Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Novas metodologias de análise molecular voltadas para estudos populacionais, clínicos, evolutivos, da biodiversidade e identificação forense foram desenvolvidas com base em marcadores microssátelites ou STR Short Tandem Repeats. Os marcadores STR, que estão amplamente espalhados nos genomas e se caracterizam por apresentar alto grau de polimorfismo, podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da polimerase). A análise foi facilitada a partir do desenvolvimento de sistemas de amplificação simultânea de múltiplos STR (multiplex STR) e com a detecção automatizada dos produtos de amplificação marcados por fluorescência. Recentemente, o uso de marcadores STR do cromossomo X (X-STR) tornou-se significativo na prática forense. Devido ao seu modo de transmissão, os X-STR são úteis em situações particulares de investigação de relações de parentesco, apresentando vantagens sobre o uso de STR autossômicos. Este estudo teve como principal objetivo o desenvolvimento e validação de sistema multiplex, denominado LDD (X-STR) Decaplex, capaz de amplificar dez loci X-STR (DXS7133, DXS7424, DXS8378, DXS6807, DXS7132, DXS10074, DXS7423, DXS8377, GATA172D05 e DXS10101) para aplicação em genética populacional, identificação e análises forenses. Utilizando o LDD (X-STR) Decaplex 170 indivíduos autodenominados afrodescendentes, não aparentados geneticamente, foram genotipados. As freqüências alélicas e genotípicas não apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg e estão em concordância com aquelas observadas em outros estudos. Os haplótipos observados foram únicos em indivíduos de amostra masculina. A análise de desequilíbrio de ligação não revelou associação entre os marcadores X-STR. A diversidade genética foi elevada, variando entre 0,6218 para o locus DXS7133 a 0,9327 para o locus DXS8377. Os parâmetros de Probabilidade de Vinculação (PV), Índice de Vinculação (IV), Poder de Exclusão (PE), Poder de Discriminação e Razão de Verossimilhança foram também elevados, demonstraram que os dez X-STRs são altamente polimórficos e discriminativos na população estudada. A concentração mínima de DNA para a amplificação dos loci do LDD (X-STR) Decaplex é de 0,5 ng e verificamos que amplificação por PCR pode ser afetada quando são adicionados mais de 5 ng de DNA nas reações. Os percentuais de bandas stutter foram elevados para os loci DXS7132 e DXS8377. No teste de reprodutibilidade observamos consistência entre as tipagem de diferentes amostras biológicas, incluindo as de restos mortais. No teste de mistura a proporção limite em que observamos a coexistência de duas espécies biológicas foi de 2,5:1ng (feminino-masculino). Os resultados evidenciaram que os loci do LDD (X-STR) Decaplex são altamente informativos, consistindo, em conjunto, uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco. / New molecular analysis technologies used to evolving clinic and population studies of biodiversity and forensic identification have been developed based on microsatellite markers or STR Short Tandem Repeats. These STR markers, which are widely spread on genomes and characterized by their high degree of polymorphism, can be analyzed by PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification technology. This analysis was facilitated from the development of simultaneous amplification system of multiples STR (multiplex STR) and automatic detection of amplification products by fluorescence. Lately, the use of STR markers of chromosome X (X-STR) has become significant in forensic practice. Due to their transmission ways, X-STR are useful at especial kinship investigation, showing advantages in relation to the use of STR autosomal. This study main focus was the development and validation of the multiplex system called LDD (X-STR) Decaplex, which was able to amplify ten X-STR loci (DXS7133, DXS7424, DXS8378, DXS6807, DXS7132, DXS10074, DXS7423, DXS8377, GATA172D05 and DXS10101) in order to be used in population genetics application, identification and forensic analysis. By using LDD (X-STR) Decaplex 170, individuals, who were self-appointed Africandescendants and genetically unrelated, were genotyped. Allele and genotype frequencies have not shown Hardy-Weinberg equilibrium deviation and are in agreement with the ones observed in other studies. The observed haplotypes were unique in male individual samples. The linkage disequilibrium analysis has not shown any association among the X-STR markers. The genetic diversity was high, ranging from 0.6218 (DXS7133 locus) to 0.9327 (DXS8377 locus). The parameters of Probability of Relatedness (PR), Avuncular Index (AI), Power of Exclusion (PE), Power of Discrimination and Likelihood Ratios were also high, showing that these ten X-STRs are highly polymorphous and discriminating on the studied population. The minimum DNA concentration for the amplification of the LDD (X-STR) Decaplex loci is 0.5 ng and it was also verified that the PCR amplification can be affected when more than 5 ng of DNA are added to the reactions. The "stutter" bands percentages were high to DXS7132 and DXS8377 loci. At the reproducing test, consistency among typing of different biological samples was observed, including the ones from remains. At the mixing test, the limit proportion in which two biological species coexisted was 2.5:1 ng (female-male). The results point out that LDD (X-STR) Decaplex loci are able to provide many important piece of information which, as a whole, are a very important tool at human identification and of kinship studies.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/urn:repox.ist.utl.pt:BDTD_UERJ:oai:www.bdtd.uerj.br:2182 |
| Date | 24 May 2011 |
| Creators | Juliana Gozi de Aquino |
| Contributors | Dayse Aparecida da Silva, Elizeu Fagundes de Carvalho, Luís Cristóvão de Moraes Sobrino Pôrto, Márcia Mattos Gonçalves Pimentel, Celso Teixeira Mendes Junior |
| Publisher | Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, UERJ, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ, instname:Universidade do Estado do Rio de Janeiro, instacron:UERJ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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