O sequenciamento de alto desempenho, pela redução dos custos nos últimos anos, vem sendo cada vez mais utilizado para prospectar e identificar vírus. Estes métodos são extremamente mais sensíveis que outros métodos moleculares, e capazes de sequenciar genomas virais sem conhecimento prévio, clonagem ou isolamento. Neste estudo, utilizamos o sequenciamento de alto desempenho para conhecer, e caracterizar genomas completos de arbovírus isolados nas Américas, incluindo a prospecção de vírus em amostras de pequenos mamíferos do estado de São Paulo, Brasil. Assim, sequenciamos e caracterizamos 44 Bunyavirales, 35 no gênero Orthobunyavirus, família Peribunyaviridae, oito no gênero Phlebovirus, família Phenuiviridae, e um orthonairovírus, família Nairoviridae. Entre os Bunyavirales identificamos uma provável nova estratégia de codificação da proteína não estrutural do segmento pequeno, e ainda identificados sete vírus que são reassortants naturais. Caracterizamos o genoma completo do vesiculovírus Piry, determinando sua relação filogenética com arbovírus pertencentes ao gênero Vesiculovirus, família Rhabdoviridae. Prospectamos novos vírus, os quais incluímos em três famílias, Parvoviridae, Anelloviridae e Hepeviridae. Na família Parvoviridae, identificamos 20 chapparvovírus endógenos e exógenos, oriundos de grande diversidade de hospedeiros vertebrados e invertebrados, e que representam uma nova subfamília, a Chapparvovirinae. Também, descrevemos onze novas espécies de Anelloviridae em roedores silvestres e marsupiais, fornecendo importantes informações sobre a diversidade, a taxonomia, e ainda ampliamos a gama de hospedeiros de anellovírus conhecidos. Por fim, identificamos e caracterizamos uma nova espécie de Orthohepevirus de roedores Sigmodontinae, nomeada \"Orthohepevirus E\". Acreditamos que estamos a fornecer relevantes informações sobre genômica, epidemiologia molecular, evolução e taxonomia de 45 arbovírus americanos, bem como sobre 13 novas espécies virais encontradas em pequenos mamíferos. Tais informações deverão dar subsídios para múltiplos futuros estudos visando compreender a importância destes novos vírus e a desenvolver métodos diagnósticos. / In last years, high-throughput sequencing (HTS) has been cost-effective and increasingly used for prospection and identification of viruses. These methods are extremely more sensitive than other molecular methods and are capable of sequencing viral genomes without prior knowledge, cloning or isolation. In this study, we used HTS approach to identify and characterize complete genomes of arbovirus isolated in the Americas, as well as viral prospection in samples of small mammals from São Paulo State, Brazil. Thus, we sequenced and characterized 44 viruses from Bunyavirales order, including 35 in Orthobunyavirus genus, family Peribunyaviridae, eight in Phlebovirus genus, family Phenuiviridae, and one in Orthonairovirus genus, family Nairoviridae. Among the Bunyavirales we identified a novel putative strategy for encoding the non-structural protein of the small segment, as well as we identified seven viruses that are natural reassortants. Also, we characterized the complete genome of the Piry vesiculovirus, determining its phylogenetic relationship with arboviruses belonging to the Vesiculovirus genus, family Rhabdoviridae. On the other hand, we have prospected novel viruses, which included in three families, Parvoviridae, Anelloviridae, and Hepeviridae. In the Parvoviridae family, we identified 20 endogenous and exogenous chapparvoviruses from a broad diversity of vertebrate and invertebrate hosts, representing a new subfamily, the Chapparvovirinae. Also, we have described eleven new species of Anelloviridae in wild rodents and marsupials, providing important information on diversity, taxonomy and even broadening the range of known anelloviruses hosts. Finally, we identified and characterized a novel species of orthohepevirus in Sigmodontinae rodent, named \"Orthohepevirus E\". We believe that we are providing relevant relevant on genomics, molecular epidemiology, evolution and taxonomy of 45 American arboviruses, as well as on 13 new viral species found in small mammals. Thus, these informations should provide support for multiple future studies to understand the importance of these new viruses, as well as to develop diagnostic methods.

