I prioni, privi di acidi nucleici, esistono come ceppi e possono mutare, in particolare quando attraversano una barriera di specie. Numerosi studi convergono sulla conclusione che le caratteristiche ceppo-specifiche siano inscritte nella conformazione della PrPSc, con la variabilità di ceppo associata a varianti conformazionali della PrPSc. In questo studio ci siamo avvalsi del PMCA, tecnica che riproduce in vitro molti aspetti della biologia dei prioni, per mettere a punto condizioni sperimentali di replicazione che permettessero di osservare fenomeni di mutazione e selezione, onde investigare i meccanismi molecolari e di popolazione alla base della mutabilità dei prioni. In condizioni di replicazione eterologa, che mima la trasmissione tra diverse specie, è stato inizialmente possibile identificare un mutante difettivo della scrapie, caratterizzato da una diversa conformazione della PrPSc e capace di replicare in vitro ma non più in vivo. Le condizioni in cui tale mutante è emerso hanno permesso di sviluppare ulteriori ipotesi di lavoro, basate sul concetto della quasi-specie. Impartendo diversi regimi di replicazione e seguendo l’evoluzione di due ceppi, è stato possibile evidenziare fenomeni di mutazione anche in condizioni di replicazione omologa, in assenza di forti pressioni selettive. In entrambi i ceppi sono emerse varianti conformazionali di PrPSc durante passaggi replicativi ad ampia popolazione, mentre le popolazioni sottoposte a ripetuti colli di bottiglia hanno mostrato un rapido declino del tasso di replicazione. Sono stati infine investigati l’efficacia e il potenziale mutageno di molecole anti-prioniche, ottenendo importanti risultati preliminari sull’efficacia di molecole che legano la PrPC. Questi risultati evidenziano come la mutabilità sia una caratteristica intrinseca dei prioni e supportano l’idea che i prioni siano molto variabili, similmente alle quasi-specie virali, e perciò adattabili e proni a fenomeni di mutazione e selezione. Tali conclusioni hanno impatto su problematiche sanitarie quali lo studio del potenziale zoonotico e i fenomeni di farmaco-resistenza dei prioni. / Despite the absence of a nucleic acid encoding the genetic information, prions exist as strains, that are characterized by distinctive biochemical and biological features and are able to mutate, mostly during inter-species transmissions. It is now widely accepted that different strains are associated with different PrPSc conformations and that the strain variation is due to modification of PrPSc conformation. Taking advantage of PMCA, an in vitro technique that reproduces several aspects of prion biology, we developed an in vitro set-up to mimic prion strain mutation and selection and to investigate the molecular mechanisms underlying prion mutability. During heterologous PMCA replications, i.e. that mimic inter-species transmission, a defective scrapie mutant, characterized by a different PrPSc conformation and able to replicate in vitro but not in vivo, was identified. The fact that the defective mutant arose only from an highly diluted inoculum, resembling the emergence of defective genotypes in viral quasi-species population after subsequent plaque-to-plaque transfers or bottleneck events, led us to evaluate prion ability to mutate during homologous PMCA replications and without selective pressure, only submitting prion strains to different passage regimens. In both strains, PrPSc conformational variants were identified only after large population passages, while repeated bottleneck events caused a rapid decline in amplification rates. Lastly, we evaluate the ability of some anti-prion compounds to inhibit PrPSc in vitro amplification and their potential role in inducing drug-resistant prions, pointing out the worth use of PrPC as a therapy target. The data support the view that mutability is an intrinsic property of prions and that prions constitute quasi-species populations subjected to mutation and selective amplification, thus able to change their “phenotype” in response to changes in the environment. These findings have obvious significant implications in public health, raising concern about the real zoonotic potential of prion strains and TSE therapeutic approaches.

