Staphylococcus aureus (S. aureus) is a significant pathogen that causes a wide variety of disease in humans and animals. Methicillin resistant S. aureus (MRSA) isolates carrying mecC, the gene that confers resistance to the antibiotic, have been isolated from humans but also from diverse animal species covering livestock, domestic and wild animals throughout Europe. Many of the known MRSA mecC isolates have been whole-genome sequenced by our group to gain insight into the evolution and epidemiology of these emerging lineages. For microbes and humans alike, iron is an essential cofactor in many biochemical reactions and S. aureus requires iron for colonisation and subsequent pathogenesis. The success of S. aureus is partly attributed to its ability to exploit the host iron pool. It does this through multiple iron uptake mechanisms, including at least two high-affinity iron scavenging siderophores (staphyloferrins A and B) and an iron-regulated surface determinant (Isd) pathway for haem-iron acquisition. Here I describe the identification of a novel locus encoding a siderophore-like non-ribosomal peptide synthetase (NRPS), directly downstream of the SCCmec insertion site in mecC S. aureus isolates. A homologous region was identified in Streptococcus equi 4047 (S. equi) which encodes a NRPS termed 'equibactin' that is involved in iron acquisition. I have therefore named the NRPS product 'staphylobactin' in MRSA, and the aim of this study was to determine the function of the staphylobactin biosynthesis cluster: is this region involved in iron acquisition and how might it be regulated? Analysis of the prevalence of isolates containing the staphylobactin locus showed it to be present in a large number of mecC strains in our collection but also identified homologues in other staphylococcus isolates. The region is highly conserved in all S. aureus isolates belonging to clonal complex (CC) 130 (broad host range lineage), suggesting that staphylobactin might impact on S. aureus's ability to infect a broad range of host species. The staphylobactin gene cluster contains 14 coding sequences, stbB-F, F1, G-M and O. Bioinformatic analysis results in predictions of domain and gene functions associated with iron acquisition. I hypothesized that staphylobactin might have been acquired to compensate for the lack of another siderophore, such as staphyloferrin B, but the staphyloferrin B biosynthesis cluster and transport is present in nearly all S. aureus strains, ruling out this model. Unlike the equibactin locus, however, the staphylobactin locus lacks a homolog for the iron-dependent regulator eqbA. Instead, expression of this locus appears to be regulated by MntR, a DtxR-like regulator. The staplylobactin gene cluster is flanked by direct repeats which suggest staphylobactin could have been gained by horizontal gene transfer. In order to study the role of the staphylobactin gene cluster, deletion mutants of MntR, the staphylobactin locus and staphyloferrins A and B, were generated using the pIMAY two step gene deletion procedure in the previously un-manipulated mecC S. aureus CC130 strains - a challenging protocol that required significant optimization given the difficulties with manipulating this bacterium. Analysis of the MntR mutant suggests that the staphylobactin operon is regulated by MntR, acting as a positive regulator, in an iron-dependent manner. By RT-PCR, I found that expression of the staphylobactin NRPS genes is increased when cultures are grown in the absence of iron, suggesting an involvement with iron acquisition. Genomic inactivation of the staphyloferrins resulted in a mutant severely incapacitated for growth in serum and transferrin as the sole iron source, and addition of iron reversed this phenotype. However, deletion of staphylobactin alone or in addition to the staphyloferrins, lacked an iron-dependent growth defect, and numerous assays failed to identify a clear role for staphylobactin in iron metabolism. Therefore, further experiments are needed to elucidate the function of this siderophore like NRPS. Analysis of the same sequenced CC130 mecC isolates from our strain collection in which the staphylobactin locus was found, led to the identification of a novel Von Willebrand (vwb) gene. In order to investigate possible reasons for these isolates to infect a wide range of host species, wild-type and vwb deletion mutant strains, along with the novel vwb expressed in lactococcus, were tested using a coagulation assay and were able to clot plasma from a broad range of host species. Thus the specificity of vWbp proteins can be used to infer the host specificity and evolutionary history of the S. aureus strains that harbour them. Although I was unable to generate definitive evidence revealing the biological role for the staphylobactin locus this study has generated valuable tools for further studies and thoroughly tested a number of hypotheses concerning its role in cation metabolism.

In vivo analyses of the Von Willebrand Factor (VWF) promoter previously demonstrated that a fragment spanning sequences -487 to +247 targets promoter activation to brain vascular endothelial cells. This fragment is active in all embryonic vessels of transgenic mice but in adult mice its activity is restricted to brain vascular endothelial cells, while endogenous VWF gene is expressed in vasculature of all major organs. In this study we demonstrate that a DNase I hypersensitive (HSS) sequences in intron 51 of the VWF gene contain cis-acting elements that are necessary for the VWF gene transcription in a subset of lung endothelial cells in vivo. Our results demonstrated that Nuclear Factor 1 (NF1) and Nuclear transcription Factor Y (NFY) repressors contribute to VWF organ-specific regulation. Mutation of the NF1 binding site resulted in promoter activation in lung and heart, while mutation of the repressor corresponding to a novel binding site for NFY resulted in promoter activation in kidney vasculature. / Experimental Medicine

published_or_final_version / Pathology / Master / Master of Medical Sciences

No description available.

Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Auteursnaam op omslag: Hubert de Leeuw. Met lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

Thesis (Ph. D.)--Drexel University, 2006. / Includes abstract and vita. Includes bibliographical references (leaves 146-156).

O adenocarcinoma colorretal é um dos tumores sólidos mais prevalentes no mundo, ocupando a terceira posição em ambos os sexos, precedido pelo carcinoma de pulmão e estômago em homens, e pelo carcinoma de mama e cérvix em mulheres. No Brasil, o adenocarcinoma colorretal está entre as cinco neoplasias mais freqüentes, ocupando a quinta posição em mortalidade. A sobrevida global dos pacientes está em torno de 40% em 5 anos, tendo havido pequena elevação deste índice nas últimas quatro décadas. O estadiamento clínico-patológico permanece como o mais importante indicador prognóstico para o adenocarcinoma colorretal, sendo a sobrevida em 5 anos dos pacientes portadores de metástases à distância menor que 5%. Estas lesões são encontradas em 75% dos indivíduos que morrem da doença e representam, na maioria das vezes, um evento terminal. O processo de metastatização segue uma série de etapas interligadas que devem ser completadas pela célula tumoral para que se produza uma lesão clinicamente evidente. O primeiro passo desta seqüência se dá através de um fenômeno conhecido como angiogênese. Este consiste na proliferação endotelial acelerada com formação de novos vasos, que irão permitir que o tumor cresça e envie células neoplásicas à circulação. Esta neovascularização leva à maior produção de uma glicoproteína plasmática essencial para o processo de hemostasia primária, o fator de von Willebrand. Esta proteína é liberada pelas células endoteliais e pelas plaquetas e seus níveis estão elevados em situações clínicas em que há proliferação ou dano endotelial. Nos pacientes com câncer, o fator de von Willebrand, além de servir como potencial marcador da angiogênese, contribui diretamente para a formação das metástases, promovendo a ligação das células tumorais às plaquetas. Esta interação faz com que se formem agregados celulares heterotípicos que não são reconhecidos pelo sistema imunológico e têm maior capacidade de adesão aos leitos capilares dos órgãos alcançados. A associação entre aumento nos níveis plasmáticos do fator de von Willebrand e a progressão neoplásica foi demonstrada em pacientes com tumores de cabeça e pescoço e colo uterino, não havendo dados na literatura sobre a correlação deste fator com o câncer colorretal. No presente estudo foram comparados as concentrações desta proteína em 75 pacientes com adenocarcinoma colorretal e em 88 controles saudáveis, sendo estes valores correlacionados com os principais indicadores prognósticos da doença. Este é o primeiro estudo a ser publicado que documenta o comportamento do fator de von Willebrand em pacientes com adenocarcinoma colorretal. Os resultados deste estudo demonstraram que os pacientes com câncer colorretal apresentaram níveis de fator de von Willebrand significativamente superiores aos controles (P < 0.0001). Houve associação significativa entre as concentrações do fator de von Willebrand e o estadiamento tumoral (P < 0.0001), a invasão de estruturas anatômicas adjacentes (P < 0.009) e a presença de metástases à distância (P < 0.02). Os dados aqui apresentados sugerem que os níveis plasmáticos do fator de von Willebrand nos pacientes com adenocarcinoma colorretal possam ser indicadores do comportamento biológico deste tumor. Portanto, a definição do papel desta proteína no processo de disseminação neoplásica merece estudos complementares.