O sequenciamento de alto desempenho, pela redução dos custos nos últimos anos, vem sendo cada vez mais utilizado para prospectar e identificar vírus. Estes métodos são extremamente mais sensíveis que outros métodos moleculares, e capazes de sequenciar genomas virais sem conhecimento prévio, clonagem ou isolamento. Neste estudo, utilizamos o sequenciamento de alto desempenho para conhecer, e caracterizar genomas completos de arbovírus isolados nas Américas, incluindo a prospecção de vírus em amostras de pequenos mamíferos do estado de São Paulo, Brasil. Assim, sequenciamos e caracterizamos 44 Bunyavirales, 35 no gênero Orthobunyavirus, família Peribunyaviridae, oito no gênero Phlebovirus, família Phenuiviridae, e um orthonairovírus, família Nairoviridae. Entre os Bunyavirales identificamos uma provável nova estratégia de codificação da proteína não estrutural do segmento pequeno, e ainda identificados sete vírus que são reassortants naturais. Caracterizamos o genoma completo do vesiculovírus Piry, determinando sua relação filogenética com arbovírus pertencentes ao gênero Vesiculovirus, família Rhabdoviridae. Prospectamos novos vírus, os quais incluímos em três famílias, Parvoviridae, Anelloviridae e Hepeviridae. Na família Parvoviridae, identificamos 20 chapparvovírus endógenos e exógenos, oriundos de grande diversidade de hospedeiros vertebrados e invertebrados, e que representam uma nova subfamília, a Chapparvovirinae. Também, descrevemos onze novas espécies de Anelloviridae em roedores silvestres e marsupiais, fornecendo importantes informações sobre a diversidade, a taxonomia, e ainda ampliamos a gama de hospedeiros de anellovírus conhecidos. Por fim, identificamos e caracterizamos uma nova espécie de Orthohepevirus de roedores Sigmodontinae, nomeada \"Orthohepevirus E\". Acreditamos que estamos a fornecer relevantes informações sobre genômica, epidemiologia molecular, evolução e taxonomia de 45 arbovírus americanos, bem como sobre 13 novas espécies virais encontradas em pequenos mamíferos. Tais informações deverão dar subsídios para múltiplos futuros estudos visando compreender a importância destes novos vírus e a desenvolver métodos diagnósticos. / In last years, high-throughput sequencing (HTS) has been cost-effective and increasingly used for prospection and identification of viruses. These methods are extremely more sensitive than other molecular methods and are capable of sequencing viral genomes without prior knowledge, cloning or isolation. In this study, we used HTS approach to identify and characterize complete genomes of arbovirus isolated in the Americas, as well as viral prospection in samples of small mammals from São Paulo State, Brazil. Thus, we sequenced and characterized 44 viruses from Bunyavirales order, including 35 in Orthobunyavirus genus, family Peribunyaviridae, eight in Phlebovirus genus, family Phenuiviridae, and one in Orthonairovirus genus, family Nairoviridae. Among the Bunyavirales we identified a novel putative strategy for encoding the non-structural protein of the small segment, as well as we identified seven viruses that are natural reassortants. Also, we characterized the complete genome of the Piry vesiculovirus, determining its phylogenetic relationship with arboviruses belonging to the Vesiculovirus genus, family Rhabdoviridae. On the other hand, we have prospected novel viruses, which included in three families, Parvoviridae, Anelloviridae, and Hepeviridae. In the Parvoviridae family, we identified 20 endogenous and exogenous chapparvoviruses from a broad diversity of vertebrate and invertebrate hosts, representing a new subfamily, the Chapparvovirinae. Also, we have described eleven new species of Anelloviridae in wild rodents and marsupials, providing important information on diversity, taxonomy and even broadening the range of known anelloviruses hosts. Finally, we identified and characterized a novel species of orthohepevirus in Sigmodontinae rodent, named \"Orthohepevirus E\". We believe that we are providing relevant relevant on genomics, molecular epidemiology, evolution and taxonomy of 45 American arboviruses, as well as on 13 new viral species found in small mammals. Thus, these informations should provide support for multiple future studies to understand the importance of these new viruses, as well as to develop diagnostic methods.

Neu auftretende Viruskrankheiten zoonotischen Ursprungs stellen eine zunehmende Gefahr für die globale Gesundheit dar. Wie das unerwartete Auftreten von dem Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Ende 2019 zeigte, gibt es allerdings trotz jahrelanger intensiver Forschung Verständnislücken, wo und wann mit Tieren assoziierte Krankheitserreger auftauchen, oder durch welche evolutionären Vorgänge diese Übertragungen möglich werden. Diese Arbeit befasst sich mit dem Thema der genetischen Adaptation von Viren bevor und nachdem ein Wirtswechsel stattgefunden hat und leistet damit einen Beitrag zum besseren Verständnis von Wirtswechselprozessen und ihren zugrundeliegenden Mechanismen. / Emerging viral diseases of zoonotic origin pose an increasing threat to global health. Despite intense research, we do not understand where and when animal-associated pathogens emerge, or by what evolutionary processes these transmissions become possible; best illustrated by the unexpected emergence of the Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) at the end of 2019. This thesis is concerned with the topic of viral genetic adaptation before and after cross-species transmissions, contributing to a better understanding of host switching processes and their underlying mechanisms.