The increase in aquaculture operations worldwide has provided new opportunities for the transmission of aquatic viruses. The occurrence of viral diseases remains a significant limiting factor in aquaculture production and for the sustainability. The ability to identify quickly the presence/absence of a pathogenic organism in fish would have significant advantages for the aquaculture systems. Several molecular methods have found successful application in fish pathology both for confirmatory diagnosis of overt diseases and for detection of asymptomatic infections. However, a lot of different variants occur among fish host species and virus strains and consequently specific methods need to be developed and optimized for each pathogen and often also for each host species. The first chapter of this PhD thesis presents a complete description of the major viruses that infect fish and provides a relevant information regarding the most common methods and emerging technologies for the molecular diagnosis of viral diseases of fish. The development and application of a real time PCR assay for the detection and quantification of lymphocystivirus was described in the second chapter. It showed to be highly sensitive, specific, reproducible and versatile for the detection and quantitation of lymphocystivirus. The use of this technique can find multiple application such as asymptomatic carrier detection or pathogenesis studies of different LCDV strains. The third chapter, a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) assay was developed for the simultaneous detection of viral haemorrhagic septicaemia (VHS), infectious haematopoietic necrosis (IHN), infectious pancreatic necrosis (IPN) and sleeping disease (SD) in a single assay. This method was able to efficiently detect the viral RNA in tissue samples, showing the presence of single infections and co-infections in rainbow trout samples. The mRT-PCR method was revealed to be an accurate and fast method to support traditional diagnostic techniques in the diagnosis of major viral diseases of rainbow trout.

Poiché le infestazioni parassitarie dei rettili in cattività possono incidere sulla loro salute, è stato condotto uno studio sui parassiti intestinali e gli ectoparassiti su 213 rettili del Bioparco di Roma. In cattività, dove gli animali sono confinati in piccoli spazi, la concentrazione di parassiti può essere più alta. Alcuni di essi sono innocui, ma altri, specialmente in associazione allo stress, possono essere pericolosi, causare malattie e portare anche alla morte se non trattati. Inoltre, i rettili parassitati hanno una vita più breve, sono più suscettibili ad altre malattie, hanno scarsa fertilità, ridotta crescita ed alta mortalità. Tra Gennaio 2012 e Dicembre 2014 sono stati raccolti campioni da 213 rettili che non mostravano alcun segno clinico e che includevano 23 specie di sauri, 20 specie di cheloni, 20 specie di ofidi e 4 specie di alligatori. I campioni sono stati esaminati per la presenza di parassiti intestinali mediante copromicroscopia di tipo qualitativo previa sedimentazione e successiva flottazione, mentre la tecnica di Zihel-Neelsen è stata usata per la ricerca di oocisti di Cryptosporidium . I campioni di feci sottoposti ad esame copromicroscopico qualitativo sono risultati positivi per almeno una tipologia di endoparassiti nel 49% dei casi. Il 35% dei campioni è risultato positivo per ossiuri, il 22% per coccidi, l’1% per strongili ed il 5% per ascaridi. Degli strisci fecali colorati con la tecnica di Zihel-Neelsen, il 25% sono risultati positivi per Cryptosporidium spp. Ossiuri e coccidi sono stati più prevalenti nei sauri rispetto ai cheloni, agli ofidi e agli alligatori e nel 14% è stata osservata la presenza di entrambi. Inoltre, per quanto riguarda gli ectoparassiti, sono state rilevate uova di Myocoptes musculinus nel 24% dei rettili esaminati. Tutti gli strisci risultati positivi per Cryptosporidium spp. sono stati inviati all’Università di Santiago de Compostela per essere sottoposti alla tecnica PCR. / Since parasitic infestations of captive reptiles can impact their health, a study for intestinal parasites and ectoparasites was conducted on 213 reptiles housed at Bioparco of Rome, that 300 reptiles of 60 different species. In captivity, where animals are confined in small spaces, the concentration of parasites may be much higher. Some of them are harmless but others, especially in association with stress, can be dangerous, causing severe diseases and even death if intreated. Additionally, parasitized reptiles have a shorter life span, are more susceptible to other diseases, have poor fertility, high mortality and reduced growth. Between January 2012 and December 2014 faecal samples werw ollected from 213 reptiles not showing any clinical signs, including 23 saurian species, 20 chelonian species, 20 ophidian species and 4 alligatorian species. Samples were examined for the presence of intestinal parasites by direct smear and faecal flotation, while Zihel-Neelsen technique were used to reveal the presence of Cryptosporidium oocysts. Overall, 49% of the reptiles were harbouring intestinal parasites. These included oxyurids (35%), coccidia (22%), strongyles (1%), ascarids (5%), Cryptosporidium (25%). Oxyurids and coccidia were more prevalent in saurian than in ophidian, chelonian and alligatorian, while, of the reptiles screened, 14% carried both types and 1% harbored strongyles. Moreover, Myocoptes musculinus eggs werw detected in 24% of reptiles. Finally, those samples in which Cryptosporidium was detected , were sended to Santiago de Compostela University for PCR procedures.

