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Previous issue date: 2007-04-05 / The classic plant breeding methods are responsible for the major advances of
modern agriculture. However, molecular biology and genomic techniques have
provided insights into how further advance in genetic gains. Molecular markers have
been successfully applied in genetic mapping and marker assisted selection in many
plant species. Rice after the complete sequence of its genome, has been more and
more used as a model for cereal improvement. Currently, strategies have been
relying on the transference of information between the model genome (rice) and
other grasses, making that the information generated in rice and for other major
crops such as maize, wheat and rice can be also used to improve orphan grass
crops. Microsatellites (SSRs) have been described as the preferred type of marker to
be used in these studies. Given these features of rice and SSRs and aiming to
evaluate the abundance of these markers on the rice genome and their availability for
public use, a computational tool was developed. This tool search’s and characterizes
these loci, applies primer design and searchs for anchoring sites for the primers in
genomic databases of any species. It also, evaluates the affectivity of transposition of
these markers by simulating a PCR. All SSRs found in the rice genome were
analyzed and primers were designed for all loci in chromosome 1 and simulated
against the other rice chromosomes, giving an idea of potentially duplicated regions
across the genome. / O uso de várias classes de marcadores moleculares tem sido implementado
em mapeamento genético e na seleção assistida de várias espécies vegetais. O
arroz, após o sequenciamento completo do seu genoma, tem sido proposto como
um modelo genético entre as várias espécies gramíneas de importância agronômica.
Modernamente, uma estratégia tem sido adotada com base na transferência de
informações da genômica estrutural dessas gramíneas, sendo que, desta forma, o
conhecimento obtido em espécies com maiores investimentos técnicos como o
milho, trigo e o arroz, possam ser utilizados também nas gramíneas com menores
níveis tecnológicos de pesquisa. A classe dos marcadores moleculares conhecida
como microssatélites é atualmente descrito como preferencial nestes estudos.
Dadas essas características do arroz e dos microssatélites, com objetivo de se
conhecer a riqueza desses marcadores no genoma do arroz e a disponibilização
desses para a utilização pública, foi desenvolvido uma ferramenta computacional
para busca e caracterização desses locos, desenho de primers e busca por sítios de
ancoramento para os primers em bancos de dados genômicos de qualquer espécie,
avaliando dessa forma, a transposição de marcadores moleculares entre espécies
através da simulação da PCR. Foram analisadas e descritas todas as possíveis
ocorrências de microssatélites no genoma do arroz e desenhados primers para os
locos encontrados no cromossomo 1, que posteriormente foram usados para a
simulação da PCR contra os demais cromossomos do arroz, resultando o número de
amplificações possíveis para cada conjunto de primers e suas respectivas regiões
genômicas.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpel.edu.br:123456789/2082 |
| Date | 05 April 2007 |
| Creators | Maia, Luciano Carlos da |
| Contributors | CPF:43725678049, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780819H4, Oliveira, Antonio Costa de |
| Publisher | Universidade Federal de Pelotas, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, UFPel, BR, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPEL, instname:Universidade Federal de Pelotas, instacron:UFPEL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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