O adenocarcinoma colorretal é um dos tumores sólidos mais prevalentes no mundo, ocupando a terceira posição em ambos os sexos, precedido pelo carcinoma de pulmão e estômago em homens, e pelo carcinoma de mama e cérvix em mulheres. No Brasil, o adenocarcinoma colorretal está entre as cinco neoplasias mais freqüentes, ocupando a quinta posição em mortalidade. A sobrevida global dos pacientes está em torno de 40% em 5 anos, tendo havido pequena elevação deste índice nas últimas quatro décadas. O estadiamento clínico-patológico permanece como o mais importante indicador prognóstico para o adenocarcinoma colorretal, sendo a sobrevida em 5 anos dos pacientes portadores de metástases à distância menor que 5%. Estas lesões são encontradas em 75% dos indivíduos que morrem da doença e representam, na maioria das vezes, um evento terminal. O processo de metastatização segue uma série de etapas interligadas que devem ser completadas pela célula tumoral para que se produza uma lesão clinicamente evidente. O primeiro passo desta seqüência se dá através de um fenômeno conhecido como angiogênese. Este consiste na proliferação endotelial acelerada com formação de novos vasos, que irão permitir que o tumor cresça e envie células neoplásicas à circulação. Esta neovascularização leva à maior produção de uma glicoproteína plasmática essencial para o processo de hemostasia primária, o fator de von Willebrand. Esta proteína é liberada pelas células endoteliais e pelas plaquetas e seus níveis estão elevados em situações clínicas em que há proliferação ou dano endotelial. Nos pacientes com câncer, o fator de von Willebrand, além de servir como potencial marcador da angiogênese, contribui diretamente para a formação das metástases, promovendo a ligação das células tumorais às plaquetas. Esta interação faz com que se formem agregados celulares heterotípicos que não são reconhecidos pelo sistema imunológico e têm maior capacidade de adesão aos leitos capilares dos órgãos alcançados. A associação entre aumento nos níveis plasmáticos do fator de von Willebrand e a progressão neoplásica foi demonstrada em pacientes com tumores de cabeça e pescoço e colo uterino, não havendo dados na literatura sobre a correlação deste fator com o câncer colorretal. No presente estudo foram comparados as concentrações desta proteína em 75 pacientes com adenocarcinoma colorretal e em 88 controles saudáveis, sendo estes valores correlacionados com os principais indicadores prognósticos da doença. Este é o primeiro estudo a ser publicado que documenta o comportamento do fator de von Willebrand em pacientes com adenocarcinoma colorretal. Os resultados deste estudo demonstraram que os pacientes com câncer colorretal apresentaram níveis de fator de von Willebrand significativamente superiores aos controles (P < 0.0001). Houve associação significativa entre as concentrações do fator de von Willebrand e o estadiamento tumoral (P < 0.0001), a invasão de estruturas anatômicas adjacentes (P < 0.009) e a presença de metástases à distância (P < 0.02). Os dados aqui apresentados sugerem que os níveis plasmáticos do fator de von Willebrand nos pacientes com adenocarcinoma colorretal possam ser indicadores do comportamento biológico deste tumor. Portanto, a definição do papel desta proteína no processo de disseminação neoplásica merece estudos complementares.

Made available in DSpace on 2016-04-27T12:30:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 cintia_souza_ioc_mest_2015.pdf: 2439155 bytes, checksum: 4de1f395c16fd6ae40c81e24947a6232 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Thylamys é um gênero de marsupial sulamericano que a taxonomia ainda não esta bem estabelecida, e o número de espécies reconhecidas variam de nove a 13, segundo diferentes autores. Pelo menos três espécies ocorrem no Brasil, Thylamys karimii no Cerrado e Caatinga, T.velutinus no Cerrado e áreas de transição, e T.macrurus no Cerrado. Esse trabalho teve como objetivo analisar características morfológicas diagnósticas paras identificar T. karimii, T. macrurus e T. pusillus, realizar análises filogenéticas e biogeográficas com o marcador mitocondrial Citocromo b e filogenéticas com o marcador nuclear éxon 28 do fator de von Willebrand. Foram montados cariótipos de T. karimii e T. venustus, que foram comparados com os cariótipos conhecidos para as espécies de Thylamys. Este estudo mostrou que T.karimii, T.macrurus e T.pusillus possuem caracteristicas morfológicas diagnósticas como: bula e forame palatal postero-lateral grandes em T. karimii e pequenos em T.macrurus e T.pusillus; fenestra palatina pequena em T.karimii e robusta em T.macrurus e T.pusillus; canal da carótida mais aberto na vista ventral em T.karimii, e menos aberto em T.macrurus e T.pusillus; cauda longa em T.macrurus e T.pusillus, e cauda curta em T. karimii; garras que ultrapassam o limite das pontas dos dedos em T. karimii, e não ultrapassam nas outras duas espécies O cariótipo de T.karimii e T.venustus é 2n=14 e NF=20. O 2n é similar em todas as espécies, mas o número fundamental dos cariótipos publicados para T. elegans, T.pusillus e T. velutinus diferem devido à interpretação da morfologia dos cromossomos. A morfologia do cromossomo sexual X também pode variar entre as diferentes espécies. As análises de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana mostram T. karimii e T. velutinus em um clado à parte do restante das espécies. A análise de datação mostrou duas radições quase concomitantes, uma com T. karimii e T. velutinus no Cerrado e Caatinga, e a outra com o restante das espécies. Essas radiações concomitantes podem ter ocorrido no Mioceno Médio, quando houve a formação de mares epicontinetais formados após introgressão marinha e esses mares podem ter influenciado a dispersão de indivíduos do gênero Thylamys / Thylamys is a marsupial genus without a well stablished taxonomy, with the number of recognized species varying from nine to 13 by different authors. Three of these species occur in Brazil, T. karimii in the Cerrado and Caatinga, T.velutinus in the Cerrado and transition areas, and T. macrurus in the Cerrado. Thylamys karimii, T. macrurus, and T. pusillus have diagnostic features for identification, such as bull and palatal posterior-lateral foramen large in T. karimii and smaller in T. macrurus and T. pusillus; small palatine fenestra in T. karimii and more robust in T. macrurus and T. pusillus; carotid duct more open in ventral view in T. karimii, in T. macrurus and T. pusillus is less open; the last species, the tail is longer than the tail T. karimii, shorter; T. karimii has claws that go beyond the limit of the fingertips and in the other two species do not exceed. The karyotype of T. karimii and T. venustus is 2n = 14 and NF = 20. The 2n is similar to all other Thylamys species, whereas variation in fundamental autosome number in T. elegans, T.pusillus and T. velutinus are due to different interpretation of chromosome morphology. The morphology of sexual chromosome X can also vary between differents species. Phylogenetic analyzes of maximum likelihood and Bayesian inference with Citochrome b gene showed the clade T. karimii and T. velutinus in Cerrado and Caatinga separated of all other species. The analyses with exon 28 of von Willebrand factor were less informative due to lower sample size. The date showed two radiations, one with T. karimii in Cerrado and Caatinga, and another with the remaining species. These radiations can be occur in Miocene when there was introgresion marine and the formation of epicontinental sea that can be influenced dispersion of Thylamys specimens. / 2016-10-06