Il trigono della vescica urinaria (UBT) è un'area limitata attraverso la quale penetrano nella vescica la maggior parte dei vasi e fibre e in cui le fibre nervose e neuroni intramurali sono più concentrati. Mediante l’utilizzo combinato di un tracciante retrogrado(FB) e dell’immunoistochimica sono stati valutati il fenotipo e l’area del soma dei neuroni dei gangli spinali (DRG), dei neuroni post-gangliari, il fenotipo dei gangli della catena simpatica (STG) e i gangli mesenterici caudali (CMG) innervanti l’UBT. - Caratterizzazione dei neuroni dei DRG con: peptide correlato al gene della calcitonina (CGRP)(30±3%, 29±3%, rispettivamente), sostanza P(SP)(26±8%, 27±12%), ossido nitrico sintasi neuronale (nNOS)(21±4%; 26±7%), neurofilamento 200kDa (NF200)(75±14%, 81±7% ) , transient receptor potential vanilloid1 (TRPV1)(48±13%, 43±6%) e isolectina-B4-positivi (IB4) (56±6%;43±10%). I neuroni sensoriali, distribuiti da L2 a Ca1 (DRG), hanno presentato una localizzazione segmentale, mostrando maggior densità nei DRG L4-L5 e S2-S4. I neuroni sensoriali lombari sono risultati significativamente più grandi di quelle sacrali (1.112±624μm2 vs716±421μm2). Complessivamente, questi dati indicano che le vie lombari e sacrali probabilmente svolgono ruoli diversi nella trasmissione sensitiva del trigono della vescica urinaria. -I neuroni FB+ della STG e dei CMG sono risultati immunoreattivi per la tirosina idrossilasi (TH)(66±10,1%, 53±8,2%, rispettivamente), la dopamina beta-idrossilasi (DβH)(62±6,2%, 52±6,2%), neuropeptideY (NPY)(59±8%; 66±7%), CGRP(24±3%, 22±3%), SP(22±2%; 38±8%), polipeptide intestinale vasoattivo (VIP)(19±2%; 35±4%), nNOS(15±2%; 33±8%), trasportatore vescicolare dell'acetilcolina (VAChT)(15±2%; 35±5%), leu-encefalina (LENK)(14±7%; 26±9%), e somatostatina (SOM)(12±3%;32±7%).Il numero medio di neuroni FB+ (1845,1±259,3) era nella STG in L1-S3, con i pirenofori più piccoli (465,6±82.7μm2). Un gran numero (4287,5±1450,6) di neuroni FB+ di piccole dimensioni (476,1±103,9μm2) sono stati localizzati lungo il margine dei CMG. Il maggior numero (4793,3±1990,8) di neuroni FB + è stato osservato nel plesso pelvico, dove i neuroni marcati erano raggruppati in micro-gangli e con pirenoforo ancora più piccolo (374,9±85,4 μm2). / The urinary bladder trigone (UBT) is a limited area through which the majority of vessels and nerve fibers penetrate into the urinary bladder and where nerve fibers and intramural neurons are more concentrated. The phenotype and soma cross-sectional area of dorsal root ganglion (DRG) neurons, the extramural post-ganglionic autonomic neurons, the phenotype of sympathetic trunk ganglia (STG) neurons and caudal mesenteric ganglia (CMG) neurons innervating the porcine UBT were evaluated by coupling retrograde tracer technique and immunohistochemistry. -Porcine lumbosacral DRG neurons were characterized neurochemically: calcitonin gene-related peptide (CGRP)(30±3%; 29±3%, respectively), substance P (SP)(26±8%; 27±12%), neuronal nitric oxide synthase (nNOS)(21±4% and; 26±7%), neurofilament200kDa (NF200)(75±14%; 81±7%), and transient receptor potential vanilloid1 (TRPV1)(48±13%; 43±6%), and labeled for isolectin-B4 (IB4)(56±6%; 43±10%). UBT sensory neurons, which were distributed from L2 to Ca1 DRG, had a segmental localization, showing their highest density in L4–L5 and S2–S4 DRG. The lumbar UBT sensory neurons were significantly larger than sacral ones (1,112±624µm2 vs. 716±421µm2). Taken together, these data indicate that the lumbar and sacral pathways probably play different roles in sensory transmission from the UBT. -STG and CMG FB+ neurons were IR for tyrosine hydroxylase (TH)(66±10.1%; 52.7±8.2%, respectively), dopamine beta-hydroxylase (DβH)(62±6.2%; 52±6.2%), neuropeptide Y (NPY)(59±8%; 66±7%), CGRP (24±3%; 22±3%), SP (22±2%; 38±8%), vasoactive intestinal polypeptide (VIP)(19±2%; 35±4%), nNOS (15±2%; 33±8%), vesicular