combinando arquiteturas de autoencoders variacionais com as de fluxos normalizantes inversíveis. Os resultados obtidos são, de maneira geral, superiores aos melhores resultados reportados para esta base de dados até então, os superando em até 86 por cento no Erro do Sinal Agregado e em até 81 por cento no Erro de Desagregação Normalizado dependendo do equipamento desagregado. / [en] Load Disaggregation is the task of estimating appliance-level consumption from a single aggregate consumption metering point. This work explores machine learning techniques applied to an industrial load disaggregation dataset from a poultry feed factory in Brazil. It proposes a model that combines variational autoencoders with invertible normalizing flows models. The results obtained are, in general, better than the current best reported results for this dataset, outperforming them by up to 86 percent in the Signal Aggregate Error and by up to 81 percent in the Normalized Disaggregation Error.

Data augmentation is a technique that can be performed in various ways to improve the training of discriminative models. The recent developments in deep generative models offer new ways of augmenting existing data sets. In this thesis, a framework for augmenting annotated data sets with deep generative models is proposed together with a method for quantitatively evaluating the quality of the generated data sets. Using this framework, two data sets for pupil localization was generated with different generative models, including both well-established models and a novel model proposed for this purpose. The unique model was shown both qualitatively and quantitatively to generate the best data sets. A set of smaller experiments on standard data sets also revealed cases where this generative model could improve the performance of an existing discriminative model. The results indicate that generative models can be used to augment or replace existing data sets when training discriminative models. / Dataaugmentering är en teknik som kan utföras på flera sätt för att förbättra träningen av diskriminativa modeller. De senaste framgångarna inom djupa generativa modeller har öppnat upp nya sätt att augmentera existerande dataset. I detta arbete har ett ramverk för augmentering av annoterade dataset med hjälp av djupa generativa modeller föreslagits. Utöver detta så har en metod för kvantitativ evaulering av kvaliteten hos genererade data set tagits fram. Med hjälp av detta ramverk har två dataset för pupillokalisering genererats med olika generativa modeller. Både väletablerade modeller och en ny modell utvecklad för detta syfte har testats. Den unika modellen visades både kvalitativt och kvantitativt att den genererade de bästa dataseten. Ett antal mindre experiment på standardiserade dataset visade exempel på fall där denna generativa modell kunde förbättra prestandan hos en existerande diskriminativ modell. Resultaten indikerar att generativa modeller kan användas för att augmentera eller ersätta existerande dataset vid träning av diskriminativa modeller.

Les réseaux de neurones sont un type de modèle d'apprentissage automatique (ML) qui résolvent des tâches complexes d'intelligence artificielle (AI) sans nécessiter de représentations de données élaborées manuellement. Bien qu'ils aient obtenu des résultats impressionnants dans des tâches nécessitant un traitement de la parole, d’image, et du langage, les réseaux de neurones ont encore de la difficulté à résoudre des tâches de compréhension de scènes dynamiques. De plus, l’entraînement de réseaux de neurones nécessite généralement de nombreuses données annotées manuellement, ce qui peut être un processus long et coûteux. Cette thèse est composée de quatre articles proposant des modèles génératifs pour des scènes dynamiques. La modélisation générative est un domaine du ML qui étudie comment apprendre les mécanismes par lesquels les données sont produites. La principale motivation derrière les modèles génératifs est de pouvoir, sans utiliser d’étiquettes, apprendre des représentations de données utiles; c’est un sous-produit de l'approximation du processus de génération de données. De plus, les modèles génératifs sont utiles pour un large éventail d'applications telles que la super-résolution d'images, la synthèse vocale ou le résumé de texte. Le premier article se concentre sur l'amélioration de la performance des précédents auto-encodeurs variationnels (VAE) pour la prédiction vidéo. Il s’agit d’une tâche qui consiste à générer les images futures d'une scène dynamique, compte tenu de certaines observations antérieures. Les VAE sont une famille de modèles à variables latentes qui peuvent être utilisés pour échantillonner des points de données. Comparés à d'autres modèles génératifs, les VAE sont faciles à entraîner et ont tendance à couvrir tous les modes des données, mais produisent souvent des résultats de moindre qualité. En prédiction vidéo, les VAE ont été les premiers modèles capables de produire des images futures plausibles à partir d’un contexte donné, un progrès marquant par rapport aux modèles précédents car, pour la plupart des scènes dynamiques, le futur n'est pas une fonction déterministe du passé. Cependant, les premiers VAE pour la prédiction vidéo produisaient des résultats avec des artefacts visuels visibles et ne fonctionnaient pas sur des ensembles de données réalistes complexes. Dans cet article, nous identifions certains des facteurs limitants de ces modèles, et nous proposons pour chacun d’eux une solution pour en atténuer l'impact. Grâce à ces modifications, nous montrons que les VAE pour la prédiction vidéo peuvent obtenir des résultats de qualité nettement supérieurs par rapport aux références précédentes, et qu'ils peuvent être utilisés pour modéliser des scènes de conduite autonome. Dans le deuxième article, nous proposons un nouveau modèle en cascade pour la génération vidéo basé sur les réseaux antagonistes génératifs (GAN). Après le succès des VAE pour prédiction vidéo, il a été démontré que les GAN produisaient des échantillons vidéo de meilleure qualité pour la génération vidéo conditionnelle à des classes. Cependant, les GAN nécessitent de très grandes tailles de lots ainsi que des modèles de grande capacité, ce qui rend l’entraînement des GAN pour la génération vidéo coûteux computationnellement, à la fois en termes de mémoire et en temps de calcul. Nous proposons de scinder le processus génératif en une cascade