O adenocarcinoma colorretal é um dos tumores sólidos mais prevalentes no mundo, ocupando a terceira posição em ambos os sexos, precedido pelo carcinoma de pulmão e estômago em homens, e pelo carcinoma de mama e cérvix em mulheres. No Brasil, o adenocarcinoma colorretal está entre as cinco neoplasias mais freqüentes, ocupando a quinta posição em mortalidade. A sobrevida global dos pacientes está em torno de 40% em 5 anos, tendo havido pequena elevação deste índice nas últimas quatro décadas. O estadiamento clínico-patológico permanece como o mais importante indicador prognóstico para o adenocarcinoma colorretal, sendo a sobrevida em 5 anos dos pacientes portadores de metástases à distância menor que 5%. Estas lesões são encontradas em 75% dos indivíduos que morrem da doença e representam, na maioria das vezes, um evento terminal. O processo de metastatização segue uma série de etapas interligadas que devem ser completadas pela célula tumoral para que se produza uma lesão clinicamente evidente. O primeiro passo desta seqüência se dá através de um fenômeno conhecido como angiogênese. Este consiste na proliferação endotelial acelerada com formação de novos vasos, que irão permitir que o tumor cresça e envie células neoplásicas à circulação. Esta neovascularização leva à maior produção de uma glicoproteína plasmática essencial para o processo de hemostasia primária, o fator de von Willebrand. Esta proteína é liberada pelas células endoteliais e pelas plaquetas e seus níveis estão elevados em situações clínicas em que há proliferação ou dano endotelial. Nos pacientes com câncer, o fator de von Willebrand, além de servir como potencial marcador da angiogênese, contribui diretamente para a formação das metástases, promovendo a ligação das células tumorais às plaquetas. Esta interação faz com que se formem agregados celulares heterotípicos que não são reconhecidos pelo sistema imunológico e têm maior capacidade de adesão aos leitos capilares dos órgãos alcançados. A associação entre aumento nos níveis plasmáticos do fator de von Willebrand e a progressão neoplásica foi demonstrada em pacientes com tumores de cabeça e pescoço e colo uterino, não havendo dados na literatura sobre a correlação deste fator com o câncer colorretal. No presente estudo foram comparados as concentrações desta proteína em 75 pacientes com adenocarcinoma colorretal e em 88 controles saudáveis, sendo estes valores correlacionados com os principais indicadores prognósticos da doença. Este é o primeiro estudo a ser publicado que documenta o comportamento do fator de von Willebrand em pacientes com adenocarcinoma colorretal. Os resultados deste estudo demonstraram que os pacientes com câncer colorretal apresentaram níveis de fator de von Willebrand significativamente superiores aos controles (P < 0.0001). Houve associação significativa entre as concentrações do fator de von Willebrand e o estadiamento tumoral (P < 0.0001), a invasão de estruturas anatômicas adjacentes (P < 0.009) e a presença de metástases à distância (P < 0.02). Os dados aqui apresentados sugerem que os níveis plasmáticos do fator de von Willebrand nos pacientes com adenocarcinoma colorretal possam ser indicadores do comportamento biológico deste tumor. Portanto, a definição do papel desta proteína no processo de disseminação neoplásica merece estudos complementares.