acetylcholine transporter (VAChT)(15±2%; 35±5%), leuenkephalin (LENK)(14±7%; 26±9%), and somatostatin (SOM)(12±3%; 32±7%). A mean number of 1845.1±259.3 FB+ neurons were localized in the L1-S3 STG, which appeared as small pericarya (465.6±82.7µm2). A large number (4287.5±1450.6) of small (476.1±103.9µm2) FB+ neurons were localized mainly along a border of both CMG. The largest number (4793.3±1990.8) of FB+ neurons was observed in the pelvic plexus (PP), where labeled neurons were often clustered within different microganglia and had smaller soma cross-sectional area (374.9±85.4 µm2).

L’ampliamento dello spettro d’ospite è strettamente connesso al processo evolutivo a cui i virus sono assoggettati e rappresenta una notevole sfida alla loro capacità di adattarsi. L’attitudine a superare le barriere di specie è conseguente alla costante e relativamente rapida evoluzione che caratterizza i virus; allo stesso tempo, la forza selettiva esercitata dal nuovo ospite rappresenterà un ulteriore stimolo per le capacità adattative del virus. Ad oggi, i meccanismi genetici ed evolutivi responsabili del salto di specie virale, cioè la trasmissione di un virus da un ospite tradizionale ad uno precedentemente resistente all’infezione, sono parzialmente sconosciuti. Nel seguente lavoro verranno presentati gli studi effettuati sulle dinamiche evolutive caratterizzanti virus a RNA e a DNA in cui si sono osservate variazioni dello spettro d’ospite. Gli studi hanno riguardato i coronavirus, con particolare riferimento al ruolo svolto dai pipistrelli nell’evoluzione dei coronavirus SARS-correlati, e l’importanza del gatto nell’evoluzione dei parvovirus dei carnivori. Nella prima sezione saranno mostrate le correlazioni genetiche dei coronavirus identificati in Italia nei pipistrelli appartenenti alla specie Rhinolophus ferrumequinum con i ceppi europei e del resto del mondo, allo scopo di chiarire l’origine evolutiva dei coronavirus dei pipistrelli correlati al virus della SARS (Bat-SARS-like CoV) europei, gli eventi migratori che hanno caratterizzato la loro diffusione nel continente e le potenziali ripercussioni sulla salute pubblica. Nella seconda sezione saranno evidenziate le caratteristiche molecolari dei ceppi di parvovirus circolanti nella popolazione felina, valutandone la diversità di sequenza e la complessità genetica, allo scopo di ottenere importanti informazioni in merito all’evoluzione del virus e alle interazioni tra il parvovirus e l’ospite. / The cross-species transmission is closely related to viral evolution and represents a challenge for viral adaptability. The capacity to overcome the species barriers is due to the constant and relatively rapid evolution that characterizes the viruses. At the same time, the selective force exerted by the new host will provide a further stimulus for the adaptive capacity of the virus. To date, the genetic and evolutionary mechanisms responsible for the species jump, namely the transmission of a virus from the traditional host to a new host previously resistant to infection, are partially unknowns. Aim of this work is to present studies conducted on the evolutionary dynamics characterizing RNA and DNA viruses subjected to cross-species transmission. Research has been done on coronavirus, focusing on the role played by bats in the evolution of SARS-related coronavirus, and on parvovirus, specifically on the role of the cat in carnivores parvoviruses evolution. The first section will show the genetic correlations between coronaviruses identified in Italy in Rhinolophus ferrumequinum bats, with strains identified in Europe and in the rest of the world, in order to clarify the evolutionary origin of the bat coronaviruses related to SARS virus (Bat-SARS-like CoV) in our continent, the migratory events that have characterized their spread, and their potential impact on public health. In the second section the molecular characteristics of the strains of parvovirus circulating in cats population will be highlighted, evaluating their sequence diversity and genetic complexity, in order to obtain important information on viral evolution and interactions between parvovirus and host.

