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Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Cerrado is one of the brazilian biomes with the highest concentration of species and endemism, and is considered a hotspot of global biodiversity. Only 20% of its original area remains intact in the country and has been permanently transformed by human actions, which makes this biome a priority area for conservation. Due to the great loss of habitat and biodiversity, it is necessary to increase knowledge of basic characteristics of the existing species. Conservation genetics makes use of the genetic variation to infer the taxonomic status and life history of a species, making possible the study of characteristics such as the pattern of social structure and dispersion. Thus, basic data from species to which we have difficult assess can be accessed and better conservation strategies can be adopted. Mitochondrial and nuclear markers are important tools for studies of genetic and social structure in animals. In this study we assessed the taxonomic status of Clyomys bishopi, a colonial and semi-fossorial rodent inhabiting the Cerrado of São Paulo, and also the social and spatial genetic structure of individuals collected in the Estação Ecológica de Itirapina- SP. To evaluate C. bishopi taxonomic status we analyzed the cytochrome b gene of 21 individuals belonging to the genus and from various localities of its distribution. Phylogenetic methods based on Bayesian Inference, Maximum Parsimony and Neighbor-Joining showed high values of branch support separating individuals from São Paulo with respect to the rest of the samples, and genetic distance of about 4% between these groups, suggesting a significant genetic separation between them. For population analysis, ten microsatellite loci were isolated and characterized within C. bishopi. Through the analysis of 40 individuals sampled at three areas within EE de Itirapina, we verified high levels of genetic diversity (NA = 10, average HO = 0,76 and averaged HE = 0,90). Nine microsatellite loci and the control region of the mitochondrial DNA were used to assess the spatial and social genetic structure of the EE de Itirapina population. The Bayesian clustering analysis indicated no genetic structure, suggesting the occurrence of gene flow between sampled areas. Relatedness analyses indicated, in general, low relatedness indices between analyzed individuals (0.05), with slightly larger values when only individuals in a small geographic scale are considered. The average relatedness by sex indicated no significant differences, suggesting similar dispersion between males and females. Results suggest that colonies of Clyomys bishopi are composed largely by unrelated individuals, and present genetic structure compatible to that showed by species with solitary habits. / O Cerrado é um dos biomas brasileiros com maior concentração de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade mundial. Apenas 20% da sua área original continua intacta no país e tem sido continuamente transformada pelas ações humanas, o que faz deste bioma uma área prioritária para conservação. Devido à grande perda de habitat e biodiversidade, faz-se necessário a ampliação do conhecimento de características básicas das espécies existentes. A genética da conservação faz uso da variação genética para inferir sobre o status taxonômico e a história de vida de uma espécie, tornando possível a investigação de características como o padrão de estruturação social e de dispersão. Assim, dados básicos de espécies de difícil avaliação direta podem ser acessados e melhores estratégias de conservação podem ser adotadas. Os marcadores moleculares dos tipos mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para estudos de estrutura genética populacional e social em animais. Neste estudo, avaliamos o status taxonômico de Clyomys bishopi, um roedor colonial e semi-fossorial que habita fisionomias do Cerrado do estado de São Paulo, e ainda a estrutura genética espacial e social de indivíduos coletados na Estação Ecológica de Itirapina-SP. Para a avaliação do status taxonômico, analisamos o gene citocromo b de 21 indivíduos do gênero provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. Métodos filogenéticos baseados em Inferência Bayesiana, Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining mostraram altos valores de suporte de ramos na separação dos indivíduos de São Paulo em relação ao restante das amostras, e uma distância genética de aproximadamente 4% entre esses grupos, indicando separação genética significativa entre eles. Para a realização das análises populacionais, dez locos microssatélites foram isolados e caracterizados para Clyomys bishopi. Analisando-se 40 indivíduos coletados em três áreas no interior da EE de Itirapina, verificamos elevados índices de diversidade genética (NA = 10, HO média = 0,76 e HE média = 0,90). Nove desses locos, mais a região controle do DNA mitocondrial, foram utilizados para avaliar a estrutura genética espacial e a estrutura social na população analisada. A análise bayesiana de agrupamento não indicou estruturação genética espacial, sugerindo a ocorrência de fluxo gênico entre as áreas analisadas. As avaliações de parentesco indicaram, em geral, baixos coeficientes de parentesco entre os indivíduos analisados (0,05), com valores levemente maiores quando se considera indivíduos amostrados em uma pequena escala geográfica. O parentesco médio por sexo não indicou diferenças significativas, o que sugere a existência de dispersão similar entre machos e fêmeas. Os resultados obtidos sugerem que as colônias de Clyomys bishopi são formadas por indivíduos em sua maioria não aparentados, apresentando estrutura genética compatível com a de espécies que apresentam hábitos solitários.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5488 |
| Date | 27 May 2011 |
| Creators | Arantes, Ana Carolina Ramos |
| Contributors | Rodrigues, Fernando Pacheco |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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