de sous-modèles, chacun d'eux résolvant un problème plus simple. Cette division nous permet de réduire considérablement le coût computationnel tout en conservant la qualité de l'échantillon, et nous démontrons que ce modèle peut s'adapter à de très grands ensembles de données ainsi qu’à des vidéos de haute résolution. Dans le troisième article, nous concevons un modèle basé sur le principe qu'une scène est composée de différents objets, mais que les transitions de trame (également appelées règles dynamiques) sont partagées entre les objets. Pour mettre en œuvre cette hypothèse de modélisation, nous concevons un modèle qui extrait d'abord les différentes entités d'une image. Ensuite, le modèle apprend à mettre à jour la représentation de l'objet d'une image à l'autre en choisissant parmi différentes transitions possibles qui sont toutes partagées entre les différents objets. Nous montrons que, lors de l'apprentissage d'un tel modèle, les règles de transition sont fondées sémantiquement, et peuvent être appliquées à des objets non vus lors de l'apprentissage. De plus, nous pouvons utiliser ce modèle pour prédire les observations multimodales futures d'une scène dynamique en choisissant différentes transitions. Dans le dernier article nous proposons un modèle génératif basé sur des techniques de rendu 3D qui permet de générer des scènes avec plusieurs objets. Nous concevons un mécanisme d'inférence pour apprendre les représentations qui peuvent être rendues avec notre modèle et nous optimisons simultanément ce mécanisme d'inférence et le moteur de rendu. Nous montrons que ce modèle possède une représentation interprétable dans laquelle des changements sémantiques appliqués à la représentation de la scène sont rendus dans la scène générée. De plus, nous montrons que, suite au processus d’entraînement, notre modèle apprend à segmenter les objets dans une scène sans annotations et que la représentation apprise peut être utilisée pour résoudre des tâches de compréhension de scène dynamique en déduisant la représentation de chaque observation. / Neural networks are a type of Machine Learning (ML) models that solve complex Artificial Intelligence (AI) tasks without requiring handcrafted data representations. Although they have achieved impressive results in tasks requiring speech, image and language processing, neural networks still struggle to solve dynamic scene understanding tasks. Furthermore, training neural networks usually demands lots data that is annotated manually, which can be an expensive and time-consuming process. This thesis is comprised of four articles proposing generative models for dynamic scenes. Generative modelling is an area of ML that investigates how to learn the mechanisms by which data is produced. The main motivation for generative models is to learn useful data representations without labels as a by-product of approximating the data generation process. Furthermore, generative models are useful for a wide range of applications such as image super-resolution, voice synthesis or text summarization. The first article focuses on improving the performance of previous Variational AutoEncoders (VAEs) for video prediction, which is the task of generating future frames of a dynamic scene given some previous occurred observations. VAEs are a family of latent variable models that can be used to sample data points. Compared to other generative models, VAEs are easy to train and tend to cover all data modes, but often produce lower quality results. In video prediction VAEs were the first models that were able to produce multiple plausible future outcomes given a context, marking an advancement over previous models as for most dynamic scenes the future is not a deterministic function of the past. However, the first VAEs for video prediction produced results with visible visual artifacts and could not operate on complex realistic datasets. In this article we identify some of the limiting factors for these models, and for each of them we propose a solution to ease its impact. With our proposed modifications, we show that VAEs for video prediction can obtain significant higher quality results over previous baselines and that they can be used to model autonomous driving scenes. In the second article we propose a new cascaded model for video generation based on Generative Adversarial Networks (GANs). After the success of VAEs in video prediction, GANs were shown to produce higher quality video samples for class-conditional video generation. However, GANs require very large batch sizes and high capacity models, which makes training GANs for video generation computationally expensive, both in terms of memory and training time. We propose to split the generative process into a cascade of submodels, each of them solving a smaller generative problem. This split allows us to significantly reduce the computational requirements while retaining sample quality, and we show that this model can scale to very large datasets and video resolutions. In the third article we design a model based on the premise that a scene is comprised of different objects but that frame transitions (also known as dynamic rules) are shared among objects. To implement this modeling assumption we design a model that first extracts the different entities in a frame, and then learns to update the object representation from one frame to another by choosing among different possible transitions, all shared among objects. We show that, when learning such a model, the transition rules are semantically grounded and can be applied to objects not seen during training. Further, we can use this model for predicting multimodal future observations of a dynamic scene by choosing different transitions. In the last article we propose a generative model based on 3D rendering techniques that can generate scenes with multiple objects. We design an inference mechanism to learn representations that can be rendered with our model and we simultaneously optimize this inference mechanism and the renderer. We show that this model has an interpretable representation in which semantic changes to the scene representation are shown in the output. Furthermore, we show that, as a by product of the training process, our model learns to segment the objects in a scene without annotations and that the learned representation can be used to solve dynamic scene understanding tasks by inferring the representation of each observation.