Scopo del lavoro della presente tesi è stato quello di valutare la prevalenza di Chlamydiaceae, ed in particolare Chlamydia psittaci, in una popolazione aviare con caratteristiche sinantropiche quale il colombo di città (Columba livia var. domestica) dell’areale veneziano. Per evidenziare il patogeno sono state utilizzate metodiche sierologiche, d’isolamento e biomolecolari tradizionali. Contestualmente, mediante tecnologie molecolari innovative, quali microarray ed MLVA (Multilocus VNTR Assay) sono stati valutati i genotipi di C. psittaci e le eventuali altre specie di Chlamydia presenti in tale popolazione. Inoltre, si è proceduto ad una classificazione delle lesioni anatomo-patologiche ed ad una loro correlazione con la presenza del patogeno. I risultati dimostrano che la prevalenza di C. psittaci nella popolazione oggetto dello studio è del 10%. Durante tale studio è stata dimostrata la presenza di un ceppo di C. psittaci atipico, in quanto non classificabile con le attuali tecniche a disposizione. La genotipizzazione dei ceppi di C. psittaci conferma la presenza nel colombo di città del genotipo B, E ed E/B, che solitamente risultano essere coinvolti con minore frequenza in episodi di infezione umana. Inoltre sono stati dimostrati alcuni ceppi classificati come Chlamydia spp., in quanto le metodologie applicate e le conoscenze attuali non permettono ulteriori distinzioni, prospettando la possibilità di un nuovo ceppo. Infine, attraverso l’analisi dei dati raccolti durante la prima fase di campionamenti e successivamente confermati durante la seconda fase, siamo riusciti a strutturare un sistema di selezione, basato su caratteristiche funzionali ed anatomopatologiche, che permette di selezionare in sede necroscopica i colombi molto probabilmente infetti, permettendo conseguentemente una migliore organizzazione e gestione dei campioni di interesse contenendo nel contempo i costi ma mantenendo elevati gli standards diagnostici. / The aim of this thesis was to evaluate the prevalence of Chlamydiaceae, in particular of C. psittaci, in sinanthropic birds such as urban pigeons (Columba livia var. domestica) in some areas of Venice. The pathogen was detected with serological, molecular, and traditional culture methods. Innovative molecular tools, such as microarray and MLVA (Multilocus VNTR Assay), were applied in this study in order to evaluate the genotypes of C. psittaci and the other species of Chlamydia present in this avian population to assess the risk of zoonosis posed by pigeons in this urban area. Moreover, we classified and correlated the anatomical and pathological lesions with the pathogen. Our results showed the presence of C. psittaci in urban population of pigeons in Venice, with a prevalence of 10%. We also demonstrated an atypical strain of C. psittaci not yet classified with the available laboratory techniques. Genotyping revealed the presence of genotypes B, E and E/B. This genotypes could be considered less frequently involved in cases of human infection. Additionally, we found other Chlamydia strains suggesting the presence of a new Chlamydia genotype. Finally, the elaboration of the data, collected during the first and second sampling phase, revealed a correlation between C. psittaci and adult females pigeons, presenting hepatomegaly. Based on this results we develop and adopted a diagnostic protocol during necropsy that allows to select pigeons, which have a higher probability to be infected, and a better organization and management of interests samples, containing the economic costs and maintaining high-level of the diagnostic standards.

Le malattie trasmesse da zecche sono un importante problema sia per la salute animale che per quella umana e negli ultimi decenni hanno aumentato notevolmente la loro diffusione, in seguito ai cambiamenti climatici, che hanno permesso la distribuzione delle zecche in aree prima non interessate. Per tale motivo si è deciso di effettuare un’indagine sulla diffusione delle zecche e sui patogeni da loro trasmessi, mediante campionamenti sia a livello ambientale, sia su animali e umani infestati in quattro siti di tre parchi dell’Emilia Romagna, dove non risultavano precedenti segnalazioni, nelle province di Bologna e Ravenna, da Aprile a Ottobre 2010. In totale sono state raccolte 8212 zecche. Dall’ambiente sono state campionate 6734 larve, 1344 ninfe, 61 adulti; dagli animali e da persone sono stati raccolti 68 adulti e 5 ninfe appartenenti a diverse specie di Ixodidae. Sono state condotte analisi sull’abbondanza delle zecche nelle diverse aree di raccolta, in funzione del periodo di campionamento, della temperatura e dell’umidità relativa misurata a 5 cm dal suolo al momento del campionamento e della vegetazione. Su tutti gli individui adulti e su pool di ninfe e di larve, per un totale di 393 campioni, sono state condotte analisi di tipo molecolare per la ricerca di piroplasmi, Anaplasma phagocytophilum e Borrelia burgdorferi s.l. Attraverso la PCR e il sequenziamento, è emerso che il 7,6% dei campioni era positivo per piroplasmi, tra i quali è stata riscontrata anche la presenza delle specie zoonosiche Babesia EU1 e B. divergens. La real-time PCR eseguita solo sui campioni costituiti da ninfe e adulti ha evidenziato una prevalenza del 9,2% per A. phagocytophilum e del 21,6% per B. burgdorferi s.l. Su questi patogeni sono state quindi condotte analisi di tipo filogenetico. In alcuni campioni sono state riscontrate coinfezioni con combinazioni di due patogeni contemporaneamente. / Tick-borne diseases are an important problem both for animals and for humans, which increased in the last years because of climatic changes that allowed the distribution of ticks in new areas. The aim of this study was to investigate the presence of ticks and pathogens transmitted, through samplings from environment and from animals and humans affected. The questing ticks were collected from 3 parks of Emilia Romagna region, for a total of 4 sites, in the provinces of Bologna and Ravenna from April to October 2010. A total of 8212 ticks were sampled. From environment were obtained 6734 larvae, 1344 nymphs and 61 adult ticks; from animals and humans 68 adults and 5 nymphs of different species of Ixodidae. Concerning the environmental sampling was analyzed the prevalence of ticks related to season, temperature and humidity measured at 5 cm above ground level at the moment of sampling and predominant vegetation. All the adult ticks, pools of nymphs and larvae, for a total of 393 samples, were investigated for the presence of piroplasms, Anaplasma phagocytophilum and Borrelia burgdorferi s.l. by molecular analyses. PCR and sequencing revealed that 7.5% of them was positive for piroplasms, among which were found two zoonotic species: Babesia EU1 and B. divergens. Real-time PCR on nymphs and adults showed a prevalence of 9.2% for A. phagocytophilum and 21.6% for B. burgdorferi s.l. This last was also analyzed by PCR-RFLP to identify the genospecies present. In some samples were found coinfections with combinations of two pathogens.

Le attività di ricerca della presente tesi di dottorato si sono focalizzata principalmente sulla parassitofauna dei pesci marini allevati in Grecia ed in Italia con particolare attenzione allo studio degli ectoparassiti di maggior rilievo sanitario in maricoltura ed alla ricerca di endoparassiti di potenziale interesse zoonosico, in particolare larve di nematodi Anisakidae del genere Anisakis. Nel corso del triennio sono stati sottoposti ad esami parassitologici 916 spigole (Dicentrarchus labrax) e 462 orate (Sparus aurata) prelevate presso diverse tipologie di allevamenti greci ed italiani. Per quanto concerne le spigole, la presenza di ectoparassiti è stata riscontrata nel 29,2% e nel 61,9% dei soggetti provenienti rispettivamente da impianti siti in Grecia ed in Italia, mentre le orate hanno presentato percentuali di positività rispettivamente del 87,5% e del 26,7%. Gli ectoparassiti dominanti sono risultati essere il monogeneo Diplectanum aequans nelle spigole ed il ciliato Cryptocaryon irritans e il monogeneo Furnestinia echeneis nelle orate, sebbene sia stato possibile studiare anche il coinvolgimento di altri ectoparassiti, quali il monogeneo Sparicotyle chrysophrii ed il dinoflagellato Amyloodinium ocellatum, nel determinismo di alcuni episodi morbosi. Le osservazioni istopatologiche hanno permesso di caratterizzare le lesioni causate dagli ectoparassiti a diverse intensità d’infestazione. Per quanto concerne la ricerca di parassiti zoonosici, con particolare riferimento agli stadi larvali di nematodi Anisakidae del genere Anisakis, si sono condotti esami parassitologici a livello di cavità viscerale e di muscolo laterale in tutti i soggetti provenienti da allevamenti in gabbia (626 soggetti, di cui 441 spigole e 185 orate). Tutti i soggetti esaminati sono risultati negativi, indicando come il rischio di infestazione da larve di nematodi anisakidi possa essere considerato trascurabile in spigole ed orate allevate in gabbia, come già dimostrato per il salmone atlantico (EFSA, 2010). / The research activities of this PhD thesis have been focused primarily on parasitofauna of marine fish reared in Greece and Italy, with particular reference to the study of ectoparasites showing main health significance in mariculture and to the search of potentially zoonotic endoparasites, namely larval stages of Anisakidae nematodes owing to Anisakis genus. During the three-years research period, 916 European sea bass and 462 sea bream, coming from different farming systems in Greece and Italy, have been subjected to parasitological examinations. With reference to sea bass, the presence of ectoparasites has been detected in 29,2% and 61,9% of fish coming from Greek and Italian farms respectively. Sea breams showed prevalence of ectoparasites of 87,5% and 26,7% (Greece and Italy respectively). Dominant ectoparasites were: the monogenean Diplectanum aequans in sea bass, and the ciliate Cryptocaryon irritans and the monogenean Furnestinia echeneis in sea bream, although it was observed also the involvement of other ectoparasites, such as the monogenean Sparicotyle chrysophrii and the dinoflagellate Amyloodinium ocellatum, in the etiology of some disease outbreaks. Histopathogical observations allowed to study and characterize the lesions caused by the ectoparasites found during the survey, with relation to infection intensity. Concerning the research activities aimed at assess the possible presence of zoonotic helminths, namely the larval stages of Anisakidae nematodes of Anisakis genus, parasitological exams have been carried out on visceral organs and lateral muscle of all the 626 samples coming from cages (441 sea bass and 185 sea bream). All the fish resulted negative for Anisakis larvae, pointing out that the risk of infestation by zoonotic anisakid nematodes may be considered negligible in caged sea bass and sea bream, as already assessed for Atlantic salmon (EFSA, 2010).

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La tesi è organizzata in 4 capitoli: -nel primo vengono brevemente riferite le patologie associate all’infezione da PCV2 con particolare riferimento all’iter diagnostico ed al ruolo rivestito dall’esame istologico e dalla identificazione dell’agente eziologico in situ contestualmente alle lesioni istologiche; -nel secondo viene presentato un iter diagnostico originale da applicare in condizioni di campo, qualora si voglia accertare la presenza del PCV2 nei tessuti dei prodotti di natimortalità/aborto del suino. In specifico si riferisce all’applicazione del protocollo in 2 aziende ed i risultati vengono analizzati per una revisione critica del protocollo impiegato; -nel terzo vengono presentati i risultati di un protocollo di infezione con PCV2 per via genitale tramite seme infetto. Scrofe convenzionali sono state sincronizzate per l’estro e fecondate con un’unica dose di seme PCV2 negativo alla PCR (gruppo controlli) o sperimentalmente esposto al PCV2 (gruppo infette). I risultati vengono analizzati in funzione delle ripercussioni che l’infezione precoce in gravidanza può produrre sulla scrofa (mancata gravidanza, ritorno in calore), sui feti e sugli invogli fetali. Viene stabilito il ruolo protettivo degli anticorpi circolanti al momento dell’infezione, stante l’evenienza che un basso titolo anticorpale si associa a viremia prolungata e maggiore numero di feti positivi al virus; -nel quarto viene presentato un esperimento sovrapponibile a quello riferito nel capitolo 3, però con la presenza anche di un gruppo di soggetti convenzionali vaccinati ed infettati con PCV2 durante la fecondazione artificiale usando seme sperimentalmente esposto al virus. Nella discussione dei risultati vengono enfatizzati 2 aspetti importanti nell’epidemiologia dell’infezione da PCV2: la eliminazione di virus è fortemente ridotta dalla vaccinazione, con conseguenze verosimilmente positive sulla circolazione del virus negli effettivi dell’allevamento; l’esposizione uterina è protetta dalla vaccinazione, stante la bassa percentuale di placente infette nel gruppo dei soggetti vaccinati rispetto a quelli non vaccinati e nei controlli. / The thesis is organized into 4 chapters: -in the first chapter, it is briefly overviewed the association of PCV2 with several diseases with particular emphasis to the diagnostic protocols and to the in situ identification of the virus in histological lesions; -in the second chapter, it is presented an original diagnostic protocol to be applied in field conditions, to check for the presence of PCV2 in piglet tissues obtained from stillbirth/abortion. It refers to the application of the protocol in 2 herds and the results are analyzed for a critical review of the used protocol; -in the third chapter, it is presented an experimental trial aimed to infect gilts during artificial insemination by PCV2 infected semen. Conventional gilts were synchronized for oestrus and inseminated with a single dose of semen PCV2 PCR-negative (control group) or experimentally exposed to PCV2 (infected group). The results are analyzed to evaluate the impact that infection in early pregnancy may have on the sow (no pregnancy, return to oestrus), foetuses and foetal membranes. It emphasizes the protective role of circulating antibodies at the time of infection, given the possibility that a low antibody titre is associated with prolonged viremia and increased number of PCV2 positive foetuses; -in the fourth chapter, it is presented a protocol similar to that of Chapter 3, but with the presence of a third group of animals: gilts vaccinated and infected with PCV2 using semen experimentally exposed to the virus. In the discussion 2 important aspects are emphasized: the shedding of the virus is greatly reduced by vaccination, with positive effects on the reduction of the circulation of the virus in the herds; uterine exposure is protected by vaccination, given the low percentage of infected placentas in the vaccinated group compared with not vaccinated and control groups.